结合QSAR、分子对接和动力学模拟剖析小分子与不同受体的结合亲和力

本文从三种不同的角度分析小分子与受体的结合情况,互相补充,为探讨不同类型结合模式提供有用的信息和研究手段。利用比较分子相似性指数法(CoMSIA)和分子全息定量构效关系法(HQSAR),建立一系列小分子与不同受体(AhR和TTR)亲和力活性数据的定量构效关系预测模型。结果表明模型均具有较高稳定性和预测能力(q~20.55,r~20.85)。同时,根据CoMSIA模型的等值线图和HQSAR模型的原子贡献图得出BDE154和BDE019与受体之间的结合作用方式,主要为疏水作用,带羟基基团化合物不利于与受体结合。此外,分子对接结果表明模型的结合力类型分别为疏水作用和π-π堆积作用。而分子动力学模拟的结果表明,随着小分子的加入,受体的二级结构发生转变。     

雌激素β受体喹啉类配体的分子对接及3D-QSAR研究

对33个喹啉衍生物的雌激素β受体活性进行了分子对接以及比较分子力场分析(CoMFA)和比较分子相似性指数分析(CoMSIA). 对接结果显示氢键和疏水作用是配体与受体结合的主要因素,同时结果亦显示对接结合能与观测值pIC50具有极显著的线性相关性. 根据对接后各优势构象将33个样本进行叠合并进行CoMFA与CoMSIA研究,均得到了较优的结果,其中以选用立体场、静电场和疏水场建立的CoMSIA模型结果最优,其主成分数,r2,q2（LOO）和r2pred分别为2, 0.894, 0.708和0.802. 构效关系模型分析显示基团的空间位阻、电性及疏水作用是影响活性的主要因素     

家蝇与大鼠GABA受体抑制剂的药效团模型及其3D-QSAR研究

采用DISCOtech方法,用7个大鼠γ-氨基丁酸(GABA)A受体抑制剂和11个家蝇GABAA受体抑制剂分别建立了其药效团模型;用CoMFA方法建立了22个大鼠GABAA受体抑制剂和29个家蝇GABAA受体抑制剂的3D-QSAR模型,模型的交叉验证相关系数分别为0.526和0.679,验证了药效团模型的合理性,为设计更高活性和更高选择性的化合物提供了参考     

N-取代-3-吲哚乙酰胺类α1-肾上腺素受体拮抗剂的设计、合成及其3D-QSAR研究

结合α1-受体拮抗剂的构效关系和我们应用计算机辅助药物设计方法所构建的药效团模型,设计合成了一系列N-取代-3-吲哚乙酰胺类化合物,并评价其α1-受体拮抗作用.初步生物活性测试表明,所合成的目标化合物多数具有较好的α1-受体拮抗活性.并应用SOMFA方法进行分子结构特征和α1-受体生物活性之间的关系研究.     

内消旋和外消旋-2,3-二异丁酰氧-2,3-二苯基丁二腈的晶体结构和分子结构: 受-授取代基效应对分子构象的影响

1979年Viehe等人提出了受-授取代基效应(capto-dative substituent effect)的概念,认为在六取代乙烷(1)中,除吸电子取代基CN外,有给电子取代基R,则1比较容易均裂成取代甲基自由基2。近年来,受-授取代基效应引起了许多研究者的兴趣,但对具有受-授取代基的多取代乙烷的分子结构和晶体结构,尚鲜见报道。