基于网络药理学及分子对接技术的复方丹参滴丸治疗心绞痛潜在分子机制探讨

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制。方法 通过中药系统网络药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索复方丹参滴丸的活性成分,利用GeneCards、Disgnet和TTD数据库检索心绞痛疾病相关靶点,通过String数据库和Metascape开放平台对复方丹参滴丸与心绞痛的交集靶点进行京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析及基因本体论（gene ontology,GO）注释。采用SYBYL2.1软件的Surflex-Dock模块对筛选的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果 从复方丹参滴丸中筛选出76种活性化合物,涉及500个潜在靶点。复方丹参滴丸成分靶点与心绞痛疾病靶点取交集,共获得457个交集靶点;复方丹参滴丸治疗心绞痛作用靶标的蛋白相互作用（PPI）网络中共包含158个节点,其中重要的靶点有STAT3、TP53、AKT1、JUN、MAPK1、HSP90AA1等。复方丹参滴丸通过调控炎症反应、凋亡信号通路、积极调节细胞迁移等GO生物过程,参与流体剪切应力与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、IL17信号通路等信号通路,发挥治疗心绞痛的作用。分子对接结果表明筛选得到的活性成分与靶点有较强的结合。结论 运用网络药理学研究方法推测出复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制及作用靶点,分子对接验证了筛选的关键活性成分与重要靶点具有较强的结合活性。     

基于网络药理学和分子对接探讨癫痫宁片治疗癫痫的潜在作用机制研究

目的 通过网络药理学和分子对接方法,筛选癫痫宁片治疗癫痫的主要活性成分和分子机制。方法 采用TCMSP、Herb数据库筛选癫痫宁片中的主要活性成分及靶点;GeneCard、OMIM、DisGent筛选癫痫的治疗靶点;使用Cytoscape 3.8.2软件构建“药物活性成分–靶点”网络;将药物–交集基因上传至相互作用数据库String构建蛋白相互作用（PPI）网络。将药物–疾病交集基因上传至利用生物信息学开源软件Bioconductor,对其进行生物学过程的基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,并对关键靶点与成分进行分子对接验证。结果 共筛选到癫痫宁片有效成分70个,靶点308个,其中degree前9位的活性成分分别为毛钩藤碱、山柰酚、狼尾草麦角碱、β-谷甾醇;核心靶点共10个,分别为V-Rel网状内皮增生病毒癌基因同源物A（RELA）、转录因子AP-1（JUN）、有丝分裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、信号传导和转录激活蛋白3（STAT3）、肿瘤蛋白p53（TP53）、蛋白激酶B1（Akt1）、雌激素受体α（ESR1）、肿瘤坏死因子（TNF）、有丝分裂原活化蛋白激酶8（MAPK8）。共筛选出5 195个GO条目,富集到259条与药物治疗癫痫相关的通路。分子对接结果显示,核心靶点与活性成分间结合良好。结论 基于网络药理学和分子对接方法对癫痫宁片治疗癫痫作用机制有了新的认识,阐明药物活性成分与癫痫的关系,为临床药物治疗提供了科学依据。     

基于生物信息学和分子对接技术研究当归六黄汤治疗溃疡性结肠炎潜在活性成分及分子机制

目的 采用生物信息学和分子对接技术,探讨当归六黄汤（DGLHD）治疗溃疡性结肠炎（UC）的作用机制。方法 采用公共数据库(TCMSP、DrugBank和UniProt)寻找当归六黄汤的有效活性成分和相应的靶基因,构建DGLHD活性成分-靶蛋白相互作用网络。基于DisGeNET数据库、Genecards数据库和DrugBank数据库检索溃疡性结肠炎相关基因,获取当归六黄汤与溃疡性结肠炎的交集靶点基因。利用STRING在线数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用关系（PPI）分析,获取核心靶点基因。采用Metascape在线数据库进行基因本体（GO）功能注释及KEGG通路富集。通过DiscoveryStudio 2016进行分子对接,确定药物活性成分与核心靶标相互作用的分子基础。结果 共筛选出82种活性化合物和132个交集靶基因。核心靶点基因涉及信号传导与转录激活因子3（STAT3）、TP53、AKT1、MAPK1、JUN和血管内皮生长因子A（VEGFA）;通路富集主要为“肿瘤信号通路”、“糖尿病并发症中晚期糖基化终产物及其受体（AGE-RAGE）信号通路”“内分泌抵抗”、“NF-κB信号通路”、“Th17细胞分化”。分子对接结果表明,当归六黄汤核心活性成分可以通过氢键等相互作用与核心靶基因形成稳定的对接模式。结论 基于生物信息学和分子对接技术,筛选出当归六黄汤治疗溃疡性结肠炎的活性成分、核心靶点及主要信号通路,为当归六黄汤治疗溃疡性结肠炎提供了新的理论基础。     

基于网络药理学及分子对接探讨淡豆豉抗抑郁的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术预测淡豆豉抗抑郁活性成分、作用靶点及通路，探讨其潜在作用机制。方法 利用CNKI、TCMSP、TCMIP检索并筛选淡豆豉抗抑郁潜在活性成分；运用PharmMapper服务器预测活性成分的作用靶点；利用UniProt数据库查询靶点蛋白对应的基因名；运用DrugBank、GeneCards和DisGeNET数据库检索抗抑郁作用靶基因，并将活性成分靶点相互映射获得淡豆豉活性成分抗抑郁靶点；通过String数据库下载靶蛋白相互作用数据，与获取的潜在作用靶点利用Cytoscape 3.7.2.软件构建淡豆豉–活性成分–潜在靶点相互作用网络图。运用DAVID数据库分析潜在靶点的基因本体（GO）分子功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路，最后利用Autodock Vina和Pymol软件对药物有效活性成分和关键靶点进行分子对接验证。结果 预测获得淡豆豉主要活性成分8个，作用靶点396个，与抑郁症交集潜在靶点334个，GO分子功能和KEGG通路涉及多种生物学过程以及脂质和动脉粥样硬化通路、磷脂酰肌醇-3激酶/蛋白激酶B（PI3K-Akt）信号通路、小分子量G蛋白（Ras）信号通路、叉头框蛋白（FoxO）信号通路等多个信号通路。将关键活性成分和靶点进行对接，其中丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）与大豆苷元结合能力较好；磷酸肌醇3-激酶调节亚基1（PIK3R1）与木犀草素、槲皮素结合能力较好；HSP90-α热休克蛋白（HSP90AA1）与黄豆黄素结合能力较好。结论 淡豆豉以多种活性成分、多个作用靶点和途径发挥其抗抑郁作用，为淡豆豉在临床上用于抑郁症的干预和治疗提供依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨当归四逆汤治疗系统性硬化症的作用机制

目的 基于网络药理学与分子对接技术探讨当归四逆汤治疗系统性硬化症的作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索当归四逆汤中的活性成分并以Swiss Target Prediction数据库预测各活性成分的靶点，采用GeneCards数据库收集系统性硬化症疾病靶点，取其中共同靶点作为潜在的作用靶点并导入String数据库建立蛋白相互作用（PPI）网络，以Cytoscape软件进行网络拓扑分析。将PPI靶点导入DAVID数据库进行基因本体（GO）功能和京都基因组百科全书（KEGG）通路富集分析并以OmicShare平台将结果可视化。构建“通路–靶点”网络并筛选其中关键靶点，并采用CB-Dock平台将作用靶点与活性成分进行分子对接以筛选潜在药效成分。结果 收集得到141个当归四逆汤活性成分及1 047个相关靶点，系统性硬化症疾病靶点1 568个。筛选出潜在作用靶点266个，其中关键靶点6个，分别为蛋白激酶B1（Akt1）、血管内皮生长因子受体2（KDR）、V-Ha-Ras肉瘤病毒癌基因同源物（HRAS）、促分裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、促分裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）、血管内皮生长因子A（VEGFA）。主要涉及MAPK信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/Akt信号通路、Rap1信号通路、黏着斑、脂质和动脉粥样硬化、流体剪切应力和动脉粥样硬化等通路的调节。分子对接结果显示，水鬼蕉宾碱、芍药苷、酸枣仁皂苷A等活性成分为治疗中的潜在药效成分。结论 当归四逆汤以多组分、多靶点、多通路干预系统性硬化症，其机制涉及免疫、血管损伤和细胞外基质合成等的调节。     

地皮菜抗三阴性乳腺癌作用活性成分的发现与靶点验证

目的 采用网络药理学方法和分子生物学实验探究地皮菜抗三阴性乳腺癌（triple-negative breast cancer,TNBC）的活性成分与靶点。方法 查阅文献并结合实验室前期研究收集地皮菜的活性成分,采用Swiss Target Prediction数据库进行靶点预测,TTD、Genecards和OMIM数据库获取TNBC靶点。应用STRING在线平台进行蛋白互作,使用Metascape数据库进行KEGG信号通路和GO基因功能富集分析。通过AutoDock软件将地皮菜成分N-乙酰基色胺与靶点AKT1进行分子对接。采用Annexin V-FITC/PI双染色法检测地皮菜活性成分对乳腺癌细胞凋亡的影响。利用RT-qPCR和Western blotting检测地皮菜活性成分抗TNBC的作用机制。结果 网络药理学结果发现N-乙酰基色胺、Scytonemin和Nostocionone等8个有效成分,涉及细胞信号传导和AKT1、STAT3、CCND1等75个关键靶点。KEGG信号通路和GO基因功能富集分析结果涉及癌症相关信号通路、PI3K-Akt信号通路和MAPK信号通路等。分子对接显示N-乙酰基色胺与AKT1的亲和作用较好。N-乙酰基色胺对乳腺癌细胞没有明显的促凋亡作用,Western blotting结果显示N-乙酰基色胺下调了AKTI的蛋白表达量。RT-qPCR结果显示N-乙酰基色胺可以有效降低乳腺癌细胞AKT1的mRNA表达。结论 N-乙酰基色胺可能通过抑制AKT1信号通路抑制TNBC细胞增殖,从而发挥抗TNBC作用。     

基于网络药理学和分子对接研究广藿香治疗胃癌的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨广藿香治疗胃癌的活性成分及潜在的作用机制。方法 经TCMSP平台筛选和文献挖掘收集广藿香的主要活性成分,通过GeneCards数据库筛选出胃癌的靶点,利用R语言编程将化合物作用靶点与疾病靶点映射,构建化合物-靶点网络图。应用String数据库、R语言编程结合Cytoscape 软件构建胃癌靶点蛋白相互作用网络并进行分析。应用Metascape网站进行基因本体论（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。应用DS软件对广藿香活性成分与胃癌靶点进行分子对接验证。结果 广藿香中含有7个主要活性成分,对应胃癌的143个靶点,主要通过AKT1、IL-6、EGFR、MMP9、VEGFA、CASP3、MARK1等关键靶点发挥疗效,主要作用途径为癌症途径、IL-17信号通路、铂耐药、NF-κB信号通路、癌症中的转录失调、血管内皮生长因子信号通路等。至少有5个活性成分可与核心靶点AKT1相互作用,其中槲皮素7-O-β-D-葡萄糖苷与AKT1的结合最为稳定。结论 广藿香治疗胃癌具有多靶点和多通路的潜在作用机制。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨丹参治疗缺血性脑卒中的作用机制

目的 利用网络药理学、分子对接技术，筛选并分析丹参治疗缺血性脑卒中（CIS）的关键化合物、作用靶点、生物学功能及信号通路，阐述其可能的作用机制。方法 使用TCMSP数据库检索丹参的活性成分及作用靶点，在GeneCards、NCBI和OMIM数据库中获取CIS的靶点，并将药物和疾病交集后的靶点输入STRING数据库，构建蛋白质相互作用网络，利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-作用靶点-疾病网络。通过Bioconductor进行GO功能富集和KEGG通路分析。采用AutoDock Tools 1.5.6、AutoDock vina 1.1.2将得到的关键活性成分和核心靶点进行分子对接，运用Pymol和Ligplot软件对结果进行可视化。结果 从丹参中共筛选出65个活性成分和108个对应靶点，以及CIS交集后获得靶点87个，其中度值大于50的靶点有6个，包括AKT1、IL6、FOS、VEGFA、MAPK1、EGFR，即本研究的核心靶点。GO功能富集分析得到GO条目124个（P<0.05），KEGG通路富集分析筛出134条信号通路（P<0.05），以PI3K-AKT信号通路所占靶点数目最多。构建的药物-化合物-作用靶点-疾病网络显示，木犀草素、丹参酮Ⅱ_A等活性化合物在整个网络中发挥着关键作用；分子对接结果显示，木犀草素、丹参酮Ⅱ_A与6个核心靶蛋白均具有较好的亲和力（结合能远小于-5 kJ/mol）。结论 丹参的主要活性化合物，包括木犀草素、丹参酮Ⅱ_A等，可作用于AKT1、IL6、FOS、VEGFA、MAPK1、EGFR等核心靶点，共同参与调节PI3K-AKT等多条信号通路，发挥抑制细胞凋亡、抗炎、神经保护等作用，可能是丹参治疗CIS的潜在机制。     

基于网络药理学的分心木总黄酮抗2型糖尿病作用机制研究及关于AKT/FoxO1信号通路的细胞实验验证

目的 通过网络药理学研究预测分心木总黄酮（TFDJF）的主要活性成分和作用靶点，探讨其多成分-多靶点-多通路的抗2型糖尿病（T2DM）的作用机制；并选取AKT/FoxO1信号通路进行细胞实验验证。方法 基于文献检索构建分心木黄酮类成分的化学成分数据库，并以"类药五原则"筛选潜在的活性成分，采用PharmMapper服务器反向药效团匹配方法预测活性成分可能的作用靶标，并根据TTD、OMIM数据库中与T2DM相关的靶点，筛选分心木黄酮类成分抗T2DM的作用靶标，通过对靶标的基因本体（GO）功能富集分析和KEGG通路分析，构建活性成分-抗T2DM作用靶点-代谢通路网络图，探讨TFDJF抗T2DM的作用机制。采用系统对接网站进行GSK3B和AKT1对山柰酚的分子对接。并进一步采用细胞实验进行验证：选取HepG2细胞，运用高浓度胰岛素诱导胰岛素抵抗（IR）模型，150 μg/mL TFDJF处理细胞36 h，氧化酶法检测各组细胞的葡萄糖消耗量，Western blotting法检测AKT-FoxO信号通路相关蛋白的表达。结果 共获得分心木潜在的黄酮类活性成分10个，预测成分作用靶标共104个，筛选出与抗T2DM相关的关键靶点15个，KEGG通路富集分析发现TFDJF抗T2DM的作用机制可能与胰岛素、FoxO、AMPK和PI3K-AKT等信号通路有关。山柰酚与GSK3B有强烈的结合活性，与AKT1有较好的结合活性。进一步通过细胞实验验证，TFDJF可显著提高HepG2细胞IR模型葡萄糖消耗量（P<0.01），显著升高AKT蛋白磷酸化水平（P<0.01），显著降低FoxO1蛋白表达水平（P<0.01），验证了网络药理学的部分预测结果。结论 TFDJF抗T2DM的作用机制可能与胰岛素、FoxO、AMPK和PI3K-AKT等信号通路有关。     

基于网络药理学研究柴胡达胸合剂治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨柴胡达胸合剂治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在药理作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选柴胡达胸合剂活性成分和对应的作用靶点,并通过Uniprot数据库标准化靶点名称;在GeneCards和OMIM数据库检索冠状病毒相关基因,并与柴胡达胸合剂作用靶点取交集,筛选出治疗作用靶点;利用Cytoscape 3.7.2软件,构建和分析“药材-活性成分-靶点”网络图;通过String平台分析靶点蛋白相互作用,并使用R软件的相关包进行GO基因注释和KEGG信号通路分析。结果 筛选出165个有效成分和51个作用靶点,进一步分析发现主要活性成分为β-谷甾醇和11个黄酮类化合物,核心作用靶点为CASP3、MAPK3、IL-6、MAPK8、IL-10、CXCL8、MAPK1、IL-1B等。GO基因注释得到GO条目共1 722个（P<0.05）,其中生物学过程条目1 612个,细胞组成条目30个,分子功能条目80个。KEGG信号通路筛选出信号通路156条（P<0.05）,富集基因较多的信号通路为糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、甲型流感、IL-17信号通路、TNF信号通路和乙型肝炎。结论 该研究初步揭示了柴胡达胸合剂多成分、多靶点、多通路对COVID-19发挥治疗作用的特点,为进一步阐明柴胡达胸合剂治疗COVID-19的药理作用机制提供理论依据。     

基于网络药理学分析宣肺败毒方治疗SARS、MERS和COVID-19的作用机制

目的 探讨宣肺败毒方对冠状病毒感染治疗作用的有效成分、作用靶点、信号通路等,从而阐释其作用机制。方法 利用Cytoscape构建了宣肺败毒方的药物–性–味–归经网络。采用TCMSP数据库、SwissADME数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选宣肺败毒方的有效成分和相关靶点,通过GeneCards数据库和CTD数据库收集严重急性呼吸道疾病（SARS）、2012年的中东呼吸综合征（MERS）和新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的疾病靶点,将药物靶点和疾病靶点取交集,利用Cytoscape软件构建网络;运用String数据库,对潜在靶点进行蛋白相互作用（PPI）网络模型构建;通过Metascape数据库对潜在靶点进行GO和KEGG富集分析,并且用Cytoscape构建网络。结果 宣肺败毒方中有10种药材与肺经有关。从中筛选出167个活性成分和242个潜在作用靶点,核心药物为甘草、麻黄、青蒿、马鞭草、虎杖,核心成分为槲皮素、豆甾醇、山柰酚、木犀草素、异鼠李素等,核心靶点为AKT1、IL-6、TP53、VEGFA、TNF等,可能的作用机制与PI3K-Akt signaling pathway、HIF-1 signaling pathway和TNF signaling pathway等多个信号通路有关。结论 通过网络药理学探讨了宣肺败毒方对SARS、MERS和COVID-19的潜在共同作用机制,体现了中药多成分、多靶点、多途径的作用特点。     

基于网络药理学和分子对接探讨复方风湿宁片治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 采用网络药理学联合分子对接技术探讨复方风湿宁片治疗类风湿性关节炎的作用机制。方法 通过TCMSP、BATMAN-TCM、Swiss TargetPrediction数据库及文献报道收集复方风湿宁片的活性化学成分靶点,并使用GeneCards数据库检索类风湿关节炎的疾病靶点,将两者取交集,并通过绘制“复方风湿宁片–活性成分–靶点–通路–类风湿关节炎”网络图。对复方风湿宁片中的活性成分与类风湿关节炎靶点进行分子对接。结果 通过网络药理学分析得到复方风湿宁片中有34种活性化学成分,对应1059个靶点,与类风湿关节炎靶点交集356个。通过KEGG富集分析发现复方风湿宁片主要可能在肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路、Th17细胞分化、T细胞受体信号通路、Toll样受体（TLR）信号通路、核因子κB(NF-κB)信号通路、Th1和Th2细胞分化、Janus激酶（JAK）-信号传导和转录激活蛋白3(STAT3)信号通路、B细胞受体信号通路和类风湿性关节炎等通路上发挥治疗作用。蛋白激酶B(Akt1)、前列腺素内过氧化物酶2(PTGS2)、丝裂原活化蛋白激酶1(...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨三黄糖肾康治疗2型糖尿病的分子作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨三黄糖肾康治疗2型糖尿病（T2DM）的分子作用机制。方法 利用TCMSP、SymMap、TCMID和TCM Databases@Taiwan数据库采集三黄糖肾康的有效成分,通过检索文献来补充水蛭的有效成分,在上述数据库及Swiss Target Prediction数据平台获取对应的靶点。借助GeneCards、OMIM、TTD数据库获取T2DM相关靶点。将药物–疾病共同靶点利用String 11.5和Cytoscape 3.9.0构建蛋白互作网络（PPI）图,筛选出核心靶点,通过DAVID数据库进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析。利用Autodock tools 1.5.7将PPI网络图前3位靶点和对应的有效成分进行分子对接。结果 三黄糖肾康治疗T2DM的有效成分有63个,159个潜在靶点,通过筛选得到STAT3、INS、AKT1等54个核心靶点,槲皮素、小檗碱、木犀草素、大黄酸等58个关键成分。核心靶点主要涉及HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路等115条通路。STAT3与大黄酸、AKT1与槲皮素和木犀草素、INS与小檗碱分子对接良好。结论 三黄糖肾康可通过多个靶点、多条通路对2型糖尿病发挥调控作用。     

基于网络药理学结合GEO数据库多芯片分析法探讨糖痹外洗方治疗糖尿病足的作用机制

目的 基于网络药理学结合GEO数据库多芯片研究糖痹外洗方治疗糖尿病足相关疾病的潜在治疗靶点及可能作用机制。方法 采用TCMSP、TCMIP、TCMID、HERB数据库筛选糖痹外洗方化学成分及作用靶点。在GEO数据库中检索糖尿病足及相关疾病差异表达基因,汇总得到糖尿病足靶点。使用微生信在线作图平台对疾病靶点和化学成分靶点取交集,并构建交集靶点蛋白互相作用（PPI）网络。采用Metascape平台工具对交集靶点进行基因本体（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。根据分析结果,选取度值排名靠前的化合物和蛋白,使用AutoDock Vina进行分子对接。结果 共得到糖痹外洗方活性成分99个,成分靶点427个,糖尿病足靶点2 217个,交集靶点64个。关键靶点蛋白主要有表皮生长因子受体（EGFR）、过氧化物酶体增殖物激活受体γ（PPARG）、环加氧酶2（PTGS2）、Janus激酶2（JAK2）、基质金属蛋白酶1（MMP1）等,关键成分有槲皮素、山柰酚、木犀草素等。GO功能富集分析得到665个生物过程、30个细胞组分、80个分子功能。KEGG通路富集分析共得到100条通路信息,主要有脂质与动脉粥样硬化通路、Janus激酶-信号传导及转录激活因子1（JAK-STAT）信号通路、磷脂酰肌醇-3-羟激酶（PI3K）-蛋白激酶B（Akt）信号通路、糖尿病并发症晚期糖基化终末产物/AGEs受体（AGE-RAGE）信号通路、核因子-κB（NF-κB）通路等。分子对接结果显示,地奥司明、鞣花酸、木犀草素、杨梅素和槲皮素与EGFR、JAK2、MMP1等关键靶点有较好的结合能力。结论 糖痹外洗方具有多成分、多靶点等特点,其可能主要作用于糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路、脂质与动脉粥样硬化通路和JAK-STAT信号通路等的多个关键靶点,从而发挥治疗糖尿病足相关疾病的效果。     

基于网络药理学探讨金银花-连翘药对干预IgA肾病的作用机制

目的 通过网络药理学方法筛选金银花-连翘药对中活性成分和IgA肾病靶点,探讨金银花-连翘药对干预IgA肾病的作用机制.方法 采用中药系统药理学数据库(TCMSP)检索金银花、连翘中活性成分及其作用靶点.通过OMIM、NCBI、GeneCards数据库获取IgA肾病相关基因靶点.利用Venny 2.1软件得到中药活性成分...     

基于网络药理学探究黄芪辅助治疗肺结核的作用机制

目的 通过网络药理学方法探究黄芪治疗肺结核的作用机制.方法 运用TCMSP数据库筛选黄芪的活性成分及其作用靶点;借助GeneCard数据库筛选肺结核疾病靶点,并获得交集靶点;利用STRING数据库构建靶点蛋白相互作用网络;将交集靶点进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto ...     

基于网络药理学探讨痰咳净方防治新型冠状病毒肺炎的可行性

目的 采用网络药理学方法探讨痰咳净方治疗呼吸系统的潜在作用机制,并对其防治新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的可能性进行评估。方法 通过TCMSP、Swiss Target Prediction、OMIM等在线数据库收集痰咳净方有效化学成分、成分作用靶点及相关疾病信息。采用Cytoscape 3.7.1构建化合物-靶点网络和靶点-疾病网络。将上述靶点用String 10.0数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络的构建并筛选出核心靶点,最后利用DAVID 6.8数据库进行基因本体（GO）功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制。结果 共筛选出49个主要活性成分,与呼吸系统相关靶点85个,针对疾病19种。PPI网络发现关联度较高的靶点有AKT1、IL-6、MAPK1、PTGS2、VEGFA、TNF、EGFR、STAT3、CCND1、MMP9、JUN、IL-10、ESR1等。基因本体（GO）条目1 793个,其中生物过程相关的条目1 555个,分子功能相关的条目134个,细胞组成相关的条目104个。靶点对应的信号通路为137条,涉及炎症性通路、病毒相关通路、免疫调节性通路、信号转导性通路、肿瘤相关通路及内分泌代谢通路等。结论 研究初步证明痰咳净方通过作用于ADCY2、AKT1、CASP8、CCND1、TNF、CASP8、IFNG、IL-4、IL-6等靶点调节人巨细胞病毒感染通路、IL-17信号通路、FoxO信号通路、HIF-1信号通路、人T细胞白血病病毒感染、TNF信号通路等多条信号通路,来发挥对COVID-19的防治作用。     

基于网络药理学和分子对接技术的热毒宁注射液抗SARS、MERS和COVID-19的潜在共性作用机制与活性成分研究

目的 采用网络药理学与分子对接技术探讨热毒宁注射液抗严重急性呼吸综合征（SARS）、中东呼吸综合征（MERS）和新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在共性作用机制与活性成分。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）数据库检索热毒宁注射液中青蒿、金银花、栀子的主要化学成分及其作用靶点。运用UniProt数据库查询相关靶点对应的基因，通过Cytoscape 3.8.2构建中药材-化合物-靶点（基因）网络；在GeneCards数据库中搜集“COVID-19”“SARS”和“MERS”相关靶点，通过Venny 2.1.0数据库映射筛选出3种冠状病毒感染疾病的共有靶点；将SARS、MERS和COVID-19的共有靶点与热毒宁注射液化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点；将共同靶点导入STRING数据库获取数据后，使用Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）的网络图；利用R语言进行基因本体论（GO）生物学功能富集分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析，绘制柱状图及气泡图进行可视化分析，并构建成分-靶点-通路网络图；选取成分-靶点-通路网络中关键化合物与重要靶点蛋白及新型冠状病毒（SARS-CoV-2）3CL水解酶、血管紧张素转化酶II（ACE2）进行分子对接。结果 热毒宁注射液筛选得到31个活性化合物中，207个相应作用靶点；SARS相关靶点2 453个，MERS相关靶点805个，COVID-19相关靶点2 571个，3种疾病共有靶点786个，与热毒宁注射液的共同靶点11个，分别为HSPA5、CRP、MAPK1、HMOX1、TGFB1、HSP90AA1、TP53、DPP4、CXCL10、PLAT、PRKACA。GO功能富集分析得到生物进程（BP） 995个，分子功能（MF） 71种，细胞组分（CC）31种。KEGG通路富集分析筛选得到99条信号通路（P＜0.05），主要涉及前列腺癌、流体剪切应力和动脉粥样硬化、肝细胞癌、癌症中的蛋白多糖、脂质与动脉粥样硬化、人类T细胞白血病病毒1型感染、MAPK信号通路等。分子对接结果显示热毒宁注射液中槲皮素、木犀草素、山柰酚3种核心活性黄酮类化合物与关键靶点MAPK1、PRKACA、HSP90AA1具有很好的亲和力，并且3种活性化合物与SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2结合能较推荐化学药小。结论 热毒宁注射液对SARS、MERS和COVID-19 3种疾病具有潜在共性作用，该作用可能与活性化合物槲皮素、木犀草素、山柰酚等作用于MAPK1、PRKACA、HSP90AA1等靶点，调节多种信号通路发挥抑制炎症风暴、调节免疫功能、抗病毒等作用有关。     

基于网络药理学和分子对接探讨厚朴排气合剂治疗慢性便秘潜在作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术对厚朴排气合剂治疗慢性便秘的潜在作用机制进行研究。方法 通过TCMSP数据库及文献补充获得厚朴排气合剂活性成分及作用靶点,OMIM、GeneCards、TTD、DrugBank数据库检索慢性便秘疾病靶点,将成分靶点及疾病靶点取交集后获得潜在靶点。采用Metascape数据库,以P<0.05为筛选条件,进行基因本体（GO）功能及京都基因和基因组百科全书（KEGG）分析,并利用Autodock软件对关键作用靶点和活性成分进行分子对接。结果共获得56种活性成分,厚朴排气合剂治疗慢性便秘共有217个靶点,其中关键靶点为蛋白激酶B1(Akt1)、肿瘤蛋白p53(TP53)、白细胞介素-6(IL-6)、半胱氨酸蛋白水解酶3(CASP3)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、转录因子AP-1(JUN)、白细胞介素-1B(IL-1B)、MYC、表皮生长因子受体（EGFR）、丝裂原激活的蛋白激酶3(MAPK3)等。生物过程有5 880条富集结果,分子功能有1083条富集结果,细胞组成有540条富集结果;KEGG通路主要包括癌症相关通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）...