基于高通量测序分析四川辣椒酱自然发酵过程中细菌群落结构演替规律

以自然发酵的四川辣椒酱为研究对象,通过高通量测序技术,探究其在发酵过程中细菌群落的多样性和演替规律。结果表明,辣椒酱自然发酵过程中在门的水平上主要有厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)等菌门,其中厚壁菌门的数量随着发酵时间增加逐渐增多,在发酵第15 d时相对丰度达到28.56%,成为丰度最高的菌门。在属的水平上主要有乳杆菌属(Lactobacillus spp.)、片球菌属(Pediococcus spp.)、魏斯氏菌属(Weissella spp.)、葡萄球菌属(Staphyloccoccus spp.)等,其中优势菌属乳杆菌属在0~25 d含量较低,在发酵第30 d时,相对丰度达到68.24%。此外,在辣椒酱自然发酵过程中,检测到肠杆菌属(Enterobacter spp.)等致病菌属,表明自然发酵辣椒酱存在微生物卫生食用安全问题。     

基于高通量测序对中国不同区域传统发酵香肠细菌多样性的研究

为了提高发酵香肠微生物资源利用率和对发酵香肠的安全性进行评估。应用高通量测序技术,对收集自四川成都(SC)、广东深圳(GD)、湖南长沙(HN)、黑龙江哈尔滨(HB)地区的传统发酵香肠进行测序,采用生物信息学方法进行细菌多样性分析。四川和哈尔滨地区的细菌多样性>其他地区;厚壁菌门,蓝藻菌门和变形菌门是4个地区的优势菌门;乳杆菌属和葡萄球菌属是四川地区的优势菌属;乳球菌属,不动杆菌属和巨型球菌属是广东地区的优势菌属;乳球菌属,四联叠球菌属,乳杆菌属是湖南地区的优势菌属;未成功测定的细菌菌属是哈尔滨地区的优势菌属。巨型球菌属是广泛存在于除哈尔滨地区之外的特殊菌属,该菌对脂肪和蛋白质分解有促进作用。乳酸菌是除哈尔滨地区之外的优势菌群,Macrococcus caseolyticus可以作为香肠发酵剂的候选优良菌株,但其安全性还需进一步研究。     

白腐乳发酵过程中细菌群落演替规律研究

为解析白腐乳发酵过程中细菌的多样性,应用高通量测序和培养组学相结合的方法分析了前酵和后熟过程中细菌的变化规律,通过高通量测序分析白腐乳发酵过程中细菌16S rDNA V3-V4区基因序列。结果表明,白腐乳从前酵到后熟过程中细菌群落有较大变化,豆腐坯中的优势菌为乳杆菌（Lactobacillus）,毛坯中的优势菌为不动杆菌（Acinetobacter）,后熟45 d腐乳中的优势菌为明串珠菌（Leuconostoc）,后熟180 d腐乳中的优势菌为四联球菌（Tetragenococcus）;利用培养分离方法从腐乳发酵过程中部分样品分离鉴定出75株可培养细菌,包括融合魏斯氏菌（Weissella confuse）、蜡样芽孢杆菌（Bacillus cereus）、肉葡萄球菌（Staphylococcus carnosus）、乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）、嗜盐四联球菌（Tetragenococcus halophilus）、粪肠球菌（Enterococcus faecalis）和耐久肠球菌（Enterococcus durans）等。     

基于高通量测序对宜宾芽菜中细菌群落结构分析

目的:研究宜宾芽菜发酵过程中细菌微生物多样性。方法:采用Illumina高通量测序技术对芽菜样本中所有细菌的16S V1-V3区进行测序,应用QIIME软件和Mothur软件分析和统计样品序列数目、OUT数量,并进行聚类分析。结果:宜宾芽菜发酵过程中6个阶段的样本共获得204997条有效序列,优化后有效序列数为41703条,共9202个OTU分类;主要细菌类群为Firmicutes（厚壁菌门）下的Bacillus（芽孢杆菌属）,Bacteroidetes（拟杆菌门）下的Flavobacteriaceae（黄杆菌属）和Sphingobacterium（鞘脂杆菌属）,Proteobacteria（变形菌门）下的Sphingomonas（鞘脂单孢菌属）、Acidovorax（嗜酸菌属）、Chromohalobacter（色盐杆菌属）和Pseudomonas（假单胞菌属）以及Actinobacteria（放线菌门）下的Arthrobacter（节杆菌属）。结论:宜宾芽菜发酵过程中细菌菌群处于动态变化中,随着发酵的进行,部分细菌逐渐减少或消失,优势细菌趋于稳定。      

高通量测序技术分析浓香型白酒中温曲和高温曲的细菌群落结构

本文通过Illumin公司Miseq 2×300 bp测序平台对浓香型白酒中温曲和高温曲进行高通量测序分析,发现以丰度0.01%为阈值,中温曲中细菌共得到7个门,高温曲15个门,中温曲共得到19个属,高温曲26个属。首次从中温曲中检测出的类群有Pediococcus(小球菌属),Pantoea(泛菌属),Melghirimyces。高温曲中检测出的类群有Streptophyta,Brevibacterium(短杆菌属),Thermus(栖热菌属),Saccharopolyspora,Citrobacter(柠檬酸杆菌属),Streptococcus(链球菌),Brevundimonas(短波单胞菌属),Allobacillus。此外研究发现高温曲中的细菌较中温曲的细菌相比Bacillus(芽孢杆菌属)和Thermoactinomyces(高温放线菌属)显著上升,而Kroppenstedtia和Lactobacillus(乳杆菌属)显著下降,可能是与张弓酒独特的制曲工艺有关。本研究建立了一套高通量测序技术分析浓香型白酒大曲细菌群落结构的方法,为建立浓香型白酒大曲微生物信息数据库,优化大曲发酵工艺和提升品质提供理论依据。     

冷鲜猪肉贮藏过程中细菌群落结构演替规律分析

为探究冷鲜猪肉在贮藏过程中细菌群落结构的演替规律.将新鲜猪肉使用非密封包装进行低温贮藏,每天取样1次(共10 d),测定每日样品的pH值和挥发性盐基氮含量,并通过16S rDNA高通量测序技术分析细菌的多样性、群落组成和演替规律,探究细菌群落变化与腐败指标之间的相关性.通过Alpha多样性分析可知,猪肉在冷藏过程中细菌...     

高通量测序解析白酒中高温大曲细菌和真菌群落结构

采用高通量测序技术,定期采集河南贾湖酒业中高温大曲制备过程中的样品,研究大曲中真菌和细菌群落在整个发酵过程中的动态变化。结果表明,各发酵阶段的细菌和真菌组成均发生动态变化。大曲样品从入房到出房,细菌和真菌数量表现出先升高后降低的趋势,并且都在曲温达到顶温时（大曲JH3）达到最高值。发酵前期主要有假丝酵母属（Candida）、根霉属（Rhizopus）和曲霉属（Aspergillus）,当曲温达到顶温时,横梗霉属（Lichtheimiaceae）成为优势菌群,发酵后期以毛霉属（Mucor）和曲霉属为主。入房和出房大曲中细菌组成变化不大,乳杆菌属（Lactobacillus）是整个过程中的优势菌属。当曲温达到顶温时,高温放线菌科（Thermoactinomycetaceae）克罗彭斯特菌属（Kroppenstedtia）成为明显优势菌群,相对丰度达到60.67%。     

基于高通量测序技术的浓香型和芝麻香型白酒酒曲细菌群落结构分析

基于Illumina Miseq测序方法研究了浓香型白酒中高温酒曲和芝麻香型白酒高温酒曲的微生物菌群结构,并对酒曲中的细菌种类和丰度进行分析。结果表明,浓香型白酒中高温酒曲的优势类群主要有9个属,包括乳杆菌属（Lactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）和片球菌属（Pediococcus）等。芝麻香型白酒高温酒曲的优势类群主要有芽孢杆菌属（Bacillus）和别样芽胞杆菌属（Allobacillus）,其中别样芽胞杆菌属（Allobacillus）是首次在酒曲中发现且丰度较高的属,其特性和功能尚不清晰,有待更加深入地研究。     

Illumina MiSeq高通量测序技术研究原料乳冷藏过程中微生物群落演替规律

为探究原料乳在4℃冷藏过程中细菌群落及其演替规律,采用Illumina MiSeq高通量测序技术对乳罐中原料乳的细菌16S rDNA V4-V5区测序,对冷藏不同时间的细菌群落进行表征.结果表明,原料乳中的菌群随冷藏时间的变化而变化.整个冷藏期内,各样本共有OTU数29个,其中冷藏初期样本的特有OUT个数最多,为157...     

基于高通量测序技术对清香型和酱香型酒曲细菌群落特征研究

采用高通量测序技术对清香型小曲及其种曲、清香型大曲以及酱香型大曲样品中细菌群落结构进行了解析,获得了酒曲中主要细菌属种类和相对占比.结果 表明,酱香型大曲JB在细菌丰富度和多样性方面最高.在门水平上,8个酒曲样品中Firmicutes、Proteobacteria和Actinobacteria 3类细菌占有绝对优势.其...     

基于高通量测序分析玉米浸泡液细菌菌群结构及多样性

为探究玉米浸泡液新酸、老酸在逆流浸泡过程中细菌群落的组成、微生物的多样性与淀粉提取浸泡工艺的联系,利用Illumina MiSeq 高通量测序技术对玉米浸泡副产物中的新、老酸玉米浸泡液进行细菌16S rRNA V3～V4 测序,结果表明样品中新酸2（L-2）、新酸3（L-3）、新酸4（L-4）、老酸2（X-2）、老酸3（X-3）、老酸4（X-4）中有效序列分别为42 102、41 679、39 779、39 922、39 800、38 896 条。在属的分类层次上,老酸中的优势细菌属包括乳酸杆菌属（Lactobacillus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、海洋芽孢杆菌属（Oceanobacillus）,新酸中的优势细菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）。玉米浸泡液中的新酸老酸菌群结构和丰度有所不同,结果发现在玉米浸泡液中存在提升浸泡工艺的有益菌,也存在降低玉米淀粉质量的有害菌和腐败菌。     

基于高通量测序分析刺梨果渣自然发酵过程中细菌群落结构及多样性

为分析刺梨果渣自然发酵过程中各阶段的细菌群落结构及多样性,利用MiSeq高通量测序技术检测自然发酵刺梨果渣中细菌的16S rDNA基因V3~V4高变区序列,比较发酵6~60 d (每隔6 d取一次样)时细菌群落的差异。结果显示:10个不同发酵时期样本中共检测而出26个门类、40个纲类群、74个目类群、162个科类群、373个属类群。在整个发酵过程中,主要以葡糖杆菌属和醋酸杆菌属为主。发酵结束后,在门相对水平丰度值依次是变形菌门(Proteobacteria,99.85%)、厚壁菌门(Firmicutes,0.03%)、放线菌门(Actinobacteria,0.02%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,0.02%),在整个发酵过程中变形菌门占主要地位;在属相对水平丰度值排前面的葡糖杆菌属(Gluconobacter,65.37%)和醋酸杆菌属(Acetobacter,33.66%)为刺梨果渣发酵过程中绝对的优势菌;发酵后期细菌群落趋于稳定,表明刺梨果渣自然发酵过程中微生物群落结构变化是相对稳定的。     

基于培养鉴定法和高通量测序技术分析郫县豆瓣微生物群落结构演替

结合传统培养鉴定法和Illumina MiSeq测序技术分析郫县豆瓣不同发酵阶段的微生物群落演替。结果表明,辣椒发酵阶段细菌以Gracilibacillus sp.,Bacillus sp.,Staphylococcus sp.,Oceanobacillus sp.为主,真菌以Candidasp.,Zygosaccharomyces sp.,Aspergillus sp.为优势菌属;蚕豆发酵阶段具有较高的微生物菌落总数,混合发酵阶段展现了丰富的微生物多样性,这两个阶段细菌均以Bacillus sp.丰度最高,而真菌以Candidasp.,Zygosaccharomyces sp.为优势菌属。研究结果可为郫县豆瓣的控制发酵和品质提升提供科学支撑。     

基于Illumina MiSeq高通量测序技术解析四川麸醋发酵过程中微生物菌群结构

以四川麸醋为研究对象,采用高通量测序技术分析四川麸醋发酵过程中微生物群落结构变化和演替规律。结果表明:细菌菌群和真菌菌群丰度指数均在发酵第1天时最大,而细菌菌群和真菌菌群多样性指数最大值分别在发酵第1天和第23天。在门水平上对醋醅中细菌菌群结构和真菌菌群结构进行分析,发现细菌的优势菌门是厚壁菌门,而真菌的优势菌门是子囊菌门。在种水平上对醋醅中细菌菌群结构和真菌菌群结构进行分析,发现细菌的优势菌种是耐酸乳杆菌和巴氏醋杆菌,分别在发酵第7天和第25天时达到最大占比54.47%和84.54%,而真菌的优势菌种是酿酒酵母,在发酵第5天时达到最大占比97.94%。此外,还在醋醅中检测出曲霉属、链格孢属等。通过对四川麸醋发酵过程中微生物群落结构变化演替规律的研究,以期能锚定优势菌种,通过调控发酵环境的微生态结构来提高麸醋的质量。     

基于高通量测序解析四川晒醋固态发酵过程中细菌群落变化

本文以四川晒醋固态发酵过程的醋醅为研究对象,采用高通量测序分析其细菌群落结构及其丰度。结果表明,在整个发酵过程中,醋醅中的细菌群落共包括166个属。当发酵第15 d时,经可操作分类单元（operational taxonomic units, OTUs）分析共得到11个门、14个纲、36个目、45个科和79个属;通过UPGMA聚类分析初步探索了糖化、酒精发酵和醋酸发酵同池发酵的分界节点,即第1~3 d为发酵初期,其优势细菌为乳杆菌属（Lactobacillus）和魏斯氏菌（Weissella）;第5~11 d为发酵中期,其优势细菌为乳杆菌属（Lactobacillus）和醋杆菌属（Acetobacter）,在发酵第7 d时细菌的丰富度和多样性达到最高值;第13~17 d为发酵后期,其优势细菌为醋杆菌属（Acetobacter）、贪铜菌属（Cupriavidus）、嗜糖假单胞菌属（Pelomonas）和鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）。本研究揭示了晒醋固态发酵过程中细菌群落演替,为进一步研究晒醋发酵过程中微生物群落结构奠定了基础。     

基于16S rRNA基因V3-V4区高通量测序分析东北自然发酵酸菜中细菌群落结构

为探究东北自然发酵酸菜中细菌群落结构,本试验采用454 FLX+平台对东北地区传统自然发酵的16份酸菜汁样品中细菌16S rRNA基因的V3-V4区进行测序。通过454焦磷酸测序,共得到302327条有效序列。计算Chao 1指数、Shannon指数和Simpson指数,对样品菌群的Alpha多样性进行评价,发现松原和大庆样品的细菌群落具有较高的丰富度。Beta多样性分析发现黑龙江、吉林和辽宁省份样品中存在交叠细菌物种,但含量极低。Heatmap图显示各省份的优势菌属各不相同。样品群落结构分析表明大庆、黑河和松原样品中乳杆菌含量超过50%,黑河样品中乳杆菌含量高达69.6%。KEGG统计结果表明高纬度地区存在着一定数量的耐寒细菌。此外,本试验首次在发酵食品中发现污蝇解壳杆菌属细菌(wohlfahrtiimonas),显示出高通量测序技术相对传统纯培养技术的优势。     

基于高通量测序的陶融型大曲微生物群落结构分析

利用高通量测序技术研究成品陶融型大曲的微生物群落结构,并与大曲的理化性质进行相关性分析.结果 表明:大曲中共检测到83个细菌可操作分类单元(operational taxonomic units,OTU),主要细菌类群为厚壁菌门(Firmicutes)占79.15％、变形菌门(Proteobacteria)占15.30...     

基于高通量测序的浓香型白酒窖池细菌群落结构分析

本试验利用高通量测序技术研究浓香型白酒窖池窖泥微生物群落结构,建立了一套完整的窖泥微生物群落结构研究方法和相关数据分析方法,同时得到了川北地区不同窖龄的窖泥微生物群落结构。通过Roche GS junior高通量测序平台对川北地区不同窖龄窖泥微生物群落结构进行分析后发现:6口窖池的窖泥主要细菌类群为Firmicutes(厚壁菌门)占79%,Actinobacteria(放线菌门)占4.9%、Bacteroidetes(拟杆菌门)占4.1%、Lentisphaerae(黏胶球形菌门)占3.5%、Synergistetes(互养菌门)占2.5%,其它占6%;其中Clostridiales Family XI.Incertae Sedis随着窖龄的增加呈现减少的趋势,Actinobacteria类群和Synergistetes类群随着窖龄的增加呈现增加的趋势,而Haloplasmataceae类群和Clostridiaceae类群则只在30年窖龄的窖池中有检测出,Syntrophomonadaceae类群在5年窖龄的窖池中均有检出,Lactobacillaceae类群和Porphyromonadaceae类群则只在30年窖龄的一口窖池中是优势细菌类群。