中药天然产物抗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)研究进展

新型冠状病毒肺炎(COVID-19)患者往往表现出"寒、热、虚、实、表、里、阴、阳"中的多个表象,因此中药处方将根据机体的不同表象及其诊断结果进行调药遣方,体现出"中药-药对-经方-处方"的用药形式。各地推荐的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)中药处方以解表、祛湿、祛痰、清热、理气为主,辅以和解、泻下、温里、补益等经典方剂,在疾病的不同阶段进行辨证施治。分析各地推荐处方和相关文献,新方法与新技术大量应用于中药科学的现代化研究,充分描述了中药"多成分-多靶点-多途径-多网络"的作用特点,同时也极大地丰富了传统中医药的科学内涵,推动了中医药事业的发展。但是,中药"多成分-多药味-多通路-多网络"的复杂性本质依然存在,本文分析了部分中药抗COVID-19的相关文献,试图结合其实际应用,整合出中药天然产物抗COVID-19的作用规律,对后续实验研究、临床应用和新药开发提供有益借鉴。另外,中医药是个宝库,从中筛选并发掘出少量结构独特且具有抗COVID-19活性的天然产物,结合化学合成技术和成药性评价方法,将为抗病毒药物的开发,尤其是抗COVID-19的新药开发提供有益参考。     

基于网络药理学和分子对接探讨疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎可能的作用机制

目的 采用网络药理学技术探讨疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可能机制.方法 利用中药系统药理学一体化分析平台(TCMSP)筛选疏风解毒胶囊活性成分和预测靶点,通过在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、人类基因注释数据库(GeneCards)筛选COVID-19相关靶点,采用Cytoscape软件构...     

基于网络药理学与分子对接的加减香砂六君子汤治疗新型冠状病毒肺炎恢复期肺脾气虚证的机制研究

目的 探讨加减香砂六君子汤治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）恢复期肺脾气虚证的作用机制。方法 利用TCMSP数据库筛选中药活性成分和靶点，利用Gendcars、OMIM数据库筛选疾病靶点，STRING平台对靶点进行PPI网络构建，并进行GO和KEGG分析，利用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”网络图，然后通过拓扑学参数分析获得加减香砂六君子汤主要活性成分和靶点，最后将主要活性成分与靶点进行分子对接验证。结果 得到槲皮素、木犀草素、山柰酚、柚皮素等115个活性成分，PTGS2、NOS2、PPARG、PTGS1、MAPK14等48个靶点，主要涉及IL-17、TNF、T细胞受体、MAPK、VEGF等155条通路。分子对接显示，槲皮素、木犀草素、山柰酚、柚皮素与3CL水解酶、ACE2、PTGS2具有较好的结合活性，与第七版推荐抗病毒药物结合能相近。结论 加减香砂六君子汤活性成分可通过与3CL水解酶、ACE2、PTGS2结合，调控IL-17、TNF、T细胞受体、MAPK、VEGF等信号通路来抑制炎症反应，调节机体免疫，减轻肺损伤，促进细胞生长分化和肺血管生成，从而改善患者症状，促进恢复期患者康复，提高机体免疫力，降低疾病复发或再感染的风险。     

基于网络药理学和分子对接技术探究清热药治疗COVID-19的活性成分及作用机制

目的:通过网络药理学和分子对接技术挖掘《新型冠状病毒肺炎诊疗方案(试行第七版)》中具有清热功效的中药治疗COVID-19的共有活性成分及作用机制.方法:通过TCMSP数据库及BATMAN-TCM数据库检索清热药的化学成分和作用靶点;通过UniProt数据库检索靶点对应基因,运用Cytoscape Version 3.7...     

基于网络药理学和分子对接技术清咳平喘颗粒治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）分子机制研究

目的 利用网络药理学技术探讨清咳平喘颗粒治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制。方法 使用TCMSP、Swiss Target Prediction等数据库预测清咳平喘颗粒的主要成分和其作用靶点,再与CTD、GeneCards数据库得到的COVID-19的疾病靶点交集整合,获得清咳平喘颗粒治疗COVID-19的潜在靶点。借助String平台绘制蛋白质相互作用（PPI）网络及筛选核心靶点,并开展基因本体（GO）注释功能与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。依托Cytoscape软件绘制“成分-靶点-通路”的网络图。采用Autodock分子对接技术将关键靶点与清咳平喘颗粒中关键成分进行验证。结果 共获得261个药物-疾病共同靶点,包括TNF、IL6、ALB、AKT1、VEGFA在内的91个核心靶点。GO富集分析、KEGG富集分析分别共得到条目1 508个、152个,涵盖Toll-like receptor（TLR）信号通路、IL-17信号通路和HIF-1信号通路等。分子对接结果显示,麻黄碱、苦杏仁苷是清咳平喘颗粒抗COVID-19主要活性成分。结论 运用网络药理学得到了清咳平喘颗粒抗COVID-19的作用靶点和通路,为进一步探讨清咳平喘颗粒治疗COVID-19的作用机制提供依据。     

基于分子对接法和网络药理学揭示小柴胡汤防治新型冠状病毒肺炎的活性成分及作用机制

目的 探索小柴胡汤防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性成分及作用机制,为小柴胡汤在COVID-19防治中的应用提供参考.方法 通过TCMSP数据库检索小柴胡汤的化学成分,将各化学成分与ACE2、MPro和PLP进行分子对接,预测其在抑制新型病毒感染和复制方面的活性;采用TCMSP和CTD数据库检索小柴胡汤化学...     

基于网络药理学和分子对接的荆防败毒散预防新型冠状病毒肺炎的活性成分研究

目的 运用网络药理学和分子对接方法,预测荆防败毒散预防新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的活性成分,为临床用药提供参考。方法 通过中药系统药理学分析平台,检索荆防败毒散组方中所有药材的化学成分和作用靶点。通过Uniprot数据库校正靶点对应的基因,利用Cytoscape软件构建药材-成分-靶点网络并进行可视化处理,利用疾病数据库检索COVID-19相关的靶点,筛选出重合的靶点,通过String数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络。通过Metascape进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,通过分子对接,计算核心成分在预防新型冠状病毒肺炎的作用强度。结果 限定筛选条件为口服生物利用度（OB）≥30%、类药性（DL）≥0.18,共得到荆防败毒散的159个活性成分和277个靶点,与获得的273个COVID-19相关的靶点取交集,得到55个核心靶点;对核心靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,得到GO条目1376个和136条信号通路,涉及感染性疾病、癌症、细胞进程、免疫系统、信号等通路。分子对接结果显示荆防败毒散核心成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶、血管紧张素转化酶II（ACE2）具有较强的结合能力,结合形式有氢键、疏水作用。结论 荆防败毒散中的活性成分能通过抑制新型冠状病毒（SARS-CoV-2）蛋白,ACE2结合,通过对多靶点、多通路的作用发挥对COVID-19的防治作用。     

基于网络药理学和分子对接技术初探新加香薷饮治疗新型冠状病毒肺炎潜力的研究

目的 通过网络药理学和分子对接技术初探新加香薷饮治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在活性成分、靶点、通路及分子机制。方法 从TCMSP数据库和文献挖掘收集新加香薷饮中的香薷、金银花、连翘、厚朴和扁豆花的化学成分,以TCMSP数据库和Swiss Target Prediction获取靶点,输入STRING数据库获取靶点对应的标准基因名,运用DAVID6.8进行GO富集、KEGG通路富集和组织富集分析,采用Cytoscape 3.8.0和R语言作图。从PDB数据库下载新型冠状病毒（SARS-CoV-2）3CL和ACE2的晶体结构,利用AutoDock Vina、Pymol和Discovery Studio软件进行分子对接。结果 从新加香薷饮中获得49个活性成分和321个靶点,发现了33条与治疗COVID-19相关的通路,包括肺病相关通路、病毒相关通路以及炎症-免疫相关通路,并发现了RELA、MAPK1、IL6、AKT1、MAPK8、TNF等6个基因可能与治疗COVID-19密切相关。通过分子对接发现金圣草黄素、绿原酸、咖啡酸、厚朴酚、和厚朴酚、麝香草酚、香荆芥酚与SARS-CoV-2 3CL和ACE2具有较高的亲和力。结论 中药治疗疾病是通过多组分、多靶点和多途径共同的结果,新加香薷饮具有治疗COVID-19的潜力。     

基于网络药理学和分子对接探索血必净注射液治疗冠状病毒肺炎的潜在机制

目的基于网络药理学和分子对接预测血必净注射液治疗冠状病毒肺炎潜在靶点及分子机制,为揭示血必净注射液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在网络作用机制提供科学依据。方法检索国内外文献获取血必净注射液主要活性成分,通过ETCM、TCMSP及Targetnet在线数据库预测作用靶点;检索GeneCards、CTD及OMIM数据库获取冠状病毒肺炎相关靶点;整合分析获取血必净注射液治疗冠状病毒肺炎的靶点;采用STRING分析靶点蛋白的互作关系;通过Enrichr数据库进行基因功能及作用通路富集分析;采用Cytoscape软件进行网络可视化;最后采用iGEMDOCK软件对关键靶点进行分子对接分析。结果本研究共收集到血必净注射液中活性成分30个,可作用于222个靶点,进一步分析其治疗冠状病毒肺炎的17个核心成分与18个核心靶点,主要作用于甲型流感,NF-κB、HIF-1及VEGF等信号通路。发现与关键靶点对接较好的成分有羟基红花黄色素A、绿原酸及丹酚酸B等。结论本研究揭示了血必净注射液治疗冠状病毒肺炎多成分、多靶点、多通路的特点,可为其治疗COVID-19潜在网络作用机制提供新的线索。     

基于网络药理学和分子对接技术的宣肺达郁汤用于新型冠状病毒肺炎恢复期治疗的作用机制研究

摘要：目的:应用网络药理学和分子对接技术分析宣肺达郁汤用于新型冠状病毒肺炎（COVID-19）恢复期治疗的关键活性成分及核心作用靶点,并探讨其潜在作用机制。方法:查询中国药典、TCMSP和TCM@Taiwan数据库,获取宣肺达郁汤复方中11味中药的性味归经、活性成分及作用靶点,应用GeneCards及OMIM数据库查询COVID-19恢复期疾病治疗靶点,运用Venny软件对中药及疾病靶点取交集,获得与COVID-19恢复期治疗相关的宣肺达郁汤潜在作用靶点。利用Cytoscape软件构建中药-性味归经、中药-活性成分-靶点网络,应用STRING数据库对共有靶点进行蛋白质相互作用（PPI）分析,根据节点属性值筛选获取宣肺达郁汤中关键活性成分和核心作用靶点。通过Metascape、DAVID数据库对共有靶点进行基因本体论（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路、组织表达富集分析。借助AutoDockTools软件研究关键活性成分与成纤维细胞生长因子受体（FGFR）、血管内皮生长因子受体2（VEGFR2）间的亲和作用。结果:宣肺达郁汤性平,味甘,主要归肺、脾、心经。与COVID-19恢复期治疗相关的宣肺达郁汤活性成分共137个,对应231个靶点,潜在作用靶点主要分布于肺组织,关键活性成分为槲皮素、木犀草素、山奈酚、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、黄芩素、刺芒柄花素、柚皮素、β-谷甾醇、美迪紫檀素和甘草查尔酮A,核心靶点包括血管内皮生长因子A（VEGFA）、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶（AKT1）、白细胞介素-6/8/10（IL-6/8/10）、肿瘤坏死因子（TNF）、前列腺素G/H合成酶2（PTGS2）、丝裂原活化蛋白激酶1/3/8（MAPK1/3/8）、信号转导与转录激活因子3（STAT3）、基质金属蛋白酶-2/9（MMP2/9）等,涉及白细胞介素17（IL-17）、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、核因子-κB （NF-κB）、缺氧诱导因子-1（HIF-1）、环磷腺苷（cAMP）、Janus激酶/信号转导与转录激活子（JAK-STAT）、无翅型MMTV整合位点（Wnt）等信号通路。关键活性成分同吡非尼酮相比,可与FGFR、VEGFR2形成更稳定的配体-受体复合物。结论:宣肺达郁汤以多成分、多靶点的方式,通过减轻炎症反应,影响氧气输送与利用,促进肺泡液清除,调控细胞代谢与凋亡,调节机体免疫力等途径,发挥对COVID-19恢复期的治疗作用。     

基于网络药理学与分子对接技术对清开灵干预病毒性感冒的作用机制研究

目的 探索清开灵干预病毒性感冒的潜在作用机制,为其临床用药提供理论指导。方法 通过TCMSP、TCMID和Pubchem数据库获得清开灵的活性成分及作用靶点;通过GeneCards数据库获取病毒性感冒的相关靶点,并采用交集法筛选出与清开灵活性成分作用的共同靶点,运用Cytoscape构建“活性成分-靶点”网络,并通过String数据库构建PPI网络;通过Bioconductor数据库进行KEGG通路和GO功能富集分析,运用R软件将结果进行可视化;采用Auto Dock Tools进行分子对接研究。结果 从清开灵中共筛选出潜在活性成分90个,对应靶点225个;PPI网络分析获得清开灵干预病毒性感冒的关键作用靶点34个;GO及KEGG富集分析得出：清开灵干预病毒性感冒的作用机制主要与抗炎、抗病毒有关;分子对接结果显示：清开灵中胆酸、猪去氧胆酸、黄芩苷与RELA和JUN具有一定的亲合力。结论 清开灵含有的活性成分可作用于JUN、RELA、MAPK1、IL-6、AKT1等靶点,调节多条信号通路,从而发挥对病毒性感冒的干预作用。     

基于网络药理学及分子对接验证探讨退热解毒灵清热抗炎机制

目的：运用网络药理学的方法来筛选退热解毒灵清热抗炎的作用靶点,并且探讨其作用机制。方法：使用TCMSP数据库查询到板蓝根、柴胡、连翘、甘草的主要化学成分以及作用靶点,根据ADME筛选出祛白颗粒的活性成分并且搜集其靶点,通过Genecards、OMIM、TTD、DRUGBANK、DisGeNET数据库搜集相关疾病靶点,使用STRING构建蛋白质间的相互作用网络,接着利用Metascape进行GO功能富集分析和KEGG通路分析,最后利用Cytoscape构建成分-靶点-通路网络。最后进行分子对接验证。结果：退热解毒灵清热抗炎的主要成分有67种,核心靶点有65种,包括PTGS2,HSP90AA1,NOS2,CAMKK2,PTGS1等。GO和KEGG富集结果显示,退热解毒灵清热抗炎的生物学通路主要有神经活性配体—受体相互作用、胆碱能突触、人类巨细胞病毒感染、IL-17信号通路等等。结论：本研究初步揭示了退热解毒灵清热抗炎的多成分、多靶点、多通路的作用机制,为退热解毒灵在临床上的进一步应用提供理论基础。     

多柔比星联合替莫唑胺治疗脑胶质瘤的临床研究

目的 探索补肺活血胶囊用于新型冠状病毒肺炎（COVID-19）恢复期治疗的潜在作用机制,为其临床用药提供理论指导。方法 通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）、BATMAN-TCM、中国知网（CNKI）和Pubmed数据库获得补肺活血胶囊的活性成分及作用靶点;通过GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点,并采用交集法筛选出与补肺活血胶囊活性组分作用的共同靶点,运用Cytoscape 3.7.2构建“中药-化合物-靶点”网络,并通过String数据库构建蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络;通过DAVID数据库进行KEGG通路和GO功能富集分析,并运用R version 3.6.3软件将结果进行可视化;采用AutoDock Tools 1.5.6、AutoDock vina 1.1.2进行分子对接研究。结果 从补肺活血胶囊中共筛选出潜在活性成分32个,对应靶点203个,核心化合物11个,核心靶点52个;PPI网络分析获得补肺活血胶囊干预COVID-19关键作用靶点25个;GO及KEGG富集分析得出与补肺活血胶囊治疗COVID-19作用相关的生物过程251个（P<0.05）,相关信号通路93条（P<0.05）;分子对接结果显示补肺活血胶囊核心化合物与新型冠状病毒（SARS-CoV-2） 3CL水解酶和血管紧张素转化酶II（ACE2）具有较好的亲和。结论 补肺活血胶囊含有的核心化合物可作用于IL6、MAPK8、PTGS2、PTGS1、NCOA2等靶点,调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19恢复期的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接法探索复方一枝蒿颗粒治疗新型冠状病毒肺炎的潜在分子机制

目的 通过网络药理学及分子对接技术探寻复方一枝蒿颗粒治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制。方法 应用TCMSP数据库、BATMAN-TCM数据库及文献收集复方一枝蒿颗粒活性成分及潜在靶点。通过TTD、GeneCards和OMMI数据库检索新型冠状病毒肺炎相关的靶点。将复方一枝蒿颗粒药物靶点和新型冠状病毒肺炎相关基因取交集，使用String数据库构建靶蛋白相互作用（PPI）网络。通过Cytoscape构建“药物–活性成分–靶点基因–疾病”网络。对交集靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析。利用Autodock_vina软件对活性成分和靶点进行分子对接。结果 共筛选92个活性成分，1 627个靶点，新型冠状病毒肺炎疾病靶点464个，两者取交集筛选出87个潜在靶点。GO功能富集得到2 040个条目（P＜0.05），与病毒过程、参与共生相互作用的生物过程、活性氧代谢过程的调节、与宿主相互作用的生物过程、病毒生命周期、炎症反应的调节等生物学过程有关。KEGG通路分析共得到150条通路，与新冠肺炎密切相关的有人巨细胞病毒感染、结核、COVID-19、IL-17信号通路等。分子对接结果证实，筛选的靶点受体蛋白与活性成分可以较好地结合。结论 复方一枝蒿颗粒可通过多组分、多靶点和多途径的方式对新型冠状病毒肺炎产生治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨杞贞滋阴合剂治疗性腺功能减退症的作用机制

目的 应用网络药理学研究杞贞滋阴合剂治疗性腺功能减退症的作用机制。方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP） 、中药综合数据库（TCMID）、药物成分靶标数据库（HIT）获取杞贞滋阴合剂的化学成分，从蛋白质-化学相互作用网络数据库（STITCH）中收集候选化合物的相关靶点。利用 GeneCards和DisGeNet数据库对性腺功能减退症的疾病基因进行映射，获得杞贞滋阴合剂治疗性腺功能减退症的潜在靶点。通过蛋白互作平台数据库（STRING）构建作用靶点之间的互作关系（PPI），将其导入 Cytoscap 软件构建 PPI 网络图。最后，通过对靶点基因进行GO、KEGG富集分析和分子对接，分析杞贞滋阴合剂治疗性腺功能减退症的作用机制。结果 共获得148种疾病与药物交集化合物、96个疾病与药物交集靶点、1085个疾病靶点；其中，与疾病相关的成分有槲皮素、山柰酚、木犀草素等；通过GO富集分析共得到生物过程（BP）1792条、细胞组成（CC）31条、分子功能（MF）79条；通过KEGG富集分析得到FOXO通路、前列腺癌症通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、HIF-1通路等；通过分子对接显示，LEP与山柰酚的结合力最好也最稳定。结论 杞贞滋阴合剂的活性成分可能是通过改善胰岛素抵抗和Leydig细胞睾酮合成酶表达来发挥治疗性腺功能减退症的作用。