杭州地区临床和食品来源德尔卑沙门菌耐药特征与基因组分析

目的了解杭州地区临床和食品来源德尔卑沙门菌的耐药特征, 并进行溯源分析。方法对2015—2020年杭州地区分离的60株德尔卑沙门菌进行药敏分析、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型和全基因组测序, 并下载公共数据库基因组进行比较;利用测序数据对菌株进行多位点序列分型(MLST)、核心基因组多位点序列分型(cgMLST)和耐药基因扫描, 并构建基于单核苷酸多态性(SNP)位点的系统发育树。结果杭州地区德尔卑沙门菌临床株和食品株对28种药物的耐药率差异均无统计学意义, 多重耐药率为76.7%(46/60);所有菌株均检出氨基糖苷乙酰转移酶基因aac(6′)-Iaa和磷霉素耐药基因fosA7;60株德尔卑沙门菌共分为46种PFGE带型、53种cgMLST(HC2)型别, 除1株为ST3220型外, 其余均为ST40型;基于439株德尔卑沙门菌(包括60株杭州菌株和379株公共数据库菌株)SNP位点构建的系统发育树显示:部分杭州菌株与东南亚菌株进化距离较近, 提示可能存在跨境传播, 食品株主要来自猪肉和水产类;其他杭州菌株与北京、广州、湖北、重庆等省市的菌株距离较近, 提示可能存在跨省传播, 食品株...     

一株副猪链球菌的鉴定及生物学特征分析

目的对从一患者脑脊液中分离的副猪链球菌菌株进行病原学鉴定, 并了解其生物学特征。方法对该菌株使用分离培养、生化鉴定、16S rRNA和管家基因recN基因分析、平均核苷酸一致性分析(ANI)、药敏实验、耐药基因、毒力基因分析等方法进行分析。结果该菌为革兰阳性球菌、在血平板上草绿色溶血, 经16S rRNA、recN基因及全基因组序列分析为副猪链球菌, 对多种抗生素敏感, 并携带有黏附类等多种毒力基因。结论副猪链球菌可导致人类感染, 可通过基因测序方法进行诊断。     

应用脉冲凝胶电泳技术分析肺炎克雷伯菌染色体多态性

目的 利用脉冲凝胶电泳(PFGE)技术探讨肺炎克雷伯菌3个亚种临床分离株核型特征。方法 用XbaI酶切各试验菌株染色体DNA，经脉冲凝胶电泳分离酶切片段。结果 PFGE法将28株细菌分为15个型和亚型，较准确地显示各菌株染色体多态性，并筛选出亚种间的差异DNA片段。结论 脉冲凝胶电泳技术分析肺炎克雷伯菌基因型准确、可靠，是用于流行病学监测的有效方法。     

7株泛耐药克雷伯菌的耐药特征及其耐药基因

从浙江丽水市中心医院分离到无重复泛耐药克雷伯菌7株:5株肺炎克雷伯菌(K1-K5)、1株臭鼻克雷伯菌(K6)、1株解鸟氨酸克雷伯菌(K7). 菌株鉴定及药敏:取患者痰液标本在血平板上,37℃,18～24 h生长分离单个菌落.采用Vitek2 -compact鉴定仪经GNI卡鉴定为克雷伯菌.取M-H平板上37℃,18 h生长的单个菌落,采用鉴定仪配套的GN13卡鉴定菌株药敏.结果所有菌株对亚胺培南、厄他培南、头孢他啶、头孢吡肟等碳青霉烯类、头孢类抗生素耐药,且均对氨苄西林/舒巴坦、哌拉西林/他唑巴坦、复方新诺明、氨曲南、呋喃妥因耐药;除解鸟氨酸克雷伯菌(K7)外,其他菌株同时对左氧氟沙星、环丙沙星等喹诺酮类抗生素耐药.     

患者血液和温泉水中阿尔卑斯浴者菌的分离及鉴定

目的通过对患者血液来源的阿尔卑斯浴者菌(Balneatrix alpica)分离株X117和该患者所在小区天然温泉水的分离株GN-1进行菌种鉴定与微生物学特征分析, 为该菌作为罕见病原体引起临床相关感染的病原学诊断提供实验依据。方法以阿尔卑斯浴者菌DSM 16621T作为参考, 对分离株X117和GN-1进行生化表型鉴定、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱鉴定、16S rRNA基因测序和系统发育分析、单核苷酸多态性(SNP)距离以及全基因组相关指数分析, 以准确确定其分类学地位和同源性;微量肉汤稀释法进行药敏试验;VFDB毒力因子数据库进行毒力基因注释和分析。结果分离株X117和GN-1在哥伦比亚血琼脂平板和巧克力平板上培养4 d可见菌落呈淡黄色或棕黄色, 菌落表面呈斑驳状, 革兰染色阴性杆菌, 氧化酶和吲哚试验阳性, 与阿尔卑斯浴者菌DSM 16621T特征一致。16S rRNA系统发育分析表明分离株X117和GN-1均为阿尔卑斯浴者菌, 其与阿尔卑斯浴者菌DSM 16621T平均核苷酸一致性(ANI)值为98.44%和98.41%, 基因组DNA-DNA杂交值(dDDH)均为87.1...     

三种检测常见碳青霉烯酶型方法的评估研究

目的评估mCIM联合eCIM试验、Carba-5和Carba-R三种方法检测碳青霉烯类耐药细菌(carbapenem-resistant organisms, CRO)中常见碳青霉烯酶型的性能。方法随机挑选2019年1月至2020年12月浙江大学医学院附属邵逸夫医院临床分离的122株非重复CRO菌株, 应用生物梅里埃MALDI-TOF MS全自动快速质谱仪对菌株进行菌种鉴定, 分别采用改良碳青霉烯类抗生素灭活试验(mCIM联合eCIM试验)、Carba-5检测条和Carba-R试剂盒对所有菌株进行碳青霉烯酶型检测;以PCR法检测结果为金标准, 评价上述3种检测方法的性能。结果 122株CRO菌株属于12个不同菌种, PCR法碳青霉烯酶型检测结果:共112株检测结果阳性, KPC-2型阳性70株, 占57%(70/122), 其中肺炎克雷伯菌46株, 铜绿假单胞菌12株, 其他菌株12株;OXA-232型阳性19株占15%(19/122), 均为肺炎克雷伯菌;NDM型阳性20株占16%(20/122), 其中NDM-1型阳性7株和NDM-5型阳性13株, 以大肠埃希菌为主(12/20);...     

格林—巴利综合征相关空肠弯曲菌脂多糖抗原初步分析

用格林－巴利综合征相关性空肠弯曲菌复制动物模型成功后的动物免疫血清对河北省格林－巴利综合征病人分离株空肠弯曲菌、动物来源株空肠弯曲菌及北京对照用人源株空肠弯曲菌及其脂多糖抗原性进行分析。结果显示，发生了典型的格林－巴利综合征样疾病的动物已产生了明显的抗格林－巴利综合征相关性空肠弯曲菌的免疫反应，其抗脂多糖抗体与当地其它来源株空肠弯曲菌有部分交叉反应，与北京分离株空肠弯曲菌无明显交叉反应。说明格林－巴利综合征相关性空肠弯曲菌脂多糖具有其独持的抗原性。支持某些特殊血清型的空肠弯曲菌参与格林－巴利综合征的致病过程。     

志贺菌临床株喹诺酮类耐药与gyrA和parC基因点突变

近年来,肠杆菌科细菌对喹诺酮类耐药不断增加,国内外均有报道对喹诺酮类耐药的志贺菌,本文以志贺菌为例,一是了解和掌握杭州市志贺菌临床分离株喹诺酮耐药的流行趋势,对1998-2007年杭州地区分离到的202株志贺菌进行药敏实验,与2005年全国志贺菌药敏监测点进行比较[余华丽,常昭瑞,张立实,等.国家监测点2005年志贺菌菌型分布和药敏结果 分析.中华流行病学杂志,2007,28(4):370-373],分析志贺菌耐喹诺酮类分布情况,预测志贺菌耐喹诺酮类药物的发展趋势.二是探讨志贺菌临床分离株喹诺酮类耐药机制.     

Comparison of galE gene of Campylobacter jejuni strains associated Guillain-Barré syndrome

目的 测定3株格林.巴利综合征(Guillain-Barre syndrome,GBS)相关宅肠弯曲菌的gale基因序列,并同GenBank中的空肠弯曲菌菌株相应序列进行比较,了解致GBS的序列特征并分析其遗传进化关系.方法 选取分离自GBS患者粪便并经动物模型证实为致GBS的3株AMAN型空肠弯曲菌菌株进行培养并提取基因组DNA测序.将基因测序结果通过与NCTC11168菌株进行对照比较寻找galE基因突变位点并对gaZE基因片段进行遗传距离计算.结果 3株致GBS空肠弯曲菌菌株的galE基因均由987个碱基构成.与NCTC11168的galE基因序列相比,此3株空肠弯曲菌菌株gale基因核苷酸序列有4个相同碱基突变并导致了4个对应的相同氨基酸突变.遗传距离计算,zhanxing株与qiaoyuntao株距离为1.5%,zhanxing株与lulei株距离为1.6%,qiaoyuntao株与lulei株距离为0.5%.结论 GBS相关空肠弯曲菌中galE基因核苷酸序列的确存在相同变异且发生变异概率较非GBS相关空肠弯曲菌明显增大,遗传距离反映了此3株致GBS的空肠弯曲菌具有一定的区域特征.     

Comparison of galE gene of Campylobacter jejuni strains associated Guillain-Barré syndrome

目的 测定3株格林.巴利综合征(Guillain-Barre syndrome,GBS)相关宅肠弯曲菌的gale基因序列,并同GenBank中的空肠弯曲菌菌株相应序列进行比较,了解致GBS的序列特征并分析其遗传进化关系.方法 选取分离自GBS患者粪便并经动物模型证实为致GBS的3株AMAN型空肠弯曲菌菌株进行培养并提取基因组DNA测序.将基因测序结果通过与NCTC11168菌株进行对照比较寻找galE基因突变位点并对gaZE基因片段进行遗传距离计算.结果 3株致GBS空肠弯曲菌菌株的galE基因均由987个碱基构成.与NCTC11168的galE基因序列相比,此3株空肠弯曲菌菌株gale基因核苷酸序列有4个相同碱基突变并导致了4个对应的相同氨基酸突变.遗传距离计算,zhanxing株与qiaoyuntao株距离为1.5%,zhanxing株与lulei株距离为1.6%,qiaoyuntao株与lulei株距离为0.5%.结论 GBS相关空肠弯曲菌中galE基因核苷酸序列的确存在相同变异且发生变异概率较非GBS相关空肠弯曲菌明显增大,遗传距离反映了此3株致GBS的空肠弯曲菌具有一定的区域特征.     

两株临床分离的金黄杆菌的鉴定和系统发育分析

目的对临床痰液和中段尿标本分离的SQ219和SQ220进行生物学特性、系统进化和临床意义分析。方法观察菌株的培养特性及生理生化特征;用VITEK2全自动微生物鉴定和药敏分析仪及MALDI-TOF质谱仪鉴定细菌;利用相关软件对细菌16S rRNA和核心基因组作系统发育分析及基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析。结果 SQ219和SQ220为革兰阴性杆菌, 专性需氧, 触酶和氧化酶阳性, 无动力;在30℃、pH7和不含NaCl的培养基中生长最佳;SQ220可在血平板上产生黄色素但SQ219不产生;SQ219和SQ220对氨曲南、阿米卡星、妥布霉素、黏菌素耐药, 与金黄杆菌属药敏表型一致。SQ219和SQ220总长分别为5.08 Mb和4.80 Mb, G+C含量分别为36.72%和36.36%, 均预测到β-内酰胺类耐药基因(blaCGA)。16S rRNA系统发育分析表明SQ219、SQ220与啤酒神金黄杆菌DSM18014T相似性最高, 分别为98.93%和98.36%;核心基因组进化分析显示SQ219、SQ220与啤酒神金黄杆菌DSM18014T的进化关系最近。然而, 两株菌与啤酒神...     

社区获得性泌尿系统感染病原菌分布及耐药性分析

目的 分析社区获得性泌尿系统感染病原菌分布及耐药性,为临床合理使用抗菌药物提供依据, 减少耐药菌株的产生。方法 收集2015年1月~2019年1月绵阳科学城医院门诊疑似泌尿系统感染患者中段尿标本分离培养的病原菌及其体外药敏试验结果,并对结果进行统计分析。结果 共分离187株泌尿系统感染细菌,以大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、肠球菌、葡萄球菌为主,其中革兰阴性杆菌148株,占79.14%,检出产ESBLs大肠埃希菌82株,产ESBLs肺炎克雷伯菌13株;革兰阳性球菌37株,占19.78%。药敏结果分析显示大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌对碳青霉烯类和头霉素类抗菌药物高度敏感,其次为哌拉西林+他唑巴坦、呋喃妥因（平均耐药率＜10.00%）;粪肠球菌、葡萄球菌对万古霉素、利奈唑胺、呋喃妥因完全敏感。结论 社区泌尿系统感染病原菌以革兰阴性杆菌为主,大肠埃希菌产酶率高,耐药现象较严重;临床应根据当地病原菌构成特点及药敏试验结果合理使用抗菌药物,避免经验性用药,控制耐药性菌株的播散,提高治疗效果。     

Comparison of galE gene of Campylobacter jejuni strains associated Guillain-Barré syndrome

目的 测定3株格林.巴利综合征(Guillain-Barre syndrome,GBS)相关宅肠弯曲菌的gale基因序列,并同GenBank中的空肠弯曲菌菌株相应序列进行比较,了解致GBS的序列特征并分析其遗传进化关系.方法 选取分离自GBS患者粪便并经动物模型证实为致GBS的3株AMAN型空肠弯曲菌菌株进行培养并提取基因组DNA测序.将基因测序结果通过与NCTC11168菌株进行对照比较寻找galE基因突变位点并对gaZE基因片段进行遗传距离计算.结果 3株致GBS空肠弯曲菌菌株的galE基因均由987个碱基构成.与NCTC11168的galE基因序列相比,此3株空肠弯曲菌菌株gale基因核苷酸序列有4个相同碱基突变并导致了4个对应的相同氨基酸突变.遗传距离计算,zhanxing株与qiaoyuntao株距离为1.5%,zhanxing株与lulei株距离为1.6%,qiaoyuntao株与lulei株距离为0.5%.结论 GBS相关空肠弯曲菌中galE基因核苷酸序列的确存在相同变异且发生变异概率较非GBS相关空肠弯曲菌明显增大,遗传距离反映了此3株致GBS的空肠弯曲菌具有一定的区域特征.     

Comparison of galE gene of Campylobacter jejuni strains associated Guillain-Barré syndrome

目的 测定3株格林.巴利综合征(Guillain-Barre syndrome,GBS)相关宅肠弯曲菌的gale基因序列,并同GenBank中的空肠弯曲菌菌株相应序列进行比较,了解致GBS的序列特征并分析其遗传进化关系.方法 选取分离自GBS患者粪便并经动物模型证实为致GBS的3株AMAN型空肠弯曲菌菌株进行培养并提取基因组DNA测序.将基因测序结果通过与NCTC11168菌株进行对照比较寻找galE基因突变位点并对gaZE基因片段进行遗传距离计算.结果 3株致GBS空肠弯曲菌菌株的galE基因均由987个碱基构成.与NCTC11168的galE基因序列相比,此3株空肠弯曲菌菌株gale基因核苷酸序列有4个相同碱基突变并导致了4个对应的相同氨基酸突变.遗传距离计算,zhanxing株与qiaoyuntao株距离为1.5%,zhanxing株与lulei株距离为1.6%,qiaoyuntao株与lulei株距离为0.5%.结论 GBS相关空肠弯曲菌中galE基因核苷酸序列的确存在相同变异且发生变异概率较非GBS相关空肠弯曲菌明显增大,遗传距离反映了此3株致GBS的空肠弯曲菌具有一定的区域特征.     

Comparison of galE gene of Campylobacter jejuni strains associated Guillain-Barré syndrome

目的 测定3株格林.巴利综合征(Guillain-Barre syndrome,GBS)相关宅肠弯曲菌的gale基因序列,并同GenBank中的空肠弯曲菌菌株相应序列进行比较,了解致GBS的序列特征并分析其遗传进化关系.方法 选取分离自GBS患者粪便并经动物模型证实为致GBS的3株AMAN型空肠弯曲菌菌株进行培养并提取基因组DNA测序.将基因测序结果通过与NCTC11168菌株进行对照比较寻找galE基因突变位点并对gaZE基因片段进行遗传距离计算.结果 3株致GBS空肠弯曲菌菌株的galE基因均由987个碱基构成.与NCTC11168的galE基因序列相比,此3株空肠弯曲菌菌株gale基因核苷酸序列有4个相同碱基突变并导致了4个对应的相同氨基酸突变.遗传距离计算,zhanxing株与qiaoyuntao株距离为1.5%,zhanxing株与lulei株距离为1.6%,qiaoyuntao株与lulei株距离为0.5%.结论 GBS相关空肠弯曲菌中galE基因核苷酸序列的确存在相同变异且发生变异概率较非GBS相关空肠弯曲菌明显增大,遗传距离反映了此3株致GBS的空肠弯曲菌具有一定的区域特征.     

Comparison of galE gene of Campylobacter jejuni strains associated Guillain-Barré syndrome

目的 测定3株格林.巴利综合征(Guillain-Barre syndrome,GBS)相关宅肠弯曲菌的gale基因序列,并同GenBank中的空肠弯曲菌菌株相应序列进行比较,了解致GBS的序列特征并分析其遗传进化关系.方法 选取分离自GBS患者粪便并经动物模型证实为致GBS的3株AMAN型空肠弯曲菌菌株进行培养并提取基因组DNA测序.将基因测序结果通过与NCTC11168菌株进行对照比较寻找galE基因突变位点并对gaZE基因片段进行遗传距离计算.结果 3株致GBS空肠弯曲菌菌株的galE基因均由987个碱基构成.与NCTC11168的galE基因序列相比,此3株空肠弯曲菌菌株gale基因核苷酸序列有4个相同碱基突变并导致了4个对应的相同氨基酸突变.遗传距离计算,zhanxing株与qiaoyuntao株距离为1.5%,zhanxing株与lulei株距离为1.6%,qiaoyuntao株与lulei株距离为0.5%.结论 GBS相关空肠弯曲菌中galE基因核苷酸序列的确存在相同变异且发生变异概率较非GBS相关空肠弯曲菌明显增大,遗传距离反映了此3株致GBS的空肠弯曲菌具有一定的区域特征.     

Comparison of galE gene of Campylobacter jejuni strains associated Guillain-Barré syndrome

目的 测定3株格林.巴利综合征(Guillain-Barre syndrome,GBS)相关宅肠弯曲菌的gale基因序列,并同GenBank中的空肠弯曲菌菌株相应序列进行比较,了解致GBS的序列特征并分析其遗传进化关系.方法 选取分离自GBS患者粪便并经动物模型证实为致GBS的3株AMAN型空肠弯曲菌菌株进行培养并提取基因组DNA测序.将基因测序结果通过与NCTC11168菌株进行对照比较寻找galE基因突变位点并对gaZE基因片段进行遗传距离计算.结果 3株致GBS空肠弯曲菌菌株的galE基因均由987个碱基构成.与NCTC11168的galE基因序列相比,此3株空肠弯曲菌菌株gale基因核苷酸序列有4个相同碱基突变并导致了4个对应的相同氨基酸突变.遗传距离计算,zhanxing株与qiaoyuntao株距离为1.5%,zhanxing株与lulei株距离为1.6%,qiaoyuntao株与lulei株距离为0.5%.结论 GBS相关空肠弯曲菌中galE基因核苷酸序列的确存在相同变异且发生变异概率较非GBS相关空肠弯曲菌明显增大,遗传距离反映了此3株致GBS的空肠弯曲菌具有一定的区域特征.     

Comparison of galE gene of Campylobacter jejuni strains associated Guillain-Barré syndrome

目的 测定3株格林.巴利综合征(Guillain-Barre syndrome,GBS)相关宅肠弯曲菌的gale基因序列,并同GenBank中的空肠弯曲菌菌株相应序列进行比较,了解致GBS的序列特征并分析其遗传进化关系.方法 选取分离自GBS患者粪便并经动物模型证实为致GBS的3株AMAN型空肠弯曲菌菌株进行培养并提取基因组DNA测序.将基因测序结果通过与NCTC11168菌株进行对照比较寻找galE基因突变位点并对gaZE基因片段进行遗传距离计算.结果 3株致GBS空肠弯曲菌菌株的galE基因均由987个碱基构成.与NCTC11168的galE基因序列相比,此3株空肠弯曲菌菌株gale基因核苷酸序列有4个相同碱基突变并导致了4个对应的相同氨基酸突变.遗传距离计算,zhanxing株与qiaoyuntao株距离为1.5%,zhanxing株与lulei株距离为1.6%,qiaoyuntao株与lulei株距离为0.5%.结论 GBS相关空肠弯曲菌中galE基因核苷酸序列的确存在相同变异且发生变异概率较非GBS相关空肠弯曲菌明显增大,遗传距离反映了此3株致GBS的空肠弯曲菌具有一定的区域特征.     

Comparison of galE gene of Campylobacter jejuni strains associated Guillain-Barré syndrome

目的 测定3株格林.巴利综合征(Guillain-Barre syndrome,GBS)相关宅肠弯曲菌的gale基因序列,并同GenBank中的空肠弯曲菌菌株相应序列进行比较,了解致GBS的序列特征并分析其遗传进化关系.方法 选取分离自GBS患者粪便并经动物模型证实为致GBS的3株AMAN型空肠弯曲菌菌株进行培养并提取基因组DNA测序.将基因测序结果通过与NCTC11168菌株进行对照比较寻找galE基因突变位点并对gaZE基因片段进行遗传距离计算.结果 3株致GBS空肠弯曲菌菌株的galE基因均由987个碱基构成.与NCTC11168的galE基因序列相比,此3株空肠弯曲菌菌株gale基因核苷酸序列有4个相同碱基突变并导致了4个对应的相同氨基酸突变.遗传距离计算,zhanxing株与qiaoyuntao株距离为1.5%,zhanxing株与lulei株距离为1.6%,qiaoyuntao株与lulei株距离为0.5%.结论 GBS相关空肠弯曲菌中galE基因核苷酸序列的确存在相同变异且发生变异概率较非GBS相关空肠弯曲菌明显增大,遗传距离反映了此3株致GBS的空肠弯曲菌具有一定的区域特征.     

Comparison of galE gene of Campylobacter jejuni strains associated Guillain-Barré syndrome

目的 测定3株格林.巴利综合征(Guillain-Barre syndrome,GBS)相关宅肠弯曲菌的gale基因序列,并同GenBank中的空肠弯曲菌菌株相应序列进行比较,了解致GBS的序列特征并分析其遗传进化关系.方法 选取分离自GBS患者粪便并经动物模型证实为致GBS的3株AMAN型空肠弯曲菌菌株进行培养并提取基因组DNA测序.将基因测序结果通过与NCTC11168菌株进行对照比较寻找galE基因突变位点并对gaZE基因片段进行遗传距离计算.结果 3株致GBS空肠弯曲菌菌株的galE基因均由987个碱基构成.与NCTC11168的galE基因序列相比,此3株空肠弯曲菌菌株gale基因核苷酸序列有4个相同碱基突变并导致了4个对应的相同氨基酸突变.遗传距离计算,zhanxing株与qiaoyuntao株距离为1.5%,zhanxing株与lulei株距离为1.6%,qiaoyuntao株与lulei株距离为0.5%.结论 GBS相关空肠弯曲菌中galE基因核苷酸序列的确存在相同变异且发生变异概率较非GBS相关空肠弯曲菌明显增大,遗传距离反映了此3株致GBS的空肠弯曲菌具有一定的区域特征.