结直肠癌奥沙利铂耐药关键基因的生物信息学分析及意义

目的筛选与结直肠癌（CRC）中奥沙利铂（OXA）耐药性相关的基因和通路。 方法首先通过GEO数据库分析GSE76092的基因表达谱,筛选出CRC的OXA敏感和OXA耐药细胞系之间的差异表达基因（DEGs）。利用DAVID数据库进行基因本体论（Go）分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析。通过STRING工具构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。经MCODE插件选择关键基因,并利用GEPIA工具进行生存分析。最后使用miRWalk数据库预测相关的miRNA。 结果通过数据分析总共获得474个DEGs,并筛选了相关的信号通路和PPI网络。筛选出15个中心基因,其中7个显著参与NF-κB和趋化因子信号等通路。对7个关键基因的生存分析表明,CXCL8、IL-1β和PTGS2表达水平与CRC患者的总体生存相关。预测hsa-miR-6893-5p、hsa-miR-7851-3p和hsa-miR-96-3p是OXA耐药相关核心miRNA。 结论基于生物信息学筛选出来的OXA耐药关键基因和信号通路,为CRC中OXA耐药的潜在机制提供更深入的了解。     

结直肠癌相关基因磷脂酶Cε1的筛选及初步验证

目的 筛选新的结直肠癌相关基因并初步验证,探讨结直肠癌的发生、发展机制.方法 在以往研究的基础上,采用基因芯片对既往发现的杂合缺失区域( 10q23.31-24.33)进行扫描,筛选结直肠癌相关候选基因,用real-time PCR初步分析候选基因的表达情况.扩大样本量,通过RT-PCR、免疫组化和Western blot的方法对筛选结果进行初步验证,并结合临床资料分析所筛选基因与结直肠癌发生的关系.结果 基因芯片显示10q23.31-24.33区域磷脂酶Cε1(phospholipase C,epsilon-1,PLCE1)、CPEB3、NKX2-3、SEMA4G 4个基因表达下调,real-time PCR与芯片结果基本一致.RT-PCR、免疫组化和Western blot结果显示PLCE1基因在46％结直肠癌组织中表达下调,年龄＜60岁和低分化腺癌与该基因表达下调相关(P＜0.05),其他临床病理因素与该基因表达下调无明显相关性.结论 PLCE1基因表达下调与结直肠癌的发生相关.PLCE1基因可能对结直肠癌的发生起抑制作用.     

基于生物信息学的肝内胆管癌差异表达基因谱中关键基因的筛选及分析

背景与目的：肝内胆管癌（ICC）是指来源于肝内胆管上皮的一种恶性肿瘤,其发病隐匿,恶性程度高。ICC早期无明显临床表现,大多数患者确诊时往往已失去手术机会,因此预后极差。寻找ICC的早期诊断和治疗靶标具有重要意义,因此,本研究通过生物信息学方法对影响ICC发生发展的关键基因进行筛选。方法：从GEO数据库下载2个ICC转录组数据集（GSE107943、GSE119336）。用R语言的edge R包筛选出差异表达基因,然后对这些差异表达基因进行GO和KEGG通路富集分析。通过STRING数据库建立差异表达基因的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,使用Cytoscape中的MCODE插件发掘出关键调控基因。分析关键调控基因在肿瘤组织中的表达,采用UALCAN、GEPIA数据库进行验证。通过UCSC XENA数据库分析关键调控基因在泛癌中的表达。利用TCGA数据库分析关键调控基因共表达基因。采用UALCAN、GEPIA数据库分析关键调控基因与患者预后、肿瘤分级、分期、淋巴转移的关系。使用R语言GSVA包计算关键调控基因表达与免疫浸润相关性。绘制ROC曲线评价关键调控基因对ICC的预测能力。采...     

结直肠癌肿瘤标记物的筛选及其表达变化

目的筛选结直肠癌肿瘤标记物,探讨其在术前、术后患者血清中的表达变化。方法用表面增强激光解吸电离飞行时间质谱（SELDI—TOF—MS）技术检测87例结直肠癌、68例结直肠良性病、56例正常人血清中的差异蛋白,进而检测87例结直肠癌术前及术后15d内血清中的差异蛋白,从而筛选出结直肠癌肿瘤标记物。结果筛选出质荷比为5955Da、5972Da的2种蛋白,与结直肠良性病组和正常人组比较,其在结直肠癌患者血清中高表达（P〈0．01）;与结直肠癌术前组比较,术后1d其表达水平明显增高（P〈0．01）,术后4d已经降至术前水平（P〉0．05）;与术后1d组比较,术后4d至15d其表达水平基本处于下降趋势（P〈0．01）,但术后15d仍未降至正常水平（P〈0．01）。结论质荷比为5955Da、5972Da的2种蛋白可作为结直肠癌肿瘤标记物,其在术前、术后15d内血清中的表达有一定的变化规律。     

基于生物信息学胰腺腺癌关键基因的筛选及支持向量机诊断模型的构建

背景与目的：胰腺癌是一种常见的消化道恶性肿瘤,其主要病理类型为胰腺腺癌（PAAD）,因早期诊断困难且缺乏有效的治疗措施,故预后极差。因此,寻找PAAD的诊治新靶标具有重要意义。本研究通过生物信息学方法筛选与PAAD诊断和预后相关的关键基因,构建分类PAAD样本和正常样本的支持向量机（SVM）模型,以期为PAAD的诊治及机制研究提供依据。 方法：从基因表达数据库（GEO）中下载3个芯片数据（GSE28735、GSE62165、GSE62452）,应用R语言的Limma包筛选出PAAD组织和正常组织间的差异表达基因（DEGs）。利用STRING数据库对DEGs进行GO和KEGG通路富集分析。再以STRING数据库构建DEGs的蛋白互作网络（PPI）,利用Cytoscape软件进行可视化编辑,并通过MCODE插件进行关键子网络分析。使用R语言的survival包筛选PPI和关键子网络中与预后相关的关键节点,将其上传至Metascape进行功能富集分析。利用R语言caret包中递归式特征消除（RFE）算法筛选关键节点中的最优特征基因,在GEPIA数据库中验证最优特征基因的表达差异,随后通过R语言的e1071包构建最优特征基因的SVM模型,并在3个芯片数据中借助R语言的pROC包对该模型进行验证。在TCGA数据库中,用R语言的survminer包筛选出最优特征基因中与PAAD预后相关的基因作为关键基因。 结果：共筛选出257个DEGs,包括168个上调基因和89个下调基因。GO分析结果表明DEGs主要参与细胞外基质的组成、细胞黏附、丝氨酸肽酶活性等生物学过程。KEGG分析显示,DEGs主要富集于蛋白质的消化和吸收、胰腺的分泌、黏着斑、PI3K-Akt信号通路。生存分析筛选出14个关键节点同时在GSE28735和GSE62452中与预后相关（均P<0.05）,这些基因在肿瘤侵犯和肿瘤发生中发挥一定作用。RFE筛选出8个最优特征基因：LAMA3、FN1、ITGA3、MET、PLAU、CENPF、MMP14、OAS2;GEPIA数据库验证发现这8个最优特征基因在PAAD组织中明显上调（均P<0.01）;这些基因构建的SVM模型在3个芯片数据中ROC曲线的AUC依次为0.898、1.000、0.905。TCGA数据库验证发现LAMA3、ITGA3、MET、PLAU、CENPF及OAS2的上调与PAAD预后不良有关（均P<0.05）。 结论：关键基因LAMA3、ITGA3、MET、PLAU、CENPF及OAS2可能成为PAAD诊治的新靶点;基于8个最优特征基因构建的SVM模型可有效诊断PAAD。     

糖尿病与结直肠癌及其生物学行为的关系

目的探讨糖尿病与结直肠癌发生及生物学行为的关系。方法对2006—2009年南方医科大学附属南海人民医院486例结直肠癌患者（结直肠癌组）与533例同期收治的非结直肠癌患者（对照组）进行病例对照研究,比较两组患者糖尿病并发情况及糖尿病病程对结直肠癌发生的影响。并对结直肠癌组患者中合并糖尿病对肿瘤生物学行为的影响进行分析。结果结直肠癌组和对照组的糖尿病并发率分别为12．1％（59／486）和7．1％（38／533）,差异有统计学意义（P〈0．01）;进一步经多因素分析结果显示．糖尿病是结直肠癌发生的独立危险因素（OR=1．886,95％CI：1．450．3．571）。糖尿病病程5。20年者结直肠癌发生危险性显著升高（P〈0．05）．而病程5年以内或超过20年者,其结直肠癌发生风险未见增高（P〉0．05）。结直肠癌患者是否并发糖尿病对肿瘤分化程度、浸润深度、淋巴结转移、远处转移及脉管栓塞均无明显影响（P〉0．05）。结论糖尿病患者罹患结直肠癌的风险增高．但并发糖尿病并不会改变结直肠癌的肿瘤生物学行为。     

散发性结直肠癌相关半胱氨酸甘氨酸富集蛋白1抑癌基因的筛选

目的 本课题组前期研究对染色体1q31.1-32.1区域进行杂合缺失精细定位,发现D1S413-D1S2622区域存在高频杂合缺失现象,提示可能有抑癌基因的存在.本研究在此基础上,对该区域与散发性结直肠癌发生相关的抑癌基因开展筛选研究.方法 构建包含上述区域基因的基因芯片,对19例散发性结直肠癌标本进行基因芯片扫描,并与其临床病理特征进行统计学分析,筛选该区域与结直肠癌相关的未知抑癌基因,然后对筛选出的候选基因采用Real-time PCR进行初步验证.结果 根据前期实验结果,通过检索,挑选了25个基因进行散发性结直肠癌相关基因的筛选.结果发现半胱氨酸甘氨酸富集蛋白1 (cysteine and glycine-rich protein 1,CSRP1)、LMOD1 、PPP1R12B和CFHL3 4个基因表达显著下调.这4个基因表达情况与结直肠癌患者的临床病理特征无关.通过生物信息学分析,推测CSRP1基因可能是该区域中与结直肠癌相关的抑癌基因.通过Real-time PCR验证结果也发现CSRP1基因在结直肠癌组织中表达显著下调,与芯片结果相符.结论 CSRP1基因可能是一个与结直肠癌发生相关的新的抑癌基因.     

甲状腺乳头状癌潜在关键基因的生物信息学分析

背景与目的 甲状腺癌是近年来发病率增长最快的疾病,甲状腺乳头状癌（PTC）是甲状腺癌最多见的一种亚型。目前,亟需寻找与PTC相关的生物标志物分子,以提高预后诊断和提供高效的治疗靶标。方法 检索并分析GEO数据库PTC相关的的微阵列数据集（GSE60542,GSE33630和GSE3467）,通过GEO数据库的GEO2R工具筛选PTC和正常甲状腺组织的差异表达基因。对差异基因行全基因组的富集分析,这些差异基因蛋白质之间的相互作用通过线上数据库工具分析,通过Cytoscape软件进行可视化处理。通过Cbioportal分析工具评估关键基因对PTC的预后价值并进一步行实验验证。结果 共鉴定62个上调和40个下调差异基因,挑选出10个具有高度连通性的关键基因,其中,KIT降低与PTC的预后不良相关（P<0.01）。通过qRT-PCR检测52例PTC组织和癌旁正常组织中KIT的表达,结果显示,KIT在癌组织中表达较癌旁正常组织显著降低（P<0.001）,KIT的表达与临床分期（P=0.008）和淋巴结转移明显相关（P=0.023）。结论 KIT在PTC组织中表达较正常甲状腺组织降低,其可能是PTC患者预后不良的关键基因,并有望成为PTC的治疗靶标和分子生物学标志物。     

应用基因芯片技术筛选结直肠癌及癌旁组织基因的差异表达

目的用基因芯片技术筛选结直肠癌及癌旁组织基因差异表达,寻找结直肠癌相关基因并了解其在肿瘤发生及转移过程中的作用。方法选用有8000条人类基因的cDNA表达谱芯片,以6例临床手术切除的结直肠癌组织、癌旁3cm和5cm肠黏膜组织及正常肠黏膜组织为研究对象,筛查相关基因的差异表达。结果与正常对照组相比．在癌组织样品中存在显著性表达差异的基因有769个,其中发生上调表达的有363个．下调表达的有406个：在癌旁3cm样品中存在显著性表达差异的基因有155个．其中发生上调表达的有52个．下调表达的有103个：在癌旁5cm样品中存在显著性表达差异的基因有230个．其中发生上调表达的有46个,下调表达的有184个。在癌组织与正常对照组间,具有差异表达的基因较多（19．5％．769／3944）,而在癌旁3Cm、5cm两组直肠黏膜组织与正常对照组间．差异表达的基因则较少．占总体基因数量的3．9％～5．8％。差异表达的基斟中具有明显功能类型的基因主要包括肿瘤相关基因、细胞增殖与凋亡调控基因、基因转录调控基因及细胞外基质成份及其降解相关的基因。结论不同来源组织间在生物学性质上具有各自的特性,多种基因参与了结直肠癌的发生与发展。癌旁组织也存在着基因的差异表达．显示其也有恶变倾向。     

结直肠癌中错配修复基因杂合性缺失的初步分析

目的探讨散发性结直肠癌中错配修复基因杂合性缺失的发生情况。方法利用微卫星分析法对30例散发性结直肠癌6个错配修复基因(mismatch repair genes，MMR)的杂合性缺失(loss of heterozygosity，LOH)进行了分析。结果6个MMR基因LOH的发生率由高到低依次分别为hMSH3(30％)、hPMS2(25％)、hMLH1(30．0％)、hMSH2／hMSH6(23．07％)，hPMS1基因未发现杂合性缺失。结论在中国人散发性结直肠癌中，MMR基因通过等位基因杂合性缺失是结直肠癌发生的重要分子遗传途径之一。     

预测结直肠癌预后免疫相关基因对标志模型的构建及验证

背景与目的:结直肠癌(CRC)是一种诊断较晚、预后较差的侵袭性疾病.越来越多的证据表明CRC与免疫标志之间存在密切的相关性.本研究旨在建立用以预测CRC患者预后的免疫相关基因对(IRGP)标志.方法:从TCGA和GEO数据库下载CRC患者的基因表达谱及临床信息,分为一个训练数据集(TCGA-COAD)和一个验证数据集(...     

乳腺癌新辅助化疗前后肿瘤相关巨噬细胞相关基因变化的生物信息学分析

背景与目的 乳腺癌是全球女性发病率最高的恶性肿瘤,化疗是乳腺癌最重要的治疗方式之一,最近的研究表明,化疗可能通过增强肿瘤微环境中的抗肿瘤免疫力来发挥抗肿瘤效应。因此,本研究通过生物信息学分析明确乳腺癌患者新辅助化疗（NAC）前后肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及相关基因的变化,评估NAC对乳腺癌患者免疫影响。方法 GEO数据库输入“Breast Cancer”,“TAMs”,“Chemotherapy”进行检索,选择人乳腺癌组织的GSE134600数据集进行分析。通过R包（limma函数）筛选乳腺癌患者NAC前后组织样本中差异表达基因（DEGs）。对所有DEGs进行GO功能富集和KEGG通路分析。通过Cytoscape软件对DEGs进行蛋白互作网络可视化,并筛选关键核心基因,通过cBioPortal对10个关键基因进行突变分析。使用R包（CIBERSORT）对GSE134600数据中的免疫细胞分布及相关性进行评估。结果 鉴定出751个乳腺癌NAC前后DEGs（409个上调基因和342个下调基因）。通过GO富集分析DEGs的生物过程（BP）、细胞组分（CC）和分子功能（MF）。在BP中主要富集在I型干扰素（IFN-I）信号通路/病毒应答与防御和病毒生命周期方面;在CC中主要富集在细胞膜的外在成分和细胞膜的细胞质侧方面;在MF中主要富集在细胞因子受体结合、双链RNA结合和脂肽结合方面。KEGG通路富集分析中,DEGs主要富集在甲型H1N1流感、麻疹、丙型肝炎、冠状病毒病COVID-19、NF-κB信号通路、EBV病毒感染、NOD样受体信号通路和阿米巴病信号通路。通过CytoHubba插件筛选出乳腺癌NAC前后TAMs相互作用程度最高的前10个关键基因：IFIT1、ISG15、MX1、MX2、IRF7、RSAD2、IFIT3、IFI35、IFI6、IFITM1。多组学分析发现IFIT1、MX1和MX2主要发生缺失突变,IFIT1主要发生基因深度删除,而MX1和MX2主要发生基因扩增。NAC后乳腺癌组织中M0巨噬细胞、CD8⁺T细胞及M2巨噬细胞含量减少,M0巨噬细胞与记忆性B细胞成正相关（r=0.64）,与未活化的CD4⁺记忆性T细胞呈负相关（r=-0.66）。结论 所发现的乳腺癌患者NAC前后TAMs相关的DEGs与干扰素信号通路密切相关,提示干扰素信号通路在NAC可能通过改变TAMs而发挥重要作用。同时NAC前后M0巨噬细胞发生明显改变,提示化疗可能通过改变M0巨噬细胞分布及免疫功能调节对肿瘤的免疫应答。     

Gasdermin基因家族在胃癌中的表达及功能的生物信息学分析

背景与目的 Gasdermin（GSDM）家族由6个重要分子组成,主要负责调控细胞焦亡等多种生物学过程。近来不断有研究表明GSDM家族的表达失调参与多种癌症进程,然而GSDM家族成员在胃癌中的表达、预后、功能和潜在机制研究尚待阐明。本研究旨在通过生物信息学方法系统性的分析GSDM基因家族各成员在胃癌中的作用。方法 使用ONCOMINE、GEPIA2、UALCAN、Kaplan-Meier Plotter、cBioPortal、TIMER 2.0、DiseaseMeth等多个数据库对GSDM家族分子在胃癌患者中的表达差异、预后价值、功能富集、基因改变、免疫浸润相关性、甲基化改变等方面进行了综合分析。结果 GSDM家族中仅DFNA5在胃癌中明显高表达,表达水平较正常组织升高2.479倍。DFNA5在TNM 2、3、4期的表达明显升高,同时在肿瘤分级2、3级的表达明显升高。GSDM家族中仅DFNA5在胃癌中有预后价值,高表达的DFNA5提示较差的总生存期。GSDM家族中GSDMD的基因变异率最高（19%）,GSDMA、GSDMB、GSDMC次之（14%）,DFNA5（8%）和PJVK最低（6%）。在胃癌中筛选出186个GSDM相关的共表达基因,这些分子可能通过炎症细胞凋亡、趋化因子反应、急性炎症反应相关的信号通路参与胃癌进程。多数GSDM家族成员的表达与CD4⁺ T细胞、CD8⁺ T细胞、B细胞、中性粒细胞、巨噬细胞、树突细胞的浸润存在不同程度的显著正相关,仅PJVK在巨噬细胞和树突细胞浸润中呈负相关。GSDMA、GSDMD在胃癌组织中处于低甲基化水平。结论 GSDM家族成员在胃癌中存在表达及功能紊乱。GSDM家族特别是DFNA5分子可能成为胃癌诊断和预后评估的重要肿瘤标志物,为开发新的胃癌治疗靶点提供思路。     

尿苷二磷酸-葡萄糖6-脱氢酶在胰腺癌组织中表达及其意义的生物信息学分析

背景与目的:尿苷二磷酸-葡萄糖6-脱氢酶(UGDH)是一种将UDP-葡萄糖转化为UDP-葡萄糖醛酸的代谢酶,通过参与糖胺聚糖在肿瘤组织中的生物合成来影响肿瘤的侵袭能力和耐药性。多项研究表明UGDH基因参与多种癌症的发生与发展,然而,目前尚无胰腺癌中关于UGDH基因的研究,因此本研究应用生物信息学方法研究UGDH在胰腺癌中的表达及其意义。方法:基于Oncomine数据库分析4个数据集中胰腺癌组织中UGDH基因的差异表达;对TCGA中胰腺癌基因表达谱和生存数据进行生存分析。基于UALCAN数据库,分析TCGA中胰腺癌UGDH基因与其他基因的表达相关性,使用Pearson系数法,获得其明显正相关与负相关的基因,分别进行GO与KEGG通路富集分析。基于HGNC数据库提供的人类所有基因的注释,提取胰腺癌中所有mRNA的表达谱,利用GSEA分析软件,进行UGDH基因在胰腺癌中的基因基富集分析;利用GeneMANIA对UGDH基因进行单基因PPI网络分析,并进一步对网络中出现的基因用Metascape进行功能富集分析,用Cytoscape的MCODE插件对网络进行关键子网络分析。结果:UGDH基因在胰腺癌组织中的表达明显上调;UGDH低表达患者较UGDH高表患者总生存率升高、生存期更长(均P<0.05)。GO富集分析发现,UGDH及其共表达基因富集于内膜系统、RNA定位、蛋白酶体蛋白分解代谢过程、核质转运、核酸运输等与癌症相关生物学过程;KEGG通路富集分析显示,差异基因显著富集于内质网蛋白加工、自噬、泛素介导的蛋白水解、蛋白质输出、剪接体、RNA转运、mRNA监测通路、病毒致癌作用、长期抑制作用、结直肠癌、N-聚糖的生物合成、胰腺癌通路、鞘脂信号通路、癌症中的蛋白聚糖、肾细胞癌、人类巨细胞病毒感染、乙肝等癌症相关通路。GSEA分析富集于泛素介导的蛋白水解作用、氨基糖和核苷酸糖代谢、氨酰生物合成、卵母细胞减数分裂、肾细胞癌、基础转录因子、鞘脂类代谢、ErbB信号通路、黏附连接、慢性粒细胞白血病、RIG-I样受体信号传导通路、促性腺激素释放激素信号通路、胰岛素信号通路、子宫内膜癌、神经胶质瘤、神经营养蛋白信号通路、内吞作用、MAPK信号通路、胰腺癌等癌症相关通路。PPI预测及关键子网络分析显示,HGS、UBE2V1、MAT2A、SUMO1在互作网络中有重要作用。结论:UGDH基因在胰腺癌组织中表达上调,且与胰腺癌发生发展及预后密切相关,本研究结果可能为今后胰腺癌发病机制及分子靶向治疗的研究提供重要线索和依据。     

进展期胃癌SOX新辅助化疗敏感性相关基因及信号通路的生物信息学分析

目的:探讨与进展期胃癌对替吉奥胶囊联合奥沙利铂(SOX)新辅助化疗敏感性有关的基因及信号通路。方法:收集15例III期胃癌患者术后标本,其中6例SOX新辅助化疗后缓解(缓解组)、6例SOX新辅助化疗后未缓解(未缓解组),3例未行新辅助化疗(未化疗组),在用高通量基因芯片法检测各组标本基因表达谱后,以DNA损伤修复和叶酸代谢方面为重点分析对象,用系统性生物信息学技术筛选出差异基因,并通过KEGG来解释每个差异表达基因所在通路。结果:3组标本的基因表达谱存在明显差异。缓解组与未缓解组间的差异基因主要集中在细胞因子相互作用和NK细胞介导的细胞毒性作用通路上。与未缓解组比较,缓解组与DNA损伤修复相关的3个基因(HUS1、RECQL5、XRCC4)明显上调和1个基因(GADD45G)明显下调;3组间在叶酸代谢方面未找到任何差异基因。结论:影响进展期胃癌SOX新辅助化疗敏感性的基因可能与免疫信号传导有关,相关的基因检测对评估胃癌SOX新辅助化疗效果有一定的意义。     

膜联蛋白A5在胰腺癌中的预后意义及机制的生物信息学分析

背景与目的 胰腺癌是一种诊断较晚、预后差的侵袭性疾病,对于胰腺癌的分子机制研究对改善胰腺癌患者的预后具有重要意义。膜联蛋白A5（ANXA5）与人类肿瘤的发生与发展关系密切,但ANXA5与胰腺癌患者预后的关系及具体机制尚不十分清楚。本研究通过生物信息学分析结合实验验证探讨ANXA5的表达与胰腺癌预后的关系及其作用机制。方法 从TCGA和GEO数据库（GSE15471、GSE16515、GSE21501）下载胰腺癌转录组及临床数据,利用R包分析GEO数据库中ANXA5基因在胰腺癌组织与癌旁正常组织的表达情况,并利用GEPIA在线网站分析TCGA数据库中胰腺癌患者组织与GTEx数据库中正常组织ANXA5基因表达情况。采用Kaplan-Meier的方法分析ANXA5的表达水平对胰腺癌患者总生存时间的影响,然后单因素及多因素Cox分析判断胰腺癌相关危险因素,并利用GSEA分析ANXA5在胰腺癌中可能的信号通路并分析其相关性。最后采用免疫组织化学法检测49例胰腺癌组织和癌旁组织中ANXA5的表达,并分析其与预后及胰腺癌临床病理特征的关系。结果 数据库分析显示,在GSE15471与GSE16515数据集,以及TCGA数据库中ANXA5在胰腺癌组织中的均表达明显升高（均P<0.05）;在GSE21501数据集与TCGA数据库中ANXA5高表达的患者总体生存期明显短于低表达患者（均P<0.05）;TCGA中ANXA5表达是胰腺癌患者预后的独立危险因素（HR=1.819,95% CI=1.058~3.126,P=0.03）;ANXA5基因与胰腺癌TGF-β通路及肿瘤上皮-间质转化（EMT）高度相关。胰腺癌组织样本分析结果显示,ANXA5的表达明显高于癌旁组织（P<0.001）,且此基因高表达预示着较差的预后（P=0.008 2）;ANXA5表达是胰腺癌患者预后的独立危险因素（HR=3.06,95% CI=1.046~8.952,P=0.041）;ANXA5的表达与肿瘤临床分期（P=0.000 94）及淋巴结转移（P<0.001）明显相关。结论 ANXA5在胰腺癌中表达升高,其高表达是胰腺癌患者预后的危险因素,其机制可能是通过TGF-β通路及EMT进程促进胰腺癌发展有关。     

胃癌枢纽基因的筛选和预后分析

目的:运用生物信息学方法探讨胃癌的预测指标和治疗靶点,并分析其与预后的关系。方法:从基因表达综合(GEO)数据库下载3个微阵列数据集(GSE13911、GSE33651、GSE79973),运用GEO2R筛选出胃癌样本与正常组织样本间的差异表达基因,通过基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析对差异基因进行功能和通路注释,同时使用STRING和Cytoscape构建蛋白互作网络(PPI),筛选出枢纽基因,结合Kaplan-Meier plotter数据库对筛选出的枢纽基因进行预后分析。结果:共筛选出135个差异表达基因,其中68个上调,67个下调。GO分析结果表明差异表达基因主要参与信号转导、钙离子结合、细胞外外泌体等生物学过程。KEGG分析显示差异基因主要富集的通路包括PI3K/Akt信号通路、ECM受体相互作用、黏着斑。经PPI分析筛选得出COL1A1、COL1A2、COL4A1、FN1、THBS1、CD44、COL2A1、COL4A2、CXCL8、COL5A1为枢纽基因,生存分析显示除THBS1的上调,其余基因的差异表达均影响胃癌患者的总体生存率。结论:所筛选的枢纽基因的异常表达可能参与胃癌的发生发展过程,与胃癌患者的预后密切相关,可以作为潜在的预测指标和治疗靶点为胃癌的进一步研究提供依据。     

肝癌铜死亡相关基因及其与预后、免疫浸润的关系分析

背景与目的 肝癌是消化道恶性肿瘤之一,发病率高、病死率高。铜死亡是一种铜依赖、新型的细胞死亡方式,继发于铜过载诱发的线粒体功能受损。铜死亡在多种肿瘤中扮演重要作用,但其与肝癌的关系尚不清楚。因此,本研究探讨铜死亡相关基因在肝癌中的表达特征,以及与肝癌预后及免疫浸润的关系。方法 从TCGA和GTEx数据库下载肝癌和正常肝脏组织转录组数据进行差异表达和突变分析。采用R语言“clusterProfiler”包进行GO和KEGG富集分析。采用LASSO、单因素和多因素回归分析筛选影响肝癌患者预后的基因并构建风险因子图。使用R包“rms”构建列线图。使用UALCAN数据库分析铜死亡相关基因与肝癌临床病理特征的关系并验证。使用Spearman相关性分析铜死亡相关基因与免疫细胞浸润和免疫检查点的相关性。采用TIMER2.0数据库分析铜死亡相关基因表达与肿瘤相关成纤维细胞（CAF）浸润的相关性,采用TISDB数据库分析CDKN2A和DLAT表达与髓源抑制性细胞（MDSC）浸润丰度的相关性。结果 与正常肝脏组织比较,9个铜死亡相关基因在肝癌中表达显著升高,CDKN2A突变频率最高。铜死亡相关基因主要参与蛋白质脂酰化、三羧酸循环、柠檬酸循环等生物过程。基于LASSO、单因素与多因素回归分析筛选出影响肝癌患者总体生存率（OS）的基因CDKN2A和DLAT,并以此构建风险因子图,时间依赖性受试者工作特征曲线显示其具有较好的预测能力。通过单因素和多因素回归分析筛选出CDKN2A、DLAT、T分期和肿瘤状态是影响肝癌患者OS的独立预后因素,基于上述因素构建了列线图,校正曲线显示该列线图预测和实际观察之间有很好的一致性。UALCAN数据库分析发现CDKN2A、DLAT与肝癌临床分期、肿瘤分级有关,且GEO数据库、HPA数据库及肝癌细胞中的验证结果与之一致。相关性分析显示,CDKN2A和DLAT表达与免疫细胞浸润和免疫检查点表达相关;TIMER2.0数据库分析显示,DLAT表达与CAF浸润明显正相关;TISDB数据库分析显示,CDKN2A和DLAT表达与MDSC浸润丰度无相关性。结论 铜死亡相关基因CDKN2A、DLAT可能是肝癌新的预后生物标志物和免疫治疗的新靶点。