滇金丝猴线粒体D-loop 片段SNPs 位点的鉴别及初步分析

本文利用已测序的157 个滇金丝猴控制区(D-loop)片段,通过与参考序列比对,鉴别了线粒体D-loop 片段中的52 个SNP (Single Nucleotide Polymorphisms)位点,定义了30 种滇金丝猴单倍型,排除概率为0. 938。谱系及种群遗传结构分析结果与以前利用D-loop 片段的研究结果相似。同时表明基于粪便样品进行保护遗传学、谱系生物地理学、种群遗传学等研究时,与线粒体标记和微卫星标记相比,SNP 标记可能具有一定的优越性,并建议进一步分析滇金丝猴线粒体D-loop 全序列甚至线粒体全基因组上的SNPs 位点的信息,以促进滇金丝猴保护遗传学等研究的开展。     

中国胭脂鱼线粒体控制区遗传多样性分析

利用PCR技术扩增了采自长江宜昌江段和清江的8尾中国胭脂鱼线粒体DNA控制区全序列,研究发现该种具有脊椎动物线粒体控制区的一般结构,在获得的958bp的碱基序列中,共检测出32个多态性核苷酸变异位点,多态位点比例为0.033。核苷酸的变异位点除一个为缺失外,其余全部为碱基转换。变异位点主要集中在55-365bp高变异区,而其他区域突变稀少,个体的变异在0-1.36%之间,表现出较大的个体多态性差异。中国胭脂鱼的线粒体控制区的变异远大于美国胭脂鱼（Moxostoma robustum)的0.016。     

滇金丝猴的随机扩增多态DNA与遗传多样性分析

对6只笼养滇金丝猴(Rhinopithecus bieti)进行了随机扩增多态DNA(RAPD)及遗传多样性分析.用45个10bp随机短引物对每只滇金丝猴的基因组DNA进行了扩增,平均每个个体观察到的RAPD标记约为130个左右,单个引物获得的标记在1～7个之间.80%的RAPD标记表现为无多态的单型性.个体间的遗传距离为0.052,表明笼养滇金丝猴群体的遗传多样性很低.此研究结果与在蛋白多态研究中得到的一致.贫乏的遗传多样性一方面使目前处于濒危境地的滇金丝猴生存情况更加危险,同时其本身也可能是造成目前滇金丝猴濒危的原因之一.另外,通过成对的遗传距离分析,构建了这一群滇金丝猴的谱系关系图,提出了让遗传距离较远的个体间进行交配的笼养繁育计划.     

基于线粒体控制区的序列变异分析青海东部甘肃鼢鼠遗传多样性

甘肃鼢鼠(Myospalax cansus)是一种终年营地下独居生活的小型掘土类动物。本文通过测定mt DNA的控制区部分序列(530 bp)变异,分析青海东部地区8个甘肃鼢鼠地理种群遗传多样性与遗传结构。158个样本共发现26个变异位点,定义了39种单倍型,整体的平均单倍型多样性高(h=0.953 2)、核苷酸多样性低(π=0.006 36)。歧点分布和中性检验均说明青海东部甘肃鼢鼠种群在历史上存在着快速扩张的事件。基于邻接法构建的网络关系图中,单倍型呈星状分布,没有按地理位置形成对应类群。基因流(Nm)数据显示多数地理种群间基因交流贫乏,AMOVA结果显示种群内与种群间遗传变异分别为48.82%和51.18%,遗传分化明显。IBD分析表明,甘肃鼢鼠的遗传分化与地理距离呈正相关,说明距离隔离对甘肃鼢鼠种群分化具有重要作用。甘肃鼢鼠的这种遗传多样性与种群遗传结构特点,可能是地下生活方式靠挖掘迁移带来的较小扩散能力的结果。     

扬子鳄饲养种群线粒体DNA控制区的序列多态性

扬子鳄(Alligator sinensis)是中国特有的珍稀爬行动物,至2000年,野生扬子鳄的个体数已不足150条,作为保护这一物种的措施之一,先后于80年代初建起了2个养殖场,现人工繁殖的扬子鳄总数已达9000余条。为揭示扬子鳄种群遗传多样性,从两个饲养种群中采集了42个个体的样品,其中宣州样品33个(xZSP),长兴样品9个(CxSP),用PCR方法扩增mtDNA控制区,扩增产物纯化后直接用ABI310全自动遗传分析仪荧光标记测序,得到其中39个个体的血DNA控制区5’端462bP的序列。经比对发现,39个个体间的5’端mtDNA控制区没有任何变异位点,共享一种单元型,提示扬子鳄饲养种群的遗传多样性非常贫乏,造成这一结果的主要原因是近50年来,扬子鳄种群衰退和数量迅速减少导致的遗传多样性丢失,其次是人工繁殖的群体同时受到始创者数量较少产生的瓶颈效应影响。针对扬子鳄遗传多样性的现状,作者最后就这一濒危动物遗传多样性的保护对策提出3点建议。     

基于线粒体DNA控制区序列的重庆岩原鲤人工养殖群体遗传多样性分析

为研究重庆市长寿和涪陵地区岩原鲤(Procypris rabaudi)人工养殖群体的遗传多样性,采用PCR扩增获得175尾岩原鲤个体的线粒体DNA控制区(mt DNA D-loop)部分序列片段。对其中692 bp序列分析共发现11个单倍型,其中Hap1为主要单倍型,占总样本的76.57%。单倍型Hap10演化速率较快,并且与单倍型Hap6遗传距离最远。长寿及涪陵地区岩原鲤人工群体的单倍型多样性分别为0.4100±0.0550和0.3970±0.0820,核苷酸多样性分别为0.0013±0.0003和0.0013±0.0004。通过与长江上游江段野生群体(苍溪江段、合江江段、木洞江段、通江江段、万州江段、武隆江段、习水河和唐河)及北碚区人工养殖群体的遗传多样性进行比较,发现岩原鲤长寿及涪陵地区人工养殖群体遗传多样性明显低于野生群体,但略高于北碚人工养殖群体。为保持岩原鲤人工养殖群体的遗传多样性,应尽量选择遗传距离较远的亲本进行配对,并定期补充不同遗传背景的个体作为后备亲鱼。     

基于线粒体控制区的中华绒螯蟹群体遗传多样性分析

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基于线粒体控制区的嘉陵裸裂尻鱼种群遗传结构分析

嘉陵裸裂尻鱼为青藏高原特有鱼类,近年来随自然地理气候的变迁和人类活动的影响,种群数量急剧减少。为了解嘉陵裸裂尻鱼的遗传背景以便更好的保护其遗传资源,本研究采用线粒体控制区部分序列变异,分析了嘉陵裸裂尻鱼6个地理种群的遗传结构和分布动态。在147尾个体中共发现17个变异位点,定义了14种单倍型,群体总的单倍型多样性较高为0.810,核苷酸多样性低为0.00698。AMOVA分析显示,44.29%的分子差异源于群体间,55.71%的分子差异源于群体内,群体间遗传分化极显著。Fst值统计检验表明,除宕昌群体和舟曲群体之间差异不显著外,其余两两群体之间Fst值统计检验均显著。基因流估计显示各群体间的基因流水平较高,遗传交流较频繁。Mantel test检验表明,嘉陵裸裂尻鱼种群之间遗传分化程度与地理距离存在显著相关。系统树和单倍型网络进化图显示,6个地理群体的单倍型按照嘉陵江水系和渭河水系形成两个大的类群。错配分布和中性检验表明嘉陵裸裂尻鱼群体在近期历史上群体大小保持稳定,未出现显著的种群扩张。根据本文所揭示的嘉陵裸裂尻鱼种群遗传结构特征,建议将分布在嘉陵江水系的嘉陵裸裂尻鱼作为一个整体进行保护,嘉陵裸裂尻鱼渭河种群属高度分化的单倍型类群,且遗传多样性极低,需对该种群进行优先保护。     

滇金丝猴驯养的初步研究

本文报道的６只慎金丝猴均捕自同一野生种群。由于在运动途中采用了降低应激反应药物,动物得以安全运出。笼养期间,试投以各种本地产植物的叶、花、果和蔬菜为食,结果有５６种为动物所接受。说明金丝猴的食性狭窄主要是受栖息地的限制。在以这些食物为主食的条件下,分别笼养了１４个月的３只（♀）、６个月２只（♂）和８０个月１只（♀）的滇金丝猴目前健康状况良好：成年人体的体重多有所增加,幼体的生长发育良好,结核菌素试     

滇金丝猴下颌的生物力学研究

利用生物力学原理,判别分析和异速生长对我国特有的滇金丝猴下颌研究表明,由于雄性比雌性具有相对更长的下颌,导致了整个下颌结构在两性间的差异。在所分析的8个变量中,4个被选为性别鉴别的重要特征,判别式为:D=-27.65-0.729CONM1+0.596MANDL+1.204MANDSYM-1.778MANCORPW。与猕猴和长鼻猴相比,滇金丝猴具有相对短的下颌骨,较宽的下颌髁和较高的下颌体。这些特征保障了下颌齿,特别是颊齿列更有利于叶类食物的咀嚼,即有利于咀嚼过程中消除下颌的疲劳。     

中国大陆黑斑侧褶蛙基于mtDNA控制区序列的种群遗传结构

用分子遗传数据研究了黑斑侧褶蛙 (Pelophylaxnigromaculata)种群的遗传结构和分化。标本采自中国大陆的 12个地点 ,每个种群测定 10只或少于 10只蛙的mtDNA控制区 5′端 6 85bp的序列。 112只蛙的序列经比对后 ,共发现 111个变异位点 ,定义了 6 7种单元型 ,其中 7种单元型为地方种群间共享单元型 ,多数单元型为地方种群内特有。 12个地方种群合并成一个大种群分析时表明 ,中国大陆黑斑侧褶蛙的线粒体单元型多样性相当高 (h=0 98± 0 0 0 5 ) ,总体核苷酸多样性也较高 (π =0 0 30 3± 0 0 0 2 9)。这样高的单元型多样性和核苷酸多样性与黑斑侧褶蛙作为古北界和东洋界的广布种、种群大是相应的。基于最大简约法的单元型系统发生树和基于邻接法的地方种群系统发生分析中 ,吉林通化和辽宁辽阳种群与中国大陆其他地方种群构成姐妹群。分子变异分析表明 ,吉林和辽宁种群代表的吉辽组和其余 10个地方种群代表的综合组间出现了显著的种群分化 (Φ CT=0 80 9,P <0 0 0 1) ,各地方种群间成对的FST及种群间的核苷酸歧异度也均表明两者之间出现了显著的遗传分化。吉辽组与综合组间的遗传分化最可能的原因就是受第四纪冰川的影响     

白马雪山自然保护区响古箐滇金丝猴的食性

2008 年6 月至2009 年5 月,采用扫描瞬时取样法对云南白马雪山自然保护区响古箐滇金丝猴群的食性进行了研究。研究表明,该滇金丝猴群的食物主要由42 个科105 种植物组成。滇金丝猴全年的食物构成如下:松萝50.6% ,成熟叶16.3% ,果实/种子10.5% , 嫩叶8.4% ,竹笋7.9% , 芽3.0% , 花1.9% ,树皮/ 叶柄/茎0.8% ,真菌类0.5% 。研究还表明,滇金丝猴的食谱具有一定的季节性:即夏季取食的植物种类最多,冬季取食的植物种类最少,嫩叶是滇金丝猴春季的主要食物,而果实/ 种子在响古箐的滇金丝猴秋季食物中占有重要的比重。此外,发现竹笋是滇金丝猴夏季的主要食物资源。研究还发现,除松萝以外,对其食物贡献率最大的10科植物的比重达到39.6%,而蔷薇科的取食则高达17.57% ,表明响古箐滇金丝猴对不同种类的食物具有明显的选择性。以上结果表明,响古箐滇金丝猴的取食行为受食物资源季节性变化的影响。     

Mitochondrial Control Region and Population Genetic Patterns of Nycticebus bengalensis and N. pygmaeus

Bengal slow lorises (Nycticebus bengalensis) and pygmy slow lorises (Nycticebus pygmaeus) are nocturnal which creates difficulties to study them in the field. There is a scarcity of data on them and their population genetics are poorly understood. We sequenced and analyzed a partial fragment in the first hypervariable region of the mitochondrial control region or D-loop HVRI of 21 Nycticebus bengalensis and 119 N. pygmaeus from the boundary between China and Vietnam where they are sympatric. Though the sample size for Nycticebus pygmaeus is much larger, the polymorphism level is much lower than that of N. bengalensis, possibly because of (1) external gene flow from other habitats of N. bengalensis, (2) gene ingression from Sunda slow lorises (N. coucang coucang) to N. bengalensis, (3) a skewed birth sex ratio in N. pygmaeus, and (4) a possible low survival rate of infant N. pygmaeus. Based on genetic comparisons to Nycticebus bengalensis, we propose that N. pygmaeus in southern China and northern Vietnam might have migrated from middle or southern Vietnam recently. Deng Pan and Jing-Hua Chen made equal contributions to the work.     

Identification of 13 Human Microsatellite Markers via Cross-species Amplification of Fecal Samples from Rhinopithecus bieti

Yunnan snub-nosed monkeys (Rhinopithecus bieti) are 1 of 3 snub-nosed monkey species endemic to China. Only ca. 1500 individuals remain in high-altitude forests 3000–4500 m above sea level on the Tibetan Plateau, making them the nonhuman primate living at the highest known elevation. It is one of the most endangered 25 primate species in the world. Proper knowledge of the population genetics and social system of Rhinopithecus bieti will contribute to more appropriate conservation management decisions. Cross-species amplification of human microsatellite loci has facilitated analysis of the population genetics and reproductive strategies of various primate species. We screened 72 human-derived markers to assess their utility in Yunnan snub-nosed monkeys. Thirteen of them produced reliable results and exhibited moderate levels of polymorphism.     

寄生蠕虫的群体遗传学研究

寄生蠕虫群体遗传学研究常用的遗传标记有等位酶、线粒体DNA、随机扩增多态性DNA或扩增性片段长度多态性和微卫星DNA等。应用这些遗传标记的研究表明,大多数寄生蠕虫群体遗传结构有不同水平的变异,这些变异的产生主要与寄生虫的生活史和群体生态、宿主的地理分布和环境等因素有关,并因此提出了有关遗传变异的一些假说。本文对寄生蠕虫群体遗传学的研究作一综述。 Abstract:Genetic markers including allozyme,mtDNA,RAPD/RFLP and micro DNA have been used in the research of helminth population genetics.Available data on helminth genetic variability have shown that most helminth populations exhibit different levels of genetic variation resulting mainly from the pattern of life cycle,geographical distribution and parasite-host interaction,and several hypotheses have been proposed to explain the genetic variation.     

红腹锦鸡线粒体DNA控制区结构和遗传变异研究

红腹锦鸡(Chrysolophus pictus)是中国特有珍稀鸟类,仅见于中国中部和西部的山地,为国家二级重点保护动物.采用聚合酶链式反应和直接测序的方法测定了采自湖南新宁县和龙山县的28只红腹锦鸡线粒体DNA控制区序列.在获得的1 123 bp的碱基序列中,碱基含量为T 32.79%、C 26.07%、A 26.62%和G14.52%,共检测出20个多态性核苷酸变异位点,其中简约信息位点11个.对比其它已报导的雉类控制区结构,对红腹锦鸡控制区结构进行了分析,识别了其高变Ⅰ区、中间保守Ⅱ区和保守Ⅲ区,找到了与终止相关的序列TAS以及保守序列(F、E、D、C).28个样本共发现11种单倍型,其中单倍型hap1和hap2的比例很高.新宁种群的遗传多样性比龙山种群的高,两个种群存在基因流较频繁,未出现明显遗传分化.     

MHC及其在种群遗传学和保护遗传学中的应用

主要组织相容性复合体（major histocompatibility complex,MHC）是脊椎动物体内与免疫应答调节密切相关的一个基因家族,是基因组中多态性最丰富的区域。通过MHC的遗传变异分析可以提供物种的遗传多样性水平、进化历史和种群动态,以及种群遗传结构等信息,并在濒危物种饲养繁殖种群的遗传管理中有重要应用。 MHC and Its Application in the Population and Conservation Genetics YANG Guang,CHEN Xu-yan,REN Wen-hua,YAN Jie Institute of Genetic Resources,Nanjing Normal University,Nanjing 210097,China Abstract:The major histocompatibility complex (MHC),with the highest genetic polymorphism,is a cluster of genes involved in immune response regulation in the vertebrates.MHC can provide information such as population genetic diversity,evolutionary history and population dynamics,and population genetic structure etc.It can also be applied in the captive breeding programme for endangered vertebrate species. Key words：major histocompatibility complex (MHC);genetic diversity,population viability;population genetic structure;captive breeding     

Structure of the Mitochondrial DNA Control Region of the Sinipercine Fishes and Their Phylogenetic Relationship

The mitochondrial DNA control region of Siniperca chuatsi, S. kneri, S. scherzeri, S. obscura, S. undulata, Coreosiniperca roulei and Coreoperca whiteheadi were amplified by PCR amplification and directly sequenced. The mtDNA control region of the sinipercine fishes could be separated into three domains, namely, the terminal associated sequence domain, the central conserved sequence domain and the conserved sequence block domain. The extended terminal associated sequence (ETAS), three conserved sequence blocks (CSB-F, CSB-E, CSB-D) in the central conserved sequence domain and three conserved sequence blocks (CSB1, CSB2, CSB3) in the conserved sequence block domain were also identified. The phylogenetic relationships among these sinipercine fishes were constructed through neighbor-joining and maximum parsimony methods using Percidae and Serranidae as outgroups. Results showed that sinipercine fishes were a monophyletic group, with Siniperca forming one group, and Coreoperca forming another group. Coreosiniperca roulei did not form an independent group but was merged into the genus Siniperca. Thus it should be renamed as Siniperca roulei.     

鳜类鱼类的线粒体DNA控制区结构及其系统发育分析

鳜类为低等鲈形目鱼类,是东亚特有类群。然而,关于其系统位置、分类以及一些物种的有效性等尚有争议。采用PCR扩增直接测序的方法,获得了鳜、大眼鳜、斑鳜、暗鳜、波纹鳜、长体鳜、中国少鳞鳜线粒体DNA控制区基因的序列。对比其他已报道鱼类控制区的结构识别序列,对鳜类鱼类控制区的结构进行了分析,识别了终止序列区、中央保守区和保守序列区,并找到了DNA复制终止相关的序列ETAS和中央保守区的保守序列CSB-F、CSB-E、CSB-D以及保守序列区的保守序列CSB1、CSB2、CSB3。几种鳜鱼间共有191个变异位点,其中,终止序列区的变异最高,占总变异的61．3％,中央保守区和保守序列区占总变异的38．7％。这一结果可为全面了解鱼类线粒体DNA控制区的结构特征提供资料。同时,利用高度变异的控制区序列,以鲈科和错科作为外群,使用邻接法和最大简约法构建了这几种鳜鱼的系统发育树。结果表明：鳜类为一单系类群,鳜、大眼鳜、斑鳜、暗鳜、波纹鳜、长体鳜构成一支鳜鱼群,其中,鳜与大眼鳜为姐妹种;中国少鳞鳜为另一支少鳞鳜群;长体鳜未单独成一支,而是聚入鳜鱼群内,应更名为Siniperca roulei。研究结果支持将现生鳜类分为两个类群的观点。