古蔺野生大茶树资源农艺性状多样性分析

[目的]明确古蔺野生大茶树农艺性状多样性。[方法]以古蔺县的47份茶树资源为研究对象,运用相关性分析、主成分分析及聚类分析等方法对古蔺野生大茶树的叶色、叶形、叶长、叶宽、叶面积等17个叶片农艺性状进行遗传多样性分析。[结果]古蔺野生大茶树种质资源农艺性状变异丰富,变异系数在9.28%～48.21%,遗传多样性指数为0.148 6～1.402 1;主成分分析显示,前6个主成分累计贡献率达73.14%,其中第1主成分贡献率为18.96%,第2主成分的贡献率为15.65%,第3主成分的贡献率为14.42%;17个农艺性状遗传多样性聚类分析结果显示：在欧氏距离10.88处,可将47份古蔺野生大茶树种质资源分为四大类群,桂花乡野生大茶树种质资源在四大类群中均有分布,说明桂花乡野生大茶树种质资源种类较丰富,聚有较大的育种潜力。[结论]该研究结果为古蔺茶树优异种质资源的收集保存、良种选育及开发利用提供了参考。     

雷波野生茶树遗传多样性及亲缘关系分析

【目的】了解和利用雷波野生茶树资源,并探究其演化地位。【方法】采用SSR荧光标记引物,结合毛细管电泳检测技术,首次系统分析雷波野生茶树群体的遗传多样性及其与其他5个野生茶树群体的亲缘关系。【结果】15对SSR标记在108份供试材料中共检测到89条等位基因和221种基因型,其中50份雷波茶树材料中共检测到76条等位基因、29条特有等位基因和143种基因型。以群体为单位比较时,雷波野生茶树群体的等位基因数(A)、平均单个标记基因型数、基因多样性(H)和多态性信息含量(PIC)在7个茶树群体中均为最高,分别为76、9.533 3、0.597 6和0.545 5,杂合度处于较低水平(He)为0.451 1。不同野生茶树群体间的遗传距离为0.081 8～0.255 2,雷波野生茶树群体与四川大邑野生茶树群体遗传距离最小,其次是荥经野生茶树群体,与云南凤庆野生茶树群体遗传距离最大。108份材料个体聚类分析表明:大部分来自雷波的材料聚在一起,但也有少量单株分散在四川5个野生茶树群体中;栽培型茶树品种与野生型茶树整体亲缘关系较远。【结论】雷波野生茶树群体具有丰富的遗传多样性,本研究结果为进一步开发利用...     

古蔺野生大茶树资源叶表型多样性研究

[目的]明确古蔺野生大茶树资源的叶表型多样性。[方法]对古蔺县139份野生大茶树资源(7个天然居群)叶片18个表型性状遗传多样性进行分析。[结果]野生大茶树资源叶片性状变异丰富,变异系数在4.42%~24.28%,其中各性状在各居群间的变异系数最大值均超过10.00%,多样性指数在0.826 1~5.194 7(其中,Simpson指数在0.826 1~1.000 0,Shannon-Weaver指数在2.413 1~5.194 7);对18个叶片表型性状进行主成分分析,前6个主成分叶面积、叶缘、叶片宽度、叶面、叶色、叶身累计贡献率达74.65%;UPGMA聚类分析结果显示,7个居群亲缘关系较近,在遗传距离2.290 0处,7个居群可分为4大类,其中居群2与居群7的遗传距离最大,为3.966 2,居群4与居群5之间的遗传距离最小,为1.932 9。[结论]该研究结果为茶树优异种质资源的收集保存、良种选育及开发利用提供了参考。     

贵州茶树种质资源遗传多样性、群体结构和遗传分化研究

以144份贵州茶树种质资源为材料,采用68个EST-SSR标记探究其遗传多样性、群体结构及遗传分化.结果表明,144份茶树种质资源按海拔范围及种都可以分为3类,Gro1代表海拔1500 m以上的大厂茶群体,Gro2代表海拔范围1000～1300 m的茶群体,Gro3代表海拔不明显、种不明显的群体.144份茶树种质资源按...     

南京市栖霞山野生茶树种质资源调查与品质性状遗传多样性分析

对105份南京市栖霞山野生茶树资源的表型性状进行调查,对主要生化成分以及土壤基本养分状况进行测定,旨在挖掘南京市栖霞山优质野生茶树种质资源,为江苏省茶树新品种选育和优化改良提供基础.结果表明,南京市栖霞山野生茶树农艺性状存在丰富的遗传变异性,农艺性状的平均变异系数为14.18％～27.79％,多样性指数为0.27～0....     

基于GBS技术的233份大蒜种质资源群体进化分析

本试验利用233份大蒜的自然群体资料,主要使用简化基因组测序(GBS)技术,得到高质量的有效数据量为1486.5896 Gb,平均每个样本6.3802 Gb,共获得高质量的SNPs位点2036116个,较均匀地分布在8条染色体上.基于获得的SNP标记进行主成分分析(PCA)与系统进化树分析,PCA将大蒜群体划分为4大类...     

基于EST-SSR的广东与广西茶树资源遗传结构和遗传分化比较分析

 【目的】通过揭示茶树资源遗传多样性、遗传结构和遗传分化关系,为资源的有效保护和充分利用提供理论依据。【方法】利用109对核心EST-SSR标记对广东、广西的105份茶树核心资源进行遗传多样性和遗传分化比较分析;同时对广东和广西资源组群间、组群内白毛茶和茶种群间、种群内进行AMOVA分子方差分析,进一步剖析遗传结构,并绘制群体遗传结构图。【结果】109对核心EST-SSR标记共检测到435个等位基因,平均等位基因（NA）3.99个,平均有效等位基因（NE）为2.12,平均Nei's基因多样性（H）为0.59,平均观测杂合度（Ho）为0.32,平均期望杂合度（He）为0.46,平均多态性信息含量（PIC）为0.56。广东茶树资源遗传多样性的上述6个参数均小于广西茶树资源。广东白毛茶NA和H低于广东茶,NE、He、Ho和PIC与茶较为接近;广西白毛茶NA大于广西茶,但是NE、He和H低于茶。F-统计量分析表明白毛茶与茶种群内近交系数（Fis）、种群间近交系数（Fit）和种群遗传分化（Fst）都较低,基因流（Nm）都较高。广东白毛茶与广西白毛茶Fst为0.04,基因交流相对较低为6.26。AMOVA分析显示组群间遗传变异为3.09%,组群内种群间遗传变异为2.22%,种群内遗传变异为94.69%。群体遗传结构显示105份茶树资源可分为3个类群,类群Ⅰ由6份选育品种组成;类群Ⅱ由43份广东资源和16份广西资源组成;类群Ⅲ包括广西36份和广东4份资源。【结论】广东茶树资源遗传多样性程度低于广西。广东白毛茶遗传多样性比广东茶丰富,种群遗传分化低,存在较频繁的基因交流。广东白毛茶遗传多样性低于广西白毛茶,遗传分化相对较高,基因流较低。AMOVA分析显示遗传变异主要分布于广东、广西茶树资源群体内。     

卵形鲳鲹养殖群体与野生群体遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP技术对北部湾卵形鲳鲹野生群体和养殖群体进行遗传多样性分析和比较,可为卵形鲳鲹种质优化提供基础依据.研究采用10对引物组合在2个群体中共扩增出513个位点,其中多态位点数为133个,占总位点数的25.93％,两个群体平均多态位点比率为23.59％和18.32％,遗传多样性相对贫乏.养殖群体中低频位点明显减少而隐性纯合基因位点显著增加表明养殖群体丢失了低频基因.群体遗传结构分析表明,两群体间的遗传距离比较小,群体遗传结构相似.     

青蟹野生与养殖群体遗传多样性的微卫星分析

利用微卫星分子标记对青蟹东海三门湾野生群体和浙江三门养殖群体的遗传多样性进行分析。6个微卫星位点在2个青蟹群体中共检测到66个等位基因,多态信息含量为0.746 ～ 0.895,均表现为高度多态性,可有效应用于青蟹遗传多样性的研究。青蟹野生群体与养殖群体的等位基因数分别为4 ～ 18,6 ～ 14,平均杂合度分别为0.577,0.561,平均多态信息含量分别为0.779,0.828;群体间遗传分化指数FST值为0.0317,遗传相似性指数为0.7930,遗传距离为0.2319。结果表明,青蟹野生与养殖群体的遗传多样性均较丰富,群体间存在一定的遗传分化。     

基于SCoT标记的陕西茶树种质资源遗传多样性分析

为了明确陕西省本地群体种茶树种质资源的遗传多样性,为茶树育种提供依据。采用正交设计和单因素分析方法,对茶树SCoT-PCR体系进行优化。结果表明:20μL最佳反应体系为Mg2+2.5mmol/L,Taq酶0.75U,引物0.7μmol/L,dNTPs 0.25mmol/L,模板DNA 30ng。利用该体系对22份陕南茶树地方品种材料进行分析,扩增条带多且清晰,22条引物共检测出241个等位位点,其中多态性位点228个,多态性比率为94.6%,位点的PIC值为0.57~0.92。供试材料之间的遗传相似系数为0.58~0.89,平均值达到0.72。基于SCoT标记的聚类与茶树叶片形态有很大的相关性。研究表明茶树SCoT体系结果稳定,重复性好,为后续研究茶树资源遗传多样性提供技术支撑。     

东北地区野生百合遗传多样性的RAPD分析

应用RAPD标记对中国东北地区6种3变种共34份野生百合试材的遗传多样性进行研究.筛选12个随机引物对其总DNA进行扩增,共扩增出101条带,其中83条带具多态性,多态性比率为82.1%,平均每个引物扩增出6.9条多态性谱带.基于 RAPD标记,利用 UPGMA构建了聚类树状图,34份野生百合资源的Nei&Li相异系数介于 0.013 7与0.601 3 之间.结果表明,中国东北地区野生百合具有丰富的遗传多样性,聚类树状图将34份试材分为2大类,第1类包括细叶百合和垂花百合,共5份试材,第2类包括卷丹、毛百合、有斑百合、大花百合、大花卷丹、朝鲜百合和东北百合,共29份试材;卷丹与有斑百合的亲缘关系较近,而与同为卷瓣组的朝鲜百合、细叶百合、大花卷丹等亲缘关系较远.细叶百合与垂花百合亲缘关系较近.     

基于微卫星标记的鳜种质遗传多样性与群体遗传结构分析

采用Illumina高通量测序技术对鳜(Siniperca chuatsi)性腺转录组进行分析,筛选获得可设计引物的微卫星序列4 986条。随机合成239对微卫星引物,其中27个微卫星标记(11.30%)在12个鳜群体中呈现多态性,等位基因数2～8(5.63±1.84),有效等位基因数1.86～6.80(3.99±1.56),观测杂合度0.21～0.78(0.49±0.16),期望杂合度0.46～0.85(0.71±0.12),平均多态信息量0.37～0.84(0.66±0.15),基因流0.11～2.14(0.67±0.45)。在12个鳜群体中,嘉鱼群体平均等位基因数和平均有效等位基因数最大;武汉群体平均观测杂合度、平均期望杂合度高;12个群体遗传距离为0.103 0～1.511 7,遗传相似系数为0.220 5～0.902 2;抚远群体和顺德群体间的遗传距离最大(1.511 7),遗传相似系数最小(0.220 5);韶关群体和顺德群体间的遗传距离最小(0.103 0),遗传相似系数最大(0.902 2);UPGMA聚类分析显示珠江水系一支与长江水系一支先聚集后再与黑龙江水体支汇聚;12个群体间的遗传分化系数F_(ST)介于0.041 8～0.611 0,群体间的遗传分化达到了显著性水平(P0.05),梁子湖群体与武汉群体间的F_(ST)最小(0.041 8),顺德群体与抚远群体间的F_(ST)最大(0.611 0);AMOVA分析表明:群体间的遗传变异占33.14%,群体内遗传变异占66.86%;Structure分析显示12个群体可分为5个亚群。     

野生荔枝遗传多样性研究进展

野生荔枝是荔枝的野生群体,它具有多种优良的园艺学性状、丰富的植物学性状及DNA遗传多样性、很好的抵御生物和非生物胁迫的基因源和土壤适应性,是荔枝进行品种改良与创新的重要基因库,是荔枝产业可持续、健康发展的物质基础。对野生荔枝表型多样性、等位酶水平及DNA水平的遗传多样性的研究现状进行综述,并对今后的研究工作提出几点建议。     

三都野生茶树表型性状和生化组分多样性分析

为更好地保护和开发利用三都野生茶树资源,以16份三都野生茶树为研究对象,采用高效液相色谱和紫外分光光度法检测茶树的重要生化组分,并于春季和秋季对表型性状开展观测,结合变异系数和遗传多样性指数分析三都野生茶树资源变异程度和多样性水平。结果表明,20个描述性表型性状变异系数在0～35.68%之间,平均值为9.94%,遗传多样性指数在0～1.095之间,平均值为0.257;9个数量性表型性状变异系数在0～32.60%之间,平均值为12.68%,遗传多样性指数在0～1.927之间,平均值为1.077。17个生化性状变异系数和遗传多样性指数变幅分别为0～400.0%和0～1.927,平均值分别为65.28%和1.320。三都野生茶树资源表型鉴定性状表现为子房3室、无毛、顶芽有毛。生化特征表现为高茶多酚、高C、高可可碱和低游离氨基酸、无茶氨酸、低儿茶素总量、低EGCG、低或无咖啡碱。三都野生茶树资源表型性状和生化组分较统一,资源内部变异小,C和可可碱为优势特征组分。结合表型和生化特征,推测三都野生茶树资源可能为榕江茶的变种。     

河南地方野生小鼠遗传多样性分析

利用56个微卫星标记对河南省地方野生小鼠与4个实验室小鼠品系进行了遗传多样性分析。结果共检测出230个等位基因,平均每个位点等位基因数为4.107个,其中D4Mit9位点最多,为8个,D8Mit154、D7Mit8、D6Mit77、D17Mit244、D18Mit119位点最少,均为2个;野生小鼠基因位点平均纯合率为68.98%,除KM小鼠以外,其余实验室小鼠品系所有检测位点均为纯合;野生小鼠与PWK小鼠的平均多态性为0.657 0,与BALB/c小鼠的平均多态性为0.855 8,与B6小鼠的平均多态性为0.919 7,与KM小鼠的平均多态性为0.837 6;聚类分析结果显示,野生小鼠与PWK小鼠遗传距离最近。野生小鼠与实验室常用品系小鼠相比多态性较好,具有较高的遗传多样性和育种价值,对丰富实验小鼠基因库有着重要意义。     

基于mtDNA Cytb序列分析养殖与野生刀鲚群体的遗传多样性

为比较刀鲚(Coilia nasus)的人工养殖群体与野生群体的遗传结构差异,为刀鲚的种质资源保护和养殖业的可持续发展提供科学依据,应用线粒体DNA细胞色素b基因的序列分析法研究了灌江纳苗养殖刀鲚子三代(F3)、洄游刀鲚(长江野生群体)和湖鲚3个淡水生活环境下的群体遗传多样性.结果显示:刀鲚线粒体DNA细胞色素b基因大小为1 141 bp;在3个群体22尾个体中,找到12种不同的单倍型,单倍型多态性(h)为0.922,多态位点(S)为18,其中单一多态位点9个,简约信息位点9个,核苷酸多样性(π)为0.0041,平均核苷酸差异数(K)为4.714,平均遗传距离为0.0042.洄游刀鲚和养殖刀鲚群体的核苷酸多样性、遗传距离都比湖鲚高,说明养殖刀鲚比湖鲚的遗传多样性要丰富,仍保持着较高的遗传多样性.     

贵州茶树地方品种的EST-SSR遗传多样性分析

利用29个EST-SSR标记对贵州有代表性的25份地方茶树群体种和3份育成品种遗传多样性、亲缘关系和遗传分化进行了分析。结果表明,29对引物共检测到等位位点104个,平均等位基因3.58个,平均有效等位基因为2.85个,平均观测杂合度为0.56,平均期望杂合度为0.66,平均多态性信息含量为0.58,黔南地区茶树资源遗传多样性的上述5个参数均大于黔北地区。F-统计量分析表明两个地区种群内近交系数、种群间近交系数、种群遗传分化和基因流分别为0.04,0.12,0.08,3.01。群体遗传结构显示,28份资源间的相似系数范围为0.39～0.89,可划分为4个类群,分别由4,5,8,11份资源组成。表明贵州地方茶树品种资源具有丰富的遗传多样性,资源间的遗传差异较大;聚类结果较客观地反映了群体结构和地域性差异等信息;黔南地区茶树资源遗传多样性程度高于黔北地区,两地区遗传分化较高,基因交流频率较低。     

贵州野生春兰遗传多样性的RAPD分析

采用RAPD标记对贵州及周边分布的野生春兰遗传多样性进行分析.结果表明:筛选的48个引物共扩增了324条600～2 000 bp带,其中201条(62.0%)显示多态性,RAPD标记可以有效地用于春兰野生资源遗传多样性评价;原产于贵州不同居群问样品的遗传差异性较大,多态性百分率为36.8%(荔波样品)～69.8%(黎平样品),高于60%的样品占全部贵州样品的1/3,分布于全省5个地州市;聚类分析显示,样品的聚类具有很强的地域性,特别是贵州样品表现更为明显,来自川西的样品和黔北、黔东北的样品具有很高的同源性.     

甘草野生种群遗传多样性的AFLP分析

 【目的】甘草具有重要的药用、工业和生态价值,目前处于濒危状态,进行遗传多样性研究可以为甘草资源的保护和利用奠定基础。【方法】利用AFLP分子标记对来自中国甘草主产区的16个野生种群共320个单株进行遗传多样性研究。【结果】（1）利用15对AFLP引物共扩增出759条谱带,其中多态性谱带527条,多态性条带百分率为69.43％;（2）Nei’基因多样性指数为0.13～0.19,种群总体多样性指数为0.25;Shannon多态性信息指数的变异范围在0.19～0.28,总体为0.39;宁夏地区甘草种群遗传多样性水平最高,甘肃酒泉种群的遗传多样性水平最低。（3）AMOVA分析表明甘草种群间的遗传变异占总变异的18.64％,种群内变异占67.16％。利用UPGMA聚类可将供试16个群体划分为3类,聚类结果表现出明显的地域性。【结论】该研究明确了中国野生甘草遗传多样性处于中等偏下水平,种群内广泛的变异能够为野生资源保护和良种选育提供理论依据。     

基于微卫星标记的拟鲤遗传多样性及群体遗传结构分析

利用16对多态性微卫星标记对新疆额尔齐斯河干流北湾河段、支流哈巴河以及乌伦古湖拟鲤(Rutilus rutilus)3个地理群体的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果显示,16个微卫星位点的平均多态信息含量PIC、期望杂合度He和等位基因数AN分别为0.902 9、0.916 8和18.937 5,遗传参数均反映出3个群体较高的遗传多样性水平。乌伦古湖群体的遗传多样性水平略低于哈巴河和北湾群体。主成分分析表明,影响乌伦古湖群体与哈巴河和北湾群体间遗传多样性差异的主要因素可能为盐度。遗传分化指数和UPGMA聚类分析显示3个群体间均未发生种群遗传分化。分子变异分析(AMOVA)显示个体间的变异贡献率为88.47%,仅少部分变异来源于群体间(1.83%),表明拟鲤3个群体间的遗传变异水平较低。