基于核酸适配体的差减荧光法检测鳗弧菌(Vibrio anguillarum)

鳗弧菌(Vibrio anguillarum)可感染鳗鲡、虹鳟和大菱鲆等多种水产动物,是水产养殖中的一种重要病原菌,对其进行快速检测是病害防控的前提和基础。利用鳗弧菌与其核酸适配体之间有较强的亲和特异性,首次建立了一种基于核酸适配体的可定量检测鳗弧菌的差减荧光法。该方法对鳗弧菌有较好的特异性,对鳗弧菌的检测荧光值是其他菌(溶藻弧菌、哈维氏弧菌、铜绿假单胞菌、变形假单胞菌、嗜水气单胞菌、迟钝爱德华氏菌和大肠杆菌)的4～11倍,对鳗弧菌的最低检测限为10²CFU/mL,可用于10²～10⁸CFU/mL的范围内的定量检测。通过对不同盐度海水和鱼体组织样品进行加标回收检测,结果表明,回收率和相对标准偏差等指标均符合相应的标准,说明该检测方法可用于海水样品和水产动物组织中鳗弧菌的检测。     

宁波沿海陆源排污口假单胞菌属(Pseudomonas)分布特点

采用高通量454焦磷酸测序方法对宁波沿海2个重点排污口、8个一般排污口的20个站位水样进行分析, 得到2011年3月、5月、8月、10月份各排污口假单胞菌属的分布情况。结果表明, 宁波沿海陆源排污口中存在较多的假单胞菌属。在检出的假单胞菌属中, 维罗纳假单胞菌(Pseudomonas veronii)和莓实假单胞菌(Pseudomonas fragi)的含量相对较多, 分别占56.72%、13.904%; 排污口中假单胞菌属的数量存在季节性差异, 3月份、5月份假单胞菌的数量相对较多, 8月份和10月份较少, 推测与季节性温度变化有关; 假单胞菌属的含量与排污口的主要污染物有关, 氨氮含量较高的排污口假单胞菌属的含量更高。     

球形红假单胞菌和荚膜红假单胞菌的原生质体融合

选择一株能利用无机硫化物的球形红假单胞菌 (丙酸钠 -丙露醇 )与荚膜红假单胞菌 (甘露醇 -丙酸钠 )进行种间原生质体融合。探讨了溶菌酶浓度 ,PEG浓度等对原生质体形成、再生及融合的影响。在最佳条件下原生质体融合率为 3.0 2× 10 -5。用间接选择法 ,在高渗选择培养基上选出再生的融合子 ,经过在二种选择培养基上交替连续传代十次 ,获得既可利用丙酸钠为唯一碳源又可以甘露醇为唯一碳源而生长的遗传稳定的融合株。融合子菌株对硫化物的耐受能力超过两亲本菌株 ,在 Na2 S浓度为 0 .5～ 1.0 g/ L的培养基上生长良好 ,因此在水质净化中具有潜在的应用价值。     

鳗弧菌(Vibrio anguillarum)核酸适配体筛选中高频序列的进化多样性研究

核酸适配体是采用分子进化技术从随机寡核苷酸文库中筛选得到的对靶目标有较高亲和力的寡核苷酸序列。研究核酸适配体筛选过程中高频序列的进化多样性,对于提高筛选效率,掌握核酸适配体的进化规律具有重要意义。利用Margalef丰富度指数、Shannon-Wiener多样性指数、Pielou均匀度指数、Berger-Parker优势度指数,研究了鳗弧菌(Vibrio anguillarum)核酸适配体筛选产物中高频序列的进化多样性,结果表明,随着筛选进行,高频序列的种类数、丰富度、多样性、优势度和均匀度在前六轮都呈现较为剧烈的波动,之后种类数、丰富度、多样性、优势度呈现逐步增加的趋势,而均匀度则呈逐步下降的趋势,说明竞争力强的序列在筛选竞争中逐渐占据优势,其种类数量不断增加;利用相对重要性指数(IRI)对高频序列进行了计算分析,根据IRI值可将高频序列分为5类:优势序列,重要序列,常见序列,一般序列和少见序列,其中前三种序列是筛选进化中的相对优势种群;最后对IRI较高的7种核酸适配体进行了二级结构预测,结果显示其二级结构中存在着大小、数量不等的环状结构,这些环的大小数量可能与其结合位点相关。相关研究结果对于鳗弧菌的病害防控及核酸适配体的筛选都具有重要意义。     

假单胞菌(Pseudomonas sp.cn4902)磷酸甘油磷酸酯酶基因克隆与鉴定

采用随机克隆、功能筛选、逐次排除和同源比较的基因克隆新策略进行克隆假单胞菌(Pseudomonas sp．cn4902)磷酸甘油磷酸酯酶基因的研究。结果表明，该结构基因长819bp，与铜绿假单胞菌的磷酸甘油磷酸酯酶基因的核苷酸一致性达61．5％，氨基酸同源性为56．2％。该基因已输入GenBank数据库，收录号AF348165。将该基因转化大肠杆菌，受体菌在含NaCl 1．0mol／L的培养基中甘油含量升高2．9倍，最终菌浓度提高3．6倍。可见这是一个与生物耐盐性相关的主基因，以其转化、培育耐盐农作物的前景十分光明。     

沼泽红假单胞菌快速批量培养的初步研究

根据沼泽红假单胞菌的生物特性,采用5L透明聚乙烯薄膜袋作为扩培容器,按体积比2%、4%、6%、8%和10%接种,5个试验组,每组3个重复,进行扩大培养试验,每隔24h对培养液进行吸光值和活菌数量的全程跟踪检测,为检验其纯度进行了杂菌含量平板培养检测。试验结果表明:活菌数量在120h后生长达到峰值。本试验最适接种量为8.4474%,接种量6%以上才能保证菌种的纯度和活菌的数量,在实践中可适当增加接种量以达到快速培养的目的。本试验为沼泽红假单胞菌大规模快速培养提供了参考依据。     

利用核酸适配体的竞争置换作用检测溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)

溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)是水产养殖中致病性较强的一种条件致病菌,为更灵敏、高效地对其进行检测,研发出一种基于核酸适配体竞争置换作用的检测方法。首先设计并制备出磁珠-核酸适配体-荧光报告探针的检测复合物(MAP检测复合物),然后利用溶藻弧菌与其核酸适配体有较好的亲和特异性,在对样品进行检测时,样品中的溶藻弧菌就会竞争MAP检测复合物中的核酸适配体,从而置换出与该核酸适配体结合的荧光报告探针,再通过检测置换出的报告探针的荧光强度来表征溶藻弧菌的浓度,从而实现对溶藻弧菌的定量检测。结果表明,该方法对溶藻弧菌的检测限可达到1CFU/mL,与嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)、迟钝爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)、哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)、大肠杆菌(Escherichia coli)等水产养殖中的常见致病微生物没有交叉反应,并在1~20、20~100和100~1000 CFU/mL范围内都表现出较好的线性关系。另外还对MAP检测复合物的制备条件进行了优化,较为理想的制备条件为:100nmol/L核酸适配体与100nmol/L荧光报告探针按体积比1︰1混合结合30 min,制备出50 nmol/L的核酸适配体-荧光报告探针复合物,然后该复合物再与25μg/mL的磁珠按体积比1︰1混合结合60 min,制备出相应的MAP检测复合物。利用核酸适配体的竞争置换作用检测溶藻弧菌有较好的灵敏度和特异性,展现了较好的应用前景。     

复方中药及其与抗生素联用对斜带石斑鱼变形假单胞菌病的防治效果

通过药物体外抑菌效果及其对斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)抗病力影响的研究,筛选出有效治疗斜带石斑鱼变形假单胞菌(Pseudomonas plecoglossicida)病的复方中药与中西药联用配方。在不同复方中药实验组投喂饲料中添加不同比例黄连、黄芪与黄柏,设定三联复方中药实验组Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ（黄连、黄芪、黄柏质量比分别为0.9∶〖KG-*2〗1.3∶〖KG-*2〗0.9、1.2∶〖KG-*2〗0.9∶〖KG-*2〗1.0、1.0∶〖KG-*2〗1.0∶〖KG-*2〗1.0）;复方中药与抗生素联用组中, 将不同质量比的中药黄连、黄芪、黄柏与抗生素恩诺沙星添加入饲料,分别设定为中西药联用实验组Ⅳ、V、VI。各三联中药与中西药联用实验组均添加占饲料2.2%质量分数的药物。研究结果为：三联复方中药浓度为60 mg/mL,黄连、黄芪、黄柏质量比为1.2∶〖KG-*2〗0.9∶〖KG-*2〗1.0时,抑制变形假单胞菌的效果最好,为复方中药组中最佳配方。养殖实验进行至40 d时,鱼死亡率由高到低分别为：对照组Ⅱ>对照组Ⅳ>对照组Ⅲ>实验组Ⅰ>实验组Ⅲ>实验组Ⅱ>实验组V>实验组VI >实验组Ⅳ>对照组Ⅰ。实验组Ⅱ（饲料中添加质量比为1.2∶〖KG-*2〗0.9∶〖KG-*2〗1.0的黄连∶〖KG-*2〗黄芪∶〖KG-*2〗黄柏）为药效最好的复方中药配方,实验组Ⅳ（黄连∶〖KG-*2〗黄芪∶〖KG-*2〗黄柏∶〖KG-*2〗恩诺沙星比为 0.9∶〖KG-*2〗1.3∶〖KG-*2〗0.9∶〖KG-*2〗1.3）为治疗鱼病效果最好的中西药联用配方。中西药联用相比复方中药治疗斜带石斑鱼变形假单胞菌病效果好,对于患变形假单胞菌病的斜带石斑鱼有较好的疗效。     

红假单胞菌的分离鉴定与生长特性

由青岛沿岸潮间带表层沉积物分离出４株光合细菌，经鉴定属于荚膜红假单胞菌（Ｐｈｏｄｏｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｃａｐｓｕｌａｔａ）（菌株ＨＤ３、ＲＳ、ＭＤ２）和球形红假单胞菌（Ｒｈｏｄｏｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｓｐｈｅｒｏｉｄｅｓ）（菌株ＰＳ２－２）。光照厌氧培养生长实验表明ＨＤ３的最适盐度为Ｓ＝１５～２５，ＰＳ２－２为一淡水菌株。菌株ＨＤ３的最适ＰＨ范围为６．３５～８．３。ＨＤ３、ＲＳ均不能利用硫化物且其生长受较高浓度的硫化物抑制。     

海洋假单胞菌纤溶酶的酶学性质的研究

从一株海洋假单胞菌中分离制备出一种具有纤溶活性的酶 ,对其酶学性质进行实验研究结果显示 :该酶的分子量是 2 1k D,等电点是 7.4～ 7.5 ;最适作用 p H是 8.0 ,最适作用温度是 5 0℃。该酶具有降解苯甲酰 - L -精氨酸乙酯盐酸盐 (BAEE)的活性 ,酶的动力学分析表明 :Km =0 .87mmol/ L,Vmax=1.80× 10 -3 mmol/ L s-1。     

用微卫星分析细鳞鲑(Brachymystax lenok)连续3代选育群体的遗传结构

本研究拟利用微卫星标记分析细鳞鲑(Brachymystax lenok)连续3代选育群体的遗传结构及差异。通过筛选出的22对细鳞鲑微卫星引物,利用PCR进行扩增后进行毛细管凝胶电泳,利用Gene Mapper V4.1软件进行图像收集和数据分析。在3代共96个样本中共检测到181个等位基因,各标记检测的等位基因数为2—26个,平均为8.227个;3代平均等位基因数(Na)为6.500—6.773,平均有效等位基因数(Ne)为3.356—3.649,3代间Na和Ne差异均不显著;3代平均观测杂合度(Ho)为0.462—0.530,平均多态信息含量(PIC)为0.459—0.525,平均期望杂合度(He)为0.494—0.566;F2和F3的Ho、He、PIC 3项遗传多样性参数均显著低于F1(P0.05);Hard-Weinberg平衡检验结果表明细鳞鲑3代选育群体整体保持了遗传平衡状态,但经Bonferroni校正后,尚有2个标记在F1和F3极限著偏离遗传平衡(P0.0005),3个标记在F2极限著偏离遗传平衡(P0.0005)。细鳞鲑在选育过程中通过群体选育等方法注重了对稀有等位基因的保护,在细鳞鲑多代选育过程中保持了较高的多态性水平,但在选育过程中某些等位基因出现了富集现象,3代间的遗传分化也较小,仅1.49%的遗传变异来自群体间,表明细鳞鲑群体尚具有持续选育的潜力。     

副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)诱导拟穴青蟹(Scylla paramamosain)血淋巴cDNA 文库构建及表达序列标签初步分析

利用SMART技术构建副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)诱导的拟穴青蟹(Scylla paramamosain)血淋巴cDNA文库。结果表明,该文库的滴度为1.04×107CFU/mL,文库总容量达1.144×107CFU,克隆子插入片段大小为500—2000bp,重组率达98%。将随机挑选的300个阳性克隆测序,经过质量控制和拼接,共得到141个单基因组簇(UniGenes),75个UniGenes与NCBI非冗余蛋白质数据库中登录的蛋白质序列存在显著相似性,其中20个与免疫防御相关,如kazal-like丝氨酸蛋白酶抑制剂类蛋白、kazal-type蛋白酶抑制剂arasin-like蛋白、抗内毒素因子、抗微生肽、金属硫蛋白、铁蛋白、类70kD热休克蛋白等,达总测序数的6.67%。研究结果证实,构建cDNA文库是获得拟穴青蟹免疫相关基因的可靠途径。     

包埋脱水法超低温保存萱藻(Scytosiphon lomentaria)丝状体的研究

以本实验室保存的萱藻(Scytosiphon lomentaria)丝状体为材料,用包埋脱水法超低温保存萱藻丝状体,研究了蔗糖预培养浓度和时间、胶球含水量、化冻温度以及胶球恢复时间对萱藻丝状体存活率和冻存后生长发育能力的影响。结果显示:(1)萱藻丝状体胶球在0.4mol/L的蔗糖溶液中预培养6h能获得最高的存活率;(2)萱藻丝状体胶球的最佳含水量较低,为15%左右,当含水量高于27%时,冻存后的存活率为0;(3)40°C为最适的化冻温度;(4)化冻后,将萱藻丝状体胶球在黑暗条件下恢复18h能显著提高存活率;(5)在最佳条件下,萱藻丝状体经冻存后的存活率最高可达54.79%,恢复后的丝状体与冻存前丝状体并无区别,且经诱导后能够产生正常的孢子囊,放散的孢子可以发育成叶状体。     

海豚链球菌(Streptococcus iniae)胞外产物对斑点叉尾鮰(Ictalurus punctatus)的致病性

采用硫酸铵盐析法提取海豚链球菌DGX07菌株的胞外产物(ECPs),通过平板扩散法对其主要酶成分进行初步研究,对酶热稳定和溶血活性进行测定;并对腹腔注射接种海豚链球菌(S.iniae)胞外产物的斑点叉尾进行组织病理学观察。结果显示,菌株胞外产物具有蛋白酶、DNA酶和溶血活性;DNA酶表现出一定的热稳定性,而蛋白酶和溶血活性在80℃或100℃作用10min均丧失;胞外产物对人(O型)、兔、斑点叉尾、草鱼、鲤鱼、鲫鱼、黄颡鱼和长吻的红细胞均表现出不同程度的溶血活性;人工感染试验显示,0.222mg/ml的S.iniaeECPs对斑点叉尾具有明显的致病性,死亡率达100%;临床特点表现为:游动缓慢、体表褪色、鳍条边缘褪色,内脏器官肿胀并伴有腹水;组织学病变主要表现为全身性多组织、器官炎性水肿,伴有组织内出血,实质细胞变性和坏死,尤以肝胰脏、脾脏、肾脏、肠道和心脏的损伤最为严重。试验结果表明海豚链球菌胞外产物含有多种毒力因子,与该菌的致病性密切相关。     

SELEX 筛选嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)适体方法的建立

嗜水气单胞菌是水产养殖中一种比较常见的致病病原菌。本研究以嗜水气单胞菌为研究对象,利用SELEX指数富集系统进化技术(Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment,SELEX),经过12轮的筛选,通过生物素-抗地高辛碱性磷酸酶显色系统检测DNA适配子与嗜水气单胞菌的亲和力,克隆、测序后,用DNAMAN软件分析其一级序列与二级结构。研究结果表明,通过12轮筛选后,亲和力由最初的0.32升到第9轮的0.72,亲和力提高了2.25倍。一级结构主要由GT组成,说明同源性适体有了一定程度的富集。二级结构模拟图以茎环状结构为主,说明这些茎环状结构可能是适体与靶分子进行结合作用的基础,也是其进一步形成三维空间结构的基础。     

迟缓型爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)诱导牙鲆(Paralichthys olivaceus)TLR1及TLR2基因的表达分析

Toll样受体是一类重要的蛋白质分子,参与固有免疫系统,在哺乳动物在受到细菌感染的时候,TLR1和TLR2基因可以形成异源二聚体,进而启动宿主的固有免疫。本文应用实时荧光定量PCR的技术,检测了TLR1和TLR2基因在牙鲆健康组织以及牙鲆腹腔注射迟缓型爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)后各组织中的表达变化,并探讨了它们与牙鲆(Paralichthys olivaceus)固有免疫反应的关系。结果表明,TLR1和TLR2基因广泛表达于健康牙鲆的各种组织中,其中,TLR1在脾脏组织中表达量最高,其次是心脏、肌肉;TLR2在小肠组织中表达量最高,其次是肝脏、心脏。免疫刺激实验表明,多数组织在感染病原6h后TLR1基因表达达到峰值,其中脾脏中基因的表达量最大,是0时间点的290倍(P0.01)。TLR2基因在感染病原1h后在脾脏中表达量最高,为0时间点的17.8倍(P0.01),在感染病原1d后心脏组织中基因的表达量为对照组的14倍(P0.01),其余时间点表达变化不明显。结果表明TLR1和TLR2参与了牙鲆对迟缓型爱德华氏菌的免疫应答反应。实验结果还显示,在牙鲆感染迟缓型爱德华氏菌后,MyD88、TNF-α和IL-1基因的表达也都同步上调,暗示迟缓型爱德华氏菌有可能通过TLR1通路上调MyD88的表达,并最终导致炎症因子TNF-α和IL-1的基因表达上调,以应答病原菌的感染。     

基于16S rDNA基因序列探讨引进物种紫扇贝(Argopecten purpuratus)在海湾扇贝属(Argopecten)中的分类地位

秘鲁紫扇贝(Argopecten purpuratus)于2008年被引进我国,与海湾扇贝(Argopecten irradians irradians)成功杂交。为探讨紫扇贝在海湾扇贝属中的分类地位及与相似种海湾扇贝的进化关系,随机选取紫扇贝和海湾扇贝各10个个体,利用通用引物进行16S rDNA基因片段扩增并双向测序。序列分析结果表明,紫扇贝和海湾扇贝扩增获得基因片段长度均为542bp,碱基组成A+T所占比例分别为紫扇贝54.2%和海湾扇贝55.1%。紫扇贝和海湾扇贝种内分别有6和10个变异位点,种间有41个变异位点,且种内和种间变异均为转换或者颠换,无插入/缺失类型。结合Gen Bank同源序列信息,对海湾扇贝属物种进行遗传距离分析及分子系统树的构建。结果表明:海湾扇贝属7种扇贝[紫扇贝(A.purpuratus)、A.irradians、墨西哥湾扇贝(A.i.concentricus)、A.i.irradians、A.nucleus、A.gibbus和A.ventricosus]在系统树上聚为2支,与紫扇贝亲缘关系最近的是A.ventricosus,且该两种扇贝单独聚为一支。其余5种扇贝中,A.irradians、A.i.concentricus和A.i.irradians最先聚为一支,支持A.i.concentricus和A.i.irradians为A.irradians两个亚种的结论;另外,A.nucleus与以上三者也有很近的亲缘关系。该研究结果为海湾扇贝属物种进化、迁移及其遗传育种研究提供了理论基础。