胃癌相关基因COL1A2、FN1、COL6A3预后分析

目的分析胃癌和癌旁组织差异表达基因,筛选出胃癌相关的关键基因,分析关键基因与胃癌预后的关系。方法利用NCBI(美国国立生物技术信息中心)公共数据平台GEO(Gene Expression Omnibus)中胃癌基因芯片数据GSE2685、GSE19826、GSE79973,采用GEO在线分析工具GEO2R分析数据,选取TOP250,输出差异表达基因,并通过在线生物信息学绘制韦恩图,获得共有差异基因;通过KM plotter数据库的应用分析COL1A2、FN1、 COL6A3与预后的关系。结果通过分析GSE2685、GSE19826、GSE79973芯片数据,共获得6个共表达基因,利用差异倍数作图,选取差异倍数在2倍以上的基因COL1A2、FN1、COL6A3进行分析,KM plotter数据库的分析显示COL1A2、FN1、COL6A3与胃癌的总生存期成负相关。结论 COL1A2、FN1、COL6A3在胃癌组织中表达高于癌旁组织,是胃癌的危险因素,其表达水平越高预后越差。     

五个成骨不全家系COL1A1基因的变异分析

目的分析5个成骨不全家系的COL1A1基因致病变异位点,为家系遗传咨询及产前诊断提供依据。方法应用高通量测序方法对5个成骨不全家系的先证者进行225个骨病相关基因进行检测分析,所检岀的可疑变异经PCR扩增后进行Sanger测序,对5个家系的先证者及其家庭成员和100名正常个体进行验证,确定致病性变异后,对1个家系中的高危胎儿进行产前诊断。结果5个家系的先证者分别携带COL1A1基因c.3226G>A(p.Glyl076Ser)杂合错义变异、c.579delT(p.Glyl94Valfs*71)移码变异、c・2911_2912insAG(p.Gly971Glufs*138)插入变异、c.3037G>A(p.Glyl013Arg)杂合错义变异,以及c.642+5G>A杂合剪接变异;家系1胎儿产前诊断结果提示胎儿未携带与先证者相同的变异,与超声检查结果一致。5个家系的父母均未携带相应的变异,均为新发变异。100名正常个体均未检出上述变异。其中COL1A1基因c.3037G>A(p.Glyl013Arg),c.29U_2912insAG(p.Gly971Glufs*138)变异为未报道的新变异。结论COL1A1基因变异是5个成骨不全家系的致病病因。本研究的结果丰富了COL1A1基因的变异谱,为家系遗传咨询和产前诊断提供了依据。     

COL1A2基因多态性的研究进展

COL1A2基因是位于常染色体上的一种编码人类I型胶原的基因。这种基因具有大量的突变位点而且常染色体突变位点能够稳定地传递，因而利用这种多态性来进行人类学研究是非常有意义的。本文主要就COL1A2基因在人类的起源和迁移以及它在与人类疾病相关性的研究进展方面作一综述。     

COL1A2基因多态性的研究进展

COL1A2基因是位于常染色体上的一种编码人类 I型胶原的基因。这种基因具有大量的突变位点而且常染色体突变位点能够稳定地传递 ,因而利用这种多态性来进行人类学研究是非常有意义的。本文主要就 COL 1A 2基因在人类的起源和迁移以及它在与人类疾病相关性的研究进展方面作一综述     

COL1A2基因生殖腺嵌合变异的分析

目的对1例亲代表型正常但反复妊娠骨骼发育异常胎儿(可疑成骨不全)的家系进行遗传学分析,探讨胎儿的发病原因。方法对胎儿标本及亲代DNA进行全外显子组测序(whole exome sequencing,WES),针对WES检测到的阳性位点进行Sanger测序验证。采集提取丈夫精液与单精子DNA,对致病位点进行PCR扩增并Sanger测序。结果WES检测到胎儿COL1A2基因c.1378G>A(p.G460S)杂合变异,为致病变异,夫妻双方外周血DNA均未检测到该变异。精液DNA检测到该位点野生型与变异型序列,在15个精子中有4个检测到该位点变异。结论为1例骨骼发育异常的胎儿明确了成骨不全的遗传学诊断。亲代的生殖腺嵌合是该家系反复妊娠骨骼发育异常胎儿的原因。在临床遗传咨询过程中,对于表型和和基因型均正常但反复生育或妊娠相同异常表型后代的案例,需要考虑到生殖腺嵌合的可能原因。     

COL4A5基因突变致X连锁Alport综合征的1例家系

Alport综合征是最常见的遗传性肾脏病之一。其临床表型除与该病相关的基因变异相关,还同其他基因状况、生活环境等因素密切相关,故即使同一家系中拥有相近基因型的个体也会出现不同的疾病表现。本研究对中国中医科学院广安门医院1例具有复杂家系的慢性肾脏病患者开展调查,收集患者及其家族成员临床资料,采用三代基因测序技术对患者及多位亲属的外周血DNA进行遗传学分析,结果显示家族中多人为COL4A5[c.152G>A(p.Gly51Glu)]基因突变导致的Alport综合征。文章就X连锁Alport综合征的临床特点及预后进行文献复习,结合对该家系多个受累成员发病情况分析,旨在提高临床医生对该病特点及遗传规律的认识。     

COL7A1基因复合杂合变异所致的隐性营养不良型大疱性表皮松解症家系的遗传学分析

目的对1个隐性营养不良型大疱性表皮松解症家系进行基因检测及产前诊断。方法利用PCR-Sanger测序技术检测患者COL7A1基因的全部外显子及其侧翼区的潜在变异,之后进行家系验证及产前基因诊断。结果Sanger测序显示患者COL7A1基因存在c.7289delC(p.Pro2430Glnfs*36)及c.7474C>T(p.Arg2492*)复合杂合变异,分别遗传自其母亲和父亲,在100名健康对照中未检测到上述变异。产前诊断胎儿COL7A1基因c.7289位置未见变异,c.7474位置存在C>T杂合变异,判断为携带者。结论明确了1例隐性营养不良型大疱性表皮松解症家系COL7A1基因的致病性变异,并成功进行了产前诊断。     

Ⅳ型胶原基因COL4A1突变的研究进展

Ⅳ型胶原蛋白基因α1（COL4A1）编码Ⅳ型胶原的α1链,是各种组织基底膜的主要结构成分。基底膜由胶原、层粘连蛋白、蛋白多糖和巢蛋白组成,在所有胶原成分中,最重要的是Ⅳ型胶原。COL4A1基因突变能引起多种疾病,在一定的环境压力下会引发HANAC综合征、肾病、孔洞脑、白内障等疾病。本文主要从COL4A1的结构、组成及在基底膜中的作用等方面,对COL4A1基因突变引发的人类疾病及其发病机制进行综述。     

痒疹样营养不良型大疱性表皮松解症的 COL7A1基因变异

目的:对1个痒疹样营养不良型大疱性表皮松解症(dystrophic epidermolysis bullosa pruriginosa, DEB-Pr)家系进行基因检测,探讨其可能的致病原因,为临床诊断提供依据。方法:应用二代皮肤靶向测序包检测基因变异,再用Sanger测序验证。对变异的致病性进行分析。结果:2例患者 ...     

AQP3基因在非综合征型遗传性耳聋家系中的突变筛查

目的:在定位于9号染色体DFNA55基因座位内的常染色体显性遗传性耳聋大家系686家系中进行AQP3基因突变检测,分析基因与该家系表型的关系。方法:686家系共有21人份DNA血样,其中感音神经性听力下降患者9人。AQP3基因共有6个外显子,针对AQP3基因的全部编码序列共设计了5对引物,进行PCR扩增,对扩增产物进行20g/L琼脂糖凝胶电泳,检测其纯度、浓度,应用PCR产物直接测序法进行基因突变检测;使用DNAStar软件进行测序序列的对比分析,检测基因突变。结果:在AQP3基因第4外显子上检测到两个点突变,其中390CT/390CT(F130F)为纯合同义突变,家系所有成员均发生了这种改变;394GA/WT(D132N)为杂合错义突变,家系中有4人发生了这种变化,其中有3人为耳聋患者,1名为听力正常人。结论:在686家系成员中检测到两个点突变均不是686家系的致病突变,但394GA/WT(D132N)引起了氨基酸的改变,该突变对于686家系的表型到底会有怎样的贡献,还需要进一步的研究。686家系的致病基因需进一步研究探索。     

MMP3、THBS2、COL10A1和miR-1229对早期结直肠癌的诊断价值

目的探讨血清中MMP3、THBS2、COL10A1和miR-1229对早期结直肠癌的诊断价值。方法选取早期结直肠癌患者60例为早期组,中晚期结直肠癌患者60例为中晚组,结直肠良性疾病患者60例为良性组,同时选取健康体检者60例为对照组,检测4组受试者血清中MMP3、THBS2、COL10A1和miR-1229的表达量。用ROC曲线下面积分析MMP3、THBS2、COL10A1和miR-1229对早期结直肠癌的诊断价值。结果MMP3、THBS2、COL10A1和miR-1229在早期结直肠癌患者血清中的表达明显均高于结直肠良性疾病患者和健康体检者(P<0.05),但是均低于中晚期结直肠癌患者(P<0.05)。早期组与中晚组的MMP3、THBS2、COL10A1和miR-1229的诊断灵敏度分别为76%、53%、70%、93%,特异性分别为63%、90%、67%、80%。早期组与良性组的MMP3、THBS2、COL10A1和miR-1229的诊断灵敏度分别为90%、76%、83%、93%,特异性分别为87%、83%、83%、80%。早期组与对照组的MMP3、THBS2、COL10A1和miR-1229的诊断灵敏度分别为83%、83%、76%、76%,特异性分别为96%、90%、87%、93%。结论MMP3、THBS2、COL10A1和miR-1229可以作为早期结直肠癌诊断的潜在标志物。     

COL2A1基因新发现的变异致先天性脊柱骨骺发育不良1例

目的 对1例身材矮小(SS)患者进行基因检测和蛋白功能预测,探讨其致病原因.方法 对1例SS患者进行矮小panel高通量测序,对可疑变异基因进行Sanger测序验证,使用SIFT、PolyPhen-2、MutationTaster和GERP++等软件进行致病性预测和保守性预测.结果 该SS患者及其SS母亲均携带COL2...     

COL1A1基因PCOL2和Sp1结合位点多态与先天性髋脱位的关联分析

目的 研究Ⅰ型胶原a1链(collagen type Ⅰ alpha 1，COL1A1)基因PCOL2和Sp1结合位点多态性在中国北方人群中的分布，并探讨其与先天性髋脱位(congenital dislocation of the hip，CDH)的关系。方法 在81个CDH核心家系的243名成员中，采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析方法，对位于COLIAI基因启动子内的PCOL2多态(-1997G／T)和转录调控区第1内含子内的Sp1多态(1546G／T)进行基因分型，并进行传递不平衡检验。结果COL1A1，基因PCOL2结合位点G／T多态与CDH不存在明显关联(P=0．537)，中国人PCOL2多态位点的基因型和等位基因频率分布与西班牙白人群和美国白人群差异存在统计学意义；Sp1结合位点只检测到SS基因型，未检测到Ss或ss基因型。结论 COL1A1基因PCOL2和Sp1结合位点多态存在种族差异，PCOL2和Sp1结合位点多态可能与中国人CDH的发病风险无关。     

英国SCA患者FA基因1、2、3、6型DRPLA和FA基因的分析

遗传性共济失调（ＳＣＡ）是一组神经变性疾病，以不同程度脑干和小脑病理形态异常和机能障碍为特征，常于３０岁～４０岁后出现临床症状，除小脑损害表现外尚有构音障碍、痴呆、椎体束征、动眼神经和脊髓功能障碍等。显性遗传性ＳＣＡ是一组表型异质的疾病，难于诊断。在过去的３０年中，至少已经遗传学定位６个ＳＣＡ位点（ＳＣＡ１５、７），并确定了４种引起疾病发生的基因（ＳＣＡ１、２、３、６），ＦＡ有一表型可与常染色体显性ＳＣＡ重叠，但区别在于ＦＡ以隐性方式遗传并且通常发病年龄较早。ＦＡ是一种进行性共济失调，出现于２…     

1例COL2A1基因新发变异致胎儿短肢畸形的遗传学分析

目的 对1例超声提示短肢畸形的引产胎儿进行基因测序分析,明确其遗传学病因。方法 提取引产胎儿肌肉组织基因组DNA,进行全基因组拷贝数变异检测和全外显子组测序分析,对检测到的可疑位点用Sanger测序进行验证,根据基于ACMG/AMP和ClinGen框架的遗传变异解读规则判断致病性。结果 引产胎儿的COL2A1基因存在c.3604＿3606del杂合变异,父母均为野生型,该变异为新发变异,判定为“可疑致病”。结论 COL2A1基因的c.3604＿3606del杂合变异为与胎儿短肢畸形相关的全新突变,该变异丰富了COL2A1基因变异谱。     

一多发性内分泌腺瘤病2A型家系的临床调查及基因分析

目的 进行一多发性内分泌腺瘤病2A型家系的临床调查及基因分析。方法 对一个包括先证者在内共24位成员的MEN2A家系进行临床调查,并提取16位成员外周血基因组DNA,对RET基因的第10、11外显子进行PCR扩增,PCR产物进行直接测序。结果 1、除先证者外该家系有1例患者,曾诊断MEN2A,但拒绝抽血检查;3例疑似患者,已死亡,无法进行基因分析;筛查出1名成员为基因突变携带者,后该成员于家中突发胸闷、面色苍白死亡; 2、经RET基因突变检查证实,该先证者及1名家系成员存在10q 11.2 外显子11 (密码子634 ) RET基因发生点突变：Cys634Arg。结论 本研究该家系存在外显子11的C634位点突变,应常规对所有MEN2A患者及其家系高危成员尽早进行基因突变分析和筛查。     

两个非综合征型耳聋家系中线粒体DNA 12S rRNA基因A827G突变

目的探讨线粒体DNA（mitochondrial DNA，mtDNA）12S rRNA基因与中国人非综合征型遗传性耳聋的关系。方法对两个母系遗传性的非综合征型耳聋家系中20名成员及32例散发耳聋患者外周血DNA进行12S rRNA、tRNA^ser（UCN）以及GJB2基因PCR扩增，产物通过限制性片段多态性分析及基因测序，进行突变检测和分析。结果所有研究对象的基因区域均扩增成功。12S rRNA全序列测定发现两家系中所有受检的母系成员（包括12例耳聋患者）均存在nt827A→G转换，并表现为同质性突变。而非母系成员该位点序列正常。32例散发耳聋中有1例A827G突变阳性。未检测到GJB2基因、tRN^ser（UCN） A7445G及12S rRNA A1555G突变。结论再次验证了mtDNA 12S rRNA基因突变在母系遗传性非综合征型耳聋发病中的重要性。首次发现mt DNA 12S rRNA nt827A→G转换是导致两个中国家系耳聋遗传易感性的分子基础。     

一个2型糖尿病家系的线粒体基因nt3426 A→G突变分析

目的 了解线粒体DNA NDI nt3426A→G点突变在一个2型糖尿病家系中的发生情况及临床特点。方法 提取家系成员外周血DNA，用聚合酶链反应扩增、限制性内切酶Apa I消化进行点突变筛选，并收集家系的临床资料。结果 21名家系成员中12名母系亲属均存在nt3426A→G突变，而在配偶及父系亲属中未发现该突变。12名突变者中包括2型糖尿病患者7人、糖耐量减低者1人、空腹血糖受损者1人及糖耐量正常者3人。结论 线粒体DNA NDl基因nt3426A→G突变是该家系中糖尿病的易感因素，可协同其他因素(如肥胖、增龄、不良生活习惯等)共同参与糖尿病的发生。     

一个肺泡微结石症家系中SLC34A2基因的新突变

子.此外在2例患者及先证者女儿的第2内含子发现一纯合性单核苷酸多态.结论 本家系中患者SLC34A2基因第8外显子出现新的纯合突变,提前出现终止密码子,编码截短蛋白,导致发病.所发现的第2内含子多态性意义有待深入研究.