基于Cyt b基因序列的江淮下游湖泊鲢群体遗传多样性分析

鲢(Hypophthalmichthys molitrix)是长江、淮河下游湖泊中重要的渔业资源。为了解湖泊鲢种质资源遗传状况,采用线粒体Cyt b基因序列作为分子标记,对江淮下游8个湖泊(太湖、滆湖、长荡湖、淀山湖、高邮湖、洪泽湖、骆马湖、金沙湖)群体的239尾鲢进行扩增和测序。结果显示,鲢Cty b基因全长为1 141 bp, 239条Cyt b序列检出74个变异位点,定义24种单倍型,平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.697和0.010 12。太湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最高,分别为0.830和0.015 84,长荡湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最低,分别为0.379和0.003 98。8个鲢群体间的遗传距离变幅为0.005～0.015;分子方差分析结果显示,遗传变异主要来自群体内部(98.0%),群体的遗传分化指数F_st值为0.019 97;两两群体间F_st值统计表明,长江水系和淮河水系群体间有显著的遗传差异(P<0.05)。单倍型系统进化树和网络结构图显示,单倍型划分为2个谱系,但没有形成明显的地理聚群。歧点...     

长江、珠江、黑龙江水系野生鲢遗传多样性的微卫星分析

采用34个微卫星分子标记,对长江（湘江、监利、枞阳）、珠江、黑龙江（抚远）鲢共5个群体的观测杂合度(H_o)、期望杂合度(H_e )、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(N_e)等进行了遗传检测,根据基因频率计算遗传相似系数和Nei氏标准遗传距离,以卡方检验估计Hardy-Weinberg平衡,以近交系数(F_ST)和基因流(Nm)分析群体的遗传分化。同时,基于Nei氏标准遗传距离获得NJ聚类图。共检测出154个等位基因,其中有80个共有基因。位点等位基因1～9个不等,平均等位基因4.666 7,平均有效等位基因2.948 9。5群体平均观测杂合度为0.329 5～0.461 9,平均期望杂合度为0.500 2～0.552 9,平均多态信息含量为0.443 5～0.493 0。表明5群体为中度多态,遗传多样性较低,且长江不同地理群体的遗传多样性也有差异,但差异不显著。通过群体间遗传相似性和遗传距离比较显示：长江3个群体间遗传相似系数最大,遗传距离最小;黑龙江与长江鲢群体间相似系数较大（平均0.871 8）,遗传距离较小（平均0.137 4）表明二者遗传分化亦最小;珠江鲢与长江鲢间的相似系数最小（平均0.831 0）,遗传距离最大（平均0.185 2）,其遗传分化差异较大,结果未显现出群体间遗传差异的大小与其地理距离远近呈正相关。     

津鲢与长江鲢遗传多样性分析

随机选取津鲢和长江鲢各36尾,用16个微卫星标记进行遗传多样性分析。结果显示:16个微卫星位点在2个群体中共检测到等位基因105个,基因型241种,每个位点等位基因数3～15个,平均6.6个,基因型4～37种,平均15.1种。2个鲢群体平均观察杂合度(Ho)分别为0.5393和0.5392,平均期望杂合度(He)分别为0.5887和0.5762,结果表明该2个鲢群体遗传多样性水平较高。2个鲢群体平均多态信息含量(PIC)分别为0.5602和0.54,固定系数(FIS)表明这2个鲢群体表现为杂合子缺乏(FIS0)。2个鲢群体之间的遗传距离为0.0566,平均遗传分化系数(Fst)值为0.021,说明仅有2.1%的遗传变异来源于群体间。     

长江中上游4个鲢群体遗传多样性分析

鲢(Hypophthalmichthys molitrix)是我国重要的淡水经济鱼类,长江是其重要的种质资源库。为了研究长江中上游鲢群体遗传多样性现状,比较中上游群体的遗传分化,本研究采用线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b基因(Cyt b)和控制区(D-loop)序列分析了长江中上游鲢群体遗传多样性及遗传分化状况,为鲢资源的保护和开发提供科学依据。采集了长江中上游江津(JJ)、宜昌(YC)、嘉鱼(JY)、黄冈(HG)等4个鲢群体共151尾样本。结果表明:135条Cyt b序列共检测出53个多态位点和19种单倍型,150条D-loop序列共检测出94个多态位点和48种单倍型,平均单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.693、0.00748和0.902、0.01557,2个标记数据均显示上游群体遗传多样性较中游群体高;群体间的分化指数(FST)和基因流(Nm)均表明长江上游(JJ)和中游(YC、JY、HG)地理群体间存在显著遗传分化。基于单倍型构建的NJ系统发育树及单倍型中值连接网络分析图显示,长江中上游鲢群体可划分为两个谱系,其中一个谱系主要源自上游群体。     

基于COI序列的长江中上游鲢6个地理群体遗传多样性分析

为了对长江中上游鲢(Hypophthalmichthys molitrix)种质资源现状进行监测和评价,本研究利用线粒体细胞色素C氧化酶I(cytochrome c oxidase subunit I)基因(COI)对长江中上游宜宾、忠县、万州、石首、监利、湘江6个鲢群体进行了遗传多样性分析。结果表明,在648 bp的COI序列中共检测到42个变异位点,其中单变异位点14个,简约信息位点28个。6个群体123个个体共定义了26个单倍型,单倍型多样性为0.0476~0.0945,核苷酸多样性为0.00196~0.00982。6个鲢群体总体遗传多样性丰富,万州群体单倍型多样性和核苷酸多样性均最高,忠县群体单倍型多样性最低,核苷酸多样性最低的为石首群体。遗传变异主要来自群体内个体间,单倍型网络图和系统进化树显示各群体的单倍型没有形成明显的地理格局。此外,上游宜宾群体和万州群体与中游的石首、监利和湘江群体具有明显的遗传分化,中游的监利群体与石首群体和湘江群体也有一定的遗传分化,上游群体和中游群体应该分属于长江水系两个不同的种群。     

三种体色黄鳝群体遗传多样性分析

利用线粒体Cyt b基因部分序列测序技术研究3种体色黄鳝Monopterus albus群体(深黄斑鳝、青黄斑鳝、青斑鳝)的遗传多样性与遗传差异。结果显示:三个群体黄鳝共有变异位点53个,单倍型36个;平均单倍型多样性分别为0.9153、0.7517、0.9457;平均核苷酸多样性分别为0.00426、0.00211、0.00601。群体间遗传分化指数(Fst)较小(0.00282~0.04970),分子方差分析(AMOVA)中仅有2.10%的变异来自群体间,表明三种不同体色黄鳝群体间未有明显遗传分化。群体遗传距离的聚类分析结果显示:深黄斑鳝与青黄斑鳝群体间亲缘关系最近,深黄斑鳝与青斑鳝亲缘关系最远。     

八种鲤养殖品种线粒体Cyt b基因的遗传多样性和系统进化分析

对8种鲤养殖品种的线粒体Cyt b基因部分序列进行测定,并比较分析其遗传多样性和系统进化关系,结果获得425 bp的Cyt b序列,其中T、C、A、G的平均含量分别为26.8％、29.0％、29.7％、14.5％,A+T含量(56.5％)高于G+C含量(43.5％),翻译为141个氨基酸,其中突变多数存在于缬氨酸和异亮氨酸之间(两个氨基酸都为不带电荷的疏水性氨基酸),其变异不影响Cyt b的功能,说明该蛋白是一个进化缓慢的蛋白,适合用于遗传进化分析.140个个体中共检测到4个单倍型,其中75.5％的个体属于单倍型Hap 2,而单倍型Hap1主要分布在3种表现型为镜鲤的品种.AMOVA分析结果和利用Kimura 2-parameter模型分析的系统发育关系结果表明,德国镜鲤、散磷镜鲤和松浦红镜鲤亲缘关系较近,而蓝鳞鲤、荷包红鲤抗寒品系和高寒鲤亲缘关系较近.     

江苏省4个太湖新银鱼种群遗传多样性和遗传结构分析

太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)是我国特有的银鱼种类,主要分布在长江和淮河中下游及其附属湖泊,近年来其资源量呈明显下降趋势。为了解太湖新银鱼遗传背景,本研究采用线粒体细胞色素b (Cytochrome b, Cyt b)基因序列,分析了江苏省太湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖4个太湖新银鱼野生群体共144尾样本的遗传多样性及遗传结构。结果显示,太湖新银鱼Cyt b基因序列共发现29个变异位点,定义25个单倍型;平均单倍型多样性(Hd)为0.682±0.037,核苷酸多样性(π)为0.00231±0.00021;4个群体中,高邮湖群体的遗传多样性最高(Hd: 0.609±0.078; π: 0.00094± 0.00027),太湖群体的遗传多样性最低(Hd: 0.343±0.107; π: 0.00075±0.00033)。分子方差分析(AMOVA)显示,太湖新银鱼群体间遗传差异(71.53%)大于群体内遗传差异(28.47%),遗传变异主要来自于群体间。遗传分化指数Fst值统计检验表明,骆马湖群体与太湖、高邮湖和洪泽湖群体之间有显著性差异。分子系统树和单倍型网络进化图分析显示,25个单倍型形成2个明显的地理分支,一支由太湖群体、高邮湖群体和洪泽湖群体组成,另一支由骆马湖群体组成。中性检验和错配分布图分析表明,太湖新银鱼历史上发生过群体扩张。整体来看,太湖新银鱼野生种群遗传多样性较低,应加强种质资源保护。建议将太湖、高邮湖群体和洪泽湖群体作为整体进行管理和保护,骆马湖群体单独管理和保护。     

基于线粒体Cyt b分析入侵云南四大水系的麦穗鱼群体遗传结构

为揭示麦穗鱼入侵云南后群体的遗传多样性和遗传分化差异现状,实验采集了云南澜沧江、怒江、红河、伊洛瓦底江水系13个样点,及黄河、长江、珠江原产地水系6个样点的麦穗鱼群体共计220尾样本,利用线粒体细胞色素b基因(Cyt b)全序列作为分子标记,初步分析了麦穗鱼群体的遗传多样性、遗传结构和遗传分化情况。结果显示,共检测到72个变异位点,定义25个Cyt b单倍型。云南四大水系麦穗鱼单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.828±0.014和0.005 44±0.001 18。云南四大水系和黄河、长江、珠江水系相比,具有较高的遗传多样性。单倍型系统发育树与单倍型网络图显示,黄河群体单倍型独立,云南各水系单倍型与珠江、长江单倍型混杂,推测云南麦穗鱼主要来源于珠江和长江,这与云南省引种经济鱼类历史一致。分子变异分析(AMOVA)显示,云南四大水系麦穗鱼群体间具有程度较高的遗传分化,其中大多数遗传变异存在于群体内(72.60%),群体间的遗传变异为28.62%,水系间为1.22%。结果发现麦穗鱼遗传分化与当前水系的分布格局不吻合。Fu’s Fs中性检验结果和核苷酸不配对分析结果均表明,云南四大水系麦穗...     

基于细胞色素b基因序列分析的华南居氏银鱼遗传多样性研究

测定了广东虎门、广西合浦和广西钦州3个群体45 ind居氏银鱼(Salanx cuvieri)线粒体DNA细胞色素b基因1 017 bp序列片段,发现42个多态位点,28个单倍型。平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.967和0.006,呈现出高单倍型多样性低核苷酸多样性的特点。合浦和钦州群体间遗传分化指数Fst值为-0.029,表明广西的2个群体间没有遗传分化。虎门群体与合浦和钦州群体间的Fst值分别为0.201和0.218,出现中度遗传分化,推测琼州海峡可能阻碍了广东与广西群体间的遗传交流。邻接树上出现2个无明显地理聚群的较弱谱系分支,表明正处于谱系拣选状态。AMOVA分析表明,居氏银鱼群体内遗传差异(86.54%)大于群体间(13.46%)遗传差异,遗传变异主要集中在群体内部。虎门群体中性检测的Tajima’sD为显著负值(-1.847,P=0.018),不对称分布分析呈单峰模式,表明可能在晚更新世(3.2～8.0万年前)经历过种群的快速扩张。建议广东群体和广西群体各作为一个管理保护单位分别加以保护。     

长江上游中华沙鳅遗传多样性研究

测定了采自3个地理位置(宜宾、江津、思南)共45尾中华沙鳅(Botia superciliaris)的线粒体DNA控制区序列。结果显示:在所有个体913 bp序列中检测到22个变异位点,45尾个体中发现26种单倍型。中华沙鳅的平均核苷酸多样性指数π较低(0.00365),而平均单倍型多样性指数Hd较高(0.986)。中性检验Fu′sFs值为-9.49536(P<0.05)。3个群体内的Kimura 2-paramter遗传距离为0.00329～0.00417,群体间为0.00340～0.00379,群体间和群体内的遗传距离处于同一水平。分子变异分析(AMOVA)结果显示:Fst=0.0291(P<0.01),2.9%的变异来自群体间,97.1%的变异来自群体内;在NJ聚类树中,3个群体的个体并没有按相应的地理位置进行聚类。     

长江鲢、鳙、草鱼和青鱼原种亲鱼标准与检测的研究

主要报导长江原种亲鱼鲢、鳙、草鱼和青鱼的形态特征、年龄生长和繁殖特性。通过可数可量参数的测定，年龄生长、性成熟年龄、繁殖力、成熟系数及卵比重等单项的相对关系的研究，讨论并提出了原种亲鱼鲢、鳙、草鱼、青鱼的标准参数，可供原种场生产管理、原种检测及种质资源保护的依据。     

长江流域4个野生大眼鳜群体的遗传多样性分析

为探讨长江流域大眼鳜(Siniperca kneri)野生群体的遗传多样性和遗传结构,为长江大眼鳜野生群体资源的有效管理和合理开发利用提供基础科学数据支撑,本研究基于线粒体细胞色素 b (cytochrome b, Cyt b)基因及控制区(D-loop)全序列,对 4 个群体(赤水河群体-CS、南京群体-NJ、岳阳群体-YY、宜昌群体-YC)共计 79 尾个体进行了分析。结果如下:(1)获得了长 1141 bp 的 Cyt b 基因全序列,共检测到 26 种单倍型。单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)指数为 0.685 (CS)~0.924 (YC),核苷酸多样性(nucleotide diversity,π)指数为 0.176%(CS)~0.285%(YY)。群体内与群体间的遗传距离均在 0.002~0.003。(2)获得了长度为 834~840 bp 的 D-loop 全序列,在 79 尾个体中共检测到46 种单倍型。单倍型多样性指数为 0.754 (CS)~0.990 (NJ),核苷酸多样性指数为 0.548%(CS)~1.412%(YC)。群体内遗传距离在 0.005 (CS)~0.014 (YC),群体间遗传距离在 0.008~0.012,提示 4 个野生群体均尚未达到亚种分化水平。分子方差分析(AMOVA)显示群体内的变异是总变异的主要来源,长江流域大眼鳜野生群体无显著遗传结构差异。     

长江不同江段青虾的遗传多样性

利用20个微卫星分子标记对长江不同江段共6个青虾群体进行了遗传多样性分析,采样点包括重庆、万州、宜昌、武汉、九江和江阴。结果表明,6个青虾群体平均等位基因数(A)为5.25,平均有效等位基因数(Ne)为3.4622;20个位点平均多态信息含量(PIC)为0.5894;期望杂合度(He)由高到低依次为江阴群体(0.6308)、九江群体(0.6096)、宜昌群体(0.5945)、武汉群体(0.5934)、万州群体(0.5844)、重庆群体(0.5821),平均值为0.6296。分子方差分析(AMOVA)结果表明长江青虾6群体间遗传变异6.92%来自群体间,93.08%来自群体内部,两两群体间FST值在0.0253～0.0838(P<0.05)之间,表明群体间已明显出现分化,但分化程度中等,与湖泊青虾群体相比,长江各群体间遗传分化程度较弱,可能是由于流动的江水增加了群体间的交流。Hardy-Weinberg遗传平衡分析表明,6群体均出现杂合子缺失现象,可能是由于稀有等位基因缺失或无效等位基因造成;6群体间遗传距离为0.0620～0.1809,UPGMA聚类分析表明,江阴群体单独聚为一类,其余5个群体聚为另一类,其中...     

鲢中国土著群体与海外移居群体遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP技术从长江群体内(邗江、老河)、中国长江、珠江、黑龙江群体间以及中国土著群体和海外移居群体(多瑙河、密西西比河)间3个层面分析了鲢自然群体在世界范围内的遗传格局。结果表明,邗江、老河、珠江、黑龙江群体的Nei氏基因多样性(H)分别为0.0481±0.1151、0.0659±0.1333、0.0510±0.1155和0.0661±0.1364,多瑙河、密西西比河群体分别为0.0576±0.1250和0.0540±0.1221;中国土著鲢总的遗传多样性(0.0729±0.1295)高于海外移居群体。AMOVA分析表明,群体间差异对群体总遗传变异的贡献率为8.14%,而群体内差异的贡献率为91.86%。长江石首与邗江群体间的遗传分化FST值为0.0701(P<0.01),长江、珠江、黑龙江群体间的FST值为0.0704(P<0.01),中国土著群体与海外移居群体间的FST值为0.0424(P<0.01),鲢中国土著群体内、土著群体与海外移居群体间均表现分化显著。研究结果为进一步监测海内、外鲢自然群体的遗传变化趋势积累基础资料。     

长江上游特有鱼类红唇薄鳅线粒体控制区遗传多样性研究

红唇薄鳅(Leptobotia rubrilabris)是长江上游特有鱼类,近年来资源量不断下降。本研究利用线粒体控制区序列片段(896 bp)分析了长江上游红唇薄鳅的遗传多样性及遗传结构,为其资源保护提供科学依据。共采集了119尾样本,来自长江上游江津、四川南溪、岷江下游蕨溪等。结果显示,共检测到58个单倍型,平均单倍型多样性为0.967,平均核苷酸多样性0.006 7,表明红唇薄鳅种群具有较高的遗传多样性。单倍型NETWORK网络关系图和分析系统树结果显示红唇薄鳅单倍型不按地理分布聚类,但是明显分成了2个谱系,表明红唇薄鳅群体发生了同域遗传分化。AMOVA分析结果显示,采样点和采样时间的群体间没有发生遗传分化。中性检验、错配分析及BSP(Bayesian skyline plot)分析表明红唇薄鳅Lineage 1种群在距今0.007 5~0.055 Ma(百万年)期间发生过种群选择或扩张事件。     

鲢鳙占优势的千岛湖浮游动物群落结构特征及其与环境因子的相关性

为了解以鲢鳙占优势的千岛湖中浮游动物群落结构特征以及与水温、溶解氧等环境因子的关系,采用方差分析、典范对应分析等方法,对千岛湖河流区、过渡区、湖泊区3个地区的浮游动物种类、数量以及环境因子的月变化特征进行了调查。结果表明:2007—2008年,共鉴定出浮游动物115种,其中原生动物16种、轮虫51种、枝角类23种、桡足类25种。浮游动物密度在春季(2007年:840.9/L,2008年:850.5/L)形成高峰;生物量在春季(2007年:1.89mg/L,2008年:0.837 mg/L)和秋季(2007年:1.63 mg/L,2008年:0.802 mg/L)形成双高峰;现存量从河流区至湖泊区依次递减。河流区和过渡区的浮游动物密度均于4 m水层达最大值,湖泊区于8 m水层达到最大值。各位点4～12 m水层的大型浮游甲壳动物优势种透明溞、蚤状溞、球状许水蚤等和小型浮游甲壳动物优势种长额象鼻溞、颈沟基合溞、台湾温剑水蚤等的生物量较高。原生动物、桡足类生物量与溶解氧显著正相关;轮虫、枝角类生物量与总氮、硝态氮、浮游植物生物量极显著正相关。典范对应分析(CCA)表明,溶解氧、温度、总氮、总磷、硝态氮是影响浮游动物时空分布的主要因子。透明溞在2—6月份主要受到以浮游植物为食物的上行效应的影响较大,而其他月份主要受水温的影响较大。     

基于微卫星评估草鱼放流亲本对野生群体遗传多样性的影响

利用筛选的13对草鱼多态性微卫星标记,开展了2011至2015年长江中游草鱼亲本增殖放流对野生群体遗传多样性的影响评估。通过对各位点的遗传多样性分析,13个微卫星位点的多态信息含量为0.8622(0.657~0.950),基因多样度为0.8555(0.675~0.936)。15个群体的有效等位基因数为7.4503~10.1536,等位基因丰度为11.483~15.204,说明15个草鱼群体的遗传多样性水平总体较高。遗传分化指数分析表明,群体间不存在显著遗传分化(FST5%)。通过贝叶斯聚类分析和主成分分析可将草鱼群体分为4个组群,根据分组结果以及来源划分分别对草鱼群体进行AMOVA分析,发现遗传变异大部分来自于群体内个体间,组间及组内群体间的分化水平较低(FCT5%,FSC5%),与FST分析结果一致。研究表明,当前草鱼亲本增殖放流模式对野生群体遗传结构影响不明显。     

长江中上游圆筒吻鮈群体线粒体Cyt b遗传多样性分析

为探明大坝建设及过度捕捞等可能会对圆筒吻鮈资源造成的影响,采用线粒体DNA Cyt b基因序列对长江中上游宜宾、泸州、合江、江津、巴南、涪陵和黄冈7个圆筒吻鮈(Rhinogobio cylindricus)群体进行研究,分析其遗传多样性及遗传结构。结果表明:在获得的998 bp序列长度中检测到14个变异位点,140尾样本定义15个单倍型,平均单倍型多样性(Hd)和平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.625、0.000 77,说明圆筒吻鮈种群遗传多样性较贫乏。分子变异方差分析(AMOVA)表明圆筒吻鮈地理群体间未出现显著遗传分化。单倍型Network网络分析呈星型结构,邻接系统发育(NJ)树显示单倍型没有出现高支持率的分支,表明群体内部没有发生遗传分化。中性检验、错配分布及BSP分析均表明圆筒吻鮈发生历史种群扩张事件,种群扩张发生在0.06 Ma(百万年前)。综上表明,圆筒吻鮈的群体遗传多样性较低,群体间遗传分化不显著,建议将圆筒吻鮈群体作为一个整体就地保护,并在今后应加强长期监测。