基于网络药理学和分子对接探讨小儿风热清合剂（口服液）治疗甲型流感的潜在作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接方法,筛选小儿风热清合剂（口服液）防治甲流的活性成分、潜在靶点和作用机制。方法 首先从中药系统药理学数据库分析平台（TCMSP）及BATMEN-TCM数据库获取小儿风热清合剂（口服液）成分数据及预测靶点,从GeneCards数据库获得甲型流感治疗靶点。随后通过功能富集揭示潜在靶点涉及的功能,并利用Cytoscape软件构建“药材–活性成分–潜在靶点”网络,基于STRING数据库构建潜在靶点的蛋白相互作用网络。最后对关键靶点与成分进行分子对接验证。结果 共筛选到小儿风热清合剂（口服液）活性成分192个,潜在靶点141个。基于“药材–活性成分–潜在靶点”网络以及分子对接技术,筛选到排名靠前的关键活性成分17个,排名靠前的核心靶点分别为前列腺素内过氧化物合酶2（PTGS2）、热休克蛋白（HSP90AA1）、前列腺素内过氧化物合酶1（PTGS1）、一氧化氮合酶2（NOS2）、过氧化物酶体增殖物激活受体γ（PPARG）、肾上腺素能受体β2（ADRB2）。共筛选出2 747个基因本体条目,富集到176条与药物防治甲型流感相关的通路。小儿风热清合剂（口服液）防治甲型流感作用主要与外界刺激应答、信号转导、氧化应激和病毒感染通路等相关。分子对接结果显示,核心靶点与活性成分间结合稳定。结论 小儿风热清合剂（口服液）可能通过抑制甲型流感病毒增殖、抑制机体炎症和调节免疫等多种途径,发挥对甲型流感的防治作用。     

基于网络药理学与分子对接探讨小儿豉翘清热颗粒治疗甲型流感的作用机制

目的 探讨小儿豉翘清热颗粒治疗甲型流感的网络药理学的作用机制。方法：运用TCMSP数据库筛选药物成分及靶点,并借助GeneCards、OMIM、TTD、PharmGkb数据库检索疾病靶点,利用Cytoscape 3.9.1构建“药物-活性成分-靶点”网络图,借助STRING构建蛋白互作网络图,筛选出核心靶点,通过DAVID数据库进行基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,借助AutoDockTool运算分子对接结合能。结果 筛选出245种药物活性成分,269个药物靶点,2 045个疾病靶点,交集靶点131个。确定槲皮素、山柰酚、木犀草素、β-谷甾醇、豆甾醇、黄芩素、汉黄芩素、柚皮素为药物的关键成分,确定核心靶点为蛋白激酶B1（AKT1）、肿瘤坏死因子（TNF）、TP53、白细胞介素-6（IL-6）、IL-1B、血管内皮生长因子A（VEGFA）、信号转导和转录激活因子3（STAT3）、胱天蛋白酶3（CASP3）。分子对接结果显示各活性成分与潜在靶点结合能力良好。结论 小儿豉翘清热颗粒作用机制复杂,可能与Toll样受体信号通路相关,可通过联合多靶点、多通路、多效应达到治疗甲型流感的作用。     

基于网络药理学探讨川芎清脑颗粒改善偏头痛作用机制及验证研究

本研究采用网络药理学分析与动物实验验证相整合的研究策略,探讨川芎清脑颗粒(Chuanxiong Qingnao Granules, CXQN)改善偏头痛(migraine headache, MH)的分子作用机制。动物实验过程均遵循中国中医科学院实验动物伦理委员会的规定。基于网络药理学,获取27个CXQN的活性成分及对应的940个作用靶点,交集得到99个CXQN治疗MH的共同靶点,并筛选出肿瘤坏死因子-α (tumor necrosis factor-α, TNF-α)、白细胞介素(interleukin,IL)-6、血管内皮生长因子A (vascular endothelial growth factor A, VEGFA)、IL-1β、脑源性神经营养因子(brainderived neurotrophic factor, BDNF)等关键靶点,富集分析表明CXQN治疗MH的靶点主要参与环磷酸腺苷(cyclic adenosine monophosphate, cAMP)、缺氧诱导因子-1 (hypoxia inducible factor-1, HIF-1)、磷脂酰肌醇3-激酶-蛋...     

基于网络药理学和分子对接的柴银颗粒治疗流感作用机制研究

目的:探讨柴银颗粒治疗流感的潜在活性成分和可能作用机制。方法:通过TCMSP、OMIM、DrugBank等数据库获取柴银颗粒中的活性成分和潜在靶点以及流感相关人类靶点。取两者交集靶点导入STRING中进行蛋白互作分析,运用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-靶点网络、蛋白互作网络以及柴银颗粒-药物-化合物-靶点-通路网络。通过R 3.6.1软件对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。运用Autodock Tools 1.5.6和Autodock Vina 1.1.2对关键靶点和柴银颗粒活性成分进行分子对接。结果:筛选得到柴银颗粒活性化合物179个,靶点3 445个,化合物和疾病相关共同靶点116个,柴银颗粒治疗流感的关键化合物有槲皮素、β-谷甾醇、山奈酚、异鼠李素、豆甾醇、刺槐素、木犀草素和汉黄芩素。柴银颗粒治疗流感的关键基因有白细胞介素(IL)-6、肿瘤坏死因子(TNF)、IL-1β、环加氧酶2(PTGS2)、白细胞介素8(CXCL8)、IL-10、趋化因子配体2 (CCL2)、基质金属蛋白酶9(MMP-9)、表皮生长...     

小儿黄龙颗粒治疗注意缺陷多动障碍的网络药理学和分子对接研究

目的 探讨基于网络药理学和分子对接技术的小儿黄龙颗粒治疗注意缺陷多动障碍（ADHD）的作用机制。方法 计算机检索TCMSP数据库,筛选小儿黄龙颗粒的活性成分和对应靶点;检索DisGeNET,GeneCards,TTD,DrugBank,ADHDgene数据库,筛选ADHD相关靶点;利用Venny 2.1平台对小儿黄龙颗粒活性成分靶点与ADHD靶点取交集,获取共有靶点即为小儿黄龙颗粒治疗ADHD的潜在作用靶点。利用String数据库构建小儿黄龙颗粒治疗ADHD潜在作用靶点的蛋白互作网络（PPI）,采用Cytoscape 3.8.0软件分析网络中的核心靶点。采用Metascape数据库进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。采用AutoDockTools 1.5.6软件进行分子对接研究,以结合能<-4.25 kcal/mol为受体、配体间有一定的结合活性。结果 共获得小儿黄龙颗粒的活性成分47种,靶点163个;ADHD靶点1115个;小儿黄龙颗粒治疗ADHD的潜在作用靶点55个。豆甾醇、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、山柰酚、β-谷甾醇、木犀草素是小儿黄龙颗粒治疗ADHD的关键成分。PP...     

基于网络药理学的丹白颗粒治疗盆腔炎性疾病作用机制研究

目的：探讨丹白颗粒治疗盆腔炎性疾病的活性成分及其作用机制。方法：从中国知网、PubMed、中药系统药理学数据库与分析平台和GeneCards等数据库查询丹白颗粒中药物的化学成分及对应靶点和盆腔炎性疾病的相关靶点。取化学成分靶点与疾病靶点交集使用STRING数据库分析,上述分析结果采用Cytoscape软件绘制丹白颗粒成分-靶点图、蛋白质-蛋白质相互作用网络图等。通过R语言对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后通过AutoDockTools软件进行分子对接的验证。结果：通过筛选获得丹白颗粒中70个化合物与377个化合物靶点,240个化合物与疾病交集靶点。根据相关参数进一步筛选得到关键靶点磷脂酰肌醇3激酶催化亚单位α异构体(PIK3CA)、肉瘤基因(SRC)、肿瘤蛋白53(TP53)、热休克蛋白90α(HSP90AA)、蛋白激酶B1(Akt1)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、雌激素受体1(ESR1)、表皮生长因子受体(EGFR)、肿瘤坏死因子α(TNF-α)、v-rel网状内皮细胞过多症病...     

基于网络药理学探讨枣仁安神颗粒治疗失眠的作用机制

目的 基于网络药理学探讨枣仁安神颗粒治疗失眠的作用机制。方法 通过查阅相关文献,挖掘枣仁安神颗粒的入血成分,并采用反向分子对接,预测入血成分的相关靶点,与失眠靶点进行交集映射,获得其治疗失眠的作用靶点。利用蛋白互作筛选核心靶点,并进行分子对接验证。基于共有靶点,采用功能注释生物信息学芯片进行分析,得到枣仁安神颗粒治疗失眠的关键通路。结果 方中3味中药酸枣仁、丹参、北五味子共得到29个入血成分和184个潜在靶点,其中19个成分、60个靶点和36条通路与失眠极为密切,主要涉及神经活性配体-受体相互作用、色氨酸代谢、5-羟色胺能突触、GABA能突触等相关分子环节。结论 方中3味中药以作用靶点为媒介,连接入血成分及相关通路,从而发挥抗失眠的生物学效应,体现了中药多成分、多靶点,多途径协同起效的作用特点。     

基于网络药理学和分子对接探讨金莲花抗流感病毒作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接的方式探究金莲花抗流感病毒的关键活性成分和潜在作用机制。方法 从TCMSP数据库和文献中检索主要成分,通过SwissTargetPrediction数据库预测潜在靶点;以Influenza为关键词在Genecard和DisGeNET数据库检索疾病靶点;利用Venny2.1.0获取交集靶点,并采用Cytoscape3.7.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病网络”;此外利用String平台进行PPI分析,DAVID数据库进行GO分析和KEGG分析;利用Sybyl-X软件进行分子对接验证。结果 一共筛选了18个活性成分其中β-谷甾醇、柳穿鱼黄素、原金莲酸、槲皮素、芹菜素为关键成分,筛选得到10个关键靶点;GO分析结果主要与炎症反应生物过程相关,KEGG通路富集分析显示主要作用机制可能与TNF信号通路、HIF-1信号通路、Toll样信号通路有关。结论 金莲花治疗流感具“多成分-多靶点-多通路”协同调节的特点,为进一步研究金莲花抗击流感病毒的作用机制提供了一定的理论支撑,也为后续研究拓宽了思路。     

基于网络药理学及分子对接研究消渴清颗粒治疗糖尿病前期的作用机制

目的 利用网络药理学及分子对接探究消渴清颗粒治疗糖尿病前期的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库搜索有关于消渴清颗粒中中药的有效成分与靶点,在GeneCards数据库、OMIM数据库搜索糖尿病前期的基因靶点,进而获得药物-疾病交集靶点,将交集靶点导入String蛋白质相互作用数据库和Cytoscape构建蛋白质相互作用（PPI）网络图,并筛选核心靶点,再将药物-疾病交集靶点导入DAVID数据库,对其分别进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,筛选出与疾病相关的通路,通过Cytoscape得出“通路-靶点”网络图,再通过插件分析得出“通路-靶点”网络核心靶点,取二者度值排名前7位的靶点交集作为消渴清颗粒治疗糖尿病前期的关键靶点,最后选择关键靶点与有效成分用AutoDock与Pymol软件进行分子对接及可视化。结果 筛选出消渴清颗粒中药活性成分36种,其中筛选出6种关键活性成分,分别为槲皮素、山柰酚、小檗碱、β-谷甾醇、花生四烯酸、知母皂苷C,靶点基因232个;筛选出糖尿病前期靶点685个,交集靶点93个,关键靶点5个,分别为肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-6（IL-6）、蛋白激酶B1（Akt1）、白细胞介素-1β（IL-1β）、环加氧酶2（PTGS2）。GO通路富集主要涉及内容有炎症、药物反应,细胞生长凋亡等;KEGG通路富集分析显示糖尿病并发症中的晚期搪基化终产物及其受体（AGE-RAGE）信号通路、TNF信号通路、缺氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路、IL-17信号通路、胰岛素抵抗通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/Akt信号通路等,分子对接结果显示关键靶点与有效成分具有较稳定的结合能力。结论 消渴清颗粒中各种药物成分通过多靶点、多通路协同治疗糖尿病前期的作用机制,为进一步研究治疗糖尿病提供了线索。     

基于网络药理学的金藤清痹颗粒治疗类风湿关节炎的作用机制研究

目的：探讨金藤清痹颗粒治疗类风湿关节炎的活性成分及可能的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台、DisGeNET及GeneCards等数据库获取金藤清痹颗粒中的化学成分和类风湿关节炎相关靶点。将二者交集靶点导入STRING数据库进行分析,接着使用Cytoscape软件绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图、金藤清痹颗粒成分靶点网络图及药物-成分-靶点-通路网络图等。通过R软件对关键靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用AutoDockTools软件对金藤清痹颗粒中的活性成分与其对应的关键靶点进行分子对接验证。结果：筛选得到金藤清痹颗粒中153个化合物,399个化合物相关靶点,131个交集靶点。根据网络拓扑学参数筛选得到关键靶点,分别为蛋白激酶B1(Akt1)、胱天蛋白酶3(CASP3)、表皮生长因子受体(EGFR)、白细胞介素6(IL-6)、肉瘤基因(SRC)、雌激素受体1(ESR1)、缺氧诱导因子1(HIF1)和氨基末端蛋白激酶(JUN)。对PPI网络分析得到151条KEGG通路和2 567条GO功能条目;GO条目...     

银杏叶治疗高脂血症的网络药理学研究

目的: 通过网络药理学方法探究银杏叶治疗高血脂的潜在作用机制。方法: 收集高脂血症的治疗靶点,银杏叶成分及其口服生物利用度,通过预测类药性,运用Mobyle的离线Autodock Vina功能进行分子对接,筛选出银杏叶治疗高脂血症的活性成分,以银杏叶活性成分及其靶点蛋白为网络节点构建网络模型,根据模型预测银杏叶治疗高脂血症潜在的药理作用机制。结果: 数据库收集所得的银杏叶成分中,53.9%的成分具有较好的口服吸收利用度,61.8%的银杏叶成分可能具有较好类药性特征。银杏叶可能通过作用HMG-CoA还原酶、NPC1L、HMG-CoA合成、焦磷酸合成酶和胆汁酸受体,从而抑制胆固醇的合成与吸收。结论: 银杏叶具有良好的口服吸收利用度,其作用机制可能是通过活性成分可能通过抑制胆固醇的合成与吸收达到降血脂的作用。     

基于网络药理学与分子对接的连夏消痞颗粒治疗功能性消化不良机制分析

目的:本研究采用网络药理学与分子对接探讨连夏消痞颗粒治疗功能性消化不良的潜在作用机制.方法:基于连夏消痞颗粒全方物质基础研究,采用TCMSP等数据库搜集活性化合物及其作用靶点,OMIM、DrugBank等数据库搜集FD的靶点并结合文献对疾病靶点进行整理筛选.采用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络...     

连花清瘟颗粒联合磷酸奥司他韦颗粒治疗小儿甲型流行性感冒的临床研究

目的 研究连花清瘟颗粒辅助治疗甲型流行性感冒的疗效。方法 以2022年至2023年徐州矿务集团第一医院确诊的50例甲型流行性感冒患儿作为研究对象,将其分为对照组和观察组,各25例。除给予退热等基础治疗外,对照组给予磷酸奥司他韦颗粒治疗,观察组给予连花清瘟颗粒联合奥司他韦颗粒治疗,两组患者均连续治疗5 d,比较临床疗效差异。结果 观察组患者经连花清瘟颗粒联合磷酸奥司他韦颗粒治疗,发热改善时间、咽痛改善时间、鼻塞改善时间、咳嗽改善时间均明显短于对照组（P <0.05）。对照组25例患者,经磷酸奥司他韦颗粒治疗,临床总有效率为82.00%;观察组25例患者经连花清瘟颗粒联合磷酸奥司他韦颗粒治疗,临床总有效率为96.00%,明显高于对照组（P <0.05）。结论 对小儿甲型流行性感冒患者而言,在采用磷酸奥司他韦颗粒治疗基础上,联合应用连花清瘟颗粒,不仅可以有效缩短临床症状的改善时间,还可以提高临床疗效。     

基于网络药理学和分子对接的扶正固本颗粒治疗胃癌机制研究

目的:应用网络药理学和分子对接方法探究扶正固本颗粒治疗胃癌的作用机制.方法:通过TCMSP、TCMID、OMIM、DigSee等数据库获取扶正固本颗粒中的活性成分和潜在靶点以及胃癌相关人类靶点.取两者交集靶点导入STRING中进行蛋白互作分析,得到的数据导入Cytoscape 3.8.0用MCODE插件进行模块分析,并...     

基于网络药理学和分子对接技术清咳平喘颗粒治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）分子机制研究

目的 利用网络药理学技术探讨清咳平喘颗粒治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制。方法 使用TCMSP、Swiss Target Prediction等数据库预测清咳平喘颗粒的主要成分和其作用靶点,再与CTD、GeneCards数据库得到的COVID-19的疾病靶点交集整合,获得清咳平喘颗粒治疗COVID-19的潜在靶点。借助String平台绘制蛋白质相互作用（PPI）网络及筛选核心靶点,并开展基因本体（GO）注释功能与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。依托Cytoscape软件绘制“成分-靶点-通路”的网络图。采用Autodock分子对接技术将关键靶点与清咳平喘颗粒中关键成分进行验证。结果 共获得261个药物-疾病共同靶点,包括TNF、IL6、ALB、AKT1、VEGFA在内的91个核心靶点。GO富集分析、KEGG富集分析分别共得到条目1 508个、152个,涵盖Toll-like receptor（TLR）信号通路、IL-17信号通路和HIF-1信号通路等。分子对接结果显示,麻黄碱、苦杏仁苷是清咳平喘颗粒抗COVID-19主要活性成分。结论 运用网络药理学得到了清咳平喘颗粒抗COVID-19的作用靶点和通路,为进一步探讨清咳平喘颗粒治疗COVID-19的作用机制提供依据。     

藏药榜嘎抗流感的网络药理学分析

目的 通过网络药理学分析,探讨榜嘎抗流感病毒及抗炎的活性成分与作用机制。方法 从中国知网及Pubmed数据库收集整理榜嘎中1985年1月1日至2021年5月31日分离鉴定的化合物,通过SIB数据库根据ADME参数筛选出具有生物活性的成分。利用SwissTarget Prediction平台预测活性成分的作用靶点。在OMIM及GeneCards数据库中查找流感病毒及炎症的靶点,运用Venny2.1.0工具获取榜嘎与流感病毒及榜嘎与炎症靶点的交集靶点,在STRING数据库中分析蛋白互作关系,并运用Cytoscape3.6.0软件构建成分-疾病-关键靶点网络图以及核心靶点网络图。利用DAVID6.8数据库进行GO功能分析和KEGG通路富集分析。结果 筛选得到活性成分73个,核心化合物17个,作用靶点841个,榜嘎与流感病毒交集靶点94个,与炎症交集靶点142个。GO功能分析得到榜嘎抗流感病毒生物过程181个,分子功能42个,细胞组成25个;KEGG富集分析获得榜嘎抗流感病毒信号通路84条,主要涉及TNF、丙型肝炎和癌症信号通路。GO功能分析得到榜嘎抗炎生物过程232个、分子功能52个、细胞组...     

参仙片治疗骨质疏松症作用机制的网络药理学研究

目的 探讨参仙片治疗骨质疏松症的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索参仙片中各味中药的活性成分,把筛选后的成分导入PubChem及SwissTargetPrediction数据库预测活性成分的潜在靶点,利用GeneCards数据库检索骨质疏松症相关靶点,将两种方法 所得靶点进行映射;构建...     

虎杖治疗肺动脉高压作用机制的网络药理学研究

目的 探讨虎杖药材治疗肺动脉高压（PAH）的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）和PubMed检索虎杖活性成分,构建活性成分库。通过TCMSP获取活性成分的潜在靶点,利用Uniprot数据库获取潜在靶基因。利用人类基因数据库（GeneCards）和人类孟德尔遗传数据库（OMIM）筛选PAH致病靶点与活性成分靶点基因,构建“药物-活性成分-疾病靶点”可视化网络。将潜在靶点导入String数据库,构建蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络;利用DAVID数据库将潜在靶点进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。将节点度值排名前7的活性成分与排名前6的核心靶点利用AutoDock Tools和PyMOL软件进行分子对接和可视化分析。结果 筛选出活性成分39个,对应靶基因323个,与PAH共同靶点138个。经PPI网络分析,其中关键靶点涉及AKT1,VEGFA,TNF等;GO功能富集分析主要涉及低氧反应、炎性反应、血管再生等功能;KEGG通路富集分析主要涉及细胞增殖、细胞凋亡、炎性反应等信号通路;分子对接结果表明,虎杖药材活性成...     

基于网络药理学-分子对接的生地黄活血化瘀作用机制研究

目的：采用网络药理学和分子对接初步揭示生地黄活血化瘀作用机制。方法：基于文献检索构建生地黄化学成分数据库,采用PharmMapper预测可能的作用靶标;从MeSH、OMIM和Genecards数据库收集血栓靶标,采用Cytoscape构建生地黄活血化瘀的“成分-靶点-疾病”网络;采用Network Analyzer进行网络拓扑分析,筛选生地黄主要活性成分及作用靶标;采用DAVID数据库对生地黄活血化瘀作用靶点进行基因本体（GO）分析和KEGG通路富集分析,以探索生地黄活血化瘀的作用机制;最后通过分子对接验证活性化合物与关键靶点之间的相互作用。结果：共收集生地黄化学成分136个,网络筛选出活性成分11个,其中9个为环烯醚萜苷类成分。生地黄靶点共184个,筛选出活血化瘀关键靶点28个。生地黄发挥活血化瘀功效主要涉及信号转导、蛋白质磷酸化等生物过程,主要通过调节PI3K-Akt信号通路、甲状腺激素信号通路等。梓醇可能通过PI3K及Akt活性下调实现活血化瘀作用。结论：生地黄发挥活血化瘀作用具有多成分、多靶点、多通路的特点。