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以15个产地人参种质资源为试材,采用RAPD和SSR分子标记技术对其遗传多样性进行分析。结果表明:2种分子标记均能揭示不同地区人参种质间的遗传多样性。共筛选出11条RAPD随机引物,平均每条引物可扩增出3~17条DNA片段,共扩增出104条清晰条带,多态性条带100条,多态性百分率为96.15%,揭示供试材料间遗传相似系数(GS)为0.505 3~0.989 5,平均值为0.760 4。筛选出5对SSR引物,平均每对引物可扩增出1~8条DNA片段,共扩增出38条清晰条带,多态性条带35条,多态性百分率为92.11%,揭示供试材料间遗传相似系数(GS)为0.400 0~0.960 0,平均值为0.742 1。RAPD和SSR标记的聚类分析在分类上稍有差异,但总体趋势一致,RAPD、SSR及RAPD+SSR均将样品聚为三大类,均能揭示它们之间的亲缘关系,为人参种质资源的收集与利用奠定了基础。 相似文献
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海南椰子栽培品种的SSR标记分析 总被引:2,自引:0,他引:2
应用简单重复序列(SSR)标记方法,对海南的11个椰子栽培品种进行了遗传多样性分析。选取30对引物用于PCR扩增,有23对引物扩增出有效多态性片段136条,平均多态性百分率为95.77%,每对引物扩增出的带数2~12条不等,平均为6.17条,每个SSR位点的多态信息量(PIC)变化于0.173~0.896之间,平均为0.561。11份材料之间遗传相似系数变化范围0.061~0.861,说明海南椰子栽培品种之间存在丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析结果表明,11个椰子栽培品种分为四个类群和两个亚群。SSR标记反映出的品种间亲缘关系与形态学研究的分类结果并不完全吻合。 相似文献
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黄瓜23对高多态性SSR标记的筛选与评价 总被引:2,自引:0,他引:2
目前在黄瓜种质研究中仍然缺乏可用的引物。利用黄瓜基因组连锁遗传图谱开发的995对备选SSR引物,挑出在7条染色体上均匀分布且能扩增出清晰稳定单一条带的多态性引物23对,并利用这些引物对黄瓜种质遗传多样性进行了探讨。通过来自不同国家和地区的30份代表性黄瓜种质资源进行SSR扩增分析,从中能够得到153条多态性条带。不同引物分析得到的种质遗传多样性差异较大,供试种质间平均期望杂合度为0.57,平均PIC值(多态性信息量)为0.60。23对引物可以清晰检测出亚洲、欧美和印度群体遗传多样性,较客观地反映了群体结构和地域性差异等信息。 相似文献
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二倍体马铃薯基因组相对简单,借助二倍体进行育种可以加速马铃薯的育种进程,因此评价二倍体马铃薯种质的遗传多样性,挖掘和有效利用优良性状显得非常必要。为了筛选多态性的SSR标记,用55对SSR引物扩增39个遗传关系相对较远的二倍体马铃薯材料。选取分布在12条染色体上的12个具有高多态性的SSR标记评价192份二倍体马铃薯栽培品种的遗传多样性,共检测到98个等位位点,其中97个为多态性位点;每对SSR引物扩增出的等位位点为6~18个,平均8.2个。用非加权配对算术平均法(UPGMA)进行聚类,显示出所有供试材料的遗传关系:12对SSR引物可以将192份材料中的186份区分开;这192份材料被划分为11个组群,其中第一个组群包含了83.3%的材料。 相似文献
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以南方地区的蓝莓品种为主要对象,利用SSR标记分析现有品种种质的遗传多样性。设计合成了56对蓝莓SSR分子标记引物,进行扩增和多态性引物筛选,将多态性好的引物用于66份蓝莓不同类型种质的遗传多样性分析。结果表明,56对引物均能扩增出预期大小条带,其中条带清晰多态性较好的引物为25对,占引物数的44.64%,多数引物扩增的位点数在5~7个。25对引物在66份蓝莓供试种质中检测多态性,共检测到165个等位变异,平均每个位点有6.6个等位变异,PIC值变幅为0.656~0.947,平均值为0.777。多态性最好的引物Vc26可以检测到15个等位基因数目。北高丛、南高丛和兔眼类型66份蓝莓种质的遗传相似系数为0.60~0.96,品种间遗传差异较丰富。利用UPGMA聚类将3种类型种质进行分析,发现除了兔眼类型品种"红粉佳人"外,其余明显分为3个类群,且同一类型的种质基本聚在一起。结合不同类型种质的系谱分析,发现分类与品种种质的遗传成分相似有一定的相关。研究利用SSR分子标记揭示了蓝莓不同类型种质的遗传多样性,对今后杂交育种亲本选择利用有一定借鉴意义。 相似文献
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基于SRAP和SCoT标记的猕猴桃种质遗传多样性分析及变异材料鉴定 总被引:1,自引:0,他引:1
[目的]探明59份猕猴桃品种/种质的遗传背景及鉴定果肉全红型材料('H-16')的亲缘关系.[方法]利用SRAP及SCoT两种分子标记进行遗传多样性分析及变异鉴定.[结果]筛选出的12对SRAP引物和16条SCoT引物在59份材料中分别扩增出多态性条带125条和143条,平均多态性比率为99.07%和100%,平均遗传相似系数为0.668和0.640,其中'H-16'与红阳的遗传相似系数最高,分别为0.952和0.930,表明两者遗传背景高度一致.SRAP及SCoT两种分子标记分别将59份猕猴桃材料分为4组和8组,部分中华猕猴桃与多数美味猕猴桃种质聚为一类,显示中华猕猴桃与美味猕猴桃种间关系较近,存在频繁的基因交流现象.筛选出的3对SRAP引物和2条SCoT引物,在'H-16'和红阳中扩增出差异条带,表明'H-16'为红阳的变异材料,且12对SRAP引物将全部中华系红肉猕猴桃聚为一类,可作为筛选控制红色性状位点的候选SRAP引物.[结论]SRAP和SCoT分子标记有效地将59份猕猴桃划分成4组和8组,表明其遗传背景存在差异,且遗传多样性较为丰富,两种标记都可用,SCoT更高效.两种标记都可用于猕猴桃变异材料的早期鉴定,且成功鉴定'H-16'为红阳的色泽变异品种(系),为后期开展种质资源评价和新种质选育提供技术参考和理论依据. 相似文献
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以12份杧果种质为试材,利用SRAP分子标记技术对其进行遗传多样性研究。结果表明:从36对引物中筛选出22对多态性好的引物,共扩增出251条DNA条带,其中多态性谱带181条,平均每对引物扩增得到15.08条多态性谱带,多态性比率为72.11%。UPGMA聚类表明,所有供试品种(系)之间的亲缘关系都比较近,相似系数在0.77~0.89;如果以相似系数0.78为标准,可将供试的12个品种(系)分为3类。表明利用SRAP技术能较好的区分杧果的亲缘关系;SRAP分子标记适合杧果的DNA遗传多样性分析,可作为杧果种质鉴定依据之一。 相似文献
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为开发高效实用的EST-SSRs 标记,从120 605 条辣椒无冗余EST 序列中共搜索到10 179
条至少含有1 个SSR 的EST 序列,占EST 总数的8.44%。高频重复类型为一核苷酸、二核苷酸和三核苷
酸,占EST-SSRs 总数的91.63%。最常见的基元是A/T,其次是TC/GA和CT/AG。设计合成了20 对EST-SSRs
引物并对25 份辣椒材料进行了PCR 扩增,结果表明:17 对引物在供试辣椒材料中能扩增出明显的条带,
其中12 对引物扩增出42 条多态性条带,平均多态性条带为3.5 条,引物的多态性信息含量介于0.21 ~ 0.95
之间。利用EST-SSRs 标记对供试品种的聚类分析结果与形态学、生物学分类结果基本一致,表明本研究
中开发的EST-SSRs 标记可用于辣椒种质资源的遗传多样性分析。 相似文献
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普通杏品种SSR遗传多样性分析 总被引:8,自引:2,他引:6
利用来自杏、桃和扁桃的25对SSR多态性引物对66个普通杏品种进行了PCR扩增及变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,共检测出284个等位位点,每对引物的等位位点数在3~17之间,平均为11.36。通过NTSYS软件计算得到的Dice相似性系数为0.083~0.987,平均值为0.370,表明中国普通杏种质资源的遗传多样性丰富。UPGMA法聚类将66份材料分为5个组。SSR标记反映出的品种间亲缘关系与根据地理生态类型对杏种质的分类结果基本一致。来自四川和贵州的多数品种独立聚成一组,表现出与其它品种较远的亲缘关系,该地区可能存在特异性较高的种质资源。证实了扁桃基因组SSR引物可用在杏SSR标记的研究中。 相似文献
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利用核基因组简单序列重复(Simple sequence repeat,SSR)DNA标记,对11份化州橘红及其相关种质的遗传多样性进行了研究。结果表明:6对SSR分子标记引物共扩增出32个等位基因,每对引物可扩增3~8个等位基因;11份种质在SSR位点上的PIC值介于0.1763到0.4400之间,平均为0.2761。聚类分析表明,在Nei s遗传相似系数0.85处,可将所研究的种质分为6组,其中有5组分布有化州橘红种质,表明化州橘红不同种质间有较大的遗传差异。 相似文献
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以取自郑州果树研究所的45个葡萄品种为试材,利用SSR标记技术对其进行了遗传多样性分析.结果表明:利用19对基本核心引物对位于不同染色体上的SSR位点进行PCR扩增,共扩增出76条带,其中包括74条多态性条带.每对引物可检测到等位位点数为2~5个,多态率为66.7%~100%.通过聚类分析结果表明,在遗传距离为0.41处,45份葡萄材料可分为三大类群.对供试葡萄品种的不同引物的扩增产物进行检测,得到了每个品种在一组位于不同染色体的SSR位点上的基因型图谱,从而初步建立一个供试葡萄品种的SSR基因型指纹库.这为利用SSR标记鉴定葡萄品种或品系提供了基础数据. 相似文献
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《果树学报》2021,(5)
【目的】分析黄桃种质的遗传多样性和亲缘关系,为选育新品种提供理论依据,有效避免骨干亲本重复利用和新品种遗传背景单一的问题。【方法】基于SCoT引物对19份黄桃材料进行遗传多样性分析,并利用软件NTSYS2.10进行聚类分析和主坐标分析。【结果】15条SCoT共扩增出283条清晰条带,多态性条带共277条,多态性比率为97.88%。19份黄桃材料遗传相似系数的变异范围为0.186~0.635,平均为0.324。聚类分析将19份桃材料分为5个群组,表明19份黄桃材料的遗传背景存在差异,遗传背景丰富。经主坐标分析,得到与聚类分析类似的结果。【结论】15条SCoT引物对19个黄桃材料进行有效区分,并将其分为5个组。19个黄桃材料的遗传背景存在显著差异。 相似文献
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《中国南方果树》2020,(4)
为探讨巨峰系葡萄种质的遗传关系,利用iPBS标记对24个巨峰系葡萄品种进行遗传多样性分析,并应用人工绘制品种鉴别示意图(MCID)法建立品种鉴定图(CID)。筛选出13个引物对24个巨峰系葡萄品种进行PCR扩增,共扩增出136条带,其中多态性条带99条,多态性比率为72.79%。各引物观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon’s信息指数(I)的平均值分别为1.720 6、1.297 1、0.187 4和0.297 2。24个巨峰系葡萄品种的遗传相似系数(GS)在0.661 8~0.948 5之间,变幅为0.286 7。结果表明,24个巨峰系葡萄品种间的遗传差异较小。利用UPGMA构建24个巨峰系葡萄种质资源的聚类树状图,在遗传相似系数为0.74处可将24个巨峰系葡萄品种分为2组,其中第Ⅰ组有22个品种;第Ⅱ组有2个品种,分别为黑丰和奥林匹亚。利用5条引物扩增的多态性谱带构建了24个巨峰系葡萄品种的CID图谱,利用此图谱可以找出区分任意2个品种的引物,为巨峰系葡萄品种鉴定提供科学依据。 相似文献
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不同产地中国李资源遗传多样性SSR分析 总被引:8,自引:0,他引:8
利用均匀分布在8个染色体连锁群上的16对SSR引物对来自3类产区的24份中国李品种的遗传多样性进行分析,结果表明:各引物的多态信息含量(PIC)在0.547 ~ 0.783间变化,其中引物CPSCT005最低,引物CPSCT022最高。不同引物间有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性(H)和Shannon’s指数(I)分析均存在显著差异,且均为引物CPSCT039最高,引物CPSCT031最低。3类产区所有引物分析表明,Nei’s基因多样性(H)、Shannon’s指数(I)和有效等位基因数(Ne)的关系是:南方品种和北方品种相差不大,均大于国外品种,且南方品种与国外品种先聚到一类。16对SSR引物总共扩出条带86条,其中多态性条带81条,多态性比率为94.19%,平均每对引物扩增位点5.38个。品种聚类分析表明,在遗传距离0.35处,24份中国李材料可分为2大类,大部分北方品种聚为一类,南方品种和国外品种聚为一类,从分子水平支持了以前提出的国外品种起源于中国的说法。 相似文献