肾综合征出血热患者流产胎儿分离毒株84FLi的全基因序列分析

目的：克隆和测定汉滩病毒疫苗生产株84FLi的全基因组序列,了解其分子基础。方法：采用逆转录聚合酶链反应（RT－PCR）,分节段扩增84FLi株L、M和S基因片段的cDNA,直接用PCR产物或克隆人pMD18-T载体后进行测序。结果：84FLi株L、M、S3个片段的全基因组序列为6533,3616和1688个核苷酸,分别编码2151,1135,429个氨基酸。A、C、G、T4种核苷酸分别为3830,2050,2510和3447个,GC含量为38．52％,AT含量为61．48％。序列同源性分析表明84FLi株与分离自广州的RG9株和分离自安徽的Chen4株高度同源。S片段核苷酸的同源性99．6％。与HTNV的国际标准毒株76－118的3个片段核苷酸同源性分别为83．7％、84．0％和87．2％,氨基酸同源性分别为97．5％、96．0％和97．9％。结论：84FLi株属于汉滩型病毒,并与分离自国内的汉滩病毒同源性较高,与中国株Chen4株和RG9株属于同一亚型。     

汉滩病毒西安分离株84FLi M片段的克隆

目的:克隆汉滩病毒84FLi株M片段的cDNA. 方法:提取病毒总RNA,反转录为cDNA模板,用高保真的Taq酶扩增出G1和G2两个糖蛋白编码的基因片段:84M2.0(1～2058)和84M1.6(1964～3616). 将这两个片段分别与T载体-pMD18-T连接,转化感受态大肠杆菌后获得两个分别为G1和G2编码的克隆pMD84M2.0和pMD84M1.6. 再利用酶切连接的方法获得M片段全序列的cDNA克隆. 结果:获得两个分别为G1和G2糖蛋白序列编码的克隆,进而酶切组装为含有M片段全序列的cDNA克隆. 结论:获得了84FLi株M片段全序列的cDNA克隆.     

汉坦病毒GM04-38株包膜糖蛋白M的基因克隆与序列分析

目的：建立汉坦病毒（HV）包膜糖蛋白M的克隆载体;研究M基因的变异情况,并对其序列进行系统发生树分析。方法：应用逆转录聚合酶链反应（RT—PCR）扩增GM04—38M片段的基因。产物纯化后克隆于PMD-18T载体。经氨苄青霉素筛选,酶切鉴定,并进行序列测定,应用DNASTAR软件将它与世界范围内分离的病毒株同一基因序列分析比较。结果：筛选出含有HVM蛋白基因的克隆。GM04—38株M片段的全基因序列共3651个核苷酸。4种核苷酸的比例分别为：A30．46％。T30．13％,G20．84％。C18．57％。序列同源分析表明。GM04—38株与Z37株核苷酸同源性最高（97.3％）。属于SEO型HV。与其他SEO各株的差别均小于18．0％：绘出了核苷酸系统发生树。结论：成功地建立汉坦病毒M蛋白基因克隆载体：中国不同地区汉坦病毒流行株基因序列存在明显差异。这为研究HV遗传与变异以及制备有效的亚单位疫苗奠定了基础。     

汉坦病毒辽宁地区黑线姬鼠体内分离株的基因分型

目的 分离辽宁地区汉坦病毒，对分离株(SY13)进行基因分型，以弄清辽宁地区汉坦病毒流行株的基因型和基因亚型。方法 采用组织细胞培养法分离汉坦病毒：用RT—PCR法分别扩增SY13的M片段G1、G2区和S片段，通过DNAstar序列分析软件分别对三个基因片段的序列与从GenBank下载的序列进行同源性分析，并构建种系发生树。结果 通过对三个基因片段进行比较分析，SY13与HTN型同源性较高，为79．3％～97．0％；通过M片段G2区的比较分析，SY13与BA010、BA014、JIANG13、BA09、Q33处于同一分支，同源性达到95．0％～97．0％。结论 辽宁地区汉坦病毒分离株(SY13)与黑龙江地区分离株属同一亚型，为HTN型病毒中的H4亚型。     

大仓鼠携带汉坦病毒全S、部分M核苷酸序列特征分析

目的测定从仓鼠亚科宿主动物大仓鼠肺中分离到的汉坦病毒的全S、部分M基因片段的核酸序列,明确其型别。方法RT-PCR方法扩增,连接入PMD-18T载体,转化至JM109宿主菌。阳性质粒进行测序分析。结果YU62株S基因全长1701nt,有一个完整的ORF,起始位置为37 nt,终止于1326 nt,编码N蛋白429个氨基酸。与HTN-A16株核苷酸、氨基酸同源性最高分别为99.1%,99.3%。M片段克隆出1272 bp,核苷酸与HTN-SN7有85.6%的同源性。从S片段种系发生树分析来看,YU62归于HTN型H4亚型。从M片段(265-624 bp)种系发生树分析来看YU62株属于HTN的一个新亚型。结论仓鼠携带的汉坦病毒S、M片段进化不平行,YU62可能是在大仓鼠体内发生重排的HTN的新亚型。     

SARS冠状病毒M基因的克隆及序列分析

目的克隆SARS冠状病毒(SARS-CoV)GD322株M基因,并进行序列分析。方法根据GenBank中公布的SARS冠状病毒Tor2株M基因序列,设计一对引物,用RT-PCR法从SARS-CoVGD322株基因组中扩增M基因片段。克隆至pET-32(a)载体,转化大肠杆菌BL-21后测序,利用DNAstar和ClustalX分析所测序列翻译的氨基酸与81株SARS-CoVM基因翻译的氨基酸序列的差异。结果该M基因与Tor2株M基因核苷酸同源性为99.86%;与已收集的81株SARS-CoVM基因所译氨基酸相比,和41株(占50.62%)M蛋白完全同源,37株(占45.68%)仅有一个氨基酸改变,同源性为99.55%,仅与3株(占3.70%)有2个氨基酸差异,同源性为99.10%。结论已获得具有代表性的SARS-CoVM基因重组质粒。     

化学合成肾综合征出血热病毒基因探针及其应用

肾综合征出血热病毒(HFRSV)属于布尼安病毒科中一个新属。病毒基因组由分子量约为4.5×16~6的单股负链RNA组成,分大、中、小三个片段。巳知汉坦(Hantaan)病毒等多种HFRSV代表株大、中、小片段3′-末端均有高度同源序列,但与布尼安科其它属病毒3′-末端序列有很大差别。为了进行该病毒分子生物学研究,本研究以已知     

PCR技术在丙型肝炎病毒RNA聚合酶基因分析中的应用

目的研究本地区HCV病毒分离株的分型,为临床治疗提供依据。方法利用PCR技术克隆并测定NS5B基因片段的核苷酸序列,并对其核苷酸和氨基酸序列进行比较分析。结果克隆的NS5B片段的核苷酸和氨基酸序列与HCV-Ⅱ型代表株相应部分序列的同源性最高,而且氨基酸序列比较结果显示,37个分离株中RNA聚合酶结构及其相关序列无任何变异。结论该分离株应属HCV—Ⅱ型。NS5B基因片段可能在病毒复制中起重要作用。     

肾综合征出血热病毒血凝素单克隆抗体的建立与鉴定

用HFRSV血凝素免疫BALB/c小鼠,取脾细胞与SP2/0骨髓瘤细胞融合,共获得56株分泌抗HFRSV McAb的杂交瘤细胞系。对其中10株细胞系应用血凝抑制试验证明有9株为特异性分泌抗HFRSV血凝素McAb的杂交瘤细胞系。应用微量细胞培养中和试验证明6株具有中和活性。z株(3D_8和3G_1)具有高滴度的血凝抑制活性和中和活性。10株HFRSV血凝素McAb均能与从不同疫区,不同宿主分离的HFRSV反应,说明HFRSV血凝素具有群共同性。     

未知人Na( )-K( )-Exchanging ATPase α1亚基基因第一内含子的获得及鉴定

目的研究人Ｎａ（＋）－Ｋ（＋）－ＥｘｃｈａｎｇｉｎｇＡＴＰａｓｅα１亚单位基因胞外区约８０～１３０位氨基酸编码序列的未知基因组结构。方法采用聚合酶链反应（ＰＣＲ）方法对人基因组ＤＮＡ及ｃＤＮＡ文库进行扩增,限制性酶切分析扩增产物,并进行荧光测序,对测序结果进行同源性分析及剪接位点的搜索并对得到的核苷酸序列进行分析。结果人基因组ＤＮＡ和ｃＤＮＡ经扩增后分别得到８３３和１９５ｂｐ两种不同大小的片段Ｆｇ,Ｆｃ。分析序列发现Ｆｇ与Ｆｃ相比在１３８～７７５ｂｐ处含有一６３８ｂｐ的插入片段,此片段与ＧｅｎＢａｎｋ中的任何已知序列均无明显同源性。结论本研究发现了一段全新未知的人Ｎａ（＋）－Ｋ（＋）－ＥｘｃｈａｎｇｉｎｇＡＴＰａｓｅα１亚单位基因的内含子全序列,并得到了第一外显子同第二外显子之间的相对位置和序列,其在Ｇｅｎ－Ｂａｎｋ的基因检索号为Ｌ７６９３８。序列分析表明该内含子可能具有潜在的调控基因表达的功能,并含有一个可能的编码序列。     

武汉市啮齿动物中汉坦病毒分子流行病学研究

目的研究湖北省武汉市啮齿动物中汉坦病毒（Hantavirus）流行情况及病毒型别。方法采用间接免疫荧光法（IFA）检测鼠肺中HV抗原;用逆转录聚合酶链式反应（RT—PCR）法扩增阳性样品中HV的部分S片段及部分M片段;构建系统发生树进行系统发生分析及分型。结果在武汉市肾综合征出血热（UVaS）疫区共捕获啮齿动物231只。在9份鼠肺样品中检测到HV抗原,其中5只为褐家鼠,2只为黄胸鼠,2只为小家鼠,病毒携带率为3．90％。用汉城型病毒（SEOV）特异性引物从7份HV抗原阳性样品中扩增出部分S片段（620～999nt）及部分M片段（2001～230Int）井测定序列。对扩增出的部分S片段和M片段核苷酸序列分析表明,7株病毒与Genebank已提交的SEOV有很高的同源性,均为SEOV。但在用部分S片段及部分M片段核苷酸序列所构建的系统发生树上,7株病毒的聚集模式不同。结论武汉市啮齿动物携带S1和S4亚型汉坦病毒,表现出SEOV在同一地区的遗传多样性。     

幽门螺杆菌适应性定植相关基因HP0318的克隆及序列分析

目的 测定幽门螺杆菌(HP)适应性定植蒙古沙鼠前后HP0318基因序列并分析其序列差异, 以了解该基因在HP适应性定植过程中在基因水平是否发生了改变,为进一步研究HP的适应性变异机制提供实验依据.方法 对幽门螺杆菌临床分离株M0、沙鼠适应株M13及标准株NCTC11637基因组中的HP0318全长基因进行扩增,然后连接到PMD18-T载体进行测序,最后通过DNAsis软件对不同菌株来源的HP0318基因进行多重序列比对,并与Genbank公布的2个标准株(HP26695株和J99株)的HP0318序列进行对比分析.结果 PCR法成功扩增出了3个菌株的HP0318基因片段,克隆到PMD18-T载体上酶切鉴定正确.测序结果表明3株幽门螺杆菌(M0、 M13、11637)的HP0318序列大小均为756bp.序列分析显示在不同来源的HP菌株中表现出较高的保守性,最低相似性达到94%.结论 HP0318基因属于HP特异性基因,HP在沙鼠中适应性定植可能并不是由HP0318基因水平的变异引起,有必要进一步实验验证其功能和阐明其所具有的调控机制.     

适于标记的HFRS病毒组特异性McAb的建立及其应用

用陕西81-14A株HFRSV,免疫BALB/c小鼠,取该鼠脾细胞与SP2/O骨髓瘤细胞融合,获得分泌抗HFRSV抗体的C_4株杂交瘤细胞系。C_4株McAb与我国各地的28株及朝鲜的76-118株、Seoul株HFRSV均产生免疫反应,表明是HFRSV组特异性扩体,并适用于荧光素及辣根过氧化物酶标记。经初步应用,效果满意。     

唐山市流行性腮腺炎病毒小疏水蛋白基因序列分析

目的 探讨唐山市流行性腮腺炎病毒的分子特征。方法 收集唐山市不同行政区的流行性腮腺炎患儿唾液标本5份，其中，爆发病例2例，散发病例3例。经RT-PCR扩增小疏水蛋白（SH）基因并测序，利用Clustal X软件进行系统发育分析。结果 唐山市分离的5株流行性腮腺炎病毒均为F亚型。各株病毒SH基因的核苷酸序列一致率为94．8％～100．0％，氨基酸序列一致率为91．4％～100.0％，但与国内主要野毒株SH基因的氨基酸序列一致率只有80．7％。系统发育分析显示，唐山市的各样本之间同源性较高．其次是国内的野毒株。而与国外野毒株及疫苗株同源性低。结论 唐山市存在多种流行性腮腺炎病毒株流行，主要基因型为F亚刑。     

小鼠诺如病毒分离鉴定及病毒衣壳蛋白（VP1）基因测序分析

目的 对来自广东地区感染小鼠诺如病毒（Murine Norovirus,MNV）的小鼠进行病毒分离鉴定,对病毒的衣壳蛋白（VP1）基因进行测序和序列分析,绘制系统发生树,了解广东地区MNV的分子遗传特征和进化来源。方法 采用RAW264.7细胞对RT-PCR检测为阳性的小鼠样本进行病毒分离,通过细胞病变、RT-PCR、间接免疫荧光试验、测序方法对病毒分离株进行鉴定。应用RT-PCR技术针对15株MNV分离株的VP1基因的1626个核苷酸片段进行基因扩增,将扩增产物连接在pMD18-T 载体后转化到大肠杆菌中进行克隆。通过氨苄青霉素平皿筛选,将鉴定为阳性的克隆菌进行核苷酸序列测定及序列分析。将这15 株MNV分离株与从GenBank获得的19株MNV参考株进行序列比较分析,基于VP1基因的1626核苷酸片段构建系统发生进化树,一起进行分子流行病学研究。结果 从80个小鼠样本中分离到了15株MNV病毒,通过细胞病变试验、RT-PCR试验、间接免疫荧光试验和测序分析鉴定确认分离到的病毒为MNV。序列分析结果显示MNV分离株的VP1蛋白基因全长均为1626个核苷酸,广东地区15株MNV分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别在89.7~100%和94.8~100%之间, 15株MNV分离株与其他19株MNV参考毒株核苷酸和氨基酸同源性分别在87.5~92.9%和92.4~98.2%之间。进化树分析表明来自设施A和设施D的13株病毒之间的亲缘关系较近,同属一个进化分支。来自设施B 的ZD-1毒株和设施C的ZYY-163毒株与来自广东（K162）、日本（S7-P2、S7-PP3）、韩国（K4）和德国（Berlin/04/06/DE、 Berlin/05/06/DE）同属另一个进化分支。结论 成功分离到15株MNV病毒。遗传进化分析表明广东地区的MNV分离株来源并不相同,来自设施B和设施C的MNV分离株与国外分离株的亲缘关系较近,而来自设施A和设施D的13株MNV分离株可能是本地固有的毒株。     

多重耐药铜绿假单胞菌aac(6'''')-Ⅱ型氨基糖苷类修饰酶基因研究

目的 进一步探讨铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa，Pa)的耐药机制。方法 从分离的22株Pa中，经药敏试验、氨基糖苷类修饰酶耐药aac(6’）-Ⅱ型基因的聚合酶链反应(PCR)检测，筛选出1株具有多重耐药的特征、氨基糖苷类修饰酶aac(6’）-Ⅱ型阳性的菌株，对其耐药基因进行序列分析。结果 Pa菌株扩增结果阳性，产物的长度为178bp，与标准产aac(6‘)-Ⅱ型菌株扩增片段长度大小一致；PCR产物经自动测序仪进行序列分析，共测得132个核苷酸序列，经GenBank网上同源性比较，发现该序列与M29695相比有2个位点改变。结论 国内临床上分离的Pa产aac(6’)-Ⅱ型氨基糖苷类修饰酶基因，与国外的相比有同义突变。     

汉滩病毒西安分离84FLi的M片段全基因序列测定及分析

目的 测定我国肾综合征出血热患者流产胎儿肝脏分离病毒84FLi株的全M片段基因序列，了解其分子基础。方法 采用反转录－聚合酶链反应（RT－PCR），分节段扩增M基因片段的cDNA，直接用PCR产物或克隆人pMD18-T载体后进行测序。结果 84FLi株的全M基因序列组成为：M片段基因共由3616个核苷酸组成，四种核苷酸的比例分别为A30．92％，C18．03％，G21．18％，T29．87％。GC含量为39．21％，AT含量为60．79％，最大开放读码框为41－3448，共编码1135个氨基酸。核苷酸序列同源性分析表明84FLi株与HTN型同源性高于与其他型汉坦病毒的同源性，其中与中国株的同源性较高，与HV114株的同源性为85．5％。与HTNV的国际标准毒株76－118的核苷酸同源性分别为84．0％，氨基酸的同源性为96．0％。结论 84FLi株属于汉滩型病毒，并与分离自国内的汉滩病毒同源性较高。     

安徽阜阳既往献血人群HIV-1感染者基因变异特征的研究

目的研究安徽省阜阳市既往献血人群中HIV-1感染者体内病毒流行株的亚型及序列变异特征。方法用巢式聚合酶链反应（nested-PCR）对HIV-1外膜蛋白（env）基因和核心蛋白（gag）基因进行扩增,获得244例患者的env基因V3-C3及其邻近区域序列和245例患者的gag基因区序列,应用MEGA软件进行分析,同时结合患者的疾病进展阶段进行相关性研究。结果系统进化树显示安徽省阜阳市患者体内HIV病毒的env和gag区序列属泰国B亚型;env和gag区的组内基因距离分别为9．11％和3．59％;按CD4细胞绝对计数分层,随CD4细胞绝对计数降低,env、Gag组内基因距离明显升高;随病毒载量水平增加,各组基因距离有增大的趋势,且差异均有统计学意义（P〈0．001）。env区V3环序列13份长期不进展者7份顶端四肽为GPGQ,53份缓慢进展者33份顶端四肽为GPGR,两者间差异有统计学意义（P=0．038）。结论安徽省阜阳市既往献血人群HIV-1感染者体内的病毒流行株是B′亚型。CD4和病毒载量作为疾病进程不同阶段的指标,与病毒变异有相关性,即随CD4降低、病毒载量升高病毒组内基因距离增大。HIV B′亚型V3环顶端四肽随疾病进展由GPGQ为主变为GPGR为主。     

杜氏利什曼原虫39KD抗原基因同源性分析

目的：确定杜氏利什曼原虫39KD抗原基因的基因分析与同源性。方法：以杜氏利什曼原虫39KD抗原基因为探针,与不同种株的利什曼原虫进行Southem杂交,确定不同种株的利什曼原虫该基因的变化,并将该基因序列测定后,进行DNA序列数据库检索,分析其同源性,并进行数据库登记。结果：杜氏利什曼原虫不同地域株及婴儿利什曼原虫基因组中均含有该基因,并且无明显定位变化,整个基因在DNA数据库中无完全DNA同源序列,在GenBanK中的序列号为3280。结论：该抗原基因是利什曼原虫保守基因。     

抗HFRSV血凝素3G_1单克隆抗体重链可变区DNA的克隆及序列分析

抗HFRSV血凝素抗原的鼠源性单抗3G_1经体内、外研究证实该单抗对HFRSV感染的小鼠具有高中和活性及高保护作用。为了从分子水平了解3G_1单抗,作者用基因工程技术,从3G_1杂交瘤细胞系提取的基因组DNA中,克隆出3G_1单抗重链可变区基因,并对该可变区基因的全部360个核苷酸序列进行了测定。