我国沿海大竹蛏(Solen grandis)野生群体及增殖放流群体遗传多样性的ISSR 分析

近年来, 大竹蛏野生资源因过度捕捞等原因急剧减少, 主要通过人工增殖放流方式进行补 充。对我国沿海大竹蛏群体进行遗传多样性研究, 评判增殖放流活动对野生群体遗传结构的影响, 能 够了解大竹蛏当前的种质资源状况, 为合理保护该资源提供科学依据。采用ISSR 分子标记技术, 对 广西北海(BH)、江苏启东(QD)、山东日照(RZ)、辽宁营口(YK)、河北秦皇岛(QH)5 个野生大竹蛏群 体及江苏蒋家沙增殖放流群体(JJ)共150 个样品进行了研究。实验结果表明, 我国沿海大竹蛏遗传多 样性水平高, 但各野生群体间已出现显著的遗传分化; 江苏蒋家沙增殖放流群体较启东野生群体遗 传多样性有所下降, 但两群体间的遗传分化并不明显。所以在苗种培育过程中, 应当保证亲本数量及 品质, 扩大亲本选择区域来提高遗传多样性水平, 同时应加大本地原种保护力度来避免种质混杂。     

大竹蛏(Solen grandis)cDNA文库中微卫星标记的筛选

利用微卫星查找软件SSRIT对大竹蛏cDNA文库(2038条EST)中2—6个碱基重复单元组成的简单序列重复进行了筛选。最少重复次数设定为5次,共发现包含微卫星位点的EST96条,占整个EST数据库的4.71%;共发现微卫星位点103个,其中含双碱基重复序列77个,数量最多,占总数的74.76%;三、四碱基重复序列分别占微卫星序列总数的22.33%、2.91%,没有发现五或六碱基的重复。对含有SSR位点符合微卫星引物设计的EST序列,利用在线引物设计软件Primer3设计合成引物14对,以南通野生群体为模板PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳发现,其中5对有多态性位点。在5个微卫星位点上,等位基因的数目从2—7个不等,观测杂合度和期望杂合度分别为0.067—1.000和0.066—0.775,香农指数在0.146—1.545之间。结果表明,所筛选的微卫星标记可用于遗传分析。     

大竹蛏(Solen grandis)铁蛋白基因的克隆及其在转录水平上对微生物多糖的应答

本研究克隆获得了一个大竹蛏(Solen grandis)铁蛋白(SgFer)基因的cDNA全长,其序列全长为848bp,5’和3’端的非编码区分别为111bp和212bp,开放阅读框525bp,推测编码174个氨基酸,预测分子量为20.2kDa,理论等电点为5.20。通过荧光定量PCR法研究了SgFer在健康大竹蛏组织中以及大竹蛏受到微生物多糖刺激后的表达规律,结果表明,SgFer在血细胞、鳃、外套膜、肌肉、性腺和肝胰腺等组织器官中均有表达,在肝胰腺中的表达量最高。SgFer在大竹蛏受到肽聚糖(PGN)和葡聚糖(glucan)刺激后,其mRNA的表达量显著上调,分别在刺激后6h和12h达到最高;而脂多糖(LPS)刺激不能诱导其mRNA表达量上调。SgFer可能参与大竹蛏对微生物多糖的清除反应。     

大竹蛏(Solen grandis)翻译控制肿瘤蛋白(TCTP)基因的分子克隆和表达特征分析

本研究克隆得到了一个大竹蛏(Solen grandis)翻译控制肿瘤蛋白(TCTP)基因(SgTCTP)的cDNA全长,其序列全长为1055bp,5′和3′端的非编码区(UTR)分别为54和461bp,开放阅读框(ORF)540bp,编码179个氨基酸,理论等电点为4.50,预测分子量大小19.96kDa。通过荧光定量PCR法检测了SgTCTP在健康大竹蛏各组织中和病原相关分子模式(PAMPs)刺激后的表达规律,结果表明:SgTCTP在检测组织外套膜、鳃、性腺、血细胞、肌肉和肝胰腺中都有表达,其中在肝胰腺中的表达量最高。脂多糖(LPS)、肽聚糖(PGN)和葡聚糖(β-1,3-glucan)刺激都能诱导SgTCTP的表达量上调,SgTCTP的表达量分别在LPS和PGN刺激后6和3h达到最高,为空白对照的3.64和3.36倍;β-1,3-glucan刺激后SgTCTP的表达量上升幅度最大,在12h达到最高,为空白对照的11.76倍。SgTCTP可能作为急性时相蛋白参与大竹蛏的免疫应答。     

短蛸(Octopus ocellatus)四个地理群体遗传特性的AFLP 分析

应用AFLP标记技术对我国北方近海短蛸的遗传多样性进行分析。采用6对AFLP引物组合对4个群体(大连、烟台、青岛、连云港)120个个体进行扩增,其中每对引物扩增位点数在42—66之间,共得到303个扩增位点。4个群体内的多态位点比例为62.03%—67.93%。群体的Nei’s基因多样性指数(H)为0.2353—0.2617,Shannon多样性指数(I)为0.3497—0.3863,群体间的遗传距离为0.0497—0.085;大连群体的多态位点比例、Shannon多样性指数和群体Nei’s基因多样性指数均高于其它三个群体。用UPGMA方法构建的群体系统进化树显示,大连群体与烟台群体聚到一起,青岛群体与连云港群体聚到一起,显示群体间具有典型的地理特征,但群体间存在遗传渗透。分子变异分析(AMOVA)结果表明,短蛸群体88.28%的变异来源于群体内,群体间的变异占11.72%,显示短蛸的遗传变异主要来源于群体内个体间,但群体间已经有了一定程度的遗传分化。     

长江口泥螺群体遗传多样性的AFLP分析

本研究应用AFLP分子标记技术,对我国长江口泥螺的4个群体(江苏启东,崇明东滩,九段沙湿地国家自然保护区和上海南汇)进行了遗传多样性分析。4对AFLP引物扩增得到577个位点,启东、崇明、九段沙和南汇群体的多态率分别为78.2%、56.0%、58.4%和57.9%。群体总基因多样性为0.2218,显示出较高的遗传多样性水平,且96%以上的遗传变异存在于群体内,群体间的遗传分化极微小(0.0000~0.0404)。群体间Nei’s遗传距离为0.0000~0.0124,主要存在于江苏启东群体和其他3个群体之间。利用STRUCTURE分析群体隐性遗传结构,结果表明长江口泥螺群体有3种遗传来源,同时群体之间有强大的基因流。泥螺较强的扩散能力和海洋开放的环境可能是造成泥螺群体遗传同质性较高的主要原因。     

山东沿海菲律宾蛤仔不同地理群体遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP技术对山东沿海菲律宾蛤仔（Ruditapes philippinarum）4个野生群体（乳山、无棣、牟平、即墨）进行了遗传多样性分析。采用6对引物组合对4个群体进行扩增,共得到356个位点,乳山群体、无棣群体、牟平群体和即墨群体的多态位点比例依次为74.40%、70.50%、72.80%、74.70%,具有较高的遗传多样性水平。其中,即墨群体多态性比例最高,无棣群体多态性比例最低。聚类分析表明,各群体间的遗传距离在0.0263～0.0448之间,乳山群体和无棣群体间的遗传距离最近(0.0263),两群体首先聚在一起,随后与牟平群体和即墨群体聚在一起。     

斑节对虾4个地理群体遗传多样性的AFLP分析

为研究斑节对虾(Penaeus monodon)4个地理群体的遗传背景,作者应用AFLP分子标记技术对非洲(F)、中国三亚(S)、泰国(T)和印度尼西亚(Y)的斑节对虾群体进行遗传多样性分析。选取8对引物组合对斑节对虾4个群体共128个个体进行分析比较,共获得1 000个位点,其中多态性位点数为830个,各群体多态位点比率为47.8%~58.5%;群体Nei’s遗传多样性指数为0.0917~0.1271,Shannon’s信息指数为0.1484~0.2032。4个群体间的遗传距离,Y与F之间最大,为0.331,T与S之间最小,为0.217。4个群体UPGMA聚类时,S、T与Y聚为一支,F为单独一支;128个个体的UPGMA聚类结果表明,F群体除4个个体外其余个体聚为一大支,S、T、Y群体的部分个体互相混杂。AMOVA分析发现,35.92%的变异来自于群体间,64.08%的变异来自于群体内,群体间的遗传分化系数为0.3592,表明4个群体间的遗传分化程度很大。本研究为斑节对虾遗传育种提供了种质遗传背景资料,并为斑节对虾资源的开发与利用提供基础数据。     

三种蛏的遗传多样性分析

应用AFLP技术对浙南地区分布的小荚蛏(Siliqua minimai)、缢蛏(Sinonovacula constricta)和大竹蛏(Solen grandis)3种蛏进行了基因组DNA多态性检测,并对其遗传多样性进行了分析.利用筛选出的5对引物组合,共扩增出781个清晰的位点;小荚蛏、缢蛏和大竹蛏多态位点比例依次为79.22%、84.25%和64.82%,Nei's基因多样性指数分别为0.2971、0.3070和0.2785,Shannon's多样性指数分别为0.4402、0.4575和0.4010,种内平均遗传距离为0.2585、0.2691和0.1838.研究结果表明,这3种蛏的核DNA遗传多样性水平以缢蛏为最丰富,小荚蛏次之,大竹蛏最低;并且3种蛏的共享位点很少,遗传趋异比较明显,说明3种蛏的遗传关系比较远.     

山东沿海菲律宾蛤仔不同地理群体遗传多样性的AFLP 分析

利用AFLP技术对山东沿海菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)4个野生群体(乳山、无棣、牟平、即墨)进行了遗传多样性分析。采用6对引物组合对4个群体进行扩增,共得到356个位点,乳山群体、无棣群体、牟平群体和即墨群体的多态位点比例依次为74.40%、70.50%、72.80%、74.70%,具有较高的遗传多样性水平。其中,即墨群体多态性比例最高,无棣群体多态性比例最低。聚类分析表明,各群体间的遗传距离为0.0263~0.0448,乳山群体和无棣群体间的遗传距离最近(0.0263),两群体首先聚在一起,随后与牟平群体和即墨群体聚在一起。     

洞庭湖水系五强溪水库光泽黄颡鱼(Pelteobagrus nitidus)遗传多样性的AFLP分析

为了了解沅水五强溪大坝阻隔对光泽黄颡鱼可能造成的遗传多样性影响,采用AFLP分子标记技术,对沅水五强溪水库库区和沅水下游两个光泽黄颡鱼野生群体进行了遗传多样性分析。9对选择性引物在两个光泽黄颡鱼群体中,共扩增出1243个位点,多态位点1091个,多态位点比率为87.77%。其中库区和沅水下游群体多态位点比率分别为85.41%、83.25%,观测等位基因数分别为1.854±0.592、1.803±0.622,有效等位基因数分别为1.597±0.381、1.574±0.377,Nei’s多样性指数分别为0.220±0.211、0.207±0.195,Shannon’s信息指数分别为0.330±0.305、0.302±0.338;两个群体内的平均遗传距离分别为0.124±0.072、0.119±0.057,群体间的平均遗传距离为0.127±0.100。两个群体的遗传参数比较不存在显著差异(P0.05)。聚类分析显示,UPGMA系统树没有依据群体而形成明显的两大分支。以上结果表明,五强溪水库库区和沅水下游两个光泽黄颡鱼群体的遗传多样性丰富,光泽黄颡鱼种群遗传结构对水库大坝阻隔的响应不明显。     

基于形态参数和AFLP标记的文蛤(Meretrix meretrix)不同地理群体遗传变异分析

应用方差分析和Tukey多重比较对文蛤的辽宁(LN)、山东(SD)、江苏(JS)、广西(GX)4个自然地理群体的7个壳形态参数进行了研究,结果发现,SD和JS群体间差异不显著,LN和Gx群体差异不显著,Gx群体与SD和JS群体间差异显著(P<0.05).利用4对引物组合对这4个群体进行了AFLP扩增,共得到236个位点,其中特有位点14个,这些特有位点可作为群体鉴别的特征性标记.遗传多样性分析表明,4个文蛤群体的遗传多样性水平均较高,而以Gx群体最高,Nei's基因多样性指数和Shannon's多样性指数分别达到0.2636、0.3961,sD群体最低.分别为0.2308、0.3462.从群体间遗传距离和NJ法构建的亲缘关系谱系图来看,LN和SD群体的遗传距离最近(0.0394),首先聚在一起,而Gx群体与其他3个群体间都较远(0.1271-0.1586),单独分出一支,这说明Gx群体已发生了明显的遗传分化,用它与其他3个群体杂交可望较大幅度地提高遗传多样性水平.     

两种蛤仔群体遗传多样性的形态参数及AFLP分析

采用多变量形态度量学方法,对大连(DL)、青岛(QD)、厦门(XM)、珠海(ZH)4个菲律宾蛤仔群体和湛江(RV)1个杂色蛤仔群体的形态变异进行了比较研究,建立了群体形态聚类图和形态判别函数,结果较客观地显示了4个菲律宾蛤仔群体之间以及与杂色蛤仔群体之间的差异。利用4对引物组合对菲律宾蛤仔青岛群体与杂色蛤仔湛江群体共48个个体进行了AFLP分析,共得到216个位点,其中特有位点29个,可作为2个物种鉴别的分子标记。两种蛤仔都显示了较高的群体遗传多样性,菲律宾蛤仔群体内遗传相似度为0.6051,杂色蛤仔为0.6882,群体间的平均遗传相似度只有0.2968。群体内香农多样性指数菲律宾蛤仔为0.2526,略高于杂色蛤仔的0.2154。对所有个体聚类分析,同种个体可以很好地聚在一起,没有出现种间的交叉,表明两种蛤仔具有明显的遗传差异。     

10个菲律宾蛤仔野生群体的遗传多样性研究

对我国沿海地区10个菲律宾蛤仔野生群体线粒体16S r RNA和COI基因部分序列进行测序,分别得到了长度为473bp和632bp的片段。结果表明,16S r RNA 193条序列A+T平均含量为66.6%,共检测到21个变异位点,193个个体具有22种单倍型;COI基因183条序列A+T平均含量为64.8%,共检测到126个变异位点,183个个体具有67种单倍型。基于群体间遗传距离利用Mega5.1软件构建10个群体的NJ树,聚类结果表明,大连群体和荣成群体聚为一支,其余8个群体聚为一支。AMOVA分析表明,大连群体和荣成群体间分化不显著,而荣成、大连群体与其余8个群体间的分化达到极显著水平(P0.01),说明我国沿海的菲律宾蛤仔野生群体存在一定的遗传分化。     

中国沿海不同地区泥蚶(Tegillarca granosa)的遗传多样性分析

以采自海南海口、广西防城港、广西北海、广东湛江、福建漳州、山东荣成、山东威海7个地理群体62个泥蚶个体为材料,获取592bp线粒体COI基因片段序列,并进行遗传多样性及分化分析。多态性遗传参数统计显示:62个个体共检测出103个多态性位点,定义了26个单倍型;总群体单倍型多样性指数为0.834,核苷酸多样性指数为0.01665,平均核苷酸差异数为9.85772。7个群体均显示出较丰富的遗传多样性,群体内遗传距离及群体内遗传多样性参数显示中国沿海泥蚶遗传多样性由北向南呈升高趋势,而群体内遗传分化系数也呈现升高的趋势。基于26个单倍型COI序列构建的NJ树和UPGMA树以及基于群体间遗传距离构建的UPGMA树显示,荣成群体和威海群体亲缘关系较近,聚成一小支,而后与漳州群体相聚,然而南方类群并没有聚为独立的一支。     

半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis）野生与养殖群体遗传多样性的比较研究

采用扩增片段长度多态性技术（AFLP技术）对2个野生和2个养殖的半滑舌鳎群体进行了遗传多样性的比较研究。实验采用8对AFLP引物组合,在四个群体的120个个体中共扩增出498个位点。结果表明,半滑舌鳎养殖群体的遗传多样性降低：河北唐山野生群体和江苏连云港野生群体的多态位点百分数分别为45．18％和39．96％,Nei遗...     

长牡蛎(Crassostrea gigas)野生与选育群体的微卫星遗传多样性分析

为了评估长牡蛎(Crassostrea gigas) 2个壳长性状(掌心形)快速生长选育群体(LY2-K4、LY2-K7)、1个壳高性状(速生型)快速生长选育群体(LY2-K11)和6个野生群体(QHD、LS、HD、ZH、WD、KTD)的遗传多样性和遗传结构, 用21对多态性丰富的微卫星引物对9个长牡蛎群体的269个个体进行了遗传分析。结果显示: 21个微卫星位点共检测出了460个等位基因(N_a),平均等位基因数为21.905; 21个微卫星位点的多态信息含量(PIC)均大于0.5, 具有高度遗传多态性; 选育群体LY2-K11的遗传多样性最低(N_a=13, I=2.128,H_e=0.831, PIC=0.825), 野生群体KTD的遗传多样性最高(N_a=29,I=3.112, H_e=0.941, PIC=0. 938); 189个群体位点组合有66%偏离哈代-温伯格平衡, 表明这些群体存在一定程度的杂合子缺失; 9个群体间的遗传分化指数(F_st)为0.012~0.064, 处于较低的遗传分化水平; AMOVA分析显示遗传变异主要来自于个体内; PCoA分析结果与UPGMA聚类树一致, LY2-K11群体单独聚为一类, QHD和HD群体聚为一类, 其他6个群体聚为一类。综上所述, 长牡蛎3个选育群体和6个野生群体遗传多样性均较高, 遗传分化水平较低; 选育群体LY2-K11多样性略有下降, 选育过程中应保证亲本的数量及质量, 防止因近交衰退造成遗传多样性降低, 苗种抗逆性变差。该结果将为长牡蛎新品种的选育和野生种质资源的保护提供科学指导。