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相似文献
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1.
2.
目的 克隆西洋参PqDELLA1基因,进行生物信息学分析,并探讨其在西洋参抗根腐病中的表达模式。方法 根据已获得的西洋参转录组数据,设计PqDELLA1基因全长扩增引物,利用无缝克隆的方法获得全长互补脱氧核糖核酸(cDNA);采用国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)在线Blastp、DNAMAN和MEGA 6.0等软件对序列进行生物信息学分析;通过实时荧光定量多聚核苷酸链式反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,qPCR)检测PqDELLA1基因的组织表达及诱导表达模式。结果 扩增得到西洋参PqDELLA1基因,其cDNA序列为1743 bp,编码580个氨基酸;PqDELLA1蛋白相对分子质量为63 910,理论等电点为5.01,不含信号肽,为非跨膜蛋白,定位于细胞核,与番茄SlDELLA蛋白氨基酸相似度最高。qPCR结果显示PqDELLA1基因在叶中表达量最高,其次为茎,根中最少;该基因的表达受根腐病病原菌茄病镰刀菌(Fusarium solani)的诱导,接种后5 d内持续升高后降低。结论 首次克隆出西洋参PqDELLA1基因并进行了生物信息学和表达特性分析,发现该基因可响应F. solani的侵染,为后续解析其参与西洋参抗病反应的分子机制提供参考。  相似文献   

3.
目的:获得丹参转录因子SmbHLH1全长基因,分析SmbHLH1基因在丹参不同组织部位,以及不同诱导子处理后的表达差异.方法:利用RT-PCR等技术获得SmbHLH1基因全长,利用半定量RT-PCR,分析SmbHLH1基因在丹参不同部位的表达情况,及在不同处理条件下的表达情况.结果:获得的SmbHLH1基因由999个核苷酸组成,编码332个氨基酸,蛋白相对分子质量约36 kDa;半定量RT-PCR检测,该基因在丹参的根中表达量最高,其次是茎,在叶和花中有微量表达;茉莉酸甲酯,以及酵母提取物和Ag+共同诱导,会抑制该基因的表达,水杨酸和脱落酸对该基因的影响不大.结论:丹参SmbHLH1基因是bHLH家族新成员,其功能可能与油菜素内酯信号途径有关.  相似文献   

4.
目的 克隆黄连(Coptis chinensis Franch.)中自然抗性相关巨噬细胞蛋白(Natural Resistance-Associated Macrophage Protein,NRAMP)的编码基因,并进行生物信息学分析。方法 从黄连基因组中比对NRAMP3基因,并根据比对的基因序列设计特异性引物,经PCR扩增得到的黄连NRAMP3编码序列,进行克隆、测序和生物信息学分析,并利用qPCR技术对黄连NRAMP3基因进行时空表达分析。结果 得到黄连NRAMP3基因cDNA序列,全长1617 bp,编码538个氨基酸,通过与GenBank上的其他蛋白序列比对,将其命名为CcNRAMP3;序列分析显示,黄连NRAMP3基因编码的氨基酸序列包含一个典型的NRAMP结构域(PF01566),有12个跨膜结构域,亚细胞定位于液泡膜上,具有疏水性强的特点。二级结构中肽链构象主要包括α-螺旋与无规则卷曲两部分;三级结构模型具有葡萄球菌锰转运突变体(MntH)的晶体结构。利用系统进化关系分析推测它可能具有转运重金属元素Cd功能。对黄连NRAMP3基因的组织表达分析表明,CcNRAMP3基因在黄连叶片中表达量最高。在遭受镉胁迫时,在须根中表达量先升高后降低,该基因很可能主要在根部对镉进行响应并发挥作用。结论 本研究首次通过克隆得到黄连NRAMP3基因,并运用生物信息学方法对其理化性质、结构特征等进行了分析预测,这些结果将为黄连NRAMP3基因的功能研究以及其对镉转运的调控机制提供理论依据和基因资源。  相似文献   

5.
目的 克隆菊花脑芳樟醇合酶基因CnTPS1的全长编码序列,利用原核系统表达融合蛋白,为进一步研究该基因在菊花脑萜类合成中的功能提供理论依据。方法 以菊花脑基因组数据为基础,设计特异性引物,PCR扩增CnTPS1的全长编码序列,利用生物信息学分析软件分析序列特征。利用qRT-PCR技术分析CnTPS1基因在不同组织中的基因表达量。构建原核表达载体,体外诱导目的蛋白表达。结果 CnTPS1编码序列全长1749bp,编码582个氨基酸;基因表达模式分析表明该基因在茎和管状花中表达量较高;原核表达系统能诱导出67.58kDa大小的蛋白。结论 首次从菊花脑中克隆得到一个芳樟醇合酶基因CnTPS1,运用生物信息学方法对其编码蛋白的理化性质、结构特征等进行了分析预测,分析了该基因的组织表达模式,并在原核表达系统中成功诱导表达出目标蛋白,这些结果将为菊花脑萜类合酶基因的功能以及萜类物质生物合成途径的解析提供理论依据。  相似文献   

6.
目的 获得并分析黄连(Coptis chinensis Franch.)中自然抗性相关巨噬细胞蛋白(Natural Resistance-Associated Macrophage Protein,NRAMP)的编码基因。方法 根据黄连基因组测序结果中的NRAMP基因序列设计特异性引物,经PCR扩增得到黄连NRAMP5编码序列,进行TA克隆、测序及生物信息学分析。结果 得到黄连NRAMP5 cDNA序列,全长1611bp,编码536个氨基酸,通过与Genbank上的其他蛋白序列比对,将其命名为CcNRAMP5;序列分析表明黄连NRAMP5基因编码的氨基酸序列包含一个典型的NRAMP结构域(PF01566),是一种拥有11个跨膜结构域,亚细胞定位于质膜处的膜蛋白,具有疏水性强的特点。二级结构中肽链构象主要包括α-螺旋与无规则卷曲两部分;三级结构模型具有葡萄球菌锰转运突变体(MntH)的晶体结构。通过系统进化关系分析推测其可能具有二价金属离子转运功能。结论 首次通过克隆得到黄连NRAMP5基因,并运用生物信息学方法对其理化性质、结构特征等进行了分析预测,这些结果将为黄连NRAMP5基因的功能研究以及其对镉转运的调控机制提供理论依据。  相似文献   

7.
目的:研究雷公藤萜类成分的生物合成相关基因,在雷公藤转录组信息数据的基础上,以雷公藤悬浮细胞为研究材料,克隆Tw CYP88A1基因。方法:采用c DNA末端快速扩增技术(RACE)克隆雷公藤Tw CYP88A1基因,实时荧光定量聚合酶链式反应(PCR)分析其组织表达谱。结果:Tw CYP88A1 c DNA全长1 594 bp,编码491个氨基酸,等电点9.16,相对分子质量55.957 k Da,具有半胱氨酸铁血红素配体信号活性催化位点。植物组织表达分析表明Tw CYP88A1基因在雷公藤叶中的表达量最高,根中最低。结论:从雷公藤悬浮细胞中克隆得到Tw CYP88A1基因全长c DNA,对其进行生物信息学分析,揭示其组织表达谱,为深入分析雷公藤细胞色素P450酶、解析雷公藤萜类化合物的生物合成下游途径奠定基础。  相似文献   

8.
目的:观察丹参注射液对大鼠脊髓损伤(SCI)后低氧诱导因子(HIF)-1α和血管内皮生长因子(VEGF)表达的影响,探讨其参与脊髓损伤修复的机制。方法:选取50只SD大鼠(SPF级)建立Allens’重力打击SCI模型(正常组除外)后,随机分为正常组、模型组、丹参治疗组、丹参加雷帕霉素组和甲泼尼龙琥珀酸钠组(每组10只)。正常组常规饲养,其余实验组均按1 m L·kg-1·d-1剂量分别腹腔注射生理盐水、丹参注射液、丹参注射液(含雷帕霉素3 mg·kg-1)和尾静脉注射甲泼尼龙琥珀酸钠溶液30 g·L-1。伤后1,3,7,14 d时采用联合行为评分法(CBS)评价大鼠脊髓神经功能恢复情况。伤后14 d处死动物,采用免疫组化染色和蛋白免疫印迹法(Western blot)检测各实验组HIF-1α和VEGF的表达差异。结果:SCI后14 d,与正常组比较,模型组大鼠CBS评分升高,HIF-1α和VEGF表达升高(P0.05);与模型组比较,丹参治疗组CBS评分降低,HIF-1α和VEGF表达升高(P0.05);与丹参治疗组比较,丹参加雷帕霉素组CBS评分升高,而HIF-1α和VEGF表达降低(P0.05);上述指标在丹参治疗组和甲泼尼龙琥珀酸钠组之间的差异不具有统计学意义。结论:丹参注射液可通过调节HIF-1α和VEGF的表达从而参与脊髓的损伤修复。  相似文献   

9.
目的 本研究使用生物信息学方法鉴定黄连WRKY基因家族成员并对其表达模式进行分析,为进一步研究黄连WRKY基因家族的功能及其对黄连生物碱合成途径的调控机制提供参考。方法 利用HMMER、BLAST、TBtools、IQ-Tree等软件,ExPASy、WOLF PSORT、MEME在线网站等对黄连基因组中的WRKY基因家族进行鉴定、可视化分析和表达模式分析。结果 从黄连基因组中鉴定出了41个WRKY基因,其ORF长度为252-2796 bp,编码蛋白的氨基酸数量为84-931 aa,分子质量为9649.32-103620.60 Da,等电点为4.96-10.17,95%以上蛋白预测亚细胞定位于细胞核;41个CcWRKY(黄连WRKY)基因不均一地分布在9条染色体上;系统发育分析将41个CcWRKY蛋白分为3大类,第Ⅰ类有6个,第Ⅱ类有31个,第Ⅲ类有4个;同一类CcWRKY蛋白结构域高度保守,大多CcWRKY基因外显子数量为3-7,内含子数量为2-6。表达分析结果为,除了保守结构域高度缺失的CcWRKY38CcWRKY40外,所有的CcWRKY都至少在一个组织中有表达,且多数是特异性表达。结论 全面分析了黄连基因组中的WRKY基因家族,有助于进一步解析WRKY基因家族在黄连生物碱生物合成途径的调控机制。  相似文献   

10.
目的 克隆得到白花前胡花发育关键基因CAULIFLOWERCAL)并对其进行原核表达和基因表达分析。方法 根据白花前胡转录组数据中的基因序列信息,通过逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)从白花前胡中克隆CAL基因,命名为PpCAL1PpCAL2。构建原核表达载体pET-32a-PpCAL1和pET-32a-PpCAL2,并转化至大肠埃希菌Transetta(DE3)进行诱导表达。运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析抽薹开花前后白花前胡不同组织的基因相对表达量。结果 PpCAL1PpCAL2的开放阅读框(ORF)长度分别为645、738 bp,分别编码214、245个氨基酸。结构功能域分析表明,PpCAL1和PpCAL2蛋白都具有MADS_MEF2_like和K-box保守结构域。原核表达结果显示,异丙基-β-D-硫代半乳糖苷可成功诱导目的蛋白表达。系统进化树分析显示,白花前胡PpCAL1与胡萝卜DcCAL聚为一支,白花前胡PpCAL2与橡胶树HbCAL聚为一支。基因表达结果显示,PpCAL1PpCAL2在不同组织中均在开花后表达量上调。结论 克隆并分析白花前胡PpCAL1PpCAL2基因,为进一步研究白花前胡开花基因提供参考。  相似文献   

11.
目的 克隆与鉴定丹参Salvia miltiorrhiza鲨烯合酶基因。方法 基于丹参基因组的基因预测结果设计引物,通过RT-PCR方法,克隆丹参鲨烯合酶基因。利用生物信息软件对基因序列进行了结构分析,对基因编码多肽进行了序列同源性比较和保守结构域分析,利用实时定量RT-PCR方法对基因进行表达模式研究。结果 通过RT-PCR方法扩增得到2个丹参鲨烯合酶基因(SmSQS1SmSQS2),它们编码的多肽具有鲨烯合酶相关结构域和保守基序。这2个基因具有不同的外显子/内含子结构特征,具有不同的组织特异性表达模式和时间表达模式。结论 丹参基因组中存在2个鲨烯合酶基因,它们具有不同的基因结构特征和表达模式,可能在丹参甾体类和三萜类化合物生物合成中起不同作用。  相似文献   

12.
张顺仓  冯思念  顾雯  冯立国  王幼平  梁宗锁 《中草药》2017,48(17):3597-3604
目的克隆丹参Salvia miltiorrhiza中第14亚群R2R3 MYB转录因子基因SmMYB87的全长序列,并对其进行生物信息学和表达分析。方法以丹参总RNA为模板,利用同源克隆和c DNA快速扩增(RACE)技术获得SmMYB87 cDNA全长序列。运用生物信息学软件对该基因及其编码蛋白进行结构和理化性质分析,利用q RT-PCR测定SmMYB87在各器官中的表达并构建融合表达载体pTF-486-SmMYB87分析SmMYB87蛋白的亚细胞定位。结果 SmMYB87基因含有2个内含子和1个732 bp的开放阅读框(ORF),编码243个氨基酸。该基因在根、茎、叶和花中均有表达,且4个器官中的表达量没有显著差异。SmMYB87蛋白在细胞核和细胞膜上均有分布。结论 SmMYB87的序列结构和表达分析为进一步研究其在丹参中的生物学作用奠定了理论基础。  相似文献   

13.
张顺仓  刘肖宇  邱琳  程琪茗  马喆晨  符婷 《中草药》2024,55(13):4500-4507
目的 克隆获得丹参SmCYP76S7基因序列,并对其进行生物信息学和表达特性分析。方法 克隆获得SmCYP76S7 的cDNA及基因组DNA序列,运用生物信息学软件对该基因及其编码蛋白进行结构和理化性质分析。构建融合表达载体pEGAD-SmCYP76S7-eGFP,转化烟草后分析SmCYP76S7蛋白的亚细胞定位。利用qRT-PCR测定SmCYP76S7基因在各器官中的表达量,同时分别利用不同光质和茉莉酸甲酯(methyl jasmonate,MeJA)处理丹参幼苗和丹参毛状根,探究SmCYP76S7基因对光质和MeJA的响应。结果 SmCYP76S7基因包含2个外显子和1个1 506 bp的开放阅读框,编码501个氨基酸。该基因在根、茎、叶和花中均有表达,其中花中表达量最低。SmCYP76S7蛋白除定位于内质网外,还分布于多个细胞结构。SmCYP76S7基因的表达在红光处理和MeJA处理样品中显著上调,是典型的光和MeJA诱导基因。结论 SmCYP76S7基因是CYP76家族成员,结合其表达特性和同家族其他成员的催化活性,该蛋白很可能参与丹参酮类成分的生物合成,其具体的生物学作用值得进一步深入挖掘。  相似文献   

14.
陈尘  张燕  李林  王喆之  李淑娟 《中草药》2020,51(21):5590-5597
目的 克隆丹参Salvia miltiorrhiza转录因子基因SmWRKY14,分析其在不同组织及应答环境因子和植物激素过程中的表达特征。方法 以丹参转录组数据中Unigene(c50007_g1)序列为参考,利用PCR扩增获得SmWRKY14基因序列。通过生物信息软件及在线工具预测基因编码蛋白的理化性质、蛋白质结构等分子特征,采用DNAMAN和MEGA 6.0分别进行氨基酸多序列比对和进化树构建,运用实时荧光定量PCR检测该基因的表达模式。结果 克隆得到SmWRKY14基因cDNA全长1 103 bp,编码244个氨基酸,相对分子质量27 600,等电点8.19。该蛋白含有WRKY特征基序,不含信号肽及跨膜结构域,其高级结构主要由无规卷曲构成。进化树分析表明SmWRKY14蛋白与柿WRKY14蛋白的亲缘关系最近。SmWRKY14基因在丹参中各器官中为组成型表达,且该基因与丹参酮合成关键酶基因DXS、GGPPS、CPS的表达模式相似,且受茉莉酸甲酯、脱落酸、赤霉素等植物激素及机械损伤的强烈诱导。结论 获得丹参SmWRKY14基因序列、生物信息及表达特征,为研究WRKY家族成员调控丹参酮类化合物的合成、应答植物激素及参与防御反应的分子机制提供理论依据。  相似文献   

15.
蔗糖非酵解型蛋白激酶家族2(SnRK2)在逆境植物信号转导途径中起着重要作用。该研究根据丹参转录组数据从丹参c DNA中克隆得到一个SnRK2家族基因,命名为Sm SnRK2.4,属于Ⅰ类SnRK2。Sm SnRK2.4基因包含8个内含子,9个外显子,其开放阅读框1 068 bp,编码355个氨基酸,推测其蛋白相对分子质量为40.63 k Da,将其构建到原核表达载体p MAL-c2X上,原核诱导表达出与预测蛋白大小一致的目的蛋白。依据丹参基因组序列,Plant CARE分析Sm SnRK2.4起始密码子ATG上游3 0 0 0 bp的启动子系列,结果显示该序列包含I-box,GA-m otif,H SE,LTR,TC-rich repeats等逆境胁迫响应元件,以及GARE-m otif,P-box,ABRE,CGTCA-m otif等激素响应元件。实时荧光定量PCR分析表明Sm SnRK2.4在丹参根中的含量较高,在茎中和叶中含量相当,ABA和PEG胁迫响应分析表明,Sm SnRK2.4对PEG渗透胁迫响应显著,对ABA胁迫响应微弱。该研究为进一步探讨Sm SnRK2.4基因在丹参干旱胁迫下次生代谢产物积累机制中的作用奠定了基础。  相似文献   

16.
武玉翠  葛茜  周宏骏  晋鑫鑫  王喆之 《中草药》2015,46(13):1966-1974
目的克隆丹参晚期胚胎富集蛋白(late embryogenesis abundant protein,LEA)基因,并进行生物信息学和表达模式分析。方法对丹参转录组数据库进行BLAST同源性比对,发现一条新的与LEA基因家族同源性较高的序列,命名为Sm LEA2,Gen Bank登录号为HQ676610。进一步利用PCR和RT-PCR技术从丹参g DNA以及c DNA水平克隆得到了Sm LEA2基因全长。采用软件分析蛋白质结构性质和系统进化关系。利用实时荧光定量PCR的方法对不同部位、不同发育时期以及不同处理丹参的Sm LEA2表达量进行检测。结果获得Sm LEA2 g DNA长1 961 bp,由1个外显子和1个内含子组成,并且内含子位于ATG的上游;开放阅读框长为960 bp,共编码319个氨基酸。生物信息学分析显示,Sm LEA2是存在于细胞质中的亲水蛋白,无跨膜结构域和信号肽,其相对分子质量为35 340,等电点为4.77。该基因在丹参的根、茎、叶中均有表达,并且在茎中的表达量最高。随着花的成熟和种子的发育,该基因表达量逐渐升高,并且该基因的表达受茉莉酸甲酯(Me JA)以及脱落酸(ABA)的诱导作用影响。结论克隆得到的丹参Sm LEA2可能参与种子发育过程,并在丹参防御反应中发挥作用。  相似文献   

17.
该研究根据丹参的转录组数据提供的基因片段设计引物,采用逆转录聚合酶链式反应方法,从白花丹参中克隆鲨烯合酶SQS2的全长cDNA序列,命名为SmSQS2,GenBank注册号KM244731.序列长度为1 597 bp,包含1 245 bp的开放阅读框,推测编码414个氨基酸,含有115 bp的5'UTR和237 bp的3'UTR.利用生物信息学软件对获得的序列进行同源性分析,得出白花丹参SQS2的与紫花丹参SQS2的序列无明显差异.原核表达分析结果表明SmSQS2在大肠杆菌中能表达出与预测蛋白大小相当的目标蛋白,对影响蛋白表达的4个因素,即诱导温度、诱导时间、IPTG浓度和诱导时宿主菌的吸光度(A600)进行了优化,得出SmSQS2蛋白表达的最佳条件为:IPTG终浓度0.2 mmol· L-1,宿主菌的吸光度(A600)为0.6,温度30℃,诱导时间20 h.这为进一步研究白花丹参鲨烯合酶SQS2在丹参萜类和甾醇类生物合成途径中的作用提供了理论依据.  相似文献   

18.
目的:优化丹参柯巴基焦磷酸合酶基因家族新基因CPS4的原核表达体系并对重组蛋白进行纯化。方法:对2种原核表达菌株进行比较。对诱导条件,包括异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导浓度、诱导时宿主菌的密度(A600)和诱导时间进行正交试验。利用HisTrap HP蛋白纯化柱对重组蛋白进行纯化。结果:Escherichia coli Tuner(DE3)表达菌株能诱导产生更多的可溶重组蛋白。最佳诱导表达条件为诱导时宿主菌的A600值0.7,IPTG浓度0.2 mmol·L-1,诱导表达时间10 h。HisTrap HP蛋白纯化柱纯化时梯度洗脱能得到纯度高的重组蛋白。结论:利用此优化体系可得到足量用于后续研究的重组蛋白,为其他二萜类合酶基因的原核表达提供参考。  相似文献   

19.
目的 预测分析并克隆丹参E3泛素连接酶SmCOP1(constitutively photomorphogenic1),并对其靶基因进行初筛,为丹参次生代谢关键调控因子MYB以及bHLH等转录因子泛素化研究做准备。方法 本研究利用拟南芥AtCOP1蛋白序列,用HMMER3程序和在线程序SMART,在丹参全基因组数据库筛选到丹参中的E3泛素连接酶SmCOP1序列,经RT-PCR技术获得丹参cDNA,以其为模板设计引物扩增,并利用生物信息学方法对该基因及其编码蛋白进行相关分析。通过酵母双杂实验对其调控丹参酮和酚酸物质机制进行初步研究。结果 结果表明SmCOP1的2个蛋白均为不稳定亲水性蛋白,其N-端为环形锌指结构域(RING–finger),C-端为WD40重复结构域。通过建立进化树表明SmCOP1bAtCOP1是直系同源的关系,而SmCOP1aSmCOP1b是旁系同源的关系。Y2H实验显示SmCOP1a与SmPAP1互作。结论 成功克隆并预测分析丹参E3泛素连接酶SmCOP1,并初步发现其可能通过靶向MYB转录因子SmPAP1对其泛素化修饰参与调控酚酸类物质的代谢。  相似文献   

20.
目的 克隆丹参SmRopGEF1基因,研究其编码蛋白的亚细胞定位及其对逆境胁迫的应激反应和激素诱导下的表达水平。方法 根据前期丹参转录组测序结果设计SmRopGEF1基因特异引物,利用聚合酶链式反应(PCR)扩增SmRopGEF1基因序列;使用生物信息学方法分析SmRopGEF1蛋白序列特征及进化关系;构建pET28a-SmRopGEF1原核表达载体并转化至大肠埃希氏菌中诱导表达,构建35S启动的SmRopGEF1的绿色荧光蛋白原生质体瞬时表达载体,利用激光共聚焦显微镜观察SmRopGEF1的亚细胞定位;实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测逆境胁迫(低温、盐及干旱)和激素诱导(生长素、脱落酸、茉莉酸甲酯)下的基因表达量。结果 丹参SmRopGEF1基因开放阅读框(ORF)全长为1701 bp,编码566个氨基酸,蛋白相对分子质量是62 362.99。生物信息学分析显示SmRopGEF1蛋白含有1个PRONE保守结构域,系统进化树分析表明SmRopGEF1蛋白与芡欧鼠尾草和一串红RopGEF1蛋白为高同源蛋白。成功构建pET28a-SmRopGEF1原核表达载体并在大肠埃希氏菌Rosetta(DE3)菌株中表达、纯化出SmRopGEF1重组蛋白。亚细胞定位的结果显示SmRopGEF1存在于植物细胞的细胞核中。qRT-PCR实验结果表明盐胁迫和冷胁迫能够显著提高SmRopGEF1的表达量;干旱胁迫后丹参愈伤中SmRopGEF1表达量下降。茉莉酸甲酯诱导后SmRopGEF1表达量升高。结论 克隆了丹参SmRopGEF1基因,其在抗逆胁迫中起到重要作用并且可能参与茉莉酸甲酯信号转导。研究结果丰富了丹参防御反应机制的研究,为选育丹参抗逆优良品种、提高丹参的产量与品质提供了参考。  相似文献   

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