人食管鳞状细胞癌中miR-424的差异表达及生物信息学分析

目的:探讨hsa-miR-424（miR-424）在人食管鳞状细胞癌发生发展机制中的作用,并对其生物学特征及功能进行预测总结分析,为最终研究miR-424的功能提供有利的线索。方法:通过实时荧光定量PCR方法,检测食管鳞状细胞癌患者石蜡标本和癌旁组织,以及人食管鳞状细胞癌细胞株kyse520、kyse410和正常人食管上皮细胞系Het-1A中miR-424相对表达水平。应用MIRDB、miRanda、Target Scan三种在线工具预测miR-424的靶基因,取三者预测结果的交集,并结合DIANALAB-TarBase7.0数据库和miRTarBase数据库两个已经实验证实的基因数据库,确定miR-424的靶基因范围。最后通过使用在线数据库metascape对has-miR-424预测的靶基因集合进行基于GO、KEGG数据库的功能注释分类和通路富集分析。结果:miR-424在食管癌细胞系kyse520和kyse410中的表达显著高于正常食管上皮细胞系Het-1A的表达（P＜0.01）。与对应的癌旁组织相比较,鳞癌组织中miR-424的表达均显著增高,其中,约77.8%(56/72)的患者癌组织中miR-424的表达较癌旁组织上调了超过50%。miR-424在物种进化上具有高度保守性,其靶基因功能主要集中在调控细胞生长、增殖和正负向调控细胞凋亡;参与蛋白质脱磷酸和泛素化,组蛋白修饰和甲基化,DNA损伤修复等生物学过程（P＜0.01）。主要参与的信号通路有p53信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路和酪氨酸激酶信号通路（P＜0.01）。结论:miR-424在食管鳞状细胞癌中是高表达状态,提示miR-424可以作为癌症促进子参与食管癌的发生发展。     

食管鳞状细胞癌差异表达基因的筛选及功能分析

目的 通过生物信息学方法分析食管鳞状细胞癌组织与癌旁正常组织之间的差异表达基因及关键基因。方法 自基因表达综合（GEO）数据库下载的基因芯片数据集GSE38129、GSE17351、GSE92396中筛选出食管鳞状细胞癌与癌旁正常组织之间的差异基因,通过DAVID数据库对差异基因行功能富集分析,通过京都基因与基因组百科全书（KEGG）数据库对差异基因进行相关通路分析,通过Cytoscape构建蛋白-蛋白互作网络并从中找出关键基因,应用UALCAN数据库对关键基因进行表达分析。结果 本研究共筛选出食管鳞状细胞癌与癌旁正常组织中共同表达差异且差异有统计学意义的基因250个。差异基因主要作为细胞组件（CC）中的细胞-细胞黏附连接、细胞外环境等参与生物学途径（BP）中的核糖核酸聚合酶Ⅰ启动子转录的正调控、氧化还原反应、细胞黏附等作用,参与的分子功能（MF）有蛋白质结合、钙离子结合、细胞间黏附等功能。后从250个基因中筛选出13个关键基因,13个基因在食管鳞状细胞癌组织与正常食管组织中的表达情况比较,差异均有统计学意义（P﹤0.05）。结论 通过生物信息学的方法对差异基因和关键基因进行分析,探寻...     

基于生物信息学分析的食管鳞状细胞癌关键枢纽基因的筛选及验证

[摘要] 目的: 采用多种生物信息学分析工具,筛选与食管鳞状细胞癌（esophageal squamous cell carcinoma, ESCC）发生发展相关的枢纽基因（Hub gene）,并分析其生物学功能。方法：选取GEO食管鳞状细胞癌芯片数据GSE100942 为研究对象,采用GEO2R软件对数据进行处理和分析,筛选差异表达基因,并通过生物信息学工具DAVID、String、Cytoscape 构建差异表达基因的蛋白互作网络并筛选Hub基因;应用GO及KEGG进行生物功能富集分析;同时通过网络工具MiRDB寻找可能调控Hub基因的miRNA,并构建Hub 基因-miRNA调控网络;利用GEPIA在线分析工具对筛选基因的表达和患者生存情况进行验证。结果：分析GSE100942 芯片数据共筛选出1229 个表达差异达2 倍以上及223 个表达差异达4 倍以上的差异基因,以及在食管癌组织中表达均上调的20 个Hub基因;功能富集分析显示这些差异基因主要富集到了癌症相关通路,并主要参与了细胞分裂及有丝核分裂等生物学过程;从Hub基因进一步鉴定了DLGAP5、BUB1B、TPX2、TTK、CDC20、CCNB2、AURKA、DEPDC1 为食管鳞状细胞癌相关的8 个关键Hub基因,他们参与了细胞增殖、细胞周期、信号通路等重要生物学过程。通过构建的miRNA调控网络分析,鉴定了CEP55、ECT2、NEK2、DEPDC1 及NUSAP1 等5 个Hub 基因受该网络高度调控。结论：基因芯片结合生物信息学方法能够有效分析与食管鳞状细胞癌发生发展相关的差异表达基因,筛选出的20 个Hub基因和其中的8 个关键基因可为进一步研究食管鳞状细胞癌发病的分子机制及分子标志物的筛选提供理论指导。     

食管鳞状细胞癌及癌前病变组织中p16基因甲基化的研究

目的：探讨食管鳞状细胞癌及癌前病变纽织p16基因CpG岛的甲基化情况．及其在食管癌发生和早期诊断中的价值。方法：采用MSP方法，对食管癌前病变不同阶段、鳞状细胞原位癌和浸润癌的病变组织进行了甲基化检测．并与其相应的正常组织和慢性食菅炎组织的甲基化情况进行对比分析。结果：轻、中、重度不典型增生、鳞状细胞原位癌和浸润癌的甲基化频率分别为22．73％(5/27)、46．15％(6/13)、77．78％(7/9)、78．57％(11/14)和64．86％(24/37)。67例正常对照组织中3例(4．48％)p16基因甲基化，与病变组织相比，差异有统计学意义，P=0．000。10例慢性食管炎组织中1例(10％)p16基因甲基化。结论：p16基因甲基化可能是食管癌发生的最早期事件之一。     

p73蛋白在食管鳞状细胞癌中的表达及其临床意义

目的 探讨p73蛋白与食管癌临床病理特征的关系及其临床意义。方法 采用免疫组化技术检测37例食管鳞状细胞癌组织、癌旁组织、区域淋巴结和相应正常食管组织中p73蛋白的表达情况。结果 37例食管癌组织中有18例（48．6％）p73蛋白呈过度表达，其阳性表达率显著高于相应的癌旁组织、区域淋巴结和正常食管组织（P＜0．05）；食管癌组织中p73蛋白过表达与食管癌TNM分期、细胞分化程度和病理类型均无明显关系（P＞0．05）。结论 p73蛋白在食管癌组织中呈高水平表达，p73蛋白可能参与了食管癌的发生、发展过程。     

食管鳞状细胞癌差异表达基因的生物信息学分析

目的:应用生物信息学方法挖掘食管鳞状细胞癌(ESCC)的相关基因,探讨其发病机制,为ESCC诊断和靶向治疗提供依据。方法:从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库下载基因芯片数据集GSE100942和GSE17351,利用其分析工具GEO2R筛选ESCC的差异表达基因(DEGs)。运用数据库DAVID进行GO功能和KEGG通路富集分析,应用Cytoscape软件和STRING数据库构建相互作用网络和关键基因模块,挖掘ESCC靶基因。进一步通过ONCOMINE和UCSC数据库的临床组织样本证实靶基因与ESCC的关系。结果:共筛选出80个DEGs,富集分析显示差异基因在细胞分裂、胶原纤维组织、有丝分裂胞质分裂、纺锤体、中间体等方面存在显著富集。共挖掘出11个ESCC靶基因,经证实均在临床ESCC组织样本中存在显著高表达。其中NUSAP1、KIF20A、DEPDC1、TTK、CCNB1、NCAPG、AURKA这7个靶基因尚未在ESCC中有研究。结论:通过生物信息学挖掘出的与ESCC相关的7个新靶基因,可能是未来研究ESCC发病机制、临床诊断和治疗的重要靶点。     

基于生物信息学的食管鳞状细胞癌生物标志物的筛选

目的采用基因组学和生物信息学方法筛选鉴定出具有特异性筛查和潜在治疗靶标的基因集作为食管鳞状细胞癌诊断和治疗的分子标志物。方法从基因表达综合数据库(GEO)数据库中下载获得GSE17351和GSE20347的芯片数据,根据平台信息进行处理,应用生物信息学方法获得差异性表达基因,结合基因本体(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路及蛋白互作网络等分析,获得有价值的基因集,最后在大样本数据中验证富含脯氨酸小蛋白(SPRR3)、甲状腺激素受体相互作用因子13(TRIP13)和基质金属蛋白酶3(MMP3)的相对表达量。结果获得显著差异性表达基因150个,主要富集于核分裂、胶原分解代谢过程、细胞外基质组织、角化和表皮细胞分化等生物过程,主要参与白细胞介素-17(IL-17)信号通路、肿瘤中的转录失调、核因子κB(NF-κB)信号通路和化学物致癌等通路途径。食管癌组织中SPRR3 mRNA的相对表达量明显低于正常组织,MMP3、TRIP13 mRNA的相对表达量均明显高于正常组织,差异均有统计学意义(P﹤0.01)。结论 SPRR3、TRIP13和MMP3基因集可作为分子标志物,为食管鳞状细胞癌的诊断和治疗提供一定方向。     

食管鳞状细胞癌及癌前病变组织中p16基因甲基化的研究

目的探讨食管鳞状细胞癌及癌前病变组织p16基因CpG岛的甲基化情况,及其在食管癌发生和早期诊断中的价值。方法采用MSP方法,对食管癌前病变不同阶段、鳞状细胞原位癌和浸润癌的病变组织进行了甲基化检测,并与其相应的正常组织和慢性食管炎组织的甲基化情况进行对比分析。结果轻、中、重度不典型增生、鳞状细胞原位癌和浸润癌的甲基化频率分别为22.73%(5/22)、46.15%(6/13)、77.78%(7/9)、78.57%(11/14)和64.86%(24/37)。67例正常对照组织中3例(4.48%)p16基因甲基化,与病变组织相比,差异有统计学意义,P=0.000。10例慢性食管炎组织中1例(10%)p16基因甲基化。结论p16基因甲基化可能是食管癌发生的最早期事件之一。     

FHIT基因在食管鳞状细胞癌及癌旁组织中的表达

目的 :探讨FHIT基因在食管鳞状细胞癌及癌旁组织中的表达及意义。方法 :应用免疫组织化学S P法对 6 4例食管鳞状细胞癌组织标本及癌旁组织进行FHIT基因的表达水平检测 ,分析其与临床病理分期、细胞分化程度及淋巴转移等的关系。结果 :食管鳞状细胞癌组织中FHIT基因阳性表达率为 2 8 1% (18/6 4 ) ,癌旁组织中阳性表达率为 87 5 % (5 6 /6 4 ) ,二者差异有显著统计学意义 (χ2 =4 6 3,P <0 0 1) ,FHIT基因表达下降与患者PTNM分期、细胞分化程度、淋巴结转移、性别、年龄、吸烟史、饮酒史及病史长短均无明显关系 (P >0 0 5 )。结论 :FHIT基因的表达下降可能与食管鳞状细胞癌的发生、发展相关 ,与临床病理分期、细胞分化程度及淋巴结转移无关。     

食管鳞状细胞癌中p16基因变异的临床意义及地域性差异

目的 进一步了解Ｐ１６基因的变异与食管癌发生发展和生物学行为的关系及地域性差异。方法 采用免疫组化和聚合酶链反应技术,对来自林县高发区和浙江省的食管癌存档组织标本中Ｐ１６蛋白的表达及其因变异进行了检测,并对食管癌组织中ｐ１６基因变异表达的临床意义及地域性差异进行了回顾性比较分析。结果 ９２例食管癌组织中,４４例存在ｐ１６蛋白表达,２２例检测到ｐ１６基因的丢失,只有５例出现ＰＣＲ－ＳＳＣＰ的异常电泳     

miR-203a-3p通过靶向调控GATA6抑制食管鳞癌细胞的增殖和侵袭

背景与目的：生物信息学分析提示GATA6是miR-203a-3p的潜在靶基因,明确miR-203a-3p通过靶向调控GATA6抑制食管鳞癌细胞的增殖和侵袭。方法：采用Lipofectamine ^TM RNAiMAX对培养的KYSE-70和KYSE-180细胞瞬时转染。采用实时荧光定量聚合酶链反应（real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,RTFQ-PCR）检测miR-203a-3p和GATA6的表达水平。采用蛋白质印迹法（Western blot）检测GATA6蛋白的水平。质粒联合转染后检测相对萤光素酶活性。对食管鳞癌患者标本进行恶性肿瘤与异型增生组织miR-203a-3p和GATA6的表达检测。结果：RTFQ-PCR及Western blot检测结果显示,与对照组比较,GATA6基因和蛋白的表达在miR-203a-3p转染组中降低,在miR-203a-3p inhibitor组却升高,差异均有统计学意义（P<0.05）。与对照组比较,miR-203a-3p转染组KYSE-70细胞增殖能力下降,miR-203a-3p inhibitor组中却升高,差异均有统计学意义（P<0.05）。在KYSE-180中虽然差异无统计学意义,但其趋势却与KYSE-70一致。与对照组比较,在KYSE-70和KYSE-180细胞系中,侵袭细胞数值/视野在miR-203a-3p转染组中均明显下降（P<0.01）,在miR-203a-3p inhibitor组中却明显升高（P<0.05）。与miR-203a-3p掠夺型+GATA6野生型组和miR-203a-3p野生型+GATA6突变型组比较,相对萤光素酶活性在miR-203a-3p野生型+GATA6野生型组中降低,差异有统计学意义（P<0.05）。与异型增生组织相比较,100%（10/10）食管鳞癌患者miR-203a-3p在恶性肿瘤组织的表达下调,而GATA6表达水平上调。结论：miR-203a-3p通过靶向调控GATA6抑制食管鳞癌细胞的增殖和侵袭能力。     

MiR-195-5p对食管鳞癌细胞放射敏感性的影响及作用机制研究

目的：探讨miR-195-5p对食管鳞癌细胞放射敏感性的影响及作用机制。方法：采用4和8 Gy X射线照射KYSE510和KYSE150细胞,以未照射细胞为对照。采用CCK-8法检测细胞生长情况,qPCR检测细胞内miR-195-5p及survivin mRNA的表达水平,Western blot检测细胞内survivin蛋白的表达水平。KYSE510细胞分为转染miR-195-5p类似物组、转染miR-195-5p拮抗物组和相应的对照组,并采用X射线照射后,Incucyte实时动态活细胞监测和EdU掺入实验测定细胞增殖情况,克隆形成实验和流式细胞术分别测定细胞克隆形成率和凋亡率,双荧光素酶报告基因实验验证各组KYSE150细胞的荧光素酶活性。结果：经X射线照射后的KESE510和KYSE150细胞生长均受到明显抑制,与未照射组相比,照射组细胞miR-195-5p表达降低,survivin蛋白表达升高（P<0.05或0.01）。转染miR-195-5p类似物组的KESE510细胞在接受X射线照射后的存活率较阴性对照组降低,EdU阳性率和克隆存活率降低,凋亡率显著升高,细胞中survivin mRNA和蛋白表达较阴性对照组均降低（P<0.05或0.01）;转染miR-195-5p拮抗物组KESE510细胞的EdU阳性率和克隆存活率较阴性对照组升高,细胞中survivin mRNA和蛋白表达均升高（P<0.01）。在KYSE150细胞中过表达miR-195-5p能够抑制BIRC5 3' UTR报告基因的荧光素酶活性（P<0.05）。结论：MiR-195-5p可能通过靶向抑制survivin基因的表达增强食管鳞癌细胞的放射敏感性。     

Hsa-miR-21-3p对食管癌细胞运动与侵袭能力的影响

目的： 研究hsa-miR-21-3p对人食管癌细胞Eca9706侵袭和迁移能力的影响。方法：采用终浓度为30 nmol/L的寡核苷酸hsa-miR-21-3p mimics和阴性对照转染Eca9706细胞48 h后,用实时荧光定量PCR检测转染后hsa-miR-21-3p的表达水平,通过Transwell体外侵袭试验和划痕愈合试验分别观察hsa-miR-21-3p对Eca9706细胞侵袭和迁移能力的影响。结果：与阴性对照组相比较,hsa-miR-21-3p mimics转染组细胞中hsa-miR-21-3p表达明显升高 (P<0.01),是阴性对照的1.1×104倍;Transwell体外侵袭试验结果显示镜下每个视野穿膜细胞数试验组 (76.67±6.11)较阴性对照组 (42.33±2.52)增加了81.1% (P<0.01),表明hsa-miR-21-3p的过表达显著增强食管癌细胞的侵袭能力;划痕愈合试验结果显示,hsa-miR-21-3p试验组的划痕宽度较对照组窄,在相同的时间点,试验组的划痕愈合能力均大于对照组 (P<0.01),说明转染了hsa-miR-21-3p mimics的试验组细胞的迁移能力大于对照组。结论：Hsa-miR-21-3p的高表达可以使人食管癌细胞Eca9706的侵袭和迁移能力增强,提示其可能参与了食管癌进程中的浸润和转移。     

lncRNAXIST/miR-34a-5p/SIRT6 分子轴调控口腔鳞癌细胞的增殖及转移

[摘要] 目的：探究lncRNA XIST/miR-34a-5p/SIRT6 分子轴调控口腔鳞癌细胞增殖和转移及其分子机制。方法：收集2013年3 月至2018 年3 月在青岛市口腔医院就诊的OSCC患者47 例癌组织和癌旁组织标本,采用qPCR检测OSCC患者组织及细胞系中lncRNA XIST、miR-34a-5p、SIRT6 mRNA 的表达,WB检测OSCC 患者组织及细胞系中SIRT6、Ki67、pcDNA、cleaved-caspase3、cleaved-caspase8、E-cadherin、Vimentin 蛋白的表达,采用CCK-8 实验检测敲降lncRNA XIST对Cal-27 及Tca-8113 细胞增殖的影响,Transwell 小室法检测Cal-27 及Tca-8113 细胞迁移及侵袭;流式细胞术检测Cal-27 及Tca-8113 细胞凋亡情况,双荧光素酶报告基因检测lncRNA XIST与miR-34a-5p、miR-34a-5p 与SIRT6 靶向结合关系。结果：lncRNA XIST和SIRT6 在OSCC患者癌组织及细胞系中高表达（均P<0.05）,miR-34a-5p 则呈低表达（P<0.01）;敲降lncRNA XIST抑制OSCC细胞的增殖、迁移及侵袭并促进细胞凋亡（均P<0.01）,同时转染miR-34a-5p 抑制剂或pcDNA-SIRT6 载体作用则相反;敲降lncRNA XIST 促进OSCC细胞中增殖及转移相关蛋白表达（均P<0.01）,同时转染miR-34a-5p 抑制剂或pcDNA-SIRT6 载体作用则相反;lncRNA XIST 与miR-34a 靶向结合,miR-34a 与SIRT6 靶向结合;lncRNA XIST 通过靶向miR-34a-5p 上调SIRT6 表达（P<0.01）。结论：lncRNA XIST/miR-34a-5p/SIRT6 分子轴能够调控OSCC细胞增殖及转移,为OSCC治疗提供潜在靶点。     

食管鳞状细胞癌预后的多因素分析

目的:通过对食管鳞状细胞癌(ESCC)多个临床病理因素进行分析,探讨影响其预后的因素。方法:对1986-2002年接受根治性手术治疗的1325例ESCC患者的预后进行回顾性研究。选取性别、年龄、肿瘤长径、分化程度、浸润深度、淋巴结转移和临床分期7个可能对ESCC患者预后有影响的指标,通过Kaplan-Meier生存分析及Cox比例风险模型进行单因素及多因素分析,筛选出影响ESCC患者预后的因素。结果:1 325例ESCC患者术后1、3、5和10年累计生存率分别为72.0%、53.0%、41.0%和1.06%。Kaplan-Meier单因素生存分析结果显示,不同肿瘤长径、分化程度、浸润深度、淋巴结转移和临床分期的ESCC患者5年生存率差异有统计学意义,P<0.01;淋巴结转移阳性组5年生存率为19.4%明显低于淋巴结转移阴性组的50.2%。肿瘤长径大、分化程度低、肿瘤浸润深度深、临床分期晚和有淋巴结转移患者其5年生存率低,预后差。COX多因素分析亦表明分化程度、浸润深度、淋巴结转移和临床分期是影响ESCC预后的相关因素P<0.01。而不同年龄和性别患者5年生存率差异无统计学意义,P>0.05。结论:肿瘤浸润深度、分化程度、淋巴结转移和临床分期可能是判断ESCC预后的独立指标。     

miR-125b-5p和miR-196a-5p在胃癌根治术后患者血清中的表达水平及其与临床病理参数和预后的关系

目的 探讨miR-125b-5p和miR-196a-5p在胃癌根治术后患者血清中的表达水平及其与临床病理参数及预后的关系.方法 选取胃癌根治术后患者169例.采用ELISA法检测患者血清miR-125b-5p和miR-196a-5p表达水平,分析其与临床病理参数及预后的关系.结果 血清miR-125b-5p和miR-1...     

食管鳞癌中差异表达的lncRNA的筛选及分析

目的:筛查及分析食管鳞癌中长链非编码RNA(lncRNA)及mRNA的差异表达谱,以及这些差异lncRNAs的功能、互作分子.方法:通过对3对食管鳞癌/癌旁组织的基因芯片筛选及生物信息学分析,预测这些差异表达的lncRNAs潜在靶点、通路,及其与临近编码基因、转录因子的相关性.结果:按FC 值≥2.0且P值≤0.05的标准,共筛选得到癌及癌旁组织差异表达的lncRNA 182个,mRNA 108个,GO聚类和KEGG分析发现差异lncRNAs潜在靶标基因与细胞周期调控、细胞分化、细胞外基质等活性密切相关,进一步生物分析得到lncRNA NONHSAT015779、NONHSAT08197、NONHSAT112918和NONHSAT115190等17个lncRNAs可能与食管鳞癌发生发展密切相关.结论:与癌旁组织相比,lncRNAs在食管鳞癌组织中显示不同的表达模式,这些差异表达的lncRNAs可能在食管鳞癌发生和发展中发挥重要作用.