白血病儿童比氏肠微孢子菌播散性感染1例并文献复习

目的 探讨白血病儿童比氏肠微孢子菌播散性感染的诊断和治疗,提高临床和实验室对该病原体的认知。方法回顾性分析上海市儿童医院1例白血病儿童患者播散性感染比氏肠微孢子菌的诊疗经过。分别以“比氏肠微孢子菌”或“比氏肠微孢子虫”或“毕氏肠微孢子虫”为关键词检索万方、维普和中国知网数据库,以“Enterocytozoon bieneusi case report”为关键词检索PubMed,检索时间为建库至2024年6月30日,选择比氏肠微孢子菌引起人类感染资料完整的病例进行回顾性文献复习。结果 该院患儿以急性淋巴细胞白血病为基础疾病,并发热、腹部不适住院抗感染治疗。血液宏基因组二代测序（mNGS）检出肺炎克雷伯菌和比氏肠微孢子菌,腹水mNGS检测出比氏肠微孢子菌,结合感染指标考虑细菌感染合并比氏肠微孢子菌感染。调整治疗经替加环素、复方磺胺甲唑静脉滴注足量治疗后,症状缓解。半年后患者急性淋巴细胞白血病骨髓抑制、比氏肠微孢子菌播散性感染、脓毒性休克、多器官衰竭,家属放弃治疗后死亡。文献复习发现,大部分感染比氏肠微孢子菌的患者均有移植、艾滋病、白血病等基础疾病,免疫力低下,腹泻起病就诊,伴有腹部不适、发热等症状,实验室用改良三色染色法、钙白荧光染色法、分子检测技术、免疫荧光法等检测比氏肠微孢子菌,使用阿苯达唑、硝唑沙奈、烟曲霉素、复方磺胺甲唑等药物进行治疗。结论 比氏肠微孢子菌是感染免疫功能低下患者的机会性致病真菌,可引起腹部不适、腹泻、发热等,严重会引起患者播散性感染甚至死亡。实验室常规无法培养比氏肠微孢子菌,依靠分子检测技术mNGS可尽早明确病原体。     

采用mNGS技术诊断皮氏罗尔斯顿菌脑膜炎一例并文献复习

目的提高临床医师对皮氏罗尔斯顿菌脑膜炎的认识。方法对1例确诊为皮氏罗尔斯顿菌脑膜炎患者的临床资料进行分析,并以"皮氏罗尔斯顿菌""脑膜炎"或"Ralstonia pickettii""meningitis"为检索词对中国期刊全文数据库(CNKI)、万方数据知识服务平台、维普中文科技期刊数据及生物医学文献数据库(PubMed)中的文献进行检索,对相关病例的临床资料进行总结。结果该例患者因发热、头痛伴恶心、呕吐入院,通过宏基因组二代测序(mNGS)明确皮氏罗尔斯顿菌脑膜炎诊断,经美罗培南抗感染治疗有效,其后好转出院,出院后无继续服用药物,出院后3个月随访无复发。在数据库检索到3例皮氏罗尔斯顿菌脑膜炎患者,其中2例有颅内手术史、1例为早产儿,3例经积极的抗感染治疗均痊愈。结论皮氏罗尔斯顿菌作为条件致病菌引起的颅内感染临床少见,mNGS技术的应用可提高该病的确诊水平。     

宏基因组二代测序在异基因造血干细胞移植后耶氏肺孢子菌肺炎诊断中的意义

目的 评估宏基因组二代测序（mNGS）对异基因造血干细胞移植（allo-HSCT）患者耶氏肺孢子菌肺炎（PJP）的诊断价值。 方法 纳入2019年6月至2023年8月南方医科大学南方医院血液科allo-HSCT后疑似肺感染并接受肺泡灌洗液病原学检测的98例患者,比较mNGS与常规方法、实时定量PCR（RQ-PCR）对PJP的诊断效能。 结果 12例患者最终诊断为PJP（确诊11例、临床诊断1例）。确诊患者中1例为常规方法和RQ-PCR检测均阳性,10例仅RQ-PCR阳性。12例患者mNGS均检出耶氏肺孢子菌。mNGS诊断PJP的敏感性为100%,高于常规方法（8.3%, P＝0.001）,与RQ-PCR（91.6%）相当（ P＝1.000）。75%的PJP患者为肺混合感染,合并EB病毒和巨细胞病毒最为常见。mNGS检出混合感染8例,RQ-PCR检出5例,常规方法未检出（ P＝0.008）。 结论 mNGS在allo-HSCT患者PJP诊断中具有良好的敏感性,在混合感染病原检测方面具有优势,可作为常规检测方法及RQ-PCR的有效补充。     

宏基因二代测序技术辅助诊断波氏假阿利什霉肺部感染一例

一位有哮喘病史的老年女性左上肺小细胞癌切除术后4年出现咳嗽咳痰伴胸闷,影像学表现为肺部空洞,反复抗感染治疗效果不佳,空洞逐渐扩大,患者痰宏基因二代测序技术（mNGS）检测出波氏假阿利什霉,与痰培养结果一致,经过伏立康唑单药抗真菌治疗后,肺内病灶呈现好转趋势。     

双路普雷沃菌致阴囊脓肿及血流感染2例

<正>双路普雷沃菌是普雷沃菌属中的重要菌群之一,属于人体的正常菌群,在机体缺氧,免疫力低下或长期服用免疫抑制剂类药物时可引起人体感染,其可在全身各个部位定值,在合适环境下大量繁殖造成组织器官损伤~([1])。双路普雷沃菌是一种专性厌氧菌,由于厌氧菌培养条件特殊,在临床工作中检出率比较低。我科近日从一例阴囊脓肿患者的穿刺脓液标本及一例剖宫产产妇的血液培养中检出了双路普雷沃菌,现报告如下:     

宏基因组二代测序技术在血液病合并肺孢子菌肺炎患者诊治中的应用价值

目的 探讨血液病患者宏基因组二代测序技术在耶氏肺孢子菌肺炎诊断和治疗中的应用价值,为该类感染诊治提供依据。方法 对25例病原宏基因组二代测序检出耶氏肺孢子菌并临床诊断为耶氏肺孢子菌肺炎的病例进行回顾性分析。结果 从2021年1月—2022年5月共25例患者检出耶氏肺孢子菌的同时临床诊断为耶氏肺孢子菌肺炎,其中男性18例（72.0%）,女性7例（28.0%）,中位年龄为50岁,主要基础疾病为急性淋巴细胞白血病、急性髓系白血病和骨髓增生异常综合征。其中15例（60.0%）患者肺感染发生在造血干细胞移植后,移植后中位时间为189 d。患者的常见临床症状包括发热（88.0%）、低氧血症（68.0%）和咳嗽（44.0%）,84.0%的患者在本次感染前有免疫抑制剂的使用史。肺部CT表现包括单纯磨玻璃影型（20.0%）、结节/斑片型（12.0%）、磨玻璃影为主的混合型（68.0%）。血浆是最常见的耶氏肺孢子菌检出的样本类型,其次为肺泡灌洗液和痰液。25例患者均进行了抗肺孢子菌治疗,19例（76.0%）抗感染治疗后治愈,6例（24.0%）死亡。结论 血液病患者耶氏肺孢子菌的临床感染诊断需结合临床症状、...     

鹦鹉热衣原体肺炎10例临床特征分析及诊治

目的 通过分析10例鹦鹉热衣原体肺炎临床特点,以提高临床医师对该病的诊治水平。方法 收集2019年1月—2021年7月经肺泡灌洗液宏基因组二代测序(mNGS)确诊的鹦鹉热衣原体肺炎10例患者的临床资料,包括临床症状、体征、实验室检查、肺部影像学资料及治疗、转归情况,对其进行回顾性分析。结果 10例患者中男7例、女3例,中位年龄69.5岁。临床主要表现：发热(9/10)、咳嗽(7/10)、咯痰(6/10)、呼吸困难(6/10)、神经系统症状(6/10)、全身酸痛无力(5/10);检验结果多表现为白细胞减少(4/10)或正常(5/10),低蛋白血症(10/10),乳酸脱氢酶升高(9/10);血气分析多表现为低氧血症(9/10);炎症指标多明显升高,C反应蛋白升高(10/10),降钙素原(PCT)升高(8/10);半数患者心电图表现为相对缓脉(5/10);肺部影像学多表现为单侧肺叶受累(8/10),均表现为渗出、实变(10/10)。治疗及预后：多数患者治疗效果良好,其中6例患者经莫西沙星治疗后治愈,2例患者多西环素治疗后治愈,2例重症患者先后给予莫西沙星联合多西环素、替加环素联合莫西沙星治疗...     

皮疽诺卡菌致多发脑脓肿1例并文献复习

目的 分析皮疽诺卡菌累及中枢神经系统的临床特征、诊断及治疗,以期提高对该疾病的认识,精准抗感染治疗。方法 报告清华大学附属北京清华长庚医院感染性疾病科收治的1例皮疽诺卡菌感染致多发脑脓肿的病例,并以“Nocardia farcinica”为关键词检索PubMed 1967年1月1日—2022年9月18日的英文文献共433篇,分别以“皮疽奴卡菌”“皮疽诺卡菌”“鼻疽奴卡菌”“鼻疽诺卡菌”为关键词在万方数据库、维普数据库检索1999年10月1日—2022年9月18日的中文文献,共153篇,收集并分析总结70例皮疽诺卡菌中枢神经系统感染的病例资料。结果 该院这例患者以“头痛伴意识障碍”入院,入院后脑脊液宏基因组二代测序(mNGS)提示为皮疽诺卡菌,以复方磺胺甲唑为主联合美罗培南、莫西沙星、阿米卡星为治疗方案,治疗1个月病灶吸收,院外口服复方磺胺甲唑、莫西沙星,总疗程为1年。文献70例皮疽诺卡菌中枢神经系统感染患者男性51例,占72.8%,平均年龄(58.6±15.3)岁,57.1%患者有糖皮质激素使用史,57.1%患者同时合并其他脏器播散,80.0%(56例)的患者通过传统细菌培养明确病原学...     

mNGS技术在儿童重症肺炎病原学诊断中的价值

目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)技术在儿童重症肺炎病原学诊断中的价值。方法选取2017年12月至2020年6月武汉儿童医院收治住院治疗的219例社区获得性重症肺炎患儿临床资料,比较肺泡灌洗液mNGS检测与传统实验室病原检测对诊断儿童重症肺炎的诊断价值。结果 219例送检标本中mNGS共检出阳性病例190例(86.76%);而传统实验室病原共检出阳性病例173例(78.99%),两种检测方法比较,差异有统计学意义(P<0.05)。mNGS和传统实验室病原病原总检出率在各年龄段之间比较,差异有统计学意义(Χ²=76.488 7,P<0.05)。mNGS与传统实验室病原学检测均阳性患者163例,mNGS与传统实验室病原学检测均阴性患者22例,mNGS阳性而传统实验室病原学检测阴性患者27例,mNGS阴性而传统实验室病原学检测阳性患者7例。mNGS和传统实验室病原诊断儿童重症肺炎病原学灵敏度、特异度比较,差异有统计学意义(P<0.05)。结论二代测序技术较传统实验室病原检测可快速检测重症肺炎患儿病原学诊断,指导临床早期合理用药。     

外周血宏基因组二代测序技术在血液病合并发热患者中的临床应用价值

目的 探讨外周血宏基因组二代测序技术（mNGS）在血液病合并发热患者中的临床应用价值。 方法 回顾性分析2020年3月至2021年6月在天津医科大学总医院血液科住院治疗的血液病合并发热并进行外周血mNGS检测的90例患者共98份标本的mNGS结果及临床资料,分析病原分布特征与血mNGS的检验效能。 结果 外周血mNGS阳性率为68.37%（67/98）,明显高于传统检查（37.76%, P<0.001）与血培养（9.18%, P<0.001）。单纯检出病毒、细菌、真菌阳性样本分别占38.81%、14.93%、2.99%;混合感染占43.28%,其中以病毒和细菌混合型最为多见（25.37%）;病毒阳性55例次（82.09%）,细菌阳性30例次（44.78%）,真菌阳性14例次（20.90%）。外周血mNGS与传统检查的临床认可率为64.63%（63/98）;以传统检查结果作为参照标准,外周血mNGS敏感性、特异性、阳性预测值（PPV）和阴性预测值（NPV）分别为75.68%、36.07%、41.79%和70.97%,整体一致率为51.02%。传统检查阴性的22例次肺部感染,有14例次外周血mNGS检出病原,其中10例次为临床认可。 结论 该组血液病合并发热患者外周血mNGS病毒检出率高、混合感染比例高;外周血mNGS阳性率明显高于血培养以及传统实验室检查;外周血mNGS在血液病合并发热患者病原检出方面具有较高的临床认可率、敏感性及阴性预测值。     

以纵隔脓肿为主要表现的惠普尔病1例报告

2023年2月,北京大学人民医院呼吸与危重症医学科收治1例48岁中年男性患者,主因咳嗽、咳痰就诊,CT提示纵隔气管隆突下可见一团块软组织密度灶,纵隔脓肿穿刺液的宏基因组学二代测序提示惠普尔养障体感染,过碘酸-希夫染色阳性,既往无腹泻、体质量减轻、关节疼痛史,诊断为惠普尔病,予头孢曲松序贯复方磺胺甲噁唑治疗。患者出院后接受抗感染治疗1年,临床症状明显改善,一般情况良好,继续随访中。     

一例染色体微缺失和微重复患儿的细胞遗传学及分子生物学分析

目的 确定1例畸形儿的核型,探讨二代测序(NGS)技术在分子细胞遗传学中的应用。方法 对1例畸形儿、其父母及祖父三代人行外周血染色体G显带核型分析、NGS检测。结果 G显带染色体分析显示患儿、其父母及祖父核型均未见异常; NGS结果显示患儿46,dup(X)(q27.2q28); dup(Y)(p11.2p11.31); del(Y)(q11.223q11.23); del(9)(p23p24.3),其父母及祖父结果均未见异常。结论 通过NGS确定染色体微缺失及微重复是导致患儿多发畸形的主要原因。     

宏基因二代测序技术在非结核分枝杆菌感染的病原学诊断效能比较

目的：研究宏基因病原二代测序技术及传统培养法对非结核分枝杆菌的检出率差别,探讨宏基因检测法对非结核分枝杆菌病的病原学诊断价值。方法：回顾性收集2018年9月-2019年12月期间我院收治的非结核分枝杆菌检测阳性的病例共388例,比较传统培养法及宏基因检测法的阳性率差异及不同样本类型的亚组分析。结果：培养法及mNGS阳性率均不足50%,两者阳性率比较无统计学差异。对于痰液标本,培养法的阳性率明显高于mNGS检测法（56.6% vs 22.9%,p<0.0001）;相反,对于组织标本,培养法的阳性率明显低于mNGS检测法（7.8% vs27.8%,p<0.0001）。宏基因检测的各类标本中,肺泡灌洗液的检测阳性率高于其他标本,差异有统计学意义,p=0.01。结论：mNGS是一项具有前景的研究,但是在NTM的病原学检测领域敏感性较低,需重点改进以促进此技术更好的应用于临床。     

应用高通量测序技术检测甲状腺乳头状癌相关基因变异

摘要：目的?探讨高通量测序技术(next generation sequencing,NGS)在甲状腺乳头状癌(papillary thyroid cancer,PTC)相关的15个靶基因变异检测中的应用价值。方法?收集2019年1月至2020年6月就诊的188例PTC患者手术切除的癌组织石蜡包埋标本,采用NGS技术检测其中15个目标基因;利用GATK 4.0.2.0、VarScan.v2.3.9和 Factera 1.4.4软件分析基因变异的特点。结果?共计80.32%(151/188)的标本检出突变。其中74.47%(140/188)的标本检出1个点突变或基因融合突变,5.32%(10/188)的标本同时检出2个点突变,0.53%(1/188)的标本同时检出3个点突变。151例突变标本中共检出点突变及基因融合突变163个,其中BRAF基因检出率最高。在所有双突变的标本中,2个不同突变等位基因突变丰度基本一致。在3个基因同时发生突变的标本中,TERT和NRAS基因等位基因突变丰度基本一致,而TP53基因等位基因突变丰度显著低于其他2个基因。PTC患者基因突变与性别(χ2=0.585,P>0.05)、年龄(χ2=0.575,P>0.05)及临床分期(χ2=0.711,P>0.05)均无关。结论?NGS技术检测PTC相关基因突变位点具有经济、效率高和可定量的优势,可为患者的诊断、预后和个体化治疗提供依据。