中国5个地区献血人群HCV基因型分布及进化分析

目的了解国内不同地区献血人群中HCV基因型、亚型分布及系统发育情况以及不同地区人群中HCV流行病毒株。方法收集来自重庆、新疆乌鲁木齐、河南洛阳、四川绵阳和广西柳州5地无偿献血人群的抗-HCV阳性血浆标本802(人)份,采用逆转录巢式PCR对其HCV core基因片段扩增并测序;应用MEGA 6.0软件构建HCV分子进化树并对其做基因分型,用Arlequin和DNAsp软件对不同地区不同HCV基因型做群体动力学研究。采用SPSSStatistics17.0软来分析HCV基因亚型和人口统计学特征的相关性。结果 5个地区献血者抗-HCV阳性血浆标本获得HCV core基因片段成功扩增的比例为52.24%(419/892),其中重庆为47.37%(116/247)、乌鲁木齐为54.17%(104/192)、绵阳为64.35%(74/115)、洛阳为38.95%(67/172)、柳州为76.32%(58/76);所有阳性PCR产物经双向测序后均获得核苷酸序列,共检测出8个HCV基因亚型:HCV-1a 0.72%(3/419)、1b 59.90%(251/419),2a 16.95%(71/419),3a 4.53%(19/419)、3b 3.82%(16/419),6a 12.41%(52/419)、6e 0.95%(4/419)、6n 0.72%(3/419),未检测到HCV-4和5型。5地献血人群中比例较高的2种HCV基因亚型:重庆为1b 46.55%(54/116)、6a18.97%(22/52),乌鲁木齐为1b 67.62%(71/104)、2a 21.90%(22/104)、洛阳为1b 64.18%(43/67)、2a 29.85%(20/67),绵阳为1b 80.00%(60/75)、2a 10.67%(8/75),柳州为1b 41.38%(24/58)、6a 36.21%(21/58)。HCV基因亚型和年龄、民族之间有明显的差异(P0.05)。结论本组我国5个地区献血人群HCV基因亚型丰度较高,以1b为主,2a次之,其余呈散在分布或未检出;不同地区人群的优势基因型均以1b比例为最高,其次分别是2a或6a。HCV基因亚型和年龄、民族存在相关性。     

南京地区丙型肝炎病毒基因分型的研究

目的 了解南京地区丙型肝炎病毒(HCV) 基因型分布的特点.方法 采用针对HCV三种主要基因型1,2,3和1b亚型设计的型-特异性引物,通过RT-PCR和套式PCR扩增HCV基因组高度保守的5'端非编码区,检测55例HCV IgG阳性血清的HCV RNA,并对其中40例进行基因分型.结果 PCR检测的抗HCV IgG阳性血清标本55例中,50例为HCV RNA阳性,阳性率为90.91%;对40例HCV RNA阳性的血清进行分型,发现23例为1b型,15例为2,1 b混合型,HCV-1b亚型含有率为95%,其余两例分别为2型和1,2混合型.结论 该地区HCV流行优势株为1b亚型.     

广州地区献血人群中HCV感染者HCV基因分型及感染途径研究

目的了解广州地区献血人群中HCV感染者的感染途径及其HCV基因型/亚型。方法收集2009年10月-2013年7月在广州献血并成功随访到的抗-HCV ELISA呈反应性的献血者标本296(人)份,以转录介导的扩增(TMA)方法检测其HCV RNA;对HCV RNA阴性标本采用RIBA法确证,对HCV RNA阳性标本,膜吸附法提取HCV RNA经RT-PCR扩增E1和NS5B基因后进行sanger核苷酸序列测定。运用DNASTAR,Bio Edit,Mega5.0等软件作序列分析和基因分型。对献血者HCV感染途径的调查采用问卷调查的方法。结果 296名HCV感染者中,有197人(157例RNA阳性+40例RIBA阳性)确证为HCV感染者,按照HCV感染途径分为4组:静脉吸毒组8.63%(17/197)、输血或者血制品组17.26%(34/197)、其他途径组(除静脉吸毒和输血或血制品以外的传播途径,如手术、纹身等)13.71%(27/197)和感染途径不明组60.40%(119/197)。感染者不同年龄的比例为:18岁-25岁32.49%(64/197),25岁-35岁26.39%(52/197),35岁-45岁29.95%(59/197),45岁-54岁11.17%(22/197),不同感染途径中不同年龄的分布总体比较具有明显差异(P0.05)。HCV RNA阳性者157例,其中153人成功获得HCV基因分型:HCV-1b、2a、3a、3b和6a,分别占58.17%(89/153)、4.58%(7/153)、7.84%(12/153)、3.27%(5/153)和26.14%(40/153);静脉吸毒和输血或者血制品2组间HCV基因型分布有明显差异(P0.01):静脉吸毒组中HCV-6a占58.82%(10/17),输血或血液制品组中HCV-1b占54.16%(13/24)。结论目前广州献血人群中HCV感染者的感染途径多数尚不明确;HCV毒株以HCV-1b和6a亚型最多见,静脉吸毒者中6a的流行率较高,有输血或血制品史的献血者中1b亚型的比例较高。     

西北部分地区无偿献血人群HCV感染的分子流行病学的研究

目的探讨西北部分地区无偿献血人群中丙型肝炎病毒(HCV)基因型(亚型)的分布。方法收集无偿献血人群中HCV RNA阳性标本,通过RT-PCR扩增NS5B基因,测定其核苷酸序列后,与Genebank中已知序列进行分子进化分析,确定HCV基因型(亚型)。结果对西北部分地区(新疆、陕西、青海)137例HCV RNA阳性血清进行NS5B基因扩增,扩增阳性128例,其中1b占43.00%(55/128),2a占35.16%(45/128),3a占9.38%(12/128),3b占10.16%(13/128),6a占2.34%(3/128)。1b亚型之间同源性最高为99%,最低为93%,2a亚型之间同源性最高为98%,最低为91%,3a亚型之间同源性最高为98%,最低为91%,3b亚型之间同源性最高为98%,最低为93%。结论西北部分地区无偿献血人群中HCV基因分型以1b和2a为主,3a,3b,6a亚型占的比例较低,和中国内陆地区的基因型分布相似。     

HCV RNA阳性标本PCR-荧光探针法病毒亚型未检出原因分析

目的探讨血清HCV RNA阳性,但PCR-荧光探针法病毒亚型检测未检出的原因。方法收集2015年7月至2016年3月北京佑安医院临检中心分子室病毒载量1 000 IU/m L但未测出病毒亚型的标本55例,采用基因测序方法对病毒扩增产物进行分型分析。结果 55例HCV病毒载量1 000 IU/m L,但HCV病毒亚型未检出的标本中,其中3例为病毒载量接近病毒亚型检测下限,经测序分析为1b型2例,2a型1例;5例为检测试剂盒未覆盖亚型并且其探针位置无突变,HCV 1a型4例,6n型1例,占9.1%(5/55);47例因探针序列位置基因突变导致病毒亚型未检出,占85.5%(47/55),经测序发现其中1a型6例(6/47,12.8%),1b型32例(32/47,68.1%),2a型3例(3/47,6.4%),2b型1例(1/47,2.1%),3b型1例(1/47,2.1%),6a型2例(2/47,4.3%),1b、6q、6c混合型1例(1/47,2.1%),6n型1例(1/47,2.1%)。探针序列位置基因突变组中以HCV病毒5'非翻译区(5'UTR)204 C/T突变为主(31/47,66.0%),其次为5'UTR 168 C/A突变(5/47,10.6%)。结论病毒载量低、试剂盒覆盖的病毒亚型有限、探针对应的序列存在变异均会影响PCR-荧光探针法检测HCV基因型,其中探针序列变异是病毒亚型未测出的主要原因。     

萍乡地区丙型肝炎基因分型

目的了解萍乡地区慢性丙型肝炎患者的HCV基因分型情况,为丙型肝炎病毒的诊断和治疗提供有力的依据。方法利用门诊及住院病人血清HCV抗体阳性标本,经荧光定量PCR检测HCV-RNA阳性的102例标本用基因芯片进行不同基因分型检测。结果检测HCV感染标本102例,共检出7种基因亚型,分别为1b,6,2a,1b+2a,1b+3a,3a和3b型,其中1b占72.6%,6型占8.8%,2a占7.8%,1b+2a占5.9%,1b+3a占2.9%,3a占1.0%,3b占1.0%。结论萍乡地区HCV基因型主要为1b与中国其它地区HCV基因型分布比较一致。     

江苏地区无偿献血者HCV基因型的分布

目的探讨江苏地区献血者感染的HCV基因型及亚型。方法收集2013年来自江苏省血液中心ELISA双试剂检测抗-HCV阳性献血者血清标本,使用HCV核酸定量检测试剂盒检测HCV RNA载量;同时使用RNA提取试剂提取HCV RNA,反转录PCR法扩增HCV Core区基因片段,并对扩增产物进行测序,利用进化树分析基因型和亚型。结果 2013年抗-HCV阳性标本139例(0.20%),其中64例抗-HCV阳性血清标本经荧光定量检测,RNA阴性30份,阳性34份。经巢式PCR扩增能够分型的标本24份,包括1a(71.7%)、1b(7.5%)、2a(7.5%)和3b(1.9%)3种基因型和4种亚型。年龄偏大(35岁)以及男性的HCV RNA阳性标本的病毒滴度与抗-HCV水平(S/CO值)都高于RNA阴性标本,并且存在性别差异,但年龄间无差异。结论江苏无偿献血者感染的HCV基因型以1型为主,其中1b为优势基因亚型。病毒血症献血者的HCV抗体水平显著升高,HCV RNA在自然感染进程中的变化有待通过进一步随访进行研究。     

丙型肝炎基因型分布特点及流行分析

目的分析萍乡地区丙型肝炎患者的丙型肝炎病毒(HCV)基因型,了解本地区丙型肝炎分布及流行情况,为慢性丙型肝炎的诊断、治疗及预防提供有力的依据。方法利用门诊及住院患者血清HCV抗体阳性标本,经荧光定量PCR检测HCVRNA阳性标本102例,用基因芯片进行基因分型检测。结果检测HCV感染标本102例,共检出7种基因亚型,分别为1b、6型、2a、1b+2a、1b+3a、3a和3b,其中1b占72.6,6型占8.8,2a占7.8,1b+2a占5.9,1b+3a占2.9,3a占1.0,3b占1.0。结论萍乡地区HCV基因型主要为1b,6型为第2常见亚型,混合基因型感染较多;有吸毒史、外伤史、输血史三者合计76例,占74.5。安源区和湘东区所占比例较大。     

广东HCV进化与注射吸毒者HCV NS5B区正向选择位点的分析研究

目的 了解广东HCV进化与注射吸毒者(IDUs)HCV NS5B区正向位点的选择压力情况。方法 随机收集广东141(人)份HCV RNA阳性献血者和58(人)份HCV患者标本做HCV NS5B序列扩增,结合前期测序得到的2009年～2011年的献血者和IDUs HCV NS5B序列,用分子进化遗传学分析(MEGA)软件做同源性分析,贝叶斯进化分析抽样树(BEAST)软件包做进化分析,用Datamonkey在线软件包进化的混合效应模型(MEME)方法对IDUs分离的序列做选择压力分析,用进化分析软件Arlequin的Tajima和Fu中性检验分析种群扩张情况。结果 本组IDUs不同亚型内部同源性比较结果为：HCV-3b同源性最高(97%),其次为HCV-3a(96%),HCV-6a(95%)和HCV-1b(94%);HCV进化速率分析显示：HCV-1b的进化速率最快[2.17E-03替换数/位点/年(y/y/y)],其次为HCV-3b(2.12E-03 y/y/y),HCV-3a(1.58E-03 y/y/y)和HCV-6a(1.28E-03 y/y/y); HCV理论感染人数分析：19...     

102例丙型肝炎病毒基因分型结果分析

目的分析了解萍乡地区慢性丙型肝炎患者的丙型肝炎病毒(HCV)基因分型情况,为HCV诊断和治疗提供有力的依据。方法利用门诊及住院患者血清HCV抗体阳性标本,经荧光定量PCR检测HCVRNA阳性的102例标本用基因芯片进行不同基因分型检测。结果检测HCV感染标本102例,共检出7种基因亚型,分别为1b、6型、2a、1b+2a、1b+3a、3a和3b,其中1b占72.6%,6型占8.8%,2a占7.8%,1b+2a占5.9%,1b+3a占2.9%,3a占1.0%,3b占1.0%。结论萍乡地区HCV基因型主要为1b与中国南方地区HCV基因型分布比较一致。按照年龄分组20岁以下4例,占3.9%,20～30岁33例,占32.4%,30～40岁39例,占38.2%,40～50岁11例,占10.8%,50～60岁4例,占3.9%,60岁以上11例,占10.8%。青壮年和有吸毒史、外伤手术史、输注血液制品史的人群阳性率较高。     

云南和山西无偿献血人群HCV部分基因的核苷酸序列测定及基因分型

目的了解云南和山西2地无偿献血人群丙型肝炎病毒(HCV)的基因型分布及其差异。方法采用荧光定量PCR(Q-PCR),对所收集的203份ELISA检测抗-HCV阳性的无偿献血者标本(云南102份,山西101份)做核酸检测,对核酸阳性的标本做E1基因扩增和测序;E1基因阴性者,进一步做NS5B基因扩增;采用DNASTAR、Bi-oedit和Mega4等软件对E1、NS5B基因进行分析及分子进化研究。结果203份ELISA检测抗-HCV阳性的无偿献血者标本中,云南102份标本经Q-PCR检测出核酸阳性55份,从中扩增出E1基因43份,补做NS5B基因扩增获得阳性结果8份;山西省101份标本经Q-PCR检测出阳性46份,从中扩增出E1基因33份,补做NS5B基因扩增获得阳性结果6份。云南省献血者HCV基因型(亚型)可分为7种:1b[7.84%(4/51)]、2a[13.73%(7/51)]、3a[17.65%(9/51)]、3b[41.18%(21/51)]、6a[7.84%(4/51)]、6n[9.80%(5/51)]和6v[1.96%(1/51)];山西省献血者HCV基因型(亚型)较简单,可分为3种:1b[89.74%(35/39)]、2a[7.69%(3/39)]和3b[2.56%(1/39)]。结论我国云南和山西2地无偿献血人群中的HCV基因型(亚型)的分布存在明显的差异。     

广州地区无偿献血者HCV基因分型与病毒滴度的相关性研究

目的 探讨丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)6a亚型与病毒滴度的关系.方法 从2009年11月～2011年8月收集广州地区无偿献血人群中抗-HCV阳性标本527份,对其进行HCV核酸检测(nucleic acid test,NAT).对核酸阳性的标本采用罗氏COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HCV test进行病毒滴度的定量检测,以及采用NS5B基因扩增和直接测序法进行HCV基因分型的鉴定.对于标本的病毒滴度与基因分型采用SPSS16.0软件进行关联性分析.结果 527份抗-HCV阳性标本中,299份标本成功获得病毒滴度和分型结果.HCV 1型(1a+1b)、2型(2a)、3型(3a +3b)和6型(6a)的比例分别为48.8％,8.7％,12.4％和30.1％.统计分析结果表明,不同基因型之间的病毒滴度存在显著差异(F=6.675,P＜0.01).HCV 1型和6型的平均滴度分别为6.04,6.15 log10 IU/ml,均高于2型和3型(平均滴度分别为5.66和5.49 log10 IU/ml).结论 HCV 1b和6a是广东地区无偿献血者人群中流行的主要亚型.HCV 1型(1a +1b)和6型(6a)的病毒滴度显著高于2型和3型.HCV 6a在广东地区的流行和传播可能其较高病毒滴度有关.研究HCV基因分型与病毒滴度的关系的研究有助于广东地区HCV的防控策略以及各亚型治疗方案的制定.     

广州地区无偿献血人群HCVE1和NS5B基因的测序和分型

目的了解广州地区无偿献血人群丙型肝炎病毒部分基因的核苷酸序列和基因型分布。方法收集广州地区无偿献血人群中抗-HCV阳性标本201份,采用荧光定量PCR(Q-PCR)的方法对其进行核酸检测,阳性标本同时作HCVE1和NS5B基因扩增;核苷酸序列测定后运用DNASTAR,B ioEd it,M ega4.0等软件作序列分析和基因分型。结果 201份抗-HCV阳性标本的HCV RNA阳性率为54.23%(109/201),其中男性的HCV RNA阳性率为63.19%(91/144)、女性为31.58%(18/57)(P<0.05)。109份HCV RNA阳性的标本全部扩增出E1和NS5B基因,基因分型显示其HCV基因型比例依次为1b(46.79%)、6 a(33.03%)、3 a(10.09%)、2 a(5.50%)、3b(3.67%)、1 a(0.92%)。结论广州地区抗-HCV阳性的无偿献血人群HCV RNA阳性率男性高于女性,HCV毒株以1b和6 a亚型最多见。     

成都地区无偿献血者HCV基因型分布

目的研究成都地区献血者人群HCV感染的基因型分布。方法从血液筛查出的抗-HCV反应性血清标本中提取HCV RNA,RT-PCR获得HCV核酸C区及NS5B区序列片段,用MEGA软件构建序列进化树,分析HCV的亚型分布特征及可能的原因。结果对313例HCV RNA阳性标本分型结果如下,1b亚型283例,2a亚型14例,3b亚型7例,3a亚型3例,6a亚型5例,6u亚型1例;4和5基因型没有发现。结论在成都地区献血者人群感染的HCV中共有6个亚型分布。其中1b是绝对优势亚型,占90.41%(283/313);6u亚型在成都地区首次被检测到。     

河南地区慢性丙型肝炎患者丙型肝炎病毒基因型分布研究

目的调查河南地区慢性丙型肝炎患者丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)基因型的分布特点。方法 106例慢性丙型肝炎患者的血清标本,采用反转录PCR扩增HCV NS5B区,产物直接测序,并构建进化树进行HCV基因分型。结果 106例患者中HCV分型阳性95例(89.6%),共检出7种基因型:1a、1b、2a、2b、3a、3b、6a,其中1a亚型1例(1.1%)、1b亚型56例(58.9%)、2a亚型18例(18.9%)、2b亚型1例(1.1%)、3a亚型6例(6.3%)、3b亚型2例(2.1%)、6a亚型11例(11.6%)。结论河南地区慢性丙型肝炎患者HCV基因型以1b型为主,其次为2a和6a型,基因型的分布呈现多样化。     

深度测序法在检测HCV不同基因型/亚型混合感染中的应用

目的将深度测序法用于HCV感染者中不同基因型/亚型混合感染的检测。方法 2例HCV RNA阳性血浆标本(标记为1和2号标本),以NS5B和E1编码区为目的基因,经RT-PCR扩增后做sanger核苷酸序列测定,对其做基因分型发现2个编码区的分型结果后,重复3次NS5B基因PCR扩增;合并3次PCR产物用Ion TorrentTM半导体测序仪做深度测序。获得的序列用Geneious软件的"The map to reference algorithm"和"De novo assembly"2种方法做序列分析和比对,并用Mega 5构建进化树。结果 sanger测序:1、2号标本NS5B基因分型均为1b,E1基因分型均为2a;深度测序:2个标本均为HCV 1b与2a混合感染,其中The map to reference algorithm(Geneious)方法显示,1号标本中1b占92.7%、2a占3.8%、没有比对到的序列(unused seq)占3.5%,2号标本相应为84.3%、5.4%,没有比对到的序列占10.3%;De novo assembly(Geneious)方法显示,1号标本中1b占96.3%、2a占3.7%,2号标本相应为94.1%、5.9%。结论深度测序技术可以精确地获得HCV混合感染的不同基因型/亚型信息,De novo assembly(Geneious)分析HCV的深度测序数据更为精确和直观。     

武汉市区169例丙型肝炎患者HCV基因型状况分析

目的探讨武汉市丙型肝炎病毒基因型分布特点。方法采用巢式PCR扩增c DNA、基因测序法检测武汉市区169份抗-HCV阳性和HCV RNA增高患者的HCV基因型,目标检测基因型为1a、1b、2a、2b、3a、3b、4、5a、5b、6a共10个型。结果武汉市区169例HCV感染者血清中,基因1型115例(68.04%)、基因2型32例(18.93%)、基因3型16例(9.47%)、基因6型6例(3.55%),各基因亚型例数和其所占比例依次为1 b型113例(66.86%)、2 a型31例(18.34%)、3b型12例(7.10%)、6a型6例(3.55%)、3a型4例(2.37%)、1a型2例(1.18%)、2b型1例(0.59%),未检出4型、5a、5b和混合基因型,169例患者HCV以基因1b型为主。结论武汉市区丙型肝炎感染HCV主要基因型为1b型,其次为2a、3b、6a,而3a、1a、2b比例极低。     

慢性丙型肝炎患者血清基因型与HCV RNA的相关性研究

目的 研究丙型肝炎患者HCV基因型的分布,探讨基因型在性别上的分布以及基因型与HCV RNA病毒载量的相关性.方法 收集2010年5-12月来自40家医院的206例丙型肝炎患者的血清标本,采用瑞士罗氏公司生产的定量PCR试剂(罗氏试剂)对进行HCV RNA检测,应用雅培公司生产的Abbott RealTime HCV GenotypeⅡ试剂(雅培试剂)对206例丙型肝炎患者的血清标本进行基因分型,分析基因型在性别上的分布以及HCV基因型与HCV RNA病毒载量的相关性.结果 206份HCV RNA阳性血清标本中HCV1型(未具体分1a和1b型)占3.4%(7/206)、1a型占1.0%(2/206)、1b型占59.7%(123/206)、2型占15.5%(32/206)、3型占13.1%(27/206)、6型占2.9%(6/206)、1/6混合型占2.4%(5/206)、2/4混合型占0.5%(1/206),未分型占1.5%(3/206).132例基因1型和65例非基因1型(2型、3型和6型)患者HCV基因型在性别上的分布差异无统计学意义(x2=0.000,P＞0.05).188例患者不同基因型之间血清HCV RNA病毒载量差异有统计学意义(F=3.371,P＜0.05).将197例HCV单基因型患者按地区分为东、南、西、北、中5组,基因型1型与非基因1型在地区分布上差异无统计学意义(x2=5.840,P＞0.05).结论 丙型肝炎病毒感染以1b型为主,其次为基因2型.基因型在性别上的分布没有差异.基因1b型HCV RNA病毒载量高于基因3型,基因2型HCV RNA病毒载量高于基因3型,基因6型HCV RNA病毒载量高于基因3型.     

武汉地区丙型肝炎病毒基因型分布及其少见基因亚型系统进化树分析

目的研究武汉地区丙型肝炎病毒(HCV)基因型分布情况,构建HCV少见基因亚型系统进化树。方法收集武汉地区258例慢性丙型肝炎患者血浆样本,采用基于HCV非结构蛋白5B(NS5B)区的Sanger测序法对患者HCV进行基因分型,将HCV NS5B区测序结果与NCBI Genotyping tool中HCV基因型数据库进行比对,得到受检患者的HCV基因亚型,采用MEGA5.0软件对武汉地区HCV少见基因亚型进行系统进化树分析。结果 258例丙型肝炎患者样本均被成功分型,共检出6种基因亚型:1b型(71.32%)、2a型(20.16%)、6a型(3.49%)、3b型(2.71%)、3a型(1.16%)、1a型(1.16%)。武汉地区HCV少见基因亚型系统进化树被成功构建。结论武汉地区HCV优势基因亚型为1b型和2a型,6a型、3a型、3b型、1a型较少见。武汉地区3例3a型HCV可能由日本传入;大部分3b型HCV可能由越南传入,NO.379样本出现较大变异;6a型HCV可能由越南传入。     

某地区丙型病毒性肝炎患者HCV基因分型研究

目的 了解该地区丙型病毒性肝炎(以下简称丙型肝炎)患者丙型肝炎病毒(HCV)基因分型情况.方法 分别以ELISA和重组免疫印迹试进行血清标本抗HCV抗体筛查和确认,对抗HCV抗体阳性标本用实时荧光定量PCR进行病毒载量检测.对病毒载量大于103 copy/mL的标本用多重PCR进行HCV基因分型.结果 125例抗HCV抗体阳性标本中,HCV基因型主要为1b、2a、3a、1c、2c的检出率分别为58.4%、21.6%、3.2%、4.0%和8.0%.结论 该地区HCV感染主要以1b型为主,其次是2a和3a型,检出其他地区少见的1c和2c型,说明该地区丙型肝炎流行的基因型呈多样性.