KIF2C在肝细胞癌中的作用及ceRNA调控网络构建

目的：分析驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)在肝细胞癌（HCC）中的表达及意义;探索竞争内源性RNA(ceRNA)网络在HCC发展中的潜在作用。方法：利用肿瘤芯片数据库（Oncomine）、肿瘤基因组图谱（TCGA）和基因表达谱交互分析（GEPIA）数据库分析KIF2C在HCC中的表达,及其与HCC的总生存期（OS）、无病生存期（DFS）及病理分级等临床参数的关系;通过RT-qPCR实验分析KIF2C在HCC组织和配对的癌旁组织中的表达;通过细胞功能实验分析干预KIF2C表达对HCC细胞增殖、侵袭与迁移的影响;利用STRING和GeneMANIA数据库探索与KIF2C互作的蛋白和基因;使用高通量测序,寻找log2|FC|>1条件下的差异基因,并进行GO与KEGG富集分析,探索KIF2C潜在的作用通路;通过共表达分析,筛选互作的RNA后构建ceRNA调控网络。结果：KIF2C在HCC中显著高表达（P<0.001）;KIF2C表达水平影响HCC患者的生存预后及病理分级（P<0.05）;细胞功能实验表明KIF2C过表达促进HCC细胞的增殖、侵袭与迁移（P<0.05）;...     

甲状腺乳头状癌相关ceRNA网络的生物信息学分析

目的 近些年由于高通量测序的发展,针对环状RNA(circRNA)的研究越来越多,但仍有大量的环状RNA有待探索,本文通过对甲状腺乳头状癌(PTC)中竞争性内源性RNA(ceRNA)的研究,构建circRNA-miRNA-mRNA的ceRNA网络,探索PTC中环状RNA潜在的调控机制,为临床寻找新的标志物或治疗靶点提供新的思路和见解。方法 整合GEO和TCGA两大数据库,下载与PTC相关的芯片及临床数据,运用生物信息学方法构建与生存相关的ceRNA网络机制。结果 两大数据库中共鉴定出16个环状RNA、199个miRNA和4 308个mRNA的差异表达基因,通过Cancer-Specific CircRNA Database预测环状RNA可能结合的miRNA并绘制韦恩图,将得到11个差异表达的miRNA通过TargetScan、miRDB两大数据库预测mRNA靶基因并整合,共得到751个差异表达的mRNA,通过三者之间作用关系整合成ceRNA网络并进行可视化,利用STRING网站工具构建蛋白质相互作用网络,计算并筛选出其中密度最高、接近中心性的前10个枢纽基因,GO和KEGG通路富集分析...     

基于生物信息学方法构建肝癌患者预后相关内源竞争RNA调控网络

目的：基于生物信息学方法探索肝细胞癌相关的差异表达基因（DEGs）,并构建预后相关内源竞争RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络。方法：利用数据集GSE89377,筛选肝细胞癌不同发展时期的肿瘤组织与正常组织间的差异表达基因;通过GEPIA,HPA数据库探究DEGs的mRNA和蛋白在肝细胞癌中的表达,及对患者预后的影响;随后通过Cox回归分析,筛选可独立预测患者预后的关键基因;进一步通过GO和KEGG富集分析探索关键基因相关信号通路。最后,通过miRmap、miRWalk和Targetscan数据库预测关键基因的上游微小RNA (microRNA,miRNA),并筛选预后相关miRNAs;通过Starbase和Lncbase预测重要miRNAs的LncRNAs,并筛选预后相关LncRNAs。以此构建影响肝癌患者预后的差异基因-miRNA-LncRNAs的ceRAN调控网络。结果：韦恩分析及表达分析发现,4个DEGs在肝癌组织及正常组织间差异表达,即AKR1B10、LAGLS4、MUC13、IGFALS;其中,AKR1B10高表达可独立预测肝癌患者...     

基于房颤中circRNA-miRNA-mRNA网络构建和免疫细胞浸润的生物信息学分析

目的：采用生物信息学方法挖掘公共数据库,构建房颤（AF）的内源性RNA (ceRNA免疫调节网络,了解AF的发生发展机制。方法：从基因表达数据库（GEO）中下载AF患者和健康对照者环状RNA (circRNA)(GSE129409)、微小RNA (miRNA)(GSE28594)和mRNA(GSE41177)基因表达数据。采用R软件中的“limma”数据包鉴定出差异表达的circRNA、miRNA和mRNA,并通过相关数据库进行可视化展示。通过ENCORI、circBank、TargetScan和miRDB数据库预测差异表达的circRNA、 miRNA和mRNA之间的调控关系,并基于circRNA-miRNA对和miRNA-mRNA对构建ceRNA调控网络。采用DAVID数据库对差异表达mRNA (DEmRNA)进行基因本体论（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析以注释其功能。采用受试者工作特征（ROC）曲线筛选最佳基因特征并计算ROC曲线下面积（AUC）。采用CIBERSORT软件分析AF中免疫细胞浸润情况。结果：共鉴定出103个差异circRNAs、 37个差异m...     

基于生物信息学构建阿尔茨海默病内源竞争RNA调控网络

目的 探讨阿尔茨海默病(AD)中差异长链非编码RNA(lncRNA)与靶向微RNA(miRNA)、mRNA的相互作用关系及其导致AD的发病机制.方法 在基因表达综合数据库(GEO)中下载数据,筛选出在AD早中晚期存在差异表达的lncRNA和mRNA,运用RegRNA预测lncRNA的靶向miRNA,TargetScan...     

基于circRNA-miRNA-mRNA网络揭示circRNA在甲状腺乳头状癌中的作用

背景 甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)是一种常见的内分泌肿瘤,越来越多证据表明circRNA与肿瘤的发展密切相关,但circRNA在PTC中的功能尚不清楚.目的 基于生物信息学方法,构建PTC患者circRNA-miRNA-mRNA网络,探索circRNA在PTC预后中的...     

环状RNA在乙肝病毒相关性肝细胞癌中的研究进展

肝癌是常见的恶性肿瘤之一,肝细胞癌是最常见的病理类型,在我国80％以上的肝癌患者合并了乙肝病毒(hepatitis B virus,HBV)感染.近年来研究发现,环状RNA(circular RNA,circRNA)作为非编码型 RNA(non-coding RNA,ncRNA)中的一员,其可由pre-mRNA反向剪接...     

基于GEO数据库的银屑病lncRNA筛选与ceRNA网络构建

目的：构建银屑病竞争性内源性RNA(ceRNA)调控网络,为银屑病发病机制提供生物信息学参考。方法：基于基因表达综合数据库(GEO)筛选差异表达的lncRNA并通过相关性分析找到与其相关的编码基因,进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用lncBase数据库预测lncRNA的靶向微小RNA(microRNA, miRNA);使用TargetScan数据库预测编码基因靶向miRNA;利用Cytoscape构建ceRNA网络。结果：本研究基于差异表达的lncRNA构建出6个lncRNA(LIN01094、LINC01215、KLF-AS1、TINCR、EMX2OS、C14orf132)介导的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络,显示这些lncRNA可能通过影响细胞周期、蛋白酶体、DNA复制、细胞因子-细胞因子受体的相互作用、FoxO信号通路等发挥作用。结论：差异表达的(lncRNA LIN01094、LINC01215、KLF-AS1、TINCR、EMX2OS、C14orf132)可能作为ceRNA发挥调控功能,参与银屑病发病。     

基于微小RNA-mRNA-信号通路调控网络探讨肝细胞癌的潜在生物学标志物

目的 通过构建微小RNA(miRNA)-mRNA-信号通路调控网络,探讨肝癌的潜在生物学标志物.方法 通过GEO数据库获得mRNA和miRNA的表达谱,采用limma包筛选差异表达miRNA(DEmiRNAs)和差异表达mRNA(DEGs).通过miRDB、miRTarBase和TargetScan数据库进行DEmiR...     

癌旁circWDR25与肝细胞癌根治性切除术后的预后相关

目的 探讨癌旁组织中肝星状细胞（HSCs）分泌表达的circWDR25（hsa-circRNA-0004310）与肝细胞癌（HCC）患者行根治性切除术后的预后关系。方法 肝星状细胞系LX-2分别与3种肝癌细胞系Hep3B、SMMC-7721、HCCLM3行transwell小室法共培养,建立肿瘤细胞活化的HSCs,收集HSCs上清分离外泌体,提取RNA后检测circRNA基因表达谱;收集2014年1月~2015年10月在重庆医科大学附属第一医院肝胆外科接受根治性切除手术的288例HCC患者的癌旁肝组织,行原位杂交,检测circWDR25与α-SMA的阳性表达量,预后单因素分析和多因素分析分别采用Log-rank检验和Cox回归分析。结果 基因表达谱发现肿瘤活化的LX-2所分离出的外泌体中circWDR25表达上调最显著;癌旁circWDR25和HSCs呈正相关（r=0.156,P=0.008）。术前AST>36 g/L、肿瘤多发、肿瘤>5 cm、HSC>70、circWDR25>190为影响HCC患者根治性切除术后总体生存率的独立危险因素;术前AST>36、肿瘤多发、肿瘤>5 cm、有癌栓、HSC>70、circWDR25>190为肝癌患者无瘤生存的独立危险因素。结论 癌旁circWDR25和HSCs是HCC患者根治性肝切除术后预后的影响因素,二者在癌旁组织中的高表达与预后差密切相关。     

竞争性内源性RNA与胃癌的相关研究进展

胃癌是全球最常见的癌症之一,是影响全球健康的一个主要问题。胃癌的发生发展是一个多因素共同作用的结果。近年来,非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA),特别是微小RNA(microRNA,mi RNA)和长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),因在人类各种疾病中具有重要意义,包括癌症,而受到广泛关注。无疑,竞争性内源性RNA(competitive endogenous RNA,ceRNA)假说的提出为疾病中的基因调控作用提供了新思路。根据最新发现,本文描述了ceRNA在胃癌发生、发展中的作用和意义,并探讨了ceRNA在胃癌中的相互作用及其可能的分子机制。     

竞争性内源性RNA调控网络在乳腺癌中的作用研究进展

乳腺癌是全球女性最常见的恶性肿瘤,尽管其治疗已取得进展,但仍然是女性癌症死亡的主要原因。非编码RNA(noncoding RNA, ncRNA)在乳腺癌的发生发展中起关键作用,但是不同ncRNA之间存在的作用机制尚不清楚。近来,RNA研究领域新提出的概念是“竞争性内源性RNA(competing endogeous RNA, ceRNA)”,即不同RNA之间存在相互调节作用,包括长链非编码RNA（long noncoding RNA,LncRNA）、微小RNA、转录假基因和环状RNA。研究表明,这些RNA之间的作用失调在促进或抑制乳腺癌发生发展方面具有重要作用。本文针对ceRNA网络调控轴在乳腺癌中的研究进展作一综述。     

基于生物信息学预测肝细胞癌预后基因

目的 基于生物信息学方法筛选肝癌预后基因以及探讨相关基因的作用机制。方法 基于TCGA-LIHC数据集、基因表达综合(GEO)数据库、Ualcan数据库研究了NUF2在肝癌组织和正常肝组织中的表达。采用Wilcoxon秩和检验分析NUF2表达与肝癌临床病理特征的关系,生存分析采用Kaplan-Meier法,预后的单因素分析及多因素分析采用Cox比例风险回归模型。基于GO和KEGG通路富集分析探索其功能机制,利用STRING数据库进行NUF2蛋白互作网络构建,利用LinkedOmics数据库分析NUF2的互作基因以探究NUF2在肝癌发生中的调控机制。此外,使用TIMER数据库和CIBERSORT研究NUF2的表达与肿瘤浸润性免疫细胞状态的关系。结果 与正常肝组织相比,NUF2在肝细胞癌(HCC)组织中高表达,多变量Cox回归分析确定NUF2是HCC发生的独立危险因素,NUF2高表达患者的总生存期明显短于NUF2低表达的患者。另外,通过STRING数据库和LinkedOmics数据库构建了NUF2蛋白互作基因网络,功能分析显示NUF2及其相关基因主要参与核分裂、染色体分离、有丝分裂、化学诱...     

环状RNA在心血管疾病中的研究进展

心血管疾病是人群中最主要的死亡原因,虽然目前诊疗方法在一定程度上可缓解心血管疾病的进展,但仍存在诸多不足,需进一步探索新的治疗靶点。环状RNA(circRNA)是不同于传统线性RNA的一种特殊非编码RNA,通过5’端和3’端的反向剪接或由内含子直接环化而成,其具有半衰期长、性质稳定、含量丰富、保守性好的特点,已有研究表明circRNA通过各种机制参与心血管疾病的病理发展,有望成为心血管疾病新的生物标志物。现对circRNA的形成机制、生物功能及其对多种心血管疾病的调控作用进行综述。     

基于基因芯片技术构建与非小细胞肺癌患者预后相关的内源性竞争性RNA网络

目的 高通量测序技术的发展使得大量miRNA被发现.文中构建非小细胞肺癌(NSCLC)预后相关的内源性竞争性RNA(ceRNA)调控网络,探讨NSCLC中分子调控机制.方法 通过miRNA芯片技术筛选NSCLC组织及其配对癌旁组织中差异表达的miRNA(DEmiRNA),应用targetScan、miRtarBase、...     

基于生物信息调控网络的肝细胞癌核心标志物筛选

目的 通过生物信息学分析,探索肝细胞癌（hepatocellular carcinoma,HCC）诊断中潜在的miRNA标志物。方法 收集GEO数据库中诊断为HCC患者的临床资料并进行筛选,通过R软件识别差异表达的miRNA、mRNA,运用MiRWalk数据库预测筛选出来的差异miRNA的下游靶mRNA。利用网络生物信息分析工具进行gene ontology(GO)功能注释分析和kyoto encyclopedia of genes and genomes (KEGG)通路富集分析,建立蛋白互作网络（protein-protein interaction network,PPI),并通过Cytoscape软件分析出关键基因,进而构建mRNA-miRNA的调控网络。结果 共筛选出了152个高表达和109个低表达的差异表达基因,其中上调的关键基因为BUB1B、AURKA、CCNA2、TOP2A、RACGAP1、MKI67、RRM2、KIF4A、NCAPG、FOXM1;下调的关键基因为IGF1、HGF、PDGFRA、CXCL12、DCN、TGFA、NRG1、FOXO1、AR、NAMPT。通过...