基于生物信息学的胃癌预后基因的筛选和分析

目的 应用生物信息学方法筛选和分析胃癌预后基因。方法 从GEO数据库中下载胃癌基因芯片数据集GSE54129、GSE81948、GSE118916,使用在线分析工具GEO2R筛选出差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。利用在线数据库DAVID对筛选的DEGs进行功能和通路富集分析。然后使用在线网站STRING和Cytoscape软件对DEGs构建蛋白互作网络,并筛选hub基因。最后使用Kaplan Meier-Plotter和GEPIA在线数据库对hub基因进行生存和表达水平分析。结果本研究共发现362个总DEGs,包含164个上调基因,192个下调基因。通过GO功能富集分析,发现DEGs主要富集在细胞外基质和胶原蛋白。KEGG富集通路分析显示,DEGs主要参与的信号通路包括ECM-受体相互作用、阿米巴病、蛋白质的消化和吸收、局部黏附和PI₃K-Akt信号通路。CytoHubba插件共筛选出10个DEGs作为hub基因,通过Kaplan Meier-Plotter数据库验证这10个hub基因,发现COL1A1、COL3A1、FN1、MMP2、COL5A1、BGN、COL4A1、COL4A2和COL6A3这9个基因和胃癌预后相关,并且高表达组预后差(P<0.05);GEPIA数据库发现这9个与胃癌预后相关的基因在胃癌组织中均呈高表达水平(P<0.05)。结论 通过生物信息学方法,本研究发现了9个胃癌预后基因,其中BGN、COL3A1和COL5A1这3个基因可能成为胃癌预后的新的标志物。     

基于生物信息学对胃癌生存预后相关基因的分析

目的：通过生物信息学方法对胃癌芯片数据集进行分析,获得与胃癌生存预后相关的基因。方法：从NCBI GEO数据库下载与胃癌相关的数据集GSE19826、GSE29998、GSE54129、GSE79973,利用R软件对数据集进行差异分析并整合,获取差异表达基因,利用DAVID、String、KM-Plot等在线分析网站对差异表达基因进行功能分析、蛋白质间相互作用以及与胃癌预后的关系,利用Cytoscape对分析结果进行可视化处理,得出候选关键基因13个：FNDC1、CTHRC、COL1A1、COL1A2、COL6A3、COL10A1、INHBA、SULF1、SFRP4、BGN、THBS2、THY1、TIMP1。结果：通过对四个芯片数据集进行差异分析及整合后获得上调基因21个,下调基因27个,这些差异表达基因大多富集于细胞外基质、内质网腔等,主要参与胶原蛋白分解、细胞黏附等生物学功能,涉及蛋白质的消化与吸收通路、细胞外基质通路、局部黏附通路以及细胞色素P450代谢通路;并且筛选出的关键基因均与胃癌的预后有关。结论：生物信息学方法可以有效、大规模地分析并获得与胃癌生存预后相关的关键基因,为癌...     

综合生物信息学分析鉴定与胃癌预后相关关键基因

目的 综合生物信息学方法分析识别与胃癌预后相关关键基因,探讨其能否作为胃癌预后预测的潜在生物标志物.方法 从美国高通量基因表达(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载胃癌患者基因芯片数据集(GSE79973)并在癌症和肿瘤基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数...     

GNG4、TIMP1在结肠癌诊断及预后价值的生物信息学分析

目的:通过生物信息学方法,筛选可能与结肠癌诊断及预后相关的基因.方法:从基因表达共享数据库(the expression omnbus,GEO)下载结肠癌相关基因芯片GSE37364、GSE41328的cRNA表达谱数据集并筛选差异表达基因(differentially ex-pressed genes,DEGs),分...     

胃癌中EXD3基因的表达及功能的生物信息学分析

目的通过生物信息学分析研究胃癌与正常胃粘膜间具有差异性表达的基因,找出参与胃癌发生发展及预后的关键基因, 并对其所涉及的功能进行分析预测。方法从GEO表达谱数据库中下载表达谱基因芯片数据GSE100935（包括18例胃癌样本 及正常胃粘膜组织）,利用Morpheus在线软件分析基因芯片GSE100935的数据,获得在胃癌与正常胃粘膜组织中存在差异表达 的基因,并构建聚类分析热图;利用软件UALCAN在线分析差异表达基因在胃癌与正常胃粘膜组织中表达水平;利用Kaplan- Meier绘图软件对差异表达基因在胃癌患者中的表达高低进行生存分析;最后采用Fun Rich软件进行GO功能富集分析,网站 STRING构建目的基因蛋白互作网络。结果通过分析基因芯片GSE100935 获得45119 个差异表达的基因;在线分析软件 UALCAN显示EXD3基因在胃癌组织中高表达;同时生存分析提示当EXD3基因高表达时,胃癌患者的预后相对较差;GO功能 富集分析发现,差异表达基因主要与胃癌细胞核苷酸的新陈代谢调节以及转录因子的活动有关。结论EXD3可能是胃癌中潜 在的癌基因,可能与DNA损伤修复有关,其表达上调在胃癌的发生发展及预后过程发挥重要作用,并有望成为判断胃癌患者预 后的重要的生物学指标。     

基于生物信息学分析GLIS3在胃癌中表达与免疫浸润的临床意义

目的 研究GLIS3在胃癌中的表达与预后价值,探索GLIS3在胃癌中免疫细胞浸润情况及其参与的生物学功能。方法 从TCGA数据库中下载胃癌患者GLIS3基因表达谱数据及临床病理信息,比较胃癌组织和癌旁组织中GLIS3的表达差异,分析GLIS3表达与胃癌患者临床病理特征的关系。利用Kaplan-Meier法和Cox回归分析GLIS3表达与胃癌患者临床预后相关性。运用miRWALK、TargetScan及TCGA数据库,预测调控GLIS3异常表达的miRNA。利用GSEA富集分析预测GLIS3在胃癌中可能参与的信号通路。使用TIMER2.0分析GLIS3表达与免疫细胞浸润之间的关系。结果 GLIS3在胃癌组织中表达明显上调,且GLIS3的表达与肿瘤组织学分级相关(P<0.05)。生存分析显示GLIS3高表达患者比低表达患者预后更差,差异有统计学意义(P<0.05),是胃癌的独立预后因素(HR=1.288,95%CI:1.004～1.653,P<0.05)。miR-204-5p在胃癌中表达明显下调,且与GLIS3表达负相关(P<0.05)。富集分析结果显示：GLIS3...     

基于生物信息学分析银屑病基因表达差异及潜在中药

目的：通过生物信息学技术分析银屑病皮损与正常组织的基因芯片数据,筛选银屑病的差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),探讨银屑病的病理机制,预测治疗银屑病的潜在中药。方法：从基因表达数据库(gene expression omnibus, GEO)提取数据集GSE161683、GSE193128、GSE137218原始数据,使用R语言Limmar包筛选DEGs。利用DAVID数据库对DEGs进行功能和信号通路的富集分析,通过String数据库构建蛋白互作网络,Cytoscape软件及其插件筛选关键基因。将关键基因与Coremine Medical相互映射,筛选治疗银屑病潜在的靶向中药。结果：筛选出DEGs 474个,其中上调DEGs的通路主要富集在白细胞介素-17(interleukin-17,IL-17)、核苷酸寡聚化结构域样受体(nucleotide oligomerization domain like receptor, NLR)、病毒感染等信号通路。STAT1、RSAD2、IFIT3、IFI44L、IFIT1、CXCL10、MX...     

基于生物信息学分析肝癌发病的关键基因及通路

目的 探索肝癌差异表达的基因及关键通路,并提供肝癌发生和治疗的生物信息学基础.方法 首先使用R语言获得GSE14520数据集中差异表达的基因,通过DAVID数据库进行GO和KEGG功能途径富集分析,使用STRING数据库构建蛋白质间相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape软件筛选核心模块和关键基因,并使用GEPI...     

基于生物信息学分析急性心肌梗死基因表达差异及中药干预

目的 通过GEO基因表达数据库分析比较正常人和急性心肌梗死患者的基因芯片数据,筛选出差异表达基因(DEGs),进而预测治疗心肌梗死的潜在中药。方法 下载GSE66360基因芯片,通过分析获得差异表达的基因信息,对DEGs进行基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,通过String数据库和Cytoscape软件进一步分析得到关键基因,通过关键基因与医学本体信息检索平台(Coremine Medical)相互映射,筛选出治疗急性心肌梗死的潜在中药。结果 筛选出943个差异表达基因。生物过程主要富集在髓样白细胞活化、细胞因子产生的调节、白细胞趋化性等方面,细胞组成主要集中在分泌颗粒腔、膜面、膜的外在成分等,分子功能主要表现在趋化因子受体结合、模式识别受体活性、细胞因子结合等;KEGG分析显示主要参与的信号通路有肿瘤坏死因子(TNF)、缺氧诱导因子-1(HIF-1)和JAK-STAT信号通路等。筛选的关键基因有FPR2、STAT3、CXCL1、CXCL8、UBR4、JUN、PTAFR、FCER1G、GPR84、PLAU,预测出干预急性心肌梗死的潜在中药有蜈蚣(P=0.00...     

生物信息学分析MGP基因在卵巢癌中的表达情况及其与肿瘤免疫浸润和患者预后的关系

 目的 应用生物信息学方法探讨羧基谷氨酸蛋白（matrix gamma linolenic acid protein,MGP）基因在卵巢癌组织中的表达情况,并分析MGP与肿瘤免疫浸润及患者预后的关系。方法 通过The Cancer Genome Atlas（TCGA）和Genotype-Tissue Expression（GTEx）数据库比较MGP mRNA在卵巢癌患者与正常卵巢组织中的表达差异。通过Gene Set Enrichment Analysis（GSEA）方法分析MGP是否参与调控信号通路。使用Tumor IMmune Estimation Resource（TIMER）网站分析卵巢癌患者中MGP基因表达情况与肿瘤微环境免疫细胞浸润的关系,并进一步验证其与卵巢癌患者预后的关系。结果 与正常卵巢组织相比,MGP mRNA在卵巢癌组织中低表达;MGP高表达的卵巢癌组织样本显著富集在自然杀伤细胞介导细胞毒性、CCR5、NKT、IL-17、TH1/TH2等相关信号通路上。在卵巢癌组织中,MGP表达水平与CD8+ T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞浸润水平呈显著正相关。Kaplan-Meier和log-rank检验结果显示,CD4+ T细胞、巨噬细胞浸润水平和MGP表达水平与患者预后密切相关（P < 0.05）。COX回归模型分析显示,患者年龄、巨噬细胞、中性粒细胞浸润水平、MGP表达水平与患者预后呈正相关,而CD8、CD4 T细胞浸润水平与患者预后呈负相关（P < 0.05）。结论 在卵巢癌组织中,MGP高表达与患者预后差密切相关,MGP高表达与CD8+ T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞浸润水平呈显著正相关。     

生物信息学分析MGP基因在卵巢癌中的表达情况及其与肿瘤免疫浸润和患者预后的关系

目的 应用生物信息学方法探讨羧基谷氨酸蛋白(matrix gamma linolenic acid protein,MGP)基因在卵巢癌组织中的表达情况,并分析MGP与肿瘤免疫浸润及患者预后的关系.方法 通过The Cancer Genome Atlas(TCGA)和Genotype-Tissue Expression...     

Rb基因产物表达与胃癌预后关系的探讨

目的：检测与分析Rb基因表达与胃癌临床病理学特征和预后的关系,方法：采用S－P免疫组织化学法检测53例胃癌Rb基因产物的表达,结果,胃癌Ｒb基因产物表达阳性率６０．４％,（３２／５３）,Rb基因产物表达阳性者易发生淋巴结转移,生存期短,结论：检测Ｒb基因产物表达有助于癌生物学行为的认识及预后的判断。     

隆纳霉素引起三阴性乳腺癌细胞周期阻滞基因表达谱及关键通路的生物信息学分析

目的 利用生物信息学方法分析隆纳霉素对人三阴性乳腺癌细胞系细胞周期阻滞的作用机制.方法 利用隆纳霉素处理人三阴性乳腺癌细胞系MDA-MB-468细胞48、72 h,计算IC50,采用流式细胞术分析细胞周期变化.选取0.8μmol/L隆纳霉素处理48 h的MDA-MB-468细胞和未加药处理的对照细胞进行转录组测序,测序...     

胃癌组织中AgNOR定量分析与PCNA基因表达的临床意义

目的:了解AgNOR定量分析与PCNA基因表达在评判胃癌预后中的意义。方法:对80例胃癌石蜡标本用HE染色,分别进行AgNOR染色及S-P免疫组化方法染色。应用MPILAS-500多媒体彩色图像分析系统进行AgNOR定量分析和光镜下观察PCNA阳性表达结果。结果:AgNOR含量在进展期组与早期组相比差异有显著意义(P<0.01),生存时间≤3年组与生存时间≥3年组相比差异有显著意义(P<0.01)。结论:AgNOR定量分析与PCNA基因表达是胃癌较强的预后指标。联合检测定性、定量指标并综合分析能更加有效地评判病人预后。     

基于数据挖掘分析RASAL2在胃癌中的表达及其临床意义

目的 探讨类RAS激活物2(RASAL2)在胃癌中的表达及其临床意义.方法 通过Oncomine、GEPIA和Kaplan-Meier Plotter数据库分析RASAL2在胃癌中的基因表达及其与预后的关系.通过cBioPortal数据库分析胃癌患者中RASAL2基因变异情况及其与预后的关系.体外培养胃癌细胞MGC-803,通过siRNA转染沉默RASAL2,通过CCK-8、细胞划痕实验及Transwell侵袭实验检测MGC-803细胞增殖、迁移与侵袭.结果 胃癌组织中RASAL2基因表达高于正常组织(P<0.05).与低表达组相比,RASAL2高表达组患者总体生存率降低(P<0.05);亚组分析显示,RASAL2高表达与Ⅰ期(HR=6.22,P<0.05)、Ⅲ期(HR=1.6,P<0.05)及中分化(HR=4.74,P<0.05)胃癌患者不良预后相关.胃癌患者中RASAL2基因总体变异率为7％,且变异组无病生存率高于非变异组(P<0.05).沉默RASAL2可抑制MGC-803细胞增殖、迁移及侵袭(P<0.05).结论 RASAL2在胃癌组织中表达增高,高表达RASAL2与胃癌患者不良预后相关,沉默RASAL2可抑制胃癌MGC-803细胞增殖、迁移和侵袭能力.     

Wfs1基因敲除小鼠肝脏芯片数据的生物信息学分析

目的: 通过生物信息学方法分析Wfs1基因敲除小鼠肝脏的基因表达谱芯片,探讨WFS1基因突变的潜在致病机制。方法: 从美国国立生物技术信息中心GEO 数据库下载基因表达谱芯片数据（GSE55143）,利用分析工具GEO2R进行差异表达基因筛选,通过在线富集分析网站进行差异表达基因的GO以及KEGG通路富集分析,并使用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络。结果： 筛选出198个差异表达基因,其中有96个上调基因,102个下调基因。GO和KEGG富集分析表明差异表达基因主要富集于脂肪酸生物合成和初级胆汁酸生物合成这两条信号通路。蛋白质相互作用网络分析发现26个核心基因。 结论： 本研究筛选出的差异表达基因及相关富集分析可促进对WFS1基因突变致病机制的进一步理解。