2019年广东省部分地区感染性腹泻病原学及人轮状病毒分子流行病学特征

目的 对感染性腹泻样本进行检测鉴定,并对轮状病毒A组进行病毒分离,研究2019年广东省部分地区感染性腹泻病原学及轮状病毒分子流行病学特征。方法 2019年1月1日至2020年1月12日,采集广东省广州市、东莞市和江门市临床感染性腹泻患者粪便样本,进行多重RT-PCR扩增和微球杂交技术检测鉴定,并对轮状病毒A组阳性样本进行分离后,采用半巢式PCR试验对阳性细胞培养物进行G/P基因分型。结果 共纳入706例合格病例,病原体总检出率43.06%,病毒检出率18.13%高于细菌检出率8.36%高于寄生虫检出率1.27%。病毒病原谱以轮状病毒A组G9P[8]和诺如病毒GII型感染为主,细菌病原谱以沙门菌和艰难梭菌为主,寄生虫以蓝氏贾第鞭毛虫为首。不同季度、不同年龄组病原谱构成各不相同。轮状病毒A组主要受累群体为≤5岁儿童,主要时间分布于1—4月,基因型呈现多样性,包括G2P[4]、G3P[8]和G9P[8]。结论 2019年广东省部分地区感染性腹泻病毒类病原体高于细菌类高于寄生虫类,轮状病毒A组G9P[8]、诺如GII型、沙门菌和蓝氏贾第鞭毛虫是最主要的病原体,且G9P[8]型A组轮状病毒毒株在轮状病毒感染中占主导趋势。在防控病毒性和细菌性腹泻的同时,应警惕寄生虫所致腹泻并重视混合感染的病原学监测。     

云南省某中学一起诺如病毒暴发疫情的病原鉴定和基因特征分析

目的明确2022年云南省某中学一起急性肠胃炎暴发疫情的病原和基因特征。方法采集这起暴发疫情中的学生和厨工病例的肛拭子, 使用诺如病毒GⅠ/GⅡ双通道核酸检测试剂盒定性检测。GⅠ和GⅡ阳性的样本分别采用引物G1SKF/G1SKR和MON431/G2SKR进行病毒扩增和测序, 通过在线分型工具及系统进化分析确定病毒基因型别。结果共采集58份肛拭子, 实验室检测阳性率为53.45%(31/58)。其中, GⅠ阳性样本22份, GⅡ阳性样本14份, GⅠ和GⅡ合并感染样本5份。31份阳性样本基因测序获得毒株序列22株, 包括诺如病毒GⅠ型15株, 其中GⅠ.6[P6]型9株、GⅠ6.[P11]型6株;诺如病毒GⅡ.4[P16]型7株。结论本起疫情由诺如病毒GⅠ.6[P6]型、GⅠ.6[P11]型和GⅡ.4[P16]型混合感染引起, 这是云南省首次在诺如病毒暴发疫情中检出GⅠ型。     

一起诺如病毒感染性腹泻暴发的病原学调查分析

目的检测某高校一起感染性腹泻暴发疫情的标本,以明确其致病原,为制定防控措施提供依据。方法采集患者的粪便、呕吐物、唾液、手涂抹样标本,健康人群的粪便标本,患者宿舍外环境标本进行检测。采用四号琼脂、Mac、SS、沙门科玛嘉培养基对标本进行划线分离培养与系统生化鉴定常见肠道致病菌细菌学种类。采用普通PCR、多重RT-PCR和实时荧光RT-PCR方法进行诺如GⅡ型病毒和C组轮状病毒检测,并对阳性标本进行测序鉴定。结果共检测291份标本,病毒总阳性率17.53%,其中诺如GⅡ型病毒检测阳性45份,阳性率15.47%,C组轮状病毒阳性率2.06%。98份病例标本检出阳性率高,总阳性率37.76%,其中诺如GⅡ型病毒阳性率31.63%。54份健康人群标本诺如GⅡ型病毒阳性检出率7.41%,环境标本诺如GⅡ型病毒检测阳性率7.19%。结论本起疫情为主要由诺如GⅡ型病毒引起的诺如病毒感染性腹泻暴发,致病病原中同时混杂有C组轮状病毒。     

2012-2014年湖南省感染性腹泻哨点医院儿童诺如病毒感染及基因型别分析

目的 了解湖南省感染性腹泻哨点医院儿童诺如病毒的感染状况及基因型别。 方法 2012年1月-2014年12月采集湖南省哨点医院腹泻患儿的粪便标本,应用诺如病毒特异性引物进行扩增,选择扩增阳性产物进行基因测序和进化分析。 结果 936份粪便标本RT-PCR检测诺如病毒核酸,阳性100份,阳性率10.68%。对40份诺如病毒核酸阳性标本进行基因序列测定与分析,38份为GⅡ型,其中31份为GⅡ.4型。在31株GⅡ.4型中,Sydney 2012和GII.4 Den Haag 2006b各栓出14株。 结论 2012-2014年湖南省哨点医院儿童腹泻病例中诺如病毒的感染率较高,GⅡ.4是优势株,其中GⅡ.4 sydney 2012和Den Haag 2006b是主要型别。     

学校感染性腹泻疫情中诺如病毒的分子流行病学分析

目的研究学校感染性腹泻疫情中诺如病毒的分子流行病学特征。方法对2017年义乌地区的学校感染性腹泻疫情中的粪便标本进行诺如病毒核酸检测,选取部分阳性标本对衣壳蛋白区基因片段进行扩增和测序,通过序列比对和进化分析确定诺如病毒的基因型别。结果 120份感染腹泻标本中检测到诺如病毒阳性45份,阳性率为37. 5%,选取的部分阳性菌株序列分析结果显示均为GⅡ. 2型。结论诺如病毒是引起学校感染性腹泻暴发疫情的重要病原菌之一,流行时间集中在2017年1月-3月,流行型别为GⅡ. 2型。     

诺如病毒GⅡ．4型Sydney 2012变异株与GⅡ．3型混合感染事件调查

目的 调查某大学一起急性胃肠炎暴发事件的感染来源和流行病学特征。方法 开展病例搜索,用描述性流行病学方法分析;用RT PCR法检测诺如病毒核酸,进行基因测序和核酸分型。结果 事件共发生感染性腹泻疑似病例473例,罹患率7.7%,确诊97例（20.5%）;临床症状以腹泻（100%）和呕吐（67%）为主,病例分布无聚集性,无性别差异;采集病例和厨工肛拭子、食堂剩余食物、环境涂抹样和生活饮用水样本共53份,细菌分离培养阴性,肛拭子诺如病毒RT PCR阳性率60.0%（9/15）,经基因测序分型5份为诺如病毒GⅡ.4型Sydney 2012变异株,4份为GⅡ.3型。结论 该起事件由诺如病毒GⅡ.4型Sydney 2012变异株和GⅡ.3型混合感染所致,传播途径可能为食源性传播和接触传播,卫生监管部门应加强对集体单位食堂的监管。     

湖南省2013-2016年学校诺如病毒感染暴发疫情流行病学分析

分析湖南省学校诺如病毒感染暴发疫情的流行特征,为预防校园内疫情暴发流行提供科学依据.方法 收集湖南省2013-2016年报告的学校诺如病毒感染暴发疫情资料,应用描述性流行病学方法进行分析.结果 湖南省2013-2016年共报告17起学校诺如病毒感染暴发疫情,总罹患率为5.64%,疫情均发生在秋冬季.暴发场所以小学和托幼机构(11起,64.71%)为主,疫情报告时间中位数为2.00 d,达到峰值时间中位数为1.00d,持续时间中位数为6.25 d.临床症状以呕吐、腹痛和腹泻为主,基因型以GⅡ为主(9起,52.94%).经水传播(5.53%)和食物传播罹患率(7.70%)均高于人传人罹患率(3.83%)(x2值分别为20.02,71.19,P值均<0.01).结论 湖南省学校诺如病毒感染性腹泻暴发疫情主要发生在小学和托幼机构,应加强饮用水和食品卫生监测等工作.     

广东省2013－2017年3种基因型诺如病毒感染暴发疫情的流行特征

目的 分析2013－2017年广东省115起由GⅡ.2、GⅡ.17和GⅡ.4/Sydney 3种基因型引起的诺如病毒感染暴发的流行特征,为诺如病毒感染疫情的防控提供科学依据。方法 通过“突发公共卫生事件报告管理信息系统”收集2013年1月1日至2017年11月30日广东省报告的诺如病毒感染暴发疫情,采用RT-PCR方法对每起疫情的病例标本进行诺如病毒核酸检测,经基因测序后确定病毒基因型,对GⅡ.2、GⅡ.17和GⅡ.4/Sydney 3种基因型暴发疫情特点进行分析,采用直接标准化法计算病例呕吐和腹泻的比例。结果 广东省2013年1月1日至2017年11月30日共报告诺如病毒感染暴发疫情167起,GⅡ.2、GⅡ.17和GⅡ.4/Sydney 3种基因型引起115起。暴发场所中,GⅡ.2型为小学占39.68%（25/63）、托幼机构占28.57%（18/63）、中学占25.40%（16/63）、大学占6.35%（4/63）;GⅡ.17型为中学占41.03%（16/39）、其他社会单位占20.51%（8/39）、小学占15.38%（6/39）、大学占12.82%（5/39）、社区和托幼机构各占5.13%（2/39）;GⅡ.4/Sydney型为大学占53.85%（7/13）、托幼机构和其他社会单位各占15.38%（2/13）、小学和中学各占7.69%（1/13）。传播途径中,GⅡ.2型为接触传播占77.78%（49/63）、食源性传播占17.46%（11/63）;GⅡ.17型为食源性传播占53.85%（21/39）、接触传播占15.38%（6/39）、水源性传播占12.82%（5/39）;GⅡ.4/Sydney型为食源性传播占53.85%（7/13）、接触传播占38.46%（5/13）。临床表现中,GⅡ.2型的标准化呕吐比例为73.76%、腹泻比例为42.85%;GⅡ.17型的标准化呕吐比例为76.37%、腹泻比例为51.40%;GⅡ.4/Sydney型的标准化呕吐比例为54.10%、腹泻比例为55.95%。结论 GⅡ.2型主要涉及小学、托幼机构和中学,以接触传播为主;GⅡ.17型主要涉及中学和其他社会单位,以食源性传播为主;GⅡ.4/Sydney型主要涉及大学,食源性传播比例最高,接触传播也有较高比例。     

无锡地区2013年腹泻人群诺如病毒分子流行病学特征分析

目的了解无锡市诺如病毒流行特征及主要流行株的基因型。方法采集2013年无锡市哨点医院监测的409份急性腹泻者的粪便标本和9起诺如病毒暴发疫情的病例标本,采用实时荧光定量PCR检测诺如病毒GⅠ和GⅡ基因,对GⅡ基因阳性标本进一步进行扩增及测序分型。结果哨点监测病例诺如病毒阳性率为9.78%(40/409)。所测36株诺如病毒共有5种基因型,依次为GⅡ.Pe/GⅡ.4型28株(77.78%)、GⅡ.P12/GⅡ.3型4株(11.11%)、GⅡ.P16/GⅡ.13型2株(5.56%)、GⅡ.P7/GⅡ.6和GⅡ.16各1株(2.78%)。2013年暴发疫情病例所测35株诺如病毒共4种基因型,依次为28株GⅡ.Pe/GⅡ.4型(80.0%)、4株GⅡ.7(11.43%)、3株GⅡ.12/GⅡ.3(8.57%)。结论诺如病毒是无锡地区非细菌性腹泻最常见的病原体,无锡地区诺如病毒流行株具有多种基因型,存在不同基因型间重组株。GⅡ.Pe/GⅡ.4型(Sydney_2012)为2013年无锡地区绝对优势流行株。     

2012-2014年广东省哨点医院诺如病毒GII.4 Sydney变异株流行状况及暴发疫情特征分析

目的：分析2012年1月至2014年6月广东省哨点医院诺如病毒GII.4 Sydney变异株流行状况,以及由诺如病毒GII.4 Sydney变异株感染引起的暴发疫情特征。方法2012年1月至2014年6月在广东省选取22家医院的门诊科室为监测哨点,将采集的腹泻病例粪便样本（共10750份）送至市级CDC,进行病毒核酸提取及诺如病毒核酸检测,所有阳性样本递送至广东省CDC,并按照随机数字法抽取了855份进行诺如病毒基因分型,共成功测序样本690份。采用χ2检验比较不同年龄组、不同时期内腹泻病例诺如病毒感染情况。通过广东省突发公共卫生事件管理信息系统,收集2012年1月至2014年6月广东省13起由诺如病毒GII.4 Sydney变异株感染引起的社区暴发疫情数据,进行社区流行病学分析。结果2012年8月首次检出诺如病毒GII.4 Sydney变异株,2012年11月检出比例为13/15。2012年11月至2013年1月（T1时期）,各月份中腹泻病例诺如病毒感染阳性率分别为23.8%（100/421）、15.9%（61/383）、19.2%（95/495）,2013年11月至2014年1月（T2时期）,各月份中腹泻病例诺如病毒感染阳性率分别为17.0%（90/529）、8.7%（37/426）、11.2%（46/409）,均低于T1时期（χ2值分别为6.65、9.93、10.74,P值分别为0.010、0.002、0.001）。T1时期内≥15、<15岁组腹泻病例诺如病毒感染阳性率分别为26.3%（143/543）、14.9%（113/756）（χ2=25.90,P<0.001）;T2时期≥15、<15岁组阳性率分别为10.1%（52/516）、14.3%（121/848）（χ2=5.09,P=0.024）。13起暴发疫情中,食源性传播占10/13。结论广东省2012年8月首次检出诺如病毒GII.4 Sydney变异株,2012年11月起呈现社区流行,流行1年后,强度降低;由诺如病毒GII.4 Sydney变异株引起的暴发疫情主要以食源性传播为主。     

2018—2020年苏州市5岁以下儿童感染性腹泻病原学及流行特征分析

目的 了解苏州市儿童感染性腹泻病原学和流行特征,为精准防控提供依据.方法 对2018—2020年在苏州市某国家级哨点监测医院开展感染性腹泻病原主动监测,对病例完成流行病学调查并采集粪便标本,对所有标本进行5种病毒和6类细菌检测和分型(群).结果 共纳入感染性腹泻病例999例,病原检出率为36.34％,病毒检出率为31....     

湖南省2017—2021年食源性疾病主动监测病原学及流行特征分析

目的 了解湖南省食源性疾病病原体的流行病学特征及血清型分布,为精准防控食源性疾病提供参考依据。方法收集湖南省18家哨点医院2017—2021年食源性疾病主动监测病例信息,并采集粪便/肛拭子标本进行特定病原体检测,不同特征病原体检出情况的比较采用χ²检验。结果 共采集粪便或肛拭子标本12 579例,病原体总检出率为21.26%;其中沙门菌的阳性检出率为8.68%,诺如病毒8.52%、致泻大肠埃希菌4.35%、副溶血性弧菌0.66%、志贺菌0.06%。从季节分布看,除志贺菌外的3种食源性致病菌在三季度的检出率最高(P<0.001),诺如病毒在一季度的检出率最高(χ²=250.915, P<0.001)。沙门菌中以鼠伤寒沙门菌占比最大,为63.34%,感染多发生于5岁以下儿童;诺如病毒在5～17岁年龄组检出率最高,感染型别以诺如病毒Ⅱ型为主,占68.53%。病原体阳性病例的常见可疑暴露食品是粮食类及其制品(占15.77%)、肉与肉制品和水果类及其制品(占14.91%);家庭自制(占34.35%)和散装(占24.52%)是可疑食品的主要加...     

2016 - 2018无锡市腹泻病疫情中诺如病毒的分子流行病学特征

目的 鉴定无锡市2016年3月 - 2018年3月急性腹泻病突发疫情中诺如病毒的感染流行情况,并对病原体进行分子特征研究。方法 对疫情上送的暴发急性病例标本,采用荧光PCR初步判定病原体,常规RT - PCR检测诺如病毒RNA聚合酶和衣壳蛋白基因片段,并进行序列测定和分子特征分析。结果 在30起暴发疫情中共有162份标本经荧光PCR检测均为诺如病毒核酸阳性,其中154份标本RT - PCR检测判为GII型诺如病毒,120份标本成功测序。测序结果显示,2016 - 2018年突发疫情中有5种基因型,分别是GII.P16 - GII.2、GII.P17 - GII.17、GII.4_Sydney2012、GII.4_NewOrleans和GI.6,2017年之前以GII.17病毒株流行为主,2017之后新的GII.P16 - GII.2重组株成为无锡市病毒性腹泻疫情中的绝对优势株。结论 诺如病毒是无锡市腹泻病疫情的最常见病原体,其最新的优势流行株是GII.P16 - GII.2重组株,和全国趋势一致。     

湖南省2017—2019年学校诺如病毒感染暴发疫情流行特征分析

目的 对湖南省学校诺如病毒感染暴发疫情现况描述,为合理有效防控校园疫情提供参考。方法 在中国疾病预防控制中心信息系统中的“突发公共卫生事件管理信息系统”中收集并整理2017—2019年湖南省上报的学校诺如病毒感染暴发疫情信息。结果 2017—2019年湖南省共报告学校诺如病毒感染暴发疫情34起,共发病1576例,总罹患率为2.42%,疫情多发生在冬春季（27起,占79.41%）;暴发场所以中学(21起,61.76%)为主;疫情中位报告时间为3.75天,达到峰值中位时间为3.83天,持续中位时间为6.96天,疫情报告时间越晚,事件持续时间越久（rspearman=0.832,P＜0.05）。农村罹患率（2.60%）高于城区（2.31%）。近三年病毒基因型以GⅡ型为主（28起,占82.35%）。经水传播罹患率(3.74%)高于人传人的罹患率(1.36%)。结论 湖南省学校诺如病毒感染暴发疫情多发生在中学,提示应加强学校疫情报告、饮水卫生监测及病原学监测等工作力度。     

2013年泰州市腹泻病人中腹泻病毒病原学 监测结果分析

摘要:目的　了解2013年泰州市腹泻病人中腹泻病毒的病原学特点。方法　运用荧光定量PCR对泰州市336份腹泻患者粪便标本进行腹泻病毒检测。结果　腺病毒、轮状病毒、诺如病毒I型、诺如病毒II型、星状病毒、札如病毒检出率分别为3.57%、5.36%、0.59%、7.14%、2.68%、2.08%。全年以1-4月以及11-12月病毒性腹泻发病率最高,且0～10岁年龄组婴幼儿更易感染。结论　2013年泰州市病毒性腹泻主要以诺如病毒II型和轮状病毒为主,应进一步加强病毒性腹泻监测和阳性毒株分型,为病毒性腹泻的预防和控制提供科学的依据。     

诺如病毒核酸检测及病毒基因序列分析

〔目的〕通过对国境口岸输入性感染性腹泻暴发病例的快速检测、排查和病原基因序列分析,为病人的诊断、治疗和口岸突发疫情的处置提供依据,保障国境口岸的卫生安全。〔方法〕利用分子生物学技术,通过粪便样本的核酸(RNA)提取、聚合酶链反应(RT-PCR)、凝胶电泳分析以及基因序列测定、基因序列分析等过程,对造成群体腹泻的病原种类进行确认。〔结果〕9份送检的腹泻病人粪便样本中均检测到诺如病毒特异性核酸片段。经基因序列分析,确认检测到的诺如病毒基因型属基因组Ⅰ(GⅠ)。确认造成马耳他籍船舶"蓝海探索"号暴发腹泻病例的病原为诺如病毒。〔结论〕通过核酸检测等技术手段,可快速确认传染病病原种类,为疫情控制、保障国境口岸的卫生安全提供技术支持。     

浙江省2013—2019年发热疫情的病原学和流行病学特征分析

目的了解浙江省引起发热疫情的病原学种类及其流行病学特征,为疫情的调查处置提供参考。方法收集整理2013—2019年浙江省报告的有发热病例的暴发疫情,分析其病原学特征,并按照不同的疾病种类分组,分析罹患率、持续时间和三间分布特征,描述发热伴皮疹、咽痛、咳嗽等症状暴发疫情的病因和流行病学特征。结果共发现614起发热疫情,有疾病23种,涉及的病原体包括诺如病毒(167起)、流感病毒(147起)、水痘-带状疱疹病毒(129起)、手足口病病原体(59起)、登革病毒(43起)、流行性腮腺炎病毒(10起)、腺病毒(8起)、基孔肯雅热病毒(8起)、人感染H7N9禽流感病毒(8起)、沙门菌(7起)、新型布尼亚病毒(5起)、致泻性大肠埃希菌(3起)、布鲁氏菌(3起)、寨卡病毒(3起)、狂犬病毒(2起)、空肠弯曲菌(2起)、乙型脑炎病毒(2起)、鼻病毒(1起)、鹦鹉热衣原体(1起)、札如病毒(1起)、副溶血性弧菌(1起)、脑膜炎奈瑟菌(1起)。诺如病毒引起的暴发罹患率中位数为3.52%,持续时间2.90 d,流行性感冒罹患率为6.82%,持续时间19.17 d,水痘罹患率为2.16%,持续时间为36.00 d。发热暴发疫情在3—5月和9—12月各有一个高峰,在浙江全省11个市都有分布。持续时间超过1个月的有水痘、流行性腮腺炎、布病;罹患率大于30%的有乙脑、寨卡病毒病、狂犬病、基孔肯雅热、布病。伴有皮疹195起(占31.76%),涉及病种8种,咽痛200起(占32.57%),涉及病种11种,咳嗽211起(占34.36%),涉及病种13种。结论2013—2019年浙江省发热疫情病原体种类多,流行特征复杂,了解引起发热疫情的病因,对疫情判断和及时处置具有重要的参考价值。