微生物基因组DNA氯化苄提取方法优化的研究

Picbiapastoris GS115为例，通过正交设计对氯化苄提取基因组DNA条件进行优化，并获得最优水平组合提取条件：提取液pH9、氯化苄加量300μL、保温时间60min。Piclda pastoris GS115的基因组DNA为模板，PCR扩增泛素基因（Ubi）在琼脂糖凝胶电泳228bp处出现DNA亮带。利用该法提取其他微生物基因组DNA也能够获得很好的结果。     

晋西北酸粥发酵过程中微生物基因组DNA提取方法的比较

为了找到一种简单高效的晋西北酸粥发酵过程中微生物基因组DNA提取方法,本文采取对提取的微生物基因组DNA进行浓度测定的方法,比较了溶菌酶-SDS-蛋白酶K法、改良CTAB法和改良CTAB-溶菌酶法三种方法的提取效果。结果表明:溶菌酶-SDS-蛋白酶K法效果最好,可以获得质量较高的微生物基因组DNA,DNA浓度为1657.53 ng/μL;改良CTAB-溶菌酶法比溶菌酶-SDS-蛋白酶K法效果差,DNA浓度为1308.08 ng/μL;改良CTAB法对微生物基因组DNA的提取效果比溶菌酶-SDS-蛋白酶K法更差,DNA浓度为1098.36 ng/μL。以提取到的微生物基因组总DNA为模板,进行16S r DNA基因的PCR扩增,在回收产物中目的条带清晰,表明提取到的微生物基因组DNA含量高、结构完整。整体实验结果表明,溶菌酶-SDS-蛋白酶K法对于提取晋西北酸粥发酵过程中微生物基因组DNA效果最好。      

平菇基因组DNA提取方法的研究

以实验室自行培育的平菇为实验材料,分别使用CTAB法、SDS-CTAB法以及高盐酶解法提取平菇基因组DNA,并通过紫外分光光度计、限制性酶切及PCR检测来衡量基因组质量。结果表明,使用CTAB法很难得到高质量的基因组DNA,OD260/280仅为1.5左右,而且伴有较多的杂质,电泳条带拖尾严重;使用EcoRI限制性酶对其进行酶切分析,效率较低,同时PCR检测不能得到有效扩增;而使用优化后的SDS-CTAB法及高盐酶解法提取平菇DNA,能够获得质量高、纯度好的基因组DNA,OD260/280基本保持在1.8～2.0之间,电泳条带较为清晰均一,使用EcoRI限制性酶对其进行酶切分析,酶切效果较好,并且DNA质量能够满足PCR检测的模板要求。说明SDS-CTAB法以及高盐酶解法提取的平菇DNA能够满足分子水平操作的要求,两者相比,前者成本较低,后者产率较高。     

平菇基因组DNA提取方法的研究

以实验室自行培育的平菇为实验材料,分别使用CTAB法、SDS-CTAB法以及高盐酶解法提取平菇基因组DNA,并通过紫外分光光度计、限制性酶切及PCR检测来衡量基因组质量。结果表明,使用CTAB法很难得到高质量的基因组DNA,OD260/280仅为1.5左右,而且伴有较多的杂质,电泳条带拖尾严重;使用EcoRI限制性酶对其进行酶切分析,效率较低,同时PCR检测不能得到有效扩增;而使用优化后的SDS-CTAB法及高盐酶解法提取平菇DNA,能够获得质量高、纯度好的基因组DNA,OD260/280基本保持在1.8～2.0之间,电泳条带较为清晰均一,使用EcoRI限制性酶对其进行酶切分析,酶切效果较好,并且DNA质量能够满足PCR检测的模板要求。说明SDS-CTAB法以及高盐酶解法提取的平菇DNA能够满足分子水平操作的要求,两者相比,前者成本较低,后者产率较高。      

生鲜牛乳总微生物基因组DNA的提取

目的 建立高效快速提取生鲜牛乳中总微生物基因组DNA的方法。方法 以生鲜牛乳为原料, 采用SDS-蛋白酶K法裂解细胞, 酚氯仿有机抽提去除蛋白和醋酸钾溶液沉淀蛋白, 制备样品中总微生物基因组DNA。结果 以NET(Tris?HCl, EDTA, NaCl)作为裂解缓冲液, 蛋白酶K消化得到的基因组DNA纯度和产量较高, 耗时较短; 缓冲液选择NCT(NaCl, CaCl2, Tris?HCl)时, PCR产物特异性低于前者且产量较低。RNA酶消化对产品纯度影响不大且会降低产量。用醋酸钾(KAc)沉淀去除蛋白, 操作快速简单, 耗时最短, 但DNA产量最低。结论 SDS-蛋白酶K法提取的生鲜乳微生物总DNA可以作为牛乳样品进一步检测的分子基础。     

提取鼠肠道内微生物基因组DNA的方法研究

通过改进鼠肠道微生物基因组DNA提取方法以期更全面地反映鼠肠道茵群的真实情况.采用CTAB和SDS结合的方法裂解细胞,同时改进了传统的酚/氯仿抽提方法,提取全过程控制在2 h以内.通过紫外分光光度计,细菌通用引物PCR,总菌群实时定量PCR,变性梯度凝胶电泳(DGGE)对改进方法及两种试剂盒法提取DNA的结果进行比较,评价了所建立的高效提取方法.与试剂盒相比,改进的方法DNA得率较高,简便快速,成本低廉.同时后续的PCR鉴定及DGGE菌群多样性分析显示,改进的方法可以更好地揭示鼠肠道菌群分布和特性.     

苦瓜基因组DNA提取方法的比较研究

目的研究不同方法提取的苦瓜基因组DNA的质量。方法用酚-氯仿法、改良CTAB（十六烷基三甲基溴化铵）法、试剂盒法提取苦瓜基因组DNA,用Southern杂交和内参PCR检测提取DNA的质量。结果改良CTAB法提取的苦瓜基因组DNA A260/A280=1.85,A260/A230=1.96,Southern杂交检测和PCR扩增都显示内参条带。结论改良CTAB法是提取苦瓜基因组DNA的最适方法。     

一种蚜茧蜂基因组DNA提取方法

为有效获得蚜茧蜂基因组DNA,并保留其虫体做形态鉴定。本文对常规试剂盒提取方法（柱离心法）进行改进,采用穿刺法提取7种蚜茧蜂的基因组DNA,同时以研磨法提取4种常见蚜茧蜂成虫基因组DNA做对照,比较两种方法提取的基因组DNA的纯度和产量,并通过线粒体COI基因序列扩增进行验证。结果表明:穿刺法能从单头蚜茧蜂中提取DNA而不影响形态鉴定。该方法提取的DNA产物产量在29~55 ng/μL,提取物的OD₂₆₀/OD₂₈₀在1.51~1.91,可以稳定地进行线粒体COI基因序列扩增,PCR扩增条带清晰完整。      

金黄色葡萄球菌基因组DNA提取方法的优化

实验分别采用CTAB法、碱法、改良型碱法、改良型SDS法等提取金黄色葡萄球菌基因组DNA,比较其提取质量,对金黄色葡萄球菌总DNA提取方法进行优化,以便高效、节约的应用于聚合酶链式反应(PCR)等分子生物学研究。结果表明:改良型SDS法稳定性好,能够有效破壁,DNA的质量高,A260/A280为1.76,介于1.75~1.85之间。提取所需时间较少,仅需40 min,有利于金黄色葡萄球菌总DNA高效、快捷的提取。     

海藻糖合酶产生菌基因组DNA的提取方法

以海藻糖合酶产生菌——恶臭假单胞菌为目标菌，建立了一种快速、简便提取假单胞菌染色体DNA的方法，利用本方法提取的DNA结构完整、无降解、纯度较高，无需纯化，可直接作为PCR方法扩增目的基因的模板。     

不同培养方式对榆黄菇基因组DNA提取的影响

本实验以榆黄菇515株系作为供试材料,采用五种不同的培养方式培养菌丝体,然后用改进的SDS法提取基因组DNA,进行电泳检测和吸光度值测定。实验结果表明,通过液体静置培养和液体床培养的菌丝体生长状况最好,提取基因组DNA的效率也较高,但液体静置培养的菌丝体基因组DNA中含有较多的蛋白、多糖等杂质。因此,液体床培养是榆黄菇获取基因组DNA的最佳培养方式。     

食品检测用4种病原菌基因组试剂盒提取方法的比较与优化

目的:采用国产的天根细菌基因组提取试剂盒,制备具有自主知识产权的、达到国家核酸标准物质要求的食源性病原菌的基因组样品。方法:以4种食源性病原菌大肠埃希氏菌O157:H7、单增李斯特氏菌、肠炎沙门氏菌和金黄色葡萄球菌为研究对象,首先使用进口OMEGA细菌基因组提取试剂盒和国产天根细菌基因组提取试剂盒提取4种病原菌的基因组,然后对国产试剂盒提取的基因组浓度和纯度较低的大肠埃希氏菌O157:H7、肠炎沙门氏菌和金黄色葡萄球菌的基因组提取方法进行优化。最后对4种病原菌基因组的完整性和纯度进行琼脂糖凝胶电泳检测,并分别对4种病原菌的特征毒力基因进行PCR扩增验证。结果:通过方法优化,使用国产天根细菌基因组提取试剂盒提取的4种病原菌的基因组质量浓度均在50 ng/μL以上,A260/A280和A260/A230的值在1.7~2.0之间,基因组DNA条带完整,无RNA和蛋白污染,各菌株的特征毒力基因均为阳性。结论:通过基因组提取方法的优化,得到符合国家核酸标准样品要求的4种病原菌基因组样品,为后续大量制备核酸标准样品奠定了基础。     

小麦表面微生物总DNA提取方法的比较与改进

对小麦表面微生物总DNA提取方法进行了探讨，从液氮冻融，裂解剂，蛋白酶K的加入，缓冲液等方面对SDS与SDS／CTAB两种方法加以改进。结果表明，改进后SDS法提取的DNA降解现象与纯度有很大改善，量也有所增加；SDS／CTAB法改进后浓度与提取率明显增加，纯度也较高。两种方法改进后提取的DNA分子量大小都集中在23kb左右，且不经纯化可直接扩增出16SrRNA基因。     

一种转基因甘蔗基因组DNA的快速提取方法

采用改良的SDS法快速微量提取转基因甘蔗幼苗总DNA,电泳条带清晰,质量较好,完全能够满足PCR检测需要.     

四种酵母基因组提取方法的比较

为获得简便高效的提取酵母基因组DNA的方法,分别采用溶菌酶法、蜗牛酶过夜处理法、蜗牛酶反复冻融法和珠磨法处理酵母细胞,在荧光倒置显微镜下观察、比较细胞的破壁情况,提取基因组后利用紫外分光光度计测定样品中DNA的浓度和纯度以及琼脂糖凝胶电泳和PCR扩增检测基因组DNA的质量。结果表明,除溶菌酶法外,其他3种方法均能提取出高质量的酵母基因组DNA。珠磨法提取酵母基因组具有质量高、成本低、时间短且操作简单的优点。     

6 种食用香辛料基因组DNA提取方法比较

采用TIANGEN植物基因组DNA提取试剂盒法、TIANGEN DNAsecure新型植物基因组DNA提取试剂盒法、QIAGEN DNeasy plant kit法、Nucleospin? Food kit法、改良十六烷基三甲基溴化铵（cetyltrimethylammonium bromide,CTAB）法和十二烷基硫酸钠（sodium dodecyl sulfate,SDS）-CTAB法6 种方法对来自植物根、茎、叶、花蕾、果实及种子的19 种常见食用香辛料的DNA进行提取,并比较各方法的提取效果。结果表明,QIAGEN DNeasy plant kit法和TIANGEN植物基因组DNA提取试剂盒法所得DNA的聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）扩增成功率最高,但QIAGEN DNeasy plant kit法提取的DNA质量浓度低,不利于后续研究。本研究建议将TIANGEN植物基因组DNA提取试剂盒法作为食用香辛料基因组DNA提取的优选方法,并用该方法进行市售香辛料粉的DNA提取。结果显示,所有市售香辛料粉的DNA质量浓度、纯度及PCR扩增效率均符合实验要求。表明TIANGEN植物基因组DNA提取试剂盒法适合食用香辛料DNA提取,而对于皮类及坚硬的食用香辛料应增加样品量及裂解时间。     

15种常见食(药)用菌的3种总DNA提取方法比较研究

本文研究了15种主要食(药)用菌共16个样品的3种总DNA提取方法之比较，它们分别是CTAB法、食品DNA提取试剂盒法和QIAGEN试剂盒法。提取结果分别经过核酸蛋白分析仪、电泳以及RAPD检测。紫外检测结果表明3种方法提取到的总DNA质量均不理想，电泳结果表明3种方法均能提取出小平菇、红菇、香菇、双孢蘑菇、竹荪、黑木耳、姬松茸等7种食(药)用菌总DNA，RAPD检测结果表明CTAB法适用于所有15种食(药)用菌提取用于PCR的总DNA。根据以上结果，我们认为可以选用CTAB法作为在检测这些食(药)用菌的转基因成分时的总DNA提取方法。     

PCR 检测牛乳中大肠杆菌基因组DNA 的提取方法

为获得一种适于牛乳样品大肠杆菌PCR 检测的基因组DNA 提取方法,对饱和酚法、CTAB 法、试剂盒法及溶剂裂解法等4 种提取方法加以比较,通过考察DNA 的纯度、定量分析以及PCR 分析,确定一套有效、快速、适合牛乳中提取大肠杆菌的基因组DNA 方法--溶剂热裂解法。结果显示该方法提取的DNA 模板,适于PCR扩增大肠杆菌DNA,可以用于牛乳中的大肠杆菌检测。