12个特殊桑资源ITS,TrnL-F,rps16序列与亲缘关系分析

报道了12个特殊桑资源ITS,TrnL-F,rps16序列长度、G+C%、变异位点及亲缘关系,分析了它们的栽培适生范围。ITS序列576-590 bp,G+C%59.45-60.17,27个变异位点。TrnL-F基因间区920-923bp,G+C%34.02-34.24,5个变异位点,rps16内含子929bp,G+C%32.51-33.26;19个变异位点。神农架华桑♀与珙县川桑有较近的亲缘关系,宜长江流域栽植。龙桑、龙须桑、新疆白桑、剑持、小官桑与神农鸡桑1号、改良鼠返、乌克兰白桑有较近的亲缘关系,雅安白桑与神农架山桑有较近的亲缘关系,宜长江流域以北栽植。雅周桑与湖北蒙桑4号、四川高海拔鸡桑有较近的亲缘关系,宜在长江流域山区栽植。广东桑"大十"与湖北白桑、越南白桑、印度55有较近的亲缘关系,钦州长果桑与斯里兰卡桑3号有较近的亲缘关系,咸丰长穗桑与利川长穗桑有较近的亲缘关系,宜长江流域以南栽植。     

基于ITS分析云南光叶桑和钦州长果桑在桑属中的亲缘关系及分化时间

云南光叶桑、钦州长果桑在形态分类学上均属同一桑种Morus macroura。通过PCR扩增2份地方品种资源材料的ITS序列并分析序列差异及构建系统进化树,阐明各自在桑属中的遗传分化关系。2份材料的ITS序列长度均为576 bp,其中:云南光叶桑的G+C含量为59.90%,碱基序列45位A变G,560位T变G,与昆明奶桑(Morus macroura)、荥经川桑(Morus notabilis)、云南毛叶奶桑(Morus macroura var.mawa)、云南长穗桑(Morus wittiorum)、云南奶桑(Morus macroura)、雅安华桑(Morus cathayana)同在第Ⅰ类群,有较近的亲缘关系;钦州长果桑的G+C含量为59.72%,碱基序列45位为A,560位T变G,与云南华桑(Morus cathayana)同在第Ⅱ类群,有较近的亲缘关系。应用松散分子钟方法估算云南光叶桑与荥经川桑、雅安华桑、云南长穗桑的分化时间为8.23 Ma,钦州长果桑与云南华桑的分化时间为9.67 Ma,二者起源的地质年代是新第三纪中新世与上新世之交,是为了抵御地球寒冷、旱化,向南、向山地迁移形成的物种。     

新疆野生盘羊mtDNA D-loop序列的多态性

根据GenBank中3条羊亚科动物线粒体DNA全序列设计并合成1对引物,成功扩增了新疆天山亚种野生盘羊线粒体(mtDNA)控制区(D-loop)全长序列片段,并进行序列分析。结果显示,1号和2号盘羊mtDNA D-loop序列全长分别为1 070,1 169 bp;在检测的2个个体上共发现73个突变位点,其中有7个插入,50个转换,11个颠换,5个缺失,表明碱基的替换有明显偏倚;1号和2号新疆天山亚种野生盘羊mtDNA D-loop区核苷酸突变位点分别为35个和38个,核苷酸变异率分别为3.27%和3.25%。这一结果表明,新疆天山亚种野生盘羊群体线粒体D-loop区存在着丰富的多态性,同时进一步说明了我国新疆野生盘羊遗传资源比较丰富。     

DNA条形码技术在野生哺乳动物物种鉴定中的可行性

为新疆野生哺乳动物物种鉴定找出最好的方法并建立新疆哺乳动物DNA条形码数据库提供资料,本研究选取新疆野生哺乳动物的肌肉、血液、粪便作为研究材料,运用DNA条形码技术检测野生哺乳动物线粒体DNA COI基因序列。共检测片段长度为642～729 bp的52条COI基因序列,52条COI基因序列通过BLAST网站同源性比较,序列同源性达到98%～100%,相似度达到90%～99%。全部COI基因序列中A、T、C和G的平均含量为26. 3%、30. 3%、26. 0%和17. 4%,A+T的含量(56. 6%)高于C+G含量(43. 4%),有明显的碱基偏倚性。种内遗传距离为0%～2%,种间遗传距离为15%～42%,二者分离度高。邻接法和最小进化法构建的系统发育树,两种方法所得的系统进化树拓扑结构高度一致,分支明显,都分配在单个支上。说明DNA条形码技术可用于新疆野生哺乳动物物种鉴定并弥补其他物种鉴定方法的不足和缺点,在新疆濒危野生动物的管理与保护中有重要意义。     

3种冠环线虫rDNA-ITS的PCR扩增及序列分析

本试验利用PCR扩增3种冠环线虫5个样品的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5.8S片段,将PCR扩增产物纯化后直接进行序列测定和分析。序列比对和分析结果显示,所测样品ITS1-5.8S-ITS2的长度范围为748~843 bp,总变异位点(包括gaps)119个,简约信息位点18个;其中ITS1和ITS2的长度范围分别为367~370 bp和228~320 bp,变异位点分别为14个和105个,简约信息位点均为9个。所有测试样品的5.8S片段完全相同,长度为153 bp。5条序列ITS1区的G+C含量(48.0%~48.5%)明显高于ITS2区(37.7%~40.3%)。通过序列两两比对,3种冠环线虫ITS1和ITS2的种间差异性分别为1.9%~3.5%和5.6%~31.8%;而种内差异性分别为0~0.5%和0~0.9%。并且所测序列与GenBank中已知序列的同源性为99.07%~99.41%。本研究认为,ITS序列可以作为冠环线虫种类鉴定的分子标记。     

西南大学桑资源圃部分桑树品种亲缘关系RAPD分析

利用RAPD遗传标记鉴定了西南大学桑资源圃保存的22个桑树品种的亲缘关系。聚类图首先将新疆药桑分出,将其它21个品种聚类为两大支、6小支。新疆药桑与其它桑品种亲缘关系远,大花叶皮桑、盐亭20号、国丰、七六一,有较近的亲缘关系;樱桃、多胡早生、收获一、吉木沙尔黑桑有较近的亲缘关系;金龙、强兵、鹤田、梨儿桑、湖南早生有较近的亲缘关系;油匠当当、姬鹤有较近的亲缘关系;改良十文字、纳溪桑、民主粉红有较近的亲缘关系;剑持、伊达柴木、马蹄桑有较近的亲缘关系;大花叶皮桑亲缘关系靠近白桑,瑞穗桑、山桑与白桑、鲁桑有较近的亲缘关系。未见亲缘关系与地理分布的迁移规律,建议在杂交育种亲本选择时,最好先做亲缘关系分析。     

凌云牛心李DNA条形码筛选及其亲缘关系分析

本研究通过对9份凌云牛心李进行ITS、matK及rbcL序列PCR扩增和序列比对分析,旨在筛选适合于凌云牛心李开展遗传多样性研究的DNA条形码。通过序列比对分析,9份李种质ITS序列长度在713 bp~717 bp之间,G+C含量59.33%~60.95%之间,存在27个变异位点;matK序列长度为935 bp~937 bp之间,G+C含量33.33%~33.55%之间,存在5个变异位点;rbcL序列长度为743 bp,G+C含量42.20%~43.07%,存在3个变异位点。相对于matK及rbcL序列,ITS序列进化速率较快,存在更为丰富的遗传变异位点,更适宜用来开展凌云牛心李的分子鉴定及亲缘关系分析研究。基于ITS序列构建了9份凌云牛心李、22份其他地区李种质以及5份杏、5份梅种质的NJ系统进化树,凌云牛心李与其他李种质亲缘关系较近,其中N2、N3、N8和N9中国宁波的茄皮李和日本的大石早生李聚为一个类群,而N1、N4、N5、N6和N7与中国嘉兴的槜李、中国山东的玉皇李、中国贵州的九阡李聚为一个分支,表明凌云牛心李作为地方优质李品种,在长期种植过程中种内产生了较丰富的遗传变异。     

四川几个特色桑品种ITS序列与亲缘关系分析

测定了盘桑2号、圌桑2号、圌桑10号、圌桑14号、圌桑6号、圌桑11号、圌桑12号等7个特殊桑树品种资源的ITS序列,长度均为576bp,A+T%=40.45[233],C+G%=59.55[343],其中114 a,176 c,167 g,119 t,无变异位点。最大简略法(MaximumParsimonyMethod,MP)分析亲缘关系,均分在一个分支,亲缘关系差异不大。用分子方法分析桑树品种的亲缘关系时,可先用ITS分析品种的大致的亲缘关系范围,再用RAPD、AFLP、SSR、ISSR等方法进行细分。     

特种獭兔毛色相关基因多态性的研究

目的:研究影响特种獭兔毛色的相关基因,讨论其与毛色的相关性。方法:本次研究通过比对NCBI数据库中不同兔种的MC1R,以突变位点为基础设计引物,采用PCR技术对MC1R基因的不同片段进行扩增,然后将扩增产物进行测序,再对MC1R片段进行序列比对从而找出其突变位点,并分析其毛色性状的相关性。结论:通过扩增产物序列之间的对比和产物序列与NCBI数据库碱基序列的对比,得到以下结论:MC1R扩增片段序列的第40位点存在T→C的突变,为獭兔特有突变位点;第50位点存在A→G碱基突变,发生突变序列所对应的毛色性状为白色、海狸色和褐色;第45位点后缺失一段长度为23bp的碱基序列,该缺失可能与兔种有关;第507位点存在T→C的碱基突变,发生突变的序列对应的毛色性状为海狸色。     

野生与家养乌苏里貉FSHβ和FSHR基因的克隆及序列分析

对野生和家养乌苏里貉的FSHβ基因部分序列、FSHR基因5'端上游调控区和外显子10进行扩增和测序,获得序列长度分别为1257、757和1398 bp,提交GenBank,登录号分别为HQ385977、HQ385978和HQ385979。BLAST比较分析3段序列外显子区,与犬的同源性分别为99%、98%和98%。利用DNAMAN软件对2只野生与2只家养貉进行多序列比对,结果分析,3个基因片段中分别检测到12、10和3个变异位点,其中编码区碱基的突变位点分别有2、1和0个;将2只野生貉的序列相比较,发现3段序列分别有6、9和3个多态位点,而将2只家养貉的序列相比后分别有2、1和0个多态位点,说明野生貉更具有遗传多样性。     

杜泊羊速激肽TAC1基因克隆及生物信息学分析

TAC1基因在哺乳动物神经系统中广泛表达,其编码蛋白参与季节性生殖活动的调节。该研究对杜泊羊速激肽(Tachykinin,TK)基因序列进行了克隆及生物信息学分析。结果表明:克隆出杜泊羊TAC1基因组序列,得到3个克隆片段。通过生物信息学分析,克隆片段一的长度为860 bp,经BLAST对比,与云南黑山羊第4号染色体相似度达93%,基因片段缺失4%;克隆片段二的长度为881 bp,经BLAST对比,与云南黑山羊第4号染色体相似度达100%,没有基因片段的缺失;克隆片段三的长度为846 bp,经BLAST对比,与云南黑山羊第4号染色体相似度达98%,没有基因片段的缺失,但有3个突变位点,分别为位于85 bp处的G/C突变、位于88 bp处和629 bp处的G/A突变、位于108 bp处和290 bp处的T/C突变。杜泊羊TAC1基因开放阅读框全长423 bp,共编码140个氨基酸。与Gen Bank已发表的其他动物TAC1基因参考序列进行比较,结果显示杜泊羊与绵羊、瘤牛、野猪、猕猴、人和大熊猫的TAC1基因同源性分别为98.9%、97.3%、88.1%、85.8%、85.0%、84.5%。通过蛋白质结构预测,发现杜泊羊TAC1基因编码蛋白没有跨膜结构域。     

基于ITS标记分析湖北省收集桑种质资源的亲缘关系

利用ITS标记从分子水平探讨湖北省境内收集的5个野生桑种、1个栽培桑种、1个变种共17份桑种质资源与外省区的6份桑种质资源之间的亲缘关系,为发掘和利用该地区特有的桑种质资源打下基础。结果表明,基于ITS标记的系统进化树与经典分类方法的结果接近,其中湖北省的4份华桑与四川省的川桑有较近的亲缘关系,同在一个分支;收集的3份蒙桑、1份变种鬼桑、1份鸡桑、5份白桑、1份山桑与广东桑、浙江省的瑞穗桑、云南省的滇桑之间有较近的亲缘关系,并与收集的2份长穗桑以及来自广西的钦州长果桑同在一个分支。利用DnaSP软件分析供试桑种质材料的ITS序列核苷酸多样性,符合被子植物ITS致同进化(concerted evolution)规律,变异主要发生在ITS1。利用AMOVA分析供试桑种质材料的遗传变异主要发生在种间,种间遗传变异率为79.49%,种内遗传变异率为20.51%(P0.001)。分布于湖北省的桑种质资源处于抗寒屏障范围,是桑属植物迁移到此地后形成的类群。     

鸡MHC基因B-G区域的生物信息学分析

根据鸡主要组织相容性复合体（MHC）基因B-G区域外显子2的序列设计引物,采用直接测序的方法对该区域（207bp）进行序列测定,并对所获得核苷酸序列进行生物信息学分析。结果显示：该片段中碱基T、C、A、G的平均含量分别为22.0%、19.8%、24.8%、33.4%,C＋G含量为53.2%,T＋A含量为46.8%,C＋G含量高于T＋A含量;同时检测到27个核苷酸变异位点,导致14个氨基酸位点的变异;16条序列进行单倍型构建获得16种单倍型,单倍型多样度达到了高的多样水平。试验结果表明,鸡MHC-B-F基因外显子2的序列表现出了高度的多态性,而且其序列的多态性更多地表现在氨基酸水平上。     

新疆艾比湖鹅喉羚mtDNA D-Loop区序列多态性研究

为探讨新疆艾比湖鹅喉羚(Gazella subgutturosa)遗传多样性和遗传背景,本试验对艾比湖鹅喉羚35份粪便样本进行了研究,采用非损伤性DNA分析技术,扩增其mtDNA D-Loop区878bp片段序列,测序结果进行GenBank数据库的BLAST比对及Clustal W和DNASP软件分析。结果表明,成功扩增出以上片段序列,共检测到55个多态性位点,其中未发现缺失、插入现象;发现15个变异位点,包括14个转换位点、1个颠换位点。A、T、C、G含量分别为28.03%、31.57%、24.84%、15.56%,A+T的含量(59.6%)高于C+G含量(40.4%),具有明显的碱基组成偏向性。除此之外共测到16种单倍型,单倍型多态性(h)为0.886±0.037,核苷酸多态性(π)为0.037±0.01528。表明中国新疆艾比湖国家级自然保护区鹅喉羚mtDNA D-Loop区序列存在丰富的多态性。     

兰州大尾羊mtDNA D-loop和Cytb区序列分析与多态性研究

利用mtDNA序列分析技术对20只兰州大尾羊遗传多态性进行分析,兰州大尾羊mtDNA D-loop区序列长度为1 210 bp,碱基组成分析发现,A、T、G、C碱基含量分别为29.0%、32.3%、23.5%、15.2%,其中A＋T为61.3%,G＋C为38.7%,G＋C含量明显低于A＋T。通过对兰州大尾羊线粒体DNA D-loop区的碱基突变和同源性比较分析得出兰州大尾羊D-loop区核苷酸多样度（Nucleotide diversity）Pi为0.037 85,7只兰州大尾羊来自3个不同母本。兰州大尾羊mtDNA Cytb区序列长度为1 580 bp,其中A、T、G、C碱基含量分别为27.2%、33.7%、26.7%、12.4%;A＋T为60.9%,G＋C为39.1%,G＋C含量明显低于A＋T。应用计算机软件DNAsp4.10进行单倍型分析,17个兰州大尾羊个体mtDNA Cytb区序列共发现了12个单倍型（Haplotype）,其中第1号和第10号、第2号和第5号共用一种单倍型,单倍型比例在兰州大尾羊群体中较高,遗传多态性较低。     

荷斯坦奶牛β-氧化关键酶ECHS1基因甲基化分析

为了检测烯脂酰辅酶A水合酶短链1(ECHS1)的甲基化状态,以同源比对克隆的方法获得荷斯坦奶牛ECHS1部分片段的序列,首先预测甲基化数目,然后采用重亚硫酸盐转化测序(BS-Seq)的方法检测了所获得片段的甲基化状态。结果表明,该试验成功获得了ECHS1 459 bp的序列,其C+G含量为53.88%,含有28个Cp G岛,其中1号、2号、9号、11号、13号、14号、17号、22号、24号、27号位点所有个体都发生了甲基化。     

基于mtDNA Cytb基因序列分析广东省东方蜜蜂遗传多样性

采用PCR产物直接测序法对广东省3个地区的89群东方蜜蜂线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)序列进行了变异检测,并利用相关软件对所得数据进行群体遗传变异和遗传分化分析。所得序列长度为420bp,序列中的A,T,C,G平均含量分别为33.2%,44.0%,14.3%,8.5%;共检测到13个变异位点,其中转换变异位点12个,颠换变异位点1个,并且变异位点大多数发生在密码子第三位,无碱基插入或缺失;碱基组成A+T含量高,占77.2%,呈现明显的A+T偏倚性;3个地区种群间的遗传距离为0.0023、0.0020、0.0019;共定义14种单倍型,单倍型多样度为0.781±0.032,核苷酸多样度为0.004±0.0003。结果揭示广东省东方蜜蜂遗传多样性较为丰富,且存在一定的遗传分化。     

胎生蜥蜴线粒体Cyt b基因和D-loop区序列多态性分析

为了探讨我国胎生蜥蜴(Zootoca vivipara)种群的遗传多样性,试验采用分子生物学的方法测定我国3个胎生蜥蜴种群(黑龙江呼玛、内蒙古额尔古纳和新疆布尔津)共36只个体的线粒体Cyt b基因全序列和D-loop区部分序列。结果表明:胎生蜥蜴Cyt b基因全序列长度为1 143 bp,A、T、G、C4种核苷酸碱基含量的平均值分别为29.46%、34.15%、11.66%和24.73%,共包括8个单倍型;Dloop区部分序列长度为712 bp,A、T、G、C 4种核苷酸碱基含量的平均值分别为27.48%、39.23%、11.22%和22.04%,共包括4个单倍型。其中内蒙古额尔古纳种群的单倍型数量多,遗传多样性高;而新疆布尔津种群的单倍型数少,遗传多样性低。     

藏鸡MHCB-G基因第1、2外显子的遗传多态性分析

本研究根据NCBI上红色原鸡MHC（主要组织相容性复合物）B—G基因序列设计特异性引物,在藏鸡、白来航鸡、寿光鸡基因组中扩增出包含第一外显子、第二外显子在内的长度为1178bp的DNA特异性片段,并对该片段的核苷酸序列进行PCR测序及比对分析。结果发现：在MHCB—G基因的第1、2外显子上,藏鸡在177位存在突变点,由C→T;藏鸡在345位存在缺失现象,白来航鸡和寿光鸡都为C;藏鸡在511位存在突变点。由C→T;藏鸡在547位存在突变点．由T→C。     

兴义矮脚鸡GH基因的多态性研究

兴义矮脚鸡为贵州特有的地方品种鸡.本研究对兴义矮脚鸡GH基因上第一外显子和部分第一内含子序列直接测序进行多态性分析.结果表明,在扩增出来的777 bp序列中,A、T、G、C碱基的平均含量分别为28.1%、23.9%、24.9%和23.1%.A+T的含量(52%)略高于G+C的含量(48%);总共发现10个变异位点,占分析位点总数的1.287%,这些变异位点分别为C124T、T319G、T321C、G333A、A364G、A464C、A507C、C508A、T541C和T630C,其中C124T突变点位于5'端调控区,其余突变点都集中在第一内含子上,均为转换,表现较高的转换偏向.