羊口疮病毒重庆株F1L基因克隆与生物信息学分析

旨在分析OrfV-CQ株F1L基因的分子特点,预测其编码蛋白的生物学功能。对OrfV-CQ株F1L基因进行PCR扩增、克隆及序列测定,利用生物信息学相关软件进行序列分析并对其编码蛋白的二级结构、B细胞表位、T细胞表位、保守结构域、跨膜结构域和信号肽进行预测。结果表明,OrfV-CQ株F1L基因长1 023bp,编码340个氨基酸,与Shanxi株F1L基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为98.4%和95.0%。OrfV-CQ株F1L基因编码蛋白的α-螺旋、β-片层、β-转角、无规则卷曲分别为11.21%、10.3%、2.73%、75.76%;可能存在5个B细胞优势抗原表位,3个CTL表位,4个Th细胞表位,无跨膜结构域和信号肽。     

鸡传染性法氏囊病毒BJ 10株分离鉴定及其VP2基因序列分析

分离鉴定鸡传染性法氏囊病病毒(Infectious bursal disease virus, IBDV),并对其VP2基因进行序列分析。从陕西宝鸡地区疑似疫情的鸡群分离到1株IBDV（命名为BJ 10株）,应用血清学琼脂凝胶免疫扩散试验(agar gel immunodiffusion test, AGID),结果在抗原孔和血清孔间可见明显的白色沉淀线。通过RT PCR扩增VP2基因高变区并对其进行生物信息学分析,结果表明,BJ 10株与超强毒株中国香港HK46的核苷酸与氨基酸同源性分别为98.7%和 99.6%,且高变区特征性氨基酸的变化与超强毒株完全一致,表明BJ 10株属于超强毒株,与香港地区的vvIBDV分离株有较为密切的亲缘关系。     

羊口疮病毒榆林株B2L和F1L串联基因在昆虫杆状病毒系统的表达

【目的】克隆分析羊口疮病毒(ORFV)榆林株(ORFV-Yulin)的F1L基因序列,通过昆虫杆状病毒表达B2L和F1L串联基因。【方法】采用PCR方法扩增ORFV-Yulin株F1L全长基因,测序后对其进行序列分析和遗传进化分析。扩增ORFV-Yulin株B2L融合基因(r B2L)和F1L融合基因(c F1L),利用碱基linker连接,通过重叠PCR方法扩增获得ORFV r B2L-linker-c F1L重组基因(r B2Lc F1L),将其与昆虫杆状病毒表达载体pBac5连接构建表达载体pBac-rB2LcF1L。将pBac-rB2LcF1L包装出杆状病毒,侵染sf9细胞,通过SDS-PAGE、Western-blotting以及质谱鉴定等方法验证目的基因r B2Lc F1L的表达。【结果】克隆获得了1 029bp的F1L全长基因,该基因高度保守,与FJ-MH2015株的序列相似性最高,核苷酸和氨基酸的相似性分别为99.0%和99.4%。系统进化分析表明,ORFV-Yulin株与XP(KU199840.1)、FJ-MH2015(KM675409.1)以及Shanxi(HQ221964.1)株同处于一个分支。PCR扩增获得了855bp的c F1L基因、1 180bp的r B2L基因及1 983bp的r B2Lc F1L基因,成功构建了pBacrB2LcF1L载体,并包装出相应的杆状病毒。B2L和F1L串联基因通过昆虫杆状病毒表达系统获得成功表达,表达产物的分子质量为80ku,且有部分重组蛋白能分泌到细胞培养基中。【结论】ORFV-Yulin株的B2L和F1L串联基因在昆虫杆状病毒系统表达成功。     

羊口疮病毒ORFV/GD-QY/01 株的分离鉴定

利用MDBK细胞对广东清远某羊场的痂皮病例进行病毒分离,获得一株ORFV,命名为ORFV/GD-QY/01。参考NCBI羊口疮病毒(Orf virus)保守基因B2L序列,设计一对特异性引物进行PCR扩增后测序;运用序列分析软件对获得的羊口疮病毒株B2L基因核苷酸序列与其他羊口疮毒株进行多序列比对,构建系统发育进化树。结果表明:接种病料悬液的MDBK细胞出现细胞病变,扩增出ORFV B2L基因,该毒株与台湾山羊株(EU935106、DQ904351)相似性最高(均为99.2%),亲缘关系最近。     

羊传染性脓疱病毒福州株的分离和初步鉴定

从福建省福州地区养羊场发病羊组织中分离到1株羊传染性脓疱病毒ORFV-FZ株。对ORFV-FZ株B2L基因片段进行扩增和序列分析,结果显示,ORFV-FZ株与国内福建、新疆、广西等毒株的核苷酸同源性在99%以上,其中与FJ-YX株的同源性为99.8%,表明ORFV-FZ株可能与FJ-YX株有着共同的来源。     

羊口疮病毒新疆流行株的分离鉴定及其遗传进化分析

【目的】研究羊口疮病毒(Orf virus,ORFV)新疆流行株的遗传变异情况。【方法】采集新疆石河子地区疑似感染ORFV的羔羊唇部结痂病料,通过PCR扩增、Vero传代细胞分离培养、电镜观察、动物回归试验等方法,检测、分离和鉴定ORFV毒株,对分离鉴定的3株ORFV毒株保护性抗原基因B2L和F1L及毒力基因VIR、GIF和VEGF分别进行克隆、测序及遗传进化分析。【结果】从病料中分离鉴定出3株ORFV新疆流行株(ORFV-SHZ1、ORFV-SHZ2和ORFV-SHZ3)。分析结果显示,ORFV分离株保护性抗原基因B2L、F1L相对保守,B2L和F1L基因编码氨基酸序列与其他参考株的同源性分别为88.6%~97.9%和86.7%~97.4%;3个毒力基因的变异相对较大,尤其是VEGF基因。VIR、GIF和VEGF基因编码氨基酸序列与其他参考株的同源性分别为91.8%~97.3%,85.2%~97.0%和71.5%~98.5%。基于B2L和VIR基因的遗传进化树分析表明,ORFV-SHZ1和ORFV-SHZ2分离株均与台湾分离株的亲缘关系最近。【结论】试验分离的ORFV新疆流行株可能是由台湾株与其他毒株重组后产生的,且其毒力基因发生了较大的变异。     

ORFV-Yulin株的分离鉴定及其B2L基因在昆虫杆状病毒系统中的表达

【目的】从榆林市具有典型羊口疮症状的陕北白绒山羊唇结痂病料中分离羊口疮病毒(Orf virus,ORFV),克隆分析其B2L基因序列,并通过昆虫杆状病毒表达B2L基因。【方法】利用牛肾传代细胞进行ORFV的分离培养,通过PCR的方法从分离到的病毒中扩增出B2L全长基因,测序后进行序列及遗传进化分析。利用扩增所得的B2L基因构建昆虫杆状病毒表达载体,包装出杆状病毒后侵染sf9细胞,并通过SDS-PAGE、Western-blot以及质谱鉴定等方法验证目的基因的表达情况。【结果】成功分离出1株羊口疮病毒,命名为ORFV-Yulin株;扩增的B2L全长基因长度为1 137bp,与Hub13和GY-AHF10株亲缘关系最近,核苷酸序列和氨基酸序列的相似性分别为99%和99.2%。通过昆虫杆状病毒表达系统成功表达了B2L基因,获得了47ku的重组蛋白。【结论】从榆林市陕北白绒山羊中获得了羊口疮病毒分离株(ORFV-Yulin);通过昆虫杆状病毒表达系统成功表达了ORFV-Yulin株的B2L基因。     

鸭瘟病毒的分离鉴定及其UL2、TK基因序列分析

2015年,福建省福州地区2个鸭场(M18肉鸭场及蛋鸭场)发生大量鸭死亡,初诊疑似鸭瘟。为明确其病原,分别采集病死鸭肝脏、食道样品进行鸭瘟病毒特异性PCR检测和病毒分离,对获得的2株病毒分离株分别进行鸭已知病原的检测,确定均为鸭瘟病毒。对新分离鉴定的2株鸭瘟病毒株的UL2基因进行序列测定及分析发现,均具有强毒株的分子特征;经TK基因序列测定及分析表明,2株新分离的鸭瘟病毒株与强毒代表株、弱毒疫苗株的TK基因核苷酸同源性均高达98.7%。     

羊口疮病毒安徽株116基因的生物信息学分析及原核表达

为了对羊口疮病毒（Orf virus, ORFV）安徽株116基因进行生物信息学分析及原核表达。以ORFVAH-F10株为模板PCR扩增116基因,使用生物信息学软件预测该基因编码蛋白的结构与功能。同时将扩增产物克隆至pET-32a（＋）原核表达载体,经BamH I及EcoR I双酶切鉴定后进行测序,构建pET-32a（＋）-116重组质粒。转化至大肠杆菌Rosetta（DE3）进行IPTG诱导,纯化蛋白后免疫BALB/c雌性小鼠制备多克隆抗体。测序结果显示,ORFV116基因全长561 bp,编码186个氨基酸。生物信息学分析结果显示：该蛋白分子量约为20.33 kDa,为不稳定亲水性蛋白;无信号肽、保守结构域及跨膜结构域;含有2个N糖基化位点和42个磷酸化位点;二级结构以无规则卷曲为主,分别为延伸链（5.91%）、α-螺旋（14.52%）与无规则卷曲（79.57%）;预测该蛋白含有20个可能的B细胞优势抗原表位与4个CTL细胞表位。SDS-PAGE及Western-blot结果显示,ORFV116蛋白大小约为51 kDa,主要以可溶形式表达且具有良好的反应原性。     

猪流行性腹泻病毒的分离鉴定及N基因序列分析

[目的]了解引起仔猪腹泻的猪流行性腹泻病毒是否为变异株.[方法]从疑似猪流行性腹泻病毒感染的猪场采集死亡仔猪的肠黏膜及其内容物,将病料常规处理后接种VERO细胞,采用维持培养液加10 μg/mL的胰酶的方法分离培养.用RT-PCR、间接免疫荧光、动物回归实验以及部分序列分析等方法对分离株进行鉴定.[结果]病料在接入细胞第一代即出现病变,细胞肿胀变圆,形成合胞体,逐渐脱落,细胞病变明显.随着病毒传代次数的增加,细胞病变逐渐稳定,进行RT-PCR检测、间接免疫荧光检测以及动物回归实验,最终确定分离株符合PEDV特征,并命名为BJ2015,测定毒株的TCID50为10-6.4/0.1 mL.基因测序结果显示,N基因长1 329 bp,编码442个氨基酸.与参考株N基因核苷酸序列比对及遗传进化分析表明,BJ2015与传统株CV777亲缘关系较远;与流行变异株BJ-2011-1N基因在进化树的同一个分支上,二者的核苷酸和氨基酸同源性分别为99.6％、99.5％,表明BJ2015与BJ-2011-1亲缘关系较近.[结论]结果表明BJ2015为PEDV流行性变异毒株.     

猪流行性腹泻病毒的RT-PCR鉴定及其 M、N和E基因的序列分析

对引起仔猪严重腹泻的猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)进行RT-PCR检测,并对PEDV部分基因进行克隆和序列分析。从陕西省某发生严重仔猪腹泻的养猪场采集肠道内容物,利用RT-PCR技术成功检测到PEDV感染。克隆检测到的PEDV M、N和E基因片段,并将该基因核苷酸序列和推导的氨基酸序列与其他不同来源的PEDV毒株进行比较分析。结果表明,克隆的M、N和E基因与其他已经发表的PEDV毒株核苷酸的同源性分别为96.3%～99.9%、95.2%～99.5%和96.1%～96.9%,氨基酸同源性分别为95.6%～99.6%、96.1%～99.5%和96.1%～98.7%;系统进化树结果表明,试验检测的PEDV与国内分离株的PEDV株亲缘关系更近。可见:陕西省养殖场存在猪流行性腹泻病毒感染,其M、N和E基因变异不大。     

Identification and Phylogenetic Analysis of an Orf Virus Isolated from an Outbreak in Boer Goat in Shanxi Province

To identify and analyze the Orf virus in Shanxi Province, China, an Orr virus strain was successfully isolated from crust materials of boer goat with clinical sore mouth symptom from a goat farm of Shanxi Province by passaging in lamb testis (LT). The Orfvirus was identified by enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) test, recurrent infection test, transmission electron microscopy, and PCR. The nucleotide and amino acid sequences of two genes of the Orf virus were analyzed. The results showed that under the electron microscopy the virus had a presence of typical parapoxvirus virions and there were many eosinophilic intracytoplasmic inclusions observed by hematoxylin-eosin (H&E) stain. In ELISA test, optical density (OD) readings of the sample showed a positive result, and the rabbits infected with the virus showed a typically Orf virus-infected appearance. All these findings proved that the sample was an Orf virus. The phylogenetic studies of Orf B2L and Orf F1L genes showed that the virus clustered in different branches and were closer to the Orf virus Nantou (DQ904351) and the OV-SA00 isolates (AY386264). Furthermore, the above results may provide some insight into the genotype of the etiological agent responsible for the Orf outbreak in Shanxi Province, and could also provide a comparative view of the B2L and F1L genes of parapoxvirus.     

犬细小病毒YBYJ株的分离鉴定及VP2基因的序列分析

[目的]为分离犬细小病毒（CPV）.[方法]采集疑似CPV感染病死犬的组织病料,用胎猫肾细胞（F81）进行病毒分离,并对分离的病毒进行回归动物试验、间接免疫荧光（IFA）及VP2基因PCR扩增鉴定.[结果]经盲传3代后FS1出现明显细胞病变（CPE）,分离病毒可导致2～3月龄犬出现典型犬细小病毒病（CP）的临床症状和特征性病理变化,通过IFA观察到特异性的绿色荧光,PCR扩增到VP2基因全长为1 755 bp,编码584个氨基酸.它与国内外具有代表性的18株CPVVP2基因的核苷酸同源性为98.0％ ～ 99.8％,氨基酸同源性为96.1％ ～99.8％.[结论]用F81细胞成功分离到1株强毒CPV,命名为YBYJ株.     

多杀性巴氏杆菌分离鉴定及序列分析

旨在了解新疆地区多杀性巴氏杆菌主要流行株的特性。通过病原的分离纯化、PCR扩增及测序,分析8株多杀性巴氏杆菌的血清型,16S rDNA基因、ompH基因和ompA基因的差异。结果表明,3株羊源、2株牛源和1株禽源分离株为荚膜A型,1株牦牛源分离株为荚膜B型,1株标准株为荚膜E型,均具有很强的致病性。分离株与GenBank公布的代表株的16S rDNA基因、ompH及ompA基因同源性分别为93%~100%、93%~100%、98%~100%。ompH基因的ORF氨基酸C端最后10个氨基酸变化较大,分离到5株ompA基因的ORF氨基酸序列N端多出6个氨基酸（M-K-R-I-I-Q）替代原先的起始位置。可见：新疆主要流行株为强致病性的荚膜A型,且有出现变异趋势。     

猪流行性腹泻病毒ORF3基因的克隆及序列分析

为研究2015年重庆市荣昌部分腹泻猪场是否有猪流行性腹泻病毒的感染与流行,对猪流行性腹泻病毒ORF3(Open reading flame 3)基因进行克隆及序列分析研究。通过从疑似流行性腹泻病毒感染的猪场采集小肠组织,采用RT-PCR方法对猪流行性腹泻病毒的ORF3基因进行克隆。结果表明,所获得的ORF3基因ORF长675bp,编码223个氨基酸。通过DNAMAN软件分析,表明本研究中克隆的ORF3基因与CV777标准株(AF353511)的ORF3基因相似性为96.45%,与中国的NJ(KJ642645)的相似性最高,为99.41%,与attenuated DR13疫苗株(EU054930)相似性90.52%,而与CV777疫苗株(GU372744)相似性仅79.07%。系统进化树分析表明,该基因与中国毒株、韩国毒株以及美国分离株USA/Illinois 201/2014(KR265795)处于同一进化分支上,而attenuated DR13疫苗株、CV777 truncated疫苗株和欧洲的CV777标准株处于另一个进化分支上,说明该基因与中国毒株、韩国毒株的遗传距离最近。通过B细胞抗原表位预测分析,发现其氨基酸第65~68、114~116、137~140和150~154区域可能有潜在的优势抗原表位。成功克隆了猪流行性腹泻病毒ORF3基因,说明2015年重庆市荣昌部分腹泻猪场存在猪流行性腹泻病毒的感染。     

1株牛源蜡样芽孢杆菌的分离鉴定及毒力基因检测

从一头猝死牛的脾脏内分离得到1株细菌,对该菌染色镜检可见其为革兰氏阳性杆菌,呈单个或链状排列。该菌对头孢氨苄、庆大霉素、诺氟沙星等药物敏感。生化检测结果和16S rDNA序列分析表明,该菌株为蜡样芽孢杆菌;经PCR检测该菌含有hbl、nhe、entFM等毒素基因以及看家基因groEL。动物致病性试验结果显示,该菌具有较强的致病性。上述结果表明,该分离菌为致病性蜡样芽孢杆菌。