基因芯片筛选门静脉高压症脾亢脾和正常脾巨噬细胞中差异表达基因

目的运用基因芯片技术检测门静脉高压症脾亢脾和正常脾巨噬细胞中基因表达的差异,探讨其在门静脉高压症脾亢发生中的意义。方法提取门静脉高压症脾亢脾巨噬细胞和正常脾巨噬细胞的总RNA,分别用标有荧光素的dCTP反转录制备cDNA探针,将探针与含有14112点cDNA的Biostar-H140scDNA表达谱芯片杂交后扫描荧光强度。上述方法重复3次,从而筛选出恒定的差异表达基因。结果3张芯片分别检测到896、1330和898个差异表达基因,恒定的差异表达基因共有121个,占总基因数的0.86%。其中表达上调的已知基因有21个,表达下调的已知基因有73个。差异表达基因涉及离子通道和运输蛋白、细胞周期蛋白类、细胞骨架和运动、细胞受体、细胞信号和传递蛋白、代谢、免疫相关等多个方面。这些基因可能与门静脉高压症脾亢的发病机制有关。结论采用基因芯片技术筛选门静脉高压症脾亢脾和正常脾巨噬细胞中差异表达的基因,可能为其病因和发病机制的研究提供新思路。     

骨关节炎患者膝关节滑膜组织的基因表达谱分析

目的:分析骨关节炎患者膝关节滑膜组织的基因表达谱.方法:从公共基因芯片数据库选取芯片数据,利用GEO2R筛选骨关节炎患者滑膜组织和正常滑膜组织的差异表达基因;对筛选出的基因进行GO功能和KEEG通路富集分析,利用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白间相互作用网络,筛选关键基因.结果:纳入数据库中两组基因芯片数据,共筛选出131个共同差异表达基因,其中上调基因98个,下调基因33个.GO富集分析提示,差异基因主要在细胞粘附、对成纤维细胞生长因子刺激的反应、细胞内受体信号通路等功能富集.KEGG富集结果显示,差异表达基因参与了丝裂原活化蛋白激酶、低氧诱导因子-1、磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B等信号通路.蛋白间相互作用网络提示了10个关键基因.结论:通过对OA基因表达谱分析筛选差异表达基因发现OA的发病机制不仅与细胞增殖、病理性血管生成、炎症刺激等有关,更是多信号通路、多靶点间相互作用的结果,可为进一步研究提供参考.     

基因芯片技术分析系统性红斑狼疮患者外周血白细胞基因表达谱的初步研究

目的比较系统性红斑狼疮（SLE）患者与正常对照外周血白细胞的基因表达谱的改变，筛选SLE差异表达基因。方法采集静脉血5ml提取总RNA后，反转录合成、标记cDNA探针，与基因芯片杂交后检测。结果9例患者与正常人对照均有相似差异表达的基因共89个，涉及细胞因子及受体相关基因、免疫相关基因、细胞信号和传递蛋白、蛋白翻译合成、离子通道和运输蛋白、凋亡相关基因、DNA和RNA结合、转录蛋白、细胞的外基质成分等。聚类分析结果显示在不同病人间尽管存在个体差异性，但是在其基因表达变化模式上仍然具有极大的相似性。结论基因芯片技术筛选出的差异表达基因可能为进一步研究SLE的发生和发展以及寻找分子诊断标志和药物治疗靶标提供线索。     

急性心肌梗死相关基因的生物信息学分析

目的从基因水平揭示心肌梗死的发病机制,为心肌梗死的基础研究和临床治疗提供新思路。方法从基因芯片公共数据库GEO（geneexpressionomnibus,GEO）中下载心肌梗死相关基因芯片数据,利用GENE-E进行差异基因分析,筛选出在心肌梗死患者中具有的差异表达基因,采用Panther、String等在线分析软件对差异表达基因进行生物信息学分析。结果在200个差异表达基因所编码的蛋白中,有168个存在蛋白与蛋白的相互作用关系;其生物学通路主要涉及细胞凋亡通路、表皮生长因子受体信号通路等。结论通过生物信息学分析心肌梗死相关基因芯片数据,提示心肌梗死发病是多种基因作用的结果,EPHB1,GRM6,CD2BP2在心肌梗死患者外周血中高表达,对相关基因的进一步分析有利于揭示心肌梗死的发病机制,从而为心肌梗死患者的早期筛查提供新的分子标志物。     

基因芯片技术分析系统性红斑狼疮患者外周血白细胞基因表达谱的初步研究

目的 比较系统性红斑狼疮(SLE)患者与正常对照外周血白细胞的基因表达谱的改变,筛选SLE差异表达基因。方法 采集静脉血5ml提取总RNA后,反转录合成、标记cDNA探针,与基因芯片杂交后检测。结果 9例患者与正常人对照均有相似差异表达的基因共89个,涉及细胞因子及受体相关基因、免疫相关基因、细胞信号和传递蛋白、蛋白翻译合成、离子通道和运输蛋白、凋亡相关基因、DNA和RNA结合、转录蛋白、细胞的外基质成分等。聚类分析结果显示在不同病人间尽管存在个体差异性,但是在其基因表达变化模式上仍然具有极大的相似性。结论 基因芯片技术筛选出的差异表达基因可能为进一步研究SLE的发生和发展以及寻找分子诊断标志和药物治疗靶标提供线索。     

ΔNp63α基因过表达对人宫颈癌细胞SiHa基因表达谱的影响

目的 分析ΔNp63α基因过表达时人宫颈癌细胞Si-Ha基因表达谱的变化,筛选受ΔNp63α调控的潜在靶基因.方法 利用慢病毒转染技术构建稳定过表达ΔNp63α的转染组细胞株SiHa-ΔNp63α和对照组细胞株SiHa-NC.应用基因芯片技术研究两组细胞株基因表达谱变化,并进行生物学信息分析和实时荧光定量PCR验证.结果 基因芯片数据共筛选出差异倍数1.5倍以上的基因共1405个,其中843个基因在SiHa-ΔNp63α细胞中表达上调,562个表达下调.通过生物信息学分析显示这些基因主要参与细胞生长与周期、信号转导、细胞通讯、细胞黏附、细胞转移和侵袭等功能,涉及的信号通路包括抗原加工提呈、细胞因子与受体相互作用、细胞黏附分子、补体系统等.结论 研究ΔNp63α调控的潜在靶基因或信号通路,对探索宫颈癌发生发展的机制有重要意义.     

稳定表达基因MACC1的胃癌BGC-823/ pBaBb-puro-MACC1细胞株的建立及其肿瘤相关基因的研究

构建含有全长MACC1( metastasis-associated in colon cancer 1)目的基因的表达载体,建立稳定表达MACC1基因的胃癌BGC-823/ pBaBb-puro-MACC1细胞系,通过基因芯片技术筛选出转染MACC1基因后胃癌细胞株的差异表达基因,探讨MACC1 基因与差异基因之间可能的调节机制或信号通路。方法 以人胚肾 293FT 细胞为模板,经 PCR 扩增获全长 MACC1cDNA 序列,将目的基因序列克隆入带有绿色荧光蛋白报告基因的 pBaBb-puro 表达载体,建立 pBaBb-puro-MACC1 表达载体。经限制性内切酶酶切鉴定、测序并转染 293FT 细胞观察报告基因表达情况判断是否构建成功。构建成功后的pBaBb-puro-MACC1 表达载体转染人胃癌 BGC-823 细胞,建立稳定表达 MACC1 的 BGC-823/pBaBb-puro-MACC1 细胞。qRT-PCR 及 western blot 检测转染细胞的 MACC1 基因表达,应用基因芯片技术筛选出转染 MACC1 基因后胃癌细胞株的差异表达基因并对其探讨研究。结果 成功扩增全长MACC1cDNA,经测序鉴定序列完全正确;转染293FT细胞可见清晰的绿色荧光表达。BGC-823/pBaBb-puro-MACC1细胞能够稳定表达MACC1。基因芯片筛选出差异基因发现上调基因33个,下调基因24个,这些差异表达基因的功能涉及多个方面。结论 本研究成功构建了含有全长MACC1cDNA的表达载体系统,建立了稳定表达MACC1的BGC-823/pBaBb-puro-MACC1细胞,通过对差异基因的分析发现MACC1可能引起胃癌细胞株BGC-823基因表达谱中一些非常重要的分子的改变,为MACC1基因进一步研究奠定了良好基础。     

富氢水对γ射线照射Beagle犬淋巴细胞基因表达谱的影响

目的 利用基因芯片技术研究富氢水对γ射线照射后Beagle犬外周血淋巴细胞基因表达的影响.方法 将雄性Beagle犬随机分为对照组、单纯照射组和富氢水组(n=5),采用基因芯片技术对2.0 Gy60Coγ射线照射后6h各组Beagle犬外周血淋巴细胞的差异表达基因进行筛选,利用CGO (gene ontology)和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes andgenomes)数据库对差异表达基因进行生物信息学分析,并应用实时荧光定量PCR技术对基因芯片结果进行验证.结果 单纯照射组筛选出差异表达2倍以上的基因4 730条,富氢水组筛选出差异表达2倍以上的基因4 493条,单纯照射组与富氢水组共同差异表达2倍以上的基因有1 606条;单纯照射组的差异表达基因对应的生物学过程、细胞组分及分子功能分别有10、9、3个功能簇,富氢水组差异表达基因对应的生物学过程、细胞组分及分子功能分别有15、3、4个功能簇.单纯照射组差异表达基因涉及19条生物学通路,富氢水组差异表达基因涉及24条生物学通路,单纯照射组与富氢水组的差异表达基因有5条共同生物学通路.选择2条差异表达基因进行mRNA水平的验证,PCR扩增结果与芯片结果具有良好的一致性.结论 富氢水对γ射线照射后Beagle犬外周血淋巴细胞基因表达的影响,可能涉及多种生物学过程、细胞组分、分子功能的改变及多条信号通路的激活.     

基于芯片数据的雌激素受体阳性乳腺癌他莫昔芬耐药相关基因分析

目的:从分子水平揭示激素受体阳性乳腺癌他莫昔芬耐药的机制,并寻找潜在的治疗他莫昔芬耐药的靶点。方法:从公共基因芯片表达数据库（GEO）中下载雌激素受体阳性乳腺癌的相关基因芯片数据GSE67916,利用GEO2R在线分析工具筛选他莫昔芬耐药性与敏感性乳腺癌的差异表达基因;并利用DAVID软件对所筛选差异表达基因进行相关功能及通路富集分析;通过STRING、Cytoscape等工具对其进行蛋白间相互作用网络的构建和分析。结果:筛选出438个差异表达基因,其中300个上调表达基因,138个下调表达基因。GO功能分析发现这些差异基因主要参与蛋白结合、细胞对雌激素的反应、免疫应答、细胞质及细胞外基质等分子功能及生物学过程;KEGG通路富集分析显示主要富集在MAPK信号通路和HIF-1信号通路等。STRING、Cytoscape分析显示MAPK1、ESR1、SMARCA4、RANBP2和PRKCA为潜在的关键节点基因,对其进行文献挖掘及分析显示与激素受体阳性乳腺癌他莫昔芬耐药相关。结论:利用生物信息学方法对他莫昔芬耐药与他莫昔芬敏感的雌激素受体阳性乳腺癌的差异表达基因分析,可有效发掘这些差异表达基因的相互作用,为雌激素受体阳性乳腺癌他莫昔芬耐药寻找新的治疗靶点提供新方向。     

稳定表达MACC1的胃癌BGC-823/pBaBb-puro-MACC1细胞株的建立及其肿瘤相关基因的研究基因

目的构建含有全长肠癌转移相关基因(MACC1)的表达载体,建立稳定表达MACC1的胃癌BGC-823/pBaBb-puro-MACC1细胞系,通过基因芯片技术筛选出转染MACC1后胃癌细胞株的差异表达基因,探讨MACC1基因与差异基因之间可能的调节机制或信号通路。方法以人胚肾293FT细胞为模板,经PCR扩增获全长MACC1 cDNA序列,将目的基因序列克隆入带有绿色荧光蛋白报告基因的pBaBb-puro表达载体,建立pBaBb-puro-MACC1表达载体。经限制性内切酶酶切鉴定、测序并转染293FT细胞观察报告基因表达情况判断是否构建成功。构建成功后的pBaBb-puro-MACC1表达载体转染人胃癌BGC-823细胞,建立稳定表达MACC1的BGC-823/pBaBb-puro-MACC1细胞。qRT-PCR及western blot检测转染细胞的MACC1基因表达,应用基因芯片技术筛选出转染MACC1基因后胃癌细胞株的差异表达基因并对其探讨研究。结果成功扩增全长MACC1cDNA,经测序鉴定序列完全正确;转染293FT细胞可见清晰的绿色荧光表达。BGC-823/pBaBb-puro-MACC1细胞能够稳定表达MACC1。基因芯片筛选出差异基因发现上调基因33个,下调基因24个,这些差异表达基因的功能涉及多个方面。结论成功构建了含有全长MACC1cDNA的表达载体系统,建立了稳定表达MACC1的BGC-823/pBaBb-puro-MACC1细胞,通过对差异基因的分析发现MACC1可能引起胃癌细胞株BGC-823基因表达谱中一些非常重要的分子的改变,为MACC1基因进一步研究奠定了良好基础。     

cDNA微阵列技术对肺鳞癌、肺腺癌基因表达谱的研究

目的：利用cDNA微阵列技术研究肺鳞癌、肺腺癌基因表达谱，并与肺炎性假瘤基因表达谱进行比较，筛选肺鳞癌、肺腺癌的差异表达基因，及肺鳞癌、肺腺癌的共同表达基因，为研究肺癌的分子机制及肺癌的早期诊断和治疗提供线索。方法：用含4096个基因的人基因表达谱芯片研究肺鳞癌、肺腺癌及肺炎性假瘤的基因表达谱。结果：肺鳞癌差异表达基因591个，其中筛选出在肺炎性假瘤中没有差异表达的基因476个，上调的有293个，下调的有183个；肺腺癌差异表达基因524个，其中在肺炎性假瘤中没有差异表达的基因460个，上调的有214个，下调有246个；有113个基因在肺鳞癌与肺腺癌中均出现差异表达。结论：肺鳞癌、肺腺癌存在不同的基因表达谱，筛选出的特异表达基因和共同表达基因为进一步研究肺癌的发生、发展和肺鳞癌与肺腺癌的分子特征提供了重要线索。     

人小细胞肺癌多药耐药细胞差异表达基因的克隆研究

目的 构建小细胞肺癌多药耐药细胞(H446/CDDP)差异表达消减cDNA文库.方法 ①以H446/CDDPcDNA为实验方(Tester),小细胞肺癌细胞H446 cDNA为对照方(Driver),应用抑制消减杂交(SSH)技术结合T/A克隆技术构建小细胞肺癌多药耐药细胞差异表达消减cDNA文库.②通过斑点杂交筛选、测序及同源性分析获取H446/CDDP细胞差异表达cDNA片段.结果 成功构建了小细胞肺癌多药耐药细胞H446/CDDP差异表达消减cDNA文库,获得21个H446/CDDP细胞差异表达cDNA片段,经测序及同源性分析表明它们分别代表6个已知基因(同源性为96%～100%).结论 SSH技术是筛选新的功能基因的有效方法;获取的6个差异表达基因可能参与了小细胞肺癌多药耐药细胞H446/CDDP的耐药形成,进一步的功能研究有利于了解它们在小细胞肺癌多药耐药机制中所发挥的作用.     

cDNA微阵列技术对肺鳞癌、肺腺癌基因表达谱的研究

目的 :利用cDNA微阵列技术研究肺鳞癌、肺腺癌基因表达谱 ,并与肺炎性假瘤基因表达谱进行比较 ,筛选肺鳞癌、肺腺癌的差异表达基因 ,及肺鳞癌、肺腺癌的共同表达基因 ,为研究肺癌的分子机制及肺癌的早期诊断和治疗提供线索。方法 :用含 4 0 96个基因的人基因表达谱芯片研究肺鳞癌、肺腺癌及肺炎性假瘤的基因表达谱。结果 :肺鳞癌差异表达基因 5 91个 ,其中筛选出在肺炎性假瘤中没有差异表达的基因 4 76个 ,上调的有 2 93个 ,下调的有 183个 ;肺腺癌差异表达基因 5 2 4个 ,其中在肺炎性假瘤中没有差异表达的基因 4 6 0个 ,上调的有 2 14个 ,下调有 2 4 6个 ;有113个基因在肺鳞癌与肺腺癌中均出现差异表达。结论 :肺鳞癌、肺腺癌存在不同的基因表达谱 ,筛选出的特异表达基因和共同表达基因为进一步研究肺癌的发生、发展和肺鳞癌与肺腺癌的分子特征提供了重要线索。     

以基因芯片技术研究Kkay小鼠2型糖尿病相关基因

目的以基因芯片技术研究Kkay2型糖尿病小鼠的差异表达基因。方法以包含8192条小鼠的cDNA基因表达谱芯片研究Kkay2型糖尿病小鼠肝脏的基因表达谱。结果共筛选出差异表达基因154条,包括全长基因68条,表达序列标识(EST)86条;其中40条基因表达增加,114条表达降低。结论多数已知功能基因的表达异常与以往的研究结论是一致的;cDNA基因芯片技术能够高通量分析糖尿病相关基因。     

白血病原代骨髓基质细胞诱导Jurkat细胞基因差异表达研究

目的研究白血病骨髓基质细胞(bone marrow stromal cells,BMSCs)诱导Jurkat细胞相关基因表达的变化.方法采用Percoll体外分离正常人、初治急性白血病患者BMSCs;采用抑制性消减杂交技术建立白血病BMSCs诱导Jur-kat细胞差异表达基因的cDNA文库;并对差异表达的基因进行初步鉴定与分析.结果成功地建立了白血病BMSCs诱导的Jurkat细胞上调和下调差异表达基因的cDNA文库;初步筛选克隆到30个上调差异表达基因和22个下调差异表达基因cDNA片段;这些基因功能主要与细胞周期调控、细胞凋亡、细胞能量代谢有关.结论白血病BMSCs能诱导Jurkat细胞基因发生差异表达.     

乳腺癌相关差异表达基因的筛选及分析

目的构建乳腺癌组织与癌旁正常乳腺组织差异表达的cDNA消减文库,筛选乳腺癌相关基因并进行分析。方法应用抑制性消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术对15对乳腺癌组织及正常癌旁乳腺组织进行差异基因的消减,构建cDNA消减文库,并转化大肠杆菌进行文库扩增,采用数字表法随机挑选克隆经PCR鉴定后,对200个阳性克隆插入片段的序列进行测定及同源性分析。结果建立了乳腺癌差异表达片段cDNA消减文库;通过测序和同源性分析,得到173个差异表达基因,其中26个与肿瘤发生发展相关;26个基因中有15个已被文献明确报道在乳腺癌组织或细胞中有差异表达。结论应用SSH技术成功建立了乳腺癌差异表达基因cDNA消减文库,为乳腺癌的发病机制研究及寻找潜在的治疗靶点提供了有力的支持。     

cDNA representational difference analysis of differentially expressed cDNA sequences in human nasopharyngeal carcinoma

ＯｂｊｅｃｔｉｖｅＴｏｓｅａｒｃｈｄｉｆｅｒｅｎｔｉａｌｙｅｘｐｒｅｓｓｅｄｓｅｑｕｅｎｃｅｓｃｏｒｅｌａｔｅｄｗｉｔｈｐａｔｈｏｇｅｎｅｓｉｓｏｆｈｕｍａｎｎａｓｏｐｈａｒｙｎｇｅａｌｃａｒｃｉｎｏｍａ（ＮＰＣ）,ｉｎｃｌｕｄｉｎｇｔｈｅｃａｎｄｉ...     

应用基因芯片技术筛选前列腺癌雄激素去势抵抗相关的基因

目的利用基因芯片技术高通量筛选前列腺癌雄激素去势抵抗相关的基因,为研究雄激素去势抵抗进展及前列腺癌的分子机制奠定基础。方法提取并纯化LNCaP及C4-2细胞的总mRNA,反转录合成荧光分子标记的cDNA,与基因芯片杂交;采用Genepix Pro6.0图像分析软件分析,筛选表达差异的基因;KEGG富集分析每个pathway中差异基因富集的显著性。结果在表达谱芯片中筛选出417个差异表达的基因,包括301个C4-2细胞中表达上调的基因,116个表达下调的基因;KEGG富集分析显示与前列腺癌相关表达差异的基因有GF、EGFR、HSP、BAD、P21、E2F、Raf、CyclinE、PSA、PI3K等,其中EGFR、Raf、PSA表达差异最明显。结论 EGFR、Raf、PSA基因的表达异常可能在雄激素去势抵抗型前列腺癌的形成过程中发挥着重要的作用,本研究为前列腺癌去势抵抗进展的分子机制的探索提供了理论依据。     

肺癌相关基因的表达谱研究

目的：通过研究人肺癌组织和正常组织中差异表达的基因,寻找肺癌相关基因以用于肺癌的诊断和治疗。方法：以包含４０９６个ｃＤＮＡ基因表达谱芯片研究一组肺癌组织样本的基因表达谱。结果：共筛选出差异表达的基因３７０条,包含已知基因１４６条,未知基因２２４条,其中１０７条表达增加,２６３条表达降低。结论：基于ｃＤＮＡ微矩阵技术的肿瘤基因表达谱分析能够高通量筛选与肺癌发生密切相关的基因。