基于数据挖掘分析LUM基因在胃癌中的表达及意义

目的：通过数据库分析LUM基因在胃癌中的表达情况及意义。方法：通过Oncomine数据库分析LUM基因在胃癌中的差异性表达,基于GEPIA网站分析LUM基因表达与胃癌患者生存周期的关系;同时利用MethHC数据库分析LUM基因甲基化水平,使用基于TCGA数据集的UALCAN在线数据库对LUM在胃癌患者中的表达及预后进行验证;并通过String数据库分析LUM基因的蛋白相互作用及上下游调控关系。结果：胃癌组织中LUM的mRNA 表达较正常对照组明显增高;Meta分析进一步证实LUM基因的表达在胃癌组织中明显增高。GEPIA分析发现高表达组患者生存周期明显短于低表达组（Ｐ＜0.05）。与此同时,甲基化分析中得出LUM基因甲基化水平肿瘤组明显高于正常组;TCGA数据集验证显示LUM在胃癌组织中的表达量与预后有关;蛋白质网络分析得出,LUM可能与OGN、CHST1、CHST5、CHST6、DCH、COL1A1、COL1A2、COL3A1、COL4A2、ACAN等蛋白相互作用。结论：基于多个数据库的数据挖掘发现,LUM基因在胃癌组织中呈现高表达,且其表达水平与胃癌患者总体生存相关;LUM是与胃癌预后相关的生物标志物,参与肿瘤的发生发展,或可作为诊断和治疗的潜在靶点。     

基于数据挖掘分析COL1A1在胃腺癌中的表达及意义

目的:通过生物信息数据库挖掘分析胃腺癌中COL1A1基因的表达并探讨其临床意义。方法:使用Oncomine数据库分析COL1A1基因在胃腺癌中的表达水平;通过Oncomine数据库摘录数据信息,进行COL1A1基因表达程度与临床病理参数及胃腺癌生存期的相关性分析;最后使用STRING数据库分析COL1A1蛋白-蛋白互作网络,并进行GO基因富集和KEGG通路富集分析。结果:通过Oncomine数据库分析显示,在mRNA水平上,COL1A1在胃腺癌中高表达（P＜0.05）,表达水平与近期预后负相关（P＜0.05）,且Lauren弥漫型胃腺癌COL1A1表达水平高于肠型胃腺癌（P＜0.05）。通过STRING数据库分析显示与COL1A1相关的蛋白有COL6A3、COL5A1、COL6A1、COL5A2等,互作基因的GO基因富集及KEGG信号通路富集分析显示其蛋白涉及的生物学过程、分子功能及细胞定位等方面均与细胞外基质的调控有关,互作基因涉及的主要信号通路为细胞外基质通路、PI3K-AKT等与胃癌的发生发展有关的信号通路。结论:通过对肿瘤基因数据库Oncomine进行数据挖掘分析发现,COL1A1在胃腺癌组织中显著高表达且与患者预后负相关,为胃腺癌的致病机制研究和抗肿瘤靶向治疗提供了理论依据。     

胶原蛋白作为胃癌潜在生物标志物的生物信息学分析

目的： 应用生物信息学方法探讨胃癌的潜在生物标志物。方法： 检索与“Gastric cancer”相关的数据集,使用R语言和韦恩图分析胃癌中的差异表达基因（DEGs）;使用DAVID软件对DEGs进行功能注释;利用STRING数据库构建蛋白相互作用网络并确定核心基因;Oncomine数据库分析核心基因在胃癌中的表达模式;最后,利用Kaplan-Meier数据库分析核心基因的预后价值。结果： NCBI筛选获得3个与胃癌相关的数据集,得到了110个DEGs。功能富集分析显示,DEGs主要富集在细胞外基质受体相互作用的功能和途径中。其中一组基因在胃癌组织中显著上调,并以COL1A1、COL1A2、COL2A1、COL12A1、COL6A3、COL10A1等为重要节点构成蛋白质-蛋白质相互作用网络。利用miRNA-mRNA分析发现hsa-miR-29a-3p、hsa-miR-29b-3p和hsa-miR-29c-3p可以同时调控COL1A1、COL1A2、COL6A3和COL2A1,且均属于hsa-miR-29家族成员。进一步分析核心蛋白在胃癌中的表达情况,发现collagen家族成员中COL1A1、COL1A2、COL12A1、COL6A3、COL10A1等在胃癌组织中均较正常胃组织表达上调（P<0.05）。生存分析显示COL1A1、COL1A2、COL12A1、COL6A3、COL2A1和COL10A1高表达患者较低表达患者预后差（P<0.05）。结论： 本研究发现胶原蛋白在胃癌中表达明显上调,并与胃癌患者的预后密切相关,可能是胃癌患者潜在的生物标志物。     

基于数据挖掘分析GOLM1基因在前列腺癌中的表达及其临床意义

目的 探讨GOLM1基因在前列腺癌中的表达及临床意义。方法 利用Oncomine数据库分析GOLM1基因在前列腺癌与其癌旁正常组织组织中的表达情况，从TCGA数据库中下载相关的RNA-Seq数据和临床资料，分析GOLM1基因表达与患者临床病理学特征及预后的关系。结果 Oncomine及TCGA数据库分析结果显示，GOLM1基因在前列腺癌组织中的表达显著高于癌旁正常组织（P<0.001）。相关分析结果显示，TCGA数据库中547例前列腺癌患者GOLM1 mRNA表达水平与其年龄、临床T分期、病理学T分期及Gleason评分的相关性不大；低表达GOLM1基因的患者总生存期显著较高表达者长（HR=4.50，95%CI：3.77~5.37，P=0.038）；ROC曲线分析显示最佳截断点为8.889，灵敏度为80.5%，特异度为80.8%，ROC曲线下面积为0.862（95%CI：0.813~0.912）。结论 GOLM1基因在前列腺癌组织中高表达，且与患者不良预后相关，可作为前列腺癌较好的诊断标志物。     

基于生物信息学分析胃癌与癌旁组织中差异基因的表达及验证

目的：分析胃癌（gastric cancer, GC）与癌旁组织间的差异表达基因，寻找与GC的发生、发展及预后相关的关键基因。方法：基于基因表达数据库（gene expression omnibus, GEO）筛选GC与癌旁组织间显著差异表达的基因，利用京都基因与基因组百科全书（kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG）行通路富集分析。在癌症基因组图谱数据库（the cancer genome altlas, TCGA）中分析差异基因在GC中的表达及其与GC分期和预后的关系。最后在胃癌临床样本中验证。结果：在GEO中共筛选出1353个差异表达基因。对GC中显著高表达的31个基因进行KEGG分析发现其主要参与细胞外基质受体相互作用和蛋白消化与吸收。TCGA中分析显示此通路中的3个基因（COL1A1、COMP及THBS2）在GC中显著高表达，其中COL1A1高表达与GC的分期、预后不良显著相关。免疫组化结果证实COL1A1在胃癌中显著高表达，其表达与胃癌患者的预后相关。结论：COL1A1在GC中显著高表达，其与GC的发生发展及预后有重要关系。     

基于多数据集分析10型胶原α1链和分泌型磷蛋白1在肺腺癌中的表达及临床意义

目的 分析10型胶原α1链(COL10A1)和分泌型磷蛋白1(SPP1)在肺腺癌(LUAD)组织中的表达情况及临床价值.方法 本研究基于癌症基因图谱(TCGA)数据库中594例LUAD患者的数据筛选表达差异基因,并采用Kaplan-Meier Plotter数据库719例患者的完整生存时间信息,分析不同COL10A1和SPP1表达情况患者的生存情况.利用人类蛋白质表达图谱(HPA)数据库分析LUAD组织中SPP1蛋白质情况.分析LUAD患者预后的影响因素.采用基因集富集分析(GSEA)方法分别预测COL10A1和SPP1调控的机制.结果 基于TCGA数据库分析,LUAD组织中COL10A1和SPP1表达量均明显高于癌旁组织,差异均有统计学意义(P﹤0.01).COL10A1和SPP1高表达LUAD患者的生存期均明显长于低表达患者,差异均有统计学意义(P﹤0.01).Cox多因素分析结果表明,肿瘤分期是LUAD患者预后的影响因素(P﹤0.01).GSEA分析结果表明,COL10A1和SPP1功能均富集在血管新生、上皮-间充质转变和转化生长因子-β(TGF-β)信号通路等基因集.结论 在LUAD患者中,COL10A1和SPP1均呈高表达,并在肿瘤形成过程中发挥重要作用,且SPP1与患者生存期有关,其有望成为判断LUAD患者预后的有效生物标志物或者治疗靶点.     

基于Oncomine和TCGA数据库分析GABRE在结肠癌组织中的表达及生物学意义

目的：通过挖掘Oncomine和TCGA等数据库信息分析GABRE基因在结肠癌中的表达及其生物学意义。方法：利用Oncomine、TCGA数据库分析GABRE基因在结肠癌组织中的表达及其与患者预后的关系;运用TargetScan、starBase、mirDIP和miRWalk寻找靶向GABRE基因的上游miRNA,并分析其在结肠癌中的表达及其与预后的关系。进一步利用LinkedOmics数据库寻找GABRE共表达基因,并进行GO富集分析及KEGG通路分析。结果：数据库数据分析显示,GABRE在结肠癌组织中高表达且预示着患者预后较差（均P<0.05）。韦恩图显示,hsa-miR-370-3p靶向GABRE,并在正常组织中的表达显著升高（P<0.01）。GABRE基因与OGT、FAM156A基因等表达呈正相关（P<0.05）,与ATP5A1、MPDU1基因等表达呈负相关（P<0.05）。GO生物功能及KEGG通路富集分析提示,GABRE基因可能参与蛋白脱烷基化和周期蛋白依赖性蛋白激酶活性调节等生物学过程,并在牛磺酸代谢和NF-κB信号通路等方面富集。结论：GABRE基因在结肠癌患者中高表达且预示着患者预后较差,提示该基因是结肠癌的诊断和治疗的潜在新靶点。     

m6A结合蛋白IGF2BP1在肝细胞癌中的基因调控网络分析

目的 分析m6A阅读器胰岛素样生长因子2-mRNA结合蛋白1（insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 1，IGF2BP1）在肝细胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）中的表达水平及其对HCC患者预后的影响，并探讨IGF2BP1在HCC发生发展中的作用及其潜在机制。方法 基于5对HCC癌及相应癌旁组织mRNA-seq数据和TCGA数据库LIHC的mRNA-seq数据综合分析IGF2BP1在HCC中的表达情况，同时利用TCGA数据库中343例HCC患者的临床随访资料分析IGF2BP1表达水平对HCC患者总生存期的影响。基于TCGA数据库筛选IGF2BP1的共表达mRNA，并利用m6Avar在线网站预测mRNA的m6A位点及其RNA结合蛋白等信息，最终构建IGF2BP1的基因调控网络。结果 IGF2BP1基因在HCC中表达上调（log2FC HCC转录组数据=10.684，P<0.001；log2FC TCGA-LIHC数据集=7.032，P<0.001）。生存分析显示IGF2BP1低表达的HCC患者中位生存时间为5.84年，IGF2BP1高表达患者为4.44年，高表达患者总生存期缩短（P=0.011）。22个差异表达的mRNA与IGF2BP1存在靶向结合关系，并与其表达水平呈正相关。其中，HMGA2等15个高表达mRNA的HCC患者总生存期缩短。HMGA2、PEG10、CEP55、RHO、CDC6和KIF23基因中的潜在m6A甲基化位点位于mRNA 3'UTR端的miRNA结合区域。结论 IGF2BP1在HCC中高表达且导致患者总生存期缩短。IGF2BP1可能通过m6A甲基化及miRNA抑制作用的方式上调mRNA的表达，促进HCC发生并导致不良预后。     

基于Oncomine和GEPIA数据库分析NFE2L3基因在胃癌组织中的表达及其临床意义

目的:通过数据库挖掘分析NFE2L3基因在胃癌组织中的表达水平及其临床意义。方法:通过Oncomine数据库和GEPIA网站分析NFE2L3基因在胃癌组织中的差异性表达及其与生存预后关系；胃癌与正常组织的表达采用t检验分析，采用单因素方差分析胃癌不同临床分期的表达差异，使用Pearson指数分析胃癌相关研究，使用Kaplan-Meier数据分析胃癌患者生存及预后情况，并通过String数据库分析NFE2L3基因上下游的蛋白相互作用及调控关系。结果:胃癌组织中NFE2L3 mRNA表达水平显著高于胃正常组织；GEPIA分析发现高表达的NFE2L3基因与错配修复基因MSH2、MSH6、PSM2有关(P＜0.05)，与错配修复基因PMLH1无明显意义（P＞0.05），NFE2L3与胃癌临床分期无相关性，但是高表达的NFE2L3基因与低生存率及不良预后有关(P＜0.05)。蛋白质分析网络显示NFE2L3可能与HCFC1、OSBPL3、OSBPL6、HNRNPA3、NFE2L2、MAFG、MAFF、MAFK、BACH1、NPRL3等蛋白相互作用。结论:通过多个数据库研究发现NFE2L3在胃癌组织中呈高表达、表达水平与胃癌患者生存与预后有关；NFE2L3可作为与胃癌预后相关的生物标志物及治疗靶点，参与肿瘤发生发展。     

基于生物数据挖掘分析DKC1在肝细胞癌中的表达及其与预后的关系

目的:探讨先天性角化不良基因1（dyskeratosis congenita 1,DKC1）在肝细胞癌（HCC）中的表达及预后意义。方法:运用Oncomine、GEPIA分析DKC1在HCC组织中的表达情况,通过GEPIA分析DKC1与HCC患者生存期的相关性,利用STRING工具分析DKC1的蛋白相互作用网络。结果:Oncomine数据库中DKC1基因癌组织/正常组织表达量分析结果共有421项研究,在癌组织中显著高表达48项,低表达0项。其中有2项研究结果涉及DKC1在HCC与正常肝脏组织中的表达。与对照组相比HCC组织中DKC1 mRNA表达显著高于肝脏正常组织（P＜0.05）;利用GEPIA 数据库生存分析功能发现,DKC1高表达与HCC预后呈负相关（P＜0.05）;通过STRING数据库构建蛋白互助网络图显示DKC1与NHP2、GAR1、NOP10、NOP56、NOP58、MPHOSPH10、NHP2L1、FBL、TERT、SHQ1等蛋白具有明显相互作用。结论:DKC1基因在HCC组织中高表达,DKC1表达与HCC患者预后相关,高表达患者预后差。     

基于公共数据库分析NAT2基因在结肠癌组织中的表达及其与预后的相关性

目的:探讨N-乙酰化转移酶2（NAT2）基因在结肠癌组织中的表达及其与预后的相关性。方法:下载公共数据库中（Oncomine和TCGA）有关NAT2基因表达的数据集,利用在线平台进行数据挖掘,然后对NAT2在结肠癌中的作用进行荟萃分析。结果:Oncomine中检索到涉及NAT2基因的研究包含结肠癌446例和正常组织200例,TCGA中检索到涉及NAT2基因的研究包含结肠癌286例和正常组织41例。与正常结肠组织相比,在结肠癌中NAT2 mRNA的表达量显著降低（P＜0.01）。另外,免疫组化结果表明NAT2 在正常组织中呈较强或中等表达,而在结肠癌组织中则表达较弱或呈阴性。通过分析结肠癌患者的生存信息发现,NAT2基因低表达患者有着更高的死亡率,而高表达NAT2的患者则预后较好（P＜0.05）。结论:在结肠癌中,NAT2基因和蛋白均呈现低表达,并与结肠癌预后相关,有望发展为结肠癌新的诊断和治疗靶点。     

基于Oncomine数据库分析CXCL5在胰腺癌组织中的表达及临床意义

目的: 通过挖掘Oncomine数据库，分析趋化因子CXCL5(Chemokine C-X-C motif ligand 5)在胰腺癌组织中的表达及探索其对胰腺癌患者预后的影响。方法:挖掘Oncomine数据库中CXCL5基因在胰腺癌组织中的表达信息，并进行meta分析。利用Kaplan Meier-Plotter在线分析工具进行生存分析。结果:通过挖掘Oncomine数据库，共有392项关于CXCL5在癌组织与正常组织表达的研究。其中关于胰腺癌的研究有7项，包含286样本，对该7项研究进行meta分析显示与正常胰腺组织相比，CXCL5在胰腺癌组织中显著高表达，差异具有统计学意义 (P=0.012)。Kaplan Meier生存分析显示CXCL5表达量的高低与胰腺癌患者预后存在显著相关性，高表达CXCL5组总生存显著低于低表达组(P＜0.001)。亚组分析显示，按性别：低表达组生存长于高表达组，女性、男性均有显著差异，P值分别为：0.012、0.0029；按肿瘤分期：I、II期胰腺癌患者中低表达组生存显著长于高表达组，P值分别为： 0.0038、0.019；III、IV期未见显著差异；按恶性程度：1、2级低表达组生存显著长于高表达组，P值分别为：0.0014、0.01， 3、4级未见显著差异。结论：CXCL5基因在胰腺癌组织中高表达，其表达水平与胰腺癌患者总体生存相关。CXCL5可能系胰腺癌治疗潜在靶点，进一步关于CXCL5分子机制等研究可能为胰腺癌治疗提供新思路。     

NLRCs基因在乳腺癌中的表达和预后判断中的价值

目的：阐明NLRCs基因在乳腺癌中的表达和预后评估中的价值。方法：利用Oncomine、TIMER、TCGA和Kaplan-Meier Plotter数据库获取乳腺癌患者NLRCs基因转录水平、生存预后指标和临床病理参数。结果：Oncomine数据库检索出15项研究涉及NLRCs基因在浸润性乳腺癌组织和正常乳腺组织中的表达，发现NLRC2/3/4/5在乳腺癌组织中呈高表达（P < 0.05）。然而，TIMER数据库显示只有NLRC3基因高表达能显著改善浸润性乳腺癌患者的预后（P < 0.05）。在TCGA数据集中，NLRC3表达与T分期（P = 0.011）和肿瘤分级（P = 0.040）有关，而与性别、年龄、淋巴结受累程度和范围以及远处转移均无关（P > 0.05）。进一步研究发现，分子型为基底细胞样（basal-like）型的NLRC3高表达组患者无复发生存期（recurrence-free survival，RFS）和总生存期（overall survival，OS）均显著延长。结论：NLRC3可能是浸润性乳腺癌（特别是basal-like分型）重要抑癌因子，它有望成为潜在的乳腺癌治疗新靶点和预后判断的指标。     

基于生物信息学分析PKM2在肺腺癌中的表达及临床意义

目的：通过生物信息学方法分析M2型丙酮酸激酶（Pyruvate kinase M2, PKM2）在肺腺癌（lung adenocarcinoma,LUAD）中的表达及临床意义。方法：利用Oncomine和TCGA数据库荟萃分析PKM2 mRNA在LUAD组织和正常肺组织中的表达差异,验证HPA数据库中PKM2蛋白表达;分析该基因与LUAD患者生存的关系;LinkedOmics和Metascape平台做PKM2与LUAD临床病理特征及KEGG通路分析;String-DB网站构建PPI网络。结果：LUAD组织中PKM mRNA表达水平是正常肺组织的1.95倍（P<0.05）。免疫组化结果显示PKM2蛋白在LUAD组织中高表达。PKM2表达与LUAD的病理分级、Ｔ分期和Ｎ分期呈正相关（均P<0.05）,且高表达者总生存率低于低表达者（P<0.001,HR=2.56）。PKM2共表达基因主要与糖酵解、癌症中央碳代谢、HIF-1等信号通路有关。结论：PKM2在LUAD组织中高表达,且与LUAD患者不良预后相关,有望成为LUAD诊断和治疗的有效生物标志物。     

基于数据库挖掘分析SLC12A8在乳腺癌组织中的表达及与细胞耐药的关系

目的:探讨SLC12A8在乳腺癌组织中的表达及临床意义,并分析其在乳腺癌耐药细胞中的表达。方法:利用Oncomine数据库分析SLC12A8在乳腺癌组织中mRNA表达情况,利用HPA数据库分析SLC12A8在乳腺癌组织中蛋白表达情况,采用Kaplan-Meier法分析SLC12A8表达水平与乳腺癌患者总生存期、无复发生存期和无远处转移生存期的关系。利用GEO数据库分析乳腺癌耐药细胞中SLC12A8的表达,进一步利用cBioPortal数据库分析乳腺癌耐药细胞中与SLC12A8共表达基因。结果:与正常乳腺组织相比,乳腺癌组织中SLC12A8 mRNA具有高表达(P＜0.000 1)且其蛋白表达水平也较高。通过生存分析发现低表达SLC12A8基因的乳腺癌患者总生存期（OS）、无复发生存期（RFS）和无远处转移生存期（DMFS）明显长于高表达者,高表达患者的预后更差(P＜0.01)。乳腺癌耐阿霉素细胞MCF7/ADR中SLC12A8 mRNA表达高于非耐药细胞MCF7(P＜0.05),SLC12A8表达与MCF/ADR中表达降低的GREB1、PDZK1、GFRA1基因呈负相关,且这三个基因与乳腺癌耐药密切相关。结论:SLC12A8基因在乳腺癌组织中呈现高表达,其表达水平与乳腺癌患者预后呈负相关,该基因可能通过与GREB1、PDZK1、GFRA1相互作用参与乳腺癌耐药过程。     

基于数据挖掘分析S100A6在肝细胞癌中的表达及临床意义

目的:探讨S100蛋白超家族A6（S100 family member A6,S100A6）在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达及临床意义。方法:利用Oncomine生物信息学在线分析网站，挖掘分析大型癌症公共数据癌症基因组图谱(TCGA)及GEO(Gene Expression Omnibus)中肝癌S100A6 mRNA的表达信息，基于TCGA中的肝癌数据，利用GEPIA、Kaplan-Meier Plotter进行患者生存分析。结果:在Oncomine数据库中，前后共收集了337项不同类型的研究结果，关于S100A6基因表达有统计学差异的研究结果有30个，其中S100A6基因表达降低的研究有12项，表达增高的研究有18项。共有4项研究涉及S100A6在HCC癌组织和正常肝组织中的表达，与正常肝组织相比，S100A6在HCC中高表达（P=4.58E-4）。此外，S100A6表达量与HCC总体生存率存在相关性，高表达S100A6的患者总体生存率较差（P=0.048、P=0.005 1）。进一步结合TNM分期进行分析发现，S100A6表达在Ⅳ期最高。S100A6表达与Ⅰ（P=0.31）、Ⅱ（P=0.2）期患者预后无相关性，在Ⅲ期患者中，高表达S100A6的患者总体生存率较差（P=0.007 1）。结论:本研究通过对基因芯片数据库中肿瘤相关基因信息的深入挖掘和剖析，发现S100A6基因在肝细胞癌组织中呈现高表达，并且与肝细胞癌预后关系密切，尤其对HCC Ⅲ期患者有预后指导意义。     

基于GEO数据库筛选胃癌分子标志物

目的：运用生物信息学方法结合基因表达数据库（Gene Expression Omnibus,GEO）筛选参与胃癌发生发展的关键基 因,以获得用于胃癌诊断、治疗靶标选择及预后判断相关分子标志物。方法： 从GEO数据库中下载与胃癌（gastric cancer,GC）相 关芯片数据集,筛选差异表达基因（differentially expressed gene,DEG）, 对DEG 做功能富集分析,构建蛋白互作网络（proteinprotein interaction network,PPI）,筛选关键基因（key gene）,进而构建共表达网络、生存曲线以及层次聚类分析。结果：共筛选出 261个GC相关DEG,通过分析获得14个关键基因,分别为PLOD1、PLOD3、COL1A1、COL1A2、COL2A1、COL3A1、COL4A1、 COL4A2、COL8A1、COL12A1、COL15A1、ITGA2、LUM、SERPINH1。关键基因主要参与胶原纤维的组织、细胞外基质的组织、 细 胞外结构的组织、皮肤形态发生、胶原的合成及血管的发育等生物学过程。生存曲线分析表明,基因COL3A1（P=0.0241）表达的 改变显著降低了胃癌患者整体生存率;基因ITGA2（P=0.0679）的表达改变也显示与GC患者的无病生存率降低有关。与正常胃 组织相比,层次聚类分析表明,GC组织中基因PLOD1、PLOD3、COL3A1、ITGA2、COL1A2、COL1A1、COL4A1、LUM、COL12A1、 SERPINH1、COL8A1表达上调。结论：经筛选获得的关键基因可作为潜在分子标志物用于GC的早期诊断、治疗靶点选择和预 后判断,并为后续的研究提供参考。     

NLRCs基因在乳腺癌中的表达和预后判断中的价值

目的：阐明NLRCs基因在乳腺癌中的表达和预后评估中的价值。方法：利用Oncomine、TIMER、TCGA和Kaplan-Meier Plotter数据库获取乳腺癌患者NLRCs基因转录水平、生存预后指标和临床病理参数。结果：Oncomine数据库检索出15项研究涉及NLRCs基因在浸润性乳腺癌组织和正常乳腺组织中的表达,发现NLRC2/3/4/5在乳腺癌组织中呈高表达（P < 0.05）。然而,TIMER数据库显示只有NLRC3基因高表达能显著改善浸润性乳腺癌患者的预后（P < 0.05）。在TCGA数据集中,NLRC3表达与T分期（P = 0.011）和肿瘤分级（P = 0.040）有关,而与性别、年龄、淋巴结受累程度和范围以及远处转移均无关（P > 0.05）。进一步研究发现,分子型为基底细胞样（basal-like）型的NLRC3高表达组患者无复发生存期（recurrence-free survival,RFS）和总生存期（overall survival,OS）均显著延长。结论：NLRC3可能是浸润性乳腺癌（特别是basal-like分型）重要抑癌因子,它有望成为潜在的乳腺癌治疗新靶点和预后判断的指标。     

基于生物信息学方法分析PTGIS基因在膀胱癌中的表达及临床意义

目的:利用Oncomine、GEPIA、LinkedOmics数据库分析前列环素合酶(prostacyclin synthase,PTGIS)在膀胱癌中的表达及与临床预后的关系。方法:应用Oncomine、GEPIA数据库中关于PTGIS研究的数据,对其在膀胱癌中的表达水平变化进行分析。采用GEPIA数据库分析PTGIS表达水平与膀胱癌患者生存预后之间的关系。LinkedOmics数据库分析PTGIS基因表达与膀胱癌临床病理特征的相关性。应用Genecards数据库收集与 PTGIS 基因有关的蛋白,并通过 STRING 绘制PTGIS有关蛋白网络图,分析蛋白富集的生理过程。结果:对Oncomine数据库、GEPIA数据库关于膀胱癌和膀胱正常组织中PTGIS基因差异表达的研究,结果显示膀胱癌组织中PTGIS 基因的表达显著低于膀胱正常组织（P＜0.05）。通过GEPIA数据库生存分析发现PTGIS 基因低表达患者的总体生存率明显高于高表达患者,低表达患者的预后更好（P＜0.05）。通过Genecards数据库收集到与PTGIS有关的蛋白有CYP51A1、PTGES、PTGDS、AKT1、TBXAS1等30个,其有关蛋白富集分析结果显示主要富集在前列腺素代谢、调节活性氧代谢、炎症反应等生理过程。结论:PTGIS基因在膀胱癌中低表达,其表达水平与生存预后相关,PTGIS基因可为膀胱癌的治疗提供参考,为其进一步深入研究提供理论基础。     

丝氨酸转运蛋白SFXN1在非小细胞肺癌中的表达及临床意义

目的 分析丝氨酸转运蛋白SFXN1在非小细胞肺癌中的表达,阐明其与肺癌患者分期和预后之间的关系。方法 通过TCGA、Oncomine、HPA、UALCAN及Kaplan-Meier Plotter（KM）数据库中肺癌公共数据集,分析丝氨酸转运蛋白SFXN1的表达量与肺癌分期和预后的关系。运用基因富集分析（GSEA）方法,探索SFXN1调控肺癌发生发展的可能分子机制。 结果 TCGA数据集分析显示丝氨酸转运蛋白SFXN1在非小细胞肺癌组织中的表达水平显著高于正常组织;Oncomine基因芯片数据集分析结果表明,肺腺癌组织SFXN1表达量明显高于正常肺组织,表达倍数分别为2.664（P<0.001）、2.156（P<0.001）、1.708（P<0.001）、1.956（P<0.001）、1.563（P<0.001）及1.653（P<0.001）。SFXN1蛋白在肺腺癌和肺鳞癌组织中均有中度以上的表达,而正常肺组织几乎不表达。TCGA及UALCAN数据集分析结果显示：分期越晚的肺腺癌组织SFXN1基因表达量越高;KM分析表明其表达量与肺腺癌患者预后相关（中位生存期,低表达组 vs 高表达组： 59.27个月 vs 41.93个月,P=0.0019）。GSEA结果显示肺腺癌SFXN1高表达样本富集了E2F 转录因子、MYC信号通路、G2M检查点、MTORC1复合物、糖酵解、DNA损伤修复和乏氧相关的基因集。结论 SFXN1在非小细胞肺癌组织中表达上调,且其高表达与肺腺癌患者不良预后相关,或可成为非小细胞肺癌的潜在分子标志及治疗靶点。