济南市轻重症手足口病患儿肠道病毒71型结构蛋白基因特征分析

目的 比较分析济南市轻重症手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)病原肠道病毒71型(enterovirus 71, EV71)结构蛋白基因及氨基酸变异情况。方法 对2017年济南市轻重症手足口病患儿EV71细胞分离株结构蛋白基因序列进行RT-PCR扩增测序,应用EditSeq和MegAlign等软件对结构蛋白基因进行序列拼接及核苷酸、氨基酸同源性比对,应用Mega 5.2软件构建VP1基因系统进化树。结果 轻重症患儿EV71分离株结构蛋白基因核苷酸和氨基酸同源性分别为93.0%～98.8%和99.0%～99.8%,均属于C4a基因亚型。经VP1基因同源性分析,济南市EV71分离株与2017年江苏株（GenBank ID: MG520666,同源性99.3%）、2015年河南株（KU744452,同源性99.2%）、2015年北京株（KU376386,同源性99.2%）及2016年山东潍坊株（MG588036,同源性99.0%）亲缘关系较近。死亡患儿EV71分离株VP1蛋白出现E145Q突变,重症EV71分离株分别出现VP1蛋白A19V、T101I,VP3蛋白M150I突变。结论　济南市轻重症HFMD患儿EV71分离株均属于C4a亚型,与江苏、河南、山东及北京等地的EV71株亲缘关系较近,其VP1蛋白145位氨基酸残基可能是影响病毒毒力的重要位点。     

2018-2021年云南省手足口病病例柯萨奇病毒A4型流行株基因特征

目的 分析云南省手足口病(Hand, foot and mouth disease, HFMD)病例柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)分离株基因特征。方法 在云南省7个市州采集2018-2021年HFMD病例粪便标本,进行肠道病毒RNA提取、VP1区基因扩增、序列测定和基因型别鉴定;构建CVA4分离株与基因库中参考株系统进化树,分析核苷酸和氨基酸相似性。结果 从28 565例HFMD病例粪便标本中获得13株CVA4,其中2018年1株、2019年1株、2020年6株、2021年5株;C2基因亚型11株、C4基因亚型2株。C4和C2基因亚型之间核苷酸、氨基酸平均相似性分别为85.77%、93.27%;与原型株HighPoint相比,C2基因亚型核苷酸、氨基酸平均相似性分别为84.51%、93.27%,C4基因亚型分别为84.44%、93.78%。结论 2018-2021年云南省HFMD病例CVA4的优势流行株为C2基因亚型;需继续加强CVA4分子流行病学监测。     

2019-2020年深圳市大鹏新区柯萨奇病毒A6型流行及其VP1基因特征分析

目的 了解2019-2020年深圳市大鹏新区手足口病（hand-foot-mouth disease, HFMD）病例中柯萨奇病毒A6型（CVA6）流行情况及VP1区基因特征,为HFMD的预防和控制提供科学依据。方法 收集临床诊断为HFMD病人的肛拭样本,采用实时荧光RT-PCR方法检测病毒核酸,以RT-PCR法扩增CVA6 VP1全长基因并测序,利用生物信息软件在分子水平分析毒株的进化特征。结果 在检出的156份肠道病毒阳性样本中,CVA16、CVA6、CVA10阳性率分别为4.49%、83.33%、3.21%,8.97%未能分型。其中15株CVA6分离毒株核苷酸和氨基酸序列同源性分别为91.85%～99.86%和85.81%～100.00%。系统进化树显示,15株CVA6位于同一分支,均属于D基因型中的D3基因亚型,与2018年黑龙江分离株MN845847、长春分离株MN845816、2015年上海分离株KX064297和2017年广东分离株MN845823进化关系较近,而与CVA6原型株Gdula进化距离较远。结论 2019-2020年深圳市大鹏新区HFMD病原CVA6型为绝对优...     

从手足口病病例分离的两株柯萨奇病毒A组4型毒株的VP4～VP2区基因特征分析

目的研究2008年甘肃省从手足口病（Hand,Foot and Mouth Disease,HFMD）患儿分离的柯萨奇病毒A组4型（Coxsackievirus A4,CVA4）的VP4～VP2区特征。方法采集门诊就诊的两例HFMD患儿的临床标本,接种人横纹肌肉瘤细胞（Human Rhabdomyosarcoma,RD细胞）分离病毒,然后对阳性病毒分离物使用逆转录-聚合酶链反应法扩增病毒VP4～VP2区,并进行核苷酸序列测定和分析,通过生物信息学的方法进行分子定型,最后与其它16株基因数据库中登录的CVA4株构建亲缘进化树图。结果使用RD细胞成功地从两例HFMD患儿的临床标本中分离到病毒,分子定型鉴定为CVA4。2株CVA4在VP4～VP2区核苷酸同源性为94.6%,氨基酸同源性为100%;与CVA4原型株High Point/USA/1948株的核苷酸和氨基酸同源性分别为85.5%～85.8%和99.3%。在亲缘进化树图中显示,2株CVA4分离株位于独立的进化支中。结论与基因数据库中登录的在日本、蒙古分离的CVA4株相比,从甘肃省2008年HFMD病例分离的两株CVA4,在VP4～VP2区核苷酸序列上差异很大。同源进化分析结果表明,甘肃省CVA4属于独立的进化支。     

长沙市2010年手足口病EV71型VP1区基因序列分析

目的了解2010年长沙市手足口病（hand-foot-mouth disease,HFMD）重症和普通病例肠道病毒71型（human Enterovirus 71,EV71）VP1区基因特征。方法收集12例HFMD重症和普通病例的咽拭子或肛拭子标本进行VP1区基因RT-PCR扩增和核苷酸序列测定,测序结果利用sequin软件提交至GenBank,Lasergene和Mega5软件对测序结果进行氨基酸比对分析和构建进化树。结果 12株EV71 VP1区基因序列在进化树上与C基因型中的C4a亚型代表株属同一分支,在核苷酸同源性分析中,12株EV71与C4a亚型代表株（3254-TAI-98）的同源性达到92.6%-93.3%,高于与A、B、C1、C2、C3、CVA16型或亚型代表株的同源性（分别为79.9%-80.7%、83.1%-84.0%、87.9%-88.7%、89.1%-89.8%8、7.8%-88.2%和57.3%-58.4%）;12株EV71病毒VP1之间的核苷酸有高度的同源性：同源性为98.1%-100.0%,高于与C4亚型代表株的同源性（92.6%-93.3%和91.8%-92.7%）。2010年分离自长沙的重症和普通病例与2008年分离自北京、深圳和阜阳的EV71病毒VP1基因序列之间的氨基酸变异位点少。结论 2010年长沙市流行的EV71型病毒属于C基因型中的C4亚型;12例HFMD重症和普通病例的EV71 VP1区基因序列差异较小;不同时间、不同地区和不同病例来源的EV71 VP1区氨基酸变异位点无关联。     

柯萨奇病毒B组3型四川分离株的基因特征分析

目的了解从四川省急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例和手足口(hand-foot-and-mouth disease,HFMD)病例中分离到的柯萨奇病毒B组3型(Coxsackievirus B3,CVB3)的基因特征,探索其变异规律及在四川省的传播动态。方法对2008—2020年AFP病例和2013—2019年非肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV 71)和柯萨奇A16型(Coxsackie virus A16,CVA 16)感染的HFMD病例标本进行细胞分离培养,血清学鉴定,全VP1基因序列的测定及核苷酸同源性和遗传进化的分析,用MEGA6.0软件以邻位连接法构建遗传进化树,bootstrap检验1 000次;以Kimura 2参数方法计算基因型间遗传距离。结果从2008—2020年4 378份四川省AFP病例标本中分离鉴定到13株CVB3,从2013—2019年四川省454份非EV 71和CVA16感染的HFMD病例标本中分离鉴定到1株CVB3。14株CVB3四川分离株之间核苷酸同源性为84.4~98.8%,氨基酸同源性为84.1~100.0%。14株CVB3均属于G基因型,其中11株在G1基因亚型,3株在G2基因亚型。结论四川省存在CVB3病毒的多条传播链,流行趋势呈现周期性变化;G1、G2两种基因亚型在四川省同时流行,G1基因亚型为四川省CVB3的优势基因亚型。     

北京市西城区手足口病患儿肠道病毒71型VP1区基因进化分析

目的了解北京市西城区2015年手足口病（HFMD）患儿肠道病毒71型（EV 71）分离株VP1区基因特征,分析其变异情况。方法收集北京市西城区2015年HFMD病原学检测分型鉴定为EV 71的阳性标本,对部分标本进行病毒分离、培养,并通过实时荧光PCR鉴定阳性培养物。EV 71阳性培养物提取病毒核酸,对其VP1区全长序列进行PCR扩增和测序。从Genbank中选取EV 71不同基因型别参考序列,利用生物信息学软件进行同源性和系统进化分析。结果共分离到6株EV 71（Genbank登录号为KU376383-KU376388）,其VP1区核苷酸和氨基酸序列同源性分别为93.00%~99.00%和98.00%~100.00%,与参考序列VP1区核苷酸和氨基酸序列同源性分别为81.00%~97.00%和93.00%~100.00%。进化分析显示,6株EV 71均为C4a基因亚型。结论 2015年北京市西城区EV 71流行株属于C4a亚型,未出现明显变异。     

吉林省2018—2021年柯萨奇病毒A组16型病毒基因特征分析

目的 探讨2018年、2019年和2021年流行于吉林省的柯萨奇病毒A组16型肠道病毒流行特征、种系进化及基因变异特征。方法 收集2018年、2019年和2021年吉林省手足口病例临床标本,通过病毒分离筛选出60株CVA16的阳性毒株,并对其VP1编码区全基因组核苷酸序列进行测定和分析。结果 60株CVA16分离株中有15株为B1a基因亚型,45株为B1b基因亚型;CVA16分离株氨基酸序列的14、23、164、235、251及266位点发生了氨基酸突变。结论 CVA16为吉林省手足口病的主要病原体之一,15株CVA16分离株为B1a基因亚型,45株CVA16分离株为B1b基因亚型,与2008年青海株相比共发生了6处氨基酸位点突变。     

2015年昆明市柯萨奇病毒A16型VP1区基因特征分析

目的 研究昆明市2015-2016年手足口病患儿肠道病毒分子流行病学及探讨柯萨奇病毒A组16型（coxsackievirus A16,CVA16）VP1基因遗传变异与其时间和空间分布模式的相关性。方法 采集患儿的咽拭子和肛拭子样本,采用逆转录聚合酶链式反应分子鉴定法分别扩增肠道病毒71型和CVA16的VP1基因全长,随机选取2015年9份CVA16阳性样本进行测序并与数据库参考株构建系统进化树。对不同年份来源的CVA16病毒株间遗传距离与分离年份时间进行相关性和回归分析,并分析不同地理群体间的遗传距离与地理距离的相关性（Mantel检测）。结果 采样年度中大多数患儿为CVA16感染（咽拭子和肛拭子检出率分别为29.41%和15.69%）,其与肠道病毒71型感染的比率分别为2.5 ∶1和2.0 ∶1。VP1基因系统进化分析显示9株CVA16昆明分离株均属于B基因型B1b亚型,且进一步划分成两个亚簇;种系进化及统计学分析显示VP1基因变异与时间推移和地理距离均具有正相关关系（均有P<0.05）。结论 2015年昆明市9株CVA16分离株为新生成的变异毒株,提示CVA16在昆明存在一定的地域流行特点。     

盐城市肠道病毒71型和柯萨奇病毒A组16型分子流行病学特征分析

目的分析盐城市手足口病(hand foot and mouth disease,HFMD)病原学及分子流行病学特征,了解盐城市近年来HFMD病原学构成和肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)、柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CA16)毒株流行概况。方法收集HFMD样本,对阳性标本进行病毒培养和分离,提取病毒RNA,利用逆转录-聚合链酶反应、序列测定和基因进化树构建、同源性分析等方法,对阳性扩增产物进行基因型鉴定。结果盐城市HFMD病原学构成以EV71和CA16循环交替流行为主,其他肠道病毒占较大比例。基因进化树图结果显示:EV71毒株均为C4a亚型,CA16毒株为B1a和B1b亚型交替流行,其中以B1b亚型为流行优势株。同源性分析结果显示:EV71和CA16各亚型之间核苷酸和氨基酸同源性较高,亚型之间亲缘性较近,相对于原始株已发生较大变异。结论盐城市EV71和CA16毒株流行优势株遗传性较稳定,基因亚型与国内外研究结果相一致。     

宁夏地区2008年柯萨奇病毒A组16型VP1区基因特征分析

目的 研究宁夏地区2008年引起手足口病(HFMD)暴发的柯萨奇病毒A组16型(CVA16)的基因特征.方法 对宁夏地区2008年HFMD患者临床标本中分离到的CVA16,采用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)进行VP1编码区基因扩增,对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析.根据VP1区核苷酸序列与国内其他省份以及国际报道的CVA16株序列(来源于基因库)构建基因亲缘关系树.结果 共分离到70株CVA16,其在VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为90.8%～100.0%和98.9%～100.0%.亲缘进化树显示全部CVA16株可分为A和B两个基因型,B基因型又可分为B1和B2两个基因亚型.宁夏地区CVA16全部属于B1基因亚型,同时包含B1a和B1b两条进化分支,提示存在两大传播链.结论 宁夏地区分离的CVA16株与国内其他地区CVA16株类似,有B1a和B1b两个进化分支在共同循环,且与周边国家和地区流行的CVA16在基因亲缘关系和流行时间关系上都很接近,存在共同进化和循环.     

小学生伤害的流行病学特征分析

20 0 1年 9月在杭州市区对随机抽取的 3所小学进行有关伤害的调查和流行特征分析 ,结果报告如下。1.对象与方法 :采用分层、多阶段抽样方法 ,随机抽取 3个城区 ,每城区抽取 1所小学 ,再从每个年级抽取 1个班。共抽取 3所学校 ,18个班 ,96 4人。采用一人一表的问卷调查方式 ,询问 2 0 0 0年 9月至 2 0 0 1年 9月期间的伤害发生情况。在向学生和家长讲清调查目的、填表方法及注意事项后 ,由经过统一培训的防疫医师、校医及班主任在家长的协助下指导学生完成。凡有下列情况之一者纳入伤害统计范围 :①到医院或校医务室诊治 ;②由家长或老师作过…     

甘南县四起家庭成员患肾综合征出血热的特点分析

1994～ 2 0 0 0年我县共发生肾综合征出血热病例 1388例 ,在进行个案流行病学调查中发现 ,有四起属家庭成员患病 ,共计 9例 ,现将其特点分析如下。1.基本情况 :第一起于 1994年 11月 19日、2 0日、2 2日发生在长吉岗乡巨强村一户村民家中 ,父女 3人因在野外劳动时食用被鼠污染的食物而感染 ,父亲死亡。第二起于 1999年 12月 12日、18日发生在长吉岗乡巨一村一户村民家中 ,母女相继发病 ,母亲死亡。第三起于 1999年 12月 5日、2 1日发生在东阳镇和平村一户村民家中 ,母子 2人发病 ,儿子为 3个月的婴儿。第四起于 2 0 0 0年 12月 17日、2 5日…     

2010年济南地区人肠道病毒71型VP1区基因特征的分析

[目的]研究济南地区肠道病毒71型（EV71）的基因特征。[方法]对2010年济南地区手足口病病人的粪便、咽拭子等标本,通过RT—PCR扩增EV71VP1基因片段;选取EV71阳性的18株进行VP1全基因序列测定,用DNAS—TAR、Mega．4．0软件进行同源性分析,并构建系统进化树。[结果]与EV71A型和B型代表株亲缘性较远,核苷酸（氨基酸）同源性分别为81．8％～82．7％（83．7％～85．ooA）和94．3％～94．9％（97．3％～97．6％）;与C型代表株亲缘性较近,核苷酸（氨基酸）同源性为87．5％～99．1％（98．3％～100．0％）;18株EV71之间在VP1区核苷酸和氨基酸水平上有一定差异,同源性分别为97．1％～100．0％和99．3％～100．0％。构建系统进化树表明,18株EV71与C4亚型处于同一簇,属EV71型C4基因亚型。[结论]20LO年济南地区流行的EV71属肠道病毒71型属C4基因亚型。     

大连市肠道病毒71型VP1区段基因特征分析

目的:了解大连市手足口病病原体肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征。方法:从手足口患者粪便标本中分离EV71病毒,经RT-PCR扩增VP1全长,并进行核苷酸序列分析。结果:4株EV71分离株与C4亚型代表株具有较高的核苷酸和氨基酸序列同源性。在系统进化树上,4株EV71分离株与C4亚型代表株处于同一分支。结论:大连市手足口病患者中分离的EV71属C4亚型。     

CVA6高通量测序方法的建立及应用

目的 建立柯萨奇病毒A组6型（Coxsackievirus A6,CVA6）基于多重PCR扩增的高通量测序方法，并应用于CVA6的基因进化研究。方法 利用PRIMER5.0设计7对CVA6型特异性引物，在同一体系构建并优化多重PCR高通量测序方法，并应用该方法对河南省39份CVA6标本开展基因测序，分析核苷酸氨基酸同源性和构建系统进化树。结果本研究成功建立基于多重PCR的CVA6高通量测序方法，基因特征分析表明此次河南省检出的CVA6流行亚型为D3a亚型，与山东、湖南、浙江、云南、辽宁、江西等地区的毒株亲缘关系较近。结论 本研究建立CVA6的高通量测序方法特异性强，扩增效率高，为CVA6型基因型遗传特征和变异规律提供了技术支持，可应用于CVA6的同源性分析及基因进化研究分析。