干细胞与蛋白质组学

蛋白质组学具有规模大和高通量的特点,其核心技术双相电泳、质谱分析和蛋白质组信息学的迅速发展,可完成极其复杂的蛋白质功能和细胞因子变化的研究。干细胞可定向分化为各种细胞和组织器官,其定向分化过程中有众多的蛋白质、细胞因子的参与和消失,应用蛋白质组学研究干细胞分化过程中极其复杂的蛋白质变化,对探索干细胞的分化机制和应用有重大意义。     

蛋白质组学研究相关技术新进展

蛋白质组学是以生物体系整体蛋白质为研究对象的新的研究领域。近年来，蛋白质组学研究取得了令人鼓舞的进展，一些新技术也得到迅猛的发展和改进，如双向凝胶电泳、生物质谱、生物传感芯片质谱、蛋白质芯片和生物信息学等。现就蛋白质组学相关技术的研究进展作一综述。     

蛋白质组学研究的支撑技术-双向凝胶电泳

双向凝胶电泳(two-dimensional electrophoresis，2-DE)技术由于在蛋白质组学研究中的重要作用近些年备受关注，本文拟对该技术的建立发展、现状、存在问题及未来进行综述。     

蛋白质组学技术与肿瘤研究

蛋白质组学作为后基因组研究的一个重要组成部分 ,借助蛋白质组学研究技术 ,可在蛋白质水平进一步揭示肿瘤的发病机制 ,筛选、鉴定肿瘤特异性标记和特异性抗原以及有效的药物靶蛋白。     

蛋白质组学研究相关技术新进展

蛋白质组学是以生物体系整体蛋白质为研究对象的新的研究领域。近年来,蛋白质组学研究取得了令人鼓舞的进展,一些新技术也得到迅猛的发展和改进,如双向凝胶电泳、生物质谱、生物传感芯片质谱、蛋白质芯片和生物信息学等。现就蛋白质组学相关技术的研究进展作一综述。     

蛋白质组学研究的支撑技术-双向凝胶电泳

双向凝胶电泳 (two dimensionalelectrophoresis ,2-DE)技术由于在蛋白质组学研究中的重要作用近些年备受关注 ,本文拟对该技术的建立发展、现状、存在问题及未来进行综述。     

蛋白质组学技术在肝癌研究中的应用进展

基因的功能最终是由蛋白质决定的。蛋白质组学作为一门新兴学科,已经广泛地应用于医学的各个领域。本文着重介绍了蛋白质组学的主要技术以及这些技术在寻找肝癌早期标记物和肝癌特异性抗原方面的研究进展,以为临床提供指导。     

胚胎大鼠神经干细胞双向凝胶电泳方法的建立

背景:神经干细胞是当今研究热点,双向电泳是蛋白质组学研究的技术基础,有必要建立稳定的神经干细胞蛋白质组双向凝胶电泳技术体系.目的:通过对神经干细胞双向凝胶电泳几个关键步骤的分析,建立稳定、重复性好的神经干细胞双向凝胶电泳的分离方法.方法:采用无血清体外细胞培养方法,培养胚胎大鼠神经干细胞并进行鉴定.提取样品蛋白并裂解,被动水化,采用不同IEF参数,使用PDQuest8.0软件对图谱进行分析和比较.观察不同等点聚焦参数下双向电泳图谱质量,蛋白质点的数目及重复性.结果与结论:不同IEF参数条件下的双向电泳图谱的质量有所不同,增加低电压的除盐步骤有助于去除电泳胶图上的横纹.在80 000 Vh聚焦总能量下,获得较理想的电泳图.通过选用适当的IEF参数.建立了适当的神经干细胞双向凝胶电泳方法.     

问：蛋白质组学的常用技术有哪些？

答：相关技术有：（1）样品的制备技术如激光捕获显微切割（Laser—captured microdissection，LCM）技术；（2）蛋白质的分离技术如双向凝胶电泳、差异凝胶电泳、毛细管电泳、高效液相色谱等；（3）蛋白质的鉴定技术如质谱技术、凝胶图像分析等；（4）用于蛋白质分析的生物信息学。     

类风湿性关节炎患者关节滑膜组织蛋白质组学

背景:已有研究表明滑膜炎持久反复发作,最终导致关节内软骨和骨的破坏,国内关于类风湿性关节炎滑膜组织的蛋白质组学研究报道较少。目的:通过比较类风湿性关节炎患者和无关节滑膜损伤患者滑膜组织蛋白质表达的差异,探讨类风湿性关节炎可能的发病机制,寻找类风湿性关节炎致病相关蛋白。方法:选取6例无关节滑膜损伤患者及6例活动期类风湿性关节炎患者行关节镜手术得到的滑膜组织,提取总蛋白质后进行双向凝胶电泳,考马斯亮蓝染色,PDQUEST软件分析,对差异蛋白质点采用基质辅助激光解析电离质谱(MALDI-TOF-MS)技术进行鉴定,并用Mascot软件在SwissProt和NCBInr数据库中进行同源比较和分析鉴定。结果与结论:建立了类风湿性关节炎组及对照组滑膜组织双向凝胶电泳图谱,获得130个差异在2倍以上的蛋白质点数,选取其中分辨清楚的39个点进行鉴定,初步鉴定出29个蛋白质,其中21个蛋白质点在类风湿性关节炎组中表达上调,8个表达下调,其功能涉及功能代谢、细胞信号传导、抗氧化、分子伴侣等。结果表明类风湿关节炎滑膜病变是一个多种蛋白质参与的复杂过程,这些表达差异蛋白质可能是类风湿性关节炎发病的内在因素。     

骨髓间充质干细胞定向分化研究中蛋白质组学的地位与应用

背景:细胞分化的实质是细胞内基因的选择性表达,导致细胞新的特异性的蛋白质的合成,从而在生化、结构及功能上发生变化,原有的基因组和分析单一蛋白的模式已不能满足研究的需要.蛋向质组学技术是大规模、系统性研究蛋白质变化及其相互作用的强有力工具,可以用于骨髓间充质干细胞定向分化的分子机制研究当中.目的:介绍蛋白质组学的概况,总结蛋白质组学在骨髓间充质干细胞向心肌、成骨及脂肪细胞定向分化方面的研究进展,讨论其面临的问题,并对蛋白质组学研究方法进行展望.方法:在CNKI数字图书馆全文数据库、Sciencedirect数据库、I.S.I数据库中检索有关骨髓间充质干细胞特性、定向分化及蛋白质组学在骨髓间充质干细胞定向分化研究中应用的文章,纳入近年来起重大影响以及开启和引领新方向的重要研究成果.结果与结论:纳入29篇文章进行综述,总结蛋白质组学技术在骨髓间充质干细胞向心肌、成骨及脂肪细胞分化领域提供的信息及积累的经验.随着蛋白质组学在方法学及技术上的不断创新和发展,将会成为研究骨髓间充质干细胞定向分化潜在机制的强有力工具,帮助人们早日揭开其中蕴含的生命奥秘.     

人胆汁双向凝胶电泳分离技术的建立与优化

背景:双向凝胶电泳是目前最好的蛋白质分离方法,然而胆汁样品中的盐,脂和蛋白酶对双向凝胶电泳干扰较大,影响电泳图谱的蘑复性.目的:通过对胆汁样品双向凝胶电泳的几个关键环节的分析,建立起一种适合于有效分离胆汁蛋白质的双向凝胶电泳分离方法.设计、时间及地点:胆汁双向凝胶电泳图谱对照实验.于2008-03/11在重庆市神经病学重点实验室完成.材料:胆汁标本取自于重庆医科大学附属第一医院肝胆外科,于肝移植过程中从供体中取得.方法:将标本分别按3种不同方法进行处理:(D2D-Clean-up试剂盒处理胆汁标本:用裂解液,7 mol/L尿素,2 mol/L硫脲,质量浓度为0.4 g/L的过硫酸铵,65 mmol/L二硫苏糖醇,质量浓度为0.2 g/L的载体两性电解质溶解沉淀过夜.②在胆汁标本中加入4倍体积的预冷丙酮,用预冷的丙酮洗涤沉淀,然后用真空冻干机抽干,用裂解液溶解沉淀过夜.③在胆汁标本中加入4倍体积的预冷三氯乙酸/丙酮混合液,用预冷的丙酮洗涤沉淀,然后用真空冻干机抽干,用裂解液溶解沉淀过夜.经过一维等电聚焦和二维SDS-PAGE电泳分离人胆汁蛋白质组.将切取的蛋白质点进行脱色,酶解,萃取,冷冻抽干后,进行质谱鉴定.主要观察指标:胆汁双向电泳图谱上蛋白质点数目,位置及重复性的比较.结果:3种方法均能得到理想的-向电泳等电聚焦,与单纯的丙酮沉淀法相比较,但三氯乙酸,丙酮沉淀法损失了较多的中小分子量的蛋白质,因此不适合于胆汁标本的处理.与2D-Cleanup试剂盒处理法相比,丙酮沉淀法纯化胆汁内盐、脂较丰富,去除干扰成分,具有较好的效果,具有成本低廉、操作简便等优势.结论:通过优化胆汁蛋白质提取、上样量和双向电泳重复件检测等步骤,建立了人胆汁双向凝胶电泳的方法,丙酮沉淀与双向凝胶电泳技术的结合足获取人胆汁蛋白质组的一种有效方法.     

不同贮存时间红细胞悬液蛋白质组学分析

目的比较不同贮存时间红细胞悬液蛋白质之间的变化,阐明库存红细胞损伤的机制。方法采用双向凝胶电泳(2-DE)和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术检测d 1、d 12、d 23和d 35血库贮存红细胞悬液中蛋白质水平的变化,寻找随着贮存时间延长发生变化的蛋白质点。结果通过比较分析3名健康献血者在d 1 d、d 12、d 23和d 35贮存在4℃冰箱的红细胞悬液的蛋白质表达谱。发现在贮存的d 12与d 1相比增加了14个蛋白质点并达到高峰,其中有7种蛋白质,在以后的d 23和d 35则逐渐降低到一个稳定的水平。结论通过血清蛋白质组学技术,成功鉴定了7种蛋白质与红细胞悬液贮存时间延长有关的差异蛋白质点,为减少红细胞损伤延长红细胞寿命提供重要的理论依据和途径。     

不同银染法和上样模式对双向凝胶电泳影响的初步分析

双向凝胶电泳 (2 DE)技术是蛋白质组学研究的重要支撑技术之一。该技术利用蛋白质 2项独立物化参数———等电点 (pI)和分子量的差异 ,将高分辨率的等电聚焦电泳(IEF)和聚丙烯酰胺凝胶电泳 (SDS PAGE)程序相组合。 2 DE常用的标本上样方式有溶涨上样和杯上样。前者溶涨与等电聚焦同时进行 ,后者溶涨与等电聚焦依次进行。常用的下游蛋白质显示技术包括同位素标记法、荧光标记法、染料标记法、金属和重金属离子标记法。银染法属金属离子还原染色 ,分双胺银染法和非双胺化学显色银染法。本研究通过比较两种上样方式和两种银染法对人肝…     

差异蛋白质组学在缺血性脑血管病研究中的应用及进展

在个体生命活动中执行生理功能的蛋白质表现出多样性和动态性。新兴学科-蛋白质组学是从整体、动态、网络水平上对蛋白质进行研究，同时蛋白质组随着细胞类型差别或所处环境差异而不同，为差异蛋白质组学产生奠定理论基础。差异蛋白质组学与传统蛋白质组学研究方法相比有其独特优势。差异蛋白质组学技术在神经系统变性疾病研究中已占有非常重要的地位，然而，对于缺血性脑血管病研究起步时间不长。本文就目前国内外应用差异蛋白质组学对缺血性脑血管病不同组织来源进行研究的现状综述，为寻找缺血性脑血管病蛋白标记物、预测治疗效果以及从蛋白质水平揭示其发病机制开辟新路径。     

蛋白质组学技术在白血病研究中的应用

蛋白质组学（Proteomics）是一门相对于基因组学（Genomics）而提出的，旨在综合研究某一基因组所表达的全部蛋白质的新型学科。随着蛋白质组学技术如二维电泳（2DE）、高效液相色谱（HPLC）、质潜以及生物信息学等的快速发展和趋于成熟，我们将就蛋白质组学研究在白血病发病、诊断、预后及治疗等方面取得的进展进行综述。     

蛋白质组学新技术在白血病中的应用

蛋白质组学(proteomes)是当今生物领域中极其活跃的学科,主要以生物质谱技术为支撑平台,并结合生物信息学对蛋白质进行研究。此外,发展高通量和高精度的蛋白质相互作用检测技术已受到密切关注,如蛋白质芯片、抗体芯片、荧光能量传递技术等。在白血病的发病机制、早期诊断、指导治疗、寻找药物靶分子及预后判断等方面,蛋白质组学技术发挥了积极作用。     

蛋白质组学在肾移植中的研究进展

蛋白质组学技术是一门从整体上研究细胞、组织或有机体蛋白质组的新兴学科,包括蛋白质提取、生物质谱和生物信息学三部分。蛋白质组学为疾病发病机制的研究提供了新的思路和方法。本文简要介绍蛋自质组学技术在肾移植术后无创性诊断排斥反应、免疫抑制剂肾毒性及肾移植术后感染等方面的研究进展。     

蛋白质组学技术发展及应用研究进展

蛋白质组学是产生于20世纪90年代中期的一门新兴学科,以细胞内全部蛋白质的存在及其活动方式为研究对象,是后基因组时代生命科学研究的核心内容。蛋白质组学的产生与发展经历了一个漫长的过程。现对其发展过程及应用进行综述。     

阿德福韦酯治疗慢性乙型肝炎患者前后蛋白质组学的比较分析

目的比较阿德福韦酯（adefovir dipivoxil，ADV）治疗前后有病毒学应答患者和无病毒学应答患者血清蛋白质组学变化差异，探讨预测ADV治疗效果的特异性的标志。方法利用双向凝胶电泳-质谱技术获得慢性乙型肝炎患者血清蛋白表达图谱，并寻找ADV治疗后差异表达的蛋白质。结果经与治疗前比较，有病毒学应答组触珠蛋白、触珠蛋白2α、α-1-抗胰蛋白酶前体在治疗后上调；因子B、转甲状腺素B链、谷胱甘肽过氧化酶、α-2-巯基蛋白、视黄醇结合蛋白、视黄醇结合蛋白前体、载脂蛋白、载脂蛋白A-I前体在治疗后下调。无病毒学应答组转甲状腺素在治疗后上调；富含亮氨酸α-2-糖蛋白、触珠蛋白、α-2-肌动蛋白、载脂蛋白A-I前体在治疗后下调。两组相比：治疗后载脂蛋白A-I前体呈相同下调趋势；触珠蛋白、转甲状腺素表达呈相反变化趋势。结论双向电泳．质谱技术可发现ADV治疗过程后有病毒学应答组触珠蛋白、转甲状腺素表达与无病毒学应答组比较呈相反变化趋势，从而为寻找ADV治疗有效的预测指标奠定基础。