饲粮中性洗涤纤维水平对山羊瘤胃细菌结构及组成的影响

本研究旨在利用高通量测序技术研究饲粮中性洗涤纤维(NDF)水平对山羊瘤胃细菌结构及组成的影响。选用6只山羊进行3×3拉丁方试验,依据饲粮NDF水平分为低(35.01%,LN组)、中(40.10%,MN组)和高NDF水平组(45.16%,HN组),每组2只。分3期进行饲养试验,每期试验20 d,其中预试期14 d,正试期6 d。正试期结束后采集山羊瘤胃内容物,提取细菌总DNA后,用细菌通用引物对16S rRNA的V4区进行PCR扩增,扩增产物用Illumina Hi Seq250PE测序平台进行高通量测序,测序结果用QIIME 1.8.0等生物信息学软件进行分析。结果表明:1)HN组的瘤胃液氨态氮(NH3-N)浓度极显著低于LN组和MN组(P0.01);LN组瘤胃液乙酸/丙酸显著低于HN组(P0.05),但MN组与其他2组无显著差异(P0.05)。2)各组间Chao1指数和Shannon指数的差异均不显著(P0.05);LN组observed species指数显著高于其他2组(P0.05),其他2组间则无显著差异(P0.05)。3)在门水平上,3组间所有细菌的相对丰度差异均不显著(P0.05);在属水平上,HN组普雷沃氏菌科UCG-001(Prevotellaceae UCG-001)、普雷沃氏菌科UCG-003(Prevotellaceae UCG-003)和瘤胃球菌科UCG-014(Ruminococcaceae UCG-014)的相对丰度显著高于其他2组(P0.05);HN组瘤胃球菌科NK4A214(Ruminococcaceae NK4A 214 group)、瘤胃球菌科UCG-005(Ruminococcaceae UCG-005)的相对丰度显著高于LN组(P0.05);HN组SP3-e08和Lachnoclostridium 10的相对丰度显著低于其他2组(P0.05);LN组解琥珀酸菌属(Succiniclasticum)相对丰度显著高于其他2组(P0.05);MN组赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus)、芽孢杆菌属(Bacillus)和叶杆菌属(Phyllobacterium)的相对丰度显著高于其他2组(P0.05),食物谷菌属(Victivallis)的相对丰度极显著高于其他2组(P0.01)。综合得出,饲粮NDF水平在35.01%~45.16%变化时,显著影响山羊瘤胃液NH3-N浓度和乙酸/丙酸,显著影响瘤胃Prevotellaceae UCG-001、Prevotellaceae UCG-003等多种菌属的相对丰度。     

饲粮中全棉籽比例对育肥荷斯坦公牛瘤胃发酵与微生物区系、甲烷排放及肝脏碳代谢相关基因表达的影响

本试验旨在研究饲粮中全棉籽比例对育肥荷斯坦公牛瘤胃发酵与微生物区系、甲烷排放及肝脏碳代谢相关基因表达的影响。选取44头体重相近、健康的育肥荷斯坦公牛,随机分为4组,每组11头,各组平均体重差异不显著(P>0.05)。Ⅰ(对照)、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ组公牛分别饲喂含有0、5%、10%和15%全棉籽的饲粮。各组饲粮能量和粗蛋白质水平基本相同。试验期为90d。结果表明:1)在瘤胃发酵参数中,与Ⅰ组相比,Ⅳ组的氨态氮、微生物蛋白浓度以及乙酸和丙酸比例分别提高了31.34%、40.00%、2.26%和15.20%(P<0.05),丁酸比例降低了4.46%(P<0.05),乙酸/丙酸和pH无显著变化(P>0.05)。2)从瘤胃细菌属水平的相对丰度分析,Ⅳ组中普雷沃氏菌属-1、密螺旋体属-2的相对丰度极显著高于Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ组(P<0.01);Ⅳ组的琥珀酸弧菌科UCG-002的相对丰度显著高于Ⅰ组(P<0.05);理研菌科RC9肠道群、普雷沃氏菌科UCG003、瘤胃杆菌属、疣微菌科NK4A214群、纤维杆菌属、未识别的叶绿体和拟杆菌属的相对丰度各组间的差异均不显著(P>0.05)。3)从瘤胃产甲烷古菌属水平的相对丰度分析,Ⅳ组甲烷短杆菌属、甲烷丝状菌属的相对丰度均为4组中最低,并显著低于Ⅰ组(P<0.05);Ⅲ组Absconditabacteria_unidentified_SR1的相对丰度最高,显著高于Ⅰ组(P<0.05);甲烷球形菌属、甲烷微球菌属、甲烷螺菌属的相对丰度各组间均未表现出显著差异(P>0.05)。4)饲粮中添加不同比例的全棉籽均降低了育肥荷斯坦公牛的甲烷排放量,其中Ⅳ组的甲烷排放量比Ⅰ组降低了22.68%(P<0.05)。5)相关分析发现,育肥荷斯坦公牛的平均日增重与甲烷排放量呈显著负相关(P<0.05),甲烷短杆菌、甲烷丝状菌和琥珀酸弧菌科菌群的相对丰度与甲烷排放量呈显著或极显著正相关(P<0.05或P<0.01)。6)饲粮中添加15%的全棉籽后,育肥荷斯坦公牛肝脏中甲基丙二酸单酰辅酶A变位酶(MUT)、磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶(PEPCK)和葡萄糖-6-磷酸酶(G6P)的mRNA表达量均呈上调趋势,其中MUT的mRNA表达量极显著高于Ⅰ组(P<0.01),PEPCK的mRNA表达量显著高于Ⅰ组(P<0.05)。综上所述,在本试验条件下,饲粮中添加15%的全棉籽可有效调控荷斯坦公牛瘤胃发酵及微生物区系,显著降低甲烷排放量以及上调肝脏中碳代谢相关基因的表达。     

不同日粮模式对赤大袋鼠粪样微生物菌群的影响

通过饲喂赤大袋鼠不同模式日粮,运用Mi Seq高通量测序技术研究赤大袋鼠粪样菌群组成及多样性的变化。选取圈养条件下的12只年龄相近、健康状态、营养状况良好的成年赤大袋鼠,随机分成3个处理组,分别饲喂低多汁料低精料(A组)、中等多汁料精料(B组)和高多汁料高精料(C组),各处理组分别收集粪便用于Mi Seq高通量测序。结果显示:各处理组粪样细菌OTU数量相近;各组粪样中所含细菌的种类未出现明显变化(P0.05);在门水平上,各组粪样菌群中优势菌群厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)的相对丰度变化不大,所呈现的变化趋势不显著(P0.05)。在属水平上,未分类瘤胃球菌科(uncultured Ruminococcaceae)和未分类普雷沃氏菌科(uncultured Prevotellaceae),分别为第一和第二位优势菌属,其中处理组二的uncultured Ruminococcaceae显著高于其他2组(P0.05),而uncultured Prevotellaceae显著低于其他2组(P0.05)。结果表明,不同日粮模式对赤大袋鼠粪样菌群不会产生明显影响。与其他哺乳类的食草动物一样,赤大袋鼠粪样中有非常丰富的微生物,厚壁菌门和拟杆菌门为优势菌门。     

围产期奶牛瘤胃发酵参数及细菌菌群的变化研究

本实验旨在研究围产期奶牛瘤胃微生物区系的反应。选择年龄、胎次、体况和预产期相近的干奶牛30头,产前21 d设为围产前期组,产后21 d设为围产后期组。选择14头奶牛分别在产前7 d和产后14 d采集瘤胃液,测定瘤胃发酵参数和微生物细菌菌群。结果表明：1)与围产前期相比,围产后期奶牛瘤胃液的pH和乙酸/丙酸降低(P<0.01),乙酸、丙酸、丁酸及总挥发性脂肪酸(TVFA)浓度均提高(P<0.01);2)门水平上,围产后期奶牛瘤胃液拟杆菌门、变形菌门、蓝藻门和放线菌门相对丰度高于围产前期(P<0.01或P<0.05),厚壁菌门、纤维杆菌门、Kiritimatiellaeota和软壁菌门相对丰度低于围产前期(P<0.01或P<0.05);属水平上,围产后期奶牛瘤胃液普雷沃氏菌属＿7、毛螺旋菌科NK3A20群、琥珀酸弧菌科UCG-001和Shuttleworthia相对丰度高于围产前期(P<0.01),瘤胃球菌科＿NK4A214群属、克里斯滕森菌R-7群属、理研菌科RC9肠道群属、产乙酸糖发酵菌、普雷沃氏菌科UCG-003属和丁酸弧菌属＿2相对丰度均低...     

饲粮中添加酵母培养物对舍饲牦牛瘤胃发酵参数及微生物区系的影响

本试验旨在研究饲粮中添加酵母培养物(YC)对舍饲牦牛瘤胃发酵参数及微生物区系的影响。试验选取4岁、初始体重为(180.31±29.73)kg的健康麦洼公牦牛36头,随机分为4组,每组9个重复,每个重复1头牦牛,分别饲喂YC添加水平为0(Ⅰ组)、0.5%(Ⅱ组)、1.0%(Ⅲ组)和1.5%(Ⅳ组)的全混合日粮。预试期10 d,正试期80 d。结果表明:1)随着饲粮YC添加水平的升高,瘤胃微生物蛋白(MCP)含量显著升高(P<0.05),pH有呈线性降低的趋势(P=0.058),氨态氮(NH3-N)含量有呈二次曲线变化的趋势(P=0.055),乙酸比例及乙酸/丙酸呈显著线性降低(P<0.05),丙酸和丁酸比例呈显著线性增加(P<0.05),总挥发性脂肪酸(TVFA)含量无显著变化(P>0.05)。2)舍饲牦牛瘤胃微生物多样性指数除Chao指数外,其余各指数组间无显著差异(P>0.05)。3)门水平上,4组的优势菌门均为拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门。随着饲粮YC添加水平的升高,疣微菌门的相对丰度呈显著线性升高(P<0.05),Saccharibacteria的相对丰度呈显著线性降低(P<0.05),互养菌门的相对丰度呈显著二次曲线变化(P<0.05),变形菌门和纤维杆菌门的相对丰度有呈二次曲线变化的趋势(P=0.065,P=0.064)。属水平上,普雷沃菌属、拟杆菌目BS11和理研菌科RC9为优势菌属,随着饲粮YC添加水平的升高,克里斯滕森菌科R7的相对丰度呈显著线性降低(P<0.05),与pH和NH3-N含量呈显著正相关(r>0.500,P<0.05),奎因氏菌属的相对丰度呈显著线性降低(P<0.05),与TVFA含量呈显著正相关(r=0.460,P<0.05),瘤胃球菌科UCG-001和瘤胃球菌科UCG-014的相对丰度呈显著线性降低(P<0.05),与pH呈显著正相关(r>0.500,P<0.05),瘤胃球菌科UCG-011和瘤胃球菌属2的相对丰度呈显著二次曲线变化(P<0.05)。综上所述,在舍饲牦牛饲粮中添加YC显著影响了瘤胃中微生物的丰富度,影响门和属水平微生物的组成,进而对瘤胃发酵参数产生影响。     

健康中国荷斯坦奶牛不同发育阶段瘤胃的菌群多样性研究

为了分析不同发育阶段健康中国荷斯坦奶牛瘤胃菌群结构多样性,试验采用16S r DNA高通量测序技术对抽提的4个阶段健康奶牛瘤胃内容物的细菌基因组总DNA进行OTUs聚类、超1(Chao1)指数、香浓(Shannon)指数及OTUs交叠分析。结果表明:哺乳犊牛瘤胃中主要以普氏菌属-7(46.0%)、毛罗菌科NK3A20(8.9%)、罗氏菌属(4.9%)为主;断奶犊牛瘤胃中主要以普氏菌属-7(31.0%)、毛罗菌科NK3A20(16.0%)、理研菌科RC9-gut-group(2.3%)为主;青成牛瘤胃内的普氏菌属-1(8.5%)、丹毒丝菌科UCG-004(7.5%)、反刍杆菌属(6.4%)、琥珀酸弧菌科UCG-002(5.4%)、普氏菌科UCG-003(4.9%)、理研菌科RC9-gut-group(4.6%)的相对丰度较高;成年牛瘤胃内的普氏菌属-1(38.0%)、琥珀酸弧菌科UCG-0019(4.5%)、理研菌科RC9-gut-group(2.3%)、普氏菌科UCG-003(2.2%)、琥珀酸弧菌科UCG-002(2.1%)、普氏菌属-7(1.5%)相对丰度较高。说明4个阶段中国荷斯坦奶牛瘤胃菌群结构存在明显差异,其中哺乳犊牛与断奶犊牛瘤胃菌群属丰度低、结构简单,青成牛与成年牛瘤胃菌群丰度高、结构复杂。     

海带粉对饲喂高精料饲粮奶牛瘤胃发酵参数和菌群结构的影响

本试验旨在探究海带粉作为饲料原料对饲喂高精料饲粮奶牛瘤胃发酵参数及菌群结构的影响。试验选用体重为(605±36)kg的健康泌乳中后期荷斯坦奶牛15头,随机分为3组,每组5头。采用随机试验设计,3组奶牛分别饲喂45%低精料饲粮、55%高精料饲粮和55%高精料+5%海带粉饲粮。试验期为35d,于试验末对晨饲前奶牛经口腔采集瘤胃液,测定其pH,氨态氮、微生物蛋白、挥发性脂肪酸浓度和菌群结构。结果显示:1)相比55%高精料饲粮,在55%高精料饲粮中添加5%海带粉后,瘤胃中pH显著升高(P<0.05),氨态氮和微生物蛋白的浓度显著降低(P<0.05),总挥发性脂肪酸的浓度以及挥发性脂肪酸中丁酸、异丁酸和异戊酸的比例显著增加(P<0.05)。2)在55%高精料饲粮中添加5%海带粉降低了样本独有的操作分类单元(OUT)数量,但对瘤胃细菌α多样性的影响不显著(P>0.05)。在门水平上,与44%低精料饲粮相比,55%高精料饲粮显著增加了瘤胃中放线菌门的相对丰度(P<0.05),显著降低了瘤胃中SR1_Absconditabacteria的相对丰度(P<0.05);而在55%高精料饲粮中添加5%海带粉后,瘤胃中拟杆菌门的相对丰度显著降低(P<0.05),瘤胃中厚壁菌门的相对丰度显著增加(P<0.05),同时进一步显著增加了瘤胃中放线菌门的相对丰度(P<0.05)。在属水平上,相对于45%低精料饲粮,55%高精料饲粮显著增加了瘤胃中瘤胃球菌属2(Ruminococcus_2)和毛螺菌科NK3A20类群(Lachnospiraceae_NK3A20_group)的相对丰度(P<0.05),显著降低了瘤胃中普雷沃氏菌属1(Prevotella_1)和普雷沃氏菌科UCG-003(Prevotellaceae_UCG-003)的相对丰度(P<0.05);在55%高精料饲粮中添加5%海带粉后,进一步显著降低了瘤胃中Prevotella_1的相对丰度(P<0.05),并显著增加了瘤胃中Ruminococcus_2的相对丰度(P<0.05)。综上可见,在55%高精料饲粮中添加5%的海带粉可以改善饲喂高精料饲粮奶牛的瘤胃发酵环境,调整瘤胃菌群结构,对瘤胃细菌多样性的影响较小。     

不同氮利用率山羊瘤胃细菌结构与组成的差异

本试验旨在研究不同氮利用率山羊瘤胃细菌结构与组成的差异。以30只山羊作为试验动物,通过代谢试验,筛选出高氮利用率组(HNU组)和低氮利用率组(LNU组)的山羊个体。屠宰采集HNU组、LNU组每只山羊瘤胃内容物,用高通量测序技术分析比较组间瘤胃细菌结构与组成的差异性,并用实时荧光定量PCR技术对7种蛋白质分解菌进行定量分析和比较。结果表明:1)30只山羊对饲料氮利用率存在明显的个体差异,HNU组和LNU组的平均氮利用率分别为(56.68±5.54)%和(34.25±4.21)%,组间差异极显著(P<0.01)。2)HNU组和LNU组瘤胃微生物的结构在属水平上有明显差异,HNU组普雷沃氏菌属1(Prevotella 1)、解琥珀酸菌属(Succiniclasticum)、p-1088-a5gutgroup的相对丰度显著低于LNU组(P<0.05),毛螺菌科XPB1014肠道群(Lachnospiraceae XPB1014group)、瘤胃球菌属1(Ruminococcus 1)、瘤胃球菌科UCG004(RuminococcaceaeUCG004)、瘤胃杆菌属(Ruminobacter)、FamilyⅩⅢUCG002、厌氧支原体属(Anaeroplasma)的相对丰度显著高于LNU组(P<0.05)。3)相关分析显示宿主氮利用率与Ruminococcus 1、Ruminobacter、Anaeroplasma的相对丰度呈显著正相关(P<0.05)。4)HNU组中溶纤维丁酸弧菌(Butyrivibriofibrisolvens)、产琥珀酸丝状杆菌属(Fibrobacter succinogens)和瘤胃球菌属sp.HUN007(Ruminococcussp.HUN007)数量显著高于LNU组(P<0.05),而栖息瘤胃普雷沃氏菌(Prevotella ruminicola)、牛链球菌(Streptococcus bovis)、溶糊精琥珀酸弧菌(Succinivibrio dextrinisolvens)和黄色瘤胃球菌(Ruminococcus flavefaciens)数量在2组间没有显著差异(P>0.05)。综上所述,不同氮利用率山羊瘤胃细菌的结构与组成存在显著差异。     

不同比例发酵饲料桑替代基础饲粮对肉牛瘤胃发酵、瘤胃细菌与真菌菌群结构的影响

本研究旨在探究不同比例发酵饲料桑替代基础饲粮对肉牛瘤胃发酵、瘤胃细菌与真菌菌群结构的影响。选取体重为（287.45±22.63） kg、日龄相近的西门塔尔杂交公牛30头,随机分为3组,分别为对照组、NT1和NT2组,每组10个重复。对照组给予基础饲粮,NT1和NT2组分别以10%和20%发酵饲料桑等量替代基础饲粮。试验预试期14 d,正试期116 d。结果表明：1）与对照组相比,NT1组和NT2组瘤胃液戊酸的含量显著提高（P<0.05）。2）与对照组相比,在门水平上,NT2组厚壁菌门与拟杆菌门比值（F/B）显著增加（P<0.05）;在属水平上,NT2组普氏菌属（Prevotella）细菌相对丰度显著降低（P<0.05）,未分类颤螺旋菌科（unclassified＿Oscillospiraceae）和毛螺旋菌科UCG-008(Lachnospiraceae＿UCG-008)细菌相对丰度显著提高（P <0.05）。此外,与对照组相比,NT2组中瘤胃细菌富集于环境信息处理途径、信号转导途径、双组分系统和耐药性：抗菌途径的相对丰度显著上升（P<0.05）,而富集于...     

发酵甘蔗渣对肉牛生长性能、养分表观消化率、瘤胃发酵特性和瘤胃菌群的影响

本试验旨在研究用发酵甘蔗渣替代甘蔗渣对肉牛生长性能、养分表观消化率、瘤胃发酵特性和瘤胃菌群的影响。选用14头体况良好、体重[（363.84±9.11） kg]相近的西门塔尔杂交公牛,随机分成2组,每组7个重复,每个重复1头牛。对照组（CON组）饲喂含20%甘蔗渣的基础饲粮,发酵甘蔗渣组（FSB组）饲喂用20%发酵甘蔗渣替代甘蔗渣的饲粮。试验期为87 d,其中预试期7 d,正试期80 d。结果表明：2组肉牛的终末体重和干物质采食量均无显著差异（P>0.05）,但FSB组肉牛平均日增重显著高于CON组（P<0.05）,料重比显著低于CON组（P<0.05）。FSB组肉牛干物质、有机物、粗蛋白质和中性洗涤纤维的表观消化率均显著高于CON组（P<0.05）。FSB组肉牛瘤胃液中氨态氮、菌体蛋白、丙酸、异丁酸、丁酸和总挥发性脂肪酸含量均显著高于CON组（P<0.05）。FSB组菌群中理研菌科＿RC9＿肠道群（Rikenellaceae＿RC9＿gut＿group）和普雷沃氏菌科＿UCG-003(Prevotellaceae＿UCG-003)相对丰度显著低于CON组（...     

基于内转录间隔区测序分析不同饲养方式对滩羊羔羊瘤胃真菌组成及多样性的影响

为了研究放牧和舍饲2种不同的饲养方式对滩羊羔羊瘤胃真菌菌群的影响,本试验采用随机区组设计,选择体重接近、健康的刚出生放牧滩羊与舍饲滩羊羔羊各12只,放牧组羔羊随放牧哺乳母羊饲养,舍饲组随舍饲哺乳母羊饲养,2月龄时屠宰取瘤胃液,通过内转录间隔区(ITS)rDNA测序技术分析其真菌多样性及结构变化。结果表明:放牧组滩羊瘤胃中真菌多样性极显著高于舍饲组(P<0.01)。舍饲组与放牧组滩羊瘤胃真菌菌群共鉴定出6个门,其中舍饲组6个门,放牧组5个门。放牧组滩羊瘤胃中的新丽鞭毛菌门(Neocallimastigomycota)的相对丰度极显著高于舍饲组(P<0.01);舍饲组的子囊菌门(Ascomycota)的相对丰度极显著高于放牧组(P<0.01)。放牧组滩羊瘤胃液中优势菌门为子囊菌门和新丽鞭毛菌门,舍饲组优势菌门为子囊菌门。舍饲组与放牧组滩羊瘤胃真菌菌群共鉴定出69个属,其中放牧组55个属,舍饲组56个属。舍饲组的Kazachstania、赤霉菌属(Gibberella)、酵母属(Saccharomyces)的相对丰度均极显著高于放牧组(P<0.01),香蘑属(Lepista)的相对丰度显著高于放牧组(P<0.05)。而放牧组梨囊鞭菌属(Piromyces)、盲肠鞭菌属(Caecomyces)、新丽鞭菌属(Neocallimastix)、未分类新丽鞭菌科(Neocallimastigaceae_NA)、Chalastospora等的相对丰度均极显著高于舍饲组(P<0.01);放牧组未分类毕赤酵母科(Pichiaceae_NA)的相对丰度显著高于舍饲组(P<0.05)。放牧组优势菌属为Kazachstania和梨囊鞭菌属,舍饲组优势菌属为Kazachstania。综上所述,饲养方式对2月龄滩羊瘤胃真菌菌群结构的构建有显著影响。     

牛至精油和莫能菌素对荷斯坦犊牛瘤胃发酵参数和菌群结构的影响

本试验旨在研究牛至精油和莫能菌素对荷斯坦犊牛瘤胃发酵参数和菌群结构的影响。试验选用了80头新生荷斯坦犊牛,体重(41.31±2.23)kg,随机分为4组,每组20头。牛至精油组开食料中添加4.0 g/kg牛至精油,莫能菌素组开食料中添加3.6 g/kg莫能菌素,混合组开食料中添加4.0 g/kg牛至精油+3.6 g/kg莫能菌素,对照组开食料中不添加任何饲料添加剂。饲喂70 d后,从每组中选取体重相近的试验牛3头,采集12头犊牛的瘤胃液,检测瘤胃发酵参数,并运用高通量测序方法测定瘤胃菌群结构及多样性。结果表明:1)莫能菌素组和混合组的瘤胃液氨态氮含量显著低于对照组(P<0.05);莫能菌素组的瘤胃液丙酸比例显著高于对照组(P<0.05)。2)门水平上,牛至精油组、莫能菌素组、混合组的瘤胃液中变形菌门的相对丰度极显著低于对照组(P<0.01);莫能菌素组的瘤胃液中拟杆菌门的相对丰度有高于对照组的趋势(0.05≤P<0.10)。3)属水平上,牛至精油组、莫能菌素组和混合组的瘤胃液中普雷沃氏菌属的相对丰度有高于对照组的趋势(0.05≤P<0.10);牛至精油组的瘤胃液中丁酸弧菌属的相对丰度有低于对照组的趋势(0.05≤P<0.10);莫能菌素组的瘤胃液中奥尔森菌属的相对丰度显著低于对照组(P<0.05),瘤胃球菌属和丁酸弧菌属的相对丰度均有低于对照组的趋势(0.05≤P<0.10);混合组的瘤胃液中梭菌属的相对丰度有低于对照组的趋势(0.05≤P<0.10)。综上所述,饲粮中添加牛至精油可以调节瘤胃微生物的菌群结构,提高犊牛瘤胃中蛋白质降解菌的相对丰度,降低产丁酸菌属的相对丰度,同时可能避免或者缓冲莫能菌素对有益菌群的破坏。     

饲粮纤维水平对金华猪生长性能、盲肠菌群结构和短链脂肪酸含量的影响

本试验旨在研究不同饲粮纤维水平对金华猪生长性能、盲肠菌群结构和短链脂肪酸(SCFA)含量的影响。试验选取45头平均体重为54.27 kg的健康金华猪,随机分为低纤维组(LF组)、中纤维组(MF组)和高纤维组(HF组),每组5个重复,每个重复3头猪。LF组饲喂基础饲粮,MF组和HF组分别在基础饲粮中添加7.5%和15.0%苜蓿粉;LF组、MF组和HF组饲粮中的纤维水平分别为3.86%、4.55%和5.92%。试验期60 d。试验结束后,每个重复选取1头接近平均体重的猪进行屠宰,取盲肠内容物用于提取微生物基因组DNA,采用实时荧光定量PCR对特定的微生物类群进行定量分析,同时采用高通量测序分析菌群结构,并测定SCFA含量。结果表明:1)金华猪体重随着饲粮纤维水平的升高呈现上升的趋势(P0.05),平均日增重显著升高(P0.05)。2)金华猪盲肠中的优势菌门是厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、软壁菌门(Tenericutes)和变形菌门(Proteobacteria),占90%以上,其中拟杆菌门相对丰度随饲粮纤维水平升高而显著升高(P0.05)。3)在属水平上,优势菌属分别是拟杆菌目S24-7菌属(Bacteroidales S24-7 group norank)、拟普雷沃氏菌属(Alloprevotella)、普雷沃氏菌科UCG-003菌属(Prevotellaceae UCG-003)、毛螺菌科XPB1014菌属(Lachnospiraceae XPB1014group)和瘤胃球菌科UCG-005菌属(Ruminococcaceae UCG-005)等。其中,拟杆菌目S24-7菌属和拟普雷沃氏菌属的相对丰度随着饲粮纤维水平的升高而升高(P0.05)。4)与LF组相比,HF组金华猪盲肠中乳酸杆菌、梭菌群Ⅰ以及丁酰辅酶A乙酸辅酶A转移酶基因丰度显著升高(P0.05),丁酸和总SCFA含量也显著升高(P0.05)。由此可见,适当提高饲粮纤维水平可提高金华猪盲肠中拟杆菌目S24-7菌属、拟普雷沃氏菌属相对丰度以及菌群发酵产丁酸关键酶丁酰辅酶A乙酸辅酶A转移酶基因丰度,从而提高盲肠中丁酸及总SCFA的含量,最终改善金华猪的平均日增重。     

基于16S rDNA测序分析柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响

为探究柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响,采集对照组和球虫感染组雏鸡盲肠内容物,提取DNA,16S rDNA测序分析鸡盲肠菌群丰度、多样性的变化,采用粪菌移植验证正常鸡肠道菌群对柔嫩艾美耳球虫感染的保护作用。16S rDNA测序结果显示,柔嫩艾美耳球虫感染后盲肠内菌群丰度、多样性显著降低。在门水平上,感染前,两组雏鸡盲肠的优势菌门均为厚壁菌、变形菌、放线菌;感染后厚壁菌门丰度下降,变形菌门、放线菌门的丰度上升,差异显著(P<0.05),感染组出现了拟杆菌门。在属水平上,与对照组相比,感染组鸡盲肠微生物菌群中乳杆菌属、埃希菌-志贺菌属、拟杆菌属、罗姆布茨菌属、棒状杆菌属、肠球菌属、变形杆菌属丰度增加但差异不显著(P>0.05),毛螺菌科未定属、瘤胃球菌属、梭菌UCG-014、瘤胃球菌科未定属丰度显著下降(P<0.05),GCA-900066575丰度降低但差异不显著(P>0.05)。粪菌移植结果显示,与生理盐水移植组相比,盲肠内容物移植组和粪便菌移植组能显著减轻柔嫩艾美耳球虫感染后鸡增重降低的影响,减轻盲肠损伤,卵囊产量显著下降(P<0.05)。盲肠内容物...     

饲粮氮硫比对藏羔羊瘤胃发育及微生物菌群结构和功能的影响

本试验旨在研究饲粮氮硫比对藏羔羊瘤胃发育及瘤胃微生物菌群结构和功能的影响。选取初始条件相似的60日龄断奶藏羊羔羊150只,随机分为5组,每组30只。各组饲粮的氮硫比分别为10.5∶1.0(A组)、9.0∶1.0(B组)、7.5∶1.0(C组)、6.0∶1.0(D组)、4.5∶1.0(E组)。预试期5 d,正试期120 d。试验结束时,每组随机屠宰6只,采集瘤胃组织和瘤胃内容物,分析饲粮氮硫比对瘤胃组织形态和瘤胃液挥发性脂肪酸(VFA)含量以及瘤胃细菌群落结构及其功能的影响。结果显示:1)B组瘤胃乳头长度、黏膜下层厚度以及肌层厚度显著高于其他4组(P 0.05),B、C、D组瘤胃乳头宽度显著高于A、E组(P0.05),B、E组瘤胃乳头密度显著高于其他3组(P0.05),C组瘤胃角化层厚度显著高于其他4组(P0.05)。2)B组瘤胃液总挥发性脂肪酸(TVFA)、乙酸、丙酸、丁酸、异丁酸含量显著高于其他4组(P0.05)。3) B、C组Shannon指数显著高于A组(P0.05),A组Simpson指数显著高于其他4组(P0.05),B组Chao1指数和ACE指数显著高于其他4组(P0.05)。4)各组的优势菌门均为为厚壁菌门(Firmicutes),A组厚壁菌门相对丰度显著高于C组(P0.05)。各组的优势菌科均为毛螺菌科(Lachnospiraceae)、克里斯滕森氏菌科(Christensenellacea)、韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)、瘤胃球菌科(Ruminococcaceae),D组毛螺菌科相对丰度显著高于A、B、E组(P0.05),A组韦荣氏球菌科相对丰度显著高于C、D组(P0.05)。5)功能预测分析结果显示,瘤胃内菌群功能主要集中在碳水化合物代谢和氨基酸代谢。综上所述,饲粮氮硫比为9.0∶1.0时瘤胃组织形态发育较好,瘤胃液中VFA含量较高,瘤胃微生物的相对丰度及多样性较高。因此,饲粮氮硫比为9.0∶1.0更能经济有效地促进瘤胃发育和改善羔羊瘤胃微生物区系结构。     

不同年龄奶水牛瘤胃菌群多样性研究北大核心CSCD

本研究旨在利用16S rRNA高通量测序技术分析不同年龄奶水牛瘤胃菌群多样性,探究其随年龄增长变化的规律。选择4个年龄组,即Y组(12月龄,胎次=0)、M组(3~5岁,胎次=1)、E组(6~8岁,胎次=2)和O组(9岁及以上,胎次≥3),各组奶水牛分别为9、7、4和5头,采集瘤胃液并提取总DNA,经PCR扩增后对16S rDNA的V3~V4区进行高通量测序。结果表明:alpha多样性分析结果发现,随着年龄增长,奶水牛瘤胃菌群数量呈现显著下降的趋势(P=0.07),菌属相对丰度显著减少(P<0.05);beta多样性分析发现,不同年龄奶水牛的瘤胃菌群结构存在明显的不同,并随年龄增加个体间的瘤胃菌群结构差异逐渐增大。门水平下,本试验所有年龄奶水牛瘤胃的优势菌群为拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria);属水平下,普雷沃氏菌属_1(Prevotella_1)相对丰度在4个年龄组均最高,优势菌属和次级优势菌属的相对丰度随奶水牛年龄的增长呈现相互聚拢的趋势。不同年龄奶水牛瘤胃中存在着差异显著的特征性菌属,12月龄奶水牛瘤胃中以乳酸菌属(Lactobacillus)和糖酵菌属(Saccharofermentans)为主,其相对丰度随着年龄增长而显著减少(P<0.05);3~5岁奶水牛瘤胃中则以未分类梭菌目菌属(unclassified_o_Clostridiales)和未排位双歧杆菌科菌属(norank_f_Bifidobacteriaceae)为主,相对丰度显著高于12月龄和9岁及以上年龄(P<0.05);9岁及以上年龄奶水牛瘤胃中的未分类普雷沃氏菌科菌属(unclassified_f_Prevotellaceae)和候选单胞生糖菌属(Candidatus_Saccharimonas)相对丰度高于12月龄和3~5岁。共性网络物种关联分析结果显示,奶水牛瘤胃菌群间的相关性和紧密性随着年龄增加而逐渐下降。综上所述,随着奶水牛年龄增长,其瘤胃菌群数量和相对丰度显著减少,优势菌群和亚优势菌群呈现一定的年龄特征变化;奶水牛瘤胃存在着一些年龄特征菌属,其菌群结构紧密性随年龄增加而减弱,表明宿主年龄增长可影响瘤胃菌群结构和功能的稳定。     

四川白鹅不同肠段菌群多样性比较研究

试验利用Illimina MiSeq高通量测序对70日龄四川白鹅十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物进行微生物多样性分析。结果显示:①4个肠段微生物群落的α多样性(菌群丰度上)存在显著差异(P0.05);②4个肠段的菌群结构在6个菌门和13个菌属的相对丰度存在显著差异(P0.05);③盲肠微生物在7个菌属(脱硫弧菌属、拟杆菌属、拟杆菌属、相炭疽杆菌属、瘤胃球菌属、韦荣球菌属和Butycricimonas菌属)的相对丰度都显著高于其他3个肠段(P0.05),但是空肠的链球菌属和回肠的SMB53菌属的相对丰度均显著高于其他3个肠段(P0.05)。结果提示:鹅不同肠段的菌群组成存在显著差异,回肠和空肠微生物都参与粗纤维的消化,盲肠消化粗纤维的能力要强于其他3个肠段。     

高、低剩余采食量滩羊瘤胃微生物的差异

剩余采食量(RFI)通过实际采食量与预期采食量之差来评估饲料效率。瘤胃微生物相对丰度和活性决定着反刍动物的饲料效率。本研究选取345只6月龄左右体重相近的滩羊,采用多元回归模型计算每只羊的RFI,按数值极值大小分为极高组和极低组,分别采集其瘤胃液,利用测序技术对滩羊瘤胃液样本中细菌16S rRNA基因扩增子进行测序,分析其瘤胃微生物菌群。结果表明,极高和极低组公母羊瘤胃微生物多样性和丰富度均无显著变化(P>0.05),PCoA主坐标分析未发现瘤胃内微生物群落明显分离。极高组中,公羊的拟杆菌门和变形菌门丰度显著高于母羊,母羊的放线菌门丰度显著高于公羊(P <0.05)。极高组中,母羊的Olsenella菌属丰度显著高于公羊,公羊的Prevotella菌属和Erysipelotrichaceae＿UCG-002丰度显著高于母羊(P <0.05)。极低组中,公羊的Selenomonas菌属丰度显著高于母羊(P <0.05)。公羊不同RFI表型中,低RFI组的广古菌门中的Methanobrevibacter菌属丰度显著高于高RFI组,高RFI组的变形菌门丰度显著高于低R...     

日粮中添加茉莉花渣对山羊营养物质表观消化率、瘤胃发酵及瘤胃菌群的影响

试验旨在探究日粮中添加茉莉花渣对山羊营养物质表观消化率、瘤胃发酵及瘤胃菌群的影响。选择健康无病、体重相近、4月龄的去势努比亚公羊24只，随机分为2组，每组12个重复，每个重复1只羊，对照组羊饲喂基础日粮，试验组在基础日粮中添加100 g/kg茉莉花渣，制成全价颗粒饲料。预试期7 d，正式试验期45 d。结果显示，与对照组相比，试验组山羊的粗蛋白表观消化率极显著降低（P<0.01），酸性洗涤纤维的表观消化率极显著提高（P<0.01）。微生物测序结果表明，对照组和试验组在门水平上的优势菌门均为厚壁菌门和拟杆菌门；试验组解琥珀酸菌属、普雷沃氏菌属＿UCG＿001和克里斯藤森菌科＿R＿7群相对丰度显著高于对照组（P<0.05），而未分类的拟杆菌科相对丰度显著低于对照组（P<0.05）。研究表明，日粮中添加茉莉花渣提高了纤维降解菌的相对丰度，改善了山羊对纤维物质的消化。     

基于16S rRNA探究应激条件下娟姗牛肠道菌群结构的调控机制

为了探究娟姗牛应激条件下肠道菌群结构的调控机制,本研究选择非应激期（JR1）和应激期（JR2）各6头牛作为实验组进行测定,2组间肠道微生物多样性采用微生物16S r RNA基因测序技术对差异微生物功能进行初步预测。结果显示：Alpha多样性对2组样品6种指数检测结果均明显降低（P>0.05）,说明夏季高温高湿的环境对肠道微生物的丰富度无明显影响,但可降低其物种多样性。厚壁菌门和拟杆菌门为门水平上的2个优势菌门,属水平上有瘤胃球菌属UCG-005、理研菌科-RC9菌属和瘤胃球菌属UCG-010为3个优势菌属。组间差异性分析得出,在属水平上JR2组粪便微生物中的Christensenellaceae R-7 group、Lachnospiraceae AC2044 group、Ruminococcus 2、普雷沃氏菌属Prevotellaceae UCG-004的丰度高于JR1组（P<0.05）。代谢通路富集预测分析显示,主要参与氨基酸代谢、碳水化合物代谢、消化系统、内分泌系统、环境改变、能量代谢、代谢疾病、免疫系统等。采用STAMP差异分析比较2组样品之间功能的丰度,JR2组...