子宫内膜异位症中的异常表达基因分析

目的 分析子宫内膜异位症(EM)患者高通量测序数据,探索异位内膜组织中基因的异常表达情况.方法 从GEO在线数据库获取EM患者在位内膜与异位内膜组织高通量测序数据,建立条件分析差异表达基因(DEGs),运用DAVID对DEGs进行注释,使用STING数据库进行DEGs编码蛋白间相互关系(PPI)分析,筛选出候选基因.3...     

ATP/GTP结合蛋白1基因在胃癌及食管癌组织中高表达

目的:应用荧光mRNA差异显示技术(DD-PCR),筛选胃癌及食管癌相关基因的异常表达。方法:收集临床胃癌组织样本,通过荧光差异显示技术(DD-PCR)获得胃癌样品中差异的片段,对这些片段进行克隆和测序。通过在GenBank中同源性检索,查找与差异片段相对应的同源基因。利用半定量PCR及定量PCR方法检验该基因在胃癌及食管癌组织中与其对应正常组织之间表达的差异。结果:通过DD-PCR获得的一个差异表达片段的序列对应于ATP/GTP结合蛋白1基因(A/GT-PBP1)。半定量PCR及荧光定量PCR技术检测结果表明,A/GTPBP1基因在胃癌及食管癌组织中的表达量高于其对应的正常组织(胃癌,P<0.01;食管癌,P<0.01)。该基因包含25个外显子,读码框长3561bp,编码1186个氨基酸,蛋白质相似性分析表明该蛋白为G蛋白家族成员。结论:A/GTPBP1在胃癌组织中异常表达,可能在胃癌发生过程中起调节作用。     

糖基化磷脂酰肌醇特异性磷脂酶D的表达在肺癌诊断中的意义

目的:探讨肺癌患者糖基化磷脂酰肌醇特异性磷脂酶D(CPI-PLD)的活性变化,为肺癌患者预后判断提供依据.方法:利用具有糖基化磷脂酰肌醇(GPI)结构的胎盘碱性磷酸酶(PLAP)做底物,通过TX-114分相,定量检测外周血单个核细胞和血浆中GPI-PLD活性,并采用荧光定量PCR检测外周血单个核细胞中GPI-PLDmRNA水平,分析其表达量与肺癌之间的关系.结果:肺癌患者外周血单个核细胞和血浆中GPI-PLD酶活性分别为(24.15±2.33)%和(29.71±1.32)%,明显低于正常人(P＜0.001),且肺癌患者单个核细胞GPI-PLD活性仅为其血浆中酶活性水平的81.29%,两者之间差异有显著性(P＜0.05);肺癌患者外周血单个核细胞中GPI-PLD mRNA表达平均值为0.44±0.11,明显低于正常人(P＜0.001).结论:GPI-PLD在肺癌患者中的活性及表达明显降低,有可能作为肺癌预后判断的指标之一.     

KAI1基因在不同转移潜能人肺癌细胞株中的表达

目的：探讨人肺癌细胞转移潜能与KAI1基因表达的关系。方法：应用real-timeRT-PCR技术检测不同转移潜能的人肺癌细胞株和正常人成纤维细胞株MRC-5中KAI1基因mRNA的表达水平及差异。结果：人肺癌细胞株中KAI1基因mRNA表达水平均显著低于正常肺成纤维细胞株MRC-5;不同转移潜能人大细胞肺癌细胞株中KAI1基因mRNA表达水平有明显差异。结论：KAI1基因表达降低与人肺癌细胞的转移潜能高低有关。     

荧光定量PCR法检测多种肿瘤组织和细胞株中nucleostemin基因的表达

目的 建立实时荧光定量PCR技术检测nucleostemin(NS)基因在多种肿瘤组织及细胞株中的表达。 方法 构建NS基因和内参基因β-actin标准品,用RT-PCR和实时荧光定量PCR检测NS基因在胃癌、结肠癌和直肠癌组织以及胃癌细胞株（BGC-823）、肺腺癌细胞株（A549）、肺巨细胞癌细胞株（PLA801-D95）、结肠癌细胞株（SW620）、人白血病细胞株（K562）、前列腺癌细胞株（PC3）的表达。 结果 NS基因在胃癌、结肠癌以及直肠癌组织中的表达显著高于癌旁组织（P<0.05）,且在BGC-823的表达显著高于其他细胞株（P<0.05）。 结论 NS基因过表达可能在多种肿瘤,尤其在胃肠道肿瘤的发生、发展过程中起重要作用。     

肺癌患者胸腔积液中UHRF1 mRNA的表达和临床意义

目的探讨肺癌患者胸腔积液中脱落细胞的泛素样含PHD和环指域1(UHRF1)mRNA表达水平及临床诊断价值。方法选取2015年10月至2017年2月南京医科大学附属江宁医院收治的胸腔积液患者124例,根据病理学诊断结果分为恶性胸腔积液组(60例)和良性胸腔积液组(64例),采用实时荧光定量聚合酶链反应技术检测两组UHRF1mRNA表达水平,分别与胸腔积液中脱落细胞学检查结果、癌胚抗原(CEA)和DNA异倍体细胞检测结果进行比较,并分析其与临床病理因素的关系。结果恶性胸腔积液组中UHRF1mRNA相对表达量为(4.53±4.33),明显高于良性胸腔积液组(1.61±1.56),差异有统计学意义(t=5.057,P=0.000)。受试者工作特征曲线分析显示,UHRF1mRNA、CEA单独检测及联合检测的曲线下面积分别为0.753、0.879、0.861,灵敏度分别为53.48%、78.18%、74.42%,特异度分别为88.24%、93.44%、86.27%。在不同年龄、性别、肿瘤定位、组织学分型、CEA水平及有无吸烟史患者的胸腔积液中,UHRF1mRNA相对表达量差异无统计学意义(P0.05);脱落细胞阳性和异倍体细胞阳性患者胸腔积液中UHRF1mRNA相对表达量高于阴性患者,差异有统计学意义(P0.05)。结论UHRF1mRNA对恶性胸腔积液具有较高的临床诊断价值。     

Caveolin-1与鼻咽癌细胞侵袭转移能力的相关性研究

目的:观察Caveolin-1(CAV-1)基因在鼻咽癌细胞株5-8F和6-10B的表达,初步探讨其与鼻咽癌细胞株侵袭转移能力的关系.方法:(1)荧光定量PCR(quantitative RT-PCR,qRT-PCR)检测CAV-1在鼻咽癌细胞株5-8F、6-10B和永生化鼻咽癌上皮细胞株NP69中的表达情况.(2)用免疫组化检测其在细胞株5-8F和6-10B在组织中的表达情况.结果:(1)qRT-PCR结果显示CAV-1在5-8F细胞株中的表达高于在6-10B中的表达,差异有统计学意义(P=0.014).(2)免疫组织化学结果CAV-1在5-8F和6-10B组织中也明显差异.结论:CAV-1在5-8F细胞和组织中高表达可能和其高侵袭,高转移能力相关.     

人BRIT1基因在宫颈癌组织中的表达及其临床意义分析

目的检测宫颈癌组织和配对的宫颈非癌组织中的BRIT1表达情况,比较两者之间的表达差异。方法分别应用实时荧光PCR(RT-PCR)、免疫组化技术检测宫颈癌组织及其配对的宫颈非癌组织中BRIT1 mRNA和蛋白的表达水平,分析BRIT1蛋白表达水平与患者年龄、肿瘤大小、肿瘤类型、肿瘤的病理分级和临床分期之间的关系。结果 RT-PCR结果揭示宫颈癌组织中BRIT1mRNA的表达水平低于配对的宫颈非癌组织,差异有统计学意义(P0.05);免疫组化技术结果揭示63例标本中的44例(69.8%)宫颈癌组织BRIT1蛋白表达水平低于配对的宫颈非癌组织,差异有统计学意义(P0.05);在高级的病理分级和临床分期中,BRIT1蛋白的表达减少更为明显。结论 BRIT1在宫颈癌癌组织和非癌组织中的表达差异提示BRIT1可能在宫颈癌的发生、发展中具有一定的作用。     

早期胃癌淋巴结转移差异表达基因分析

目的:利用TCGA数据库早期胃癌RNA-seq数据,探讨早期胃癌淋巴结转移差异表达基因及相关生物学意义。方法:从TCGA数据库下载胃癌RNA-seq数据和临床病理数据,筛选出早期胃癌数据,并根据有无淋巴结转移进行分组对比分析。在R 3.5.3环境下,加载edgeR包,筛选T_1N_(1-3)M_0期与T_1N_0M_0期胃癌相比的差异表达基因。通过对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,分析其潜在的生物学功能。分析差异表达基因与胃癌预后的相关性。结果:早期合并淋巴结转移组胃癌中发现197个显著上调表达基因和5个显著下调表达基因。上调差异表达基因显著富集在白细胞介素-1、白细胞介素-6、肿瘤坏死因子等作用的细胞增殖相关GO功能因子,和Wnt信号通路、核转录因子κB(NF-κB)信号通路、胃癌信号通路等癌症相关信号通路上。上调和下调差异表达基因多与胃癌患者预后相关。结论:早期胃癌淋巴结结转移相关差异表达基因可能通过细胞增殖相关GO功能和Wnt信号通路、NF-κB信号通路等信号通路影响早期胃癌的生物学行为;有无淋巴结早期胃癌中的差异表达基因表达水平多与胃癌患者预后显著相关,有可能作为胃癌的诊治靶点应用于临床。     

实时荧光定量PCR法检测RNA干扰后的GES-1细胞中MYCT-1基因的表达

目的 建立MYCT-1基因的实时荧光定量PCR(Real-time fluorescence quantitative PCR,RFQ-PCR)检测方法,检测RNA干扰(RNA interference,RNAi)后GES-1细胞中MYCT-1 mRNA 的表达水平,探讨不同剂量siRNA对MYCT-1基因的沉默效果....     

转移性人小细胞肺癌裸鼠模型的建立

目的建立转移性人小细胞肺癌(SCLC)的裸鼠模型,探讨其用于人SCLC的治疗研究的可行性。方法 RPMI 1640培养基培养的人SCLC细胞株NCI-H446用无血清培养液重悬成1×107个/mL,取0.1 mL细胞悬液接种于BALB/c-nu裸鼠胫骨结节骨髓腔内,构建裸鼠模型并观察腿部肿瘤生长情况及肺等器官的转移情况。免疫组化染色检测小细胞肺癌标志物CD56及神经上皮干细胞标志物netsin的表达情况。结果经胫骨结节骨髓腔注射的方法注射细胞后裸鼠腿部均形成原位瘤,肺部转移6/6只,肝、脾等脏器未见转移灶。肿瘤组织细胞CD56阳性率>75%,nestin阳性率为4%～12%。结论经胫骨结节骨髓腔注射的方法可以形成弥散性肺部肿瘤,其他各器官则未见肿瘤块,可以为人SCLC实验性治疗的研究提供一种高效的实验模型。     

Prognostic significance of gamma-glutamyl transferase in patients with metastatic non-small cell lung cancer

Background: The prognostic significance of serum gamma-glutamyl transferase (GGT) level at diagnosis in patients with metastatic non-small lung cancer (NSCLC) is not clear. We aimed to assess the relationship between serum GGT level and overall survival (OS) and progression-free survival (PFS) in this patient population.

Methods: Data of patients with metastatic NSCLC who were admitted to the medical oncology clinic of our hospital during April 2013–December 2017 were retrospectively analyzed. Patients were divided into two groups based on GGT levels, normal and high (as defined by normal reference levels), and then compared.

Results: Significant differences between the high and normal GGT level groups were found regarding female sex, Eastern Cooperative Oncology Group performance score, weight loss at the time of diagnosis, and lactate dehydrogenase level (p < 0.05). The high GGT group had a shorter median OS (11.5 vs. 3.4 months, p < 0.001) and PFS (7.8 vs. 3.0 months, p = 0.001). High GGT level is an independent risk factor for OS (hazard ratio [HR] 2.270; 95% confidence interval [CI], 1.398–3.686; p < 0.001) and PFS (HR 2.489; 95% CI, 1.323–4.684; p = 0.005).

Conclusions: High serum GGT level is an independent prognostic factor for OS and PFS in metastatic NSCLC patients.     

非小细胞肺癌患者癌组织和血浆中microRNA-21的表达及意义

目的探讨microRNA-21(miRNA-21,miR-21)在非小细胞肺癌(NSCLC)患者肺癌组织和血浆中的表达及临床意义。方法用荧光定量PCR检测100例NSCLC患者肺癌组织及癌旁组织miR-21的相对表达量,并检测100例NSCLC患者及100例健康人血浆miR-21的相对表达量,用t检验比较其表达水平的差异,用卡方检验分析肺癌组织miR-21表达量与各临床病理资料之间的关系,ROC曲线评价miR-21对NSCLC的诊断价值。结果 miR-21在肺癌组织的表达水平高于癌旁组织(t=10.154,P0.05),且在NSCLC患者血浆中的表达水平高于健康人(t=13.444,P0.05);肺癌组织中miR-21高表达患者肺癌复发转移率明显高于低表达患者(χ2=11.335,P0.05);生存分析显示,肺癌组织或血浆中miR-21高表达患者较低表达者生存期明显缩短(χ2为6.685和5.692,P0.05);ROC曲线表明,miR-21对NSCLC诊断价值中等。结论 miR-21在NSCLC患者癌组织及血浆中均有高表达,肺癌组织miR-21高表达与NSCLC复发转移具有密切关系,可作为NSCLC诊断及评价预后的指标。     

高侵袭胰腺癌亚群细胞系构建和生物学特性研究

目的建立具有高转移潜能的胰腺癌细胞株亚系并研究其生物特性。方法利用Transwell侵袭小室从人胰腺癌细胞株（PC-3）筛选高转移侵袭能力胰腺癌亚系PC-3-I-3,光镜下比较细胞形态;采用3-（4,5-二甲基噻唑-2）-2,5-二苯基四氮唑溴（M1Tr）法检测细胞增殖能力;采用平板软琼脂克隆形成实验计算克隆形成数,比较其细胞克隆形成能力;采用Transwell小室体外转移和侵袭实验比较细胞肿瘤侵袭转移能力。结果光镜下细胞形态学显示,PC-3-I-3细胞多呈长梭形,较母系PC-3细长;MTr实验结果显示,PC-3-I-3的在1—5d吸光度值增长速度明显快于PC-3,在第5天时,PC-3-I-3的吸光度值（2．78＋0．12）高于PC-3的吸光度值（1．88_＋0．13）,差异有统计学意义（t=9．11,P〈0．05）;培养2周后,PC-3-I-3组克隆数（180．72＋5．01）明显高于PC-3组克隆数（139．00±6．10）,差异有统计学意义（t=8．73,P〈0．05）;Transwell小室体外迁移实验结果显示,PC-3-I-3吸光度值（0．40±0．05）高于PC-3吸光度值（0．21±0．06）,差异有统计学意义（t=5．76,P〈0．05）;Transwell小室体外侵袭实验结果显示,PC-3-I-3吸光度值（0．12＋0．03）高于PC-3吸光度值（0．04±0．02）,差异有统计学意义（t=4．76,P〈0．05）。结论在没有改变基因性质的前提下．筛选的胰腺癌细胞亚群PC-3-I-3的侵袭、转移能力明显增强．为探讨胰腺癌转移机制提供理想的细胞模型。     

血清标志物pro-GRP、NSE在小细胞肺癌鉴别诊断中的价值

目的探讨血清标志物胃泌素释放肽前体(pro-GRP)、神经元特异性烯醇化酶(NSE)对小细胞肺癌(SCLC)鉴别诊断的价值。方法选择SCLC患者120例(SCLC组)、非小细胞肺癌(NSCLC)患者130例、良性肺部疾病者80例,以及同期健康体检者90例(健康对照组),检测血清pro-GRP、NSE水平,SPSS13.0进行统计分析,分析各标志物的血清水平和阳性率。Graph-Pad Prism 5进行ROC曲线绘制。结果 SCLC组患者血pro-GRP、NSE水平明显高于NSCLC组、良性肺部疾病组和健康对照组,差异有统计学意义(P0.05)。SCLC组患者血清pro-GRP阳性率(80.00%)高于其他3组,差异有统计学意义(P0.05)。SCLC组和NSCLC组NSE阳性率比较差异无统计学意义(P0.05)。pro-GRP、NSE单独及联合诊断SCLC的ROC曲线下面积分别为0.890、0.810和0.915。结论 NSE只能鉴定良恶性肺部疾病,不能鉴定SCLC和NSCLC;pro-GRP既可鉴定良恶性肺部疾病,还可鉴定肺癌的SCLC和NSCLC病理分型;pro-GRP、NSE联合检测对SCLC的鉴别诊断有重要价值。     

microRNA在非小细胞肺癌组织中的表达及其临床应用研究

摘要:目的：探讨microRNA（miRNA）在非小细胞肺癌（NSCLC）组织中的表达及其临床意义。 方法：用实时荧光定量PCR技术检测40例NSCLC患者癌组织与癌旁组织中miR-21、miR-20a、miR-31、miR-222、miR-223、miR-145、miR-126的表达变化。 结果：NSCLC患者癌组织中miR-21、miR-20a、miR-31、miR-222较癌旁组织呈高表达（P<0.05）,而miR-223、miR-145、miR-126呈低表达（P<0.05）。随着病情进展,miR-21、miR-222表达升高,miR-126表达下降。 结论：miR-21、miR-20a、miR-31、miR-222、miR-145、miR-126、miR-223在NSCLC癌组织中表达存在差异,且miR-21、miR-222和miR-126与NSCLC病情的恶化发展相关,有助于预后判断。     

非小细胞肺癌远处转移与血小板参数变化的相关性分析

目的探讨非小细胞肺癌(NSCLC)不同临床分期血小板参数变化对肺癌远处转移的预测价值。方法回顾性分析2013年4月至2014年1月就诊于该院诊治住院的肺癌患者,分别检测患者血小板计数(PLT)、平均血小板体积(MPV)、血小板分布宽度(PDW)、大血小板比例(P-LCR)及血小板压积(PCT)等参数。结果检测结果显示肺癌组PLT、MPV、P-LCR和PCT均高于肺部良性肿瘤组及健康对照组,差异有统计学意义(P0.01),而PDW比较差异无统计学意义(P0.05)。随TNM分期的增加,Ⅲ期(血小板增高比例32.35%)和Ⅳ期(42.85%)明显高于Ⅰ期(19.35%)和Ⅱ期(22.85%)(P0.01)。Ⅳ期血小板五项参数与Ⅰ期、Ⅱ期比较,差异均有统计学意义(P0.05);但Ⅲ期与Ⅰ期、Ⅱ期PDW和P-LCR比较,差异无统计学意义(P0.05)。Ⅳ期与Ⅲ期PLT、MPV和PCT比较,差异均有统计学意义(P0.05)。结论肺癌患者常以某种特殊机制刺激骨髓巨核细胞产生血小板,分期愈晚血小板增高比例越明显,连续动态观察血小板参数有助于临床判断病情的发展及预后。     

Assessment of the clinical application of detecting EGFR,KRAS, PIK3CA and BRAF mutations in patients with non-small cell lung cancer using next-generation sequencing

Background: Next-generation sequencing (NGS) has been widely applied in clinical research, while its application in routine clinical molecular testing requires careful validation. The aim of our study was to assess the clinical usefulness of the NextDaySeq Lung panel on Ion Torrent? PGM in mutation detection of actionable genes in lung cancer.

Methods: The NextDaySeq assay was evaluated by blinded comparisons to Quantitative Real-Time PCR (qPCR) assays with 188 consecutive samples from Chinese patients with non-small cell lung cancer (NSCLC) to detect mutations in EGFR, KRAS, PIK3CA and BRAF. Discordant variants were further validated by Sanger sequencing and independent qPCR and NGS assays.

Results: Our results showed 93.3% concordance of reportable variants mutually covered in both NGS and qPCR assays, with a clinical sensitivity of 89.9%, specificity of 97.5%. Through the comparison, the NGS assays demonstrated its advantages in offering more clinical relevant information, such as detecting non-hotspot mutations and providing mutation allele frequencies (MAF) and accurate mutation sequences. The analytical sensitivity of NGS to detect mutations with low MAF needs further improvement.

Conclusions: The NextDaySeq Lung panel exhibited good clinical performance, strongly supporting the implementation of the NGS assay in routine clinical use to facilitate therapeutic decision-making for lung cancer patients.