冷应激大鼠体内miR-383-5p表达的变化及其功能的预测分析

目的探讨冷应激大鼠体内miR-383-5p表达的变化,并对其功能进行预测分析。方法将大鼠置(4±0. 05)℃冷暴露12 h,同时设对照组(24℃常温饲养),qRT-PCR法检测miR-383-5p在血清和肝脏中的表达水平。应用miRanda、TargetScan和miRDB 3种软件同时对miR-383-5p进行靶基因预测,并通过DAVID 6. 8软件对miR-383-5p肝脏靶基因进行GO和KEGG分析。qRT-PCR和Western blot法检测下调BRL-3A细胞中miR-383-5p表达对部分代谢相关靶基因mRNA转录及蛋白表达的影响。结果冷应激后小鼠血清及肝脏中的miR-383-5p相对表达量均显著下降(P 0. 05)。生物信息学方法预测出733个在大鼠肝脏表达的靶基因,GO富集分析结果显示这些靶基因主要与细胞氧化还原过程、增殖和凋亡相关,KEGG分析结果显示富集靶基因最多的信号通路是代谢通路。下调miR-383-5p表达使BRL-3A细胞中Mtor、Pfkfb1和Apbb3基因的mRNA的转录水平显著升高(P 0. 05),Pfkfb1蛋白的表达量显著升高(P 0. 05)。结论冷应激可降低大鼠肝脏中miR-383-5p的表达量,进而通过调节Pfkfb1等靶基因的表达参与细胞的代谢、增殖和凋亡。     

miR-203负性调控CPEB4基因对人脑胶质瘤U87细胞增殖的影响

目的探讨mi R-203对胞质多聚腺苷酸化元件结合蛋白4(cytoplasmic polyadenylation element binding protein4,CPEB4)基因的靶向作用及对人脑胶质瘤U87细胞增殖的影响。方法采用免疫组化法检测CPEB4在人脑胶质瘤U87细胞中的表达,生物信息学方法预测mi R-203与CPEB4基因的靶向配对关系,并应用Dual-Luciferase誖报告系统鉴定;将mi R-203 mimics及si RNA转染U87细胞,Real-time PCR法检测mi R-203和CPEB4 m RNA水平,Western blot法检测CPEB4蛋白的表达,平板克隆形成试验检测癌细胞的增殖情况。结果光镜下可见U87细胞均匀分布,但细胞形态多样性明显,胞质内有CPEB4蛋白高表达,呈棕褐色;mi R-203与CPEB4基因靶向配对良好,mi R-203能够抑制CPEB4 m RNA水平。过表达mi R-203能够降低CPEB4 m RNA和蛋白的表达,抑制U87细胞的增殖。结论mi R-203通过负性调控人脑胶质瘤U87细胞中CPEB4基因的表达,进而抑制癌细胞的增殖。     

基于网络药理学及分子对接技术探寻“延胡索-赤芍”治疗盆腔炎的作用机理研究

目的：采用网络药理学及分子对接的方法,研究延胡索-赤芍治疗盆腔炎的潜在性靶点及数据信号通路。方法：依靠TCMSP平台查找延胡索-赤芍口服OB≥30%和DL≥0.18的活性成分及作用靶点。根据OMIM、GeneCards等数据库检索盆腔炎有关病症靶点,获得延胡索-赤芍中相关成分的靶点和盆腔炎靶基因。选用cytoscape3.7.1软件构建数据可视化的“药品-活性成份-靶点-疾病”关联网络结构图,然后进行GO和KEGG通路富集通路分析,进一步对筛选得到靶点较多的活性成分和靶点进行分子对接。结果：挑选获得70种潜在的药效成分,219个化学物质靶点,3954个盆腔炎有关靶基因。二者取交集后得到疾病和药物活性成份100个相同靶点。GO作用富集分析获得74个GO内容;KEGG通路富集分析挑选出140条数据信号通路。分子对接显示β-谷甾醇、豆固醇、狮足草碱和PTGS2、PTGS1、RXRA等靶点有较强亲和能力。结论：延胡索-赤芍可能是通过PTGS2、PTGS1、RXRA、OPRM等关键靶点发挥多成分-多靶点-多通路盆腔炎的治疗作用。     

基于网络药理学探讨华蟾素对肺癌的作用机制

目的：通过网络药理学方法系统地探讨华蟾素抗肺癌的作用机制。方法：利用文献资料和比较毒理学基因组数据库(CTD)获取华蟾素的活性组分，再用SwissADME数据库对其有效成分进行分析后，利用UniProt数据库对其基因命名作规范化处理。从GeneCards数据库以及OMIM数据库获取肺癌基因；利用韦恩图得到华蟾素抗肺癌的潜在治疗靶点；通过STRING数据库来获得潜在治疗靶点的蛋白质相互作用，后用Cytoscape软件创建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并确定关键作用靶点；使用Cytoscape软件创建药物-成分-靶点-疾病的网络，并筛出关键活性成分；用Metascape数据库对潜在治疗靶点作GO功能富集和KEGG通路富集，之后用Cytoscape软件创建药物-靶点-通路的网络。结果：华蟾素含有49种活性化合物，活性成分靶基因195个，肺癌靶基因共1 197个，华蟾素抗肺癌潜在治疗靶点56个。GO功能富集891个条目，KEGG通路富集分析共136个条目。结论：华蟾素通过多种活性成分、多靶点、多通路相互作用发挥抗肺癌作用。     

是时候考虑用新的方法设计作用于不成药靶点的肽农药

已使用基因靶向抑制和突变工具阐明了许多潜在的新农药靶标位点,这些靶标被认为是不成药靶点。生物界的一些生物体利用毒肽来抵御或杀死天敌,农业化学工业已在田间应用一些肽类似物(草铵膦和双丙氨膦)。而药物学家一直在使用三维靶蛋白结构来发现和合成与上述的靶标表面紧密结合并抑制其活性的短肽。     

奶牛miR-124a靶基因预测及生物信息学分析

目的预测奶牛miR-124a(bta-miR-124a)的靶基因,并对其生物学功能、调控机制以及参与的信号转导通路进行富集分析,为bta-miR-124a调控乳品质代谢的功能验证研究提供理论依据。方法利用miRBase、miRWalk和Targetscan等在线数据分析系统,获得bta-miR-124a的前体及成熟区序列,同时预测其候选靶基因并取交集,进而对筛选获得的候选靶基因进行GO功能注释及信号通路富集分析。结果 bta-miR-124a序列在各物种间高度保守,其候选靶基因主要富集在生物调控、细胞生长、代谢等生物学过程中。KEGG信号通路显示,在癌症、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)、单磷酸腺苷活化蛋白激酶(AMP-activated protein,AMPK)、环磷酸腺苷(cyclic adenosine monophosphate,c AMP)信号转导、脂肪酸降解、脂肪酸生物合成等信号通路中,候选靶基因均被富集。结论 bta-miR-124a的候选靶基因在癌症发生、AMPK信号转导、脂肪酸代谢中发挥重要作用。其中,脂肪酸代谢是bta-miR-124a可能参与的主要代谢调控通路。为后期bta-miR-124a在奶牛乳腺组织中调控乳脂代谢的功能机制的研究提供参考。     

miR-628-3p靶向结合STK17B基因对卵巢癌进展的抑制作用

目的 分析miR-628-3p通过靶向丝氨酸/苏氨酸激酶17B(serine/threonine kinase 17B,STK17B)抑制卵巢癌（ovarian cancer,OV）增殖、迁移和侵袭的能力。方法 生物信息学分析miR-628-3p在OV组织中的表达水平及预后。分别将空载NC质粒（miR-NC）、miR-628-3p、miR-628-3p+STK17B转染至人OV细胞SKOV3和HO8910中,RT-qPCR法检测转染细胞中miR-628-3p表达水平;CCK-8法和克隆试验检测各组细胞增殖能力;划痕愈合试验检测各组细胞迁移能力;Transwell侵袭试验检测各组细胞侵袭能力。裸鼠成瘤试验检测瘤体质量及体积变化。Starbase数据库预测miR-628-3p靶基因,双荧光酶素报告试验进行验证。Western blot法测定各组细胞STK17B蛋白表达水平。结果miR-628-3p在OV组织中低表达,且患者无病生存期低。与miR-NC组相比,miR-628-3p组SKOV3和HO8910细胞中miR-628-3p表达均上调（t分别为7.789和7.862,P均<0.0...     

基于网络药理学及分子对接研究盐酸小檗碱治疗特异性皮炎的作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接探索盐酸小檗碱活性化合物证明其对抗特异性皮炎的机制。方法：使用SwissTargetPrediction和GeneCards数据库检索对应目标的基因，由Cytoscape软件构建化合物-靶标网络，筛选出药物-疾病的共同基因靶点作为研究靶点，将共同基因靶点导入STRING网络平台，获得蛋白质-蛋白质相互作用关系。盐酸小檗碱的核心靶点通过Metascape基因功能分析网站进行基因本体（GO）和KEGG信号通路生物富集分析。最后，采用Autodock、Pymol软件对筛选出来起到关键作用的靶点与盐酸小檗碱成分进行分子对接。结果：化合物-靶点网络主要包含99个对应靶点。GO生物富集分析得到1512个生物学过程、138个细胞组成、174个分子功能，KEGG中有5个主要信号通路。分子对接结果表明，盐酸小檗碱与ICAM1抗体具有较高的亲和力。结论：盐酸小檗碱中的可能通过与ICAM1抗体等多种靶点调控多种信号通路，可能对特异性皮炎发挥治疗作用。     

miR-153-5p靶向基质金属蛋白酶-16对胃癌细胞增殖、迁移及侵袭的影响

目的 探讨miR-153-5p对胃癌细胞SGC-7901增殖、迁移和侵袭的影响。方法 RT-qPCR法检测胃癌和癌旁组织(河北北方学院附属第一医院2016年1月—2018年12月经病理确诊的胃癌患者手术切除样本)以及正常胃细胞GES-1和胃癌细胞系(GES-1、MHCC97H、MKN-1、SGC-7901、MKN45、MGC803)中miR-153-5p的表达;将SGC-7901细胞分别或联合转染各质粒后分为miR-NC、miR-153-5p mimic、miR-153-5p inhibitor、pc-NC、pc-MMP-16、miR-153-5p mimic+pc-NC和miR-153-5p mimic+pc-MMP-16组,以未处理的SGC-7901细胞为对照组。克隆形成试验检测细胞增殖能力,Transwell试验检测细胞侵袭能力,划痕试验检测细胞迁移能力,Western blot法检测基质金属蛋白酶-16(matrix metalloproteinase-16,MMP-16)表达水平,Targetscan网站和双荧光素酶报告试验分别预测和验证miR-153-5p与MMP-16的靶...     

let-7a及其靶基因在肝细胞癌中作用机制的研究进展

肝细胞癌（hepatocellular carcinoma,HCC）是全球范围内最具侵袭性的恶性肿瘤之一,具有较高的复发率和死亡率。大多数恶性肿瘤中微小RNA(microRNA,miRNA)呈异常表达,可影响肿瘤的发生、发展、转移和复发。miRNA可通过靶向不同靶基因,参与不同信号通路,从而在疾病的发生发展、生物发育、器官形成、病毒防御、表观调控及代谢等生命活动起到调控作用。let-7a是let-7 miRNA家族成员之一,参与细胞的增殖、凋亡等生物学过程,且在多种癌症中发挥肿瘤抑制因子的作用。本文就let-7a及其靶基因在HCC中作用机制的研究进展作一综述。     

T-cadherin基因通过雄激素受体通路对前列腺癌LNCa P细胞增殖的抑制作用

目的分析前列腺癌组织中T-cadherin基因mRNA转录水平,探讨T-cadherin基因通过雄激素受体(androgen receptor,AR)通路抑制前列腺癌LNCaP细胞增殖的作用。方法收集前列腺癌及癌旁相应正常组织各60份,实时荧光定量PCR检测组织中T-cadherin mRNA转录水平;将培养24 h的前列腺癌LNCaP细胞分为腺病毒GFP组、腺病毒GFP-T-cadherin组及空白对照组(不含腺病毒),CCK-8法检测T-cadherin对前列腺癌LNCaP细胞增殖的影响,Western blot法检测过表达T-cadherin后前列腺癌LNCaP细胞中AR及前列腺特异性抗原(prostate specific antigen,PSA)蛋白表达水平,并检测不同组别LNCaP胞浆及胞核中AR蛋白表达水平。结果 T-cadherin基因在癌组织中较癌旁组织mRNA转录水平明显减少(P 0. 01),其转录水平与前列腺癌的分期、格里森评分及分化均有关(P均0. 05);与空白对照组比较,腺病毒GFP-T-cadherin组能抑制前列腺癌LNCaP细胞增殖(P 0. 05),而T-cadherin过表达能下调LNCaP细胞中AR及下游靶基因PSA的表达水平(P均0. 05)。结论前列腺癌组织中T-cadherin基因mRNA转录水平明显减少,其过表达能通过AR通路抑制前列腺癌LNCaP细胞的增殖,本研究为前列腺癌的治疗提供了新的靶点。     

人类小细胞肺癌细胞转染野生型p53基因发生的凋亡

为了探索p5 3抑癌基因在临床应用中的潜在价值 ,以带有突变型p5 3基因的人类小细胞肺癌细胞株 (LTEP P)为研究对象 ,开发了一种新型的基因转染方法。将构建有野生型p5 3基因cDNA的质粒与阳离子脂质体和转铁蛋白结合成三元复合物 ,再用于LIEP P细胞的基因转染。通过显微观察、吖啶橙荧光染色、琼脂糖凝胶电泳和切口末端标记试验 ,证实细胞发生了凋亡。表明在体外实验中 ,该三元复合物可有效地转染肿瘤细胞 ,而野生型p5 3基因能够诱导肿瘤细胞发生凋亡。     

五子衍宗丸治疗多囊卵巢综合征的网络药理学探讨

目的：基于中药网络药理学方法探讨五子衍宗丸治疗多囊卵巢综合征(Polycystic ovary syndrome,PCOS)的潜在作用机制。方法：通过检索TCMSP中苍附导痰丸组成药物的成分数据,检索Disgenet、GeneCards、OMIM数据库中PCOS疾病相关靶点;利用Biogenet分别对药物与疾病靶点进行蛋白质相互作用网络进行构建,并提取交集网络以获得五子衍宗丸治疗PCOS的关键靶点;利用Metascape对关键靶点进行GO和KEGG富集分析,得出五子衍宗丸治疗PCOS的作用机制。结论：五子衍宗丸治疗多囊卵巢综合征的主要成分可能是槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇等,涉及到的关键通路有癌症信号通路、脂质与动脉粥样硬化信号通路、化学致癌–受体激活通路、T白细胞介素-17信号通路等,与激素反应、对有机物的反应、细胞对脂质的反应、对外源性刺激的反应等多个生物学过程相关。     

miR-25-3p调控CPEB4基因对人肺癌A549细胞侵袭和迁移的影响

目的探讨miR-25-3p和CPEB4基因在人肺癌A549细胞中的表达,阐明miR-25-3p对CPEB4基因的靶向作用及其对A549细胞侵袭和迁移的影响。方法采用免疫荧光化学技术检测CPEB4在A549细胞中的表达;运用生物信息学方法对miR-25-3p和CPEB4基因的靶向配对关系进行预测;脂质体2000转染miR-25-3p模拟物以及干扰CPEB4基因的siRNA后,采用Real-time PCR检测miR-25-3p和CPEB4基因mRNA在癌细胞中的表达;Western blot法检测CPEB4蛋白在癌细胞中的表达;Transwell小室试验检测癌细胞体外的侵袭性;细胞划痕试验检测癌细胞的迁移情况。结果 A549细胞胞质内CPEB4蛋白高表达,呈绿色荧光;miR-25-3p和CPEB4基因二者靶向配对良好;过表达miR-25-3p能降低A549细胞中CPEB4基因mRNA和蛋白的表达,抑制A549细胞的侵袭和迁移。结论 miR-25-3p通过下调人肺癌A549细胞中CPEB4基因的表达,进而抑制癌细胞的侵袭和迁移。     

大黄治疗脑卒中的化学成分及分子机制研究

借助整合药理学平台(TCMIP)对大黄的化学成分、治疗脑卒中的作用靶点和信号通路进行研究,构建了大黄治疗脑卒中的"关键成分-重要靶标-主要通路"网络,揭示了大黄治疗脑卒中的活性成分有88个,与583个关键靶点及糖代谢、氧化磷酸化、能量代谢等相关生物过程有关。该研究可为进一步开展大黄治疗脑卒中作用及机制研究提供一定的科学依据。     

S期激酶相关蛋白2对食管鳞癌细胞增殖、迁移的影响及其作用机制

目的 明确S期激酶相关蛋白2(S-phase kinase associated protein 2,Skp2)在食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)细胞中的功能.方法 利用RT-qPCR和Western blot法检测Skp2基因在ESCC细胞系中的表达;用慢病毒...     

基于网络药理学探究鱼腥草的作用机制及其在化妆品中的应用

采用网络药理学方法研究分析鱼腥草的作用机制,结合市场调研总结含有鱼腥草添加物的化妆品及鱼腥草添加物的功效。方法 :借助TCMSP平台进行成分及靶点的挖掘,将挖掘到的靶点导入Cytoscape3.7.1软件构建“成分-靶点”网络图,导入String11.5数据库得到蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,使用Metascape数据库进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。在国家药品监督管理局网站和美丽修行APP收集整理含有鱼腥草添加物的化妆品并对其进一步分析。结果 :经筛选获得鱼腥草5种活性成分,155个相应靶点。GO条目6222个,其中生物过程（BP）为4903个,分子功能条目(MF) 832个,细胞组成(CC)条目214个; KEGG通路236条。结论 :揭示了鱼腥草具有多成分、多靶点、多通路的作用特点,可以作用于炎症、氧化应激、细胞衰老及癌症发生等通路。     

苦参碱对人急性红白血病细胞株TF-1SALL4基因及Wnt/β-catenin信号通路下游靶基因表达的影响

目的探讨苦参碱对人急性红白血病细胞株TF-1 SALL4基因及Wnt/β-catenin信号通路下游靶基因表达的影响。方法用不同浓度的苦参碱(0.5、1.0、2.0 g/L)处理TF-1细胞,另设对照组(不加苦参碱)。苦参碱作用48 h后,采用实时荧光定量PCR法检测各组TF-1细胞中SALL4基因及Wnt/β-catenin信号通路下游靶基因β-catenin、C-myc、Cyclin DI的表达水平,并分析SALL4基因与β-catenin、C-myc及Cyclin DI表达的相关性;Western blot法检测各组TF-1细胞中SALL4蛋白的表达水平。结果经不同浓度苦参碱处理48 h后,TF-1细胞中SALL4、β-catenin、C-myc、Cyclin DI基因的表达水平及SALL4蛋白的表达水平与对照组相比,均明显下降,且呈浓度依赖性(P<0.05);SALL4基因与β-catenin、C-myc、Cyclin DI基因的表达明显相关(r s值分别为0.912、0.818和0.832,P均<0.01)。结论苦参碱对TF-1细胞中SALL4基因和蛋白表达及Wnt/β-catenin信号通路下游靶基因β-catenin、C-myc、Cyclin DI的抑制可能在抑制细胞增殖、诱导细胞凋亡过程中起重要作用。     

奶牛microRNA-205靶基因及调控网络的精细预测分析

目的预测奶牛microRNA-205(bta-miR-205)候选靶基因,对其进行生物信息学精细分析,构建候选靶基因参与的调控网络。方法应用miRBASE、Targetscan和miRWalk软件预测其候选靶基因,经Gene Ontology、Panther、STRING和DAVID软件进行功能注释、分类统计、蛋白质互作及KEGG通路注释和富集分析,通过Cytoscape软件绘制靶基因可能重点参与的调控网络。结果 miR-205基因成熟区序列高度保守,共筛选出288个bta-miR-205候选靶基因,其参与的主要生物进程是细胞过程、代谢过程和生物调控,主要参与形成细胞器等细胞组分,主要分子功能是结合、催化作用。MAPK3等多个候选靶基因存在基因共表达和蛋白互作关系,参与免疫系统、适应性免疫系统、基因表达(转录)、抗原加工等反应途径显著富集在鞘脂、甲状腺激素、PI3K-Akt等信号通路。结论 bta-miR-205的候选靶基因MAPK3等可能通过参与免疫系统、基因表达(转录)、抗原加工等反应途径及鞘脂、甲状腺激素、PI3K-Akt等信号通路,在奶牛炎症疾病抗性、生殖及发育过程调控中发挥重要作用。