实时荧光定量PCR法测定发酵乳中双歧杆菌

对实时荧光定量聚合酶链式反应(PCR)技术检测发酵乳中双歧杆菌的DNA提取方法、PCR扩增效率、标准曲线绘制进行探讨,通过比较分析碱式提取法、玻璃珠破碎法和酶解法3种提取方法对发酵乳中总DNA提取效率、4种不同参考菌株的PCR扩增效率以及单一菌株标准曲线与混合菌株标准曲线的计数结果,建立实时荧光定量PCR快速测定发酵乳制品中双歧杆菌数量方法。结果表明：酶解法提取发酵乳中总DNA效果最好,OD260/280比值基本接近1.80,且提取的质量浓度含量最高;不同菌株的PCR扩增效率不同,其中参考菌株1.2213的Ct值与其他3菌株的Ct值存在显著性差异;根据单一菌株绘制标准曲线与混合菌株绘制标准曲线计数结果无显著性差异,后者计数结果更客观、准确。采用酶解法获取样品中的菌体细胞,基于混合菌液绘制标准曲线,采用实时荧光定量PCR技术确定发酵乳中双歧杆菌种属数量,可快速、准确地测定发酵乳中双歧杆菌的数量。     

实时荧光PCR法检测食品中梅花鹿成分

采用实时荧光聚合酶链式反应技术检测食品中梅花鹿成分。通过对梅花鹿基因序列对比分析,选取种间差异大、种内差异小的线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因序列作为靶序列,利用Primer Express、Oligo和DNAMAN等软件设计了梅花鹿特异性的引物和Taq Man探针,并用已知样本对引物和Taq Man探针的物种特异性、检测灵敏度进行验证和检测。实验结果表明,引物和探针对梅花鹿成分检测的特异性良好,与其他物种DNA无非目标扩增,对梅花鹿DNA的扩增效率为91.68%,该方法的检测灵敏度达0.42 pg/反应。     

实时荧光定量PCR法鉴定婴幼儿配方乳粉中动物双歧杆菌乳亚种

该研究通过系统发育树分析确定目标基因,并设计引物和探针,建立一种婴幼儿配方乳粉中动物双歧杆菌乳亚种（Bifidobacterium animalis subsp. lactis）的实时荧光定量聚合酶链式反应（RT-fqPCR）鉴定方法。通过特异性、灵敏性和抗干扰实验对该方法进行验证,并对市售的64份标识含有动物双歧杆菌乳亚种的婴幼儿配方乳粉样品进行检测。结果表明,atpD基因在动物双歧杆菌乳亚种间具有较高的种间特异性,种间差异率＞10%,确定其为目标基因。基于该基因建立的RT-fqPCR方法能够特异性的检测动物双歧杆菌乳亚种,检测绝对灵敏度可以达到1 pg/μL,相对灵敏度可以达到103 CFU/mL;基因水平和培养物水平抗干扰能力良好。采用该方法从64份标识含有动物双歧杆菌乳亚种的乳粉样品中均能检测出动物双歧杆菌乳亚种,表明基于atpD基因建立的RT-fqPCR方法能够快速准确的对动物双歧杆菌乳亚种进行检测。     

双歧杆菌的分子生物学鉴定方法的比较

利用实验室设计的双歧杆菌特异性引物,采用降落聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)的方法对供试菌株的16S r DNA进行扩增,比较细菌分别通用引物和双歧杆菌特异性引物对双歧杆菌属不同菌株及参考菌株扩增效果的影响。实验结果表明,细菌通用引物对不同双歧杆菌进行扩增,扩增出来的条带不清晰,而用双歧杆菌特异性引物进行扩增,扩增出来的条带清晰。因此,该方法可以准确地鉴定双歧杆菌,为双岐杆菌的鉴定提供了理论依据。     

实时荧光PCR鉴定婴幼儿配方食品中克罗诺杆菌的研究

目的 建立一种能够快速准确鉴定克罗诺杆菌的实时荧光聚合酶链式反应（PCR）方法,并对食品样品和人工污染样品进行克罗诺杆菌检验。方法 根据克罗诺杆菌DNA旋转酶B亚基（gyrB）基因保守区序列设计引物和探针。通过特异性试验、绝对灵敏度、相对灵敏性试验、抗干扰试验对所建立方法进行方法学验证。采用人工污染样品增菌液进行方法灵敏度试验。结果 本研究建立的方法能够特异性扩增7种克罗诺杆菌,但对与其亲缘关系较近的其他肠杆菌及食品中较为常见的其他致病菌均无扩增,表明本研究建立的方法具有很好的特异性和抗干扰能力。采用阪崎克罗诺杆菌验证绝对灵敏度达1～10 pg,相对灵敏度可以达到103 CFU/mL。在基因组水平和培养物水平均具有很好的抗干扰能力。人工污染样品在36℃增菌24 h后检测灵敏度可以达到100 CFU/mL。结论本研究所建立的实时荧光PCR方法对婴幼儿配方食品样品中的克罗诺杆菌的检测具有快速、特异、灵敏和稳定的特点,可以为传统婴幼儿配方食品中的克罗诺杆菌的检验提供技术参考。     

分子生物学技术在双歧杆菌检测中的应用

从核酸探针、聚合酶链式反应、分子标记、实时PCR等分子生物学技术在双歧杆菌检测中的应用等方面作以综述，并指出各种检测技术的局限性及应用前景。     

食品中腐败酵母的实时荧光PCR鉴定

为研究食品中腐败酵母实时荧光PCR快速鉴定方法,设计和筛选出了可用于腐败酵母鉴定的多条探针和引物,并建立了针对酿酒酵母、鲁氏接合酵母、斯巴达克毕赤酵母和布鲁塞尔德克酵母等4种腐败酵母菌的实时荧光PCR鉴定方法。用文中建立的方法对从糕点、蜂蜜、饮料等市售食品中分离出的60余株酵母菌进行了鉴定,发现其中4株为酿酒酵母,21株为鲁氏酵母,其他为与上述4种不同的酵母。以实时荧光PCR方法鉴定酵母,全过程仅需约3 h,与常用的生化鉴定方法相比,简化了鉴定步骤,提高了鉴定准确性,缩短了鉴定时间。     

荧光定量PCR法计数农家干酪中动物双歧杆菌乳酸亚种

分别利用荧光定量PCR及平板菌落计数法计数农家干酪中双歧杆菌的菌体数,通过对结果的比较分析,建立一种适用于快速、敏感、特异的检测干酪中双歧杆菌活菌数的方法。利用传统工艺制备双歧杆菌农家干酪,在其贮存期间分别采用荧光定量PCR及平板菌落计数法计数干酪中双歧杆菌的数量。其中,在利用荧光定量PCR法检测时,对影响PCR定量准确的因素进行系统研究,包括设计双歧杆菌引物,并对引物特异性进行评价、考察,从干酪基质中提取DNA的数量和质量,建立标准曲线。引物特异性验证结果表明,引物专一性强。采用试剂盒法从干酪样品中提取DNA的纯度较好,OD_(260)/OD_(280)均在1.75~1.82之间。除贮存第1天外,荧光定量PCR法计数结果比平板计数法高0.39%~2.25%,未见显著差异。荧光定量PCR具有灵敏、特异、简便和快速的特点,可用于干酪中双歧杆菌的定量检测。     

实时荧光PCR法鉴定食品中双歧杆菌

根据双歧杆菌属16S rRNA基因的保守区序设计特异性引物和探针,建立一种鉴定食品中双歧杆菌属的实时荧光聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)检测方法。对方法的特异性、灵敏度、重复性和体系抗干扰能力进行验证,最后采用该方法对市售25份标示含双歧杆菌样品进行检测。结果表明:该检测方法可特异性检测双歧杆菌属细菌,对近缘的乳杆菌属、链球菌属及食品中常见菌群包括大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、沙门氏菌等均无扩增。双歧杆菌DNA检测绝对灵敏度可达到2 pg,相对灵敏度可达到10~4 CFU/m L。重复性测试表明相对标准偏差小于1%。同时进行了杂菌干扰检测实验,在培养物水平和纯基因组DNA水平上将青春双歧杆菌ATCC15703与大肠杆菌ATCC25922混合进行检测,检出Ct值较纯菌检测时无显著影响,表明建立的荧光PCR方法抗干扰能力良好。对25份市售实际样品进行测试,有5份标识含有“双歧杆菌”的样品未检测出双歧杆菌成分。本研究所建立的实时荧光PCR法能准确、快速检测食品中双歧杆菌属细菌。     

实时PCR检测食品中荧光假单胞菌方法的建立

针对荧光假单胞菌分子检测靶点gyrB基因设计引物和探针,制备标准质粒,绘制标准曲线,建立荧光假单胞菌实时聚合酶链式反应(real-time polymerase chain reaction,real-time PCR)检测体系。特异性评价表明该体系能够特异性检测荧光假单胞菌,其他细菌均无检出。灵敏性检测结果表明纯DNA水平灵敏度可达14.3 fg/μL,纯培养物水平上检测灵敏度为3.0×102 CFU/mL。抗干扰性实验结果表明当加入低浓度背景干扰菌时,对上述体系检测灵敏度没有影响。人工污染样品检测表明适当增菌可检测到荧光假单胞菌,说明Taq Man探针real-time PCR法特异性强、灵敏度高、抗干扰性能力强。     

酪蛋白糖巨肽对小鼠肠道双歧杆菌增殖水平的影响

采用实时荧光定量聚合酶链式反应（real-time polymerase chain reaction,real-time PCR）分析不同剂量酪蛋白糖巨肽（casein glycomacropeptide,CGMP）对小鼠肠道双歧杆菌增殖水平的影响,揭示乳源CGMP是否有增殖肠道关键益生菌的功能。选用50 只健康BALB/c小鼠,随机分为对照组,安慰组（灌胃生理盐水0.2 mL）,乳源CGMP低、中、高剂量组（灌胃等体积不同质量浓度的乳源CGMP）,灌胃周期为2 周。于灌胃后第0、3、5、7、9、11、15天及停止灌胃后1 周（第21天）采集的小鼠新鲜粪便,并进行粪便菌体基因组DNA抽提。依据双歧杆菌的16S rRNA基因序列设计5 对种属特异性引物,以两歧双歧杆菌（Bifidobacterium bifidum）CICC6071的基因组DNA作为标准品,进行梯度稀释制作标准曲线;分析样品PCR扩增产物的熔解曲线,评价反应的特异性。结果表明：Real-time PCR可准确定量小鼠肠道内双歧杆菌数量;且灌胃中剂量乳源CGMP可以促进小鼠肠道内双歧杆菌的增殖,在灌胃第11天时小鼠肠道内双歧杆菌数量达到最高值,即乳源CGMP对小鼠肠道双歧杆菌的增殖作用存在剂量选择性。     

RT-PCR结合高分辨率熔解曲线对两种致病菌的快速检测

为建立食品中金黄色葡萄球菌、单核增生李斯特氏菌的双重快速检测方法。用缓冲蛋白胨水(buffered peptone water,BPW)对两种目标菌进行增菌培养,采用直接提取法提取样本DNA,比较实时聚合酶链式反应体系(real-time polymerase chain reaction,RT-PCR)中的退火温度,调整高分辨率熔解曲线(high-resolution melting curve,HRM)分析条件,建立同时检测金黄色葡萄球菌、单核增生李斯特氏菌的方法。结果表明,PCR扩增最佳退火温度为58℃,两种目标菌的Tm值分别为金黄色葡萄球菌77.05℃,单核增生李斯特氏菌79.39℃;试验灵敏度分别可以达到102、103 CFU/g。     

实时荧光定量PCR鉴定肉制品中牛源性成分及其含量

建立一种快速、准确鉴定牛肉制品中牛源性成分并且量化牛肉成分含量的方法。以牛线粒体细胞色素b基因为靶基因,设计出具有特异性引物。选择真核生物核糖体16SrDNA为内参基因,采用实时荧光相对定量法。牛肉质量百分比的对数值与之对应的循环阈值差值△Ct呈良好线性关系。标准曲线回归公式为y=-3.3645x+0.8737,R2=0.9926,扩增效率达98.25%。通过模拟混合样品对标准曲线进行质量评估,证明该方法适用于对牛肉成分的鉴定以及含量的检测,为量化肉制品中牛肉成分研究提供参考意见。     

泡菜中蛔虫卵荧光PCR检测方法的建立及应用

在模拟阳性泡菜样品中寄生虫卵分离的基础上,本研究通过对单蛔虫卵分别进行加热、液氮/37℃反复冻融、PCR缓冲液冻融、裂解液消化等四种前处理后进行荧光PCR检测,表明将虫卵进行液氮/37℃反复冻融15次后用于荧光PCR检测的效果确实而稳定。所建立的蛔虫卵荧光PCR检测方法特异性好,与鞭虫、毛圆线虫等动物寄生虫线虫不存在交叉反应,可以很好的区分蛔虫与其它动植物线虫卵。敏感性可以满足单个蛔虫卵的检测需要。本方法的建立为泡菜等植物性产品中携带的疑似蛔虫卵的鉴定提供了科学依据。     

阿胶中马和驴成分的实时荧光PCR检测

建立阿胶中马和驴成分高特异、高灵敏的实时荧光聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）检 测方法。选择马和驴线粒体基因tRNA-Thr及D-loop区为靶序列,设计合成特异引物,通过普通PCR和实时荧光PCR 检测,结果表明,这两对引物能够准确检测阿胶或动物胶中马和驴成分。     

食品中芥末过敏原成分LAMP检测方法的建立

目的：建立食品过敏原芥末成分环介导等温扩增（loop-mediated isothermal amplification,LAMP）检测方法,并与实时荧光-聚合酶链式反应（real-time polymerase chain reaction,RT-PCR）检测方法比对。方法：针对白芥的主要过敏原基因Sin A1,设计LAMP引物并建立反应体系,在特异性和灵敏度方面与RT-PCR检测方法比对。结果：建立的LAMP检测方法,经特异性验证,与所测试的13 种植物,无交叉反应。通过添加实验,方法的检测灵敏度为0.5%,与RT-PCR方法检测灵敏度相当。检测了25 份实际样品,检测结果与RT-PCR检测结果一致。结论：建立的食品过敏原芥末成分LAMP检测方法简单经济,检测结果可靠,可有效缩短检测时间,适用于芥末过敏原成分
的检测,具有良好的应用前景。