半定量RT-PCR法分析猪肝脏中铜锌超氧化物歧化酶mRNA表达水平

细胞内铜锌超氧化物歧化酶（CuZnSOD）是动物体内一种重要的抗氧化酶。本实验室构建了优化的半定量RT-PCR法，以18S rRNA为内标，研究猪肝脏组织中CuZnSOD基因mRNA表达水平。提取猪肝脏组织总RNA，经反转录后进行扩增，先寻求PCR线性扩增范围，确定RT．PCR的最佳循环数和Mg^2＋浓度。扩增后用VDS摄像系统扫描PCR扩增产物的电泳条带灰度。通过CuZnSOD PCR产物的灰度与18S rRNA PCR产物的灰度之比，即可计算出CuZnSOD mRNA的相对含量。     

猪脂肪组织中UCP-2 mRNA表达产物的半定量分析

解偶联蛋白基因是新近发现的能够增加能量消耗，与脂肪代谢和能量调控密切相关的一组基因。本实验室建立了以18s rRNA为内标的RT—PCR法，半定量分析了猪脂肪组织中UCP-2 mRNA的表达水平。提取猪脂肪组织总RNA，经反转录和PCR扩增，PCR产物的电泳条带于VDS摄像系统下扫描灰度找出PCR线性扩增范围，确定RT—PCR的最佳循环数和Mg^2＋浓度。通过UCP-2 mRNA与18s rRNA PCR产物的灰度之比，即可计算出UCP-2 mRNA的相对含量。     

肉雏鸡肝细胞谷胱甘肽过氧化物酶mRNA表达产物的RT—PCR检测

细胞谷胱甘肽过氧化物酶（cGPX)是动物体内一种重要的抗氧化酶。建立了利用RT－PCR并以β－肌动蛋白（β-Actin)为内参照定量cGPX mRNA表达的方法。提取肉鸡肝总RNA，经反转录和PCR扩增，PCR产物的电泳条带于VDS摄像系统扫描灰度。寻求PCR线性扩增范围，确定PT－PCR的的最佳循环次数和模板量。通过计算cGPX PCR产物与β-肌动蛋白PCR产物的灰度之比，即可得出cGPX mRNA的相对含量。     

反转录聚合酶链式反应定量分析I型脱碘酶的mRNA

I型脱碘酶(ID)I)是一种含硒酶，它在甲状腺激素代谢中起重要作用。本实验建立了利用RT-PCR并以β-肌动蛋白(β-Actin)为内参照定量分析ID I mRNA表达的方法。提取肉鸡肝脏总RNA，经反转录和PCR扩增，PCR产物的电泳条带于VDS摄象系统扫描灰度。寻求PCR线性扩增范围，确定RT-PCR的最佳循环次数和模板量。通过计算ID ⅠPCR产物与β-ActinPCR产物的灰度之比，即可得出IDⅠmRNA的相对含量。     

四种主要肉源动物肌肉组织16S rRNA基因的扩增及序列分析

为了研究牛、羊、鸡、猪四种主要肉类物种16S rRNA基因序列之间的差异及进化关系,进而为餐饮市场肉类的鉴定建立方法基础,试验合成了1对16S rRNA基因通用引物,通过PCR方法扩增了牛、羊、鸡、猪四种动物肌肉组织的16S rRNA基因并进行了序列和进化树分析。结果表明:所采用的PCR扩增体系和条件均能很好地扩增出四种动物的16S rRNA基因;与Gen Bank中各自对应物种的标准序列均具有99%以上的同源性,同源性较高;序列间富含174个位点的差异或插入缺失,同源性较低。在物种进化关系上牛、羊最近,其次是猪,最后是鸡。表明16S rRNA基因种属特异性显著,可以作为基因条形码的候选基因,可利用该基因建立相应的分子诊断方法,用于对肌肉组织进行物种的鉴定。     

反转录聚合酶链式反应定量分析Ⅰ型脱碘酶的mRNA

Ⅰ型脱碘酶 (IDⅠ )是一种含硒酶 ,它在甲状腺激素代谢中起重要作用。本实验建立了利用RT PCR并以 β 肌动蛋白 (β Actin)为内参照定量分析IDⅠmRNA表达的方法。提取肉鸡肝脏总RNA ,经反转录和PCR扩增 ,PCR产物的电泳条带于VDS摄象系统扫描灰度。寻求PCR线性扩增范围 ,确定RT PCR的最佳循环次数和模板量。通过计算IDⅠPCR产物与β ActinPCR产物的灰度之比 ,即可得出IDⅠmRNA的相对含量。     

基于16S rRNA作为基因条形码对生鲜肉品物种检测方法的建立及应用

采用并合成了1对16S rRNA基因通用引物,通过PCR方法扩增了牛、羊、鸡、猪4种动物生鲜肌肉组织的16S rRNA基因,建立了PCR检测生鲜肌肉组织样品物种来源的检测方法。利用该方法,对采自青海西宁及海西州餐饮市场的30份所谓牛羊生鲜肉样品进行PCR检测,均扩增出约422 bp长度的DNA条带,纯化测序后进行序列分析,发现其中检测出11份鲜肉样品为赝品,实为斑嘴鸭(Anas Poecilorhyncha)肉。16S rRNA作为条形码基因对生鲜肉品物种的检测具有快速、特异、敏感、准确等优点,可以作为临床上检测生鲜肉品物种的方法进行市场检测。     

18S rRNA基因巢式PCR-RFLP鉴定吉林、大庆地区断奶前奶牛隐孢子虫分离株

利用18S rRNA巢式聚合酶链反应(Nested PCR)-限制片段长度多态性(Restriction fragment length polymorphism,RFLP)鉴定吉林、大庆地区牛源隐孢子虫分离株.采取吉林、大庆地区断奶前犊牛粪便,提取DNA后经18S rRNA基因巢式PCR扩增,扩增产物测序后用Blast和MEGA4.0软件进行同源性和系统发育树分析.同时扩增产物分别用Ssp Ⅰ、Vsp Ⅰ和Mbo Ⅱ酶切后进行RFLP分析.通过18S rRNA基因PCR-RFLP分析和测序比对分析表明,吉林分离株包括2种隐孢子虫,分别为C.bovis和C.ryanae,大庆分离株包括3种,分别为C.boris、C.ryanae和C.andersoni.     

应用竞争PCR定量检测猪IFN-γmRNA

运用RT-PCR从经ConA体外刺激培养的猪外周血单核细胞(PBMC)提取的细胞总RNA中扩增猪γ-干扰素(IFN-γ)的部分片段,经酶切鉴定后双酶切缺失中间一小片段,将余下的2个较大片段连接,并用相同的引物在相同条件下扩增连接产物,从而获得截短的同源性片段.将其纯化后克隆于pMD18-T载体,重组质粒经酶切和PCR鉴定后进行序列测定,验证无误后作为竞争性模板内对照,一定比例稀释后分别与等体积经刺激培养的PBMC总RNA反转录产物进行PCR,产物电泳后经扫描分析获得各目标条带与竞争条带的溴化乙锭(EB)嵌入光密度值(IOD),经校正后取上述两者比值的对数值作为Y轴,取已知竞争模板相应浓度的对数值作为X轴,绘制成竞争曲线.应用建立的竞争PCR对不同样品重复试验表明,本方法操作简单,结果可靠,稳定性高,适用于猪IFN-γ mRNA的定量检测.     

旋毛虫Ts43基因和内参基因标准品质粒及标准曲线的构建

为了构建旋毛虫Ts43基因和内参基因18S rRNA基因标准品和标准曲线,试验采用RT-PCR方法对目的基因进行扩增,产物纯化后与pGEM-T-easy载体连接,转化到宿主菌DH5α中,筛选后得到重组质粒,对重组质粒进行酶切、质粒PCR和测序鉴定,经鉴定后的重组质粒作为标准品进行荧光定量PCR,以制定标准曲线。结果表明:成功克隆了旋毛虫Ts43和18S rRNA基因片段,应用重组质粒制定的定量曲线循环阈值与模板浓度具有良好的线形关系,回归系数分别为0.999和0.992。说明试验成功构建了Ts43和18S rRNA标准品质粒和标准曲线。     

不同日龄猪腹脂中脂肪酸合成酶(FAS)基因表达规律的研究

从猪腹脂中提取总RNA，用RT-PCR扩增脂肪酸合成酶基因（FAS），获得一条206bp的片段，以pGEM-TEasyvector为载体，将该基因片段克隆到大肠杆菌E.coli DH5α，筛选阳性克隆并测序。测序结果表明，得到的片段为FAS基因的部分序列，与GenBank中登录的猪FAS基因（AY183428）494～699之间序列同源性达到100％。以FAS基因片段的克隆为基础，构建了优化的半定量RT-PCR法，以18S rRNA为内标，研究从1日龄到28周龄杜长大腹脂中FAS基因表达的规律。结果显示，从1日龄到28周龄，FAS基因在腹脂mRNA水平呈逐渐升高的趋势；统计分析发现，1日龄与28周龄FAS在腹脂中mRNA水平存在显著性差异（P〈0．05）。     

青海省海北地区牦牛源贾第虫检测与基因型分析

为研究青海省海北地区牦牛贾第虫的感染情况及虫种基因型,对青海省祁连县、海晏县和刚察县的297份牦牛粪样采用蔗糖密度梯度离心法纯化,之后用免疫荧光方法对贾第虫进行鉴定,对阳性及疑似阳性样品采用基于18SrRNA和谷氨酸脱氢酶(gdh)基因的套式PCR扩增,并对扩增产物进行测序。将测序结果与GenBank中的贾第虫序列进行比对分析。免疫荧光抗体试验结果显示,共检出24份贾第虫阳性粪样,总阴性率为8.1%。套式PCR扩增结果显示,24份阳性样品中18SrRNA基因扩增阳性22份,gdh基因扩增阳性18份,产物大小分别为292bp和432bp。序列分析表明,分离的虫种均为牦牛源肠贾第虫,基因型为集聚体E,未发现人畜共患基因型。     

A parasitological, molecular and serological survey of Hepatozoon canis infection in dogs around the Aegean coast of Turkey

Canine hepatozoonosis is caused by the tick-borne protozoon Hepatozoon spp. The prevalence of the infection in the Aegean coast of Turkey was investigated by examination of blood smear parasitology and polymerase chain reaction (PCR) using blood samples from 349 dogs collected from Central Aydin, Kusadasi, Selcuk, Central Manisa, Bodrum and Marmaris within the Aegean coast of Turkey. The indirect fluorescent antibody test (IFAT) for the detection of Hepatozoon canis antibodies was also used to detect the exposure rate to H. canis. PCR amplifying a 666bp fragment of 18S rRNA gene of Hepatozoon spp. was used in the epidemiological survey. The prevalence of Hepatozoon spp. infection was 10.6% by blood smear parasitology and 25.8% by PCR. IFAT revealed that 36.8% of serum samples were positive for antibodies reactive with Hepatozoon spp. The PCR products of 18S rRNA gene of Hepatozoon spp. isolated from six infected dogs, one isolate originating from each of the six different locations, were sequenced. The results of sequence analysis indicate that they are closely related to Indian and Japanese isolates of H. canis. This is the first epidemiological study on the prevalence of H. canis infection in the dog, in Turkey.     

Molecular characterization of Babesia canis canis isolates from naturally infected dogs in Poland

Babesia canis has generally been considered the only large Babesia to infect dogs. In this study, we used PCR to detect and characterize B. canis canis isolated from naturally infected dogs in Poland by amplifying and sequencing a portion of the 18S ribosomal RNA (rRNA) gene. Venous blood samples were collected from 76 Babesia-symptomatic dogs. A 559-bp fragment of the B. canis canis 18S rRNA gene was amplified by PCR. The PCR products were then digested with HincII restriction enzyme, and isolates were classified according to whether they were cut (group A) or not (group B) by this endonuclease. Sequencing of the PCR products from the isolates led to the identification of seven sequence variants (four in group A, and three in group B). Sequences were compared with GenBank sequences, and alignments showed that all B. canis canis isolates from Europe may be classified into groups A or B as defined in our study.     

应用23S rRNA对禽波氏杆菌分离株的进化分析

通过PCR扩增分离保存的8株禽波氏杆菌、3株兔支气管败血波氏杆菌及1株猪支气管败血波氏杆菌菌株的23S rRNA基因的片段(710bp),分别克隆到载体pMD18-T后测序。利用BLAST工具进行同源性搜索;用DNAStar分析软件进行同源核苷酸序列的多重比较分析并构建禽波氏杆菌菌株的系统生物进化树。结果显示,8株禽波氏杆菌核苷酸序列之间同源性为99.2%～99.7%,与GenBank中收录的NC_010645株禽波氏杆菌核苷酸序列同源性为92.4%～92.5%,与兔支气管败血波氏杆菌和猪支气管败血波氏杆菌的核苷酸序列同源性均为98.5%～99.2%。国内分离的禽波氏杆菌菌株和支气管败血波氏杆菌菌株均与国外分离菌株在遗传基因上有一定的差异。结果表明,23S rRNA序列分析可以作为鉴定禽波氏杆菌的一种快速简便的方法。     

猪支原体不同靶基因PCR检测方法的比较

为筛选出检测猪支原体更为特异、敏感的PCR检测方法,本试验分别以16S rRNA、50S rRNA和膜蛋白OxaA为靶基因进行PCR检测,并从其敏感性、特异性和临床样本检出率等方面进行了比较。结果显示,以膜蛋白OxaA和16S rRNA为靶基因的PCR方法敏感性最高,最小检测DNA量为1.86 fg/μL,而以50S rRNA为靶基因的PCR方法最小检测DNA量为18.6 fg/μL;3种靶基因引物均扩增不出大肠杆菌、猪链球菌、猪肺炎支原体、牛附红细胞体等基因片段,具有较好的特异性;通过对临床60份血液样本的检测结果表明,以膜蛋白OxaA基因设计的引物检出率最高,为25%(15/60),明显高于16S rRNA基因的21.6%(13/60)和50S rRNA基因的18.3%(11/60)。本试验为猪支原体病的诊断及流行病学调查提供了更为敏感、特异的检测技术。     

黑龙江省猫旋毛虫18S rRNA基因分子克隆及序列分析

本文利用GenBank中发表的(Trichinella spiralis)18S rRNA序列为参考设计引物,对分离自黑龙江省猫体内的旋毛虫及本地毛形线虫(Trichinella nativa)的18S rRNA基因进行扩增,克隆后测序,序列分析结果表明:猫旋毛虫与旋毛形线虫基因同源性更高。