淮安食管鳞癌与癌旁组织中差异表达microRNAs的初步分析

目的：初步筛选淮安食管鳞癌与癌旁组织中差异表达的microRNAs,为进一步研究与肿瘤相关的microRNA在食管鳞癌发病机制中的作用奠定基础。方法：选取3例食管鳞癌病人癌组织及其癌旁组织为样本,采用AgilentTM高通量的microRNA微阵列芯片检测miRNAs的表达水平,应用配对t检验分析芯片数据,筛选食管鳞癌组织和癌旁组织中差异表达的内源性microRNAs。结果：MicroRNA微阵列芯片检测的866个人类相关microRNA探针中,食管鳞癌组织与配对癌旁组织样本表达差异有统计学意义的microRNAs有15个（P〈0.05）：其中表达上调的有7个,分别为hsa-miR-20a,hsa-miR-155,hsa-miR-574-5p,hsa-miR-21＊,hsa-miR-183,hsa-miR-60 1,hsa-miR-623;表达下调的有8个,分别为hsa-miR-186,hsa-miR-10a,hsa-miR-144,hsa-miR-338-3p,hsa-miR-192,hsa-miR-218,hsa-miR-45 1,hsa-miR-139-5p。结论：在食管鳞癌组织和癌旁组织中初步筛选了15个差异表达的microRNAs,它们可能与食管鳞癌的发生和发展相关。     

感染土拨鼠乙肝病毒的小鼠非瘤组织与肝细胞癌的差异表达基因

目的 确定土拨鼠HBV引发的肝癌组织和非癌组织中差异表达的基因。方法 通过抑制消减杂交法克隆土拨鼠HBV引发的肝癌组织和非癌组织中差异表达的基因；对差异表达基因进行DNA序列测定后于GeneBank内分析共同源性；应用原位杂交确定差异基因在肝癌组织和非癌组织中的特异性表达。结果 通过抑制水服装厂 杂交共得到了14条肿瘤组织差异表达的基因片段，其中，肿瘤组织和非瘤组织共有的8条基因与GeneBank中的已知基因同源，肿瘤组织来源的5条基因和非瘤组织来源的1条基因在GeneBank中未找到同源基因，原位杂交差异基因在肝癌组织和非癌组织中均为特异性表达。结论 通过抑制消减杂交获得了14条肝癌组织和非癌组织差异表达的基因。为理解HBV诱发肝癌的机理提供了一定的理论依据。     

基于生物信息数据挖掘对卵巢浆液性癌差异表达基因筛选及分析

目的:利用生物信息学对卵巢浆液性癌的差异表达基因进行筛选及分析,探索浆液性卵巢癌的潜在治疗靶点。方法:从GEO数据库下载卵巢癌数据集GSE10971、GSE54388、GSE14407,用GEO2R筛选差异表达基因,DAVID数据库进行GO及KEGG富集分析,String数据库构建蛋白互作网络,同时利用Cytoscape获取关键基因,GEPIA数据库分析关键基因的表达情况,UCSC Xena对关键基因进行分层聚类分析,并通过cBioPortal分析关键基因的共表达网络。结果:筛选获得114个差异表达基因,包括41个下调基因及73个上调基因。主要涉及调整细胞周期、有丝分裂、染色体分离等细胞学过程,富集于细胞周期、p53信号通路、细胞衰老等信号通路。从差异表达基因筛选出49个关键基因,在卵巢癌中均呈高表达,其中21个基因的表达与卵巢癌分期相关,BIRC5基因的表达与卵巢癌患者的总生存期相关。结论:利用生物信息学对卵巢浆液性癌差异表达基因功能及信号通路的相关研究,为改善卵巢浆液性癌的预后提供了治疗靶点。     

食管鳞状细胞癌差异表达基因的筛选及功能分析

目的 通过生物信息学方法分析食管鳞状细胞癌组织与癌旁正常组织之间的差异表达基因及关键基因。方法 自基因表达综合（GEO）数据库下载的基因芯片数据集GSE38129、GSE17351、GSE92396中筛选出食管鳞状细胞癌与癌旁正常组织之间的差异基因,通过DAVID数据库对差异基因行功能富集分析,通过京都基因与基因组百科全书（KEGG）数据库对差异基因进行相关通路分析,通过Cytoscape构建蛋白-蛋白互作网络并从中找出关键基因,应用UALCAN数据库对关键基因进行表达分析。结果 本研究共筛选出食管鳞状细胞癌与癌旁正常组织中共同表达差异且差异有统计学意义的基因250个。差异基因主要作为细胞组件（CC）中的细胞-细胞黏附连接、细胞外环境等参与生物学途径（BP）中的核糖核酸聚合酶Ⅰ启动子转录的正调控、氧化还原反应、细胞黏附等作用,参与的分子功能（MF）有蛋白质结合、钙离子结合、细胞间黏附等功能。后从250个基因中筛选出13个关键基因,13个基因在食管鳞状细胞癌组织与正常食管组织中的表达情况比较,差异均有统计学意义（P﹤0.05）。结论 通过生物信息学的方法对差异基因和关键基因进行分析,探寻...     

食管鳞状细胞癌差异表达基因的生物信息学分析

目的:应用生物信息学方法挖掘食管鳞状细胞癌(ESCC)的相关基因,探讨其发病机制,为ESCC诊断和靶向治疗提供依据。方法:从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库下载基因芯片数据集GSE100942和GSE17351,利用其分析工具GEO2R筛选ESCC的差异表达基因(DEGs)。运用数据库DAVID进行GO功能和KEGG通路富集分析,应用Cytoscape软件和STRING数据库构建相互作用网络和关键基因模块,挖掘ESCC靶基因。进一步通过ONCOMINE和UCSC数据库的临床组织样本证实靶基因与ESCC的关系。结果:共筛选出80个DEGs,富集分析显示差异基因在细胞分裂、胶原纤维组织、有丝分裂胞质分裂、纺锤体、中间体等方面存在显著富集。共挖掘出11个ESCC靶基因,经证实均在临床ESCC组织样本中存在显著高表达。其中NUSAP1、KIF20A、DEPDC1、TTK、CCNB1、NCAPG、AURKA这7个靶基因尚未在ESCC中有研究。结论:通过生物信息学挖掘出的与ESCC相关的7个新靶基因,可能是未来研究ESCC发病机制、临床诊断和治疗的重要靶点。     

用高密度cDNA微阵列技术检测鼻咽癌差异表达基因

背景与目的：鼻咽癌的发生与发展涉及多个步骤,多个因素的参与,对此目前尚缺乏了解,本研究试图通过大规模检测鼻咽癌的基因差异表达来揭示鼻咽癌的差异表达基因谱,以发现与鼻咽癌发生,发展相关的新的候选基因。方法：用由18000个基因构建的高密度cDNA微阵列对21例鼻咽癌分3个样本池分别检测并与鼻咽非癌组织作对比分析。随机选2个基因用半定量RT－PCR验证检测结果。结果：3个样本池鼻咽癌差异表达基因分别为186个,95个和36个,总数达317个,表达上调的277个,表达下调的40个,差异表达基因中2个样本池以上有共同差异表达的基因有23个,表达上调的16个,表达下调的7个,其中3个样本池表达均有差异者6个,5个上调,1个下调,5个上调的基因中2个是已知基因,3个是未知基因,1个下调的是未知基因。结论：本研究揭示了鼻咽癌的基因表达谱,为了解鼻咽癌发生,发展的分子机理提供了大量信息,为寻找鼻咽癌相关基因提供了重要线索。     

子宫肉瘤差异表达基因生物信息学分析

目的:筛选子宫肉瘤（uterine carcinosarcoma,UCS）进展相关的核心差异基因（differentially expressed genes,DEGs),探讨其生物学作用并筛选预后相关生物标志物。方法:从美国国立生物数据中心下的 GEO数据库获取包含子宫肉瘤和正常组织的表达数据集GSE64763,使用Limma包筛选差异基因。对筛选得到的差异基因运用ClusterProfiler包进行GO和KEGG分析,并通过蛋白互作网络(protein protein interaction network,PPI)在线平台String和Cytoscape（3.7.2）软件对DEGs分析,筛选核心基因。再基于GEPIA（gene expression profiling interactive analysis)数据库,验证核心基因的表达与预后关系。结果:共筛选出861个DEGs,其中上调DEGs 426个,下调DEGs 435个。富集GO主要生物活性信号15条,主要包括染色质结合、DNA转录活性激活、细胞外基质组成等生物过程。富集KEGG信号15 条,主要包括细胞循环通路、DNA复制通路、p53信号通路。成功筛选出核心基因网络,包含DEGs 10个,均为上调基因。通过GEPIA数据库验证后得到与UCS预后相关的差异基因CENPA。结论:UCS差异表达基因主要集中在染色体结合活性、DNA复制活性、细胞循环通路与p53信号通路等。CENPA基因可能为UCS早期诊断的生物标志物和治疗的潜在靶点。     

基于生物信息学筛选早发性乳腺癌差异表达基因

目的筛选并分析与早发性乳腺癌发生、发展相关的靶基因。 方法(1)在美国国立生物技术信息中心的公共基因芯片数据库(GEO)中检索早发性乳腺癌样本及非早发性乳腺癌样本相关基因芯片数据。对上述数据使用GEO2R、R4.1.2及Venn软件筛选出相关差异表达基因(DEGs),并运用在线分析工具(Web Gestalt)对DEGs,进行相关功能和信号通路富集分析。(2)同时,通过String在线数据库构建DEGs编码的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并利用Cytohubba插件对该网络中的基因进行评分,筛选出枢纽基因。将枢纽基因导入Kaplan-Meier生存分析工具(Kaplan-Meier Plotter),评估枢纽基因在早发性乳腺癌的预后价值。(3)将肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中的肿瘤组织以年龄为标准进行分组,分析枢纽基因在各年龄组中的表达,并与正常组织中的表达进行比较,对得到的枢纽基因进行验证。DEGs表达量的多组间比较使用Kruskal-Wallis H检验,使用Bonferroni法进行两两比较。 结果(1)筛选出编号为GSE89116、GSE109169、GSE36295的基因芯片数据集,共得到80个差异表达基因,其中上调差异表达基因17个,下调差异表达基因63个。富集分析显示：DEGs主要富集在脂质代谢和氧化还原过程以及PPAR信号通路、AMPK信号通路上。(2)在PPI中发现主要的关键基因为PPARG、ADIPOQ、LIPE、PCK1、PDK4、ACACB、PLIN1、CAV1、CD36、ANGPTL4。ACACB、ADIPOQ、CAV1、LIPE、PLIN1、PPARG基因的低表达与乳腺癌患者的不良OS相关(HR＝0.69、0.84、0.76、0.88、0.78、0.82;95%CI：0.59~0.80、0.76~0.93、0.67~0.83、0.79~0.97、0.70~0.86、0.73~0.90;P均<0.050)。(3)ACACB、ADIPOQ、LIPE、PLIN1、CAV1及PPARG这6个与预后相关的基因在正常组织中的表达量均远高于各年龄组肿瘤组织中的表达量(χ²＝104.03、179.57、161.85、189.87、118.56、103.62,P均<0.001),早发性乳腺癌组(21~40岁)的LIPE、PLIN1表达量低于41~60岁、61~80岁年龄组,差异具有统计学意义(LIPE: Z＝21.07、23.12, P均<0.050; PLIN1：Z＝16.89、18.76, P均<0.050)。 结论早发性乳腺癌与非早发性乳腺癌存在差异基因表达谱,LIPE、PLIN1可能是早发性乳腺癌发生、发展的关键基因。     

结直肠癌肝转移差异表达基因与信号通路分析

目的：探讨结直肠癌（colorectal cancer, CRC）肝转移的关键基因和分子机制,为CRC肝转移的治疗提供潜在靶点和生物标志物。方法: 基于生物信息学方法从GEO 数据库下载CRC 肝转移基因表达数据集,筛选差异表达基因（differentially expressed gene, DEG）,利用DAVID 在线工具对DEG进行GO和KEGG富集分析,构建蛋白互作（protein-protein interaction, PPI）网络图,筛选出CRC关键基因并进行预后分析。结果: 从183 例CRC组织标本和39 例CRC肝转移组织标本中筛选出321 个DEG,其中上调基因153 个、下调基因168 个。GO和KEGG富集分析结果显示,DEG的功能主要涉及蛋白质激活级联反应、炎症反应、细胞外基质、血小板脱颗粒、补体与凝血级联反应等。PPI 网络图筛选出8 个CRC 关键基因为ALB、APOB、FGA、F2、APOA1、SERPINC1、FGG和AHSG。生存分析发现,SERPINC1、FGG表达高的患者预后不良（均P<0.05）。结论: DEG的生物学功能和信号通路与CRC肝转移的发生发展相关,8 个CRC关键基因可能是CRC肝转移治疗的潜在靶点,SERPINC1、FGG可能成为新的预后标志物。     

肺巨细胞癌高低转移株差异表达基因的鉴定

目的 从两株同源但转移能力不同的人肺巨细胞癌细胞株中分离并鉴定差异表达基因。方法 应用抑制消减杂交(SSH)技术,对来源相间、转移能力不同的人肺巨细胞癌细胞株PLA-801C和PLA-801D进行了两次实验。第1次SSH实验以PLA-801C株为实验方,第2次实验以PLA-801D株为实验方。将获得差异表达的片段点在氨基化的玻片上做成基因芯片,利用荧光标记的探针与芯片杂交,选取差异表达克隆,并利用RNA狭缝杂交或Northern杂交对若干片段进行验证。结果 在低转移肺巨细胞癌细胞株中,高表达的序列有16条;在高转移肺巨细胞癌细胞株中,高表达的序列有79条。测序后经过同源性分析,大部分序列均与已知序列高度间源,主要编码以下几类蛋白：(1)细胞因子及其受体相关蛋白;(2)激酶及其相关蛋白;(3)其他蛋白,包括酶类、热休克蛋白、受体蛋白、细胞骨架蛋白、线粒体蛋白和癌基因编码产物等;(4)一些未知功能的蛋白或是从核酸序列推出来的假想蛋白。结论 HSP70、AXL受体酪氨酸激酶和14-3-3ξ等多种已知基因表达情况的改变,可能影响肺癌的转移过程,此外还发现了一些可能的肿瘤转移相关新基因。     

基因芯片筛选多形性胶质母细胞瘤差异表达基因和通路

目的 利用基因芯片技术和生物信息学分析方法,筛选出多形性胶质母细胞瘤相关的核心基因和信号通路,为寻找多形性胶质母细胞瘤早期诊断和靶向治疗潜在标志物提供依据。方法 从GEO数据库中获取多形性胶质母细胞瘤mRNA表达谱芯片原始数据,利用R软件分析得到明显差异表达基因（differentially expressed genes, DEGs）,对DEGs进行功能注释（GO ontology）和KEGG信号通路（KEGG signaling pathway）富集,进一步构建蛋白质相互作用网络（protein-protein interaction network, PPI）,筛选核心基因,最后利用TCGA肿瘤数据库进行验证。结果 通过Pearson聚类分析发现肿瘤和正常组织聚类区分明显,说明表达谱结果可靠;差异基因共2 142个,其中上调基因968个,下调基因1 174个;GO和KEGG富集结果显示,差异基因的功能主要涉及细胞周期、细胞分裂和增殖、突触传递等生物学功能和通路,通路网络分析表明MAPK信号通路起核心调控地位。通过构建PPI网络筛选出9个与GBM密切相关的核心基因,进一步利用TCGA肿瘤数据库验证,与芯片结果一致。结论 KEGG信号通路和核心基因可能揭示了多形性胶质母细胞瘤发生发展的分子机制,核心基因可能用作多形性胶质母细胞瘤的早期诊断的分子标志物和治疗靶点。     

Screening of Differentially Expressed Genes Related to Bladder Cancer and Functional Analysis with DNA Microarray

Objective: The purpose of this study was to identify genes related to bladder cancer with samples from normaland disease cases by microarray chip. Methods: After downloading the gene expression profile GSE3167 fromGene Expression Omnibus database which includes 50 bladder samples, comprising 9 normal and 41 diseasesamples, differentially expressed genes were identified with packages in R language. The selected differentiallyexpressed genes were further analyzed using bioinformatics methods. Firstly, molecular functions, biologicalprocesses and cell component analysis were researched by software Gestalt. Then, software String was used tosearch interaction relationships among differentially expressed genes, and hub genes of the network were selected.Finally, by using plugins of software Cytoscape, Mcode and Bingo, module analysis of hub-genes was performed.Results: A total of 221 genes were identified as differentially expressed by comparing normal and disease bladdersamples, and a network as well as the hub gene C1QBP was obtained from the network. The C1QBP module hadthe closest relationship to production of molecular mediators involved in inflammatory responses. Conclusion:We obtained differentially expressed genes of bladder cancer by microarray, and both PRDX2 and YWHAZ inthe module with hub gene C1QBP were most significantly related to production of molecular mediators involvedin inflammatory responses. From knowledge of inflammatory responses and cancer, our results showed that,the hub gene and its module could induce inflammation in bladder cancer. These related genes are candidatebio-markers for bladder cancer diagnosis and might be helpful in designing novel therapies.     

胃癌患者外周血与癌组织基因差异表达比较

[目的]利用基因芯片技术筛选与早期胃癌癌变相关的基因.[方法]用U133A基因芯片分别检测胃癌组(T)、癌旁上皮组(P)和切缘正常胃黏膜上皮组(C)及胃癌患者外周血(WB)和正常对照组外周血(NB)的基因表达谱,对荧光强度进行扫描并数字化,用专业软件对检测结果进行分析.[结果]胃癌、癌旁和正常胃黏膜上皮相比,有327个基因共同表达上调,211个基因共同表达下调.胃癌和癌旁上皮同时有差异表达的基因中,在外周血也有差异表达,其中同时表达上调有39个,同时表达下调有4个.[结论]虽然在癌旁上皮病理组织图像上尚未见异常,但在基因表达水平上已经显示有多个与胃癌相关基因表达.尤其在患者外周血有核细胞的基因表达中,也发现某些基因与胃癌及癌旁基因差异表达正相关.提示这些基因可能与早期胃癌的启动和演化有关,通过外周血有核细胞基因芯片检查可能早期发现胃癌患者,提高患者的治愈率.     

宫颈癌组织高危HPV18 L1基因的克隆及序列分析

 目的克隆和分析人乳头瘤病毒18型晚期表达基因L1序列,为HPV感染的检测和基因工程疫苗研制提供基础。方法采用PCR技术扩增了1例HPV18阳性宫颈腺癌患者癌组织中HPV18L1基因,并对其进行了克隆及全序列分析。结果本例宫颈癌临床标本HPV18L1基因与GenBank收录的原型比较有12个碱基变异,推导其编码的氨基酸也发生了变化。结论本例中国人宫颈癌HPV18L1基因有一定的变异。     

宫颈上皮内病变及宫颈癌患者人乳头瘤病毒感染分型情况分析

目的 分析宫颈上皮内病变及宫颈癌患者HPV分型情况以及HPV各亚型的致病能力.方法 选取经病理检查诊断为宫颈上皮内病变或宫颈癌,且同时检测HPV分型的女性患者61例作为实验组,随机选取在此期间HPV分型检测阳性的患者370例作为对照组,分别计算两组HPV各亚型的阳性率,并进行分析.结果 对照组HPV分型前十位依次是HP...     

腹腔镜下宫颈癌根治术后患者生存质量的调查分析

目的：探讨腹腔镜下宫颈癌根治术后患者的生存质量。方法收集500例宫颈癌患者,并对其进行生存质量问卷调查。问卷采用生存质量核心量表中文版（quality of life core questionaire,QLQ—C30）。结果腹腔镜下宫颈癌根治术后患者的生存质量与多种因素有关,分别为文化水平、收入水平、职业状态、就医费用来源、临床病理分期、治疗手段以及术后患者性生活质量。结论对腹腔镜下宫颈癌根治术后的患者给予积极的社会支持,并提供相关的健康教育知识,对于提高患者的生存质量有积极的意义。     

miRNA-758在宫颈癌肿瘤组织、血液和宫颈脱落细胞中的表达情况及其对宫颈癌浸润和侵袭的调控机制

目的 探讨宫颈癌患者肿瘤组织、血液和宫颈脱落细胞中miRNA-758表达情况及其对宫颈癌浸润和侵袭的调控机制.方法 选取宫颈癌患者40例作为宫颈癌组,另选取非宫颈癌患者40例作为非宫颈癌组.采用QRT-PCR对各标本中MEPE mRNA表达进行检测,采用Western Blot对肿瘤组织中MEPE蛋白表达进行检测,运用ELISA法对血液中MEPE蛋白表达进行检测,采用QRT-PCR对各标本中miRNA-758的mRNA表达进行检测,然后对2组患者各标本中MEPE mRNA、蛋白、miRNA-758表达水平进行统计分析.结果 宫颈癌组患者肿瘤组织、血液、宫颈脱落细胞中ME-PE mRNA、蛋白表达水平均显著高于非宫颈癌组(P<0.05),miRNA-758表达水平均显著低于非宫颈癌组(P>0.05).结论 miRNA-758在宫颈癌患者肿瘤组织、血液和宫颈脱落细胞中表达水平降低,可能通过MEPE对宫颈癌浸润和侵袭进行调控,值得临床充分重视.     

同步放化疗与序贯放化疗对宫颈癌中晚期患者血液毒性以及肿瘤标志物的影响

目的 研究同步放化疗与序贯放化疗对宫颈癌中晚期患者血液毒性以及肿瘤标志物的影响.方法 选取宫颈癌中晚期患者100例作为研究对象,根据放化疗方式,设同步放化疗为观察组,序贯放化疗为对照组,每组各50例.观察两组患者放化疗前血液毒性相关指标及放化疗后2、4周变化情况,观察两组患者放化疗前及放化疗后2、4周肿瘤标志物的变化.结果 两组患者放疗前血液中血红蛋白、白细胞、粒细胞及血小板水平比较均无显著差异(P＞0.05),观察组患者放疗后2、4周血液中血红蛋白、白细胞、粒细胞及血小板水平均显著高于对照组(P＜0.05);两组患者放疗前SCC-AG、CEA、CA50、CA724水平比较无显著差异(P＞0.05),放疗后2、4周观察组SCC-AG、CEA、CA50、CA724水平均显著低于对照组(P＜0.05).结论 同步放化疗较序贯放化疗能够较大程度提高对宫颈癌中晚期患者的治疗效果,降低治疗过程中的不良反应,具有较大的临床应用价值.     

四川地区宫颈癌HPV33、52和58型E6基因突变分析

目的:调查我国四川地区妇女宫颈癌组织中HPV33、52和58型的感染率及E6基因结构特点,探讨其与宫颈癌发生的关系。方法:采用PCR技术,对四川地区2004年60例宫颈癌患者癌组织DNA进行HPV检测。结果:获得HPV52和HPV58型各4例,检出率为6．7％;HPV33型1例,检出率为1．7％。对所获得的各例 HPV33、52和58 E6基因测序分析。结论:与Genbank标准株相比,四川地区发现的HPV33和HPV52 E6基因有多处突变,与日本发现的HPV33,52突变株相近。     

晚期宫颈癌35例临床疗效分析

目的:探讨晚期宫颈癌患者综合治疗的临床疗效。方法:收集我院2003年5月-2006年5月住院治疗的35例晚期宫颈癌患者的临床资料,进行回顾性分析。35例晚期宫颈癌患者使用长春瑞滨(盖诺N)和顺铂(P)联合方案的全身化疗(共3个周期),化疗后选择适当的手术方式,术后再给予化疗及盆腔放疗。结果:35例患者经NP方案3周期化疗后,有32例宫颈局部肿块缩小超过50%(PR 91.4%),21例(60%)阴道受累情况有所减轻,宫旁转移及盆腔淋巴结受侵有好转。35例患者1年生存28例,2年生存26例,3年生存24例。死亡11例中10例死于全身转移,1例死于急性心肌梗死。结论:晚期宫颈癌术前NP方案全身化疗后,局部肿瘤有不同程度缩小,为手术治疗创造了一定条件。