黄酒熟麦曲中细菌多样性的评价

以黄酒熟麦曲为研究对象,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chan reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)与MiSeq高通量测序技术相结合的方法对其细菌多样性进行解析。DGGE结果表明:Bacillus(芽孢杆菌)、Weissella(魏斯氏菌)、Pediococcus(片球菌)、Staphylococcus(葡萄球菌)和Lactobacillus(乳酸杆菌)普遍存在于麦曲样品中。MiSeq高通量测序结果表明:熟麦曲中的细菌门主要为Firmicutes、Proteobacteria和Actinobacteria,平均相对含量分别为87.95%、9.00%和1.16%。熟麦曲中的细菌属主要为Bacillus (芽孢杆菌属)、Weissella(魏斯氏属)、Staphylococcus(葡萄球菌)、Klebsiella(克雷伯菌属)、Pantoea(泛菌属)和Lactobacillus(乳杆菌属),其平均相对含量分别为70.70%、8.55%、2.67%、2.29%、1.32%和1.07%。由此可见,Bacillus(芽孢杆菌)为熟麦曲中的优势细菌。     

巴彦淖尔酸粥细菌菌群多样性分析及其与风味的相关性

为解析内蒙古巴彦淖尔地区酸粥样品中细菌类群及其风味品质特征，该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对巴彦淖尔酸粥样品的细菌菌群多样性进行分析，利用电子鼻和电子舌技术对其气味和滋味品质进行检测，并对优势细菌属与风味品质之间的相关性进行研究。结果表明，酸粥样品中优势细菌门分别为厚壁菌门（Firmicutes）(88.71%)和变形菌门（Proteobacteria）(9.97%)，优势细菌属分别为乳杆菌属（Lactobacillus）(85.45%)、魏斯氏菌属（Weissella）(9.81%)和醋酸杆菌属（Acetobacter）(1.60%)，所有样品中包含7个核心操作分类单元（OTU），且Lactobacillus和Acetobacter为核心细菌属。酸粥气味特征主要体现在氮氧化合物、甲烷和萜类化合物上，滋味特征主要体现在酸味上。相关性分析表明，Acetobacter与芳香型化合物的生成呈极显著正相关（P<0.01）,Lactobacillus与氮氧化合物的生成呈显著正相关（P<0.05）,Weissella与酸粥样品的涩味呈显著负相关（P<0.05...     

湖南地区酱香型白酒酒醅细菌多样性及其与基酒风味物质相关性分析

采用高通量测序技术分析湖南地区酱香型白酒酒醅细菌群落结构及变化规律,利用顶空固相微萃取-气相色谱质谱联用(HS-SPME-GC-MS)分析轮次酒的风味物质构成,并阐释酒醅细菌菌群与风味物质的相关性。结果表明,酒醅样品中共检出25个门,308个属。优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),优势细菌属为乳杆菌属(Lactobacillus)、醋杆菌属(Acetobacter)、劳尔氏菌属(Ralstonia)和芽孢杆菌属(Bacillus)等,其中乳杆菌属(Lactobacillus)和醋杆菌属(Acetobacter)为各轮次共有的优势菌属。各轮次基酒中共检出83种风味物质,相关性分析结果表明,克罗彭斯特菌属(Kroppenstedtia)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)、小球菌属(Pediococcus)、芽孢杆菌属(Bacillus)和醋杆菌属(Acetobacter)等与风味物质相关性较强。相较于其他产区,湖南地区酱香型白酒酒醅样品细菌群落结构、优势菌门种类数量、群属丰度及轮次基酒风味物...     

潜江地区蔬菜鲊细菌多样性与滋味品质的关联性分析

该研究将采集自潜江地区的以苞谷为原料,添加辣椒或莲藕等蔬菜混合发酵的食品统称为蔬菜鲊。为分析潜江地区蔬菜鲊中细菌多样性对蔬菜鲊滋味品质的影响,该研究使用Illumina MiSeq高通量测序技术对蔬菜鲊样品中的细菌多样性进行分析,同时使用电子舌技术分析蔬菜鲊样品的滋味品质。结果显示,基于细菌门水平分析,鲊广椒中硬壁菌门(Firmicutes, 97.99%)和变形菌门(Proteobacteria, 1.40%)为优势菌门,藕鲊中硬壁菌门(Firmicutes, 72.09%)、放线菌门(Actinobacteria, 18.78%)和变形菌门(Proteobacteria, 8.82%)为优势菌门,且鲊广椒和藕鲊样品中优势细菌类群Firmicutes和Proteobacteria差异显著(P<0.05),细菌类群Actinobacteria差异非常显著(P<0.01);基于细菌属水平分析,鲊广椒中乳酸杆菌属(Lactobacillus,95.58%)和片球菌属(Pediococcus,1.52%)为优势菌属,藕鲊中Lactobacillus(49.37%)、葡萄球菌属(S...     

基于MiSeq高通量测序技术宣恩地区米酒微生物多样性解析

采用MiSeq高通量测序技术对湖北省恩施土家族苗族自治州宣恩县的3个米酒样品微生物多样性进行了解析,结果发现米酒中的细菌主要为隶属于Firmicutes(硬壁菌门)的Pediococcus(片球菌属,74.10%)、Bacillus(芽孢杆菌属,6.32%)和Lactobacillus(乳杆菌属,3.03%)以及隶属于Proteobacteria(变形菌门)的Pseudomonas(假单胞菌属,3.58%)、Acinetobacter(不动杆菌属,1.22%)和Enterobacter(肠杆菌属,1.08%),真菌主要为隶属于Ascomycota(子囊菌门)的Wickerhamomyces(异常威克汉姆酵母属,44.67%)、Saccharomycopsis(扣囊复膜酵母,23.10%)和Trichomonascus(1.20%)以及隶属于Mucoromycotina(毛霉亚门)的Amylomyces(淀粉菌,27.06%)。细菌和真菌的核心OTU包含序列条数占总序列数的89.88%和98.80%。由此可见,宣恩地区米酒存在大量的核心细菌和真菌类群。     

保温发酵鱼露中细菌群落的16S rDNA分子生态分析

本文通过对细菌16S rDNA V₄区进行高通量测序,并结合实时荧光定量PCR 法(FQ-PCR)研究35 ℃发酵条件下鱼露的细菌群落多样性。研究发现发酵初期细菌数量快速下降,到后期数量基本保持稳定。鱼露中细菌群落组成复杂,在测序得到的所有细菌OTUs中共注释出37个门、238个属,但有50%左右的OTUs未能注释到属。发酵8个月后,继续增加发酵时间,鱼露中的细菌组成变化不明显。在门的水平上,在鱼露发酵的各个阶段中细菌主要分布在变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes);在属分类的水平上,优势菌主要有乳杆菌属(Lactobacillus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、链球菌属(Streptococcus)、不动菌属(Acinetobacter)等。发酵前2个月,优势菌是嗜冷杆菌属(Psychrobacter,23.39%)、链球菌属(Streptococcus,5.34%)、乳杆菌属(Lactobacillus,3.05%),发酵12个月时,主要优势菌中变形菌门中以链球菌属(Streptococcus,3.62%)、乳杆菌属(Lactobacillus,3.23%)、葡萄球菌属(Staphylococcus,1.20%)为主,而厚壁菌门以不动菌属(Acinetobacter,9.14%)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter,8.77%)、假单胞菌属(Pseudomonas,6.78%)为主,其中耐盐和嗜盐的乳酸菌主要有乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)等。     

基于PCR-DGGE与高通量测序技术的恩施地区腊鱼细菌多样性评价

作为我国传统的发酵食品,腊鱼因具有独特的滋味和口感而深受人们青睐。以16 s rDNA基因为标靶,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)与Mi Seq高通量测序技术相结合的方法对采集自恩施地区腊鱼样品的细菌多样性进行了研究。PCR-DGGE结果表明,腊鱼样品中的细菌以Psychrobacter和Lactobacillus为主。Mi Seq高通量测序结果表明,腊鱼中的优势细菌门主要为变形菌门(Proteobacteria)、硬壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria),其平均相对含量分别为61.29%、30.21%、5.34%和1.74%。腊鱼中的优势细菌主要为Psychrobacter、Brochothrix、Pseudomonas、Staphylococcus、Acinetobacter、Vibrio、Pseudoalteromonas和Chryseobacterium,其平均相对含量为35.70%、19.74%、7.13%、7.12%、4.19%、3.90%、3.09%和1.98%。在分类操作单元(Operational taxonomic units,OTU)水平上,发现了64个核心OTU,累计平均相对含量高达62.67%。由此可见,恩施地区腊鱼中的优势细菌主要由隶属于Proteobacteria的Psychrobacter及隶属于Firmicutes的Brochothrix构成,且不同样品共有大量的核心细菌菌群。     

基于高通量测序技术奶豆腐核心细菌类群的研究

使用MiSeq高通量测序技术对15个奶豆腐样品中细菌多样性进行了解析。结果表明,新疆维吾尔自治区塔城地区奶豆腐中优势细菌门为Proteobacteria(变形菌门)、Frimicutes(硬壁菌门)、Actinobacteria(放线菌门)和Bacteroidetes(拟杆菌门)。在所有样品中均存在且相对含量大于1.0%的细菌属为Lactobacillus(乳杆菌属,19.66%)、Acetobacter(醋酸杆菌属,16.69%)、Lactococcus(乳球菌属,13.90%)、Enterobacter(肠杆菌属,11.42%)、Staphylococcus(葡萄球菌属,3.33%)、Acinetobacter(不动杆菌属,2.79%)和Streptococcus(链球菌属,1.14%)。核心分类操作单元矩阵OTU注释为乳酸杆菌属、Macrococcus(巨球菌属)、乳球菌属、肠杆菌属、不动杆菌属和醋酸杆菌属。由此可见,塔城地区奶豆腐中含有大量的细菌类群,且以乳杆菌属、醋酸杆菌属、乳球菌属和肠杆菌属细菌为主。     

高通量测序分析冷鲜滩羊肉储藏过程中的细菌群落多样性

通过Illuminu测序技术对滩羊肉贮藏过程中菌群的16S rRNA基因V3区进行测序,探讨冷鲜滩羊肉在贮藏过程中细菌的菌群组成,以及随着储藏时间延长其优势菌群的变化。结果表明:滩羊肉在贮藏过程中其微生物菌群变化具有多样性;三个不同贮藏时期滩羊肉的微生物都是由11个细菌门、23个纲、35个属组成,但是不同时期的细菌的丰富度不同,随着储存时间延长,到第8 d时,冷鲜滩羊肉表面的主要类群为变形菌门(Proteobacteria)占71.59%,厚壁菌门(Firmicutes)占23.15%。其中Proteobacteria类群随着储藏时间的增加呈现减少的趋势,而Firmicutes菌群变化趋势与之相反。随着储藏时间变化,滩羊肉贮藏中主要腐败菌为假单胞菌属(Pseudomonas spp.)、不动杆菌属(Acinetobacter spp.)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter spp.)、肠杆菌属(Enterobacteriaceae spp.)、热死环丝菌(Brochothrix spp.)、乳酸菌属(Lactobacillus spp.)。其中假单胞菌属(Pseudomonas spp.)是造成冷鲜滩羊肉腐败变质的主要优势菌。     

基于变性梯度凝胶电泳和MiSeq高通量测序技术分析恩施地区腊肉的细菌多样性

以采集自湖北省恩施地区的5个腊肉样品为研究对象,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase?chain?reaction-denatured?gradient?gel?electrophoresis,PCR-DGGE)与MiSeq高通量测序技术相结合的方法对其中所含微生物的多样性进行解析。PCR-DGGE结果表明,腊肉样品中的细菌主要为葡萄球菌属(Staphylococcus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)和假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas);MiSeq高通量测序结果表明,腊肉中的细菌门主要为硬壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),其平均相对含量分别为54.05%和44.28%,细菌属主要为葡萄球菌属(Staphylococcus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、环丝菌属(Brochothrix)、科贝特氏菌属(Cobetia)和不动细菌属(Acinetobacter),其平均相对含量分别为40.18%、24.02%、9.37%、8.53%、4.71%和2.31%;在分类操作单元(operational taxonomic units,OTU)水平上,发现252个核心OTU,累计平均相对含量高达74.22%。由此可见,PCR-DGGE和MiSeq高通量测序的结果综合分析得出恩施地区腊肉中的细菌主要为葡萄球菌属(Staphylococcus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)和假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)。     

冷鲜牛肉贮藏中菌群结构及优势菌致腐性的分析

为探究牛肉在0?℃冷藏下微生物菌群变化和优势腐败菌,采用培养依赖的16S rRNA结合高通量测序技术分析牛肉样品的微生物多样性变化。通过定期测定接种牛肉汁的生长、感官、蛋白酶活性、pH值和挥发性盐基氮（total volatile basic nitrogen,TVB-N）值,分析分离株的致腐特征。结果表明,牛肉冷藏中感官品质保持良好,15?d出现异味,18?d有腐臭味。而样品中菌落总数第3天快速上升,15?d菌落总数为8.73（lg（CFU/g））,之后呈现稳定,假单胞菌（Pseudomonas spp.）、热死环丝菌（Brochothrix thermosphacta）、肠杆菌（Enterobacter）和乳酸菌4 种分离培养基中细菌与菌落总数增长趋势相似,其中假单胞菌增长最快,肠杆菌数和乳酸菌数生长最慢。两种菌群鉴定结果显示,冷鲜牛肉初始微生物构成复杂,包括热死环丝菌、不动杆菌属（Acinetobacter spp.）、气单胞菌属（Aeromonas spp.）和假单胞菌等多种菌属构成,而腐败末期菌群构成趋于单一,假单胞菌和热死环丝菌为优势腐败菌,特别是莓实假单胞菌（P. fragi）。将腐败分离株10?株假单胞菌、4?株热死环丝菌和1?株蜂房哈夫尼菌（Hafnia alve）接种于冷藏的牛肉汁,发现假单胞菌和蜂房哈夫尼菌的接种组感官评分、pH值和TVB-N值高于热死环丝菌,且假单胞菌有较强的蛋白酶活性。研究表明,结合感官和微生物评价冷鲜牛肉贮藏期为15?d,且菌群多样性下降,假单胞菌和热死环丝菌是优势腐败菌,其中假单胞菌致腐性较强。     

基于高通量测序的湘派卤牛肉细菌多样性分析

目的:为湘派卤牛肉保鲜保味,延长货架期。方法:对不同贮藏时间(0,4,8,12,16 d)的湘派卤牛肉样品中细菌进行多样性测序。结果:高通量测序共获得有效基因序列1 116 813条,平均每个样品74 454条。Alpha多样性分析表明,LNR8d中细菌丰度最高,LNR4d中细菌丰度最低;细菌门水平结果表明,在贮藏期间,15个卤牛肉样品中的优势菌门主要有：厚壁菌门、变形菌门和蓝细菌门。细菌属水平结果表明,LNR0d的样品中优势菌属为芽孢杆菌属;LNR4d的样品中优势菌属为巨大球菌属;LNR8d的样品中优势菌属为肠杆菌属;在LNR12d的样品中优势菌属为芽孢杆菌属;在LNR16d的样品中优势菌属为unidentified＿Chloroplast。PCoA分析显示15个样品的组内样本之间距离较大,表明其菌群差异性较大。LEfSe分析表明,LNR4d～LNR16d样品中属水平下贡献最大的细菌菌群分别为巨大球菌属、微小杆菌属、乳杆菌属。结论:研究揭示了湘派卤牛肉贮藏过程中的细菌多样性,探索了湘派卤牛肉贮藏过程中的细菌变化情况及其优势菌属。     

高通量测序分析不同增菌温度下冷鲜鸡肉细菌的群落多样性

采用Ion Torrent个人化操作基因组测序仪高通量测序技术,对冷鲜鸡肉贮藏过程中的细菌在4?℃与37?℃两种增菌温度下群落结构、相对丰度及演替规律进行深入研究。结果表明：在门水平上,变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门为3?大菌门。在属水平,4?℃条件下,贮藏前期（0～4?d）以假单胞菌属、希瓦氏菌属、不动杆菌属为主要的优势菌属,其中假单胞菌占最大的比例,最高达44.03%;在贮藏中后期（6～12?d）,类香味菌属迅速增加,含量大于假单胞菌属,成为冷鲜鸡肉贮藏中后期的优势腐败菌。在37?℃条件下,柠檬酸杆菌属、变形杆菌属、乳球菌属及未知其他菌属在贮藏前期占主要优势;到贮藏中后期,以类香味菌属、污蝇杆菌属为主,对冷鲜鸡肉腐败变质有着重要的影响。两种增菌温度下细菌群落多样性及菌群结构变化,反映了冷鲜鸡肉潜在的卫生质量风险,为后期冷鲜鸡肉冷藏过程或贮藏中温度失控情况下有效实施冷鲜鸡肉质量安全监测提供技术参考。     

Spoilage of value-added, high-oxygen modified-atmosphere packaged raw beef steaks by Leuconostoc gasicomitatum and Leuconostoc gelidum

Moisture-enhancing and marinating of meats are commonly used by the meat industry to add value to raw, retail products. Recently in Finland, certain value-added beef steak products have proven to be unusually susceptible to microbial spoilage leading to untoward quality deteriorations during producer-defined shelf-life. This study was conducted to evaluate the role of lactic acid bacteria (LAB) in the premature spoilage of value-added beef packaged under high-oxygen modified atmospheres. Spoilage was characterised by green discolouration and a buttery off-odour. The predominant LAB in eight packages of spoiled, marinated or moisture-enhanced beef steaks were identified by reference to a 16 and 23S rRNA gene restriction fragment length polymorphism pattern (ribotype) database. Leuconostoc gasicomitatum, Leuconostoc gelidum, Lactobacillus algidus, Lactobacillus sakei and Carnobacterium divergens were found to predominate in the LAB populations at numbers above 10(8) CFU/g. Inoculation of moisture-enhanced steaks with LAB strains and strain mixtures originating from the spoiled products demonstrated the spoilage potential of L. gasicomitatum and L. gelidum isolates. These two species produced green surface discolouration and buttery off-odours similar to these found in the spoiled, commercial products.     

Characterization and identification of yeasts from fresh and spoiled ground beef

From 28 samples of fresh and 4 of spoiled ground beef, 197 yeast isolates were obtained. Following identification, 79 strains resulted representing five genera with the genus Candida accounting for 82% of the strains and 61% of the identified species. Other genera found were Rhodotorula, Torulopsis, Trichosporon, and Cryptoccus. With one exception, only Candida was recovered from spoiled beef. The findings indicate that the yeast flora of fresh ground beef is characterized almost exclusively by Candida. Although not definitive, it appears that C. lipolytica, the most frequently isolated species, and C. zeylanoides are more indigenous to ground beef than any of the other 21 species identified.     

新疆新源县酸马奶细菌菌群分析

通过对新疆那拉提高海拔草原自然发酵变酸后的传统酸马奶采用Illumina MiSeq平台高通量测序和生物信息学分析,检测酸马奶中可培养和不可培养的细菌菌群组成;同时利用MRS培养基分离纯化获得可培养乳酸菌,对菌株进行形态学、生理生化特征及分子生物学鉴定。结果表明,高通量测序后根据操作分类单元（OTU）划分水平,显示出酸马奶的细菌菌群结构丰富,但菌群多样性较低,其中厚壁菌门（Firmicutes）为酸马奶中的优势菌门,占所有菌群的85.78%;乳杆菌属（Lactobacillus）为酸马奶中的优势菌属,占所有菌群的84%。通过传统乳酸菌培养分离出菌株MN-Is,经鉴定为乳杆菌属（Lactobacillus）。     

秭归地区鲊广椒中乳酸菌及细菌多样性研究

该研究在采用纯培养方式对秭归地区鲊广椒中乳酸菌进行分离鉴定的基础上，进一步采用MiSeq高通量测序技术对其细菌多样性进行解析。结果表明，从14个鲊广椒中分离出的43株疑似乳酸菌被鉴定为乳酸杆菌属（Lactobacillus）和屎肠球菌属（Enterococcus），鉴定到的种主要有植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）、敏捷乳杆菌（Lactobacillus alimentarius）和屎肠球菌（Enterococcus faecium），占所有分离株的86.05%，其中L. plantarum占所有分离株的60.74%，为优势菌种。测序结果显示，鲊广椒中主要的细菌类群为隶属于硬壁菌门（Firmicutes）的Lactobacillus和戊糖片球菌属（Pediococcus）以及隶属于变形菌门（Proteobacteria）的假单胞菌属（Pseudomonas），其平均相对含量分别为47.85%、13.29%和21.31%，其中乳酸菌含量累计达61.14%。由此可见，秭归地区鲊广椒中蕴含了较为丰富的乳酸菌资源，但同时也存在Pseudomonas等具有致病性的菌属。