山西老陈醋大曲真菌群落结构及多样性分析

为分析山西老陈醋大曲真菌群落结构及多样性,提取山西老陈醋成熟大曲样品总DNA,应用Illumina MiSeq高通量测序技术结合真菌ITS序列分析大曲真菌群落结构和多样性。结果表明:大曲中的真菌种类丰富,包括:子囊菌门、担子菌门和接合菌门,其中子囊菌门为优势菌门,占大曲总真菌的94.74%,担子菌门和接合菌门仅2.70%和2.51%。山西老陈醋成熟大曲在属水平上共检测到26种真菌,主要真菌为假丝酵母菌属(35.24%)、威克汉姆酵母属(11.11%)、曲霉属(27.57%)、链格孢霉属(9.34%)、酿酒酵母菌属(2.11%)、隐球酵母属(1.13%)、横梗霉属(1.14%)和根霉属(1.04%)。本研究结果反映山西老陈醋大曲真菌群落多样性,对揭示山西老陈醋的发酵机理具有一定的参考价值。     

不同地区山西老陈醋酿造过程中细菌菌群多样性分析

该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对山西不同地区6个代表性醋厂(分别编号为A～F)的酒醪和醋醅样品的细菌菌群多样性及菌群结构进行分析比较。结果表明，不同醋厂山西老陈醋酒精和醋酸发酵阶段细菌菌群丰度及多样性存在一定的差异。酒精及醋酸发酵阶段均注释到9个细菌门和26个细菌属(相对丰度>0.5%)，主要细菌属均为乳杆菌属(Lactobacillus)，平均相对丰度分别为42.81%、34.37%。发酵初期和中期，不同醋厂酒醪及醋醅样品的细菌菌群结构差异较大；发酵末期，存在一定的相似性。酒精发酵末期，A厂和F厂的细菌菌群结构较为相似，B厂、C厂和D厂的菌群结构较为相似；醋酸发酵末期，B厂、C厂和D厂的菌群结构较为相似，A、E、F厂的菌群结构较为相似，但E厂和F厂的乳杆菌属相对丰度较大，A厂的醋酸杆菌属(Acetobacter)相对丰度较大。     

基于Illumina MiSeq高通量测序技术解析四川麸醋发酵过程中微生物菌群结构

以四川麸醋为研究对象,采用高通量测序技术分析四川麸醋发酵过程中微生物群落结构变化和演替规律。结果表明:细菌菌群和真菌菌群丰度指数均在发酵第1天时最大,而细菌菌群和真菌菌群多样性指数最大值分别在发酵第1天和第23天。在门水平上对醋醅中细菌菌群结构和真菌菌群结构进行分析,发现细菌的优势菌门是厚壁菌门,而真菌的优势菌门是子囊菌门。在种水平上对醋醅中细菌菌群结构和真菌菌群结构进行分析,发现细菌的优势菌种是耐酸乳杆菌和巴氏醋杆菌,分别在发酵第7天和第25天时达到最大占比54.47%和84.54%,而真菌的优势菌种是酿酒酵母,在发酵第5天时达到最大占比97.94%。此外,还在醋醅中检测出曲霉属、链格孢属等。通过对四川麸醋发酵过程中微生物群落结构变化演替规律的研究,以期能锚定优势菌种,通过调控发酵环境的微生态结构来提高麸醋的质量。     

山西陈醋发酵过程微生物群落动态分析及差异菌属筛选

本研究利用高通量测序对山西陈醋发酵过程中的微生物群落组成进行了探讨,并分析了酒精发酵和醋酸发酵这两大发酵阶段的菌群变化。结果表明,对于细菌群落结构,醋曲（R1）、酒精发酵阶段（R2）和醋酸发酵阶段（R3）中的主要菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,R1中的主要优势菌属为魏斯氏菌属（Weissella）,R2中主要优势菌属起初为魏斯氏菌属（Weissella）,发酵后期逐渐乳杆菌属（Lactobacillus）占优势,R3中占绝对优势的菌属由最初的乳杆菌属（Lactobacillus）转变为醋杆菌属（Acetobacter）,对于真菌群落结构,R1、R2和R3中的主要菌门为子囊菌门（Ascomycota）和担子菌门（Basidiomycota）,R1中的主要优势菌属为伊萨酵母属（Issatchenkia）,曲霉属（Aspergilus）和米勒酵母属（Millerozyma）,R2中处于绝对优势菌属为伊萨酵母属（Issatchenkia）,且在此阶段呈上升趋势,R3中伊萨酵母属（Issatchenkia）仍然是主要菌属,在此阶段呈现出先上升后下降的趋势,相对丰度最高达到81.3%。R2与R3有6个显著差异菌属,分别为葡萄球菌属（Staphylococcus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、肠球菌属（Enterococcus）、明串珠菌属（Leuconostoc）、土芽孢杆菌属（Geobacillus）和曲霉属（Aspergillus）。综上,山西陈醋不同发酵阶段的微生物群落结构具有差异性,并随着发酵进行不断变化。     

沙棘酵素自然发酵过程中真菌多样性及群落结构

为研究自然发酵过程中沙棘酵素真菌多样性及其群落结构的变化，采用高通量测序技术对沙棘酵素自然发酵过程中真菌rRNA基因ITS1区进行测序。结果显示:根据97%的相似度对序列进行可操作分类单元分析，得到4个门，16个纲，35个目，71个科，98个属，112个种；真菌群落结构的多样性和丰富度在发酵前期(F22_Q)最高，随着发酵的进行，真菌群落的物种丰富度和多样性均呈下降趋势；真菌组成在发酵前、中期的绝对优势菌门均为子囊菌门，相对丰度为76.97%~96.30%，毛霉菌门是发酵后期的绝对优势菌门，相对丰度为2.39%~77.50%；在属水平上，刺盘孢属为发酵前期绝对优势菌属，相对丰度为30.64%，发酵中期绝对优势菌属为未分类的酵母目，相对丰度为58.06%，毛霉属为发酵后期绝对优势菌属，相对丰度为77.50%；3个发酵阶段可聚为两类，F22_Q聚为一类，中期(F22_Z)和后期(F22_H)聚为一类，样本在毛霉属、未分类的酵母目、红酵母属3种菌属之间具有显著性差异(P<0.05)；在种水平上，发酵前期绝对优势种为未分类的刺盘孢菌，占比为31%，发酵中期未分类的酵母目和未分类的裸节菌的比例最高，分别为58%和22%，发酵后期真菌卷枝毛霉菌的比例最高(75%)，占主导地位。本研究结果为开发沙棘酵素发酵过程中的优势真菌菌群和挖掘益生真菌提供参考。     

大竹米酒真菌群落研究及酵母菌分离鉴定

以四川省达州市大竹地区的7份米酒样品为研究对象,采用MiSeq高通量测序技术对米酒样品中真菌菌群多样性进行分析,并通过传统微生物培养技术与分子生物学手段分离鉴定米酒样品中的酵母菌。米酒中真菌群落α多样性分析结果表明,该研究的测序条件可以有效反映样品中生物信息。真菌群落结构分析表明,子囊菌门（Ascomycota）(50.11%)和毛霉亚门（Mucoromycota）(49.81%)为米酒中的优势真菌门（平均相对含量≥1%）,根霉属（Rhizopus）(49.64%)、复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）(19.93%)、酿酒酵母属（Saccharomyces）(16.58%)和威克汉姆酵母属（Wickerhamomyces）(11.53%)为米酒中的优势真菌属（平均相对含量≥1%）。操作分类单元（OTU）结果显示,米酒样品中含有13个核心OTU,占总序列数的86.35%,主要隶属于根霉属（49.48%）、复膜孢酵母属（19.61%）和酿酒酵母属（16.21%）。大竹米酒中可分离菌株以酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）为主,相对含量达87.5%。     

加饭酒大罐发酵过程中真菌群落的动力学研究

采用分离培养法和基于核糖体RNA基因间隔序列的RISA图谱分析技术,研究了绍兴加饭黄酒大罐发酵过程中醪液内真菌群落的动力学变化及所含真菌群落情况。研究结果显示,发酵醪液中共涉及9属13种真菌。它们分别是犁头霉属(Absidiasp.),根毛霉属(Rhizomucor variabilis),曲霉属(Aspergillus oryzae,As-pergillus niger,Aspergillussydowii,Emericellanidulans),青霉属(Penicilliumcitrinum),伊萨酵母属(Issatch-enkia orientalis),毕赤氏酵母属(Pichia anomala,Pichia burtonii),酵母属(Saccharomyces cerevisia),红酵母属(Rhodotorula mucilaginosa),念珠菌属(Clavisporalusitaniae)。其中犁头霉、米曲霉属和异常毕赤氏酵母在整个发酵过程中均出现,既是发酵投料时的原始菌群,也是发酵醪液中的主要菌群。酿酒酵母和黏质红酵母在发酵前期含量较少,在中后期数量逐渐增多,并成为发酵醪液中的优势菌群。     

基于高通量测序技术解析中高温制曲真菌群落的演替规律研究

以洋河中高温大曲为研究对象，通过高通量测序技术分析不同培养阶段真菌微生物群落结构及其演替规律，并探索了大曲发酵、生香等功能与真菌种类之间的潜在关系。研究结果表明，子囊菌门和毛霉门占据绝对优势，子囊菌门包括半子囊菌纲的酵母目和散囊菌纲的散囊菌目，毛霉门即毛霉纲的毛霉目；属水平下，嗜热真菌属、根毛霉属、根霉属、曲霉属、生丝毕赤酵母属、横梗霉属、威克汉姆酵母属等真菌分别在不同培养阶段占据主导地位，前期主要是酵母属，后期主要是耐高温霉菌。其中，大曲发酵力与生丝毕赤酵母属相关性较高，酯化力与嗜热真菌属、红曲霉、威克汉姆酵母属相关性较高，水分则与孢圆酵母属的相关性较高。研究结果揭示了中高温大曲发酵过程中真菌群落的演替规律，解释了大曲发酵、生香等功能与真菌种类之间的潜在关系，有助于大曲微生物多样性形成机制的进一步解析，为优质大曲生产提供了理论依据。     

山西陈醋酿造微生物群落结构及其互作网络分析

为揭示山西陈醋酿造过程微生物群落的演替规律和相互作用,采用高通量测序技术对6个不同发酵阶段醋醅样品的微生物群落组成结构和多样性进行分析,通过斯皮尔曼相关系数（SCC）计算得到物种相关系数矩阵后,并利用互作网络数据可视化的软件Cytoscape 3.7.2研究发酵菌群的共存关系网络。结果表明,醋醅中细菌群落多样性远高于真菌群落。醋醅中优势细菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）和醋酸杆菌属（Acetobacter）,优势真菌属为复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）。细菌互作网络分析表明,醋酸杆菌属（Acetobacter）与乳酸杆菌属（Lactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）具有显著的拮抗性;乳酸杆菌属（Lactobacillus）和魏斯氏菌属（Weissella）存在协同作用。真菌互作网络分析表明,复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）与链格孢属（Alternaria）存在显著负相关关系。     

苹果酵素发酵过程中微生物群落与风味物质的相关性分析

采用Illumina MiSeq高通量测序和高效液相色谱及气相色谱-质谱联用法分别监测苹果酵素发酵过程中微生物多样性和风味物质的动态变化,并通过双向正交偏最小二乘回归（O2PLS）法模拟微生物与风味物质间的相关性。结果表明,微生物菌群的丰富度和多样性随着苹果酵素发酵时间的延长逐渐升高。在门水平上,厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和子囊菌门（Ascomycota）占绝对优势;在属水平上,泛菌属（Pantoea）、肠杆菌属（Enterobacter）、酒球菌属（Oenococcus）、醋酸杆菌属（Acetobacter）、假单胞菌属（Pseudomonas）、梨孢菌属（Magnaporthe）和柱隔孢属（Ramularia）的相对丰度较高。每个发酵阶段都有标志性的差异物种。22个细菌属和14个真菌属对7种有机酸、18种氨基酸和91种挥发性风味物质的影响较大,其中醋杆菌属（Acetobacter）、乳杆菌属（Lactobacillus）、链球菌属（Streptococcus）、假丝酵母属（Candida）和有孢圆酵母属（Torulaspora）与苹果酵素中风味物质的形成高度相关。     

洞酿酱香酒第四轮次酒醅发酵过程中微生物群落与挥发性代谢物分析

该研究应用高通量测序技术解析洞酿酱香型白酒第四轮次酒醅发酵过程中微生物菌群多样性,采用顶空固相微萃取(HSSPME)结合气相色谱-质谱联用(GC-MS)技术测定酒醅挥发性代谢物的变化,并揭示属水平上优势微生物菌群之间和优势微生物与挥发性代谢物之间的相关性。结果表明,洞酿酱香型白酒第四轮次酒醅发酵过程中共有11个优势真菌属,包括嗜热真菌属(Thermomyces)、毕赤酵母属(Pichia)、曲霉属(Aspergillus)等;7个优势细菌属,包括枝芽孢菌属(Virgibacillus)、海洋芽孢杆菌属(Oceanobacillus)、乳杆菌属(Lactobacillus)等。优势菌属间共有81对呈正相关,72对呈负相关。酒醅发酵过程中共检测出55种挥发性代谢产物,且以酯类和醇类为主。真菌属中嗜热子囊菌属(Thermoascus)、复膜孢酵母属(Saccharomycopsis)与多种酯类呈正相关;细菌属中高温放线菌属(Thermoactinomyces)、乳杆菌属、克罗彭斯特菌属(Kroppenstedtia)均与近20种挥发性代谢物具有相关性。     

传统清香型白酒发酵过程中真菌群落结构及其动态演替

通过Illumina MiSeq高通量测序技术,对传统清香型白酒大楂和二楂发酵过程中的真菌群落结构、丰度及演替规律进行研究,测序获得有效序列数分别为488 956条和642 670条,分别包含14 230个和7 303个OTU,归类为26个亚门或纲,主要为子囊菌纲、担子菌亚门、接合菌亚门和其它未分类的单元。结果表明,传统清香型白酒大楂和二楂真菌群落组成丰富,在发酵过程中真菌的种类和数量随着发酵时间的延长和环境的改变而不断变化,其中子囊菌纲的腹膜孢酵母属、酵母属、假丝酵母属、有孢汉逊酵母属和有孢圆酵母属为传统清香型白酒大楂或二楂发酵主要优势菌群。本研究为清香型白酒发酵过程中功能性微生物菌群的进一步挖掘奠定了基础。     

黑果枸杞酵素自然发酵过程中微生物群落的动态变化

以黑果枸杞酵素为研究对象,采用Illumina MiSeq高通量测序技术对不同发酵阶段的黑果枸杞酵素微生物的群落组成及多样性进行了分析。结果表明,黑果枸杞酵素在发酵0～20 d中细菌群落多样性和丰富度相对较高,在发酵30～50 d中真菌群落多样性和丰富度相对较高。在未发酵前,主要细菌为泛菌属(Pantoea),而真菌的种类较为复杂,无法归类的真菌较多,已知真菌中链格孢属(Alternaria)占比较大。在自然发酵过程中主要优势细菌为乳酸杆菌属(Lactobacillus),主要优势真菌为子囊菌门(Ascomycota)和担子菌门(Basidiomycota)。在发酵60 d后,主要细菌为乳酸杆菌属(Lactobacillus),主要真菌为酵母属(Saccharomyces)。     

基于高通量测序技术分析豆腐乳中微生物多样性

采用高通量测序技术对4种不同来源发酵豆腐乳中微生物的多样性和丰度进行比对分析。结果表明,纯种发酵与自然发酵豆腐乳样品微生物菌群多样性差异较大,从不同豆腐乳样品中共检测得到3个优势细菌门（平均相对丰度＞1%）、6个优势真菌门、13个优势细菌属和19个优势真菌属;共有优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、乳杆菌属（Lactobacillus）、透明颤菌属（Vitreoscilla）、魏斯氏菌属（Weissella）、不动杆菌属（Acinetobacter）和明串珠菌属（Leuconostoc）,其中,假单胞菌属在自然发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（62.05%）;共有优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）、曲霉属（Aspergillus）、德巴利氏酵母属（Debaryomyces）、短梗霉属（Aureobasidium）、假丝酵母属（Candida）和有孢圆酵母属（Torulaspora）,其中酵母属在纯种发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（44.42%）。     

清徐低温大曲真菌菌群多样性及其功能性关联分析

为明确清徐低温大曲真菌菌群的多样性与功能,采用Illumina Mi Seq高通量测序技术对其真菌菌群多样性进行解析,使用电子鼻和电子舌智能传感技术对香气和滋味进行分析,并通过多元统计学分析方法进行解析。结果表明,清徐低温大曲平均相对含量>1.00%的真菌门为子囊菌门（Ascomycota）,平均相对含量为（99.99±0.02）%。平均相对含量>1.00%的真菌属为复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）、热子囊菌属（Thermoascus）、红曲菌属（Monascus）和曲霉属（Aspergillus）,平均相对含量分别为（80.71±8.83）%、（8.96±5.03）%、（6.10±4.56）%和（1.54±1.18）%。通过肠型分析将清徐低温大曲分为两组,并结合大曲的菌群多样性分析结果与香气、滋味指标进行关联分析,发现清徐低温大曲中复膜孢酵母属相对含量的差异是造成清徐大曲功能不同的主要原因。     

山楂果醋混合菌种发酵工艺及香气成分的HS-SPME/GC-MS分析

以山楂果实为原料,将山西老陈醋的醋醅或从山西老陈醋发酵过程中分离到的酵母菌、乳酸菌和醋酸菌接种于酒化或醋化阶段,从而制得山楂果醋.研究结果表明,酒化发酵的条件为接种2％(V/V)安琪果酒专用酵母和1％(V/V)乙醇假丝酵母,发酵温度28℃,时间15 d;醋化发酵的条件为接种醋醅,接种量10％(m/m),发酵温度30℃,...     

基于Illumina MiSeq高通量测序技术内蒙古巴彦淖尔市酸粥真菌菌群多样性分析

采用Illumina MiSeq高通量测序技术解析内蒙古巴彦淖尔地区酸粥样品中的真菌菌群多样性。结果表明,酸粥样品中的优势真菌门（平均相对丰度>1.0%）为子囊菌门（Ascomycota）(98.11%);优势真菌属为毕赤酵母属（Pichia）(37.32%)、哈萨克斯坦酵母属（Kazachstania）(20.34%)、酵母属（Saccharomyces）(11.03%)、耐碱酵母属（Galactomyces）(9.41%)、假丝酵母属（Candida）(5.88%)、曲霉属（Aspergillus）(4.44%)、伊萨酵母属（Issatchenkia）(2.69%)和德巴利酵母属（Debaryomyces）(1.51%)。8份样品共包含50个核心操作分类单元（OTU）（存在于所有样品中的OTU）,其中有15个为优势OTU,分别被注释到8个优势菌属中,累计相对含量达92.49%,具有显著相关性的核心优势OTU间均为正相关关系,该酸粥样品中的真菌类群以Pichia等酵母菌为主,且核心真菌菌群之间大多为正相关关系。     

对呼吸缺陷型酵母的认识

酵母菌是一大类真菌的统称，按照Answonth(1973)年的真菌分类系统纲要，酿酒酵母归属于：真菌界——真菌门——子囊菌纲——原子囊菌亚纲——内孢霉目——酵母科——出芽酵母亚科——酵母属，酵母属下包含啤酒酵母和葡萄汁酵母。     

苹果自然发酵酵素微生物多样性分析

为了解苹果自然发酵酵素中的微生物组成,探究其不同发酵阶段的优势菌群,采用宏基因组技术分析苹果自然发酵酵素发酵前(10 d)、中(20 d)、后(35 d)3个时期的真菌和细菌的群落组成和变化。结果表明:通过多样性分析,细菌的多样性高于真菌;细菌多样性前期最高,呈先降低后升高的趋势;真菌多样性略有增加。从属的水平上分析,细菌主要有乳杆菌属、葡萄糖酸杆菌属、乳酸乳球菌属、魏斯氏属、明串珠菌属和醋酸菌属,其中乳杆菌属(58.73%,49.08%,56.34%)和葡萄糖酸杆菌属(20.42%,34.72%,24.64%)为细菌中的优势菌属;真菌主要有酵母属、汉逊酵母属和接合酵母属,其中接合酵母属(89.5%,18.2%,80.3%)和汉逊酵母属(9.7%,60.6%,8.7%)为真菌中的优势菌属。结论:阐明了苹果酵素在自然发酵过程中微生物的动态变化及其多样性机制,为后续开发新型人工可控苹果酵素提供试验依据。     

盐渍辣椒真菌多样性分析

为挖掘盐渍辣椒中的有益微生物资源,进一步提升盐渍蔬菜的质量监控。以盐渍线椒和盐渍米椒为研究对象,采用454焦磷酸测序技术分析盐渍线椒和盐渍米椒真菌的群落组成及相对丰度,结果表明,盐渍线椒已知分类的真菌可归属到2个门、13个纲、17个目、31个科、45个属、87个种,盐渍米椒已知分类的真菌可归属到1个门、1个纲、2个目、2个科、2个属、1个种。盐渍线椒优势菌门为子囊菌门(73.63%)和担子菌门(23.42%)。盐渍米椒只有1个已知分类真菌门类——子囊菌门(99.96%)。盐渍线椒优势真菌属为毕赤酵母属(25.78%)、链格孢属(21.85%)、汉纳酵母属(10.55%)、假丝酵母属(7.82%)、隐球酵母属(6.92%)、枝孢属(6.27%),盐渍米椒优势真菌只有假丝酵母属(93.49%)。盐渍线椒和盐渍米椒的微生物多样性存在较大差异,盐渍线椒的微生物多样性指数高于盐渍米椒。