高通量测序分析比较不同保存温度下牦牛酸奶细菌多样性

为了比较甘南牧区不同保存温度下牦牛酸奶细菌群落结构和多样性,采用Illumina NovaSeq高通量测序技术,对4种不同保存温度下甘南牧区牦牛酸奶细菌的16S rRNA V3-V4区基因序列进行测序,并对测序结果进行操作分类单元（OTU）聚类、α多样性和β多样性等分析。结果表明,4种不同保存温度下甘南牧区牦牛酸奶细菌多样性无显著差异（P＞0.05）,各分类水平细菌群落组成基本相同,仅组成比例存在一定差异。优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,其平均相对丰度分别＞75.87%、7.20%和3.52%,优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）和链球菌属（Streptococcus）,其平均相对丰度分别＞61.82%和11.88%。     

基于16S rRNA高通量测序的西藏农、牧区牦牛酸奶菌群多样性分析

运用高通量测序技术,对西藏农、牧区牦牛酸奶中细菌多样性及其差异进行分析,并探究环境因素对其差异形成的影响。样本层级聚类及主坐标分析结果显示农、牧区的样本菌群结构具有明显差异;多级物种差异判别分析及组间差异分析表明,农、牧区牦牛酸奶菌群的优势属均为厚壁菌门(Firmicutes)下的乳杆菌属(Lactobacillus)、乳球菌属(Lactococcus)及链球菌属(Streptococcus),上述3个属及其余7个丰度相对较低的属在不同区域牦牛酸奶中具有显著差异(P<0.05);对环境因子的回归分析和基于距离的冗余分析显示海拔高度对样本间差异的解释度大于年平均气温。本研究为进一步揭示自然环境与青藏高原发酵食品中微生物多样性之间的关系、筛选优良菌种提供参考。     

基于高通量测序分析进口大麦真菌多样性

文章介绍了高通量测序技术在食品安全及植物病害真菌检疫中的应用。利用Illumina-Hiseq测序技术,对进口和国产大麦的真菌多样性进行了研究。从澳大利亚、法国、加拿大和国产大麦样品中共获得331054个ITS序列,系统分类学分析将其归类为6门、25纲、50目、80科、115属、158种,表明样品的真菌多样性较高。进口大麦和国产大麦的优势真菌均以子囊菌门Ascomycota和担子菌门Basidiomycota为主,两者之和占到全部真菌的97.46%～99.97%;优势菌属为李维菌属Lewia、隐球菌属Cryptococcus、Udeniomyces菌属、埃里格孢属Embellisia、锁掷酵母属Sporidiobolus、赤霉属Gibberella、蜡蚧菌属Lecanicillium、链格孢属Alternaria、红酵母属Rhodotorula、曲霉属Aspergillus、格孢腔菌属Pleospora等。韦恩图分析结果显示法国、加拿大、澳大利亚和中国的大麦真菌群落种类差异较大,每个产地的大麦真菌群落有各自的特性真菌。文章利用高通量测序建立了进口和国产大麦真菌多样性生物信息学数据库,不...     

甘南牦牛曲拉中真菌群落结构

提取曲拉样品的DNA,选择合适的通用引物扩增ITS特定区域,采用Illumina高通量测序技术检测目标区域的序列变异和丰度,通过分析曲拉样品中真菌的Alpha多样性、物种分类组成及Beta多样性,以揭示甘南牦牛曲拉中真菌菌群的群落结构。结果表明,曲拉中具有高度的真菌多样性,并且不同来源样品的Shannon指数、Simpson指数、Chao1指数和ACE指数存在差异;在曲拉样品中共检测出6个门和123个属的真菌,所有样品中的共有优势门为子囊菌门(Ascomycota),共有优势属为毕赤酵母属(Pichia)和双足囊菌属(Dipodascus);采用非度量多维尺度分析和非加权组平均法聚类分析可以将曲拉样品分为3类,结果与样品来源一致;置换多元方差分析表明,不同来源的样品间真菌组成差异显著(P=0. 001); Spearman关联网络图表明,样品中真菌群落之间正相关占主导地位;研究结果可为牦牛曲拉的品质控制奠定基础。     

基于高通量测序技术分析霉变核桃仁真菌多样性

目的:研究核桃仁在适宜霉变条件(温度25 ℃、相对湿度85%)下的真菌侵染过程,揭示其霉变过程中真菌群落的结构与真菌群落样性变化。方法:采用Illumina Miseq高通量测序方法分析核桃仁霉变过程中的真菌群落组成和多样性。结果:子囊菌门是核桃样品霉变的主要真菌门类,相对丰度在27.41%~99.98%范围,其次是担子菌门,相对丰度在0.01%~32.56%范围。在真菌属水平上,霉变过程中的主要优势种群为镰孢菌属、链格孢属、赤霉属与曲霉属。1周内核桃仁的霉变过程可大致分为Ⅰ期(0~2 d)、Ⅱ期(3~4 d)、Ⅲ期(5~7 d)3个时期,Ⅱ期与Ⅰ期相比镰孢菌属出现明显的富集,Ⅲ期与Ⅱ期相比镰孢菌属、链格孢属与曲霉属出现明显的富集,Ⅲ期与Ⅰ期相比镰孢菌属、链格孢属与曲霉属出现明显的富集。结论:核桃仁霉变过程中真菌微生物群落的变化分为3个时期,真菌多样性呈下降趋势,镰孢菌属、链格孢属与曲霉菌属是其霉变的优势真菌种群。     

应用高通量测序法检测南疆传统酸奶中微生物多样性

采用高通量焦磷酸测序技术和传统培养法对3?份阿图什和1?份乌什传统发酵酸奶进行微生物群落多样性分析。结果表明：4?份样品在3?种培养基上的微生物数量和种类存在差异,即从MRS、YGC及?Lee氏培养基上得到的质量控制后细菌有效序列为20?669条,真菌质量控制后有效序列为293?677?条。在细菌水平上,厚壁菌门（Firmicutes）为各样品中占优势细菌门,丰富度最高,其次为变形菌门（Proteobacteria）;属于厚壁菌门的乳杆菌属（Lactobacillus）和链球菌属（Streptococcus）为其中占优势细菌属。在真菌水平上,子囊菌门（Ascomycota）为占优势真菌门,其次为担子菌门（Basidiomycota）;属于子囊菌门的酵母菌属（Saccharomyces）和克鲁维酵母属（Kluyveromyces）为占优势真菌属。本研究结果为新疆传统发酵酸奶微生物资源开发、应用提供了微生物多样性依据。     

应用Illumina Miseq测序分析川西高原传统牦牛发酵酸奶中细菌多样性

为探究传统发酵牦牛酸奶中细菌群落结构的多样性,本文采用Illumina Miseq高通量测序对川西高原不同地区的传统自然发酵牦牛酸奶样品进行细菌群落结构分析。结果表明,测序样品数8个,共获得375236条优化序列,平均每个样品46905条,共有88条不同的OTU;样品GC的α-多样性指数最佳,细菌群落多样性最高且分布均匀;巴塘县的两个样品相对其它县占仅有的OTU数最多,为31;8个样品在门水平上,细菌的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes),占总样本数量的98.33%~99.96%;在属水平上,主要细菌属为乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)、厌氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus)、巨型球菌属(Macrococcus)和魏斯氏菌属(Weissella),乳杆菌属(Lactobacillus)是所有样品的优势菌属,相对丰度占比69.31%~99.92%;根据样品的Heatmap和PCoA分析8份样品在属水平和种水平上的群落结构相似,具有细微的差异,不同地区的牦牛酸奶中的群落结构具有差异性和相似性。本研究结果为川西高原传统发酵牦牛酸奶微生物资源开发应用提供了理论依据。     

基于高通量测序技术分析豆腐乳中微生物多样性

采用高通量测序技术对4种不同来源发酵豆腐乳中微生物的多样性和丰度进行比对分析。结果表明,纯种发酵与自然发酵豆腐乳样品微生物菌群多样性差异较大,从不同豆腐乳样品中共检测得到3个优势细菌门（平均相对丰度＞1%）、6个优势真菌门、13个优势细菌属和19个优势真菌属;共有优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、乳杆菌属（Lactobacillus）、透明颤菌属（Vitreoscilla）、魏斯氏菌属（Weissella）、不动杆菌属（Acinetobacter）和明串珠菌属（Leuconostoc）,其中,假单胞菌属在自然发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（62.05%）;共有优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）、曲霉属（Aspergillus）、德巴利氏酵母属（Debaryomyces）、短梗霉属（Aureobasidium）、假丝酵母属（Candida）和有孢圆酵母属（Torulaspora）,其中酵母属在纯种发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（44.42%）。     

基于高通量测序分析湘派卤牛肉冷藏过程中真菌多样性

目的 探究湘派卤牛肉冷藏过程中真菌菌群变化规律及其多样性。方法将湘派卤牛肉于4℃下贮藏16 d,每间隔4 d采样,利用高通量测序技术对样品中的真菌进行检测。结果 湘派卤牛肉在冷藏过程中真菌多样性呈先下降后上升的趋势。在门水平上,被孢霉门(Mortierellomycota)为优势菌门,相对丰度为22.3%～51.9%。其次为子囊菌门(Ascomycota),相对丰度为22.6%～42.0%。最后为担子菌门(Basidiomycota),相对丰度为6%～40.3%。在属水平上,优势菌属主要为:f＿Mortierellaceae;g＿unidentified、散尾鬼笔属(Lysurus)和伊萨酵母属(Issatchenkia)。主坐标分析显示4与12 d之间微生物结构差异较小,0、8、16 d之间微生物结构差异较大,两个主坐标叠加解释度达79.35%;经UPGMA聚类算法构建的真菌聚类堆叠树状图显示,5种样品可分为4个大类,其中LNR4 d、LNR12 d菌群差异不大为一类,LNR0 d、LNR8 d、LNR16 d菌群差异较大各聚为一类。结论 本研究通过对比不同冷藏时间下湘派卤牛肉的真菌...     

高通量测序分析不同增菌温度下冷鲜鸡肉细菌的群落多样性

采用Ion Torrent个人化操作基因组测序仪高通量测序技术,对冷鲜鸡肉贮藏过程中的细菌在4?℃与37?℃两种增菌温度下群落结构、相对丰度及演替规律进行深入研究。结果表明：在门水平上,变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门为3?大菌门。在属水平,4?℃条件下,贮藏前期（0～4?d）以假单胞菌属、希瓦氏菌属、不动杆菌属为主要的优势菌属,其中假单胞菌占最大的比例,最高达44.03%;在贮藏中后期（6～12?d）,类香味菌属迅速增加,含量大于假单胞菌属,成为冷鲜鸡肉贮藏中后期的优势腐败菌。在37?℃条件下,柠檬酸杆菌属、变形杆菌属、乳球菌属及未知其他菌属在贮藏前期占主要优势;到贮藏中后期,以类香味菌属、污蝇杆菌属为主,对冷鲜鸡肉腐败变质有着重要的影响。两种增菌温度下细菌群落多样性及菌群结构变化,反映了冷鲜鸡肉潜在的卫生质量风险,为后期冷鲜鸡肉冷藏过程或贮藏中温度失控情况下有效实施冷鲜鸡肉质量安全监测提供技术参考。     

基于高通量测序技术分析青藏高原风干牦牛肉中细菌多样性

为探究青藏高原风干牦牛肉中细菌菌群的组成和多样性,采用高通量测序技术,分析西藏不同地区风干牦牛肉中细菌菌群的组成和多样性之间的差异。本研究获得西藏那曲、昌都、日喀则、拉萨、山南的有序序列分别为:56869、110798、71633、86532、60861条,OTU数为:1887、1567、2234、6021、2190。在门分类上的优势菌那曲、日喀则、拉萨以及山南组为厚壁菌门和放线菌门,昌都组为变形菌门和厚壁菌门。在科分类上,那曲组优势菌为乳酸杆菌科,昌都组为肠杆菌科,日喀则组为间孢囊菌科,拉萨组为微球菌科,山南组为棒状杆菌科。在属分类上,那曲组为乳酸杆菌属,昌都组为假单胞菌属,日喀则和山南组均为棒状杆菌属,拉萨组为节杆菌属,表明西藏不同地区风干牦牛肉在菌落组成和丰度上有所不同。结果发现风干牦牛肉中既存在对品质与风味形成的有益菌,也存在优势腐败菌以及致病菌。这或与藏区农户对原料肉的前处理以及制作环境有一定关联。该结果可为后续改进风干牦牛肉的制作提供参考,也可为防范食品致病菌及腐败菌危害,提高藏区农户的生产加工卫生安全意识提供借鉴。     

基于高通量测序解析不同品种蓝莓表面菌群结构的多样性

为了解蓝莓果实表面真菌菌群多样性,明确不同品种蓝莓表面的优势菌群,采用高通量测序技术分析北陆、蓝金、莱克西、奥尼尔蓝莓中ITS1区基因序列,比较不同品种蓝莓表面微生物群落结构组成及多样性差异。结果发现:蓝莓主要的优势属为枝孢属、链格孢属;优势种为枝孢菌、链格孢、枝孢霉。由Simpson指数可知微生物群落丰度及群落多样性由高至低为莱克西、北陆、奥尼尔、蓝金。不同品种蓝莓表面的菌群结构与品种存在一定的聚类关系:北陆和莱克西群落结构相似度较高,而其它样品间微生物群落差异较大,各品种蓝莓表面的主要菌落相对丰度差异较大,枝孢菌、链格孢、枝孢霉为主要差异菌种。研究初步明确了蓝莓表面菌群结构的多样性,为保证蓝莓贮藏期间的品质安全提供一定的理论支持。     

基于高通量测序技术的不同产地腐乳微生物多样性分析

为了解我国不同产地及风味腐乳中微生物的多样性。本研究基于高通量测序（high throughput sequencing,HTS）技术,对16种不同产地的腐乳样品中的微生物群落的多样性和差异性展开分析研究。细菌多样性结果显示,在属水平上,腐乳中含量最丰富的是芽孢杆菌属（Bacillus）和乳酸菌属（Lactobacillus）,这两个属也分别代表了腐乳发酵后期的优势菌群;真菌多样性结果显示,腐乳中含有大量曲霉属（Aspergillus）和放射毛霉属（Actinmucor sp.）等水解酶产生菌;化学成分测定结果显示,不同产地对于腐乳中的化学成分具有一定的影响,腐乳中可溶性蛋白含量以及氨基氮含量与样品中的芽孢杆菌分布呈现正相关;主坐标分析结果显示,16种产地的腐乳样品中的真菌菌群结构与地区存在一定的聚类关系,具体表现为中国东部地区的真菌（ZJ2、ZJ4、ZJ5、ZJ6、SH9、AH11和JX12）可以归为一组,说明腐乳的真菌群落可能受地理因素的影响。本研究加深了对腐乳中微生物群落多样性的了解,为提高传统发酵调味品的品质提供理论支持。     

基于高通量测序技术分析青藏高原牦牛和犏牛乳中微生物多样性的研究

为探究牦牛和犏牛生鲜乳中微生物的组成和多样性,采用高通量测序技术分析两种生鲜乳的16S rDNA V4区域,并进行生物信息学对比分析.结果显示:97％的一致性共得到5516个OTUs,微生物门水平的比较表明变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)及放线菌门(Actinobacteria...     

基于MiSeq高通量测序技术宣恩地区米酒微生物多样性解析

采用MiSeq高通量测序技术对湖北省恩施土家族苗族自治州宣恩县的3个米酒样品微生物多样性进行了解析,结果发现米酒中的细菌主要为隶属于Firmicutes(硬壁菌门)的Pediococcus(片球菌属,74.10%)、Bacillus(芽孢杆菌属,6.32%)和Lactobacillus(乳杆菌属,3.03%)以及隶属于Proteobacteria(变形菌门)的Pseudomonas(假单胞菌属,3.58%)、Acinetobacter(不动杆菌属,1.22%)和Enterobacter(肠杆菌属,1.08%),真菌主要为隶属于Ascomycota(子囊菌门)的Wickerhamomyces(异常威克汉姆酵母属,44.67%)、Saccharomycopsis(扣囊复膜酵母,23.10%)和Trichomonascus(1.20%)以及隶属于Mucoromycotina(毛霉亚门)的Amylomyces(淀粉菌,27.06%)。细菌和真菌的核心OTU包含序列条数占总序列数的89.88%和98.80%。由此可见,宣恩地区米酒存在大量的核心细菌和真菌类群。

     

基于高通量测序与培养基鉴定法分析不同省份不同养殖模式下小龙虾菌群的多样性

本研究以安徽霍邱、江苏盱眙、湖北荆州三地的小龙虾作为研究对象,在荆州另取稻虾互作和养殖塘两种模式的环境样本。利用高通量技术做菌相分析,利用培养基鉴定法进行分离纯化鉴定,验证优势菌种类和数量。结果表明:荆州两组小龙虾初始菌数略低于盱眙和霍邱小龙虾,选择培养基上差别较小。高通量测序结果表明,科水平上三地小龙虾的优势菌主要为气单胞菌科和肠杆菌科;稻虾塘土壤菌群丰度远高于养殖塘,水体菌群较相似。属水平上,荆州稻虾塘、养殖塘、盱眙和霍邱四组小龙虾样本菌群丰度存在差异,但气单胞菌属和不动杆菌属都占较高比例,依次为41.8%、1.8%,12.4%、11.4%,24.5%、27.5%,40.1%,13.0%。荆州稻虾塘小龙虾优势菌还包括乳球菌属和柠檬酸杆菌属,养殖塘样本存在哈夫尼亚菌属和乳球菌属,盱眙与霍邱小龙虾样本优势菌均有微小杆菌属和柠檬酸杆菌属。培养基结果表明三地小龙虾优势菌均主要为气单胞菌属、哈夫尼亚菌属和柠檬酸杆菌属,与高通量结果相符。     

基于高通量测序技术分析东北豆酱的微生物多样性

为了解东北市售豆酱中的微生物多样性及其结构组成,本研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术,对东北市售5种常见豆酱进行细菌16S rDNA V4区及真菌ITS1~2区基因序列分析,探究其微生物的群落结构组成及其多样性。结果表明,5种豆酱中细菌有效序列共131462条,1732个OUT,真菌有效序列120336条,1040个OUT。样本在门的水平上,优势细菌门是厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),真菌为子囊菌门(Ascomycota)。在属水平上,细菌主要为葡萄球菌属(Staphylococcus)、肠杆菌属(Enterobacter)、明串珠菌属(Leuconostoc)、芽孢杆菌属(Bacillus)、色盐杆菌属(Chromohalobacter)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)。真菌主要为接合酵母属(Zygosaccharomycse)、曲霉属(Aspergillus)、赤霉属(Gibberella)、毛霉菌属(Mucor)、青霉菌属(Penicillium)。经OTU稀释性曲线的验证,能够证明本次实验结果覆盖了样品中绝大多数物种,实验结果较准确。综上所述,通过对豆酱进行高通量测序研究,发现其微生物群落和风味与其地理位置以及加工方式存在一定关系,加深了对成品豆酱中微生物群落结构和多样性的认识,能为今后豆酱的生产、保藏和优良菌种选育提供一定的理论支持。     

基于高通量基因测序分析腐乳微生物多样性

研究腐乳生产过程中环境微生物对其品质及风味的影响.选择自然发酵腐乳和纯种发酵腐乳,通过高通量基因测序技术鉴定腐乳中微生物的多样性和丰度,其中细菌采用16S rDNA测序,真菌采用ITS1测序.结果 表明,在细菌门水平上,变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bactero...