万寿菊杂交一代遗传多态性的SRAP标记分析

 应用SRAP (Sequence-Related Amplified Polymorphism) 分子标记对当前市场上推广的48个万寿菊杂交一代品种进行遗传多态性研究,用60个引物组合进行扩增,从中筛选到20个多态性引物组合,共产生289个多态性条带,平均每个引物组合产生14.45个多态性条带,显示了较高的多态性比率。聚类分析20个引物组合的扩增结果,48份材料分为两大类,Jaccard's相似系数在0.25～0.91之间。     

西瓜杂交种遗传多态性的SRAP标记分析

 利用新型分子标记SRAP ( Sequence2Related Amp lified Polymorphism) 进行西瓜杂交种遗传多态性的研究, 利用25个引物组合对当前生产上推广的20个西瓜杂交种进行扩增, 从中筛选得到20个多态性引物组合, 共产生135个多态性条带, 平均每个引物组合产生71.1个多态性条带, 显示了较高的多态性比率。聚类分析20个引物组合的扩增结果, 20份材料分为3大类, Jaccardps相似系数在0.29～0.86之间。     

利用SRAP分析东北地区甜菜品系遗传多样性

采用SRAP分子标记方法对东北地区的100份甜菜材料进行了遗传多样性分析。利用4个表型差异显著的甜菜品系对SRAP的88对引物组合进行扩增．筛选出有效引物组合33对。SRAP的33对引物组合共产生694条扩增带,其中有424条多态性条带,多态性条带的比率平均为61．0％。按照UPGMA方法进行聚类分析,在遗传距离0．20处,将参试材料分为四大类群,分别为高产低糖低抗型、中产高糖高抗型、高产高糖高抗型、高产低糖抗丛根病型。聚类结果与生物学和经济学性状分类基本吻合．较好地显示了甜菜材料丰富的遗传多样性和遗传基础的差异性。遗传相似系数平均值大小为国外引进品种0．8642〉单胚品系0．7910〉多胚四倍体品系0．7497〉多胚二倍体品系0．7101。从聚类图来看．只有个别材料和外国品种聚类到一起．可能是由外国品种杂交改良而成。遗传基础相近。从SRAP扩增条带来看,外国材料只有8～12条,东北材料有16～28条之多,中外材料之间确实存在较大差异．东北材料中缺少丰产基因型．可能是基因组成比较复杂所致。     

菊花脑×甘菊种间F_1杂种的鉴定和遗传多样性分析

利用SSR和SRAP标记及表型性状研究了二倍体菊花近缘种菊花脑(Chrysanthemum nankingense)与甘菊(Chrysanthemum lavandulifolium)种间杂种的真实性和遗传多样性。结果表明,131个杂交F_1代单株中,122个为真杂种,真杂种率为93.13%。42对SSR引物组合在菊花脑、甘菊及其122个F_1杂种中扩增得到123个多态性条带,平均每对引物扩增出3条多态性条带;18对SRAP引物组合扩增得到55个多态性条带,平均每对引物扩增出3条多态性条带。菊花脑×甘菊种间F_1杂种之间的遗传相似系数介于0.44～0.90,表型变异系数在10.16%～16.67%之间,且存在超亲个体,说明种间杂种的遗传变异丰富;杂种的叶片表型偏向于母本。基于表型性状和SSR、SRAP分子标记的UPGMA聚类分析将亲本和122个杂交后代都分为7类,绝大多数杂种后代与母本菊花脑聚在一起,而父本甘菊和少部分杂种株系分别单独聚在一起,表明F_1代与母本更为相似。母本与种间杂种的平均遗传相似性系数(0.62)高于父本(0.54),说明该杂种群体在遗传上更接近母本,与表型观察结果相吻合。     

CDDP结合SRAP标记分析杧果品种的遗传多样性

应用CDDP和SRAP分子标记技术对35个杧果品种进行遗传多样性分析,统计遗传多样性信息数据,并进行聚类分析和主成分分析。结果表明,12条CDDP引物和12对SRAP引物组合分别扩增得到条带263条和243条。其中多态性条带数分别为250条和230条,多态性条带比率分别为95.45%和94.61%,有效等位基因数分别为1.59和1.62,Nei’s基因多样性分别为0.32和0.24,Shannon信息指数分别为0.55和0.46,多态性信息含量分别为0.60和0.59,遗传相似系数变化范围分别为0.64～0.96和0.64～0.92,平均遗传相似系数分别为0.80和0.78,CDDP结合SRAP标记遗传相似系数变化范围为0.62～0.94,平均遗传相似系数为0.78。CDDP标记、SRAP标记以及CDDP结合SRAP标记分别在遗传相似系数为0.709 5、0.694 7以及0.685 0处可以将35个杧果品种分别分为3类、3类和5类,说明两种标记结合分析能够更加详细地解释杧果品种间的亲缘关系。而主成分分析结果和聚类分析结果有相似之处,但也有很大不同。     

中国马铃薯部分栽培品种遗传多样性的AFLP分析

 采用AFLP方法分析中国各地79个马铃薯栽培品种, 获得了8对引物组合的扩增谱带, 为马铃薯品种的鉴定提供了分子依据。8对引物组合扩增结果共获得801条带, 平均每对引物组合产生100.13条带。其中493条为多态性条带, 平均多态性检出率为61.2% , 引物组合E11 /M51扩增的多态性比率最高。聚类分析将材料分成3类, 聚类结果与地域无明显相关。     

菊花不完全双列杂交F_1代遗传关系的SRAP分析

利用SRAP分子标记研究了6个切花菊品种及其2×4不完全双列杂交(NCⅡ)的38个F1代单株的遗传关系。结果表明,17对SRAP引物组合共获得229条带,其中多态性条带127条,平均每个引物获得7.5个多态性条带,多态性比率为56.0%,说明切花菊亲本品种及其杂交后代的分子多样性适中。6个亲本品种之间的Nei’s遗传距离介于0.11~0.25之间,平均为0.19,说明亲本品种之间的亲缘关系较近。亲本和杂交后代的遗传相似系数分别介于0.42~0.72和0.40~0.85之间,杂交后代遗传相似系数的中位数(0.61)高于亲本品种(0.55),说明杂交产生了一些变异株系,但是总的遗传基础有变窄或同质化趋势。基于遗传相似系数,UPGMA聚类将亲本和杂交后代划分为两大类,聚类结果与母本和杂交组合类型相符,说明SRAP分子标记可有效用于鉴定菊花不同杂交组合后代。     

基于表型性状和SRAP标记的观赏用辣椒种质资源遗传多样性分析

通过筛选种质资源,为观赏用辣椒的新品种选育提供依据,对20份辣椒材料进行遗传多样性、相关性和SRAP标记分析。结果表明,33个性状的多样性指数范围为0.50~1.97,青熟果色和果形的多样性指数很高。9个数量性状中,单果质量和单株果数的变异系数最大,变异丰富;株幅的变异系数最小,人工选择面窄。果顶形状、商品果纵径、果梗长度与果形显著相关,花冠色、主茎色、叶色与青熟果色4个性状彼此显著正相关。26个SRAP引物组合共扩增出82个多态性条带,每个组合的多态性条带数为1~8条不等,平均3.2个。在相似系数0.64处将20份材料分为5个类群,类群间亲缘关系较远,表现型多样性强。研究结果可为后续筛选和培育果形奇特、色彩丰富的观赏用辣椒品种提供依据。     

RAPD和SRAP分子标记在真姬菇菌种鉴定中的应用

利用RAPD及SRAP分子标记技术对从国内外收集到的12个真姬菇菌株进行遗传多样性分析.结果表明,20条RAPD引物共扩增出多态性条带285条,18对SRAP引物共扩增出多态性条带176条.在相似系数0.800水平时,RAPD和SRAP分子标记分别将12个真姬菇菌株分为5个和6个类群.两种方法均适用于真姬菇种内鉴定,而SRAP标记较RAPD标记稳定性好,更适于真姬菇的种内鉴定.     

洋葱种质资源遗传多样性的SRAP和ISSR分析

利用SRAP和ISSR分子标记技术对58份洋葱种质资源进行遗传多样性分析,筛选出9个扩增效果较好的ISSR引物,共扩增出105条清晰的条带,其中有多态位点的条带数为104条,多态性条带比率为99%;筛选出11个扩增效果较好的SRAP引物,共扩增出132条清晰的条带,其中有多态位点的条带数为115条,多态性条带比率为87%,表明58份洋葱种质资源具有丰富的遗传多样性。基于2种分子标记的聚类分析结果均可将58份洋葱种质资源明显分为4大类,二者的聚类分析结果基本一致,但SRAP分子标记技术检测的基因位点更多,是遗传多样性分析的最佳分子标记技术。     

基于表型和SRAP 标记的切花菊品种遗传多样性分析

 利用45 个表型性状和SRAP 标记分析56 个切花菊品种的遗传多样性。表型变异分析结果 表明：21 个性状表现出品种内一致性高及品种间特异性强;主成分分析发现,主成分贡献值较大的性状 有花序直径、花序类型和瓣型等花部性状,其次是叶部和茎杆性状,说明所选用的切花菊品种在分类时 应以花部性状为主,叶部和茎杆性状为辅;表型性状基于遗传距离UPGMA 聚类,将56 个切花菊品种分 为平瓣类、匙瓣类、桂瓣类、匙瓣-平瓣类和管瓣类,聚类结果大致按照花径-瓣型-花型分类。14 对 SRAP 引物组合扩增56 个切花菊品种的DNA,共扩增出454 条带,其中多态性带423 条,占扩增带数的 93.17%,多态性含量PIC 值在0.72 ~ 0.89 之间,平均为0.82,说明切花菊品种在分子水平上具有丰富的 遗传多样性。基于SRAP 标记的UPGMA 聚类分析显示：品种间遗传相似系数在0.64 ~ 0.97 之间,将56 个切花菊品种分为平瓣类-匙瓣、桂瓣类和管瓣类,聚类结果大致按照花径-瓣型-花型分类。Mantel 检验相关性系数为0.682,两种聚类结果有相似之处,均能很好体现试验切花菊品种间的遗传关系。     

梅遗传多样性的SRAP分析

 为探明梅种质资源间的亲缘关系,利用SRAP标记对梅135份样品进行了遗传多样性分析。17个引物组合共扩增出124个位点,其中多态性位点为106个,多态位点比率87.5%。每个引物组合扩增位点数在4 ~ 12个之间,平均每个引物组合扩增位点数为7.3;通过NTSYS软件计算得到的样品间SM相似系数介于0.556 ~ 0.958,平均值为0.733,显示梅资源间存在一定的遗传差异;根据SRAP扩增结果,利用UPGMA法构建树状聚类图,聚类分析将135份样品分为7组,聚类分析结果与梅种的形态分类系统基本相符。     

仁用杏品种SRAP遗传多样性分析及指纹检索系统的开发

利用SRAP标记对24份仁用杏品种进行了遗传多样性分析。15对引物共扩增出280条带,其中241条为多态性谱带,多态性比率为85.34%;每个引物组合扩增谱带数在13 ~ 24条之间,平均为18.7条;多态性信息含量（PIC）在0.28 ~ 0.65之间,平均为0.51。基于引物Me4-Em4扩增的多态性谱带,构建的指纹检索系统可以区分24个仁用杏品种。根据SRAP扩增结果,利用UPGMA法构建树状聚类图,在相似系数为0.70处可将24个仁用杏品种分为4组,聚类结果与形态分类基本一致。     

Molecular identification and genetic analysis for 24 turf-type Cynodon cultivars by Sequence-Related Amplified Polymorphism markers

Bermudagrass (Cynodon ssp.) germplasm is genetically diverse and widely distributed in the world. The study was conducted to identify and assess the molecular variation and relationship among 24 cultivars developed in China, Australia and the USA. Sequence-Related Amplified Polymorphism (SRAP) was applied to cultivars identification in this study for the first time. Thirty of the 90 SRAP primer combinations generated a total of 274 clearly bands encompassing 249 (91%) polymorphic. Each bermudagrass cultivar has its unique binary code and can be distinguished from the others. Three distinct clusters were obtained by unweighted pair-group method with arithmetic averages based on the polymorphic markers. Coefficients of genetic distance among the genotypes ranged from 0.57 to 0.97. The results demonstrated that SRAP marker is a stable molecular marker technique for the identification of bermudagrass cultivars and their genetic relationships.     

DNA fingerprinting and genetic diversity analysis of late-bolting radish cultivars with RAPD,ISSR and SRAP markers

Three molecular marker systems, RAPD (random amplified polymorphic DNA), ISSR (inter-simple sequence repeat) and SRAP (sequence-related amplified polymorphism), were employed for identification and genetic diversity analysis of 35 elite late-bolting radish cultivars. Detected by 35 RAPD primers, 22 ISSR primers and 17 SRAP primer combinations, the proportions of polymorphic bands were 85.44%, 85.2% and 85.41%, respectively, and the mean genetic similarity coefficients between pairs of genotypes were 0.781, 0.787 and 0.764, respectively. Each of the three molecular marker systems can identify all the cultivars. Five sets of three-RAPD primers, 3 sets of three-ISSR primers and 16 sets of three-SRAP primer combinations were able to distinguish all the cultivars. A linear relationship was observed between Resolving power (Rp) of a primer and its ability to distinguish genotypes. The 35 cultivars were clustered into three major groups based on the RAPD, ISSR and marker combination data with UPGMA, which are in high accordance with their own origins and main characteristics. The results demonstrated that these three marker systems could be useful for identification and genetic diversity analysis of radish cultivars.     

Genetic diversity of Rehmannia glutinosa cultivars based on sequence-related amplified polymorphism markers

SRAP analytic system was used to assess genetic diversity of Rehmnnia glutinosa. Twenty-three Rehmnnia glutinosa cultivars were screened with 288 primer combinations, of which 13 produced stable and reproducible amplification patterns in three repetitive experiments. Among a total of 338 amplified fragments, 306 (90.5%) were polymorphic, with an average of 23.5 fragments for each primer combination. The percentage of polymorphic bands for each primer combination varied from 58.3 to 100%. The cultivars had a similarity ranging from 0.335 to 0.713 with a mean of 0.518. Shannon's diversity index and expected heterozygosity were 0.3217 and 0.2008, respectively. Based on the cluster, which were conducted on the similarity matrix of SRAP marker data, the cultivars were divided into four groups at the 20 rescaled distance cluster combine. The results demonstrated that SRAP is a stable marker technique for the assessment of genetic diversity of Rehmannia glutinosa cultivars, and that the level of genetic diversity among them from different production areas was relatively high.     

海南椰子栽培品种的SSR标记分析

应用简单重复序列（SSR）标记方法,对海南的11个椰子栽培品种进行了遗传多样性分析。选取30对引物用于PCR扩增,有23对引物扩增出有效多态性片段136条,平均多态性百分率为95.77%,每对引物扩增出的带数2~12条不等,平均为6.17条,每个SSR位点的多态信息量（PIC）变化于0.173~0.896之间,平均为0.561。11份材料之间遗传相似系数变化范围0.061~0.861,说明海南椰子栽培品种之间存在丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析结果表明,11个椰子栽培品种分为四个类群和两个亚群。SSR标记反映出的品种间亲缘关系与形态学研究的分类结果并不完全吻合。     

芥菜种质资源遗传多样性和亲缘关系的SRAP 分析

利用SRAP 标记对111 份芥菜种质的遗传多样性进行了分析,并记载了其形态特征。从300 对SRAP 引物中筛选出21
对多态性明显、条带清晰、反应稳定的引物组合,共扩增出150 条条带,其中106 条为多态性条带,多态性比率为70.67%。
SRAP 聚类分析结果表明,111 份芥菜材料的遗传相似系数在0.38～0.89 之间,分为5 大类和若干亚类。对芥菜的叶片性状及根、
茎、叶、薹的发育状况等农艺性状进行调查分析,结果表明111 份芥菜材料的遗传相似系数在0.39～1.00 之间,分为4 大类和
若干亚类。这两种方法的聚类结果基本一致,表明SRAP 标记可以应用于芥菜种质资源遗传多样性和亲缘关系研究。