用电子计算机预测蛋白质空间构象初探

用电子计算机方法可以预测球形蛋白质二级结构。分别对六条多肽键进行了分析,预测结果多数可以和X-线测定结果相重叠。重叠区域内可重叠残基的百分比分别是:α-螺旋77.7%;β-折叠81.8%;β-转角85.7%。重叠区域内氨基酸平均误差为:α-螺旋±2.4个残基;β-折叠±2.5个残基和β-转角±0.57个残基。计算机方法可以使蛋白质构象分析程序大大简化,通过此法可以对球型蛋白质二级结构有一个大致了解。     

基于一种新的伪氨酸组成预测蛋白质折叠速率

以chou等人提出的伪氨酸组成方法为基础,从蛋白质序列的氨基酸组成信息和顺序信息着手,提出一种新的伪氨酸组成方法,即利用新伪氨酸序列的自相关函数、氨基酸的平均中程接触和氨基酸频率构造了23维向量来描述蛋白质序列,进而建立多元线性回归函数对蛋白质折叠速率进行预测,经jackknife检验相关系数达到了0.84.并与其他两种方法进行比较使本文的结论得到较好的验证.同时验证了本文提取的特征参数对蛋白质折叠速率有一定的影响.     

ASGPR与HBV preS1蛋白之间相互作用的验证

目的验证去唾液酸糖蛋白受体(asialoglycoprotein receptor,ASGPR)与乙肝病毒前S1蛋白(HBV preS1蛋白)之间的相互作用,确认ASGPR作为乙肝病毒肝细胞膜受体在介导乙肝病毒感染的分子机制中的作用。方法分别用哺乳动物双杂交及体外免疫共沉淀技术验证ASGPR与HBV preS1蛋白之间的相互作用,操作方法参照试剂盒说明书进行。结果哺乳动物双杂交实验结果提示,ASGPR与HBV preS1蛋白在细胞环境中具有相互作用;免疫共沉淀实验结果提示,ASGPR与HBV preS1蛋白在非细胞环境中具有相互作用。结论 ASGPR可能是介导HBV入侵的肝细胞膜受体之一。     

蛋白质结构预测二维连续模型研究

利用模拟退火算法解NP完全问题的有效性，对新近提出的蛋白质结构预测问题的二维连续模型作了另解，并基于平面表达的清晰与美观将原模型作了相应的修改．最后，比较了模拟退火算法与原拟物算法的优劣，指出了另解具有的几个优点：去掉了物理背景，只作为一个纯数学问题来求解，有利于在计算机上实现；模拟退火算法收敛速度更快且精度更高。     

基于序列特征组合与核非线性回归预测蛋白质折叠速率

选取可压缩性、LZ复杂度等特征值,将它们和20种氨基酸属性C_a,K~0,P_β,R_a,ΔASA,PI,H_t,M_μ,Esm进行组合,表征蛋白质序列.建立多元核非线性回归模型,用核非线性回归模型计算了83个蛋白质的折叠速率预测值.由Jack-knife检验方法得知在不同的结构中不同组合特征值与相应折叠速率有较好的相关性.实验结果表明:多元核非线性回归模型其预测精度及可行性高于线性回归模型,计算复杂度低和方便易操作等优点,具有良好的应用前景.     

基于水岩相互作用的岩石力学性能研究

依托云南省富宁港一期工程,现场采集岩石试样,经过不同次数的干湿循环后作常规三轴压缩试验;对实测岩石力学性能参数进行回归分析,得到泥岩及砂岩在水岩相互作用下力学性能的变化规律;基于岩石弹性模量,应用连续介质损伤力学方法对比分析了泥岩及砂岩的损伤劣化特点;应用Hoek-Brown强度准则对岩石力学参数进行转换得到岩体综合强度参数;通过有限单元法得到不同次数的水岩相互作用下架空斜坡码头性能的变化特点。     

酵母双杂交技术筛选人PIF1解螺旋酶相互作用蛋白

目的应用酵母双杂交技术研究筛选与人类PIF1解螺旋酶相互作用的蛋白。方法应用酵母双杂交技术,以人PIF1蛋白PINT功能域(1¹80氨基酸)和解螺旋酶模序(167180氨基酸)和解螺旋酶模序(167⁹26氨基酸)为诱饵,与HeLa细胞cDNA文库杂交,筛选能与人PIF1蛋白不同功能域相互作用的蛋白。结合生物信息学分析,一对一酵母回复性杂交及β-galactosidase实验等确定阳性克隆。结果 PIF1蛋白PINT功能域杂交共获得17个阳性克隆,生物信息学分析有3个阳性基因,它们分别是CCNDBP1、OTUD5、CAP1。而PIF1蛋白解螺旋酶模序未获得阳性克隆。结论 PIF1蛋白的PINT功能域对调控PIF1的生理功能具有非常重要的作用。     

Nucleostemin基因特异性RNA干扰对胃癌细胞增殖和凋亡的影响

目的 探讨应用RNA干扰技术抑制nucleostemin(NS)基因表达对胃癌SGC-7901细胞株增殖和凋亡的影响.方法 阳离子脂质体法将构建好的NS siRNA表达载体转染胃癌SGC-7901细胞株,采用MTT法测试各组细胞增殖抑制率;RT-PCR法检测各组细胞NS基因表达情况,流式细胞术检测细胞周期,Annexin V FITC/PI法检测细胞凋亡率.结果 与对照组相比,S组细胞的增殖减慢,24、48、72h细胞增殖抑制率分别为53.21%、71.54%、87.47%;NS基因表达量下降,G0/G1期细胞百分率显著升高(58.34%),S期细胞减少(20.68%),细胞凋亡率增加(26.85%).结论 RNA干扰技术可抑制胃癌SGC 7901细胞株NS基因的表达,使细胞增殖减慢,细胞周期阻滞在G0/G1期,凋亡率增加.     

中美日规范关于液化场地中桩土相互作用分析规定的比较

在历次地震中,场地液化导致了大量的桩基础破坏,多国规范对液化场地中桩土相互作用的分析都有一些简单规定,但按照目前规范进行设计的桩基础在地震中的表现仍然不尽如意。首先列举和比较中国、美国、日本规范中对于液化场地中桩土相互作用的规定,然后借助已有研究成果和某一真实桥梁桩基础的有限元分析结果得到液化场地中桩土相互作用的详细机理,并以此为参照,对各国规范进行评价分析,为我国今后抗震规范的制定提供建议。     

基于混合自回归模型和神经网络的时间序列预测

在求出混合自回归时间序列模型的成分个数的基础上, 应用BP神经网络对时间序列进行了预测, 并对模型进行了数值模拟表明该预测模型的具有较高的精确度和广泛的应用前景.     

基于运行信息的断路器故障率预测研究

目前电子设备元器件故障率的预测多根据标准开展,降低了故障率预测的准确性和可信性.提出了基于运行信息预测断路器故障率的方法,为消除设计应力的影响,定义了额定故障率.给出了基于多项目运行信息建立额定故障率的模型及计算方法,并以已运行深圳四号线项目和南京二号线项目为例说明额定故障率计算,并应用额定故障率对新开发的上海十三号线二期项目中断路器故障率进行了预测,同时与标准预测进行了比较.     

考虑多维动态特征交互的高速公路实时事故风险建模

为探究天气和道路等特征,以及交通流、天气、道路及时间等多维动态特征之间的交互作用对实时事故风险预测模型精度的影响,本文基于京哈高速公路北京段的事故数据,以及匹配的交通传感器数据、天气数据和道路特征等,构建4个数据集,分别为只包含交通流变量,包含交通流变量、天气及时间特征变量,包含交通流变量、道路及时间特征变量,包含交通流变量、天气、道路及时间特征变量。从考虑多维动态特征的交互效应出发,基于深度交叉网络,提出一种新的实时事故风险预测模型。结果显示,本文所构建的深度交叉网络模型比其他几种实时事故风险预 测方法显示出更高的精度。模型的AUC值(Area Under Curve)可达0.8562,在0.2的概率阈值下, 可以正确分类84.26%的非事故数据和77.55%事故数据。结论表明,本文采用的多维动态特征交互样本条件下的深度交叉网络模型能够有效地预测高速公路交通事故,可为我国高速公路安全管理部门提供理论与技术支持。     

城市交通与土地利用互动机理研究

城市交通与土地利用之间存在着复杂的互动关系,研究二者的互动机理,对从根本上解决城市交通问题以及实现城市可持续发展具有重要的理论与现实意义。首先分析城市交通与土地利用的关系,指出二者之间存在相互依存、相互促进的互动关系;然后建立数学模型描述二者互动的方向及程度,从模型稳定性分析可以看出,当满足一定条件时,二者能够达到一种“互补共生”的稳定平衡状态;在此基础上,结合实例对模型进行仿真,验证了模型的稳定性条件;最后,基于二者的互动机理提出一些城市规划对策。     

三车道动态环境下汽车驾驶倾向性的转移概率及其预测

驾驶倾向性是汽车行驶中驾驶员情感偏好等特征的动态测度,易随环境的改变而变化,并影响驾驶员意识和汽车操控行为;另一方面,其类型和转移概率又同时受到后者的作用与影响.准确揭示动态环境下驾驶倾向性转移概率,对实现汽车自动驾驶和辅助驾驶系统具有重要意义.本文以三车道为例,从环境变化,特别是从刻画交通态势复杂性的车辆编组关系演化角度出发,设计三车道条件下的驾驶实验,采集不同行驶环境下驾驶员倾向性并进行统计分析,揭示环境嬗变情况下,汽车驾驶倾向性转移概率.验证结果表明,利用倾向性转移概率对汽车驾驶员倾向性进行预测的结果与实时辨识结果相吻合,平均准确率达80%以上.     

桩的端阻和侧摩阻的相互作用及其工程应用价值

桩的轴向承载力是由桩身的侧摩阻和端阻共同构成的。这两种阻抗间一般存在着相互影响和相互制约的关系，在设计工作条件下此种特征表现得不明显，因而研究者很少予以重视。但是当桩身位移较大或桩的阻抗因某种因素而强化时，这种相互作用不会十分突出。因而可以采取工程措施强化此种效果以提高桩的承载能力。     

Effects of Friends' Information Interaction on Travel Decisions

Many existing studies focus on the effects of traffic information from ATIS on travel choices. Research on the effect of friends' travel information on people's travel choice is uncommon, yet needed. In this paper, behavioral experiments are conducted to discuss what the effects of information interaction with friends can bring on individual travel decision behavior. The experimental results concluded that when the rate of friends' information interaction reaches 33.3%, the whole system is at an optimal level. Furthermore, users reach an optimum when the rate of friends' travel information interaction is 75%. The average time and cost per person is increasing when the whole system optimum transfers to the user optimum. Moreover, adjustments of departure time at the system optimum are more dispersed than at the user optimum, while travel choice changes are more concentrated.     

基于马尔可夫预测模型的桥梁养护时机研究

文章研究了桥梁技术状况的时变规律,根据模糊评价理论结合马尔可夫过程方法 ,给出了桥梁技术状况和养护费用的预测模型。算例分析表明,该方法可进行桥梁技术状况预测,从而揭示出桥梁技术状况发展规律并预判到潜在的危险,以便在时间和空间上优化分配养护预算,确保桥梁在目标使用期内安全和合理使用。     

基于小波神经网络的短时交通流预测

针对现阶段城市道路交通短时交通流预测精度不高的局限性,将小波变换引入到城市道路交通预测过程中,提出一种基于小波神经网络的预测方法。运用美国加州高速公路通行能力度量系统数据作为数据来源,应用小波变换和BP神经网络相结合对其进行预测,然后对预测结果数据进行分析,并对短时交通流进行综合评价。实验表明,该方法与传统的BP神经网络相比较,在短时交通流预测方面具有较好的有效性和优越性。     

公路货运量预测的系统动力学模型构建

用系统工程的观点对公路货运系统进行了综合、动态的分析,在具体分析公路货物运输系统主要影响因素的基础上,分别构建了道路运输需求及供给的子系统动力学模型,该模型可以通过计算机进行模拟,进行公路货运量的预测。