低能离子注入拟南芥DNA变异的AFLP检测及差异片段的序列分析

低能离子注入是我国独创的新型生物诱变技术。该技术以数十至数百千电子伏特能量的离子注入植物体影响基因组结构,实现植物的诱变育种。扩增片断长度多态(Amplified Fragment Lengment Polymorphism,AFLP)是近年来在PCR和RFLP技术的基础上发展起来的一种新的DNA指纹技术。虽然AFLP技术诞生时间     

聚合酶链反应实验课的教学

聚合酶链反应(PCR)是近年发展起来的一种体外扩增特异DNA片段的分子生物学技术,该法操作简便快速,并且非常有效,可在很短的时间内得到数百万个特异DNA序列的拷贝.     

智能型基因扩增PCR装置在京研制成功

以聚合酶链式反应(PCR)为基础的离体基因扩增技术对基因工程的研究和应用产生了革命性影响。提供自动化的PCR专用仪器则是推广PCR技术的关键。 为解决国产PCR装置的更新换代并替代大量进口,中科院发育生物学所最近完成了以智能化仪表控制系统为核心的干式基因扩增PCR装置,经多种对照引物和模板DNA的PCR实验,获完全成功,即将通过技术鉴定并批量生产。该仪器的研制成功为分子生物学、生物工程、医学和法医学鉴定及考古、环卫等研究和应用部门掌     

四引物扩增受阻突变体系PCR技术及其在动植物遗传育种研究中的应用

四引物扩增受阻突变体系PCR(Tetra-primer amplification refractory mutation system PCR,Tetra-primer ARMS PCR)技术是一种在普通PCR基础上发展起来的单核苷酸多态性(SNP)分型技术。该项技术综合了扩增受阻突变体系(Amplification refractory mutation system,ARMS)和四引物PCR(tetra-primer PCR)技术的优点,是对等位基因特异性PCR法的改良。它具有操作简便、分型快速、费用低廉等特点,在国内外生命科学领域尤其是遗传育种领域的应用越来越广泛。本文介绍了四引物扩增受阻突变体系PCR的技术原理及优势、结果检测手段和反应体系改进方法,并在此基础上对该技术在遗传育种研究中的应用进行综述。     

单分子PCR技术及其应用

常规PCR技术大都以大量DNA分子(一般为105个以上)为模板进行DNA扩增。新近发展起来的单分子PCR技术是一种以极少量DNA分子(1、5或10个分子)为模板进行扩增的技术。在高保真度DNA聚合酶作用下,单分子PCR技术能扩增出高度一致的DNA;在低保真度DNA聚合酶作用下,单分子PCR技术又能构建出含有大量突变基因的DNA库。该将介绍单分子PCR的基本原理、实验步骤、特点及其应用。     

聚合酶链反应在研究DNA多态性中的应用

聚合酶链反应(Polymerase chain reaction PCR)是一种体外DNA扩增技术,自1985年Saiki等首次报道PCR方法以来,PCR技术迅速发展,并已广泛应用于生命科学各个方面。如基因克隆、遗传病的诊断、传染病的诊断、癌基因的检测等,由于PCR技术特异性强,扩增效率高、快速、录敏,且能克服限制性片段长度多态性(RFLP)的局限性,因此,它被有效地应用于研究DNA多态性。     

利用聚合酶链反应扩增基因片段

聚合酶链反应(PCR)是一种模拟天然DNA复制过程的核酸扩增法,具有敏感特异、产率高、操作简单、容易自动化等特点。由于它有成指数倍(2~n)扩增靶序列的能力,又被称之为“无细胞分子克隆”或“试管内分子克隆”。我们以化学合成的寡核苷酸的粗提物为引物,含目的基因片段的重组质粒DNA为模板,利用PCR技术成功地扩增出数百至3544bp的特异性     

多重PCR技术研究进展

多重PCR(Multiplex polymerase chain reaction,MPCR)是指通过一次PCR反应同时对多个靶标进行扩增,结合一定的检测手段对扩增产物进行检测从而实现对多个靶标进行诊断的技术。MPCR具有高效率、高通量、低成本的特性而被深入研究。目前MPCR技术已被广泛应用于科学研究和疾病诊断等领域,文中从MPCR扩增与检测两方面概述了MPCR技术发展及其应用,讨论了MPCR技术的优点及存在的问题,并且提出将反应体系分隔成小液滴或结合管式对流PCR(CapillaryconvectivePCR,CCPCR)技术的方式有望提高固相载体表面的扩增效率,从而开发出扩增效率高、一致性好、体系稳定、检测重数高的多重PCR技术。     

开发使用DNA探针结合粒子的检体DNA浓缩法

日本合成橡胶公司和日本罗氏公司小组使用结合了DNA探针的胶乳粒子,开发了简便且高灵敏地提取、浓缩检体中的病原菌和病毒DNA的技术。与神奈川县卫生研究所病毒部部长今井光信等合作使用这项技术用AIDS患者的血液进行检测实验。结果表明,比用普通聚合酶链反应法(PCR)的检测灵敏度高数十倍。 PCR反应是用基因扩增法扩增检测对象——基因高效率地检测的方法。但是,PCR反应的试剂量限于数十微升,所以其界限为数十微升。一旦不含检测对象就检测不出来。如果使用日本合成橡胶公司和日本罗氏开发的技术,在PCR前就能浓缩标记DNA(约330倍),据说在1ml血液中有1个分子,使用PCR     

循环肿瘤DNA检测技术的研究进展

循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ct DNA)检测,即所谓的"液体活检"。与传统的组织活检技术相比,"液体活检"能够更加全面地反映肿瘤的特征。随着ct DNA研究的逐渐深入,其检测技术的灵敏度和特异性都得到了很大的提升,而其中最具代表性的检测技术有数字PCR(digital PCR,d PCR)技术、流式技术的磁珠乳液扩增方法(bead,emulsion,amplification and magnetic,BEAMing)、标记扩增深度测序(tagged-amplicon deep sequencing,TAm-Seq)等,这些技术的发展有望开启精准医疗的新时代。     

PCR技术在疾病诊断中的应用

多聚酶链反应(PCR)是近几年发展起来的先进的快速体外基因扩增技术,它是以待扩增的两条DNA(或RNA)链为模板,由一对人工合成的寡核苷酸引物介导,通过DNA聚合酶酶促反应,快速体外扩增特异DNA序列,并具有操作简便、快速、特异和灵敏的特点,已在很短的时间里迅速进入生命科学、医学研究、遗传工程、法医学、考古学、疾病诊断等各个领域,本文仅就在疾病诊断中的应用作一介绍。     

随机扩增多态性技术联合荧光定量高敏检测三种疱疹病毒方法的建立

目的:建立一种随机扩增多态性技术(RAPD)联合荧光定量聚合酶链式反应(q PCR)高敏定量检测单纯疱疹病毒(HSV)、人类巨细胞病毒(HCMV)、水痘带状疱疹病毒(VZV)的新方法。方法:根据文献筛选出数十条随机引物,分别对三种疱疹病毒进行随机扩增,产物经2%琼脂糖凝胶电泳,选取稳定清晰条带进行分离、纯化及克隆测序,应用blast-nr比对genebank现有病毒序列,选取高于99%匹配度的基因序列作为目的片段,并在其内部用primer3.0设计特异性内引物。经过引物筛选及条件优化后建立RAPD联合q PCR检测新方法,分别检测三种疱疹病毒。结果:经过筛选,确定了HSV、HCMV、VZV扩增灵敏性及特异性最好一组引物,建立的RAPD-q PCR可分别检测出1:10~6 HSV、1:10~5 HCMV和1:10~5 VZVDNA,而单一q PCR仅能检测1:10~3 HSV、1:10~2HCMV和1:103 VZVDNA。RAPD-q PCR相比于单一q PCR灵敏性提高100-1000倍,RAPD-q PCR扩增大于1:10~5病毒DNA得到的CT值均小于22.96±0.81,与10~2 copies/μL的标准线相距远,易于区分阴性和阳性。此外,用乙型肝炎病毒及疱疹病毒互为对照未见非特异扩增,特异性好。结论:随机扩增多态性技术联合荧光定量是一种检测三种病毒高度灵敏及特异的检测方法。     

分子标记技术的发展及应用

介绍了几种应用前景较广的分子标记,如基于DNA杂交技术的分子标记:限制性片段长度多态性(RFLP)和DNA可变串联重复数标记(VNRT);基于PCR技术的分子标记:随机扩增多态性 DNA(RAPD)、酶切扩增多态性(CAPS)、扩增片段长度多态性(AFLP)、微卫星DNA(SSR)和DNA单链构象多态性(SSCP);以及新兴的第3代分子标记,即基于DNA芯片技术的分子标记:单核苷酸多态性(SNP)等。分别阐述了它们的原理、方法步骤与优缺点、应用注意事项和适用范围,同时概述了它们在生物学研究中的应用和进展。     

RISA、DGGE和2D-PAGE技术对大豆根际土壤细菌多样性分析的比较

采用基于PCR扩增的核糖体间隔区分析(RISA)、变性梯度凝胶电泳(DGGE)和双向电泳(2D-PAGE)3种分子生态学技术对大豆根际土壤细菌多样性比对分析.结果表明:2D-PAGE技术得到的土壤细菌多样性(基因点)最丰富,其次为DGGE技术(基因片段),RISA技术(基因片段)最低.RISA技术得到的条带数最少,但结...     

Primer Spanner:一个高效的定点突变PCR引物设计在线工具

基于PCR的实验策略在生物工程研究中具有广泛应用,如定点突变(site-directed mutagenesis,SDM),DNA拼接和载体构建。引物设计是这类实验技术中的关键一环,因其直接影响扩增效率和PCR产物的拼合。在嵌合式引物设计方法(一对突变引物在5'端具有互补序列)的基础上,开发了一个在线工具Primer Spanner(PS),可简单高效获得设计定点突变引物。PS可应用于单碱基或连续多碱基替换、插入、敲除等突变形式。通过大量突变实验与测序验证,结果表明该工具设计的引物进行的定点突变效果良好1)。     

数字PCR技术原理及应用

数字PCR(d PCR)是近年来引起重视并迅速发展起来的一种突破性的核酸定量分析技术。该技术先将核酸模板进行稀释,分配到大量独立的反应单元中,使每个反应单元中只有单个模板分子,然后进行PCR扩增反应,扩增结束后对每个反应室的荧光信号进行统计学分析,来定量DNA拷贝数。数字PCR采用先扩增后定量,因此不依赖扩增曲线的循环阈值(Ct),也无需采用内参基因和标准曲线,准确度高、重现性好,可以实现绝对定量分析。由于其独特的技术优势,已经在临床诊断、转基因成分定量、单细胞基因表达分析、环境微生物检测和下一代测序等研究领域显示出巨大的优势和应用前景。本文对数字PCR技术原理、定量分析方法、系统分类和应用等进行概述。     

扩增内标及其在食源性致病菌PCR检测中的应用

虽然PCR技术不断地得到了发展和改进,但检测结果容易出现假阴性而影响检测准确性的现象一直没有得到很好的解决。现在大多数学者普遍认为,在PCR体系中加入扩增内标(即一段人工构建合成的DNA序列或者是一段致病菌的看家基因序列)能有效指示假阴性现象的出现,是PCR检测技术标准化的措施之一。本文将从PCR检测方法中假阴性出现的原因、扩增内标的构建以及扩增内标在PCR检测方面的应用三方面进行综合评述,并结合本实验室的工作基础,介绍扩增内标的简捷构建过程和应用要点,希望在不影响检测灵敏度的前提下,发挥扩增内标对假阴性的指示作用。     

快速PCR方法在法医DNA检验中的研究进展

目前法医DNA检验应用的短串联重复序列(short tandem repeat,STR)复合扩增系统均依赖于荧光标记的多重PCR方法。常规DNA检验流程包括提取、定量、扩增、分离和检测,而多重PCR扩增常常是整个过程中的限速步骤,完成28~30个循环大约需要3 h。以往常利用商业化的热循环仪和热稳定DNA聚合酶,但需要很长的PCR循环时间才能够确保100~400 bp的目标片段得到有效且均衡的复合扩增。随着各种缩短扩增时间方法的出现,STR复合扩增不再需要3 h,而是可以减少到几十分钟甚至十几分钟。现主要总结了快速PCR、直接PCR、芯片PCR以及其他快速扩增等方法的研究现状与进展,尤其是在法医DNA检验领域,同时对比了几种常见快速PCR扩增方法,可见缩短扩增时间对DNA检验的意义重大。未来,以芯片为主导、快速检验为目的的全自动、便携式、集成化的DNA分析系统,将使得法医DNA检验从实验室走进案件现场,甚至日常生活,实现真正的快速即时检验。     

提高PCR扩增大DNA片段的特异性和产量

IncreasingSpecifityandYieldofPCRAmplificatingLongDNAFragmentLuYifan;DengJixian;XiaoChengzhu;MaQingjun(InstituteofBiotechnology,AcademyofMilitaryMedicalScience,Beijing100071)聚合酶链式反应（PCR）技术虽仅产生数年,却以惊人的速度广泛应用于分子生物学各个领域。它能快速、特异地扩增出任何所希望的目的基因或DNA片段,用于基因克隆、测序、突变体和重组体构建、基因表达调控的研究、基因多态性分析、遗传病和传染病诊断、肿瘤机制的探查、法医鉴定等诸多方面．目觎PCR扩增DNA片段长度可达到近50kb。这在生…     

TaqMan-MGB探针检测文森巴尔通体博格霍夫亚种实时荧光定量PCR方法的建立及应用

【目的】应用TaqMan-MGB探针技术,建立具有种水平特异性、高敏感性的荧光定量PCR方法,用于快速检测文森巴尔通体博格霍夫亚种。【方法】在序列特异性扩增区标记(Sequence characterized amplifiedregion,SCAR)技术基础上,依据文森巴尔通体博格霍夫亚种一段特有的基因序列设计探针和引物,分别优化扩增反应的退火温度、探针和引物的反应浓度;分析此方法的特异性、敏感性及重复性;绘制标准曲线,评估PCR反应的扩增效率和稳定性。【结果】本研究设计的TaqMan-MGB探针具有种水平特异性;最低检出限为每个PCR反应11个拷贝;组内和组间的变异系数CV值分别为0.12%-0.70%和0.14%-0.55%,在允许范围内;标准曲线线性关系良好(R2=1),扩增效率高(E=104.7%)。【结论】本研究建立的基于TaqMan-MGB探针技术的荧光定量PCR方法能够在种水平特异性、高灵敏度检出文森巴尔通体博格霍夫亚种,为这种巴尔通体所引起的一系列疾病的早期快速诊断、监测和流行病学调查等研究提供有效手段。