高良姜及其混淆品的分子鉴定

目的:探讨基于ITS2条形码序列鉴定高良姜及其混淆品的新方法.方法:本研究对高良姜及其混淆品6个物种9份样品的ITS2序列进行PCR扩增和测序,同时扩大研究范围从GenBank上下载同属共15个物种37个样本.用MEGA4.1计算其种间、种内的K2P距离,并分析各样本间ITS2序列二级结构的差异,最后利用ITS2序列重构其系统发育树.结果:高良姜基源植物种内最大K2P距离为0.0171,与混伪品的种间最小K2P距离为0.0469;高良姜及其混淆品的ITS2二级结构存在明显差异;重构的系统发育树显示高良姜的不同来源聚在一支,能较好与混淆品区分.结论:ITS2序列能够成功鉴定高良姜及其易混淆品,可以作为高良姜及其混淆品的分子鉴定工具.     

高良姜及其三种混淆品的生药鉴定

本文对高良姜及其三种混淆品距花山姜Alpinia calcarata Rosc.、益智.A oxyphylla Mig及山菅兰Dianella ensifolia(Linn.)DC.的根茎进行了药材性状、组织特征、粉末显微特征的观察及理化鉴别;并列出了鉴别检索表.     

基于DNA条形码的岭南特色药材广东海桐皮、木棉花与其混淆品的分子鉴定

目的：本研究主要应用第二内转录间隔区（ITS2）序列作为DNA条形码进行分析,建立对岭南中药广东海桐皮、木棉花与其混淆品的快速鉴定法。方法：收集广东海桐皮等9个物种样本,提取样本基因组DNA,扩增ITS2 基因片段,对其产物进行双向测序。所得序列采用CodonCode Aligner进行拼接。利用MEGA 6.06软件进行种间变异及遗传距离分析,并构建系统进化树。结果：9个物种的ITS2序列长度范围为224-237bp,物种的种内遗传距离（0.000-0.017）明显小于种间遗传距离（0.045-0.820）,NJ和ML聚类树显示,各物种样本独聚一支,表现出单系性。结论：ITS2序列能够有效鉴别植物海桐皮、木棉花与其混淆品,为其基原植物鉴定提供依据,为保证用药真实及其临床疗效提供分子鉴定方法。     

大青叶及其混淆品的ITS2序列鉴定研究

目的:对中药材大青叶及其混淆品进行分子鉴定,以确保该药材的质量以及临床疗效。方法:采用PCR直接测序法,测定核基因ITS2区,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,用软件MEGA4.0进行相关数据分析,构建NJ(邻接)树,并利用Koetschan等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构。结果:大青叶基源植物菘蓝ITS2序列长度为191bp,其种内平均K2P遗传距离(0.002)远小于其与混淆品的种间平均K2P遗传距离(0.882);由所构建的系统聚类树图可以看出,各物种均表现出了单系性,而同时又与其它物种明显区分开;比较ITS2二级结构发现,各物种在4个螺旋区的茎环数目、大小、位置以及螺旋发出时的角度均有明显差异。结论:ITS2作为条形码可以方便快捷的鉴别大青叶正品及其混淆品,对药典中其它药材的相关研究也具有重要的参考价值。     

党参及其易混淆品的ITS2分子鉴定

目的:对中药党参及其易混伪品进行ITS2条形码鉴定,探讨ITS2条形码序列对党参及其伪品鉴定的可行性.方法:对党参样品进行DNA提取、PCR扩增和双向测序,用CodonCode Aligner3.7.1进行序列拼接,MEGA4.1计算党参基原植物及其易混伪品的种间、种内的K2P距离,并采用P距离法建立N-J树,利用Ko...     

应用ITS2条形码鉴定岭南药材余甘子及其混淆中药品种

目的：本研究应用ITS2序列作为DNA条形码,建立余甘子及其混淆品分子鉴定方法。方法：收集8种共17份余甘子及其混淆品植物样本,提取基因组DNA,扩增ITS2基因并双向测序。所得序列采用Codon Code Aligner进行拼接,同时,从GenBank数据库中获3条相关ITS2序列用于比较分析。利用MEGA 6.06软件分析其种内及种间遗传距离,并构建系统进化树。结果：余甘子ITS2序列长度为208bp,与其他各物种种间变异位点较多,遗传距离较大,为0.174-0.823。聚类树结果显示,余甘子基原植物独聚一支,与其他混淆品能够容易区分。结论：本研究采用ITS2序列能够有效鉴别余甘子及其混淆品基原植物,可为保证临床用药真实安全提供技术支撑。     

藏药雪莲原植物水母雪莲及其混淆种类的ITS序列比较和分子鉴定

目的：比较藏药“雪莲”原植物水母雪莲及其混淆种类的ITS序列,为分子序列鉴定提供参照系统。方法：利用PCR扩增和ABI377自动测序。结果：水母雪莲不同居群间的序列相同,与其混淆种类之间存在一定的分子序列差异。结论：ITS序列可正确鉴定水母雪莲与其混淆种类。     

牛蒡子及其伪品的ITS序列分子鉴定研究

目的:研究牛蒡子与伪品之间的DNA分子鉴别方法.方法:采集全国26个不同产地的牛蒡子药材26份和4种伪品毛头牛蒡、大翅蓟、紫穗槐、水飞蓟10份样品进行总DNA的提取,PCR扩增,对扩增产物克隆并测序,计算机软件统计分 析.结果:测得了36份样品的ITS序列全长,分别为牛蒡子641 bp,毛头牛蒡为641 bp;大翅蓟为639 bp;水飞蓟为630～631bp;紫穗槐为625～626 bp,在GenBank中注册,获得登记号.牛蒡子样品间的相似度大于99%,牛蒡子与大翅蓟、水飞蓟、紫穗槐间的相似度低于95%,毛头牛蒡与牛蒡子的相似度为98.29%～99.22%.通过以ITS序列重建系统树进行的聚类分析可以将牛蒡子与伪品有效的区分开.结论:根据ITS序列,能够有效的区分牛蒡子与伪品.     

基于ITS2序列的中药材藤梨根DNA分子鉴定

目的：通过DNA条形码鉴定技术区分中药材藤梨根及其常见混伪品。方法：对采集的中药材藤梨根样品及其常见混伪品进行DNA 提取,PCR扩增和测序,运用CodonCode Aligner 3.5.7对所获ITS2序列进行拼接。应用MEGA 5.0软件计算藤梨根及其常见混伪品的Kimura 2-parameter（K2P）遗传距离,并构建NJ（邻接）系统聚类树,最后分析种间ITS2序列的二级结构差异。结果：中药材藤梨根两种基原植物的平均种内K2P遗传距离分别为0.001和0.002,远小于藤梨根与其常见混伪品之间的平均K2P遗传距离0.120;藤梨根与其常见混伪品的ITS2二级结构也存在明显差异;NJ树显示藤梨根的基原植物聚在一起,与混伪品可明显区分,但无法区别所有猕猴桃属植物。结论：ITS2序列可高效区分藤梨根及其常见混伪品,弥补了传统鉴定方法的不足,提高了鉴定效率及准确性。     

基于ITS2 序列的女贞子原植物及其混伪品的分子鉴定

目的:通过分析女贞子原植物及其混用品和伪品的ITS2序列,探究鉴定女贞及其混伪品的新方法。方法:采用CodonCode Aligner进行序列拼接,MEGA4.1计算女贞及其混伪品的种内、种间的K2P距离,并基于K2P模型构建NJ树,最后应用Schultz等建立的ITS2数据库和网站预测二级结构。结果:女贞的最小种间K2P距离(3.2%)大于种内最大K2P距离(0.90%),NJ树中女贞的不同来源样品聚为一支。女贞与其混伪品的二级结构的分子形态均有差异。结论I:TS2序列可以作为鉴定女贞子原植物及其混伪品的条形码序列,并且该序列在中药材原植物的鉴定中具有很大的潜力。     

基于matK基因的高良姜及其同属混伪品的分子鉴别

目的:建立基于matK基因的高良姜及其同属混伪品的分子鉴别方法。方法:采用通用引物对高良姜样品matK基因进行PCR扩增和双向测序,并从Gen Bank下载10种同属混伪品的matK基因序列。采用Clustal X、MEGA软件进行序列比对分析、计算遗传距离以及构建聚类树。结果:获得的高良姜及其同属混伪品matK基因序列长度为732 bp,变异位点41个。高良姜种内遗传距离为0.000,与混伪品之间的最小遗传距离为0.003。基于matK序列构建的系统发生树显示高良姜样品聚在一起,能直观地与混伪品区分。结论:matK基因可以有效地鉴别高良姜及其同属混伪品。     

鳖甲及其混伪品的DNA分子鉴定

目的:探讨快速、准确鉴定鳖甲及其混伪品的方法.方法:本文对中华鳖及其混伪品的COI序列用MEGA 4.0等软件进行遗传距离等分析,并构建中华鳖及其混伪品的NJ树.结果:中华鳖种内COI序列变异很小,种间存在较多的变异位点,种间的遗传距离显著大于种内的遗传距离.由所构建的系统聚类树图可以看出,同属聚在一起,且各物种又形成相对独立的支.结论:基于COI序列的DNA条形码技术可以很好地鉴定鳖甲及其混伪品.     

基于ITS2序列鉴定川贝母及其混伪品基原植物

本研究对川贝母5种不同基原植物ITS2序列进行PCR扩增和测序;同时扩大研究范围,从GenBank上下载川贝母及其常见混伪品共10个物种13个样本的ITS2序列。用MEGA4.1计算其种间、种内的K-2-P距离,并分析各样本间ITS2序列二级结构的差异,最后利用ITS2序列重构其系统发育树。结果显示川贝母基原植物种内最大K-2-P距离为0.0276,与混伪品的种间最小K-2-P距离为0.0583;川贝母及其混伪品的ITS2二级结构存在明显差异;重构的系统发育树显示川贝母不同基原物种聚为一支,能较好与混伪品区分。研究结果表明ITS2条形码序列能够成功鉴定川贝母及其混伪品的原植物,为川贝母混伪鉴别提供了新工具。     

虻虫的PCR-RFLP鉴别研究

目的:建立简单、准确的虻虫DNA分子标记鉴别方法。方法:扩增并分析虻虫及7种常见伪品的细胞色素C氧化酶I亚基基因(CO I)序列,根据差异片段设计聚合酶链反应-限制性内切酶酶切长度多态性(PCR-RFLP)引物,使用限制性内切酶进行酶切鉴别。结果:引物对Meng Chong-Dig.F/Meng Chong-Dig.R可扩增虻虫及其伪品CO I序列,产生约490 bp条带,限制性内切酶Dra I可以识别虻虫及其伪品的差异序列,仅虻虫的CO I片段可被酶切形成两个片段,从而特异性鉴别是否为虻虫。结论:本实验建立的PCR-RFLP可以作为虻虫的DNA鉴定方法。     

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??OBJECTIVE To establish an accurate identification method of genuine Hippocampus based on COI sequences as DNA barcodes and analyze the relationship between the genuine and adulterants of Hippocampus. METHODS Two hundred and eleven pieces of COI sequences were collected from 21 Hippocampus species in this study. After PCR amplification and sequencing of the DNAs, the DNA barcoding gap and phylogenetic cluster analysis were carried out. RESULTS The COI sequences of the five authentic species all had obvious DNA barcoding gap. For phylogenetic cluster analysis, all of the samples were monophyletic and every species could be discriminated clearly. CONCLUSION COI is an effective DNA barcode for the identification of the genuine Hippocampus and its adulterants, and have important significance for clinical medication safety.     

基于COI 条形码的中药材蛇蜕及其易混伪品的DNA 分子鉴定

目的：对中药材蛇蜕及其易混伪品进行分子鉴定,以确保该中药材的临床用药安全。方法：以COI 序列作为DNA 条形码,对蛇蜕原药材进行DNA 提取,PCR 扩增和序列测定,对13 个物种的68 份样品进行DNA Barcoding Gap 分析和系统聚类分析。结果：蛇蜕3 种基原黑眉锦蛇Elaphe taeniura Cope、锦蛇Elaphe carinata（Guenther）和乌梢蛇Zaocys dhumnades（Cantor）具有DNA Barcoding Gap,在邻接（NJ）系统聚类树上分别聚为独立一枝。结论：COI 作为DNA 条形码,不仅可以鉴定中药材蛇蜕的3 种基原,而且可以区分蛇蜕及其易混伪品,表明DNA 条形码可以用于中药材蛇蜕的鉴定。     

大青叶及其混淆品的ITS2序列鉴定研究

目的:对中药材大青叶及其混淆品进行分子鉴定,以确保该药材的质量以及临床疗效.方法:采用PCR直接测序法,测定核基因ITS2区,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,用软件MEGA4.0进行相关数据分析,构建NJ(邻接)树,并利用Koetschan等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构.结果:大青叶基源植物菘蓝ITS2序列长度为191bp,其种内平均K2P遗传距离(0.002)远小于其与混淆品的种间平均K2P遗传距离(0.882);由所构建的系统聚类树图可以看出,各物种均表现出了单系性,而同时又与其它物种明显区分开;比较ITS2二级结构发现,各物种在4个螺旋区的茎环数目、大小、位置以及螺旋发出时的角度均有明显差异.结论:ITS2作为条形码可以方便快捷的鉴别大青叶正品及其混淆品,对药典中其它药材的相关研究也具有重要的参考价值.     

鸦胆子药材及其混伪品的ITS2序列分子鉴定研究

目的:通过分析鸦胆子及其混伪品的ITS2序列,探究鉴定鸦胆子药材及其混伪品的新方法。方法:采用改良的CTAB法提取鸦胆子及其混伪品的基因组DNA,PCR扩增ITS2片段。对其进行双向测序,应用MEGA6.0软件进行序列分析,计算种内、种间遗传距离,构建邻接树。结果:鸦胆子药材ITS2序列长度为230 bp,种内最大K2P遗传距离为0.018,小于其与混伪品的种间平均K2P遗传距离0.493。NJ树结果表明鸦胆子序列和柔毛鸦胆子序列聚为一支,与其他混伪品可明显区分。鸦胆子与柔毛鸦胆子在35位点处有一变异位点,利用此位点能将鸦胆子与柔毛鸦胆子区别开来。结论:ITS2可作为鸦胆子药材及其混伪品鉴定的DNA条形码序列,为保障临床用药安全提供了新的技术手段。