着丝粒蛋白U在肝细胞癌中的表达及其临床意义

目的 观察着丝粒蛋白U（CENPU）在肝细胞癌（HCC）组织中的表达,探索其与患者预后及临床病理特征之间的相关性。方法 从癌症基因组图谱（TCGA）数据库收集HCC数据集,下载CENPU mRNA表达谱及预后资料,比较CENPU mRNA在50例正常肝组织与371例HCC组织中的表达,分析mRNA表达量与患者预后相关性。收集2010~2012年兰州大学第一医院80例HCC患者石蜡组织标本,采用免疫组织化学方法检测癌组织中CENPU的蛋白表达水平,并分析其与临床病理特征之间的相关性。结果 TCGA数据库数据分析揭示了CENPU高表达患者的预后不良（P=0.025）。免疫组织化学结果显示,HCC组织中CENPU蛋白可作为肝癌患者的独立预后因子（P=0.023）。结论 CENPU在HCC中的高表达,其可能参与肝细胞的癌变及进展,可能是HCC患者的一个不良预后因素。     

SOAT1在肝细胞癌组织中的表达及其临床意义

目的：观察甾醇O-酰基转移酶1（SOAT1）在肝细胞癌（HCC）组织及癌旁组织中的表达,探索其与患者预后及临床病理特征之间的相关性。方法：从癌症基因组图谱（TCGA）数据库收集HCC数据集,下载SOAT1 mRNA表达谱及预后资料,比较SOAT1 mRNA在50例正常肝组织与374例HCC组织中的表达,分析表达量与患者预后相关性。收集53例HCC患者石蜡组织标本,采用免疫组织化学方法检测癌和癌旁组织中SOAT1的蛋白表达水平,并分析其与临床病理特征之间的相关性。结果：TCGA数据库数据分析显示,与癌旁正常组织比较,SOAT1在HCC中表达显著升高（P＜0.01）。预后生存分析发现SOAT1高表达患者的5年生存率较低（P＜ 0.05）。免疫组织化学结果显示,与癌旁组织相比,HCC组织中SOAT1蛋白表达量显著升高（P＜0.05）。癌组织中SOAT1蛋白表达量与肿瘤临床分期及微血管癌栓形成相关（P＜0.05）。结论：SOAT1在HCC组织中表达增高,并与HCC癌患者的临床病理特征密切相关,其表达与肿瘤恶性程度高度相关。     

乙醇脱氢酶1A和血管内皮生长因子-A在肝细胞癌中的表达

目的 探讨乙醇脱氢酶1A(ADH1A)和血管内皮生长因子-A(VEGFA)在肝细胞癌(HCC)中的表达和临床意义。方法 通过基因表达谱交互(GEPIA)分析ADH1A和VEGFA在HCC以及癌旁正常组织中的表达情况及相关性;肿瘤基因组图谱(TCGA)和基因富集分析(GSEA)探讨ADH1A在HCC中的相关通路;收集84例HCC患者的样本及临床病理资料,并选取54例癌旁正常组织样本做对照,分析ADH1A和VEGFA与HCC中临床病理参数的相关性;采用免疫组化法检测并分析病例组和对照组ADH1A和VEGFA的蛋白表达情况,结合临床病理参数并通过Kaplan-Meier法分析ADH1A和VEGFA的表达与HCC患者的临床进展和预后的关系。结果 生物信息学分析发现ADH1A在HCC中低表达而VEGFA在HCC中高表达,并且两者呈负相关关系（P<0.001）;免疫组化检测结果显示ADH1A在HCC组织中的表达率低于癌旁正常组织（P<0.01）,而VEGFA在HCC组织中表达率高于癌旁正常组织（P<0.01）;HCC组织中ADH1A高表达组的脉管癌栓及HCC患者的复发比例更低（P...     

基于数据库分析COL1A2在肝细胞癌组织中的表达及对预后的影响

目的探讨Ⅰ型胶原蛋白α2(COL1A2)在肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma, HCC)组织中的表达变化及其对肝癌预后的影响。方法采用生物信息学方法,通过GEPIA 2.0网络平台,利用TCGA数据分析COL1A2在正常肝组织与HCC组织中的差异表达;通过Kaplan-Meier分析COL1A2表达变化对HCC患者生存率的影响;通过UALCAN在线分析COL1A2与肿瘤分级,肿瘤分期和TP53基因突变的相关性;通过TIMER数据库分析COL1A2表达对肝癌组织免疫细胞浸润的影响;通过GEPIA 2.0网络平台在线分析HCC组织中COL1A2的表达与T淋巴细胞免疫抑制检查点PD-1、CTLA4的相关性。进一步利用GEO数据库综合分析验证COL1A2在肝癌组织的差异表达。结果 COL1A2的表达与HCC的肿瘤分级、肿瘤分期及TP53基因突变呈正相关;COL1A2在HCC组织表达明显上调;生存分析显示癌组织COL1A2的表达量与HCC患者无进展生存率(PFS)和无复发生存率(RFS)相关;COL1A2的表达虽与HCC组织CD8+T细胞浸润呈正相关,但也同时与免疫抑制检...     

DNA甲基化转移酶在胃癌中的表达及其临床意义

目的 探讨胃癌中DNA甲基化转移酶(DNMT1、DNMT3A、DNMT3B)表达的临床意义与预后的相关性。 方法 运用TCGA和GEO数据库分析DNA甲基化转移酶在胃癌和正常组织中的表达差异; 运用生存期分析软件Kaplan-Meier plotter分析DNA甲基化转移酶对胃癌患者预后的影响;下载TCGA和GEO数据库中的原始数据,分析DNA甲基化转移酶与临床病理参数之间的关系;采用基因富集分析(GSEA)结合蛋白互作网络进行DNMT3B的生物学功能研究。TCGA数据库分析DNMT3B升高促进胃癌进展的具体机制。 结果 在胃癌组织中3种DNA甲基化转移酶的表达均高于癌旁正常组织;生存分析结果发现,DNMT3A、DNMT3B高表达的患者总生存期较短;DNMT3B表达与组织学分型相关,在肠型胃癌中表达较高;幽门螺旋杆菌感染可促进DNMT3B表达;DNMT3B可能通过影响BUB1、HDAC2的甲基化促进胃癌的进展。 结论 DNA甲基化转移酶在胃癌组织中高表达,DNMT3B是胃癌患者的一个预后指标,可能成为临床诊治胃癌的生物标志物。     

肝细胞癌中趋化因子CXCL10及其受体CXCR3的表达及临床意义分析

目的 探索趋化因子CXCL10及其受体CXCR3基因在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达及其临床意义。方法 通过挖掘癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)中HCC数据库和国际肝癌研究所(Liver Cancer Institute,LCI)中乙肝相关肝癌数据库,分析CXCL10基因和CXCR3基因在HCC及癌旁组织中的表达以及与患者术后总生存率的关系;采用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)方法检测45例乙肝相关HCC患者临床样本中CXCL10基因和CXCR3基因的表达情况,并分析CXCL10和CXCR3基因表达的相关性。结果 TCGA数据库中CXCL10基因在HCC组织中的表达显著高于癌旁组织(非配对样本:3.379±2.081 vs. 2.213±2.274,P<0.001;配对样本:3.159±2.267 vs. 2.213±2.274,P=0.018),LCI数据库中CXCL10基因在HCC组织中的表达显著高于癌旁组织(7.625±1.683 vs. 7.287±1.328,P=0.009),TCGA和LCI数据库中CXCL10基因高表达HCC患者术后总体生存率高于CXCL10基因低表达患者(P=0.107,P=0.002)。TCGA数据库中CXCR3基因在HCC组织的表达显著高于癌旁组织(非配对样本:-0.906±1.697 vs. -1.978±1.629,P<0.001;配对样本:-1.329±1.732 vs. -1.978±1.629,P=0.037),而LCI数据库中CXCR3基因在乙肝相关HCC组织的表达显著低于癌旁组织(3.989±0.339 vs. 4.074±0.309,P=0.003),但两个数据库中HCC组织CXCR3基因高表达患者的术后总体生存率均显著高于CXCR3基因低表达患者(P=0.004,P=0.014)。TCGA数据库中CXCL10基因与CXCR3基因在HCC和癌旁组织里的表达水平均呈正相关(r=0.584,P<0.001;r=0.776,P<0.001)。临床样本检测结果显示,CXCL10基因在乙肝相关HCC和配对癌旁组织里的表达水平分别为0.479(0.223,1.094)和0.484(0.241,0.846),均显著高于正常肝组织的0.131(0.106,0.159)(P=0.010,P<0.001), CXCR3基因在HCC和配对癌旁组织里的表达水平分别为0.011(0.006,0.019)和0.016(0.011,0.021),也显著高于正常肝组织的0.002(0.001,0.004)(P=0.004,P<0.001), 但CXCL10和CXCR3基因在HCC组织中的表达水平与配对癌旁组织相比差异均无统计学意义(P=1.000,P=0.374)。结论 CXCL10在不同病因HCC组织中均呈高表达,CXCR3在乙肝相关HCC组织中呈低表达,HCC组织中CXCL10和CXCR3的高表达均利于HCC患者的术后生存。     

基于生物信息学探讨miR-15b-5p在头颈部鳞状细胞癌中的诊断价值和潜在作用机制

目的 采用生物信息学探讨miR-15b-5p在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中的诊断价值和潜在作用机制。方法 (1)从GEO数据库和TCGA数据库中收集HNSCC的miR-15b-5p表达数据和/或HNSCC患者的临床资料。通过Meta分析miR-15b-5p在HNSCC中的表达情况及其诊断HNSCC的价值,使用SPSS 26.0软件分析miR-15b-5p表达水平与HNSCC患者临床特征的关系。利用实时荧光定量PCR检测HNSCC细胞和正常细胞中的miR-15b-5p表达水平。(2)通过miRWalk数据库和GEPIA2数据库分别筛选miR-15b-5p的下游靶基因和HNSCC的差异表达基因,对两者取交集后获得miR-15b-5p在HNSCC中的关键靶基因,对关键靶基因进行富集分析。(3)利用UALCAN数据库分析部分靶基因在HNSCC中的表达水平和甲基化水平。利用GEPIA2数据库分析部分关键靶基因表达情况与HNSCC患者无病生存期和总生存期的关系。结果 (1)Meta分析结果显示,miR-15b-5p在HNSCC中呈高表达(P<0.05)。与正常细胞相比,miR-15b-5...     

基于多数据库分析FAM50A在肝细胞癌中的临床意义及生物学功能

目的 分析50序列相似的家庭成员A(FAM50A)在肝细胞癌(HCC)中的临床意义及生物学功能,并探索其在HCC发生发展中的作用.方法 分别采用Real-time PCR和Western blot检测FAM50A在45例HCC组织及配对癌旁组织中的表达水平.采用HPA数据库分析FAM50A的表达及定位.Oncomine数据库和GEPIA数据库分析FAM50A在HCC组织及正常肝组织中的表达差异.从癌症基因图谱数据库获取HCC临床病例资料,统计分析FAM50A表达量与HCC患者临床病理特征的关系.Kaplan Meier Plotter数据库分析FAM50A表达水平与HCC患者预后的关系,MethHC数据库分析FAM50A启动子区甲基化水平,String数据库分析FAM50A的蛋白相互作用网络,基因集富集分析(GSEA)数据库预测FAM50A在HCC中调控的可能信号通路.结果 正常组织中,FAM50A mRNA在骨骼肌组织中表达量最高,肝脏组织居第37位.肿瘤组织中,其在卵巢癌组织中表达量最高,在HCC中表达量居第9位.FAM50A在正常肝组织中主要定位在细胞质、细胞膜及细胞核,在HCC组织中定位在细胞核.Real-time PCR检测结果 显示FAM50A在HCC组织中的mRNA表达量高于癌旁组织,差异有统计学意义(P<0.001).Western blot显示FAM50A蛋白在HCC组织中的表达高于癌旁组织,差异有统计学意义(P<0.05).Oncomine及GEPIA数据结果 均显示FAM50A在HCC组织中的mRNA表达量高于正常肝组织,差异有统计学意义(P<0.05).FAM50A基因mRNA表达量与HCC患者的性别(P=0.006)、肝硬化(P=0.001)、脉管癌栓(P=0.010)相关;与年龄、甲胎蛋白水平、肿瘤大小、分化程度、病理分期及是否远处转移无关(P>0.05).与FAM50A低表达组患者相比,FAM50A高表达组患者总体死亡率较高、预后较差,差异有统计学意义(P<0.0001),表现为癌基因特性.与正常肝组织相比,HCC组织FAM50A启动子区甲基化水平降低,差异有统计学意义(P<0.005).与FAM50A相互作用的蛋白有SF3B3、ATP6AP1、NSFL1C等.FAM50A mRNA高表达样本富集到MAPK信号通路、Wnt信号通路、Notch信号通路等相关基因集(P<0.05).结论 FAM50A 在 HCC 中高表达,且FAM50A表达水平与HCC恶性程度及不良预后相关,可能作为癌基因在 HCC 中发挥作用.FAM50A 有望成为HCC诊断及预后评估的新靶点.     

转录因子SOX12在肺腺癌中的表达及其与临床预后的关系

目的探讨转录因子SOX12在肺腺癌中的表达及其与临床预后的关系。方法采用大型癌症基因组数据库分析SOX12在 肺腺癌中的表达水平,然后分别采用免疫组织化学（IHC）和半定量PCR方法检测36例肺腺癌癌组织、15例距肿瘤边缘5 cm以 上癌旁正常组织和21例正常肺组织中SOX12 的表达情况,同时通过Kaplan-Meier Plotter 数据库获取了866例肺腺癌患者和 675例肺鳞癌患者的生存数据,分析SOX12基因表达水平对患者总生存期（OS）和进展后生存期（PPS）的影响。结果TCGA数 据库和GEO（GSE40419）样本集提示SOX12的表达水平在肺腺癌组中显著高于癌旁组（P<0.001）,同时IHC和半定量PCR结果 均显示SOX12 在肺腺癌组织中的表达高于癌旁正常组织和正常肺组织,差异具有统计学意义（P<0.001）;分析Kaplan-Meier Plotter数据库显示SOX12基因表达水平高的肺腺癌患者较表达水平低的患者OS和PPS短,差异具有统计学意义（P<0.05）;而 SOX12基因表达水平对肺鳞癌患者的OS和PPS均无明显影响。结论转录因子SOX12在肺腺癌组织中呈明显高表达水平,且 其表达水平与患者的生存和预后关系密切,SOX12可能成为预测肺腺癌发生发展的辅助指标。     

CDK1基因在肝癌预后和免疫细胞浸润的生物信息学分析

目的 通过生物信息学方法研究细胞周期素依赖性激酶1(Cyclin-dependent kinase 1,CDK1)在肝癌(Hepatocellular carcinoma, HCC)组织中的表达差异,探索其在肝癌预后和免疫细胞浸润间的作用。方法 从GEO数据库下载肝癌数据集,使用R软件分析差异基因,并取交集基因;通过GO和KEGG分析富集通路;使用STRING和cytoscape构建差异基因互作网络,结果可视化获取核心基因CDK1;UALCAN和GEPIA数据库分析肝癌中CDK1的表达水平,及其与临床特征的关系;HPA数据库分析CDK1蛋白在肝癌组织和正常组织的表达差异;通过Kaplan-Meier Plotter分析CDK1表达水平与HCC预后的关系;TIMER数据库分析CDK1与HCC肿瘤免疫细胞浸润、免疫细胞表面标记物的相关性。结果 3个肝癌数据集筛选出共有的347个差异基因;KEGG通路显示差异基因主要参与细胞周期通路;与正常组织相比,CDK1基因在HCC组织中表达水平升高;CDK1高表达与肿瘤分期、年龄均有相关性;生存分析结果表明CDK1基因高表达患者生存时间明显低于低表达患...     

脂肪细胞增强子结合蛋白1在胶质瘤中高表达及与患者预后的关系

目的:探讨脂肪细胞增强子结合蛋白1(AEBP1)在胶质瘤组织中的表达情况及其与胶质瘤患者预后的关系。方法:通过挖掘肿瘤基因组图谱数据库(TCGA)和中国脑胶质瘤基因谱数据库(CGGA)数据,分析AEBP1在胶质瘤组织及正常脑组织中的表达情况以及其表达差异与胶质瘤分级、IDH突变、1 p/19 q联合缺失的关系。通过实时定量PCR及Western blot分别检测临床胶质瘤标本及正常脑组织中AEBP1 mRNA及蛋白表达水平。利用GEPIA网站对TCGA生成的生存期数据进行分析,绘制无病生存曲线及总生存期曲线。结果:TCGA及CGGA数据库数据分析均显示AEBP1在胶质瘤组织中相对于正常脑组织高表达,且随着胶质瘤分级的增高表达也逐级增高。AEBP1在IDH野生型、非1 p/19 q联合缺失型中表达分别高于IDH突变型及1 p/19 q联合缺失型。临床标本同样证实AEBP1 mRNA及蛋白在胶质瘤中高表达。生存期分析显示AEBP1高表达患者无病生存期及总生存期均较短,差异具有统计学意义(P<0.05)。结论:AEBP1在胶质瘤组织中高表达并预示患者预后不良。     

VNN1基因在急性髓系白血病中的表达及临床意义

目的 通过在线数据库挖掘分析VNN1基因在急性髓性白血病（acute myeloid leukemia，AML）中的表达并探讨其临床意义。 方法 使用癌症基因图谱（the cancer genome atlas，TCGA）、组织特异性基因表达库（the genotype-tissue expression，GTEx）和高通量基因表达数据集（gene expression omnibus，GEO）等数据库分析VNN1基因在AML患者和正常对照组中的表达水平; 通过下载TCGA、GEO数据集中AML患者的数据信息，进行VNN1基因表达水平与临床特征及总体生存期的相关性分析; 利用STRING数据库分析VNN1蛋白－蛋白互作网络，并进行GO基因富集和KEGG通路富集分析，通过单样本基因集富集分析(ssGSEA)来评估VNN1与免疫细胞浸润之间的相关性。 结果 与健康对照组（0.025±0.053）相比，VNN1在AML中显著高表达（3.306±1.991）（P＜0.001），且其表达水平与AML患者细胞遗传学风险、FLT3突变状态、NPM1突变状态存在密切关系（P＜0.05）；ROC曲线表明VNN1的表达水平可以准确区分正常人群和AML患者（曲线下面积为0.969）；生存分析结果显示VNN1低表达的AML患者中位生存期为27.4个月，而高表达组中位生存期只有10.1个月，差异有统计学意义( P＜0.001) 。单因素和多因素COX回归分析均表明高表达的VNN1是AML总体预后的独立危险因素（风险比分别为1.998,1.763）（P＜0.05）；STRING数据库显示与VNN1相互作用的蛋白有PANK1、PANK3、PANK2、VNN2、VNN3、SERPIN2、TAAR2、TAAR5、TAAR1、STX7。GO功能及KEGG信路通路的富集分析显示VNN1主要参与的生物学过程包括囊泡运输中的核心蛋白复合体相互作用、泛酸和辅酶A生物合成、补体和凝血级联反应过程、血小板活化等。 结论 通过对在线数据库进行挖掘分析发现，VNN1在AML中显著高表达且与患者总体生存期呈负相关，为进一步深入研究AML发病机制和靶向治疗提供了理论依据。     

生物信息学方法分析与宫颈癌有关联的基因

目的 通过TCGA和GEO数据库筛选与宫颈癌相关的关键基因,探讨其分子机制及临床意义。 方法 通过TCGA和GEO数据库获取宫颈癌的基因表达谱数据,采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)获取宫颈癌与正常宫颈组织差异表达基因(DEGs),对DEGs进行富集分析、蛋白-蛋白互作网络(PPI)分析并识别关键基因,进一步对关键基因与预后及蛋白表达、以及与宫颈癌免疫浸润的关系进行分析。 结果 通过TCGA与GEO数据库中共得到88个宫颈癌DEGs,GO分析发现大部分基因与核染色体减速分裂、核染色体分裂、染色体集缩、核染色体等相关;KEGG信号通路分析发现宫颈癌DEGs参与了细胞周期、DNA复制、卵母细胞减数分裂、p53信号通路、同源重组等信号通路。鉴定出20个宫颈癌关键基因,仅有丝分裂阻滞缺陷2样蛋白1(MAD2L1)低表达患者的总生存期(OS)长于MAD2L1高表达患者(P=0.013),但MAD2L1高表达患者的无病生存期(DFS)与低表达患者差异无统计学意义(P>0.05),宫颈癌组织中MAD2L1蛋白高于正常组织。TIMER在线软件分析显示,MAD2L1与肿瘤的免疫浸润水平均相关(P<0.05)。 结论 发现了与宫颈癌相关的候选基因MAD2L1,其与宫颈癌患者的预后及免疫浸润均有关,可能成为宫颈癌预后预测及治疗的新靶点。     

宫颈癌中SLC39A6基因表达及其调节上皮间质转化的研究

目的 研究SLC39A6在宫颈癌中表达的临床意义及其对宫颈癌细胞功能的影响.方法 基于GEO数据库中已有数据对SLC39A6在正常组织及肿瘤组织中的表达进行meta分析,继而在组织芯片上进行验证.通过TCGA数据库中数据对SLC39A6表达与宫颈癌患者的生存期进行相关性分析.通过RNAi技术结合慢病毒技术,对人宫颈癌细胞(Hela)中SLC39A6进行稳定干扰,研究SLC39A6基因干扰对宫颈癌细胞上皮间质转化(EMT)及转移能力的影响.结果 通过GEO数据集和TCGA数据库中分析表明,宫颈癌组织中SLC39A6表达明显高于正常组织,且SLC39A6基因表达与患者总生存期及无病生存期呈负相关.干扰SLC39A6可明显抑制宫颈癌细胞上皮间质转化及转移能力.结论 SLC39A6与宫颈癌发生发展密切相关,SLC39A6可调控宫颈癌细胞转移,进而影响宫颈癌患者预后,表明SLC39A6可作为潜在的宫颈癌诊断标志物及治疗靶点.     

EHHADH是肝细胞癌脂肪酸代谢通路的关键基因:基于转录组分分析

目的 基于多数据库数据探索肝细胞癌（HCC）发生发展的驱动基因并挖掘HCC治疗的新生物靶点。方法 采用从TCGA、GEO和ICGC数据库中获取的858例HCC组织数据与493例癌旁组织数据（共1351例转录组和基因组数据）,运用GSEA筛选HCC与癌旁的差异通路,进而筛选差异通路中显著富集的基因,获得Hub基因3-hydroxyacyl CoA脱氢酶（EHHADH）。基于TCGA的HCC数据集分析与EHHADH转录组水平下调相关的基因突变,发现TP53突变最显著相关。利用相关性分析探究TP53突变导致EHHADH表达下调的机制。基于Metascape数据库预测EHHADH参与HCC发展的信号通路,发现与铁死亡信号通路显著相关。对30例HCC癌组织及配对的癌旁正常组织进行免疫组化染色,验证EHHADH的表达情况。结果 三个HCC数据集均显示EHHADH在癌组织中相对于癌旁组织显著低表达（P<0.05）,且和肝细胞去分化程度显著相关（P<0.01）。TCGA的HCC数据集体细胞突变景观分析显示HCC患者基因组中TP53突变率比例最高。EHHADH上游基因PPARGC1A转录组水...     

肝细胞癌中真核延伸因子1A2的表达及意义

【目的】探讨真核延伸因子1A2(eEF1A2)在肝细胞癌(HCC)中的表达及其临床病理意义。 【方法】收集104例HCC患者的临床病理资料,利用组织芯片对其癌及癌旁肝组织进行免疫组化检测,应用统计学方法分析eEF1A2在这些组织中的表达水平及与患者临床病理特征的关系。【结果】 免疫组化结果显示:56.7%肝癌组织中eEF1A2高表达(eEF1A2 ++,eEF1A2+++),而仅13.5%的癌旁肝组织呈高表达,差异具有统计学意义(P = 0.014)?eEF1A2的表达与乙肝病毒感染(P = 0.030)和复发(P = 0.012)相关?Kaplan-Meier分析表明:eEF1A2高表达患者的总体生存时间(P = 0.024)和无复发生存时间(P = 0.023)较eEF1A2低表达患者更长。多因素Cox回归分析提示:eEF1A2表达为影响HCC患者总体生存的独立危险因素(P = 0.038)。 【结论】 HCC中eEF1A2蛋白表达增高,与肝癌患者术后复发和预后相关,eEF1A2可以作为判断肝癌患者预后的潜在分子标志物。     

PLXNA1在肝癌中高表达并影响患者的生存预后及其免疫微环境

目的 筛选在肝细胞癌（HCC）中高表达的免疫相关基因,研究PLXNA1在HCC中的表达差异及其对生物学功能、临床意义和免疫微环境产生的影响。方法 利用TCGA数据库和ImmPort网站分析得到在HCC中高表达的免疫相关基因集。利用单变量COX回归和GEPIA、Kaplan-Meier Plotter网站对其进行分析得到了7个与生存预后相关的基因。通过GEO数据库验证PLXNA1在HCC中的表达情况。基于TCGA数据库,采用Kaplan-Meier、timeROC曲线分析PLXNA1的表达对HCC患者生存预后的影响,通过TIMER网站、CIBERSORT、ssGSEA方法分析PLXNA1的表达与免疫细胞浸润之间的关系。通过IHC实验研究PLXNA1在HCC与癌旁中的表达情况及其对患者生存预后的影响。通过qRT-PCR实验检验其在HCC细胞中的表达情况。利用CCK-8、transwell实验检测si-NC、si-PLXNA1-1、si-PLXNA1-2组中SMMC-7721细胞的增殖、迁移能力。结果 在GSE64041数据集中,PLXNA1在HCC中高表达（P<0.001）。TCGA...     

基于TCGA和GEO数据挖掘分析PRC1在肺腺癌中的表达及预后意义

目的探讨肺腺癌（LUAD）组织中胞质分裂蛋白调节因子1（PRC1）的表达及其对LUAD患者预后的影响。方法通过肿瘤免疫评估资源（TIMER）数据库分析PRC1mRNA在33种肿瘤中的表达情况,并用人类蛋白质图谱（HPA）数据库的免疫组化结果验证PRC1蛋白在LUAD中的表达。通过肿瘤基因图谱（TCGA）和基因表达综合（GEO）数据库获得PRC1在LUAD中的表达数据及相关临床特征参数,分析PRC1mRNA表达水平与LUAD患者的临床特征、总生存期（OS）和无进展生存期（PFS）的关系。采用基因集富集分析（GSEA）预测PRC1相关的基因通路。结果TIMER数据库分析结果显示,17种肿瘤组织中PRC1mRNA表达水平均高于正常对照组织。TCGA数据库、GSE31210和GSE75037数据集结果提示,LUAD组织中PRC1mRNA表达水平均明显高于正常对照组织或癌旁正常组织,差异均有统计学意义（均P＜0.01）。HPA数据库的免疫组化结果提示,PRC1蛋白在LUAD组织中呈高表达。TCGA数据库分析结果提示,PRC1mRNA表达水平与LUAD患者的性别、吸烟、T分期、N分期和TNM分期均有关（均P＜0.01）。TCGA数据库、GSE31210和GSE68465数据集结果提示,除GSE68465数据集中的PFS外,其余PRC1高表达组患者PFS和OS均差于低表达组（均P＜0.05）。单因素和多因素Cox分析表明,PRC1mRNA表达水平是影响LUAD患者OS和PFS的独立危险因素（均P＜0.05）。GSEA结果提示,PRC1高表达样本富集在有丝分裂纺锤体、G2M检查点、E2F信号通路、DNA修复等基因集中。结论LUAD中PRC1mRNA表达水平上调,PRC1高表达提示LUAD患者的预后差,可作为LUAD患者治疗的潜在靶点。     

基于TCGA数据库和GEO数据库分析SERPINE1在胃癌中的表达和预后影响

目的 分析SERPINE1在胃癌组织中的表达及其临床意义。方法 通过检索肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库,了解SERPINE1在33种癌症组织中的表达情况。通过检索癌症基因组图谱(TCGA)数据库,下载375例胃癌组织和32例癌旁组织的RNA-Sep数据和临床信息,通过检索基因综合表达(GEO)数据库GSE54129数据集下载了111例胃癌组织和21例癌旁组织的基因表达谱芯片,分别将TCGA和GSE54129数据集中的SERPINE1进行癌组织和癌旁组织的表达差异分析,COX分析TCGA数据集中临床基线资料和SERPINE1 mRNA表达水平对胃癌患者预后的影响。绘制Kaplan-Meier生存曲线和受试者工作特征曲线(ROC)分析SERPINE1 mRNA表达与预后的关系。通过基因富集分析(GSEA)挖掘并预测SERPINE1参与的通路。结果 TIMER数据库分析表明,SERPINE1在8种癌组织中明显高表达(P<0.05)。TCGA数据集、GSE54129数据集分析表明,在胃癌组织中SERPINE1表达高于癌旁组织(P<0.001)。多因素COX分析表明,病理Sta...