H1启动子siRNA载体的构建及应用

利用双链RNA(dsRNA)调控基因表达已经成为研究基因功能的有力工具。用人H1启动子构建了pBS／H1PS小干扰RNA(siRNA)表达载体,用于在哺乳动物细胞中产生特异性dsRNA转录产物。通过对293细胞中的PSMA7分子进行表达抑制,证明该siRNA载体能够有效产生针对靶基因的RNA干扰(RNAi)效应。     

基于BP神经网络的SARS传播预测

政府的控制措施作为影响SARS传播的因素,利用BP网络,对SARS的传播规律进行预测.以北京市的SARS数据来进行验证,结果显示,该方法准确率非常高.     

RNA干扰与siRNA（小干扰RNA）研究进展

RNA干扰作为后基因组时代的一种下调基因表达的工具已被广泛用于基因功能的研究以及疾病的治疗。在RNA干扰技术下调基因表达的背后存在着一个复杂的蛋白质网络参与了这一功能的实现。本文对近年来RNA干扰在疾病治疗方面的进展及其机制研究方面的进展作了一些概述。     

siRNA抑制乙肝病毒的研究进展

乙型肝炎作为一种发病率高、死亡率高的传染性疾病,已严重威胁人类健康,乙肝病毒（hepatitis B virus,HBV）是诱发乙型肝炎的重要病因。目前,最主要的治疗方法是运用抗病毒药物控制病情,但这些药物都不能完全治愈乙型肝炎且复发率高。近年来,RNA干扰技术（RNA interference, RNAi）逐渐成为有效、快速治疗乙型肝炎的新疗法。利用RNA干扰技术体外合成针对HBV基因的siRNA,选择适当的载体将其运送至靶细胞,使HBV基因沉默,从而抑制病毒复制,可有效达到治疗乙肝的效果。本文围绕siRNA沉默HBV基因的设计原理、递送载体、靶向策略、以及治疗效果与应用前景等方面进行了系统综述,为今后siRNA治疗乙肝的临床应用提供参考。     

RNA干扰技术的原理与应用

RNA干扰(RNA interference,RNAi)是由双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)所引起的序列特异性基因沉默,是真核生物中一种非常保守的机制,它与协同抑制(cosuppression)、转座子沉默(transposon silencing)以及发育等许多重要的生物学过程密切相关。RNA干扰依赖于小干扰RNA(Small interference RNA,siRNA)与靶序列之间严格的碱基配对,具有很强的特异性,涉及众多基因和蛋白复合物,构成了一个以小RNA为核心的真核基因表达调控系统,它可以在染色质水平、转录水平、转录后水平和翻译水平参与基因表达的调节。RNA干扰技术为人们迅速、准确的剖析基因的功能,分析基因之间错综复杂的联系和相互作用提供了极为有用的工具,同时也为人们预防和治疗癌症和病毒疾病提供了新的思路。     

siRNA脱靶效应研究进展

RNA干扰过程中,siRNA和mRNA特异结合能够使得靶基因沉默。但研究证实,siRNA可能与非靶基因结合而导致非靶基因沉默,这种现象称为siRNA脱靶效应。多种真核生物中的RNA干扰实验证实了脱靶效应的存在。对脱靶机制的研究发现脱靶可能与模体匹配、结构和长dsRNA等有关,很多新方法被提出来预测脱靶概率和检测脱靶基因。通过利用siRNApool、化学修饰和生物信息学方法能够尽可能地降低脱靶效应,提高RNAi实验的质量。对脱靶效应方面的研究进行了总结论述。     

siRNA在治疗学中的应用

小干扰RNA（small interfering RNA,siRNA）是外源性双链RNA（double strand RNA,dsRNA）的加工产物,在细胞内能介导RNA干扰（RNA interference,RNAi）效应,识别特异性mRNA,沉默同源基因表达。其特异性和高效性显示出很高的实用价值,siRNA已成为许多疾病潜在的治疗手段。对于siRNA的应用,尽管还需要在减少非特异反应,发掘高效递药载体,应对新的基因变异等方面进行深入研究,但其可望在抗病毒、神经系统疾病和肿瘤治疗等许多领域发挥治疗作用。     

用BP神经网络基于氨基酸特性预测非同源蛋白质二级结构含量

依据蛋白质氨基酸特性,以氨基酸组成和有偏自协方差函数为特征矢量,用BP神经网络提出了一种预测非同源蛋白质中α螺旋和β折叠二级结构含量的计算方法。采用相互独立的非同源蛋白质数据库对该方法进行了检验。用Ponnuswamy值时,对二级结构α螺旋和β折叠含量的预测结果是;自检验平均绝对误差分别为0.069和0.065,相应标准偏差分别为0.044和0.047;他检验平均绝对误差分别为0.077和0.070,相应标准偏差分别为0.051和0.049。与仅以氨基酸组成为特征矢量的BP神经网络方法比较,相应的他检验平均绝对误差分别减小了0.024和0.016,标准偏差分别减小了0.031和0.018;与改进的多元线性回归方法比较,相应的他检验平均绝对误差分别减小了0.018和0.011,准偏差分别减小了0.020和0.012。表明：基于氨基酸组成和有偏自协方差函数为特征矢量的BP神经网络预测蛋白质二级结构含量的方法可有效提高预测精度。     

基于BP神经网络的京津冀城市群可持续发展综合评价

在综合分析了京津冀城市群各城市功能定位的基础上,构建了包含经济发展、社会发展、科技创新和生态环境4个子系统的城市可持续发展评价指标体系,运用2006—2015年的数据,采用熵值法和BP神经网络对京津冀城市群可持续发展能力进行非线性测度与分类,结果较为理想。结果表明:(1)北京和天津处于高可持续发展水平,可持续发展能力在空间上呈现出以京、津为中心随距离递减的趋势,最南端的邯郸和邢台处于低可持续发展水平;(2)北京可持续发展能力呈现下滑趋势,其他城市可持续发展能力逐年稳步上升,大城市可持续发展压力较大;(3)城市在不同子系统中存在各自的优劣势。各个子系统在可持续发展中均起到重要作用,城市宜结合各自子系统的优、劣势制定具有针对性的发展对策。     

基于BP神经网络的甲状腺癌无创诊断模型的研究

目的:运用BP神经网络技术建立甲状腺癌的无创诊断模型,评估该模型的预测诊断价值。方法:回顾性分析经术后病理证实为甲状腺癌39例与良性病变11例,提取出以上50例病例中手术前经过B超检查与甲状腺癌相关的8项图形特征,并进行评分量化,利用BP神经网络对50例病例进行学习和检验,建立甲状腺癌无创诊断模型。用该无创诊断模型对疑为甲状腺癌20例患者进行术前预测并与术后病理进行比较。结果:本文所建立的基于BP神经网络技术的无创诊断模型在甲状腺癌及甲状腺良性病变的预测诊断中达到了100%的准确率。结论:基于BP神经网络技术的无创诊断模型,在甲状腺癌及良性病变的预测诊断中具有较高的应用价值,这无疑对辅助B超诊断甲状腺良恶性病变提供了新的技术支撑和研究思路。     

Predicting siRNA activity based on back-propagation neural network

RNA interference (RNAi) is a phenomenon of gene silence induced by a double-stranded RNA (dsRNA) homologous to a target gene.RNAi can be used to identify the function of genes or to knock down the targeted genes.In RNAi technology,19 bp double-stranded short interfering RNAs (siRNA) with characteristic 3' overhangs are usually used.The effects of siRNAs are quite varied due to the different choices in the sites of target mRNA.Moreover,there are many factors influencing siRNA activity and these factors are usually nonlinear.To find the motif features and the effect on siRNA activity,we carried out a feature extraction on some published experimental data and used these features to train a backpropagation neural network (BP NN).Then,we used the trained BP NN to predict siRNA activity.     

Predicting siRNA activity based on back-propagation neural network

RNA interference (RNAi) is a phenomenon of gene silence induced by a double-stranded RNA (dsRNA) homologous to a target gene. RNAi can be used to identify the function of genes or to knock down the targeted genes. In RNAi technology, 19 bp double-stranded short interfering RNAs (siRNA) with characteristic 39 overhangs are usually used. The effects of siRNAs are quite varied due to the different choices in the sites of target mRNA. Moreover, there are many factors influencing siRNA activity and these factors are usually nonlinear. To find the motif features and the effect on siRNA activity, we carried out a feature extraction on some published experimental data and used these features to train a back-propagation neural network (BP NN). Then, we used the trained BP NN to predict siRNA activity. __________ Translated from Acta Biophysica Sinica, 2006, 22(6): 429–434 [译自: 生物物理学报]     

RNA干扰技术及其在植物研究中的应用

RNA干扰(RNA interference,RNAi)是最近几年发现和发展起来的一门新兴的在转录水平上的基因阻断技术,它是生物体内由双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)介导同源mRNA降解的现象。RNAi广泛存在于从真菌到高等植物、从无脊椎动物到哺乳动物各种生物中。研究表明通过转入目的基因序列的双链RNA可以诱导产生基因沉默现象。同时,RNAi能监控异常的或外源的遗传物质在机体内的水平,并调控基因的表达,是生物体抵御外在感染的一种重要的保护机制,这使得RNA干扰技术具有十分诱人的应用前景。介绍了RNAi的研究历史、作用机制、特点及其在植物研究中的应用。     

dsRNA介导植物基因沉默及其应用

植物双链RNA(double stranded RNA,dsRNA)能有效干扰同源基因的表达,近年来已成为功能基因组学研究上的新方法。本文综述了植物dsRNA介导的转基因沉默现象及其特点、分子作用机制、主要介导方法,以及近年来在植物功能基因组学研究上的应用情况。     

MicroRNA研究进展

在多细胞生物的基因组中都存在一类非编码RNA基因,能够产生长度约为22个核苷酸的小分子RNA,称为microRNA(miRNA),具有调节其他基因表达活性的功能。miRNA的发现,为我们理解复杂的基因调节网络开辟了新的空间。本文概述了miRNA的产生过程、转录抑制机理、研究并预测miRNA的方法等。     

RNA干涉在提高植物营养价值上的应用

RNA干涉(RNAi)是由具同源性的外源dsRNA引起的序列特异性转录后基因沉默现象,广泛存在于各种动、植物中。人类大多数疾病,像心脏病和癌症,都能够通过食用添加具有特殊营养成分养的饮食来预防。应用RNAi技术可为人和动物提高植物的营养价值。     

RNAi的不同沉默机制及其应用

RNAi即RNA干扰 ,又称为转录后基因沉默 ,是最近发展起来的一种快速关闭基因的新方法。通过外源或内源性的双链RNA(dsRNA)在细胞内诱导同源序列的基因表达受抑的现象 ,来研究正常基因的结构、功能及疾病的发病机制等。