草鱼肝胰脏组织部分EST的鉴定及分类

本研究构建了草鱼（Ctenopharyngodon idellus）肝胰脏组织的cDNA文库，并对768个随机挑选的克隆进行部分测序，获得了567个ESTs。BLAST结果表明，457个Esrs与GenBank中已经鉴定的130个基因具有较高的同源性，其中有5个基因是已经报道的，125个是草鱼中首次鉴定的基因；110个和未鉴定的基因具有相对较低的同源性，称为假定蛋白。根据编码产物的功能可以将这些基因分为：代谢（41），基因表达及其蛋白质合成（56），细胞及机体防御（18），细胞信号传导与细胞通讯（11），细胞结构与运动（4）。     

草鱼摄食后肝胰脏组织淀粉酶活性的变化

用含量均为45％的马铃薯淀粉、糊精、葡萄糖和45％马铃薯淀粉 0．5％Cr2O3为碳水化合物源的4种试验饲料饲喂草鱼，50d后测定消化组织的淀粉酶活性。结果表明，各试验组消化组织的淀粉酶活性在摄食后下降，肝胰脏、前肠、中肠、后肠淀粉酶活性的最低值分别出现在摄食后3h、3h、3—5h、5—8h，并且淀粉 Cr2O3组的淀粉酶活性低于淀粉组。     

养殖水温对吉富罗非鱼幼鱼血清和肝脏1H-NMR代谢组的影响

基于¹H-NMR的代谢组学方法研究饲养水温对罗非鱼的肝脏和血清代谢特征的影响。实验选用初始体重为(38.75±0.61g)的吉富罗非鱼在不同温度(22、28和34℃,分别标记为LT,MT和HT组)条件下饲养8周。结果显示:在血清中,代谢物的变化包括乳酸、脯氨酸、葡萄糖、柠檬酸、反式-4-羟基、乙醇、肌酸、亮氨酸、甜菜碱、缬氨酸、谷氨酰胺、三甲胺、甘露糖、酪氨酸和肌酐,主要参与糖酵解、胆碱代谢和脂质代谢。差异代谢物中LT组乳酸、反式-4-羟基、肌酸、葡萄糖、脯氨酸、亮氨酸和缬氨酸的含量高于MT组,HT组除葡萄糖、谷氨酰胺及甘露糖外均高于MT组。肝脏组织代谢物的变化包括麦芽糖、谷氨酸、亮氨酸、赖氨酸、精氨酸、缬氨酸、丝氨酸、谷氨酰胺、异亮氨酸、牛磺酸、酪氨酸、丙氨酸、苏氨酸、苯丙氨酸、蛋氨酸,主要参与糖代谢和氨基酸代谢。LT组15种差异代谢物含量均高于MT组和HT组,MT组麦芽糖、谷氨酸盐、赖氨酸、丝氨酸、谷氨酰胺、牛磺酸和苏氨酸浓度高于HT组。以上结果表明:低温降低了吉富罗非鱼对氨基酸及氨基酸衍生物的利用率,进而影响吉富罗非鱼的生长速度和饲料利用率;高温组实验鱼的生长表现与适温组无显著差异,但代谢组结果显示高温饲养显著影响了吉富罗非鱼的胆碱代谢和脂质代谢。     

灌喂必需氨基酸模式溶液对草鱼全鱼_省略_肌肉_肝胰脏蛋白质合成代谢的影响

采用大剂量食道灌喂DL－[4-^3H]-Phe，研究不同EAA模式下，20－30g体重草鱼种的全鱼和肌肉，肝胰脏的蛋白质合成代谢，结果表明：（1）分别缺乏Lys,Met,Trp Arg的4种极端不平衡EAA模式，同草鱼肌肉EAA模式即相对平衡的基础模式相比，肌肉，肝胰脏及全鱼的蛋白质合成速率（FSR）均显著降低，其降低程度高低依次为Met,Lys,Arg,Trp;(2)肝胰脏，肌肉人的蛋白质合成代谢与整体蛋白质合成代谢对EAA模式的改变产生相同的变化趋势，并且三者蛋白质合成代谢速率为肝胰脏＞全鱼＞肌肉；（3）EAA模式的Lys,Met,Trp,Arg4因素中，对肌肉，肝胰脏蛋白质合成速率影响最大的是Met,其余依次为Lys,Arg,Trp。     

三种不同养殖模式对草鱼肝胰脏结构与功能的影响

为明确草鱼(Ctenopharyngodon idella)肝胰脏颜色与肝脂肪及矿物质沉积量间的关系,对越冬期草鱼暗红肝、花肝、白肝、黄肝4种不同颜色肝胰脏中水分、脂肪和12种矿物质含量进行了检测与分析。结果表明,越冬期草鱼暗红肝、花肝、白肝、黄肝中平均水分质量分数依次为77.78%、70.98%、67.91%、64.01%,平均脂肪质量分数分别为2.06%、2.85%、4.24%、5.28%,且4种颜色草鱼肝胰脏中水分和脂肪质量分数差异显著(P<0.05);相对暗红肝,花肝、白肝和黄肝中钙(Ca)、铬(Cr)、锌(Zn)、硒(Se)质量分数显著上升(P<0.05);花肝仅铜(Cu)和砷(As)的质量分数低于暗红肝,白肝仅镁(Mg)、铁(Fe)、Cu质量分数低于暗红肝,黄肝则所有被检矿物质均高于暗红肝。研究表明,越冬期草鱼肝胰脏脂肪沉积较少,但随着肝颜色由暗红肝变成花肝、白肝与黄肝,肝中水分含量依次减少,脂肪沉积量则依次增加;相对于脂肪质量分数较低的暗红肝,脂肪质量分数相对较高的其他颜色草鱼肝胰脏中Ca、Cr、Zn、Se质量分数显著上升(P<0.05)。

     

氧化鱼油诱导草鱼Ctenopharyngodon idellus肝胰脏谷胱甘肽/谷胱甘肽转移酶通路的应激反应

在水温25~33℃下,将平均体质量74.8±1g的草鱼Ctenopharyngodon idellus放养在池塘网箱中,投喂以豆油、鱼油、氧化鱼油为饲料脂肪源的5组等氮等能半纯化饲料(豆油组6S、鱼油组6F、2%氧化鱼油组2OF、4%氧化鱼油组4OF,及6%氧化鱼油组6OF),采用荧光定量PCR(q RT-PCR)方法,测定了草鱼肝胰脏中谷胱甘肽(GSH)/谷胱甘肽转移酶(GST)通路中GCLC、GSR、GSTPI、MGST1基因的表达活性及GSH的含量和超氧物歧化酶(SOD)的活性,研究了氧化鱼油对草鱼肝胰脏抗氧化防御能力的影响。72d的养殖结果显示:6F组GCLC的表达活性显著下调(P<0.05),其余各组间均无显著差异(P>0.05);各试验组GSR的表达活性均下调,6F和4OF组间显著下调(P<0.05);GSTPI的表达活性均显著下调(P<0.05),与饲料中(EPA+DHA)含量呈线性负相关关系;除6F组外,其余各组MGST1的表达活性均较6S组显著下调(P<0.05),且MGST1的表达活性与饲料丙二醛(MDA)含量呈二项式关系,与6S组相比,其余各组肝胰脏中GSH含量及SOD活性均显著下调(P<0.05)。氧化鱼油引起草鱼GSH/GST合成通路基因表达相适应,肝胰脏GSH合成相关基因和MGST1的表达活性下调,而GSTPI的表达活性增强。GSH/GSTs通路基因表达活性和GSH含量随饲料中氧化鱼油的增加呈梯度变化。     

锌对团头鲂幼鱼血清1H NMR代谢组的影响

为了发掘团头鲂对锌(Zn)敏感的代谢标志物,以3种Zn含量分别为7.4、32.1和332.4 mg/kg的半纯化饲料(分别标记为L、M和H组),喂养初始体质量为(3.6±0.1)g团头鲂12周,应用1H(氢谱)核磁共振波谱法(1H NMR)检测团头鲂血清代谢物的种类和浓度,再用最小二乘法判别(PLS-DA)和变量重要性(VIP)分析3个处理团头鲂血清的代谢轮廓和主要差异代谢物。结果显示,血清中52种代谢物被定性和定量,其中氨基酸及其衍生物23种、有机酸16种、糖类4种、核酸组分4种、维生素3种和其他组分2种,经PLS-DA和VIP分析,3组的代谢轮廓相异,其中L组血清中脯氨酸、丙氨酸、赖氨酸等8种氨基酸和葡萄糖含量较M组高,H组血清中则有12种氨基酸和葡萄糖含量较M组高。差异代谢物依次为脯氨酸、乳酸、葡萄糖、丙氨酸、赖氨酸、谷氨酰胺、肌酸、反式-4-羟基-L-脯氨酸、牛磺酸、丝氨酸、τ-甲基组氨酸、精氨酸、缬氨酸、蛋氨酸和甘露糖。以上结果显示,饲料中Zn缺乏和过量会抑制团头鲂的氨基酸代谢和糖代谢,脯氨酸、乳酸和葡萄糖是团头鲂对Zn敏感的潜在生物标志物。     

基于UPLC-Q-TOF/MS代谢组学技术探究α-酮戊二酸对碳酸盐碱胁迫下鲫血清代谢的影响

为探究饲料中添加α-酮戊二酸(α-ketoglutarate,AKG)对碳酸盐碱生境胁迫下鲫(Carassius auratus)血清代谢变化的影响机理,设置淡水对照组(Con组)、NaHCO₃暴露组(CA组)以及NaHCO₃暴露AKG饲料添加组(AKG组),采用UPLC-Q-TOF/MS代谢组学技术,结合主成分分析(PCA)和正交偏最小二乘判别分析(OPLS-DA)等多元模式识别技术分析鲫血清代谢物组成及含量变化特征,鉴定显著差异代谢物并进行相关代谢通路分析。结果显示,与对照组相比, CA组有27个差异代谢物,富集到了甘油磷脂代谢、亚油酸代谢、色氨酸代谢等12条代谢通路;与CA组相比, AKG组有38个差异代谢物,富集到了甘油磷脂代谢、亚油酸代谢、不饱和脂肪酸生物合成等14条代谢通路。研究结果表明,碳酸盐碱胁迫会造成鱼类氧化应激损伤,发生甘油磷脂代谢、鞘脂代谢和能量紊乱,而饲料中添加AKG能够促进TCA循环提供稳定的碳源和能量供应,通过正向调节甘油磷脂代谢、鞘脂代谢和氨基酸代谢等代谢途径来提高盐碱胁迫下鱼类的抗氧化能力和免疫能力,从而缓解盐...     

NaHCO3生境胁迫下方正银鲫鳃靶器官代谢组学研究

为探究方正银鲫(Carassius auratus gibelio)鳃靶器官在细胞层面应对盐碱生境胁迫时的代谢响应机制, 实验设置了淡水对照组(Con)和 3 个碱胁迫组: 20 mmol/L NaHCO₃ (CA20)、40 mmol/L NaHCO₃ (CA40)和 60 mmol/L NaHCO₃ (CA60), 通过非靶向代谢组学方法, 解析暴露于不同浓度盐碱环境中 30 d 后的方正银鲫鳃靶器官中的差异显著代谢物及代谢通路。结果显示, 鳃组织在 ESI 正、负离子数据采集模式下共筛选出 89 个差异显著代谢物, 其中 50 个上调, 39 个下调, 其主要富集于甘油磷脂代谢、鞘脂代谢、花生四烯酸代谢、苯丙氨酸代谢以及苯丙氨酸、 酪氨酸和色氨酸的生物合成等 12 条代谢通路。本研究结果表明, 盐碱生境胁迫后, 方正银鲫体内甘油磷脂调控了细胞膜内外物质转运, 导致合成鞘磷脂、鞘氨醇的途径被抑制。而随着前列腺素、白三烯和 L-苯丙氨酸等代谢物的浓度上升, 鲫鳃的解毒功能增加, 炎症创伤获得逐渐修复, 该代谢机制可能是方正银鲫应对盐碱胁迫耐受策略的重要原因之一。本研究所探究的方正银鲫对盐碱生境胁迫的耐受策略及代谢调控机制, 为后期的耐盐碱优良鱼种培育及增养殖研究提供了科学理论依据。     

基于LC-MS技术的海、淡水养殖刀鲚卵巢的代谢组学比较分析

为探究海、淡水养殖环境对刀鲚(Coilia nasus)卵巢发育的影响,采用非靶向代谢组学的方法,测定了海、淡水环境下刀鲚卵巢中代谢产物的差异情况,并与基因组百科全书(KEGG)数据库进行比对,找出相对应的代谢通路并分析其原因。结果表明,海水组和淡水组样品共鉴定出47种差异代谢物(P<0.05、FC>1、VIP>1),与海水组相比,淡水组表达差异倍数最明显的为碳环血氧烷A2 (Carbocyclic thromboxane A2)、半乳糖神经酰胺(Galactosyl ceramide),差异倍数分别为10.40、2.78倍;与海水组相比,淡水组卵巢组织内皮质醇升高了1.61倍;对47种差异代谢物进行KEGG分析发现,变化显著的通路有氨酰-tRNA的生物合成和嘧啶代谢通路(P<0.05),皮质醇、氨酰-tRNA的生物合成通路、嘧啶代谢通路和鞘磷脂代谢通路可能与刀鲚生殖洄游过程中卵巢发育有关。     

草鱼体脂性状的变异特征及相关性

为精确且批量测定草鱼肠系膜脂肪（肠脂）沉积量,避免传统人工刮取称量方法耗时费力、量化粗糙等问题,实验利用脂溶性染料油红O可特异性着色脂肪的特性,探索开发出一种便捷定量草鱼肠脂含量的新方法。结果发现,麻醉解剖200尾平均体重约80 g的草鱼,取出整个内脏团简单处理并塞入PIT个体识别标记后,样品集中进行多聚甲醛固定、无水乙醇脱水、油红O染液定染,可在维持样品组织完整的基础上,实现肠脂组织的特异性、均一化批量染色处理。各染色样品再分别通过无水乙醇溶剂完全萃取,萃取液吸光度测定,并依据绘制的标准曲线（y = 0.0276x + 0.0403, R² = 0.9997）,即可精确获得个体肠脂沉积的相对含量,是以萃取出的油红O质量来表示。对比发现,样品肠脂组织染色-萃取量化结果与传统刮取称量数据保持了较高的相关性（n = 20,r = 0.80）。进一步的统计分析显示,对于同塘养殖体重变异系数8.93%的草鱼群体（n = 200）,萃取测定的肠脂沉积量变异系数达到24.49%,预示该性状具有丰富变异特征及遗传改良潜力。相关与聚类分析显示,肠脂沉积量与内脏质量相关性最高（r = 0.60）,并且聚为一类,符合二者同属脏器关联指标的预期。多元线性回归分析显示,利用简单易测的形态指标只能解释肠脂沉积量的少量变异（R² = 0.20）,表明基于表型性状的拟合回归方程进行间接预测的效果不佳,直接测定是该性状精准量化的有效途径。本研究为草鱼体脂性状改良提供了一种性状精确测定方法。

     

草鱼C1qC基因的克隆及表达分析

为了研究C1qC基因在草鱼(Ctenopharyngodon idella)免疫过程中所起的作用,利用RT-PCR和RACE方法克隆获得了C1qC基因cDNA全长序列,经序列分析表明,所克隆的C1qC cDNA全长为916 bp,包括开放阅读框(open reading frame,ORF)735 bp,5′端非编码区(untranslated region,UTR)89 bp和3′端非编码区(UTR)92 bp。735 bp的ORF共编码244个氨基酸,相对分子量为26 162.5 U。同源性分析表明,草鱼与斑马鱼(Danio rerio)的相似度最高,达到71%。经草鱼呼肠孤病毒(grass carp reovirus,GCRV)诱导后,草鱼C1qC基因在鳃、皮肤、肌肉、肝、中肾、心脏、头肾等组织中的mRNA表达水平均显著上调。在草鱼胚胎发育的各个阶段都能检测到C1qC mRNA的表达,说明该基因可能在草鱼胚胎和鱼苗的免疫反应和早期发育中起重要作用。本研究将为今后在草鱼免疫功能方面深入研究C1qC基因提供基础资料。     

草鱼Ⅰ型胶原蛋白α1基因cDNA全序列克隆、组织分布及其生物信息学分析

利用PCR和RACE方法首次克隆了编码草鱼肌肉Ⅰ型胶原蛋白的α1基因(COL1A1)的cDNA全长序列,为5772bp,其开放阅读框为4347bp,编码1448个氨基酸。BLAST同源性分析结果显示,草鱼COL1A1基因的氨基酸序列与斑马鱼、金鱼同源性较高,分别为93.90%和93.60%,呈现出较高的保守性。系统进化树分析表明,该基因与斑马鱼、金鱼处于同一支,亲缘性最近。生物信息学分析显示,草鱼COL1A1蛋白质的相对分子质量为137.2ku,理论等电点是5.44,为α螺旋β折叠三重螺旋结构蛋白。有18段三重螺旋重复域,22段低复杂度域,17个功能域。COL1A1蛋白有33～69,1249～1355两个绑定钙的区域和62～104一个绑定锌的区域。利用半定量RT-PCR方法检测的组织表达结果表明,COL1A1基因在草鱼肌肉、肠道、肝胰脏、鳃、皮肤、鳍条、肾脏和脾脏8个组织中均有表达,其中在皮肤、鳃、肾脏、鳍条组织中的mRNA表达量高于其他4个组织(P<0.05)。     

健康草鱼肠道气单胞菌季节变化及胞外酶调查

暴发性鱼病流行季节及非发病季节的健康草鱼肠道气单胞菌的分布调查表明,两季中气单胞菌占总菌数的比例变化不大,只是冬季前肠道的气单胞菌比例明显增高,应视为草鱼肠道的正常寄生菌落。部分胞外酶中发现了较多产木聚糖酶的气单胞菌。     

草鱼–鳙–鲫零换水池塘有机碳、氮、磷收支研究

为研究草鱼(Ctenopharyngodon idella)–鳙(Aristichthys nobilis)–鲫(Carassius carassius)零换水池塘营养盐收支状况,阐明其零换水机制,以草鱼–鳙–鲫零换水池塘为实验组,以草鱼–鳙–鲫常规换水池塘为对照组,开展了为期2年的池塘有机碳(TOC)、氮(N)、磷(P)收支的研究。结果显示,2组池塘TOC、N、P的主要来源均为饲料投入,分别为77.06%和81.00%,92.08%和92.77%,94.18%和95.63%;TOC、N、P的主要输出途径均为底泥积累,分别占输入营养盐的43.32%和22.10%,61.40%和52.82%,78.71%和79.58%。2组池塘养殖鱼类收获分别占输入碳(C)、N、P的10.08%和13.05%,21.00%和25.57%,15.41%和18.60%。零换水池塘的C、N、P水体积累量和积累率均显著低于常规池塘(P<0.05),其积累率分别降低92.91%、88.52%和87.12%。零换水池塘的N、P底泥积累量显著高于常规池塘,但C、N底泥积累率显著低于常规池塘(P<0.05),分别降低了48.99%和13.97%。零换水池塘养殖鱼类的C、N、P利用率均显著高于常规池塘(P<0.05),分别提高了29.49%、21.72%和20.65%。研究表明,零换水模式能降低营养盐积累,有效提高系统物质利用率,是一种绿色高效养殖模式,具有较好的推广价值。     

草鱼线粒体细胞色素b基因的克隆与序列分析

用DNAExtractionKit提取草鱼(Ctenopharyngodonidella)肝脏的总DNA,合成特异引物,进行PCR扩增。扩增产物经琼脂糖电泳检测、纯化后克隆到pGEM Teasyvectorsystem的T载体上,筛选转化子,提取质粒,酶切鉴定。重组质粒序列测定的结果显示克隆了草鱼线粒体细胞色素b(cytb)基因1140个碱基及两侧部分序列共1254bp。用DNA分析软件VectorNTI6.0比较草鱼与GenBank中18种鱼类cytb的序列,显示草鱼与它们的cytb基因具有较高的同源性;根据草鱼与这18种鱼的cytb基因序列同源性所建立的进化树,与传统的分类地位基本吻合。     

抗菌素对草鱼肠道免疫和菌群的影响

为探究抗菌素对草鱼免疫和肠道菌群的影响,本实验以草鱼为研究对象,设置基础饲料(对照组)、基础饲料添加恩诺沙星或氟苯尼考3组饲料,投喂草鱼2周后,通过肠道酶活检测、荧光定量PCR (qRT-PCR)和高通量测序技术分析饲料中添加抗菌素对草鱼肠道免疫及肠道菌群多样性影响。分析结果显示,(1)饲料中添加恩诺沙星和氟苯尼考降低了草鱼肠道谷胱甘肽过氧化物酶(GPx)、过氧化氢酶(CAT)、超氧化物歧化酶(SOD)的含量,提高丙二醛(MDA)的含量,导致草鱼肠道氧化应激。(2)氟苯尼考组中的TNF-α、IL-1β、IL-12、NF-κB-P65、MHCⅡ、s IgM等免疫因子和ZO-1、ZO-2、occludin、CLDN-1、JAM3等黏膜相关蛋白的mRNA表达量显著下降,恩诺沙星组的免疫因子TNF-α、IL-1β、IL-12、TLR4、MHCⅡ和黏膜相关基因ZO-2、occludin、CLDN-1、JAM3的mRNA表达量显著下降。(3)通过16S rRNA高通量测序来揭示拌食投喂抗菌素对草鱼肠道微生物群落结构的影响,分析结果显示,饲料中添加恩诺沙星或氟苯尼考对草鱼肠道α多样性无显著差异,但对...