酵母双杂交筛选胎肾上腺cDNA文库中HNP-1结合蛋白

[目的]筛选胎肾上腺cDNA文库中与α防御素HNP-1成熟肽具有相互作用的蛋白分子。[方法]通过聚合酶链反应(PCR)成功获得HNP-1成熟肽基因插入酵母表达载体pGBK-T7中构建诱饵质粒,同时提取胎肾上腺RNA,SMART技术制备人胎肾上腺cDNA文库,并采用Matchmaker LexA酵母双杂交系统从胎肾上腺cDNA文库中筛选与HNP-1成熟肽相互作用的蛋白。最后通过PCR筛选获得阳性克隆并测序,而后经回转实验,GST pull down以及免疫共沉淀再次验证两者的相互作用关系。[结果]成功构建诱饵质粒pGBKT7-HNP-1以及胎肾上腺cDNA文库并在酵母细胞中正确表达,筛选获得HNP-1成熟肽相互作用的蛋白-melanocortin 2 receptor (ACTH-R),CCAAT-enhancer-bind-ing proteins(C/EBP),Tramembrane trafficking protein(TMP21),low density lipoprotein receptor-related protein 6(LRP6)。最终选定促肾上腺皮质激素受体(ACTH-R)作为主要研究对象,且经GST pull down以及免疫共沉淀实验获得了证实两者间具有相互作用的相应的条带。[结论]从胎肾上腺cDNA文库中成功筛选得到α防御素HNP-1成熟肽相互作用蛋白——促肾上腺皮质激素受体。     

个旧矿粉诱导的支气管上皮转化细胞cDNA消减文库的构建

目的 构建永生化人支气管上皮细胞BEAS-2B与其受个旧矿粉体外诱导的恶性转化细胞之间差异表达的cDNA消减文库.方法 以BEAS-2B为对照组,以采自个旧井下作业面的矿粉为染毒物在体外成功诱导的恶性转化细胞为实验组.分别提取总RNA;应用SMART cDNA合成技术,获得充足的ds cDNA;应用抑制性消减杂交(SSH)技术分离BEAS-2B与其恶性转化细胞之间差异表达的基因片段;再通过T/A克隆和蓝白筛选实验,克隆BEAS-2B与其恶性转化细胞之间差异表达的基因片段,构建二者之间差异表达的cDNA消减文库.结果 通过SSH和T/A克隆等技术成功构建了具有较高消减效率的BEAS-2B与其恶性转化细胞之间差异表达的cDNA消减文库,文库经扩增后得到107个白色克隆和41个蓝色克隆.结论 应用SSH技术成功构建了具有较高消减效率的BEAS-2B与其恶性转化细胞之间差异表达的cDNA消减文库,为进一步研究个旧矿粉致肺癌发生的分子生物学机制奠定了基础.     

正常细胞与镉转化细胞抑制消减cDNA文库构建

目的 构建正常人支气管上皮细胞(16HBE)与氯化镉诱导转化16HBE细胞间差异表达基因的消减cDNA文库.方法 以16HBE为驱动子,氯化镉诱导转化16HBE细胞为检测子,应用抑制性消减杂交(SSH)方法构建cDNA文库,经2次消减杂交和2次PCR后,将巢式PCR产物插入载体,随机挑选克隆进行鉴定.结果 得到纯度高及完整性好的总RNA和mRNA,并扩增出良好的双链cDNA,cDNA与接头的连接效率＞25％,最终使差异表达基因得到富集;经蓝白菌落筛选,获得1 200余个白色阳性克隆;随机挑选50个白色克隆进行PCR扩增,显示96％克隆均有100 ～ 600 bp的插入片段,这些片段可能是差异表达基因cDNA片段,提示用SSH法及T/A克隆技术有效构建了两细胞株间差异表达基因的消减cDNA文库.结论 成功创建正常16HBE细胞与镉转化16HBE细胞差异表达基因消减cDNA文库.     

CD209L(L-SIGN)--一种新的SARS冠状病毒受体

继血管紧张素转换酶 2 (ACE2 )之后 ,Jeffers等利用人肺cDNA文库发现了SARS冠状病毒 (SARS_CoV)感染细胞 ,尤其是Ⅱ型肺泡上皮和内皮细胞时的另一种受体———CD2 0 9L。该实验室将 5名白种人肺细胞mRNA进行逆转录后的cDNA文库转导入中国仓鼠卵巢细胞 (CHO)后 ,有些细胞可以与可溶性SARS_CoV的钉突蛋白即S蛋白 (S50 9、S1180 )结合。通过流式细胞术 (FACS)将这些细胞三次分类后传代培养 ,最后放入 96孔板进行单个细胞培养形成细胞单克隆。在生物安全三级实验室内用SARS_CoV攻击单克隆细胞株 ,通过RT_PCR方法检测感染…     

猪囊尾蚴cDNA文库的免疫学筛选和新基因的发现

目的从猪囊尾蚴cDNA文库中筛选免疫学阳性蛋白的编码基因,为临床猪囊尾蚴患者的免疫学诊断提供特异的重组抗原。方法用脑囊尾蚴病人血清免疫学筛选猪囊尾蚴cDNA文库,阳性克隆经PCR技术扩增噬菌体载体中插入的DNA片段,并将其克隆入PMD-18T质粒载体中,测序结果与GenBank中的核苷酸序列进行同源性分析。结果血清免疫学筛选后,从猪囊尾蚴cDNA文库中挑取了4个阳性斑,PCR后4个片段大小约在200～1800bp,3个大的片段测序结果经分析表明均含有完整开放阅读框,同源序列分析结果显示获得的3个基因片段与GenBank中已知的猪囊尾蚴蛋白基因无同源性。结论本试验中所发现的基因均是猪囊尾蚴新基因,为进一步基因克隆、表达和鉴定等研究奠定了基础。     

牛带绦虫成虫钙调神经磷酸酶B基因生物信息学分析

目的从牛带绦虫(Teania saginata)成虫cDNA文库中克隆牛带绦虫钙调神经磷酸酶B(calcineurin B钙调神经磷酸酶B)基因,分析和预测其编码蛋白的结构和特性。方法构建牛带绦虫成虫cDNA质粒文库,从文库中识别钙调神经磷酸酶B基因并进行生物信息学分析。结果该基因全长510 bp,编码区为141～650,编码170个氨基酸,为全长基因。理论分子量、等电点分别为19119.3 Da和4.52;无跨膜区;三维结构建模图显示其线性表位的部位。结论应用生物信息方法从牛带绦虫成虫cDNA文库中筛选出钙调神经磷酸酶B基因的cDNA全长序列,并预测得到其结构与功能方面的信息。     

抑制消减杂交技术在筛选矽肺大鼠差异表达基因中的应用

目的对正常大鼠肺组织与矽肺大鼠肺组织之间基因表达差异进行比较,筛选与矽肺相关的差异表达基因片段。方法 30只SD大鼠随机分为2个组,对照组6只,实验组24只。实验组大鼠采用非气管暴露法染尘制作矽肺大鼠模型,对照组灌注生理盐水,利用HE切片确定建立模型成功;抑制消减杂交技术构建cDNA双向消减文库;菌液RCR技术初步筛选cDNA消减文库,将获得的阳性克隆进行测序、同源性比对及生物信息学分析。结果扩增消减cDNA文库获得400多个白色阳性克隆,随机挑取252个白色克隆用PCR进行扩增,95%的克隆中均有100~1 500bp的插入片段,经测序,得到具有差异表达的基因175个。经生物信息学分析表明,筛选出的已知差异表达基因与众多生物学过程和分子功能相关,包括物质代谢、物质转运、细胞增殖、细胞凋亡、细胞黏附、信号转导等,其中许多差异表达基因与矽肺的关系尚未被报道。结论利用抑制消减杂交技术可以建立高质量的矽肺正、反向差异消减cDNA文库,筛选与矽肺相关的已知和未知基因,为寻找矽肺诊断和预后的检查指标和筛选治疗靶点提供有用的信息。     

艾滋病患者马尔尼菲青霉菌优势株酵母相全长cDNA文库的构建和初步分析

目的 构建广东地区艾滋病患者马尔尼菲青霉菌(PM)优势株酵母相全长cDNA文库,筛选UniGene和全长基因,为PM的功能基因组学研究和致病机制的探讨奠定基础.方法 应用CloneMiner cDNA construction kit提取广东地区艾滋病患者PM优势株酵母相mRNA,反转录成cDNA后通过BP重组方法克隆进pDONR222载体制备成Uncut型cDNA文库,然后利用基因组DNA饱和杂交原理,对Uncut型cDNA文库进行均一化处理,构建均一化cDNA文库.针对均一化文库,随机挑取2000个克隆子进行双向测序,并进行生物信息学分析,筛选UniGene和全长基因.结果 Uncut型cDNA文库总克隆数为1.16×107 cfu/mL,重组率95%,平均插入片段长度＞1 kb;均一化文库总克隆数为1.18×106 cfu/mL,重组率95%,平均插入片段长度＞1 kb.测序获得1945条基因片段长度＞1 kb的序列,归并获得1360个UniGene,632个全长基因.结论 所构建的艾滋病患者PM优势株全长cDNA文库质量较好,采用的技术路线获取全长基因建立基因表达谱的效率较高,可以很好满足下一步实验需要.     

猪带绦虫腺苷酸激酶基因及蛋白结构特性分析

目的 分析和预测猪带绦虫腺苷酸激酶(ADK)基因及其编码的蛋白结构和特性.方法 利用各种在线生物信息网站及其它分析软件包,分析从猪带绦虫成虫cDNA质粒文库中识别的腺苷酸激酶基因的结构和编码区序列,分析、预测编码的蛋白质的理化特性、抗原表位、翻译后的修饰、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象等.结果 该基因全长864 bp,编码区为110～758,编码215个氨基酸,为全长基因.理论分子量、等电点分别为23771.4 Da和6.86;没有跨膜区;三维结构建模图显示其线性表位的部位.结论 应用生物信息方法 从猪带绦虫成虫cDNA文库中筛选出了腺苷酸激酶基因的cDNA全长序列并预测得到其结构与功能方面的信息.