湿地水葱根际、根内细菌群落结构及其驱动因素

根际和根内微生物群落对植物的属性和功能具有重要的影响。湿地植物与微生物协同作用,驱动湿地生态系统的物质循环过程,去除污染物,净化水体。本研究运用高通量测序对不同污染梯度下水葱（Scirpus validus）根际、根内细菌群落的结构和多样性进行了分析,研究了环境因子对植物微生物组多样性的影响。结果表明：水葱根际和根内细菌群落在门水平上的组成相似性达69.23%,主要由厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteriota）等组成。根际与根内细菌群落的优势属组成差异性达76.92%。根内的优势属主要为微小杆菌属（Exiguobacterium）、红球菌属（Rhodococcus）、硫杆菌属（Thiobacillus）、芽孢杆菌属（Bacillus）以及norank＿f Steroidobacteraceae属。db-RDA分析结果表明,环境因子对根际细菌多样性的影响较大,总解释率达51.93%,而对根内细菌多样性影响较小,总解释率为39.99%。pH、NO₃^-、NH₄     

水稻根际细菌群落的生物多样性研究

从云南省５个不同水稻栽培区的水稻根际分离到２４９株细菌，它们分属于９个属和３个类群，以香农指数为群落多样性指标，对５个样品的细菌群落多样性进行了比较和显著差异性检验，结果表明热带地区水稻根际细菌的群落多样性与亚热带地区有明显差异；     

牡丹野生种根际土壤细菌群落特征分析

【目的】植物根际微生物群落由土壤环境和根系代谢活动共同作用产生,在植物生长发育过程中发挥重要功能。解析牡丹野生种在引种地根际土壤细菌群落特征,对有效利用微生物资源和保护野生植物种质资源具有重要的理论意义,为改良牡丹野生种的土壤环境、实现优质种质资源广谱性种植奠定基础。【方法】应用MiSeq高通量测序技术对大花黄牡丹(Paeonia ludlowii)、狭叶牡丹(P.potaninii)、紫牡丹(P.delavayi)、黄牡丹(P.lutea)、紫斑牡丹(P.rockii)、杨山牡丹(P.ostii)、四川牡丹(P.decomposita)、稷山牡丹(P.jishanensis)和卵叶牡丹(P.qiui)9个牡丹野生种根际土壤样品进行16S rRNA基因测序,并分析其与理化指标的相关性。【结果】高通量测序共获得606 536条序列和99个OTU聚类,隶属于24门、84纲、154目、280科和603属。Alpha多样性分析表明杨山牡丹根际微生物群落包含的物种数目最高,Beta分析发现四川牡丹、紫斑牡丹、黄牡丹、杨山牡丹、紫牡丹和大花黄牡丹根际土壤中细菌群落结构更为相似。细菌群落组成分析结果...     

龙江河河岸带撑篙竹根际与非根际土壤细菌群落特征

为探究龙江河河岸带撑篙竹(Bambusa pervariabilis McClure)根际与非根际土壤细菌群落组成特征,揭示土壤细菌群落的相互作用与功能特征,以及影响细菌群落组成的环境因素,本研究开展该区域土壤理化环境因子调查,并进行土壤细菌群落高通量测序分析。结果表明,撑篙竹根际土壤pH值、氨氮(NH₄⁺-N)、硝氮(NO^-₃-N)和速效磷(Available Phosphorus, AP)均低于非根际土壤,水分含量(Moisture Content, MC)和土壤有机质(Soil Organic Matter, SOM)含量则高于非根际土壤,部分理化指标之间存在显著相关性。α多样性分析表明,撑篙竹根际土壤细菌群落丰富度较非根际土壤高,而多样性较非根际土壤低;放线菌门(Actinobacteriota, 26.93%)、变形菌门(Proteobacteria, 17.63%)、Patescibacteria(4.28%)、黏球菌门(Myxococcota, 3.25%)和蓝藻门(Cyanobact...     

基于不同引物的湖泊沉积物中细菌群落结构多样性的比较研究

采用PCRD-DGGE技术,用两对引物对湖泊沉积物细菌群落结构进行了比较研究.结果表明:沉积物样品中细菌群落结构显示了明显的空间分布多样性差异,随着沉积深度的增加,细菌群落多样性指数降低.采用不同引物扩增的产物DGGE图谱聚类相近,均分成0～20cm和20～45cm两大类,但引物341f/534r导出的相似性Cs值在30.2%～75.9%之间,引物341f/926r得出的相似性Cs值在34.3%～84.1%之间,采用不同引物不同沉积深度样品群落结构之间的相似性和优势种动态变化存在差异.     

金针虫添加对冬小麦根际土壤线虫群落的影响

通过室内盆栽实验研究沟金针虫(Pleonomus canaliculatus)处理下冬小麦(Triticum aestivum)根际土壤线虫群落的变化.结果显示,添加金针虫显著增加了冬小麦根际土壤线虫的总属丰富度、总土壤线虫的丰富度以及食细菌类和食真菌类线虫的丰富度,原因主要是金针虫添加提高了冬小麦根际土壤有机碳含量以及冬小麦苗和根中的类黄酮含量.主成分分析(PCA)结果表明,添加金针虫可以改变冬小麦根际土壤线虫群落的组成.冗余分析(RDA)证实冬小麦苗和根中的类黄酮含量、土壤有机碳含量分别解释土壤线虫群落变异的35.80%、16.40%和12.52%.上述结果表明,金针虫添加通过间接作用影响冬小麦根际土壤线虫群落,即通过增加冬小麦苗和根中的类黄酮含量对根际土壤线虫的丰富度和多样性产生影响.     

鄱阳湖南矶湿地苔草植被根际土壤微生物群落结构分析

为探究鄱阳湖南矶湿地苔草植被根际土壤微生物群落结构,该文以鄱阳湖南矶湿地苔草植被根际土壤为研究对象,采取0～15 cm、15～30 cm及30～45 cm深度的土壤,采用Illumina HiSeq高通量测序技术,研究不同深度土壤群落结构及其影响因素.研究结果表明：不同深度土壤样品理化性质和酶活性存在显著差异,随土壤深度的增加呈降低趋势.Pearson相关分析表明鄱阳湖南矶湿地苔草植被根际土壤理化性质与土壤酶活性之间存在不同程度的相关性.高通量测序结果表明不同深度土壤细菌和真菌群落微生物丰富度及多样性未达到在统计学意义上的差异显著水平(P>0.05),土壤古菌群落微生物多样性随土壤深度的增加而增加.在苔草植被根际土壤中共检测到41个细菌门类,其中变形菌门、酸杆菌门、绿弯菌门和硝化螺旋菌门为优势菌门;检测到8个真菌门类,其中子囊菌门、担子菌门和罗兹菌门为优势菌门;检测到10个古菌门类,其中广古菌门、泉古菌门、奇古菌门为优势菌门.冗余分析表明：土壤有机质、全氮、全磷和碱解氮含量是影响细菌群落的主要环境因子;土壤有机质、全氮、有效磷和碱解氮含量是影响真菌群落的主要环境因子;土壤有机质、...     

不同马铃薯基因型对根际细菌群落结构的影响

本研究旨在从根际细菌群落结构的角度阐述不同马铃薯基因型对根际细菌菌群的影响,探讨高山地方种根际细菌菌群特性,挖掘可能对地方种定殖起关键作用的细菌类型.本研究通过高通量测序数据对不同马铃薯基因型根际细菌16SrRNA基因进行操作分类单位(OTU)聚类,分析样品间细菌群落的多样性特征,并通过OTU丰度差异分析揭示引起基因型效应的根际细菌类型.测序结果经质量控制,共获得3 097 269条高质量序列(Clean tags)并依据97%的序列相似性聚类到1 565个有效OTUs,品种间OTU种类相差不大.群落多样性反映高山地方种乌洋芋和牛角洋芋根际细菌群落较其他基因型存在着显著差异.乌洋芋和主栽品种米拉间OTU丰度分析表明乌洋芋中55个OTU丰度上调,143个丰度下调,差异显著.本研究表明,马铃薯根际细菌群落多样性受马铃薯基因型因素的影响,高山地方种相较于自育种和主栽种其根际细菌群落结构表现出显著的差异.     

溃疡病猕猴桃和健康猕猴桃根际土壤细菌群落结构

从湘西永顺县猕猴桃基地分别采集萌芽期(3月)、生长期(6月)和成熟期(9月)溃疡病猕猴桃和健康猕猴桃根际土壤样品,采用宏基因组测序技术探究了土壤样品中细菌群落结构和种群丰度.结果发现：虽然3个时期健康猕猴桃和病患猕猴桃根际土壤的细菌群落结构和种群丰度存在一定差异,但优势属主要包括Acidobacteria类群、芽单胞菌属、Gaiella等.其中假单胞菌属细菌的种群丰度随生长期延长呈现出先上升后下降的规律,与猕猴桃溃疡病发生进程吻合,提示假单胞菌属细菌可能是猕猴桃溃疡病发生的传染源.此外,黄杆菌科和丛毛单胞菌科细菌在病患猕猴桃土壤样品中丰度高于健康样品,推测其与猕猴桃溃疡病的发生存在正相关关系;红螺菌科、高温单孢菌科,芽孢杆菌属和链霉菌属细菌在健康猕猴桃土壤样品中丰度高于病患样品,推测其在猕猴桃溃疡病发生中起拮抗作用.     

辽河口湿地生态修复过程中土壤微生物群落结构特征

通过比较辽河口湿地天然芦苇沼泽地、人工栽植芦苇斑块及无芦苇生长光滩地3种不同生境土壤理化性质及微生物群落结构变化,探讨了退化芦苇湿地修复过程中的土壤微生物群落响应特征.结果表明,与光滩区相比,植物修复后芦苇湿地的土壤理化性质有所改善,微生物数量随之增加,且表现出细菌占绝对优势,同时微生物多样性显著提高;但与天然芦苇沼泽地相比,土壤养分(有机质、总氮、总磷)仍不足,湿地微生物的数量稍低.微生物群落结构DGGE解析表明,3种生境土壤中多为不可培养细菌.     

利用PCR-DGGE技术分析硫化镍矿浸矿体系中的细菌群落演替

 浸矿体系中的菌群结构及其演替规律与浸出率具有密切的关系,为了解硫化镍矿浸矿体系中的这种关系以提高浸出率,利用PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)技术结合16S rRNA基因序列对体系的细菌种群结构进行分析.研究表明,在硫化镍矿浸矿体系中,菌群组成菌属为嗜酸氧化亚铁硫杆菌属(Acidithiobacillus),并在浸矿体系中具有明显的演替现象,浸矿体系中的菌株演替和浸出率具有明显的相关性,经过21d的浸出,硫化镍矿的浸出率达到70%,探索浸矿体系中细菌的种群结构及其演替与浸出率的关系,对优化浸出体系菌群组成,提高浸出率具有指导作用.     

利用PCR-DGGE技术鉴定硝基甲苯类物质降解菌株

为鉴定光催化-厌氧好氧固定化微生物方法降解2,6-DNT和4-MNT的优势菌株,取连续运行40d的厌氧好氧反应器出入口的微生物样品.采用PCR-DGGE技术分离微生物,得到对2,6-DNT和4-MNT具有良好降解特性的优势菌种;发现厌氧反应器内不同位置微生物种类差别很大,好氧反应器内差别很小;反应器内有5种优势菌株:Delta proteobacterium,Pseudomonas stutzeri,Pseudomonas trivialis,Burkholderia cenocepa-ciaand Chryseobacterium sp.AKB-2008-VA6和1个未知菌株,以兼性厌氧和好氧方式生存.反应器运行期间,水质指标良好.     

肝内胆管结石和胆汁中细菌多样性分析

运用培养法和聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术对6个病人肝内胆管结石和胆汁中的细菌群落进行了分析.胰蛋白胨大豆肉汤(TSB)培养法结果显示,从6个胆石和5个胆汁样品中分别分离到15株和12株细菌,均属于Escherichia和Enterococcus两个属,而同一病人胆石及胆汁中细菌种类并不完全相同,其中一份胆汁样在两种方法检测中皆为阴性;PCR-DGGE结果表明,胆石及胆汁样品中除培养法中发现的两个属外,还包含Pseudomonas、Morganella、Citrobacter、Baterioides、Serratia、Clostridiales和Aeromonas共7个属的细菌.在5组PCR阳性的胆石和胆汁的DGGE指纹图谱相似性分析中,每组内胆石和胆汁间细菌群落结构的最高相似性仅为32.3%.两种检测方法的结果表明,Escherichia coli在胆石和胆汁中的检出率最高,胆石和胆汁中细菌多样性存在差异,PCRDGGE技术比培养法能更好检测到胆石和胆汁中的细菌多样性.     

利用PCR-DGGE技术分析微生态制剂在传代过程中的菌群变化

利用变性梯度凝胶电泳（denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE）技术,结合传统平板培养法对实验室研制的1种由乳酸菌和芽孢杆菌组成的微生态菌剂WS-401及其在连续转接培养过程中细菌种群组成的动态变化进行分析。WS-401原液的活菌数为2×107 cfu/mL,且细胞个体形态多样。将分离自原液的3株细菌进行DGGE分析,出现2种指纹谱带,对照标准的DGGE指纹图谱库和序列分析,分别被鉴定为蜡状芽孢杆菌（Bacillus cereus）和嗜热链球菌（Streptococcus thermophilus）。将该菌剂分别在LB和MRS两种培养基中30℃或37℃连续转接5次,DGGE分析每次转接后培养物的菌群组成,结果发现,随着转接次数的增加,微生物菌群的种类减少,在LB培养基中转接5次后优势菌群只有蜡状芽胞杆菌,而在MRS培养基中转接后优势菌群为植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）和类干酪乳杆菌（Lactobacillus paracasei）。由此说明,微生物的营养基质和培养条件对微生态制剂在传代过程中的菌群组成和动态变化有重要影响。     

负压处理梯度电泳凝胶对 PCR-DGGE 实验结果的影响

摘要: 目的 比较负压处理前后变性梯度凝胶电泳( DGGE) 胶凝固时间的变化,验证负压处理是否影响 PCR-DGGE 实验结果。方法 使用两种不同引物扩增的 PCR 产物,在不同的负压处理前后,分别进行两种上述 PCR 产物的变 性梯度凝胶电泳。结果 1) 不同的负压处理对变性胶的凝固时间没有明显的影响; 2) 不同负压处理前后,对 PCR- DGGE 的实验结果有明显的影响。结论 负压处理对 PCR-DGGE 的实验结果有显著影响。     

稻壳固载焦化废水优势反硝化菌制备条件优化

选用从焦化废水的污泥中筛选出5株优势反硝化菌,采用固态培养技术将优势反硝化菌固定至稻壳载体.实验通过响应面法,以TTC脱氢酶酶活为响应值,对反硝化菌的固态培养条件:培养时间、培养温度、接种量、含水率进行优化;并研究3种保存方法对固载菌株TTC-脱氢酶活性的影响.实验结果表明,固态培养条件的最佳值:发酵时间为70h,培养温度为24.2℃,接种量为10.6/20,含水率为50.1%,固载菌株TTC-脱氢酶活性最大达到31.809(ugTF/g/h);冷冻保存法对酶活影响最小,鼓风风干最经济实用.保存30d后的固载菌株48h对焦化废水的降解率达70%以上.     

上海崇明东滩加拿大一枝黄花根际部分可培养细菌的多样性分析

加拿大一枝黄花（Solidago canadensis L．）是一种外来引进后逃逸造成危害的新入侵杂草,以上海市崇明东滩不同时期围垦地为研究地点,采用微生物培养技术,对生长于上海崇明东滩不同时期围垦地的加拿大一枝黄花根际微生物进行分离筛选和菌种鉴定,结果表明：加拿大一枝黄花根际可培养微生物种类随入侵时间的延长而增多,根际微生物多样性随入侵时间的延长而增加;根际可培养微生物种类随季节的变化有所不同,夏季的根际微生物种类总体比冬季多,另外具有解磷和分解尿素的微生物较多,推测这些细菌的存在与加拿大一枝黄花可以在入侵地成功繁殖并且速度惊人有一定关系．     

上海地区不同植物根际荧光假单胞菌多样性

荧光假单胞菌是一种常见的植物根际促生细菌,有开发作为生物农药的潜质．以分离自上海周边地区12种植物根际的104株荧光假单胞菌为研究对象,进行了表型分类,并采用16S—rDNARFLP和REP—PCR技术,系统地研究了荧光假单胞菌的遗传多样性．结果表明：16S—rDNARFLP酶切图谱聚类分析在85％相似性水平上,可将供试菌株划分为9群;REP—PCR指纹图谱聚类分析在76％相似性水平上,可将供试菌株划分为26群,说明上海地区的荧光假单胞菌具有丰富的遗传多样性;聚类分析结果还显示出菌株间亲缘关系与其分离地和所在植物具有相关性,表明环境条件对荧光假单胞菌的发育和遗传分化有重要影响．     

转Bt基因水稻对其根际可培养氨氧化菌的影响

通过分离计数以及运用分子生物学手段,研究了吴凤实验基地不同种植年份转BT基因水稻对水稻土壤的功能群氨氧化细菌的影响.查明种植转B t基因水稻会影响其根际浅层的可培养氨氧化细菌种群组成.这种影响表现为:种植转B t基因水稻的时间越长,种植的强度越大,对土壤氨氧化细菌的影响也就越大,这一现象从A、B、E土样的对比和B、D、E土样的对比中得到明显的反映.同样,转B t基因水稻也会影响到土壤深层的氨氧化细菌,与浅层土样中的结果具有相似性.     

低温域湿地植物根际氮转化强度

在低温条件下(0 ～15℃),对菖蒲、芦苇、香蒲等10种湿地植物根际土壤的氮转化强度进行对比分析.结果表明,湿地植物根际氨化、反硝化作用强度随温度下降而逐渐降低,硝化作用强度在10℃左右出现大幅下降;低温域植物根际反硝化作用强度明显高于硝化作用强度;植物种类对根际土壤氨化、硝化作用强度影响较大,其中香蒲氨化作用强度最大...