甲肝病毒TaqMan PCR检测方法的建立

目的建立以特异性荧光探针为特点的TaqMan荧光定量RT-PCR方法,对甲肝病毒核酸进行检测。方法根据GenBank发表的HAV全基因组序列资料分析结果,在其保守区段设计HAV特异性引物和探针,优化引物、探针浓度,与最佳退火温度,并考察检测体系的特异性、敏感性与重复性。结果本研究体系的引物和探针浓度为0.8μmol/L和0.6μmol/L,退火温度为52℃时,具有良好的特异性与敏感性,检测灵敏度可达0.1TCID50。同一样品重复检测3次,Ct值的变异系数均小于5%。结论本研究建立的HAV TaqMan RT-PCR方法特异、敏感、快速且有效减少交叉污染的概率,为临床及水产品中的甲肝病毒的早期快速检测提供了一种新方法。     

TaqMan荧光定量PCR技术快速检测霍乱弧菌方法的建立

目的：建立特异、灵敏、快速的TaqMan荧光定量PCR方法用于快速检测霍乱弧菌。方法：根据GenBank上的霍乱毒素（cholera toxin，CT）基因序列，在其保守区域设计特异性引物与TaqMan探针，并对荧光定量PCR体系与反应条件进行优化，同时验证方法的特异性、敏感性和重复性。结果：本方法对霍乱弧菌的检测具有高度特异性，与副溶血性弧菌、沙门菌、志贺菌、变形杆菌、大肠埃希菌、蜡样芽孢杆菌、金黄色葡萄球菌等均无交叉反应；检测灵敏度达10cfu／ml；反应体系具有很高的稳定性；整个操作过程仅需2h。结论：本研究建立的TaqMan荧光定量PCR方法特异、灵敏、快速．适用于霍乱弧菌的日常监测和爆发疫情的应急诊断。     

溶藻弧菌TaqMan实时PCR快速检测体系的建立

目的:建立溶藻弧菌TaqMan实时PCR快速检测体系。方法:根据溶藻弧菌胶原酶基因colH的保守序列设计一对引物和一条TaqMan探针,优化反应体系中的引物浓度和探针浓度,评价此反应体系的特异度,并确定其检测下限。结果:优化的反应体系中,引物浓度为200 nmol/L,探针浓度为200 nmol/L,检测下限为1.0×102拷贝/μl,较普通PCR提高了100倍。特异度为100%。结论:本研究所建立的检测体系能够灵敏和特异地检测溶藻弧菌,可以作为溶藻弧菌的快速检测方法。     

TaqMan探针检测转基因大豆含量方法的建立及应用

目的建立TaqMan探针法检测转基因大豆含量的实时定量PCR方法并应用于市售转基因食品含量的检测。方法以0、0．1％、0．5％、2．0％、5．0％的转基因大豆RoundUp Ready^TM为标准品（Fluka公司），以特异TaqMan探针序列：5’（FAM）-cccactatcettcgcaagaccct-3’（TAMRA），引物序列F：5’-tgatgtgatatctccactgacg-3’，R：5’-tgtatcccttgagceatgttgt-3’，用实时荧光定量PCR方法扩增转基因大豆外源基因CP4EPSPS基因，在实验室建立定量转基因大豆检测的标准曲线，并对市场抽检的豆奶粉、素鸡、热狗肠、黄豆等12种豆类食品及制品进行含量分析。结果在实验室建立了TaqMan探针实时荧光定量PCR检测转基因大豆含量的方法，得到0值对转基因食品百分含量对数值的标准曲线方程式为Y=-2．8194X＋27．1855，相关系数值R^2为0．9994。12种市售大豆及制品中五香茶干、豆奶粉、素鸡、热狗肠、薄白叶检测出转基因成分含量分别为2．46％、6．26％、13．95％、0．48％、0．66％，其余7份样品为阴性。结论建立的TaqMan探针实时荧光定量PCR法能够快速地进行转基因大豆含量的检测，并可应用于市售转基因食品的检测。     

鼠巴贝斯虫TaqMan探针荧光定量PCR方法的建立及应用

目的建立一种用于检测鼠巴贝斯虫的TaqMan探针荧光定量PCR方法。方法针对鼠巴贝斯虫18sRNA基因序列,设计特异性引物和探针,建立鼠巴贝斯虫的TaqMan探针荧光定量PCR反应体系,并对该方法的灵敏度和特异性进行验证。结果本方法对鼠巴贝斯虫的检测灵敏度较高,最低检出限为1.34×10-7ng/μl;具有较高的特异性,与钩端螺旋体、莱姆病螺旋体、巴尔通体、Q热、土拉菌等病原均无交叉反应,反应体系稳定。结论本研究建立的TaqMan探针荧光定量PCR方法特异、灵敏,可用于鼠巴贝斯虫的实验室快速检测及现场监测使用。     

致病性钩端螺旋体TaqMan Real-time PCR检测技术的建立及其应用

目的 建立致病性钩端螺旋体(钩体)TaqMan Real-time PCR检测技术.方法 以钩体16S rRNA基因的部分片段rrs基因作为靶基因,设计引物、TaqMan探针,PCR产物克隆到pMD 19-T载体,制作标准曲线,建立定量分析质控标准.利用中国15群15型致病性钩体参考菌株、16群21型非致病性钩体参考菌株、50株不同血清群致病性分离株及伯氏疏螺旋体、嗜肺军团菌、肺炎链球菌、脑膜炎奈瑟菌等27株其他常见致病菌检验引物、探针的灵敏性、特异性.将Real-timePCR、普通PCR同时应用于倍比稀释致病性钩体染色体DNA及25份现场鼠肾标本的检测.结果 建立、优化致病性钩体Real-time PCR技术,致病性钩体扩增荧光信号阳性,非致病性钩体及其他非钩体菌均无扩增.对于倍比稀释的质粒标准品,Real-time PCR和普通PCR的最低检测下限分别是10 copy/μl和104copy/μl.对于倍比稀释的钩体染色体DNA,两者的最低检测下限分别为:100 f/μl 和1 ng/μl.25份现场鼠肾标本检测显示,两种方法的检测结果一致.结论 以rrs为靶基因建立的Real-time PCR技术,具有较高的灵敏度和特异度,可用于致病性钩体的病原学检测.     

实时荧光定量PCR快速检测腺病毒方法的建立与评价

目的建立针对人腺病毒Hexon基因的实时荧光定量Taq Man PCR检测方法,用于腺病毒感染的早期诊断及病毒核酸定量分析。方法根据人腺病毒Hexon基因高度保守区设计引物和Taq Man探针,建立人腺病毒实时荧光定量Taq Man PCR快速检测方法。对方法的灵敏度及特异性进行评价;选取3个浓度的标准品,进行5次重复检测,对方法的重复性进行验证;用该方法对90份临床标本进行检测。结果建立的检测方法对人腺病毒的检测与其它呼吸道病原无交叉反应;检测灵敏度为10拷贝/μl;对103、104、105拷贝/μl 3个浓度标准品分别进行5次重复检测,其Ct值的变异系数均小于5%。对临床90份发热病例的咽拭子标本检测的腺病毒阳性率为90%,与普通PCR检测法的结果(90%)一致;检测准确率达100%。结论本研究建立的Taq Man荧光定量PCR方法的特异性、灵敏度和重复性均好,适用于人腺病毒的日常监测和暴发疫情的应急诊断。     

TaqMan实时荧光定量PCR检测肠道细菌Akkermansia Muciniphila

目的 建立Akkermansia muciniphila(A.muciniphila)TaqMan实时荧光定量PCR检测方法,实现粪便中A.muciniphila的定量检测。方法 根据GenBank公布的A.muciniphila 16S rRNA基因高保守序列,设计合成特异引物和TaqMan探针,构建重组质粒作为标准品,通过反应体系和反应条件的优化,绘制标准曲线,同时将建立的方法用于10份成年人粪便标本的检测。结果 TaqMan实时荧光定量PCR检测A.muciniphila,仅需1.5h,该方法线性好,相关系数R²=0.9991,扩增效率E=94.7%;重复性好,组内和组间变异系数均小于3%;灵敏度可达到5×10³拷贝/μl;特异性良好。10份成年人粪便标本共检出9份为阳性,阳性粪便标本中A.muciniphila平均含量为2.70×108cells/g粪便。结论 本研究建立的TaqMan实时荧光定量PCR能够快速、灵敏、特异地定量检测粪便标本中A.muciniphila。     

基于TaqMan探针的荧光定量PCR检测水产品中的沙门菌

目的:建立基于TaqMan探针的荧光定量PCR检测水产品中沙门菌的检测体系。方法:根据沙门菌外膜蛋白Ompc基因的保守序列,设计1对引物和TaqMan探针,并对荧光定量PCR反应体系和反应条件进行优化。利用建立的检测方法对舟山水产品加工厂和舟山菜市场采集的120份样本进行检测。结果:该检测方法可以达到1μl 1.0×101拷贝数量级的灵敏度。样品检出率为10.0%,与国标法检测结果一致。结论:本研究建立的TaqMan探针荧光定量PCR检测方法可以特异、灵敏、简便快速的实现对水产品中沙门菌的检测。     

黄病毒属TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法建立

目的 建立用于检测黄病毒属的TaqMan探针荧光定量RT-PCR方法。方法 从GenBank中检索黄病毒属代表株的全基因序列,通过DNAstar进行序列比对和blast进行保守序列搜索和分析,用Beacon Designer 7.0软件进行引物和TaqMan探针设计,以乙脑毒株MB090509 RNA为模板,优化反应条件并应用于现场蚊虫标本检测。结果 确定黄病毒属TaqMan探针荧光定量RT-PCR反应条件为:45℃15 min,95℃10 min,95℃10 s→54℃45 s,40次循环,引物和探针终浓度为200 nmol/L。灵敏度为常规RT-PCR方法 100倍,检出限2.9×10-3噬斑形成单位(PFU)/mL,与甲病毒属、东南亚十二节段RNA病毒属、布尼亚病毒属均无交叉反应。从161份现场蚊虫标本中检测出11份阳性标本,经病毒分离、测序均被证实为乙脑病毒。结论 本研究建立的黄病毒属TaqMan探针荧光定量RT-PCR方法具有广泛应用价值。     

Taq Man探针检测转基因大豆含量方法的建立及应用

目的 建立TaqMan探针法检测转基因大豆含量的实时定量PCR方法 并应用于市售转基因食品含量的检测.方法 以0,0.1%、0.5%、2.0%、5.0%的转基因大豆RoundUp Ready<'TM>为标准品(Fluka公司),以特异TaqMan探针序列:5'(FAM)-cccactatccttcgcaagaccct-3'(TAMRA),引物序列F:5'-tgatgtgatatctceactgacg-3',R:5'-tgtatcecttgagceatgttgt-3',用实时荧光定量PCR方法 扩增转基因大豆外源基因CP4EPSPS基因,在实验室建立定量转基因大豆检测的标准曲线,并对市场抽检的豆奶粉、素鸡、热狗肠、黄豆等12种豆类食品及制品进行含量分析.结果 在实验室建立了TaqMan探针实时荧光定量PCR检测转基因大豆含量的方法 ,得到Ct值对转基因食品百分含量对数值的标准曲线方程式为Y=-2.8194X 27.1855,相关系数值R<'2>为0.9994.12种市售大豆及制品中五香荼干、豆奶粉、素鸡、热狗肠、薄白叶检测出转基因成分含量分别为2.46%、6.26%、13.95%、0.48%、0.66%,其余7份样品为阴性.结论 建立的TaqMan探针实时荧光定量PCR法能够快速地进行转基因大豆含量的检测,并可应用于市售转基因食品的检测.     

黄热病毒实时荧光定量PCR方法的建立

目的 建立黄热病毒的实时荧光定量PCR检测技术,以实现黄热病毒感染早期的筛选和检测.方法 以带有黄热病毒基因质粒为阳性模板,采用TaqMan探针法,制作标准曲线,以实现对黄热病毒的简单快速的高灵敏度、高特异性实时检测.结果 该方法检测的最低拷贝数可以达到3.457 copies/μl.组内及组间变异系数均低于5％,证明该方法具有良好的敏感性及稳定性.以1～4型登革病毒和乙脑病毒基因组为模板,检测结果为阴性,证明该方法有良好的特异性.结论 该方法可快速、灵敏、特异、定量检测黄热病毒,能用于黄热病毒感染的早期诊断.     

荧光定量PCR方法在沙门菌鉴定中的应用

[目的 ]　用taqman技术建立沙门菌荧光定量聚合酶链反应 (PCR)检测方法 ,尝试快速、准确地鉴定沙门菌。　 [方法 ]　根据沙门菌GenBankAccessionNOU2 5 3 5 2基因序列 ,设计并合成引物和荧光标记探针。将PCR扩增的沙门菌基因片段克隆导入载体 ,构建的重组质粒经筛选、鉴定后 ,作为阳性模板 ,用于标准曲线的制定。利用荧光定量聚合酶链反应 (PCR)技术进行各类菌株的定性鉴定。　 [结果 ]　应用重组质粒制作的定量曲线 ,其循环阈值与模板浓度的对数值具有良好的线性关系 ,相关系数为 0 .999。检测各类菌株 ,其中沙门菌 41株、H抗原丢失的沙门菌 16株均阳性 ;非沙门菌 10 9株均阴性。　 [结论 ]　建立了鉴定沙门菌的荧光定量PCR方法 ,该方法简便、快速、准确 ,有很好的应用前景和研究价值     

应用多重TaqMan MGB探针实时聚合酶链反应检测A型和B型流感病毒的研究

目的 应用多重real-time PCR方法检测A型和B型流感病毒,探讨其在快速诊断流感病毒感染中的优越性.方法 根据A型和B型流感病毒M基因的相对保守序列,设计两套特异性引物和TaqMan MGB探针,进行多重real-time PCR检测A型和B型流感病毒.将该方法与病毒分离、免疫层析、传统RT-PCR进行比较,并对多重real-time PCR的特异性进行评估.并应用multiplex real-time PCR方法和常规的病毒分离方法对广东省流感样病例334份咽拭标本进行检测,比较其灵敏性和特异性.结果 多重real-time PCR反应可以检测到A、B型流感病毒的最低病毒量分别为10-1和10-3TCID50/反应.该方法在对流感病毒株以及其他呼吸道病毒株样品的检测中,未发现假阳性和假阴性现象,特异性为100%.该方法对334份临床标本进行检测,结果与经典检测方法(病毒分离鉴定结合血清学检测)的符合率达100%,且灵敏度明显高于病毒分离.结论 该研究建立的多重TaqMan MGB real-time PCR是一种快速、灵敏性和特异性高的流感病毒检测方法,对于流感的早期诊断及指导临床有重要意义.     

TaqMan荧光定量PCR检测1型登革热病毒及临床应用

目的建立登革热1型病毒（DV1）TaqMan荧光定量PCR快速检测方法及应用于临床诊断。方法根据DV15′端非编码区基因保守序列,设计一套特异性引物和TaqMan探针。用4个血清型DV标准毒株为对照,收集40份DV1临床血清为检测标本。通过对DV1标准毒株RT-PCR后,采用体外转录方式获得RNA模板作为阳性对照,检测所建立TaqMan荧光定量PCR方法的特异性。取DV-IgM/IgG用ELISA检测患者血清,将TaqMan荧光定量PCR和DV-IgM/Ig GELISA进行敏感性比较。结果所建立方法的最低检测限约为每反应10个基因拷贝。发病后不同时间采集的登革热患者血清标本检测结果为：发病1～3d的患者RT-PCR阳性检出率最高（81.25%）;4～6dELISA-IgM检出率最高（85.00%）;7d后ELISA-IgG检出率最高（75.00%）。结论在登革热的早期诊断中建立的RT-PCR具有较高的敏感性、特异性和重复性,可作为DV1的快速诊断方法。     

TaqMan荧光定量PCR检测和鉴别不同血清群脑膜炎奈瑟菌方法的建立及应用

目的 建立TaqMan荧光定量PCR检测方法,用于脑膜炎奈瑟菌不同血清群菌株的检测和鉴别.方法 设计合成7对引物和TaqMan探针,脑膜炎奈瑟菌种属特异性的基因为ctrA;不同血清群的脑膜炎奈瑟菌特异性基因分别为A群(sacB)、B群(siaD)、C群(siaD)、X群(xcbB)、Y群(synF)、W135群(synG).检测和确定不同探针和引物用于脑膜炎奈瑟菌荧光定量PCR检测的特异性、敏感性,并同时将荧光定量PCR和乳胶凝集方法应用于121份疑似脑膜炎奈瑟菌感染患者的脑脊液标本的检测.结果 ctrA、sacB、siaD(B群)、siaD(C群)、xcbB、synF、synG等7对引物和探针能准确检测和鉴定79株不同血清群的脑膜炎奈瑟菌菌株,检测灵敏性比相应的普通PCR高101～103倍,每对引物和探针反应体系中,能检测的最低全基因组DNA拷贝数分别为8、8、80、8、8、80、8;检测121份疑似脑膜炎奈瑟菌感染患者的脑脊液标本,TaqMan荧光定量PCR检测11份阳性,乳胶凝集方法检测6份阳性.结论 TaqMan荧光定量PCR方法能特异地检测和鉴定不同血清群脑膜炎奈瑟菌,具有较高的灵敏性和快速检测的特点,能提高临床疑似脑膜炎奈瑟菌感染病例的阳性检出率.