基于网络药理学和分子对接技术研究槲皮素治疗宫腔黏连的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接技术研究槲皮素治疗宫腔黏连的潜在作用机制。方法 在TCMSP数据库查找槲皮素的作用靶点,通过GeneCards、OMIM、DrugBank和PharmGKB数据库,获取宫腔黏连的相关靶基因。取两者交集靶点,利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,并根据拓扑参数分析得到核心靶点。利用Metascape平台及微生信平台对核心靶点进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最后利用分子对接技术验证槲皮素与核心靶点之间的结合能力。结果 槲皮素与宫腔黏连的共同靶点有105个,其中核心靶点为低氧诱导因子-1α（HIF-1α）、蛋白激酶B1（Akt1）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、转录因子AP-1（JUN）等。槲皮素治疗宫腔黏连所涉及的主要生物学过程为对细菌源性反应、对脂多糖的反应、氧化应激及活性氧代谢过程等,关键通路为磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/Akt信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素-17（IL-17）信号通路等。分子对接结果显示槲皮素与HIF-1α分子对接效果最好。结论 槲皮素通过作用于HIF-1α、Akt1、MAPK1等关键靶点,参与PI3K/Akt、TNF、IL-17等信号通路的调控,抑制炎症反应及氧化应激,从而发挥治疗宫腔黏连的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨益气活血方抗脑缺血机制研究

脑缺血(cerebral ischemia,CI)具有高发病率、高致畸率,是全球第二大致死疾病.中药(traditional Chinese medicine,TCM)益气活血方(YQHX)在临床治疗CI发挥一定疗效,但其机制尚不清楚.本文基于网络药理学和分子对接探讨其作用机制.通过TCMSP和CNKI数据库获取益气活...     

基于网络药理学和分子对接技术探究白藜芦醇治疗前列腺癌的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究白藜芦醇治疗前列腺癌的潜在作用机制。方法 通过TCMSP、HERB、Drugbank等9个药物靶点数据库检索并收集白藜芦醇的作用靶点;利用DisGeNET、GeneCards、OMIM等6个疾病靶点数据库获得前列腺癌的相应靶点;利用Venny 2.1.0平台获得药物和疾病的交集靶点,然后利用String数据库和Cytoscape 3.9.1软件的Centiscape 2.2插件进行拓扑分析,进一步筛选得到白藜芦醇抗前列腺的作用靶点;再次利用String数据库和Cytoscape 3.9.1软件进行网络的拓扑分析,筛选出核心靶点并绘制蛋白相互作用（PPI）图;利用David数据库进行基因本体论（GO）与京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析,并使用Rstudio软件对其结果进行可视化;使用AutoDoc 1.5.7软件对白藜芦醇与核心靶点进行分子对接;利用UALCAN数据库验证核心靶基因在前列腺癌组织中的表达情况。结果 共收集到585个白藜芦醇作用靶点和5 331个前列腺癌相关靶点,其中交集靶点441个,进一步筛选后得到白藜芦醇抗前列腺的作用靶点67个,其中核心靶点有肿瘤抑制因子p53（TP53）、蛋白激酶B1（Akt1）、信号转导和转录激活因子3（STAT3）、雌激素受体1（ESR1）、转录因子Jun（JUN）、原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src（SRC）、连环蛋白β1（CTNNB1）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）;KEGG富集分析主要得到糖尿病并发症中的晚期糖基化终产物及其受体（AGE-RAGE）信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）信号通路、催乳素信号通路等;分子对接结果显示,白藜芦醇和核心靶点之间均具有良好的结合性;核心基因表达量验证结果表明,TP53和Akt1在前列腺癌组织中表达量较高,STAT3、ESR1、CTNNB1、MAPK1则表达量较低。结论 白藜芦醇可能通过TP53、Akt1、STAT3、ESR1、JUN等靶点调节AGE-RAGE、PI3K/Akt等信号通路发挥抗前列腺癌的作用。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨沙棘治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的:揭示沙棘治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制,为进一步探究沙棘治疗AD的药效物质基础提供理论参考。方法:通过TCMSP、Uniprot、GeneCards等数据库筛选沙棘活性成分、靶点及AD相关靶点基因;采用Cytoscope 3.7.1软件构建化合物-靶点-疾病网络图;通过STRING数据库制作靶点相互作用(PPI)网络,筛选度值较高的沙棘治疗AD的潜在靶点与沙棘活性成分进行分子对接;采用Clue GO插件对沙棘治疗AD的潜在靶点进行GO基因本体(GO)分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。取50只小鼠随机分为空白组、模型组[D-半乳糖120 mg/(kg·d)及AlCl₃溶液20 mg/(mL·d)]、阳性药物组[奥拉西坦260 mg/(kg·d)]、沙棘果油提取物组[1.6 g/(kg·d)]、沙棘多酚提取物组[1.6 g/(kg·d)],每组10只。各组小鼠分别灌胃相应药物的同时灌胃造模剂,空白组灌胃等体积蒸馏水,每天1次,连续给药60 d。通过Morris水迷宫实验测定各组小鼠学习记忆能力,采用酶联免疫吸附(ELISA)法检测小鼠海...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨黄芪治疗鼻炎的作用机制

目的：运用网络药理学与分子对接技术探讨黄芪治疗鼻炎的分子作用机制。方法：通过TCMSP、Swiss Target Prediction、Similarity ensemble approach、Pharm Mapper数据库挖掘黄芪的活性成分及作用靶点,通过Gene Cards数据库筛选鼻炎相关靶点,将两者靶点取交集,得到黄芪治疗鼻炎的预测靶点;运用Cytoscape软件构建可视化“活性成分-靶点”网络;应用STRING数据库和Cytoscape软件构建靶点蛋白互作网络（PPI）;使用R软件对靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;运用Cytoscape软件构建可视化“通路-靶点”网络;通过vina软件将筛选的主要活性成分与核心靶点进行结果验证。结果：筛选得到黄芪相关活性成分16个,涉及靶点147个,其中主要活性成分包括槲皮素、山奈酚、芒柄花黄素、异鼠李素等,关键靶点包括TP53、AKT1、TNF、IL-6、VEGFA等;GO功能富集分析共得到2385条生物过程（BP）,75条细胞组分（CC）,140条分子功能（MF）;KEGG通路富集分析共得到166条信号通路,涉及动脉粥样硬...     

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪治疗卵巢癌的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芪治疗卵巢癌的可能机制。方法 利用靶点预测平台TCMSP数据库和PubChem数据库并结合文献,筛选黄芪活性成分及靶点;利用OMIM数据库和GeneCards数据库获取卵巢癌相关靶点;利用Cytoscape 3.7.1软件和String数据库绘制“黄芪活性成分-交集靶点”网络图和蛋白互作图。利用Metascape数据库对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。利用Autodock Vina 1.2.2进行关键成分和核心靶点的分子对接。结果 获取到黄芪潜在活性成分19种,作用于109个潜在靶点,涉及5829个GO条目和238条信号通路。分子对接结果显示,关键成分与核心靶点结合较好。结论 本研究初步揭示了黄芪治疗卵巢癌的关键成分、核心靶点和主要生物学过程和信号通路,为进一步实验研究提供一定参考。     

基于网络药理学与分子对接探讨小儿豉翘清热颗粒治疗甲型流感的作用机制

目的 探讨小儿豉翘清热颗粒治疗甲型流感的网络药理学的作用机制。方法：运用TCMSP数据库筛选药物成分及靶点,并借助GeneCards、OMIM、TTD、PharmGkb数据库检索疾病靶点,利用Cytoscape 3.9.1构建“药物-活性成分-靶点”网络图,借助STRING构建蛋白互作网络图,筛选出核心靶点,通过DAVID数据库进行基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,借助AutoDockTool运算分子对接结合能。结果 筛选出245种药物活性成分,269个药物靶点,2 045个疾病靶点,交集靶点131个。确定槲皮素、山柰酚、木犀草素、β-谷甾醇、豆甾醇、黄芩素、汉黄芩素、柚皮素为药物的关键成分,确定核心靶点为蛋白激酶B1（AKT1）、肿瘤坏死因子（TNF）、TP53、白细胞介素-6（IL-6）、IL-1B、血管内皮生长因子A（VEGFA）、信号转导和转录激活因子3（STAT3）、胱天蛋白酶3（CASP3）。分子对接结果显示各活性成分与潜在靶点结合能力良好。结论 小儿豉翘清热颗粒作用机制复杂,可能与Toll样受体信号通路相关,可通过联合多靶点、多通路、多效应达到治疗甲型流感的作用。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨雷公藤治疗结肠癌的作用机制

目的 基于网络药理学与分子对接技术探讨雷公藤干预结肠癌的作用机制。方法 雷公藤组分化学成分信息通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)数据库,其化学成分预测的靶点分别通过PubChem和SwissTargetPrediction获得,结肠癌的相关靶点收集源于GeneCards等数据库,应用Venny2.1取两者交集;将交集靶点基因上传至蛋白质相互作用(STRING)数据库,把结果数据导入至Cytoscape软件构建蛋白相互作用(PPI)网络并筛选核心靶点基因。使用Cytoscape软件将相关网络关系可视化,成分与疾病共同靶点经过DAVID数据库进行基因本体(GO)和京都基因与基因组数据库(KEGG)富集分析,采用Cytoscape软件进行“药物-活性成分-共同靶点”网络的构建与分析。进一步筛选重要化学成分与疾病靶点进行分子对接预测。采用PyMOL软件对核心活性成分与核心靶点基因进行分子对接验证。结果 雷公藤的有效化学成分能够达到50种左右,有546个靶点,将重复项和未检索到的靶点成分删除后,实现对290个靶点蛋白与15种活性成分关系信息的高效获取。结肠癌靶点共3229个,关联调控...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨大黄治疗急性胰腺炎的可能分子机制

目的 应用现代网络药理学和分子模拟对接技术探索大黄在急性胰腺炎治疗中的作用机制。方法 2021年10月至2022年2月,从TCMSP数据平台检索提取大黄有效成分和药物靶标;Genecards、DisGeNET等数据平台检索提取急性胰腺炎的相关靶标。取得相关靶标的交集,以String数据库构造蛋白质作用网络,并找出关键靶点。R软件中“AnnotationHub”数据包对交集靶点进行交集基因本位（GO）及基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。Cytoscape软件建立药物-疾病靶点网络,并得到主要作用成分;Autodock Vina分析出主要作用成分与关键靶点的结合能。用Pymol软件对关键蛋白和主要成分进行分子对接。结果共得到16个药物活性成分和62个药物靶点;疾病相关靶点7 111个,其中交集靶点55个。其中β-谷甾醇、芦荟大黄素可能为主要有效成分;关键靶标为胱天蛋白酶8(CASP8)、胱天蛋白酶-3(caspase-3)、细胞周期蛋白依赖性抑制激酶1A(CDKN1A)、肿瘤蛋白p53(TP53)、原癌基因蛋白（JUN）、原癌基因蛋白（MYC）、热休克蛋白90α(HSP90AA1)、...     

基于网络药理学和分子对接探讨石榴皮治疗腹泻的作用机制

目的 基于网络药理学结合分子对接技术探究石榴皮治疗腹泻的作用机制。方法 通过TCMSP数据库获取石榴皮的活性成分和潜在作用靶点;GeneCards、OMIM、DisGeNET数据库进行检索获得腹泻的潜在作用靶点,筛选两者交集靶点;应用Cytoscape软件构建蛋白相互作用（PPI）图并筛选核心靶点。通过DAVID数据库进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最后采用AutoDock软件进行分子对接验证。结果 获得7个石榴皮主要化学成分,石榴皮与腹泻共同靶点114个。PPI分析显示,肿瘤抗原p53（TP53）、蛋白激酶B1（Akt1）、肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-6（IL-6）、胱天蛋白酶33（CASP）等可能为治疗关键靶点。通过KEGG分析表明,石榴皮可能通过癌症通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/Akt信号通路等起到治疗腹泻的作用。分子对接表明关键活性成分与核心靶点均可自发结合。结论 通过网络药理学和分子对接技术揭示石榴皮可以通过多成分、多靶点、多途径治疗腹泻,为后续研究提供理论依据。     

基于网络药理学和分子对接的半夏泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎作用机制探讨

目的 运用网络药理学方法研究半夏泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎（CAG）的作用机制。方法 运用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）获取半夏泻心汤化合物及靶标,以口服生物利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18为阈值进行化合物筛选,将靶标输入Uniprot获取靶标对应的基因Symbol;从人类基因数据库（Gene Card：The Human GeneDatabase）获取CAG疾病基因,并筛选出与半夏泻心汤靶标基因的交集基因;运用Cytoscape3.7.1软件绘制“疾病-中药-化合物-交集靶标（基因）”网络图、STRING构建蛋白互作（PPI）网络、利用分子对接技术对关键靶点和化合物的相互作用进行验证。G：Profiler数据分析平台进行GO富集以及KEGG通路富集分析。结果 通过设置OB和DL值筛选得到半夏泻心汤化合物189种,在获得交集基因80个后,剔除不含交集基因（靶标）的化学成分后,最终筛得化合物148种,GO富集分析后共获得符合筛选标准的条目1 188条,其中分子功能59条、生物过程1 086条、细胞组成43条,KEGG富集分析共获得97条。槲皮素、黄芩素、汉黄芩素、小檗碱等为半夏泻心汤的主要活性成分,STAT3、TNF、AKT1、HSP90AA1、TP53等为主要作用靶标。分子对接结果显示,筛选的化合物和核心靶点HSP90AA1、潜在靶点EGFR之间均能较好的结合,涉及氮化合物的代谢、氧化反应、细胞凋亡等生物过程,调控PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路、胃癌通路、幽门螺旋杆菌感染的上皮细胞通路。结论 半夏泻心汤的主要活性成分有槲皮素、黄芩素、汉黄芩素、小檗碱,通过多靶点多通路发挥治疗慢性萎缩性胃炎作用。     

基于网络药理学与分子对接技术对清开灵干预病毒性感冒的作用机制研究

目的 探索清开灵干预病毒性感冒的潜在作用机制,为其临床用药提供理论指导。方法 通过TCMSP、TCMID和Pubchem数据库获得清开灵的活性成分及作用靶点;通过GeneCards数据库获取病毒性感冒的相关靶点,并采用交集法筛选出与清开灵活性成分作用的共同靶点,运用Cytoscape构建“活性成分-靶点”网络,并通过String数据库构建PPI网络;通过Bioconductor数据库进行KEGG通路和GO功能富集分析,运用R软件将结果进行可视化;采用Auto Dock Tools进行分子对接研究。结果 从清开灵中共筛选出潜在活性成分90个,对应靶点225个;PPI网络分析获得清开灵干预病毒性感冒的关键作用靶点34个;GO及KEGG富集分析得出：清开灵干预病毒性感冒的作用机制主要与抗炎、抗病毒有关;分子对接结果显示：清开灵中胆酸、猪去氧胆酸、黄芩苷与RELA和JUN具有一定的亲合力。结论 清开灵含有的活性成分可作用于JUN、RELA、MAPK1、IL-6、AKT1等靶点,调节多条信号通路,从而发挥对病毒性感冒的干预作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨杞贞滋阴合剂治疗性腺功能减退症的作用机制

目的 应用网络药理学研究杞贞滋阴合剂治疗性腺功能减退症的作用机制。方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP） 、中药综合数据库（TCMID）、药物成分靶标数据库（HIT）获取杞贞滋阴合剂的化学成分，从蛋白质-化学相互作用网络数据库（STITCH）中收集候选化合物的相关靶点。利用 GeneCards和DisGeNet数据库对性腺功能减退症的疾病基因进行映射，获得杞贞滋阴合剂治疗性腺功能减退症的潜在靶点。通过蛋白互作平台数据库（STRING）构建作用靶点之间的互作关系（PPI），将其导入 Cytoscap 软件构建 PPI 网络图。最后，通过对靶点基因进行GO、KEGG富集分析和分子对接，分析杞贞滋阴合剂治疗性腺功能减退症的作用机制。结果 共获得148种疾病与药物交集化合物、96个疾病与药物交集靶点、1085个疾病靶点；其中，与疾病相关的成分有槲皮素、山柰酚、木犀草素等；通过GO富集分析共得到生物过程（BP）1792条、细胞组成（CC）31条、分子功能（MF）79条；通过KEGG富集分析得到FOXO通路、前列腺癌症通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、HIF-1通路等；通过分子对接显示，LEP与山柰酚的结合力最好也最稳定。结论 杞贞滋阴合剂的活性成分可能是通过改善胰岛素抵抗和Leydig细胞睾酮合成酶表达来发挥治疗性腺功能减退症的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨肤疾洗剂治疗瘙痒症的分子机制

目的 采用网络药理学和分子对接方法探究肤疾洗剂治疗皮肤瘙痒症的活性成分、关键作用靶点及潜在的分子机制。方法 运用TCMSP、Swiss Target Prediction、GeneCards数据库及文献报道对肤疾洗剂中活性成分、作用靶点及疾病靶点进行检索,Cytoscape软件进行成分–靶点网络图构建,通过DAVID数据库,进行基因本体（GO）功能分析与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最后通过分子对接预测活性成分与靶点蛋白的结合能力。结果 获得肤疾洗剂61种有效成分和1 049个作用靶点,瘙痒症疾病靶点1 621个,其中肤疾洗剂146条信号通路,主要富集在癌症通路、磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B(Akt)等。分子对接结果显示核心成分与关键靶点具有较好的结合活性。结论 肤疾洗剂具有抑制炎症、免疫调控作用,其发挥作用的主要活性成分为生物碱类、柠檬苦素类和黄酮类等,涉及的主要靶点有蛋白激酶1(Akt1)、CXC趋化因子配体8(CXCL8)、黏着连接蛋白β1(CTNNB1)、表皮生长因子受体（EGFR）、肿瘤坏死因子（TNF）等,符合中药复方多成分、多靶点、多途径的特点,...     

基于网络药理学及分子对接研究消渴清颗粒治疗糖尿病前期的作用机制

目的 利用网络药理学及分子对接探究消渴清颗粒治疗糖尿病前期的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库搜索有关于消渴清颗粒中中药的有效成分与靶点,在GeneCards数据库、OMIM数据库搜索糖尿病前期的基因靶点,进而获得药物-疾病交集靶点,将交集靶点导入String蛋白质相互作用数据库和Cytoscape构建蛋白质相互作用（PPI）网络图,并筛选核心靶点,再将药物-疾病交集靶点导入DAVID数据库,对其分别进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,筛选出与疾病相关的通路,通过Cytoscape得出“通路-靶点”网络图,再通过插件分析得出“通路-靶点”网络核心靶点,取二者度值排名前7位的靶点交集作为消渴清颗粒治疗糖尿病前期的关键靶点,最后选择关键靶点与有效成分用AutoDock与Pymol软件进行分子对接及可视化。结果 筛选出消渴清颗粒中药活性成分36种,其中筛选出6种关键活性成分,分别为槲皮素、山柰酚、小檗碱、β-谷甾醇、花生四烯酸、知母皂苷C,靶点基因232个;筛选出糖尿病前期靶点685个,交集靶点93个,关键靶点5个,分别为肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-6（IL-6）、蛋白激酶B1（Akt1）、白细胞介素-1β（IL-1β）、环加氧酶2（PTGS2）。GO通路富集主要涉及内容有炎症、药物反应,细胞生长凋亡等;KEGG通路富集分析显示糖尿病并发症中的晚期搪基化终产物及其受体（AGE-RAGE）信号通路、TNF信号通路、缺氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路、IL-17信号通路、胰岛素抵抗通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/Akt信号通路等,分子对接结果显示关键靶点与有效成分具有较稳定的结合能力。结论 消渴清颗粒中各种药物成分通过多靶点、多通路协同治疗糖尿病前期的作用机制,为进一步研究治疗糖尿病提供了线索。     

基于网络药理学和分子对接的苏合香丸治疗缺血性卒中的机制探究

目的 基于网络药理学和分子模拟对接技术探究苏合香丸治疗缺血性卒中的活性成分和作用机制。方法 通过中药系统药理学平台（TCMSP）和中医药综合数据库（TCMID）获取苏合香丸中15味药材的化学成分和作用靶点,并通过PubChem数据库和String平台进行靶点预测和收集,采用GeneCards和DisGeNET数据库获得缺血性卒中相关基因,两者取交集获得共有靶点,并经Cytoscape软件将结果可视化,通过网络拓扑算法获得核心化合物和核心靶点;通过String平台构建PPI网络获得苏合香丸治疗缺血性卒中的重要靶点,通过DAVID平台对重要靶点进行基因本体（gene ontology,GO）功能及京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析;使用Autodock Vina软件进行分子对接,验证网络分析结果。结果 苏合香丸的主要活性化合物66个,其中1,2,15,16-四氢丹参酮、荜茇壬二烯哌啶、去甲波尔定、乌药醚内酯等9个化合物可能是苏合香丸治疗缺血性卒中的核心成分;筛选出苏合香丸治疗缺血性卒中的重要靶点63个,核心靶点11个,其中IL10、ESR1、CXCL8以及CASP3是关键的核心靶点;GO功能富集分析和KEGG通路富集分析显示苏合香丸主要对机体炎症反应、NO生成、平滑肌细胞增殖、细胞凋亡以及机体对脂多糖、药物的细胞反应等生物过程进行调控,并且可能通过调控TNF信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、FoxO信号通路以及神经营养因子信号通路等途径作用于缺血性卒中。结论 初步探究苏合香丸治疗缺血性卒中的潜在活性成分和可能的作用机制,为进一步阐明苏合香丸治疗缺血性卒中的药效物质、后期的深入开发研究提供了参考。     

基于网络药理学和分子对接探讨心可舒片治疗高血压的作用机制

目的 基于网络药理学方法和分子对接技术探究心可舒片治疗高血压的作用机制。方法 利用TCMSP、HERB、ETCM数据库和Swiss Target Prediction平台检索心可舒片的活性成分及作用靶点;通过OMIM、Gene Cards、TTD和DrugBank数据库获取高血压的相关靶点。筛选出药物与疾病的交集靶点,通过Cytoscape 3.7.2软件和STRING数据库分别构建“中药–活性成分–靶点–疾病”及蛋白相互作用(PPI)网络并筛选出关键活性成分和核心靶点。运用DAVID数据库进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,利用AutoDockTools软件进行分子对接验证。结果 共获得心可舒片活性成分147个,药物与疾病的交集靶点262个。心可舒片治疗高血压的关键活性成分为丹参醇A、香紫苏醇、三裂鼠尾草素等;核心靶点为原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src(SRC)、肿瘤坏死因子(TNF)、信号转导和转录激活因子3(STAT3)等。GO富集分析涉及238个生物学过程,41个细胞组分,81个分子功能。KEGG富集分析涉及131条信号通路,包括钙信号通路、神经...     

基于网络药理学和分子对接探讨活络效灵丹治疗骨关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨活络效灵丹治疗骨关节炎的作用机制.方法 利用TCMSP数据分析平台和文献检索获取活络效灵丹的活性成分,筛选出口服生物利用度(OB)≥30％且类药性(DL)≥0.18的成分作为潜在活性成分.通过Uniprot数据库预测潜在活性成分对应的基因.查询GeneCards、OMIM、TTD、Dr...     

基于网络药理学和分子对接探究苍耳子散治疗过敏性鼻炎的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探究苍耳子散治疗过敏性鼻炎的作用机制。方法 利用TCMSP、GeneCards、OMIM数据库筛选出苍耳子散治疗过敏性鼻炎的潜在作用靶点;运用Cytoscape 3.7.1软件构建苍耳子散-活性成分-靶点网络,并筛选出苍耳子散治疗过敏性鼻炎的核心成分;将苍耳子散治疗过敏性鼻炎的潜在作用靶点导入STRING平台,通过通过Cytoscape 3.7.1软件构建蛋白相互作用(PPI)网络,并筛选出核心靶点。使用DAVID数据库对苍耳子散治疗过敏性鼻炎的潜在作用靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用AutoDock Vina 1.1.2软件对关键成分与关键靶点进行分子对接。结果 共收集苍耳子散的活性成分62个,苍耳子散与过敏性鼻炎的共同靶点214个,其中丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、信号传导与转录激活因子3(STAT3)、苏氨酸蛋白激酶(AKT1)等可能为治疗过敏性鼻炎的关键靶点。通过GO富集分析得到苍耳子散治疗过敏性鼻炎的作用基因靶点参与622个生物学过程、62个细胞成分、152个分子功能;KEGG分析得到162条通路,主要与免疫反应、细胞调控和受体等相关通路有关。分子对接证实核心靶点STAT3、MAPK3能自发地与关键成分芫花素、亚油酸乙酯等结合。结论 苍耳子散主要通过芫花素、亚油酸乙酯等与STAT3、MAPK3的结合来参与免疫、炎症相关信号通路和生物细胞过程的调节,最终起到治疗过敏性鼻炎的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨褪黑素治疗多囊卵巢综合征的作用机制

目的 基于网络药理学方法和分子对接技术探讨褪黑素治疗多囊卵巢综合征的作用机制。方法 使用PubChem、Swiss Target Prediction、Pharm Mapper、DrugBank、TCMSP数据库筛选褪黑素作用靶点,GeneCards、OMIM、DisGeNET数检索多囊卵巢综合征相关靶点,使用韦恩图工具取交集,获得褪黑素与多囊卵巢综合征的共同靶点。构建靶点蛋白互相作用（PPI）网络,并筛选核心靶点,并进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,使用Cytoscape3.7.1构建褪黑素治疗多囊卵巢综合征的“靶点–信号通路”网络图。选择主要靶标与褪黑素进行分子对接评价结合性。结果 褪黑素中109个有效靶点作用于多囊卵巢综合征,关键核心靶点为SRC、PIK3R1、PIK3CA、EGFR、HRAS、RHOA、ERBB2、IGF1、MET、JAK2。富集的GO生物过程主要包括腺体发育、磷脂酰肌醇介导信号素、蛋白激酶B信号传导等,富集的KEGG通路主要包括黏着斑、胰岛素信号通路、趋化因子信号通路、孕酮–介导卵母细胞成熟等。分子对接结果显示,褪黑素与核心靶...