奶牛microRNA-205靶基因及调控网络的精细预测分析

目的预测奶牛microRNA-205(bta-miR-205)候选靶基因,对其进行生物信息学精细分析,构建候选靶基因参与的调控网络。方法应用miRBASE、Targetscan和miRWalk软件预测其候选靶基因,经Gene Ontology、Panther、STRING和DAVID软件进行功能注释、分类统计、蛋白质互作及KEGG通路注释和富集分析,通过Cytoscape软件绘制靶基因可能重点参与的调控网络。结果 miR-205基因成熟区序列高度保守,共筛选出288个bta-miR-205候选靶基因,其参与的主要生物进程是细胞过程、代谢过程和生物调控,主要参与形成细胞器等细胞组分,主要分子功能是结合、催化作用。MAPK3等多个候选靶基因存在基因共表达和蛋白互作关系,参与免疫系统、适应性免疫系统、基因表达(转录)、抗原加工等反应途径显著富集在鞘脂、甲状腺激素、PI3K-Akt等信号通路。结论 bta-miR-205的候选靶基因MAPK3等可能通过参与免疫系统、基因表达(转录)、抗原加工等反应途径及鞘脂、甲状腺激素、PI3K-Akt等信号通路,在奶牛炎症疾病抗性、生殖及发育过程调控中发挥重要作用。     

let-7a及其靶基因在肝细胞癌中作用机制的研究进展

肝细胞癌（hepatocellular carcinoma,HCC）是全球范围内最具侵袭性的恶性肿瘤之一,具有较高的复发率和死亡率。大多数恶性肿瘤中微小RNA(microRNA,miRNA)呈异常表达,可影响肿瘤的发生、发展、转移和复发。miRNA可通过靶向不同靶基因,参与不同信号通路,从而在疾病的发生发展、生物发育、器官形成、病毒防御、表观调控及代谢等生命活动起到调控作用。let-7a是let-7 miRNA家族成员之一,参与细胞的增殖、凋亡等生物学过程,且在多种癌症中发挥肿瘤抑制因子的作用。本文就let-7a及其靶基因在HCC中作用机制的研究进展作一综述。     

植物CDPKs响应逆境胁迫信号传导作用研究进展

钙依赖蛋白激酶(CDPKs)是由多基因族编码,在植物响应逆境胁迫信号转导通路中处于关键位置。从CDPKs结构特征、CDPKs在非生物胁迫信号转导中的作用、CDPKs在生物胁迫信号转导中的作用和CDPKs介导的信号传导途径中的交互作用这几个方面综合阐述了植物CDPKs响应逆境胁迫信号传导作用研究进展,旨在探讨CDPKs的功能及调控防御机制。     

细胞外信号调节激酶的研究进展

细胞外信号调节激酶(extracellular regulated protein kinases,ERK)是含有丝氨酸/苏氨酸残基的蛋白质激酶,目前发现ERK1~ERK5共5个亚族,广泛存在于细胞浆内。ERK是丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinases,MAPKs)信号转导系统组成部分之一,ERK信号通路可通过磷酸化多种底物蛋白在细胞生长、分化、应激及凋亡中起重要作用。本文就ERK信号通路在心肌细胞、神经细胞、肿瘤细胞及淋巴细胞中调节作用的研究进展作一综述。     

植物促分裂原活化蛋白激酶(mapk)的研究进展

植物促分裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)是一类存在于各种真核生物体中的丝氨酸/苏氨酸型蛋白激酶。它与其它一些信号分子组成MAPK级联信号通路,接受外界刺激信号,将信号传入细胞内,影响特定基因的表达,从而在植物的生长、发育、分化和凋亡等多方面起着重要的作用。而它的作用也受到不同因子的凋节。本文就植物中MAPK的基本组成、分类和功能的最新进展作了综述。     

促分裂原活化蛋白激酶(MAPK)的研究方法

促分裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)是一类存在于各种真核生物体中的丝氨酸/苏氨酸型蛋白激酶。它与其它一些信号分子组成MAPK级联信号通路,接受外界刺激信号,将信号传入细胞内,影响特定基因的表达,从而在真核生物的生长、发育、分化和凋亡等多方面起着重要的作用。为进一步研究其机理,本文就其研究方法作一阐述。     

基于网络药理学探讨清开灵解热作用机制

目的：基于网络药理学探索清开灵解热的作用机制。方法：查找清开灵的活性成分与作用靶点和发热的相关靶点,制作韦恩图、药物-活性成分-作用靶点网络图、PPI网络并进行分析。结果：筛选出清开灵活性成分62个,作用基因靶点389个,其中99个为清开灵与发热的共同基因靶点,靶点包括丝/苏氨酸蛋白激酶1、人重组BCL2L1、半胱天冬酶-9、窖蛋白等。GO和KEGG富集分析共得到428个GO富集条目和147个KEGG富集条目,涉及癌症通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、MAPK信号通路等。结论：清开灵在解热中有着多靶点调控、多方面共同作用的特点。     

JAK抑制剂在类风湿性关节炎治疗中的研究进展

Janus激酶(JAK)是一种非受体酪氨酸蛋白激酶,参与体内众多重要的生物学过程,是一条重要的细胞内信号转导通路。研究表明,由其介导的通路通常与炎症性疾病、皮肤性疾病及其他自身免疫性疾病有关,JAK已逐渐成为治疗这些疾病的重要靶标。主要综述了JAK的结构与功能、JAK-STAT信号通路在治疗RA中的调控作用以及近年来JAK抑制剂的研究进展,旨在为以JAK为靶点的药物研发提供参考。     

基于网络药理学的苦地丁治疗肠炎的作用机制研究

目的：基于网络药理学分析苦地丁作用于肠炎的活性成分、靶点和信号通路,探讨苦地丁治疗肠炎的作用机制。方法：使用TCMSP平台获取苦地丁的主要化学成分及对应的基因靶点,再用Uniprot数据库将靶点信息标准化。通过Gene Cards数据库搜索筛选肠炎靶点。使用Venny2.1取药物-疾病靶基因的交集,用Cytoscape3.7.2软件构建苦地丁治疗肠炎的活性成分-靶点网络,通过String数据库分析共同基因的蛋白质间相互作用程度,构建蛋白质相互作用(PPI)网络,使用Metascape数据库对共同基因进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果：筛选得到苦地丁22个活性成分,71个相应靶点,得到2539个肠炎相关靶点,其中有34个苦地丁治疗肠炎的潜在靶点。富集分析显示苦地丁治疗肠炎主要作用的信号通路有癌症途径、cAMP信号通路、VEGF信号通路、cGMP-PKG信号通路等47个。结论：苦地丁可以通过多成分、多靶点、多通路发挥治疗肠炎的作用。     

冷应激大鼠体内miR-383-5p表达的变化及其功能的预测分析

目的探讨冷应激大鼠体内miR-383-5p表达的变化,并对其功能进行预测分析。方法将大鼠置(4±0. 05)℃冷暴露12 h,同时设对照组(24℃常温饲养),qRT-PCR法检测miR-383-5p在血清和肝脏中的表达水平。应用miRanda、TargetScan和miRDB 3种软件同时对miR-383-5p进行靶基因预测,并通过DAVID 6. 8软件对miR-383-5p肝脏靶基因进行GO和KEGG分析。qRT-PCR和Western blot法检测下调BRL-3A细胞中miR-383-5p表达对部分代谢相关靶基因mRNA转录及蛋白表达的影响。结果冷应激后小鼠血清及肝脏中的miR-383-5p相对表达量均显著下降(P 0. 05)。生物信息学方法预测出733个在大鼠肝脏表达的靶基因,GO富集分析结果显示这些靶基因主要与细胞氧化还原过程、增殖和凋亡相关,KEGG分析结果显示富集靶基因最多的信号通路是代谢通路。下调miR-383-5p表达使BRL-3A细胞中Mtor、Pfkfb1和Apbb3基因的mRNA的转录水平显著升高(P 0. 05),Pfkfb1蛋白的表达量显著升高(P 0. 05)。结论冷应激可降低大鼠肝脏中miR-383-5p的表达量,进而通过调节Pfkfb1等靶基因的表达参与细胞的代谢、增殖和凋亡。     

hsa-miR-22-3p和hsa-miR-671-5p靶标基因的预测及其与癌症患者生存率的相关性

目的通过生物信息学方法预测在m6A去甲基化酶FTO敲低处理后,存在m6A修饰并显著下调的mi RNA(hsa-mi R-22-3p和hsa-mi R-671-5p)的靶标基因,并分析它们与癌症患者生存率的相关性。方法利用在线数据库寻找目标mi RNAs的靶基因,并通过基因功能(gene ontology,GO)和信号通路数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)对这些靶基因的分子功能(molecular function,MF)、生物过程(biological processes,BP)、细胞组分(cell component,CC)定位以及参与的信号通路进行分析;通过蛋白质互作网络(protein-protein interaction,PPI)筛选出核心基因,并分析它们与癌症患者生存率之间的相关性。结果 hsa-mi R-22-3p和hsa-mi R-671-5p共有198个相同的靶标基因;GO分析结果表明,这些靶基因在生物过程中显著丰富,包括肌动蛋白细胞骨架组织、神经元干细胞群维持、对尼古丁的行为反应;对于分子功能,这些靶点富含锌离子结合、蛋白质结构域特异性结合、核心启动子序列特异性DNA结合;细胞成分定位分析还显示,这些靶标在高尔基体的早期内体,细胞连接和整体成分中显著丰富;KEGG通路分析显示,这些交叉基因靶点在非小细胞肺癌、癌症中的胆碱代谢和粘蛋白型聚糖生物合成途径中富集;基于网络的工具分析显示,hsa-mi R-22-3p和hsa-mi R-671-5p已经它们的核心靶标基因RHOU和UNC5B与肾透明细胞癌(kidney renal clear cell carcinoma,KIRC)、肝癌(liver hepatocellular carcinoma,LIHC)、肺鳞状细胞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSC)、低级胶质瘤(low-grade gliomas,LGG)、胃癌(stomach adenocarcinoma,STAD)、卵巢癌(ovarian serous cystadenocarcinoma,OV)、肉瘤(sarcoma,SARC)、膀胱癌(bladder urothelial carcinoma,BLCA)、皮肤癌(skin cutaneous melanoma,SKCM)、乳头状肾细胞癌(kidney renal papillary cell carcinoma,KIRP)和乳腺癌(breast invasive carcinoma,BRCA)等11种癌症有关。结论当去甲基化酶FTO被敲低或处于低活动水平时,一些mi RNA和基因可能在癌症中发挥不同的作用,也有可能成为治疗癌症的新的核酸靶点。     

基于网络药理学探讨黄连解毒汤治疗银屑病的作用机制

目的：基于网络药理学探讨黄连解毒汤治疗银屑病的作用机制。方法：通过ETCM、DrugBank、GeneCards、TTD等数据库收集黄连解毒汤的活性成分、作用靶点以及银屑病相关疾病靶点，通过VENNY 2.1.0软件筛选药物与疾病的共同靶点，采用STRING数据库和Cystoscape 3.7.1软件构建蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)以及中药-成分-靶点-疾病网络，采用MetaScape数据库对关键靶点进行富集分析。结果：筛选出黄连解毒汤有效成分144个，药物与疾病的共同靶点73个，黄连解毒汤治疗银屑病的潜力成分有针依瓦菊素、棕榈酸、白杨素、黄芩苷、黄芩黄酮I等，潜在靶点有PTGS2、AKT1、TLR4、AHR、PPARG等，富集分析发现其作用机制可能与蛋白质转运、小分子代谢、脂肪酸代谢、AMPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、HIF-1(Hypoxia-induciblefactor1，缺氧诱导因子1)等信号通路相关。结论：黄连解毒汤可通过多成分、多靶点、多通路发挥治疗银屑病作用。     

基于高通量测序的冷应激大鼠肝脏mRNA差异表达分析

目的高通量测序技术分析冷应激大鼠肝脏基因mRNA差异表达。方法将SPF级大鼠随机分为冷刺激组[(4±0. 05)℃]及常温对照组[(24±0. 05)℃],刺激24 h。采集2组大鼠肝脏组织并提取总RNA,应用Ⅲumina HiSeg平台测序,对筛选的差异表达基因进行基因功能(Gene Ontology,GO)注释及信号通路数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析,采用qRT-PCR验证随机筛选的基因mRNA表达水平。结果经测序分析,冷刺激组发掘新基因293个,其中244个有功能注释,差异表达基因98个;经GO分析,差异表达基因显著富集细胞过程、生物调控、代谢过程、细胞组分、细胞器、蛋白质运输等过程;经KEGG分析,大多数差异表达基因注释在原发性免疫缺陷、癌症形成过程、用于IgA生成的肠道免疫网络、细胞因子与细胞因子受体相互作用等通路,在MAPK、PI3K-Akt信号通路和内质网蛋白加工通路中表达量极高,在乙型肝炎和病毒感染通路表达量较低。与常温对照组比较,冷刺激组大鼠肝脏的多配体聚糖4(syndecan 4,Sdc4)及白蛋白(albumin,Alb)基因表达水平上调,差异有统计学意义(P 0. 05)。结论成功筛选冷应激大鼠肝脏差异表达基因,该类基因很可能参与了机体代谢及损伤修复等过程,为深入研究大鼠冷应激机制积累了数据。     

PTEN过表达对奶牛肝细胞脂肪酸氧化代谢的影响

目的探讨PTEN过表达对奶牛肝细胞脂肪酸氧化代谢的影响。方法构建PTEN过表达的重组腺病毒载体,病毒扩增后,感染犊牛原代肝细胞,并设空白对照组(加入PBS)和阴性对照组(感染阴性对照腺病毒AD-GFP),感染48 h后,荧光定量PCR检测细胞中PTEN、脂肪酸氧化代谢转运主要基因CPTⅠ、CPTⅡm RNA的表达水平,Western blot检测相应蛋白表达水平。结果重组腺病毒载体经酶切鉴定证明构建正确。过表达PTEN基因后,可升高CPTⅠ和CPTⅡ基因m RNA和蛋白的表达量(P0.01)。结论 PTEN通过调节脂肪酸氧化酶转录和翻译水平,对脂肪酸在肝细胞内的氧化代谢过程进行调节,其有望作为临床有效的生物调控药物,用于治疗奶牛脂肪肝。     

胎衣不下奶牛母体胎盘中有丝分裂原活化蛋白激酶及细胞外信号调节蛋白激酶基因异常表达的分析

目的分析胎衣不下(retained fetal membranes,RFM)奶牛母体胎盘组织中有丝分裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK,MEK)及细胞外信号调节蛋白激酶(extracellular signal-regulated protein kinase,ERK,p42/44 MAPK)的异常表达。方法选取年龄、胎次、体况相近的产后胎衣正常排出和RFM奶牛各3头,分别为N和R组。产后用子宫内膜采样器采集两组奶牛胎盘样本,Western blot法检测样本中MEK、p42/44 MAPK、P-p42/44MAPK蛋白表达水平,RT-qPCR法检测样本中MEK、p42/44 MAPK基因mRNA转录水平。结果与N组比较,R组奶牛胎盘组织中MEK蛋白表达水平显著下调(P 0. 01),p42/44 MAPK蛋白表达水平下调,但差异无统计学意义(P 0. 05),P-p42/44 MAPK蛋白表达水平显著上调(P 0. 001);R组奶牛胎盘组织中MEK及p42/44 MAPK基因mRNA转录水平均显著下调(P 0. 01)。结论 RFM奶牛母体胎盘组织中MEK与p42/44 MAPK蛋白及m RNA转录水平均明显下调,可能是奶牛RFM发生机制中的关键。     

基于网络药理学探讨川牛膝治疗高血压的作用机制

目的：利用网络药理学分析川牛膝治疗高血压的作用机制。方法：应用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)筛选出川牛膝的活性成分及其作用靶点,采用OMIM数据库,Drugbank数据库,TTD数据库,CTD数据库和DISGENT数据库检索与高血压相关的靶点基因。将川牛膝及高血压的共同靶点导入STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用分析(PPI);利用METASCAPE数据库进行核心靶点GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果：川牛膝主要化学成分为槲皮素、杯苋甾酮、红苋甾酮、β-谷甾醇、齐墩果酸等;共筛选出关键共同靶点170个,包括AKT1、IL6、VEGFA、TP53、CASP3、TNF、JUN、EGF、MAPK1、EGFR、PTGS2、STAT3等;GO富集分析得到生物学进程主要涉及炎症反应、对伤害的反应、对脂多糖的反应、活性氧代谢过程、凋亡信号通路等;KEGG富集信号通路主要包含糖尿病并发症AGE-RAGE信号路径、肿瘤的途径、乙型肝炎、TNF信号通路、肿瘤中的蛋白质多糖等。结论：川牛膝治疗高血压存在多通路、多靶点的可能,揭示了川牛膝治疗高血压的潜在分子机制。     

基于网络药理学及分子对接研究盐酸小檗碱治疗特异性皮炎的作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接探索盐酸小檗碱活性化合物证明其对抗特异性皮炎的机制。方法：使用SwissTargetPrediction和GeneCards数据库检索对应目标的基因，由Cytoscape软件构建化合物-靶标网络，筛选出药物-疾病的共同基因靶点作为研究靶点，将共同基因靶点导入STRING网络平台，获得蛋白质-蛋白质相互作用关系。盐酸小檗碱的核心靶点通过Metascape基因功能分析网站进行基因本体（GO）和KEGG信号通路生物富集分析。最后，采用Autodock、Pymol软件对筛选出来起到关键作用的靶点与盐酸小檗碱成分进行分子对接。结果：化合物-靶点网络主要包含99个对应靶点。GO生物富集分析得到1512个生物学过程、138个细胞组成、174个分子功能，KEGG中有5个主要信号通路。分子对接结果表明，盐酸小檗碱与ICAM1抗体具有较高的亲和力。结论：盐酸小檗碱中的可能通过与ICAM1抗体等多种靶点调控多种信号通路，可能对特异性皮炎发挥治疗作用。     

驴油提升皮肤屏障功能及潜在作用机制研究

探讨驴油提升皮肤屏障功能的作用及其可能的作用机制。将十二烷基硫酸钠作用于体外重组三维表皮模型（EpiKutis）构建皮肤屏障损伤模型,采用四唑盐比色法（MTT）检测组织活力,利用酶联免疫吸附检测方法（ELISA）检测IL-1α的水平,考察驴油对人3D皮肤屏障损伤模型的屏障指数和IL-1α水平的影响。采用转录组高通量测序（RNA-seq）技术揭示驴油对皮肤生理的机制,并揭示驴油提升皮肤屏障功能的可能机制。结果表明,驴油可显著提升人3D皮肤屏障损伤模型的屏障指数和降低IL-1α水平,效果与地塞米松类似。驴油作用于人3D皮肤模型后,筛选出1 649个差异表达基因,其中619个基因上调,1 030个基因下调。基因本体论（Gene?Ontology,GO）功能富集分析表明差异表达基因与表皮发育、表皮细胞分化及皮肤发育有关;京都基因与基因组百科全书（kyoto?encyclopedia?of?genes?and?genomes,KEGG）通路富集分析结果表明差异基因参与TGF-β信号通路、IL-17信号通路、HIF-1信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用、NF-κB信号通路等重要生物学通路,其...     

基于网络药理学探讨蒲公英对甲状腺结节的作用机制研究

目的：通过网络药理学方法研究蒲公英对甲状腺结节的作用机制。方法：利用TCMID数据库及Uniprot数据库筛选得到蒲公英的活性成分及标准化的靶点信息,通过Genecard数据库搜索得到甲状腺结节的靶点信息,用Venny2.1网站获得甲状腺结节与蒲公英的交集基因。使用Cytoscape软件建立蒲公英活性成分-靶点网络信息,采用String数据库建立PPI网络。通过Metascape数据库进行GO分析和KEGG富集分析。结果：共筛选出8个核心成分,31个核心靶点,346个生物学途径,173条KEGG通路。结论：蒲公英可能作用于癌症途径、脂质与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、AGE-RAGE信号通路、MAPK信号通路等相关靶点及通路,以多成分-多靶点-多通路的特点作用于甲状腺结节。     

基于cGAS-STING通路的调控剂及研究进展

环状GMP-AMP合酶(cGAS)-干扰素基因刺激分子(STING)信号通路能够感受胞质DNA触发免疫反应。STING在病原体感染、癌症和炎症性疾病中具有重要作用。本文从STING的结构和功能进行描述,概括了近年来STING通路的研究进展,STING相关疾病的研究以及近期一些代表性调控剂的发现。STING是一个非常具有潜力的药物靶点,希望能够为进一步探索STING的调控剂提供一些思路。